茄子品种基于WRKY转录因子的指纹图谱构建及遗传相似性分析
茄子分子遗传育种研究进展
茄子分子遗传育种研究进展摘要茄子(Solanum melongena L.)为世界重要的蔬菜之一,具有重要的经济价值和保健作用。
利用各种分子标记技术和连锁遗传图谱,定位重要性状的基因位点,并通过与之紧密连锁的分子标记,进行辅助选择,可大大提高茄子育种效率。
近年来,茄子的分子遗传育种研究进展很快。
本文综述了近年来国内外茄子分子育种的主要研究进展,包括茄子分子标记的开发、遗传图谱的构建、重要性状的基因定位及其在茄子育种中的应用,同时对茄子的分子育种研究进行了展望。
关键词茄子;分子育种;分子标记;遗传图谱茄子含有丰富的矿物质和维生素,其紫色果皮中含有丰富的维生素E和维生素P,果实中含有的多酚类物质具有重要的抗氧化活性(Nisha et al., 2009; Sudheesh et al., 1999),而且茄子中还富含多种植物化学物质。
目前,许多研究报道了茄子提取物对癌症、糖尿病、高血脂、胆固醇、动脉粥样硬化、抗血管增生、消炎等方面具有积极的作用(Han et al., 2003; Jenkins et al., 2005; Kashyap et al., 2003)。
与同科植物番茄、辣椒等作物相比,茄子的研究基础还比较薄弱,且其分子遗传育种起步较晚。
近年来,随着分子生物学的发展,茄子的分子育种也在快速发展。
本文旨在对目前国内外茄子分子标记的开发、遗传图谱的构建、重要性状的基因定位及其在茄子育种中的应用等方面的进展进行综述,为茄子今后的分子育种提供参考。
1茄子分子标记的主要类型1974年,Grodzicker等建立了限制性片段长度多态性(restriction fragment length polymorphism, RFLP)技术;1980年,人类遗传学家Botstein等提出将RFLP作为新型的遗传标记,从而开始了DNA分子标记技术的发展阶段。
随着PCR技术的诞生以及DNA测序技术的迅猛发展,分子标记的类型也得到飞速发展。
茄科物种全基因组抗病基因鉴定及其进化分析
茄科物种全基因组抗病基因鉴定及其进化分析随着测序技术的快速发展,近年来多个茄科物种的基因组数据相继被释放,这为全基因组范围鉴定抗病基因和物种间比较基因组学的应用提供了平台。
植物中大部分(80%)抗病基因属于NBS-LRR类。
本研究通过隐马尔科夫模型(Hidden Markov Model,HMM)和BLAST的方法从栽培番茄Heinz1706、野生番茄LA716、栽培马铃薯DM1-3、栽培辣椒Zunla-1、野生辣椒Chiltepin和栽培烟草TN90中分别鉴定出463、485、1,152、1,665、2,042和374个NBS-LRR类抗病基因。
相比已报道的结果,本研究从番茄Heinz1706和马铃薯DM1-3中鉴定出69和397个新抗病基因。
辣椒基因组内(尤其是野生辣椒Chiltepin)的抗病基因数目在已报道的二倍体物种中是最大的。
使用BLSATN的方法(E值为1e-10),我们将本研究从茄科物种鉴定出的绝大多数抗病基因(>92%)划分到了87个抗病基因亚家族中,其中16个亚家族为TIR-NBS-LRR(TNL)类,71个为non-TNL(n TNL)类。
分析表明,TNL类抗病基因家族的基因结构较n TNL类抗病基因亚家族的基因结构更保守。
本研究以番茄基因组的抗病基为对象构建了147个VIGS沉默载体,覆盖番茄Heinz1706中81个抗病基因亚家族的64个,为未来番茄抗病基因的克隆提供了新的途径。
虽然茄科物种间抗病基因数目有巨大的差异(如野生辣椒Chiltepin中有2,042个抗病基因而栽培番茄Heinz1706只有463个),但是各个物种内抗病基因亚家族的数目却差不多(如野生辣椒Chiltepin和栽培番茄Heinz1706分别包含83和81个抗病基因亚家族)。
进一步分析发现,茄科物种间抗病基因数目的差异主要是由一些大的抗病基因亚家族造成,例如辣椒中22个大的抗病基因亚家族包含全基因组约80%的抗病基因,其中在辣椒Zunla-1和辣椒Chiltepin中最大的5个抗病基因亚家族(Rpi-blb2、BS2、SL-0273、Sw5-c和I2)分别包含832(50.0%)和1,027(50.3%)个抗病基因同源体,而这5个抗病基因亚家族在番茄Heinz1706、番茄LA716和烟草TN90却只含有84(18.1%)、95(19.6%)和73(19.5%)个抗病基因同源体。
茄子主要栽培种遗传多样性分析
sre d3 hntpc 8 .8% )w r l rhc 8plmo hcp m m w r sl t o 0IS r es 8D A f g ns ev a 3pe o i dn y s(9 1 e p y p i; oy r i r e e ee e f m 5 SR p m r.6 N amet e e mo p i e cdr i r
科 学依据 。
共观察 3 个性状 , 7 非数据型质量型性状 , 根据不 同 表现型状态给予赋值 , l X ・ X 7分别代 表播 种 x 、2・ 3 ・ 期、 定植期、 始花期 、 子叶色( 绿色 2 1 浅紫 3 ) 下 紫 、 胚轴颜色( 绿色 2 1 紫绿 3紫)株 型( 直立 2半直 、 1
理研究员 , 研究方 向为作物栽培与分子生物学 , 为通讯作者。
复性等问题0因此 , 本文结合传统形态标记和现代
IS S R分子标记的优劣 , 从不同角度来分析广西及全
西
南
农
业
学
报
2 3卷
国部分地区茄子栽培品种 的遗传多样性构成特性 , 旨在为茄子的种质资源利用和育种提供更为全面的
lmi .Clse ay i ig S S ot ae so dt a h ut a e td i hss d o l edvd nos ru s n h eut i t d e u tra l ssus P Ssf r h we h ttee li r tse nt i t yc udb iie it i g p ,a dters l n n w vs u d x o s
有一定关系 , 而分子标记 类群 的划分 与地理来源没有明显的联 系。 关 键词 : 茄子 ; 遗传多样 性; 形态标记 ; S I R标记 S
茄子主要栽培种遗传多样性分析
茄子主要栽培种遗传多样性分析梁任繁;王益奎;李文嘉;黎炎;吴永官【摘要】To make clear the genetic background of the dominant eggplant germplasm species in China,54 eggplant cultivars from Guangxi and other parts of China were assessed with Morphological markers and 1SSR markers. The results indicated that ? 37 phenotypics were observed and 33 phenotypics (89.18 % ) were polymorphic; 8 polymorphic primers were selected from 50 ISSR primers. 68 DNA fragments were amplified and each primer resulted in 8.5 DNA fragments on average. 58 fragments were polymorphic ( percentage of polymorphic bands was 85.29 % ) ; The genetic similarity index of all the germplasms varied from 0.04 to 1.00, the total average value were 0.52 and 0.60 respectively, suggesting that the genetic difference between individual cultivars was significant, but the genetic diversity of total cultivars was limited. Cluster analysis using SPSS software showed that the cultivars tested in this study could be dividedinto six groups, and the results of Morphological markers were relatedwith geographical origin of cultivars, but groups based on ISSR markers had no evident relation with geographical regions.%为了明确我国茄子主要栽培种的遗传背景,对主要来自广西及全国部分地区的54份茄子栽培种进行表形标记和ISSR标记分析.结果表明,在37个表形性状中,表现为多态性有33个,占89.18%;从50条ISSR引物中共筛选出8条多态性明显、条带清晰、反应稳定的引物,扩增出68条谱带,平均每条引物扩增出8.5条带,多态性带58条,占85.29%;品种间两类型标记遗传相似系数均在0.04 ~1.00之间,总体平均数分别为0.51、0.60,表明个别品种间遗传差异很大,但群体整体遗传基础相对较狭窄;应用SPSS软件聚类分析,两类标记均能在欧氏距离14~15间将54个栽培种划分为6个类群,其中表形标记类群的划分与地理来源有一定关系,而分子标记类群的划分与地理来源没有明显的联系.【期刊名称】《西南农业学报》【年(卷),期】2011(024)005【总页数】6页(P1861-1866)【关键词】茄子;遗传多样性;形态标记;ISSR标记【作者】梁任繁;王益奎;李文嘉;黎炎;吴永官【作者单位】广西农业科学院蔬菜研究所,广西南宁530007;广西作物遗传改良生物技术重点实验室,广西南宁530007;广西农业科学院蔬菜研究所,广西南宁530007;广西作物遗传改良生物技术重点实验室,广西南宁530007;广西农业科学院蔬菜研究所,广西南宁530007;广西农业科学院蔬菜研究所,广西南宁530007;广西农业科学院蔬菜研究所,广西南宁530007【正文语种】中文【中图分类】S641.1茄子(Solanumm elongena L.)起源于东南亚、印度,中国为茄子第二起源中心,也是世界目前茄子生产第一大国[1]。
利用SRAP分子标记技术分析茄子遗传多样性
利用SRAP分子标记技术分析茄子遗传多样性肖熙鸥;林碧桦;林文秋;李威;高晓敏;吕玲玲【摘要】The genetic diversity of 36 eggplant was analyzed by SRAP maker. Two hundred-ninety-two polymorphic bands were amplified by 22 SRAP primers with an average of 13.27 polymorphic bands per primer pair. The genetic similarity was from 0.568 to 0.870 with an average genetic similarity w 0.757. The result suggested that the genetic diversity of 36 eggplants was related narrow. Thirty-six eggplants were clustered into 5 groups at 0.690 coefficients by UPGMA method.%利用SRAP技术对36份茄子栽培种进行遗传多样性分析。
结果表明:22对引物对36份茄子DNA进行PCR扩增,经过染色后共获得292条多态性条带,平均每个引物组合扩增出13.27条多态性条带。
36份茄子品种间遗传相似系数在0.568~0.870,平均遗传相似系数为0.757,这表明该群体的遗传背景相对狭窄。
利用UPGMA法对36份茄子资源进行聚类分析,结果显示,在相似系数为0.690处,可将36份茄子资源划分为5个组。
【期刊名称】《热带农业科学》【年(卷),期】2016(036)003【总页数】5页(P19-23)【关键词】茄子;SRAP;遗传多样性【作者】肖熙鸥;林碧桦;林文秋;李威;高晓敏;吕玲玲【作者单位】中国热带农业科学院南亚热带作物研究所广东湛江 524091;;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所广东湛江 524091;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所广东湛江 524091;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所广东湛江 524091;中国热带农业科学院南亚热带作物研究所广东湛江 524091【正文语种】中文【中图分类】S641.1②肖熙鸥(1988~),男,硕士研究生,研究实习员,主要研究方向为蔬菜育种及生物技术。
茄子种质资源农艺性状遗传多样性分析
茄子种质资源农艺性状遗传多样性分析作者:贾利苗永美江海坤严从生张建秦艳梅方凌来源:《长江蔬菜·学术版》2016年第12期摘要:以56份茄子种质为材料,综合应用多样性分析和聚类分析的方法,对26个主要农艺性状的遗传多样性进行分析。
试验结果表明,参试材料存在广泛的遗传多样性,果实大小多样性指数最高,其次是开展度;最大叶性状变异系数最高,其次是单果质量;基于种质间农艺性状的遗传差异,将56份茄子资源划分为三大类群,第Ⅰ类群在选育密植型品种时利用,第Ⅱ类群可在选育高产型品种时利用,第Ⅲ类群在选育特异材料时利用。
综合分析了茄子种质资源主要农艺性状的遗传多样性,为茄子资源的高效利用提供可参考的依据。
关键词:茄子;种质资源;农艺性状;遗传多样性中图分类号:S641.1 文献标识码:A 文章编号:1001-3547(2016)24-0044-06茄子(Solanum melongena L.,2n=24),属茄科茄属,为世界第四大蔬菜作物,起源于亚洲东南的印度、缅甸及临近的热带区域。
中国是茄子的第二起源地及次生演化中心,拥有丰富的茄子种质资源[1]。
茄子种质创新、遗传改良和品种选育需要丰富的种质资源,而开发利用种质资源的前提是对其进行评价鉴定[2]。
农艺性状的鉴定和描述是种质资源研究最直接、最基本的方法和途径[3],通过对此类性状进行遗传多样性分析,可以从整体上把握资源的丰富程度[4],为育种者下一步进行种质筛选、亲本选配、品种分类和资源保护等提供重要依据[5]。
茄子是我国栽培的主要蔬菜之一[6],但由于我国南北各地生态气候与消费习惯不同,各地区的育种目标有较大差异[7],因而引进资源均需试种和评价后才可推广应用。
如黄文枫等[8]、汪诗华等[9]、沈鹤忠[10]、黄文静等[11]开展引种、品比试验,筛选出适合各自地区的优良品种;王佳慧[12]、张念等[13]、苏晓梅等[14]、李宁等[2]、肖熙鸥等[15]、林鉴荣等[16]利用形态标记或分子标记对当地来源不同的茄子种质资源进行了多样性分析和评价。
茄子RAPD分子标记体系的建立与优化
的差别 , 优化体系仍然不同。因此, 优化体系的建立对于 任何物种 进行 R P A D分析都是 必不可少 的。本研究表
明, 在反应仪器 固定 、 试剂来源和型号一致 、 保证 D A模 N 板质量前提下 , 对试剂用量和扩增条件加以严格控制 , 其
重复 性还 是很 的最佳反应体 系: A D— C
m o Ld T . L 5U T qE0 2I 、. m LLP m r L 1 g L模板 D A 3 、 菌双蒸水 93 。扩增程序 m l N P0 5I 、 / / z a . L0 1 o/ r e I 、0n/ x i 3x N 灭 .
为 :4c预 变性 5m n9 9 c i; c 4 c变性 1m n3 i,7℃ 退 火 1mn 7 i,2℃ 延伸 15m n4 . i,5个循 环 ; 7 c 伸 1 i 后 4℃ 保 存 。 2 c延 0m n 关 键 词 : 子 ; A D; 系优 化 茄 RP 体
p a t s e tb ih d,a d i c na n d 2 ln sa l e wa s n t o t e 5 mmo/ Cl 2 0 L,1 ×P R uf r . L i l L Mg 2 . 0 C B f 0 IL,1 e2 0 mmo/ N P 0 5 L, / a lL d T . 5 U L T q
( 氯仿: 异戊醇 = 4 1 , 2 : ) 颠倒混匀 1 mn 4 100r 0 i。( )20 / mn4℃离心 2 i。( ) i, 0mn 5 取上清液 , 加等体积异丙醇
( 2 ) 15 L离心管中, 一 0a 于 . m C 轻轻上下颠倒混匀。( ) 6
一
本文以茄子 D A为模板 , R P N 对 A D反应的各种因素进行
茄子及其近缘野生种遗传多样性的SRAP分析
茄子及其近缘野生种遗传多样性的SRAP分析房超;李跃建;帅波;刘独臣;刘小俊;粱根云;杨宏【摘要】应用SRAP分子标记技术对87份来茄子及其近缘野生种进行了遗传多样性分析.结果显示,从88对SRAP引物中筛选出18对多态性高、稳定性好的引物组合,共检测出309清晰个位点,平均每对引物检测到17.2个扩增位点..参试茄属植物种质群体位点的平均杂合度为0.6962;平均多态信息含量为0.6441.82份栽培种茄子材料的平均相似系数为0.822,表明茄子栽培种的基因库较小,遗传基础较为狭窄.聚类分析结果表明,87份材料可分成4大类,可以较好地将茄子栽培种与其近缘野生种分开,并且基本可将高级栽培种(S.melongena L.subsp.melongena)和原始栽培种(S.melongena L.subsp.ovigerum Salis)在亚种水平上区分开来.由此可见,SRAP标记在茄子遗传研究中是一种经济、有效和可靠的分子标记手段.%The genetic diversity of 87 accessions including 82 Solarium mdongena L. (inluding S. Mdongena L. Subsp. melongenaL. And S. Melongena L. Subsp. Ovigerum Salis ) and relate species ( S. Integrifolium L. And S. Macaonense L. ) were revealed by SRAP markers. 18 of the 88 primers were employed and showed polymorphism and stability. Total 309 alleles were screened, the average number of alleles per primer were 17.2. The heterozygosity average value, and average of polymorphism information content of 309 SRAP loci were 0.6962, and 0.6441. Phenetic tree were constructed using Jaccard' s coefficient and UPGMA and the analysis of cluster suggested that 87 accessions could be divided in to four groups. Average similarity of 82 cultivar eggpant was 0.822, which indicated their genetic relationship was close. The subgrops of cultivar specie ( 5. Mdongena L. ) were almostdifferentiated by the SRAP marker. All these results showed that SRAP markers were economic, effective, and reliable.【期刊名称】《西南农业学报》【年(卷),期】2011(024)005【总页数】8页(P1853-1860)【关键词】茄子;遗传多样性;SRAP( Sequence-related Amplified Polymorphism)【作者】房超;李跃建;帅波;刘独臣;刘小俊;粱根云;杨宏【作者单位】四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066;蔬菜品种改良与种质创新四川省重点实验室,四川成都610066;四川省农业科学院,四川成都610066;四川省仁寿县宝马乡农办,四川仁寿620500;四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066;四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066;四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066;四川省农业科学院园艺研究所,四川成都610066【正文语种】中文【中图分类】S641.1茄子(S.melongena L.),又名 aubergine,guinea squash or brinjal,是世界上许多热带和温带地区的重要蔬菜,也是多样而庞大的茄科植物中18个被驯化作物的主要成员之一,其家族中还有马铃薯、番茄和辣椒等重要的农作物[1]。
一种鉴定茄子品种真实性的方法及其使用的引物组合[发明专利]
(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 202011050544.0(22)申请日 2020.09.29(71)申请人 北京市农林科学院地址 100097 北京市海淀区曙光花园中路9号(72)发明人 温常龙 吴明生 张建 杨静静 罗江 张晓飞 赵泓 杨明珠 (74)专利代理机构 北京纪凯知识产权代理有限公司 11245代理人 闫书宁(51)Int.Cl.C12Q 1/6895(2018.01)C12Q 1/6858(2018.01)C12N 15/11(2006.01)(54)发明名称一种鉴定茄子品种真实性的方法及其使用的引物组合(57)摘要本发明公开了一种鉴定茄子品种真实性的方法及其使用的引物组合。
本发明所提供的引物组合由48个引物组组成。
每个引物组由3条引物序列组成,用于扩增一个SNP位点。
48个引物组中各个引物的核苷酸序列依次如SEQ ID NO:1至序列SEQ ID NO:144所示。
本发明提供的引物组合可用于对茄子品种在种子或幼苗期进行早期鉴定,保证品种的真实性,切实保护生产者和育种家的权益,并为茄子种质资源和新品种保护提供技术支持。
本发明提供的方法既可以对未知茄子品种进行鉴定,也可以对已知品种的真实性进行鉴定。
本发明提供的方法具有高通量、准确、低成本、操作简单、节约人力、物力等有点,具有十分广阔的应用前景。
权利要求书11页 说明书25页序列表23页 附图3页CN 112094939 A 2020.12.18C N 112094939A1.SNP位点组合,包括茄子基因组的48个SNP位点;所述48个SNP位点如下:SmSNP001位点为Scafford Sme2.5_00002.1的第373524位核苷酸;SmSNP002位点为Scafford Sme2.5_00004.1的第161840位核苷酸;SmSNP003位点为Scafford Sme2.5_00006.1的第203053位核苷酸;SmSNP004位点为Scafford Sme2.5_00009.1的第431955位核苷酸;SmSNP005位点为Scafford Sme2.5_00010.1的第169994位核苷酸;SmSNP006位点为Scafford Sme2.5_00027.1的第248462位核苷酸;SmSNP007位点为Scafford Sme2.5_00032.1的第19910位核苷酸;SmSNP011位点为Scafford Sme2.5_00066.1的第113248位核苷酸;SmSNP012位点为Scafford Sme2.5_00097.1的第47096位核苷酸;SmSNP013位点为Scafford Sme2.5_00121.1的第28511位核苷酸;SmSNP016位点为Scafford Sme2.5_00170.1的第63393位核苷酸;SmSNP021位点为Scafford Sme2.5_00216.1的第212971位核苷酸;SmSNP024位点为Scafford Sme2.5_00248.1的第117400位核苷酸;SmSNP027位点为Scafford Sme2.5_00398.1的第277799位核苷酸;SmSNP030位点为Scafford Sme2.5_00474.1的第136912位核苷酸;SmSNP031位点为Scafford Sme2.5_00475.1的第42143位核苷酸;SmSNP035位点为Scafford Sme2.5_00544.1的第40150位核苷酸;SmSNP038位点为Scafford Sme2.5_00632.1的第156023位核苷酸;SmSNP042位点为Scafford Sme2.5_00779.1的第102536位核苷酸;SmSNP045位点为Scafford Sme2.5_00830.1的第42228位核苷酸;SmSNP055位点为Scafford Sme2.5_01033.1的第46774位核苷酸;SmSNP062位点为Scafford Sme2.5_01164.1的第79852位核苷酸;SmSNP078位点为Scafford Sme2.5_01524.1的第79884位核苷酸;SmSNP089位点为Scafford Sme2.5_01952.1的第66166位核苷酸;SmSNP091位点为Scafford Sme2.5_01975.1的第34056位核苷酸;SmSNP094位点为Scafford Sme2.5_02088.1的第33644位核苷酸;SmSNP097位点为Scafford Sme2.5_02188.1的第62177位核苷酸;SmSNP105位点为Scafford Sme2.5_02691.1的第21028位核苷酸;SmSNP107位点为Scafford Sme2.5_02787.1的第8485位核苷酸;SmSNP112位点为Scafford Sme2.5_03121.1的第2761位核苷酸;SmSNP114位点为Scafford Sme2.5_03204.1的第62156位核苷酸;SmSNP119位点为Scafford Sme2.5_03307.1的第12208位核苷酸;SmSNP128位点为Scafford Sme2.5_03875.1的第38662位核苷酸;SmSNP135位点为Scafford Sme2.5_04296.1的第47115位核苷酸;SmSNP140位点为Scafford Sme2.5_04425.1的第7882位核苷酸;SmSNP142位点为Scafford Sme2.5_04541.1的第32932位核苷酸;SmSNP146位点为Scafford Sme2.5_04709.1的第15250位核苷酸;SmSNP151位点为Scafford Sme2.5_04909.1的第36446位核苷酸;SmSNP161位点为Scafford Sme2.5_05907.1的第24257位核苷酸;SmSNP168位点为Scafford Sme2.5_06427.1的第9613位核苷酸;SmSNP173位点为Scafford Sme2.5_06735.1的第10414位核苷酸;SmSNP186位点为Scafford Sme2.5_08231.1的第27728位核苷酸;SmSNP196位点为Scafford Sme2.5_09402.1的第3501位核苷酸;SmSNP201位点为Scafford Sme2.5_09994.1的第15682位核苷酸;SmSNP205位点为Scafford Sme2.5_11259.1的第10354位核苷酸;SmSNP206位点为Scafford Sme2.5_11468.1的第31976位核苷酸;SmSNP216位点为Scafford Sme2.5_18065.1的第3611位核苷酸;SmSNP217位点为Scafford Sme2.5_18208.1的第16094位核苷酸。
茄子分子育种研究进展
茄子分子育种研究进展吴雪霞;查丁石;朱宗文;金海军;李贤【摘要】This paper summarized the recent research advance in the molecular breeding of eggplant (Solanum melongena), which covered genetic diversity, genetic map construction, gene location and purity test, and discussed the prospects of molecular breeding in eggplant.%综述了近年来茄子的分子育种研究进展,包括遗传多样性、遗传图谱构建、基因定位及纯度鉴定等,并讨论了茄子分子标记辅助育种的研究方向.【期刊名称】《江西农业学报》【年(卷),期】2011(023)005【总页数】3页(P66-67,70)【关键词】茄子;分子标记;多样性;育种【作者】吴雪霞;查丁石;朱宗文;金海军;李贤【作者单位】上海市农业科学院园艺研究所、上海市设施园艺技术重点实验室,上海201106;上海市农业科学院园艺研究所、上海市设施园艺技术重点实验室,上海201106;上海市农业科学院园艺研究所、上海市设施园艺技术重点实验室,上海201106;上海市农业科学院园艺研究所、上海市设施园艺技术重点实验室,上海201106;上海市农业科学院园艺研究所、上海市设施园艺技术重点实验室,上海201106【正文语种】中文【中图分类】S641.1茄子(Solanum melongena L.2n=24)是世界各地广泛栽培的重要蔬菜之一,尤以亚洲、非洲、地中海沿岸、欧洲中南部、中美洲等地种植广泛[1]。
中国是世界上茄子种植面积最大的国家,2008年的种植面积约为105万hm2,占世界茄子种植面积的50%以上。
分子标记直接体现被检测个体DNA水平上的差异,具有稳定,不受环境、季节、自然因素的限制,可检测的标记数量极多,遍布整个基因组,对基因座的检测几乎是无限的,因而被应用于遗传多样性分析、遗传图谱构建、基因定位、杂种纯度鉴定等方面。
蒜芥茄SsWRKY1基因克隆及黄萎病病原菌胁迫下表达分析
蒜芥茄SsWRKY1基因克隆及黄萎病病原菌胁迫下表达分析作者:尹梦莹蔚亚楠杜光辉桂敏黎志彬鲍锐龚亚菊吴丽艳来源:《南方农业学报》2022年第04期摘要:【目的】克隆蒜芥茄WRKY1基因(SsWRKY1),并分析其在黃萎病病原菌胁迫下的表达模式,为探究WRKY1基因在野生蒜芥茄黄萎病抗性中的调控机制提供理论参考。
【方法】利用染色体步移技术克隆SsWRKY1基因,通过在线生物信息学软件进行序列分析及构建系统发育进化树;采用GFP融合蛋白表达法对WRKY1蛋白进行亚细胞定位,利用实时荧光定量PCR(qRT-PCR)检测SsWRKY1基因在不同组织及接种黄萎病病原菌后不同时间的相对表达量。
并分析9种野生茄材料接种黄萎病病原菌后的病情指数与WRKY1基因表达变化量的相关性。
【结果】克隆获得的SsWRKY1基因(GenBank登录号MZ846202)ORF序列长度为1224 bp,编码407个氨基酸残基,蛋白相对分子量为44.87 kD,理论等电点(pI)为6.91,属于亲水性不稳定蛋白,亚细胞定位于细胞核,符合转录因子特征。
SsWRKY1蛋白含有2个WRKY保守结构域和C2H2型锌指结构,属于Ⅰ类WRKY转录因子,其二级结构主要由α-螺旋(7.13%)、β-折叠(4.67%)、无规则卷曲(73.71%)和延伸链(14.50%)组成。
SsWRKY1蛋白与番茄、野生潘那利番茄、野生番茄、马铃薯WRKY1蛋白的亲缘关系较近。
SsWRKY1基因在根和茎的相对表达量显著高于叶中的相对表达量(P<0.05,下同)。
黄萎病病原菌接种后不同时间,SsWRKY1基因的相对表达量均低于对照组(无菌水接种),但仅在24 h时二者差异达显著水平。
9种野生茄材料接种黄萎病病原菌后的病情指数与接种前后WRKY1基因表达变化量间呈显著正相关。
【结论】SsWRKY1属于第Ⅰ类WRKY转录因子,序列高度保守,在细胞核中表达,其基因具有组织表达特异性,黄萎病菌胁迫后该基因的表达下调,推测WRKY1在野生茄黄萎病抗性中起负调控作用。
亚洲及非洲茄子种质资源主要农艺性状的遗传多样性分析
亚洲及非洲茄子种质资源主要农艺性状的遗传多样性分析关键词:茄子(SolanummelongenaL.);种质资源;遗传多样性茄子(SolanummelongenaL.)起源于印度及东南亚热带地区,古印度是其最早的驯化地。
茄子约4~5世纪传入中国,栽培历史悠久、种质资源丰富,中国也是茄子的次生起源中心。
丰富的种质资源是茄子种质创新、遗传改良和品种选育的基础,资源评价是种质资源有效利用的前提。
因此,开展茄子种质资源的鉴定评价,掌握茄子各表型之间的相互关系及其密切关联程度,对茄子遗传育种及其相关工作具有重要的指导意义。
1 材料与方法1.1 试验材料供试茄子材料共201份,为湖北省农业科学院经济作物研究所茄果课题组及哈尔滨市农业科学院茄子课题组保存的茄子种质,其中包括普通茄子185份、野生或半野生茄子16份。
上述种质中,国内种质以收集的地方品种和高代自交系育种材料为主,国外种质为近十年通过国际合作项目引进、经6~7代分离纯化的自交系(表1)。
1.2 试验方法试验于2022-2022年在湖北省农业科学院蔬菜试验基地进行。
试验地土壤肥力中等,采用地膜覆盖+膜下滴灌栽培模式,肥水管理与生产相同。
每年10月中旬播种,次年2月下旬定植于塑料大棚中。
每年每份材料种植20株,随机排列,株行距为50cm某60cm,整枝方式为双杆整枝,每份材料调查8~10株。
数据调查者为同一人,性状调查项参照《茄子种质资源描述规范和数据标准》[7]。
共调查茄子的19个植物学性状,这些性状被划分为两类:第I类为质量性状,具体性状及其描述见表2;第II类为数量性状,包括首花节位、株高、株幅、果长、果粗、果形指数、单果重、单株果数、早期产量(小区产量)和单产(小区产量)。
试验设置3次重复,每次重复为1年数据,供分析数据为3年平均值。
应用SPSS19.0软件计算质量性状统计各组的分布频率和变异系数;计算数量性状统计最小值、最大值,计算平均值、变异幅度、变异系数、标准差。
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性条 带 8" 8 4 11条 , 平均为 12条 。对所得到 的 3 3 4个茄子 品种的指 纹 图谱进 行组合 和综合 分析 , 可 以将供 试的 3 4个茄 子品种 区分开来 。 明利用 W R 表 KY 转录 因子 分子标记技 术可 以用以鉴定茄子
种质 资源。 照 UP 按 GMA 法进行 聚类 , 分子水 平上将供试 品种 大体 分为 5个类群 , 从 第一 类群又 可
so s b l c lr make a e n W RKY r n c p in fco .Th e ains i mo g t a ite i n y moe u a r r b s d o ta s r to a tr i e r lto h psa n he v re is we e e au td b r v l ae y UPGMA ,ho n h tt e t se g p a tv rei sc n b ls i e n o fv r u s s wi g ta h e td e g l n a ite a e ca sf d it e go p i i
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茄子品种基于 W R Y转录 因子 的 K
指纹 图谱构建及遗传相似 性分析
牛艳 秀 赵 福宽 孙 清鹏 杨 爱珍
( 北京农 学院 生物技 术 系 北京 1 2 O ) O 2 6
摘要 :应用 W R KY转 录 因子分 子标记 构建 3 4个茄子 品种 的指纹 图谱 及进 行遗传 相似性 分析 , 筛 选 出 5对 多态性 高的 引物进 行 P K 扩 增 , C 结果 显示 , 增 多态性 带 6 3条 , 对 引物检 测 到 多态 扩 6 每
分为 2个 亚类群 . WRKY 转录 因子 分子标记 分类与传 统的 以果形或果 皮颜 色单 一形 态学性 状为基 础 的分类没 有直接 的相 关性 。
关 键 词 : 子 ; 录 因 子 ; 子 标 记 ; 纹 图 谱 ; 类 分 析 茄 转 分 指 聚 Esa l h t bi me to ig r r t g a d Ie t ia in o s n fFn e p i i n n ic t f nn d f o