PROM1 文献总结

• Here, comparative integromics analyses on PROM1 orthologs were performed. Chimpanzee PROM1 gene was identified and characterized. Expression profile of human PROM1mRNA, and transcription factor-binding sites conserved among mammalian PROM1orthologs will also be reported • 这里做了对PROM1同源序列的比较 INTEGROMICS分析。我们鉴定并描述了黑猩猩 的PROM1基因。同时人PROM1 mRNA以及哺乳 动物PROM1基因转录因子结合部位也将有描述。
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DISCUSSION
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• 人类PROM1基因 RefSeq NM_006017.1是截短 的，AK027422.1是标志性的人PROM1 cDNA。 • 黑猩猩PROM1基因，包含27个外显子，位于 NW_001234057.1序列。 • 黑猩猩PROM1基因编码856氨基酸的CD133。 • 五跨膜蛋白CD133则显示了与人类和鼠的99.2% 和60.9%的总氨基酸的一致性。 • 灵长类天冬酰胺连接的糖基化位点仅仅有八分之 二存在于啮齿类动物中。 • 基于比较蛋白质组学分析，我们的结论是，灵长 类和啮齿类动物的CD133同源序列是有相对不同 的。
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Together these facts indicate that canonical WNT signaling activation is implicated in CD133 expression in ES cells, adult stem cells, and cancer stem cells. 以上这些则说明了经典的WNT信号途径激 活与CD133在ES、成体干细胞及肿瘤干细 胞的表达有关。
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• Only 2 of 8 Asn-linked glycosylation sites in primate CD133 orthologs were conserved in rodent CD133 orthologs. Comparative proteomics revealed that CD133 orthologs were relatively divergent between primates and rodents. • 灵长类的CD133中仅仅八分之二的天冬酰胺 相连的糖基化存在于啮齿类动物。比较基因 组学显示：灵长类与啮齿类动物的CD133的 同源序列有相对的不一致性。
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RESULT
• Together these facts indicate that canonical WNT signaling activation plays a key role for the CD133 expression in ES cells, adult stem cells, and cancer stem cells. • 这些事实说明，经典的WNT信号转导通路 的激活是CD133表达于ES、成体干细胞及 肿瘤细胞的关键因素。
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Materials and methods
• Identification and characterization of chimpanzee PROM1 ortholog • Comparative genomics analyses • Comparative proteomics analyses • In silico expression analyse
Key words
• • • • • • • • embryonic stem cells cancer stem cells WNT endoderm gastrointestinal tract Pancreas regenerative medicine Systems medicine
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• 计算机模拟分析。人类PROM1 mRNA发现 与为分化的ES细胞、ES来源的胚状体、 ES来源的肝前体细胞、气管、小肠、NT2 细胞、弥漫型胃癌、结直肠癌细胞、这是 第一次报道CD133表达于弥漫性胃癌细胞 中。
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KATOH and KATOH: COMPARATIVE INTEGROMICS ON CD133 ORTHOLOGS
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Comparative genomics on PROM1 gene encoding stem cell maker CD133
比较基因组学对于编码干细胞表面 标记 CD133的基因PROM1的研究
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• WNT信号转导途径诱导β连环蛋白释放入 核，生成复合体，从而逆转录调控一些基 因如MYC等。而结直肠癌者WNT信号转导 途径的调控异常则是导致其发生的一个主 要因素之一。
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• CD133起初作为造血干细胞及前体细胞的 表面标记，在其他成体组织干细胞中也表 达，如前列腺上皮干细胞，胰腺细胞。同 样表达于肿瘤干细胞，如淋巴干细胞及肝 癌干细胞。进来报道CD133高表达于结肠 癌干细胞，导致肿瘤形成与维持。
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PROM1 gene编码CD133（许多细 胞的表面标记）
• Human PROM1 RefSeq NM_006017.1 was a truncated transcript, while AK027422.1 was the representative human PROM1 cDNA. • 人类PROM1基因 RefSeq NM_006017.1是 截短的，AK027422.1是标志性的人 PROM1 cDNA Genebank与RefSeq的区别
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• 我们阐明了对应5'-UTR的外显子1A是人类 PROM1基因转录主要转录物的第一个外显 子。然而1A周围区域不存在于大小鼠中。 而内含子2则相对较好的存在于哺乳动物中。 TCF/LEF结合位点存在于人类、黑猩猩、 大小鼠的PROM1同源序列中。
前者多个版本 后者唯一的基因分析的标准序列
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• Chimpanzee 5-trans-membrane protein CD133 showed 99.2% and 60.9% totalamino-acid identity with human and mouse CD133 orthologs • 猩猩的CD133则显示了与人类和鼠的99.2% 和60.9%的总氨基酸的一致性。
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Comparative genomics revealed that the region around exon 1A corresponding to 5'-UTR of human PROM1 mRNA was not conserved in mouse and rat. Intron 2 of PROM1 orthologs was relatively well conserved among mammals. Tandem TCF/LEF-binding sites with 7-bp spacing within intron 2 were conserved among human, chimpanzee, mouse, and rat nt→Frz和LRP5/6→Dsh→ β-catenin的降解复合体解散→ β-catenin积累，进入细胞核 →TCF/LEF→基因转录（如c-myc、 cyclinD1
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• Epigenetic changes and genetic alterations in normal stem cells or progenitor cells give rise to cancer stem cells • 正常干细胞的表观遗传学及基因β-连锁蛋白 （β-catenin）积累。β-catenin（在果蝇 中叫做犰狳蛋白Armadillo）是一种多功能 的蛋白质，在细胞连接处它与钙粘素相互 作用，参与形成粘合带，而游离的βcatenin可进入细胞核，调节基因表达。 Wnt信号在动物发育中起重要作用，其异常 表达或激活能引起肿瘤。