图解基因组作图软件Artemis

Artemis的使用說明：
Artemis是一個免費的DNA序列瀏覽和註解的工具，它可方便使用者觀察序列於不同開讀框的面貌和分析的結果。

它是用JAVA語言寫成的，目前已有不同的版本可在UNIX、GNU/Linux、Macintosh、和Windows的作業系統下運作。

Artemis 可以讀取EMBL及GenBank的紀錄資料，也可讀取以Fasta格式或是任何寫成EMBL、GenBank、和GFF格式的資料。

有關Artemis的英文簡介、檔案下載和使用說明可於Sanger Center取得。

下面我們以一些簡單的圖示來說明Artemis的使用：（部分圖搞取自Sanger Center的Artemis說明）
圖一、是當我們開始使用Artemis時，第一個開啟的視窗。

圖二、我們可以在目錄清單（Menu Bar）的File的下拉式選單中，選取開啟某個已註解的檔案，或是從EBI下載某個Genomic DNA（如Complete genome sequence、BAC、或Cosmid序列等）來瀏覽。

圖三、在點選Open後，會出現路徑、檔案夾及檔案，來讓使用者選取及開啟欲
瀏覽的序列檔案和檔案註解檔等資料。

圖四、Option選項下則是讓使用者決定重讀選項、啟動編輯、和顯示或隱藏Log 檔。

其中Enable Direct Editing可以讓使用者以滑鼠變更一個列的起點和終點（若是蛋白質則為Start codon及Stop codon）。

圖五、欲瀏覽的檔案開啟後，會出現如下圖的三個視窗，分別是[Over view]、[DNA view]、及[Feature list]。

其中[Over view]和[DNA view]是一樣的，只是縮放的比例不同，但都可看到正反股DNA序列及+1、+2、+3、-1、-2、及-3
等六條蛋白質開讀框，開讀框中的黑色直條則是Stop codon。

[Feature list]則是紀錄註解及說明的地方，如註明是哪個基因或蛋白質。

由於本圖例只是序列檔，所以沒有註解說明。

圖六、於本圖例中，使用者又加開了一個檔案。

見Menu Bar下，又多了一個黃色的檔案名。

我們可以看到載[Over view]的視窗中，有許多藍色及淺綠色的方格，它們分別是可能的蛋白質及可能扮演某種角色的核酸模組序列區（如Promoter及Repeat），註解說明則見於[Feature list]的視窗。

圖七、我們可以把額外分析所得的結果，寫成EMBL格式的檔案，再叫進Artemis
中瀏覽並註解。

下面三個圖為例示。

圖八、同圖七，為EMBL格式的例示。

圖九、同圖七，為EMBL格式的例示。

圖十、Artemis還可提供分析繪圖的功能，如G+C%及Hydrophobicity等分析，並可隨視窗大小改變而調整繪圖。

圖十一、Artemis現在已是Sanger Center用來分析及註解為生物基因體的主要工具，它可整合Blastn、Blastx、Glimmer、tRNAscan及其他分析程式的結果，於同一視窗或不同視窗瀏覽，並於使用者選取三個視窗中任一註解區塊或說明時，自動調整選取區的位置至視窗中央，同時Highlight（Box外有粗框□，如圖中以藍色框框為起的粉紅色區塊，其Box是已粗線標示邊框）三個視窗中的同一筆資料。

圖十二、Artemis還允許使用者選取瀏覽中的序列，並執行如BLAST或FASTA等程式，再將結果以另外的視窗呈現。

圖十三、Artemis允許使用者透過視窗的縮放來觀察基因於基因體中的分布。

圖十四、Artemis也可用於真核生物基因體的註解工作。

如圖，註解者可將屬於同一個基因的不同Exon以線條連接。

圖十五、在下拉式選單[File]中，主要是讓使用者可以讀取[Entry]或[Feature]的檔案，或是儲存檔案及關閉視窗。

圖十六、在下拉式選單[Entries]中，主要是讓使用者可以更改預設的Entry，自瀏覽器中移除Entry，或不選定任何Entries。

圖十七、在下拉式選單[Select]中，主要是讓使用者可以選取各種Features，或是在不同的選擇中互換。

圖十八、在下拉式選單[View]中，主要是讓使用者可以於不同的視窗中（會有新視窗跳出），觀看所選取的資料。

圖十九、在下拉式選單[Goto]中，主要是讓使用者可以移動瀏覽序列至所欲觀看的位置。

圖二十、在下拉式選單[Edit]中，主要是讓使用者可以編輯或剪裁序列。

圖二十一、在下拉式選單[Creat]中，主要是讓使用者可以加入及新標定註解。

圖二十二、在下拉式選單[Write]中，主要是讓使用者可以新建並修改序列及註解。

圖二十三、在下拉式選單[Run]中，主要是讓使用者可以在選取序列並送出做另外的分析處理。

圖二十四、在下拉式選單[Display]中，主要是讓使用者可以預設要顯示在瀏覽視窗中的項目。