跟SCI学umap图ggplot2绘制umap图，坐标位置，颜色，大小还不是你说了算

跟SCI学umap图ggplot2绘制umap图，坐标位置，颜
色，大小还不是你说了算
umap/tsne图作为单细胞转录组的王牌图形之一，当seurat 或者singleR 直接绘制的umap/tsne 图需要调整的时候，可能比较难调整，当然AI或者PS都可以办到。

但是本次主要分享使用ggplot2进行可视化，能比较方便的进行后期的微调，也学习回顾了ggplot2的基本参数。

文末有代码和数据的获取方式。

一加载数据 R包
seurat 包中`DimPlot`函数一行代码绘制umap图
二 ggplot2绘制umap图
2.1 查看绘制umap的数据
可以先str(pbmc)，然后找需要的数据。

umap图所需的数据就是每个cell的坐标以及cluster或者celltype信息，然后绘制点图
UMAP_1 UMAP_2 cell_type
AAACATACAACCAC-1 -4.577857 1.650203 T_cells
AAACATTGAGCTAC-1 -2.813911 -11.897462 B_cell
AAACATTGATCAGC-1 -1.684490 3.302480 T_cells
AAACCGTGCTTCCG-1 12.694498 2.098798 Monocyte
AAACCGTGTATGCG-1 -9.829201 3.982013 NK_cell
AAACGCACTGGTAC-1 -2.908319 1.249230 T_cells
2.2 ggplot2 绘制umap图
调整color，颜色列表来自于https:///p/67d2decf5517
看一下和文章SCI 截图的差别在哪？
嗯？好像差不多嘛，无非就是
A：主题部分（去掉背景，去掉网格线，去掉横纵坐标）；B：legend部分（调整legend ，去掉背景灰色，调整字体）C：注释部分（坐标轴标到左下角，图中标示标签）三部分。

知道该调整哪些了，调整就一步步来就是了。

三 ggplot2-umap-调整
3.1 调整umap图 - theme
主题的调整比较简单，去掉网格线，坐标轴和背景色即可
更多theme的设置详见ggplot2|theme主题设置，详解绘图优
化-“精雕细琢”
3.2 调整umap图 - legend
legeng部分去掉legend.title后，调整标签大小，标签点的大小以及标签之间的距离
更多legend设置详见ggplot2 |legend参数设置，图形精雕细琢3.3 调整umap图 - annotation
坐标轴放到左下角可以通过ggplot2添加箭头和文本实现。

那如果想把注释加到点之上怎么办呢？
（1）直接使用label 添加，需要先给每个cluster一个单独的坐标，本示例中使用此方法。

（2）text 根据cluster的位置，手动添加，需要尝试，倒是效果会好一些。

更多注释详见ggplot2-annotation|画图点“精”，让图自己“解释”
3.4 调整umap图 - repel - labels
1）计算每个cluster的median 坐标位置
2）geom_label_repel 添加注释
使用ggrepel包的repel函数可以使注释的标签不重叠。

3）去掉legend
OK ，以上就是使用ggplot2绘制umap图并进行调整的过程，这样就可以根据需求进行调整了。