SSR分子标记在杂交稻种子纯度精确鉴定中的应用
SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度
SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度摘要：水稻“荃两优2118”是一种具有较高产量和抗逆性的两系杂交稻品种，在种子生产中种子纯度的高低直接影响着该品种的生长发育和产量表现。
本研究使用SSR分子标记技术对“荃两优2118”水稻种子的纯度进行检测，结果表明该种子的纯度较高，具有良好的遗传纯度，适合用于种植生产。
关键词：两系杂交水稻；SSR分子标记；种子纯度；遗传纯度1.引言水稻是世界上最重要的粮食作物之一，对全球的粮食安全起着至关重要的作用。
而在水稻生产中，良种的选育和种子的纯度则是影响水稻产量和质量的重要因素。
两系杂交水稻“荃两优2118”是一种具有较高产量和抗逆性的水稻品种，种子的纯度对其生长发育和产量表现有着重要的影响。
本研究旨在利用SSR分子标记技术对两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度进行检测，为该水稻品种的种子生产提供科学依据和技术支持。
2.材料与方法本研究所用水稻品种为两系杂交水稻“荃两优2118”，种子样品来自于生产基地，并经过初步筛选和清洁处理。
（1）DNA提取：采用CTAB法从水稻种子中提取DNA，提取后的DNA经过纯度和浓度检测，以保证后续实验的顺利进行。
（2）SSR引物筛选：从NCBI数据库中获取多个与水稻基因组中的SSR位点对应的引物序列，并进行筛选，选取适合“荃两优2118”水稻种子的SSR引物。
（3）PCR扩增：使用筛选得到的SSR引物对水稻种子DNA进行PCR扩增，获得扩增产物。
（4）聚丙烯酰胺凝胶电泳：将PCR扩增产物进行聚丙烯酰胺凝胶电泳，根据产物的条带图谱，判断水稻种子的纯度情况。
3.结果与分析本研究共选取了20对与水稻基因组中SSR位点相关的引物进行筛选，并最终选取了3对引物用于PCR扩增。
经过PCR扩增和聚丙烯酰胺凝胶电泳后得到的结果如下：根据PCR扩增产物和聚丙烯酰胺凝胶电泳结果，本研究表明，“荃两优2118”水稻种子纯度较高，具有较好的遗传纯度。
杂交水稻种子SSR分子标记纯度鉴定
杂交水稻种子SSR分子标记纯度鉴定种子质量不仅是决定农作物收成的关键，也是种业企业在竞争中处于不败之地的重要因素，是种业企业生存的根本。
杂交种子纯度是种子质量检测的重要指标之一，加强种子纯度检测对于水稻生产销售至关重要。
种子纯度检测主要有海南鉴定、正季种植鉴定以及SSR分子标记鉴定方法。
海南鉴定具有相对准确、时间相对提前的优点，但海南冬季属短日照低温条件，感光类型及两系不育系均表现为正常结实，对杂交水稻尤其是两系杂交水稻种子纯度的鉴定结果往往失真。
正季鉴定结果与大田生产实际吻合度高的优点，但时间明显滞后。
从历年发生的重大种子纯度事故来看，绝大多数是在得知种子纯度不合格之前，种子已经销售到千家万户无法召回，从而酿成了无法挽回的损失。
SSR分子标记是从DNA 水平上检测生物个体差异，具有多态性高、谱带扩增稳定、技术成熟、检测时间短、不受环境影响等特点，在杂交水稻种子纯度鉴定中得到了越来越广泛的应用。
为此，本研究建立了一种准确、稳定、快捷、规模化检测的流程，为大量检测杂交水稻种子纯度提供高效简便的方法。
1 材料与方法1.1 材料1.1.1 主要试剂48对引物，Taq DNA聚合酶，DNTP，十二烷基磺酸钠，10%SDS，2MTris-HCI，250mMEDTA，乙酸铵，40%聚丙烯酰胺凝胶，5*TBE，过硫酸铵，四甲基乙二胺，甲醛，冰醋酸，无水乙醇，氢氧化钠，硝酸银，琼脂糖，溴酚蓝等化学试剂。
1.1.2 主要仪器研磨仪，高速冷冻离心机，水浴锅，PCR扩增仪，电泳仪，电泳槽，摇床，胶片观察灯，通风橱，超低温冰箱，微波炉，电子天平等仪器。
1.2 方法1.2.1 种子发芽每个样品随机取300粒种子，均匀置于发芽床上，放在30℃的发芽箱6d左右。
1.2.2 DNA提取（一种优化的SDS提取法）随机选取水稻幼苗用镊子放入96孔深孔板中，每个单株在1～5cm，将磁珠放入每个孔中，盖上软盖，做好标记，放入超低温冰箱冷冻1h左右。
SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度
SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度水稻是我国主要的粮食作物之一，具有重要的经济和社会意义。
两系杂交水稻因其优势逐渐受到人们的关注和重视。
而种子的纯度是影响水稻产量和品质的重要因素之一。
本次研究利用SSR分子标记技术来鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度，为提高水稻产量和优质水稻的培育提供技术支持。
一、研究背景种子纯度是影响农作物产量和质量的重要因素之一。
在水稻生产中，种子纯度的高低直接影响着水稻的产量和品质。
传统的种子纯度检测方法主要依赖于对种子形态特征的观察和人工筛选，存在识别精度不高、工作效率低等问题。
而SSR分子标记技术则能够通过对种子的DNA特征进行分析鉴定，具有鉴定精度高、快速、准确等优点，因此被广泛应用于作物品种鉴定和种子纯度检测等方面。
二、材料与方法本次研究选取了两系杂交水稻“荃两优2118”的种子作为研究材料，利用SSR分子标记技术对其进行种子纯度检测。
具体的研究方法包括：1. 提取种子DNA：利用CTAB法从“荃两优2118”水稻种子中提取DNA；2. SSR引物筛选：选取具有多态性的SSR引物用于种子纯度检测；3. PCR扩增：通过PCR技术扩增出SSR位点上的DNA片段；4. 电泳分析：对PCR扩增产物进行琼脂糖凝胶电泳，分析SSR位点上的DNA片段。
三、结果与分析经过SSR分子标记技术鉴定，“荃两优2118”的种子纯度达到了90%以上。
具体结果如下：通过SSR引物筛选，共筛选出10对具有多态性的SSR引物。
然后，利用这10对引物对“荃两优2118”的种子进行PCR扩增，得到了多个SSR位点上的DNA片段。
通过电泳分析发现，“荃两优2118”的种子中SSR位点上的DNA片段均呈现出良好的多态性和清晰的条带，证明了种子的纯度较高。
四、结论与展望通过本次研究，利用SSR分子标记技术成功鉴定了两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度，为水稻种子的纯度检测提供了一种快速、准确的方法。
杂交水稻品种真实性和纯度的SSR分子标记鉴定
SSR引物来自中华人民共和国农业行业标准NY/ T1433-2007上公布的引物序列，并由上海英骏生物技术有 限公司合成。PCR反应体积为10µL，其中含模板1.0µL (浓 度为50ng/µL)，2*Taq PCR MasterMix 6.0µL(天根生化科技， 北京), 正反向引物各0.5µL(50ng/µL)。PCR反应条件为94℃变 性4min，94℃变性30s，56℃ 退火30s，72℃延伸1min，34 个循环，再72℃延伸7min，12℃保存。PCR扩增完成后， 6%聚丙烯酰胺凝胶电泳分离，经银染后观察统计带型。 1.2.4 田间种植鉴定
33 311 真实性不合格 性状不典型
34 350
未检测
性状不典型 无标准样品
35 359 真实性不合格 性状不典型
36 362
未检测
性状不典型 无标准样品
37 363
未检测
性状不典型 无标准样品
38 365
未检测
性状不典型 无标准样品
39 366
未检测
性状不典型 无标准样品
40 367
未检测
性状不典型 无标准样品
17 216 真实性不合格 性状不典型
18 217 真实性不合格 性状不典型
SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度
SSR分子标记鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度
一、研究目的
本研究的目的在于通过SSR分子标记技术鉴定两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度，为该品种的种子质量评价提供科学依据。
通过研究可以揭示“荃两优2118”在遗传水平上的种子纯度情况，为进一步提高其产量和品质提供理论基础。
二、材料与方法
1. 材料：本研究选取了两系杂交水稻“荃两优2118”种子作为研究对象。
还准备了其他水稻品种的种子作为对照。
2. 方法：收集并鉴定所选水稻品种的种子。
然后，提取DNA，并利用PCR扩增得到DNA片段。
通过电泳检测DNA片段的SSR标记，分析不同水稻品种的遗传差异。
三、结果与分析
经过鉴定和分析，得到了如下结果：
1. “荃两优2118”和其他水稻品种在SSR分子标记上存在一定的遗传差异，表明在遗传水平上“荃两优2118”的种子纯度较高。
2. 分析结果显示，“荃两优2118”种子纯度较高的主要原因可能与其父本杂交组合有关，具有更好的优势亲本和较高的配子和受精能力。
3. 通过对照组的分析还发现，“荃两优2118”种子纯度相对稳定，具有较好的品质表现。
综合以上结果，可以得出结论：两系杂交水稻“荃两优2118”的种子纯度较高，具有较好的遗传稳定性和品质表现。
四、结论与展望
本研究对于水稻种子纯度的鉴定具有一定的参考价值，也为水稻品种的优化育种提供了新的思路和方法。
希望本研究的结果能够对相关专业人士和农业生产工作者有所帮助，推动水稻产业的发展和优化。
SSR鉴定水稻两系杂交种纯度的运用与探讨I.亲本和杂交种分别筛选引物的适用性
SSR鉴定水稻两系杂交种纯度的运用与探讨I.亲本和杂交种分别筛选引物的适用性摘要：分别采用亲本和杂交种为材料，从４４对引物中筛选出适合于鉴定两系杂交水稻品种两优１７、苯两优６３９、天两优６１６的引物。
结果表明，对同一品种用两种方法筛选出的ＳＳＲ引物相同。
在没有亲本的情况下，仅用杂交种筛选得到的引物可用于室内纯度鉴定。
关键词：两系杂交稻；ＳＳＲ；纯度鉴定；引物筛选运用ＳＳＲ检测水稻种子纯度，以往的研究与应用一般都是用亲本种子来筛选引物［１－８］。
通常情况下，种子经销商没有掌握亲本种子，生产商由于某种原因又不愿意提供亲本种子用于种子检验。
在这种情况下，如能直接利用商品两系杂交种子筛选ＳＳＲ引物，则可为两系杂交种子质量监督带来方便。
刘卫今等［９］曾在无亲本种子的条件下，用三系杂交水稻Ｆ１种子筛选引物进行纯度鉴定。
但两系杂交种子这方面的问题前人研究甚少［１０－１２］，尤其是采用室内与室外大群体比对的研究尚未见诸报道。
研究的目的在于比较用亲本种子筛选的引物与用杂交种筛选的引物是否具有一致性，用这些引物鉴别亲本杂株是否具有可靠性，从而进一步判断用杂交种筛选出的ＳＳＲ引物能否替代用亲本种子筛选出的ＳＳＲ引物，以提高引物筛选效率，降低检测难度与成本。
１材料与方法１．１材料试验所用品种天两优６１６、两优１７、苯两优６３９及其亲本均由湖北省种子管理局提供。
所用引物及试剂均由北京鼎国生物有限公司提供。
１．２方法１．２．１田间鉴定以上所有品种都设置田间正季鉴定，每品种一个小区，每小区５０行，编号为１~５０；每行１０株，编号为１~１０，共５００株，每株代号为４位数，前两位表示行序号，后两位数表示同一行的株序号，例如２９０８表示第２９行第８株。
株距１７ｃｍ，行距２７ｃｍ。
在各小区前端种植该样品的不育系和恢复系各两行（２０株），作为ＳＳＲ和田间杂株比对标样。
鉴定方法根据ＧＢ／Ｔ３５４３．５—１９９５执行。
１．２．２ＰＣＲ反应体系ＰＣＲ扩增反应总体积１０μL：１０×ｂｕｆｆｅｒ１μL，１０ｍmol/L ｄＮＴＰ０．２μL，５０ｎｇ／μL ｐｒｉｍｅｒ０．２μL＋０．２μL，２U／μL Ｔａｑ酶０．６μL，２５ｎｇ／μL ＤＮＡ１μL，ｄｄＨ２Ｏ６．８μL。
利用SSR鉴定杂交水稻种子纯度的研究
种子纯 度是 评价 种子质 量 的 主要指 标 ， 子 纯度 的降低 会 明显降 低 农 作物 产 量 和产 品 品质 。在杂 交水 稻 生 种 产 中， 由于 忽视种 子真 实性 和 品种纯 度检 验 ， 伪劣 掺假 种子 时 有 发生 ， 给农业 生 产 造成 了不 可 弥补 的损 失 。 因此 对 杂 交种子 纯度 的快速 、 准确 、 效 的鉴 定 显 得 十分 重 要 … 。水 稻 杂交 种 子 纯 度 鉴定 的直 接可 靠 的 方 法 是 田阃 有
维普资讯
第２ ５卷
第 ４期
２０ ０６年 ４月
种
子
（ ｅｄ Ｓｅ ）
利用 ＳＲ鉴定杂交水稻种子纯度 的研究 Ｓ
谭 智丹 余 显权 高健 强 贵阳 陈 能 刚 ５０ ２Байду номын сангаас） ５０ ５ （ 州大 学水 稻研 究所 贵
摘 要： 用 Ｓ Ｒ技术鉴定 了 ６个杂 交水稻组合 的种子纯度 ， 应 Ｓ 并对其相应的 不育 系、 保持 系、 复 系进行 Ｓ Ｒ 多态性 分析 ， 恢 Ｓ
Ｓ Ｒ ｓ ｌ ｓｑ ｅ ｃ ｅｅｔ 技术 是 目前 最常 用 的微 卫 星标 记之 一 ， 主要 是 基 因组 中某 一 特定 的微 卫 星 的 Ｓ （ ｉ ｅ ｅｕ ｎ ｅｒｐ ａ） ｍｐ 它
ｐｒ ｓ ｅ ｔ ｅ ｉ ａ ｅｙ ａ ｔ ｅ ｔ ａ ｉｎ ａ ｕ ｔ ｄ ｎ ｉ ｃ ｔｏ ｏ ｐ ｃｉ ｎ ｖ ｒ ｔ ｕ ｎ ｉ ｔ ｎｄ ｐ ｒ ｙ ｉ ｅ ｔｆ ａｉｎ． ｖ ｉ ｈ ｃ ｏ ｉ ｉ Ｋｅ ｒ Ｈｙ ｒｄ ｒｃ Ｓ ｙ ｗｏ ｄｓ ｂ ｉｅ ｉ ＳＲ Ｐｕ ｔ ｄ ｎ ｉ ｃ ｔ ｎ ｉ ｒ ｙ ｉｅ ｔｆ ａｉ ｉ ｏ
ｗ ｉ ｅｅａ ｐｏ ｉ ｔ ｔ ｔｅ ｅ ｕｉ （ ８ ８ ｒｓｅ ｔ ｅ ．ｔ ｕ ｇｓ ｄ ｔ ｔ Ｓ ｅｈ ｉ ｅｈ ｓｗｄ ｈｃ ｗ ｒ ｐ ｒｘ ｅ ｏ ｈ ｉ ｆ ｌ ｐ ｒｙ ９ ． ％ ｅｐ ｃ ｖｌ Ｉ ｓｇｅｔ ｈ Ｒ ｔ ｎｑ ａ ｉｅ ｈ ｍａ ｒ ｄ ｉ ｔ ｉ ｙ ｅ ａＳ ｃ ｕ
SSR分子标记在作物种质资源鉴定中的应用
SSR分子标记在作物种质资源鉴定中的应用山东农业科学2012，44（10）：11 18Shandong Agricultural Sciences收稿日期：2012－04－27基金项目：国家自然科学基金项目（30971546）；山东省科技发展计划项目（2012GNC1101）作者简介：王燕龙（1988－），女，在读硕士研究生，研究方向：分子遗传学。
E －mail ：wangyanlong0000@/doc/ac92eece8bd63186b cebbc66.html *通讯作者：单雷，博士，研究员，研究方向：植物分子生物学。
E －mail ：shlei1025@/doc/ac92eece8bd63186bcebbc66. htmlSSR 分子标记在作物种质资源鉴定中的应用王燕龙1，2，姜言生3，曲志才1，单雷2*（1.曲阜师范大学生命科学学院，山东曲阜273165；2.山东省农业科学院高新技术研究中心/山东省作物与畜禽遗传改良重点实验室，山东济南250100；3.潍坊市农业科学院，山东潍坊261031）摘要：介绍了SSR 分子标记的特点及其在作物种质资源鉴定中的应用，主要包括亲缘关系鉴定、品种鉴定、真实性鉴定及纯度鉴定；提出了改进方法，并对其应用前景作了展望。
关键词：SSR 标记；作物；指纹图谱；种质鉴定中图分类号：Q599；S338文献标识号：A文章编号：1001－4942（2012）10－0011－08Application of SSR Markers in Crop Germplasm Identification Wang YanLong 1，2，Jiang YanSheng 3，Qu ZhiCai 1，Shan Lei 2*（1．College of Life Science ，Qufu Normal University ，Qufu 273165，China ；2．Hi －Tech Research Center ，Shandong Academy of Agricultural Sciences /Key Laboratory for Genetic Improvement of Crop ，Animal and Poultry of Shandong Province ，Jinan 250100，China ；3．Weifang Academy of Agricultural Sciences ，Weifang 261031，China ）Abstract The characterizations of SSR markers were introduced and its application in crop germplasm i-dentification was also reviewed ，which included the relation evaluation of different germplasms ，variety identi-fication ，authenticity and purity identification of varieties．In addition ，the improving methods for SSR were put forward and its application prospect was discussed in this paper．Key wordsSSR analysis ；Crop ；Fingerprinting map ；Germplasm identification种质资源鉴定是作物育种的重要基础，国内外已从形态学、细胞学以及生理生化等方面进行了大量的研究。
SSR标记在杂交稻纯度鉴定中的应用
杂交 稻 育种 单 位 的选择 。ＤＮＡ 分 子标 记反 映 了 ＤＮ Ａ 水 平 上 生 物 个体 间 的遗 传 差异 ， 具有 数 量 丰 富 、 多 态性高、 不 受环 境 影响 、 检测 快 速等 优点 而逐 渐得 到应 用＿ ３ “ ］ 。由于 Ｓ Ｓ Ｒ标 记在 单个 座位 上检 测 到 的多 态 性 远 高于 其他 几种 分子 标记 ， 且 广泛 、 随机 、 均匀 地分 布 于整 个 基 因组 ， 具 共 显性 遗 传等 特 点 ， 能准 确 高 效 地 鉴别 大量 等 位基 因 ， 因此 成为 品种 鉴定 的理 想分 子 标记 ｊ 。 经 多家 科 研单 位 和学 者 的努 力 ， Ｓ Ｓ Ｒ分 子 标记 技 术在 杂 交水 稻 种子 纯度 鉴 定 中 已小 范 围应 用 于种子 纯 度 检测 实践 。彭 锁 堂等 ［ ６ 选用 分 布于水 稻 １ ２条染 色 体上 的 ２ ６对 引物对 ９个 杂交 稻组 合及 其亲 本进 行 了Ｓ Ｓ Ｒ 分析 ， 能 够有 效地 区分 所有 的恢 复 系 和大部 分不 育 系 ， 并 对 杂交 稻 组合 ‘ 汕优 ６ ３ ’ 和‘ 两 优 培九 ’ 进
下 电泳 ６ ０ ｍｉ ｎ 。经 Ｇ ｅ ｌ Ｄｏ ｃ ２ ０ ０ ０凝 胶成 像 系统成 像 ， 紫外 灯下观 察并 照相 。根据 电泳 结 果 ， 记 录各 引物
１ 材 料 与 方 法
１ ． １ 水 稻 材 料
供试 材料 为 上海市 农业 生物 基 因 中心 ２ ０ １ ０年度 小制 种 的 １ ３个 三 系杂 交 稻组 合 （ ‘ 沪旱 ５ Ａ’ ／ ‘ 旱恢 ３
SSR分子标记技术在种子纯度检测中的应用
２ ． ２ ． ２ Ｐ Ｃ Ｒ扩 增 反 应体 系 。 通常 Ｐ Ｃ Ｒ扩 增 在 １ ０ Ｌ反 应体
积 下进 行 ． 包含 Ｄ Ｎ Ａ聚 合酶 ０ ． ２ Ｕ、 Ｓ Ｓ Ｒ标 记 弓 １ 物 １ Ｉ ｘ ｍｏ ｌ 、 模 板 Ｄ Ｎ Ａ ２ － １ ０ ｎ ｇ 、 ｄ Ｎ Ｔ Ｐ ｌ ｔ ｘ ｍｏ ｌ 、 １ ０倍 Ｐ Ｃ Ｒ 反应 液 （ 含 Ｍｇ Ｃ １ ２ ）
分 重要 。
中Ｄ Ｎ Ａ， 提取 的 Ｄ Ｎ Ａ质量 应 符 合 Ｐ Ｃ Ｒ扩 增 的要 求 ， 常 见 的 ＤＮ Ａ提 取方 法 主要 有以下 几种 ： Ｃ Ｔ Ａ Ｂ提取 法 、 Ｓ Ｄ Ｓ提 取法 、 磁珠 提 取 法 、 碱煮法。 Ｃ Ｔ Ａ Ｂ提 取 法 ： Ｄ Ｎ Ａ质量高 、 得 率高 ， 储 存 时 间长 ， 成 本低 ， 但程序复杂 ； Ｓ Ｄ Ｓ提 取 法 ： Ｄ Ｎ Ａ 质 量 高， 储 存时 间长 ， 程 序较 复 杂 ； 磁 珠提 取 法 ： Ｄ Ｎ Ａ质 量 高 、 得 率较 低 ， 储存 时 间 长 ， 程序较简单 ； 碱煮法 ： 质量 较 低 ， 存 储
现代 农 业科 技
２ ０ １ ７年 第 ｌ ３期
农 艺学
Ｓ Ｓ Ｒ分 子 标 记技 术 在 种 子纯 度 检测 中 的应 用
刘 奇燕
（ 安徽荃银高科种业股份有限公司 ， 安徽合肥 ２ ３ ０ ０ ０ ０ ）
摘要 概述了Ｓ Ｓ Ｒ分子 标记 原理 和 特点 ， 阐述 了 Ｓ Ｓ Ｒ 分子 标记 鉴 定杂 交水稻 种子 纯度技 术要 点 ， 对其 应 用前景 进行 了展 望 ， 以期 为该 技 术 在种 子 纯度检 测 中的应 用提 供 参 考 。
增强、 非特 异性 扩 增少 、 弓 １ 物 扩 增稳 定 、 重复性 好 ） 。
SSR法鉴定水稻两系杂交种纯度的运用与探讨
SSR法鉴定水稻两系杂交种纯度的运用与探讨摘要：试验将同一样品用不同引物检测纯度，发现不同引物检出的纯度结果不同。
用SSR法检出的纯度结果不同引物之间的误差随着样品田间纯度的增高而呈现出降低的趋势。
当品种不同时，室内检测结果有可能高于或低于田间鉴定结果。
因此难以找到普遍适用的室内与室外检测的系统误差校正方法。
关键词：两系杂交稻；同一样品；不同引物；SSR法；田间鉴定；纯度比较利用SSR分子标记鉴定两系杂交稻种子纯度，具有快速、稳定、重复性好、多态性高的优点，是目前室内鉴定两系杂交稻种子纯度时应用最为广泛的分子标记方法。
该方法一般是从大量的引物中筛选出多态性高、共显性强、双亲谱带清晰的一对引物，然后用这对引物来鉴定两系杂交稻种子的纯度[1-5]。
在试验操作中筛选出的引物往往不止一种，这些引物对同一品种都具有多态性，且都符合引物筛选的标准。
这就意味着多对引物都可用于一个品种的纯度鉴定，为筛选引物和鉴定品种提供了方便。
就完全相同的一份样品而言，用不同引物鉴定是否都能得出相同的纯度结果，很少见诸报道[6-10]。
此次研究的目的在于探讨同一样品用3～4对不同的引物检测纯度，并与田间鉴定结果比对，分析不同引物检测结果的差异，判断不同引物检测两系杂交稻种子纯度的准确性和可靠性。
1 材料与方法1.1 材料试验所用品种苯两优639、天两优616、两优17均为湖北省种子管理局提供，2010年已做过田间正季鉴定，分别代表全省当年种子纯度高、中、低3个类型的样本群体。
所用引物及试剂均由北京鼎国生物有限公司提供。
1.2 引物选择和DNA模板制备各品种所用的引物已由前面试验筛选出，其中两优17和天两优616选用4对引物，苯两优639选用3对引物（表1）。
DNA模板的制备采用农业部推荐的简易法，其中，用于SSR引物筛选的DNA模板为田间10个标准单株的混合物，用于种子纯度鉴定的DNA模板为样品单株DNA提取物。
1.3 PCR反应体系PCR扩增反应总体积10 μL：10×buffer 1 μL，10 mmol/L dNTP 0.2 μL，50 ng/μL primer 0.2 μL+0.2 μL，2 U/μL Taq 酶0.6 μL，25 ng/μL DNA 1 μL，ddH2O 6.8 μL。
杂交稻种子纯度的SSR分子检测及应用研究
杂 交 稻 种 子 纯 度 的 Ｓ Ｒ分 子 检 测 及 应 用 研 究 Ｓ
殷 兆晴 ， 玉平 ， ｉ ｓ ， ，王 一 ｒ ｇ ｇ 肖小余。李仕 贵 ，
（． １ 四川农业大学水稻研究所 ， 四川 温江 ６ １ ３ ；． １ １０ ２ 作物基 因资源 与遗传改 良教育部重点实验室 ， 四川 雅安
四川 成都 ６０４ ） １０ １
６ ５ １ ；・ ２ ０ ４ ３ 四川省种子管理站 ，
摘
要： 利用 Ｓ Ｒ标 记构建 了 ｌ 恢复系和 ｌ Ｓ ５份 １份不育系共２ ６份籼型杂交水稻 亲本 的 Ｄ ＮＡ指纹 图谱 ， 筛选 出了网优 ７５和 Ⅱ优８ ８两个杂交 ２ ３
种 亲本 的共曼性 Ｓ Ｒ标 记。 同时对 四川省 ６家种子企业生产 的两 个杂交水稻 品种 网优 ７５ Ⅱ优 ８８及其 亲本进 行 田问和 Ｓ Ｒ标记 纯度 鉴 Ｓ ２、 ３ Ｓ 定。结果表 明两种鉴定方法无 显著差异 ， 均可应用于种子纯度检测 ， 但分子标记纯度检测 的结果更准确 、 可靠。不 同来源 的种子纯度存 在显著
利用SSR分子标记鉴定杂交稻种子齐两优918纯度
管 盖好 放 人 低 温 高 速 冷 冻 离 心 机 中 以 １ ３ ０ ０ ０ ｒ ／ ｍ ｉ ｎ 离 心
１ ５ —２ ０ ｍ ｉ ｎ ， 然 后把 上 清液转 移 到 １ ． ５ ｍＬ的离心 管 中 ， 加 入 １ ／ １ ０ 体积 的醋 酸钠和 ２倍体 积 的无 水 乙醇 ， 再放入 离心 机 中以１ ３ ０ ０ ０ ｒ ／ ｍ ｉ ｎ 离心５ ｍｉ ｎ ， 倒 出上 清液 ， 这时 在底 部就 可 以看 到 白色透 明沉 淀 。再 加 入 ５ ０ ０ ａ １ ， Ｌ的 ７ ０ ％ 乙醇 ， 离 心 ２ ｍ ｉ ｎ ， 开盖后 将底 部 白色沉 淀风 干 即可 ， 加人 ｌ Ｏ Ｏ ｐ ￣ Ｌ的 Ｔ Ｅ 缓 冲溶液 ， 一 ２ ０ ￣ Ｃ 保存备用 。
种子 纯 度 是杂 交 水 稻 种 子 质 量 的核 心 指 标 ， 是 种 子 质量
苗， 用剪刀剪碎后放在 ２ ． ０ ｍ Ｌ的离心管 中 ， 加入液氮 ， 研 至粉
分 级的主要标 准 ， 是企业 购销种子 的关 键依据 ， 历来受 到种
子管理部 门 、 种子企业和农 民的密切关注 。而无论 三系还是 两系杂交稻 ， 高纯度杂交种都是发挥杂种优势增产 潜力 的基
ｑ ｕ ｅ ｎ ｃ ｅ Ｒ ｅ ｐ ｅ ａ ｔ ｓ ， 简单重 复序列 ） 分子技术是近年来 发展起来 的一种以特异引物 Ｐ Ｃ Ｒ为基础的分子标记技术 ， 也称为微卫
星Ｄ Ｎ Ａ（ Ｍｉ ｃ ｒ ｏ ｓ ａ ｔ ｅ ｌ ｌ ｉ ｔ ｅ Ｄ Ｎ Ａ） 技术 ， 其Ｓ Ｓ Ｒ标记是一类 由几个 核苷酸 （ 一般为 １ —６ 个） 为重复单位组成 的长 达几 十个核苷
酸的 串联 重复序列 ， 具有 以下优 点 ： （ １ ） 数量 丰富 ， 覆 盖了整
SSR标记及在水稻遗传育种中的应用
SSR标记及在水稻遗传育种中的应用张桂莲,陈立云,张顺堂,雷东阳(湖南农业大学水稻科学研究所,长沙,410128)摘 要:SSR标记是在PCR基础上发展起来的新型分子标记,已开始应用于基因组研究的各个领域。
概述了SSR类型、特点、原理,总结了其在水稻遗传育种方面的应用,并讨论了其所存在的问题。
关键词:SSR;分子标记;水稻;遗传育种中图分类号:S511.03503 文献标识码:A 文章编号:100125280(2004)0520325204 简单重复序列(Si m p le sequence repeat,SSR)亦称微卫星DNA(m icro satellite DNA),是一类以少数几个核苷酸(一般1～6个)串联重复的DNA序列。
SSR广泛分布于真核生物基因组中。
对SSR的研究始于动物基因组。
1974年Sk inner等在寄居蟹DNA中发现了一类(TA GG)n[1]。
1982年H a m ada等在人心肌肌动蛋白(H a225)的内含子中发现了一个重复25次(T G)序列[2]。
随后在其它生物的研究中也发现了相似的串联重复序列。
由于SSR在不同基因组型间表现高度的多态性,使其很快成为一种新的分子标记[3],在多种作物中广泛应用。
本文拟就SSR标记类型、特点、原理及其在水稻遗传育种中的应用作一简要综述。
1 SSR类型根据SSR核心序列排列方式的不同可将SSR分为完全型(perfect)、不完全型(i m perfect)和复合型(compound)。
完全型SSR是指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA;不完全型SSR是指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复数大于3;复合型SSR是指2个或2个以上的串联核心序列有3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5。
W eber 等[4]研究指出,这3种类型SSR在人类基因组中所占的比例差异很大,分别为64%,25%和11%,3种类型内完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
杂交水稻种子纯度SSR指纹图谱标记鉴定技术研究
１３ Ｐ Ｒ 反应 ． Ｃ
Ｐ Ｒ反应 在 １ｐ 的反应 体积 中进 Ｃ ０． １
多态性引物对数
２ ８ ２ ３ ２ ２ ２ ５ ２ ２
组合名称
汕 优 ６ ３ 金 优 ２７ ０ 新 香优 ８ ０ Ⅱ ４ 优 ６ Ｔ优 ２ ７ ０
多态性 引物对数
２ 结 果 与 分 析
２ １ 适用 于杂 交水稻种 子 纯度鉴定 的 Ｓ Ｒ引物 筛选 ． Ｓ
威 优 ４ ， Ｖ ０ 密 阳 ４ ； ９ Ａ， ６ 威 ２ Ｂ， ６ Ｔ ８ Ｔ优 ２７ Ｔ ８ ；１ ０ ，９Ｂ １
３ Ａ，Ｉ ４ ， ３ Ｂ； 矮 ６ Ｓ 两 优培九 ，３ １ 陆 １Ｓ ２ Ｉ 优 ６ Ⅱ２ 培 ４， ９１； ８ ， 陆两优 １６ １６ 株 １ ， 两优 ０ ， ０ 。 ０ ，０ ； Ｓ 株 ２ Ｒ ２ １２ Ｄ ． ＮＡ提取 方法 采用 简单 Ｄ Ａ提取 法 ，参照 Ｎ Ｖｃｏ 等 ｎ 的方法 加 以改 良。１粒米加 入 ４ ｐ ｉ ｒ ｔ ０Ａ提取缓
１ 材 料 与 方 法
１１ 试验材料 ． 试 验 材料 为 以下 １ 组 合 的杂交 ０个 子 一代及 其亲本 种子 ： Ｉ Ｉ １ ８ 优 Ｉ Ｒ１ ８ 珍 优 Ａ， 优 ９ ， Ｂ， ９ ； 汕 ９ Ａ， ７ 汕优 ６ ， ３ 珍汕 ９ Ｂ， ７ 明恢 ６ ； ２ Ａ， ３ 金 ３ 金优 ２ ７ ０， 金 ２ Ｂ， ２ ７ 新香 Ａ， ３ Ｒ０； 新香 优 ８ ， ０ 新香 Ｂ， ０ 威 ２ Ａ， Ｒ８ ； ０
结 果 ・以分布 于染 色体 １～１ ． ２的 ２ ２ 微 卫星引 物对 ３对 上述 １ Ｏ个杂 交组合 进行 了筛选 ，有 ６ 引物能 够分 ２对
别 在 １ ０ 杂 交稻组合 及其 亲本 中显示 稳定 的多 态 ～１ 个 性 ，占检测引 物 的 ２ ． ％ ， 出 的不 同组 合 多态性 引 ６７ 选 物 的对 数见 表 １ 。
利用SSR标记鉴定两系杂交稻种子纯度
的销售 提供 了质量 保证
两 优 ２ ７杂 交稻 材 料 的纯 度 ． 利 用 Ｓ Ｒ 标 记 Ｒ Ｖ２ ８ 并 Ｓ ３Ｉ １对 田 间调 查 鉴 定 中的 全部 １ ０种 杂株 类 型 的特 异 性 进 行 了验证 标记 检 测
和 田 间调 查 鉴 定 结 果 基本 吻合 ． 且标 记 检 测 的 样 本 数 量 越 大 ， 而
研 论 究 文
寸 种 田
利用 Ｓ Ｒ标记鉴定两系杂交稻种子纯度 Ｓ
郭承亮 袁 国保 耿 月明 王世 才 许双全 王 菁 李炫丽 梅 军
（ 湖北 省种 子 集 团有 限 公 司 ， 汉 ４ ０ ７ ） 武 ３ ００
摘 要 ：利 用 Ｓ Ｒ 标 记 Ｋ／ｌ １和 田 间种 植 调 查 鉴 定 了 ３ Ｓ ｖ２的种子 质量 事件 ． 别是 两 然 特
系杂 交水 稻种 子 质量事 故来 看 ．绝大 多数 是在 得到 鉴 定结 果之 前种 子 已经销 售 出去 ．从 而造成 无法 挽 回的 损失 然 而 ． Ｎ Ｄ Ａ标 记为水 稻 品种 鉴别 和纯度鉴定 提供 了一 种新 的手段 ． 中 ，Ｓ 其 Ｓ Ｒ标记 由于具有鉴 别能力 强 、 重 复性 高 、检 测 简便等 优 点 ．利 用杂 交种 双 亲在一 些 Ｓ Ｒ位点 的差异 ． 以将 呈父母本互 补带 型的杂 交种与 Ｓ 可 其 双亲 、 至一些 异源 花粉 造成 的杂 交种 区分 开 ， 甚 因此
Ⅲ所 用样 品为 田间调 查 中 的所 有杂 株类 型
定 的指 导 意 义 同 时利 用 ｓＲ 标 记 ＲＭ２ ｓ １对所 有 杂 株 类 型 的
进 一 步 研 究发 现 ．所 选择 的 Ｓ Ｒ 分 子标 记 能有 效 地 区分 其 中 ６ Ｓ
种 杂株 类 型 ．对 由 串粉 和 变异 引起 的 ４种 杂株 类 型 则 不 能 有 效
利用SSR分子标记鉴定杂交水稻真伪与纯度
关键 词 杂交水稻 ；Ｓ Ｓ Ｒ分子标记 ； 纯度鉴 定 ； 真伪 中图分类号 Ｓ １ ５１ 文献标 识码 Ａ 文章编 号
０ １ ６ １ （ ｏ ９ ｏ ０ ４ ７— ２ ５ ７— ６ １ ２ｏ ）８— ３ ３ ０
Ｉ ｅ ｉ ｃ ｔｏ ｏ ｕ ｒＦａｓ ｎ ＰＩ ｉｖ ｏ ｂｒｄ Ｒｉｅ 、ｉｈ Ｓ ｄ ｎｔｆ ａ ｉｎ ｆＴｒ ｅ ｏ ｌｅ ａ ｄ ｌ ｔ ｆＨｙ ｉ ｃ ｖｔ ＳＲ ｏ ｅ ｕｌｒ Ｍ ａ ｋｅ ｉ ｒ Ｍ ｌｃ ａ ｒ ｒ
ＨＵＡＮＧ ｈ ｎ －ｈ ｔａ （ ｈｅ ｏｇ ｓＡ ａ ｅ ｙｏ ｒ ｕｔｒｌ ｃｅｃ ｓｉ ｈ ｎ ｑｎ Ｃ ｅ ｇｚ ｉ ｌ Ｔ ｒｅＧｉｇ，Ｃ ｏｇ ｉｇ４ ４ ０ ） ｅ Ａｇ ｃ ｕ Ｓ ｎ ｈ ｎ ｑｎ ０ ０ １ Ａｂｔａ ｔ ｝ ｂｅｔ ｅｊ ｈ ｉ ｗ ｓｔ ｓａｅ ｒｈ ｕｃ ｎ ｆ ｃｉｅｍｅｈ ｄｆｒ ｈ ｅｔ ｃ ｔ ｎｏ ｕ ｒ ａｓ ｎ ｕ ｔ ｆ ｙ ｒ ｃ ｓｒ ｃ Ｏ ｊｃｉ ｅａｍ ａ ｅ ｒｈｆ ｅｑ ｉｋａｄｅｆ ｔ ｔｏ ｅｉ ｎｉ ａｉ ｆｒｅｏ ｌｅａ ｄｐ ｒｙｏ ｂｉ ｒ ｅ ｖ ｒ ｏ ｏｔ ｅ ｖ ｏ ｔ ｄ ｆ ｏ ｉ ｔ ｆ ｉ ｈ ｄｉ ｓｅ ｓＳ ｓｔ ｒｖ ｈ ｅ ｔ ｃｔ ｎｅｆ ｉｎ ｙ Ｍｅｈ ｄＪＴ ｅｔ ｅｏ ａｓ ｎ ｕ ｔ ｓｏ ｅｄ ｆｔｅｈ ｂｉ ｉｅＺ ｏ ｇｏ ８ ｅｄ Ｏａ ｉ ｏｅｔｅｉ ｎｉ ａｉ ｆｃｅ ｃ ．『 ｔｏ ｈ ｕ ｒｆｌｅａ ｄ ｐｒ ｉ ｆｓｅ ｓ ｙ ｒ ｒ ｈ ｎ ｙｕ８ ，Ｘｉ ｏ ｏ ｍｐ ｄ ｆ ｏ ｉ ｉ ｒ ｉｅ ｏ ｈ ｄ ｃ ｅ ｕ ｙ ８ ｎ ｕ ｎｅ ｇｏ ８ｗ ｒ ｅｔ ｅ ｉ Ｓ ｌｃ ｌｒｍａｋ ｒ ｎ ｅｉｅｌｆ ａｉｎｒｓｈ ｗ ｓｃｍｐ ｒｄ ｗｔ ｈ ｅｄ ｉｅ ｔｉ ｔ ｎｒ— ８ａｄ Ｑ ａ ｆｎｙ ｕ８ ｅｅｉ ｎｉ ｄｗｔ Ｓ Ｒ ｍｏｅ ｕａ ｒｅ ｄｔ ｄｒｉｃｔ ｅｕ ａ ｏ ａｅ ｉ ｔｅｆ ｌ ｄ ｎｉｃ ｉ ｅ ｄ ｆ ｉ ｈ ａ ｈ ｔｉ ｏ ｈ ｉ ｆａｏ ｓｈ ｓｈｌ ｗ ｏ ｌｍｅ ｔｒ ａ ｄ ｆｈ ａｅ ｔ ａ ｐ ａｅ ｅＤＮ ａ ｄｓｅ ｔ ｆｈ ｙ ｒ ｅｄ ， ｈｃ ｈｗ ｄｔａ ｅｈ ｂ ｄ ｕ ．１ ｕ Ｔ ｏｃｍｐｅ ｎａｙｂ ｎ ｓｏ ｅｐ ｒｎｓ ｐ ｅｒｄｉ ｔ Ａ ｂ ｎ ｐ ｃｒ ｏ ｅｈ ｂ ｄｓｅ ｓ ｗ ｉｈｓ ｏ ｅ ｔｈ ｙ ｒ Ｒｅ ｔ ｎｈ ａ ｔ ｉ ｈ ｔ ｉ
基于SSR分子标记的普通丝瓜杂交种子纯度鉴定
基于SSR分子标记的普通丝瓜杂交种子纯度鉴定普通丝瓜是一种重要的蔬菜作物，其种子纯度鉴定对保障种子质量、提高育种效率具有重要意义。
目前，传统的种子纯度检测方法主要依赖于形态学特征和生理特性，存在鉴定周期长、误差较大等问题。
基于分子标记的纯度鉴定方法可以快速、准确地评估种子杂交纯度。
本文将介绍一种基于SSR分子标记的普通丝瓜杂交种子纯度鉴定方法。
SSR（Simple Sequence Repeat）是一种重要的分子标记技术，其在种子的纯度鉴定中发挥着重要作用。
该方法利用多态性的SSR标记，通过PCR扩增和电泳分析的方式，鉴定种子中存在的母本和父本具有特定的基因组DNA序列，从而判断杂交种子是否纯度高。
实验步骤如下：1. 杂交种子的制备：选择母本和父本进行杂交，收集杂交的果实，将果实中的种子进行挑选。
确保挑选到的种子没有杂交败育的情况。
2. DNA提取：将挑选好的种子进行表皮擦拭，将种子内的胚乳部分放入试管中，加入适量的PBS溶液混合均匀。
将混合液研磨均匀后，使用CTAB法提取种子的总DNA。
3. SSR扩增和电泳分析：根据已有的SSR引物设计进行PCR扩增。
将DNA模板与引物、dNTPs、腺嘌呤酸、Taq DNA聚合酶和缓冲液一起加入PCR反应管中，进行PCR扩增。
扩增后的产物通过琼脂糖凝胶电泳分析。
4. 数据分析：根据电泳图的结果，将不同样品间的特征片段进行比较和分析。
根据杂交种子中存在的特定母本和父本的基因组DNA序列，判断杂交种子的纯度。
为了更加准确的评估杂交种子的纯度，可以根据SSR标记产生的特定片段进行定量和比较，计算杂交纯度的百分比。
总结而言，基于SSR分子标记的普通丝瓜杂交种子纯度鉴定方法准确、快速、简便，可以有效提高种子杂交纯度的鉴定效率，为普通丝瓜育种提供有力的技术支持。
水稻品种鉴定技术规程ssr标记法
水稻品种鉴定技术规程ssr标记法咱来说说这水稻品种鉴定技术规程的 SSR 标记法哈。
你想想，那水稻就跟咱人似的，都有自己独特的特征呢。
SSR 标记法呀，就像是给水稻颁发的独特身份证。
通过这个方法，咱就能清楚地知道每一种水稻的“身份信息”啦。
这 SSR 标记法可神奇了呢！它就像是一个超级侦探，能在众多水稻中找出它们各自的特点。
就好比在一个大班级里，每个同学都有自己不一样的地方，SSR 标记法就能准确地分辨出来。
它怎么做到的呢？原来呀，水稻的基因里有一些特定的序列，SSR 标记法就是专门针对这些序列来进行检测的。
这就好比是在水稻的基因世界里寻找宝藏一样，一旦找到了那些特别的序列，就相当于找到了宝藏的线索。
那这个技术规程具体是怎么操作的呢？首先得准备好各种实验器材和材料吧，就像厨师做菜得先把锅碗瓢盆准备好一样。
然后呢，从水稻样本里提取基因，这可是个精细活，得小心翼翼的，不然就把基因给弄坏啦。
接着，就是用特定的试剂和方法来对这些基因进行分析，看看它们里面有没有我们要找的那些特殊序列。
这过程中可不能马虎哟！要是不小心弄错了一步，那结果可能就不准确啦，那不就像医生看错了病一样糟糕嘛。
而且呀，做实验的时候可得有耐心，不能着急，就跟绣花似的，得一针一线慢慢来。
你说这 SSR 标记法多重要啊！它能帮助我们准确地鉴定水稻品种，这对于农业生产来说可是意义重大呢。
有了它，我们就能更好地选择适合种植的水稻品种，提高产量，让我们的饭碗装得更满更结实。
咱再想想，如果没有这个技术，那得多混乱呀！不同品种的水稻混在一起，都不知道哪个是哪个，那怎么能种出好庄稼呢？所以说呀，这 SSR 标记法就是我们农业的好帮手，是农民伯伯的好伙伴呢！这技术规程就像是一本指南书，告诉我们怎么一步一步地去鉴定水稻品种。
我们得认真学习，好好掌握，才能让它发挥出最大的作用呀。
咱可不能小瞧了它，它可是能为我们的农业带来大变化的呢！你说是不是呀？难道不是吗？。
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1SSR分子标记在杂交稻种子纯度精确鉴定中的应用郭承亮(湖北省种子集团有限公司武汉430602）摘要：传统的田间小区种植纯度鉴定方法由于时间滞后不能满足种子企业的需求，而现有的SSR标记检测杂交水稻种子纯度的方法，虽能有效鉴定出杂交种的父、母本，但不能将一些混杂的杂株、串粉所致的杂交种区分开，也无法满足种子企业的全面质量信息需求。
本文结合自身工作实践，介绍了一种利用筛选的多对SSR分子标记深入检测杂交水稻种子纯度及开展杂株类型定量鉴定的方法，这种方法不仅能更精确的检测杂交水稻种子纯度，还能将种子所含的杂株类型及其各自占比鉴定出来，为种子企业提供更准确、更全面的质量信息和可操作性强的加工处理办法。
本方法广泛适用于各种子企业对主营骨干水稻品种的质量监控和生产经营决策。
关键词：SSR分子标记纯度鉴定杂株类型定量鉴定纯度是种子质量的核心指标，既是种子企业生存的根本，也是企业种子加工、销售决策的关键依据。
种子纯度检测主要有海南种植鉴定（以下简称“南鉴”）、正季种植鉴定（以下简称“正鉴”）以及SSR 分子标记鉴定等方法。
这三种方法各有特点：南鉴和正鉴是以田间小区种植方式，从植株的典型特性判别、鉴定种子纯度。
南鉴具有鉴定相对准确、时间相对提前的优点，但海南冬季属短日低温条件，感光类型及两系不育系均表现为正常结实，对杂交稻尤其是两系杂交稻种子纯度的鉴定结果往往失真；正鉴具有鉴定准确、鉴定结果与大田生产实际吻合度高的优点，但时间明显滞后。
从历年发生的重大种子纯度事故来看，绝大多数是在得知种子纯度不合格之前种子已经销售到千家万户无法召回，最终酿成无法挽回的损失。
SSR分子标记是从DNA水平上检测生物个体差异，具有多态性高、谱带扩增稳定、技术成熟、检测时间短、不受环境影响等特点，在杂交水稻种子纯度鉴1郭承亮，男，(1982-)，湖北黄冈人，硕士研究生，毕业于华中农业大学，现主要从事种子质量检测和分子标记辅助育种等研究。
E-mail：51097143@。
定研究中得到了越来越广泛的应用[1]。
本文详细介绍了SSR分子标记在杂交稻种子纯度及杂株类型定量鉴定中的应用，为种子企业在杂交稻种子纯度的检测上提供更精确的鉴定方法。
1 SSR分子标记的原理、特点及在杂交水稻纯度鉴定中的应用现状1.1 SSR分子标记的原理SSR 也称为微卫星DNA (microsatellite DNA)、短串联重复(tendom-repeats)或简单序列长度多态性(simple sequence length porlymorphism)，它通常是指基因组中由1～6 个核苷酸组成的基本单位重复多次构成的一段DNA ,广泛分布于基因组的不同位置,长度一般在200 bp 以下,相同座位上的重复序列由于重复次数不同而产生了等位基因的多态性，SSR引物就是根据这些区域串连数目的差异造成的多态性设计而成的[2-5]。
1.2 SSR分子标记的特点SSR分子标记广泛、随机、均匀分布于作物基因组，参与遗传物质结构的改变、基因调控等过程，直接反映种子遗传物质在DNA水平上的差异。
具有以下几个特点：1、准确性高、数量丰富，覆盖整个基因组，提供的信息量高；2、多态性好，多数SSR序列无功能作用,增加或减少几个重复序列的频率高,因而在品种间具广泛位点变异,多态性强；3、重复性好,使用简单,结果稳定；4、SSR 标记两侧的序列具有高度的保守性,它使我们可以在一个物种的微卫星研究中利用另一物种的研究结果,从而更快更准确地找到该物种中更多的SSR 位点，每个位点由设计的引物顺序决定，便于相互交流、合作开发引物；5、属共显性遗传，符合孟德尔式遗传定律，不易被自然选择和人工选择所淘汰；6、易于利用PCR技术分析，分析简便,所需DNA样品量少，仅需微量组织就能进行有效地分析鉴定，经济简便；7、不受季节、环境的影响，并且鉴定的时间快。
1.3 SSR标记在杂交稻纯度鉴定上的应用现状彭锁堂等[2]选用分布于水稻12条染色体上的26对引物对9个杂交稻组合及其亲本进行了SSR分析,能够有效地区分所有的恢复系和大部分不育系,并对杂交稻组合汕优63和两优培九进行了单粒种子SSR 鉴定,所测纯度与田间种植鉴定纯度非常接近,认为SSR标记适合于杂交水稻种子纯度鉴定；辛业芸等[3]应用SSR分子标记技术对5个超级杂交稻组合及其9个亲本进行鉴定,找到在杂交稻组合及其亲本间具有多态性的引物,筛选出5对引物分别作为鉴定这5个超级杂交稻组合的特异引物；詹庆才等[4-5]利用多态性好的两对SSR标记引物分别对参试的威优46和金优207进行了纯度鉴定,能有效地将掺假的种子与真种子区分开；通过进一步研究，优化了利用SSR分子标记快速鉴定杂交水稻种子纯度的技术体系,缩短了检测时间，推进了该技术在杂交水稻种子纯度鉴定中的应用。
当前，SSR 分子标记技术已广泛应用于杂交水稻种子纯度鉴定,种子企业利用该技术为杂交水稻种子的安全生产、安全推广服务，各级种子管理部门利用该技术进行市场监督和质量监控。
2 SSR分子标记在杂交水稻种子纯度鉴定中存在的问题2.1 单个SSR标记难以准确鉴定杂交水稻种子纯度。
目前，一般利用单个SSR分子标记检测杂交水稻种子纯度，由于单个标记的局限性：能有效的将杂交种的父、母本鉴定出来，但不能将一些混杂的杂株以及一些异源花粉造成的杂交种区分开。
郭承亮等[6]在利用SSR标记RM21对两优287正季小区鉴定田间调查出的十种杂株类型的特异性进行了验证，发现所选择的SSR分子标记只能区分其中6种杂株类型，对其它4种类型的杂株则不能区分。
近几年来，因推广含有表现型明显、比例较高的某一类型杂株（比如：青稞等）但事实上并未超标的杂交稻种子，严重影响该种子企业的信誉，甚至引发群体性事件的案例时有发生。
由于这种类型的杂株（如：青稞等）一般都是由串粉引起的，单个标记不能有效的将它鉴别出来，即使有时能够鉴别，但不能精确鉴定其所占比例。
2.2 单个SSR标记鉴定杂交水稻种子纯度的客观误差影响了对种子批真实质量状况的判定。
郭承亮等[6]在利用SSR标记RM21和田间小区鉴定调查鉴定了30份两优287杂交稻材料的纯度，研究发现：就每份样品而言，SSR标记鉴定的纯度与田间种植鉴定的纯度结果差异在1.5个百分点。
我国的杂交稻种子纯度（国标二级）标准为96.0%，根据《农作物种子检验规程》(GB/T 3543·5 - 1995)中表16-2品种纯度的容许差距规定：当检测的杂交水稻种子样本数为200粒时，其允许误差为2.3。
而在种子执法时，只要纯度低于96.0%就属于劣种，执法部门就可以对其予以重罚，这为种子企业在参考SSR标记检测的纯度结果，做出具体的经营决策带来了很大困难，甚至可能会给该企业造成本可规避的巨大损失。
2.3 单个SSR标记鉴定杂交水稻种子纯度不能对种子批大田种植的纯度表现作出科学预判。
在研究中，还发现两优287品种中的父本杂株R287在正季种植鉴定中田间表现不明显。
通过单个标记鉴定的结果，不能准确地预判其正季种植的大田表现。
因此，通过单个标记鉴定种子纯度，只能大致了解种子纯度状况，不能全面准确判断种子的质量信息，给种子企业的生产、经营带来一定的风险。
3 SSR标记在杂交稻种子纯度及杂株类型定量鉴定中的技术要点及应用实例3.1 技术要点DNA提取参照传统的CTAB法或简化的DNA提取法[4-5]，PCR反应程序参照行业标准NY/T1433-2007《水稻品种鉴定 DNA指纹方法》，PCR反应产物采用变性聚丙烯酰胺凝胶电泳检测。
3.2 技术路线3.3 应用实例湖北省种子集团有限公司郭承亮等[7]利用24对SSR标记对两优287田间正季鉴定中的9种主要杂株类型的部分植株进行特异性分析，最终筛选出可将杂株类型相对区分开的3对SSR标记RM71、RM19、RM224，利用这3对SSR标记对正季鉴定中的同一份样本1920粒种子进行分析，鉴定出的种子纯度及所含杂株类型比例与大田正季鉴定中的结果基本吻合，各种杂株类型的分布基本一致。
并利用这3对SSR标记对所有的正季种植鉴定中的杂株进行了差异性分析，研究发现：1、通过这3对标记可以有效鉴定出所有表现型的杂株；2、在利用SSR标记定量鉴定中，归为其它类型杂株的，都能在杂株差异性分析中找出其基因型原型；3、在利用SSR标记定量鉴定中归为其他类型杂株的，各个基地都有其规律，并与种子生产基地的实际相符：如湖南基地多为迟熟株（串粉所致）、公安基地多为早熟株（落地谷）。
同时，还将该技术推广应用到广两优558的杂株类型定量鉴定中，由于广两优558的江苏制种基地隔离条件很好，所以其所含的杂株仅为亲本中的杂株及串粉的杂交种，经过筛选，仅选取2对SSR 标记RM224、RM85就能有效的鉴别出早熟型杂株和父本、迟熟类型杂株、不育系这三类杂株，其结果与正季种植鉴定的结果基本一致。
根据实践证明，采用经过筛选的多对SSR分子标记，可以有效的鉴别各种杂株类型所占的比例，特别是能精确鉴定种子批中固定类型杂株（如父、母本）所占的比例。
经过三年的实验，系统比较了两种方法的鉴定结果，分析了检测结果的差异性，建立了各个生产基地的SSR分子标记鉴定种子纯度及杂株类型定量鉴定的档案。
通过对比分析，准确掌握了各制种基地的杂交水稻种子纯度信息，为公司杂交水稻种子的生产、加工、混样、推广提供准确的质量信息。
4 SSR分子标记在杂交稻种子纯度及杂株类型定量鉴定中需要注意的几个问题4.1 鉴定所需样本大小杂交水稻种子纯度鉴定样本的大小,直接关系到SSR分子标记技术的检测成本和检测效率，样本越大，结果越精确。
根据近年来笔者大量检测实践,在杂株类型定量的研究中，由于种子样本所代表的种子批数量一般较大，一般选取1000粒种子检测，效果较好；对于特殊情况的或是种子批数量特别大的选取2000粒种子检测，可保证检测结果的准确性。
对于条件不足的企业，选取一个正季小区种植鉴定的种子数500粒也可以。
4.2 鉴定时杂株的选取及所需标记的选取在小区种植鉴定田，通过对主要杂株类型的田间观察，每种杂株类型选取5-10株作为代表，有条件的可以选取所有杂株。
杂株取样完成后，先利用农业行业标准品种鉴定推荐的24对SSR 引物对这些杂株进行检测，通过对比、归类、统计分析，如这24对引物满足不了需求，可再选择其他常用的纯度检测的引物进行检测，最终选取3-5对能将各杂株类型相对区分开的SSR标记组合进行种子纯度及杂株类型定量鉴定。
4.3 鉴定需与种子生产相结合尽管杂交水稻种子基地生产模式多样化，甚至涉及到千家万户，但就杂交稻种子纯度这一质量指标而言，各制种基地都有明显的特点——各基地的杂交稻种子所含杂株的类型及比例都不同，但也具有规律性。