Flow Jo软件分析细胞周期样品
2014-5-6 PI法细胞周期检测
细胞周期检测（PI法）
一、实验方法原理
细胞周期（cell cycle)：是指细胞从前一次分裂结束起到下一次分裂结束为止的活动过程，通常由G0/G1期、S期、G2期和M期组成。G1期：细胞开始RNA和蛋白质的合成，但DNA含量仍保持二倍体。S期：DNA开始合成，这时细胞核内DNA的含量介于G1期和G2期之间。当DNA复制结束成为4倍体时，细胞进入G2期。G2期的细胞继续合成RNA及蛋白质，直到进入M期。因此，单纯从DNA含量无法区分G2期和M期。一旦有丝分裂发生，细胞分裂成两个细胞，这两个细胞或者进入下一个细胞周期，或者进入静止期（G0期），而G0期从DNA含量上同样无法与G1期区分。因此，整个复制周期可以描述为G0/G1、S、G2/M期。通过核酸染料PI标记DNA,并由流式细胞仪进行分析，可以得到细胞各个时期的分布状态，计算出G0/G1%、S%、G2/M%，了解增殖能力，在肿瘤病理学研究中，通常以S期细胞比率作为判断肿瘤增殖状态的指标。
流式细胞仪的工作原理：是将待测细胞放入样品管中，在气体的压力下进入充满鞘液的流动室。在鞘液的约束下细胞排成单列由流动室的喷嘴喷出，形成细胞柱。通过对流动液体中排列成单列的细胞进行逐个检测，得到该细胞的光散射和荧光指标，分析出其DNA特征。
细胞周期检测的原理：PI法是较常见的一种周期检测方法。PI 为插入性核酸荧光染料，能选择性的嵌入核酸DNA和RNA双链螺旋的碱基之间与之结合，其结合的量与DNA的含量成正比例关系，用流式细胞仪进行分析，就可以得到细胞周期各个阶段的DNA分布状态，从而计算出各个期的百分含量。PI染色后，假设G0/G1期细胞的荧光
流式细胞术检测细胞周期
流式细胞术检测细胞周期
流式细胞术检测细胞周期（PI染色）操作步骤
1、将单细胞悬液加入2ml圆底离心管中，离心，1500rpm , 5min，弃上清液。
2、加入PBS 1ml离心洗涤1次，弃上清。
3、加入2ml预冷的70%酒精，4℃固定30min，或是-20℃固定过夜。
4、离心，弃上清液。
5、用1×PBS 1ml洗涤1次，离心。
6、加入RNase A (工作浓度20ug/ml)于500ul 1×PBS中，37℃孵育30min，离心。
7、用1×PBS 1ml洗涤1次，离心。
8、加入PI(工作浓度50ug/ml) 于500ul 1×PBS中，室温避光孵育30min。
9、混匀，过300目筛网，置流式管中，4℃冰箱保存，待测。
10、用流式细胞仪检测细胞周期
11、用Flowjo软件分析流式细胞仪检测数据，并导出细胞周期分析结果
备注：
1、RNase A：贮液浓度：1mg/ml ；
工作液配制：加1 mg/ml贮液10ul于500ul 1×PBS中，使终浓度为20ug/ml。
2、PI：贮液浓度：2.5mg/ml；
工作液配制：加2.5 mg/ml贮液10ul于500ul 1×PBS中，使终浓度为50ug/ml。
4、检测样品细胞浓度1x106 /ml。
flowjo处理数据步骤 -回复
flowjo处理数据步骤-回复
FlowJo处理数据步骤
FlowJo是一款专业的流式细胞术数据分析软件，广泛用于分析和可视化流式细胞仪产生的多变量数据。本文将为您详细介绍FlowJo的数据处理步骤，帮助您更好地理解和应用该软件。
一、导入数据
首先，我们需要将流式细胞仪产生的原始数据导入到FlowJo中。FlowJo 可以支持多种常见的文件格式，如FCS、CSV、BDF等，您可以选择适合您数据格式的方式导入数据。通过打开FlowJo软件，您可以在主界面上选择“导入”按钮，然后选择合适的数据文件格式进行导入。导入后，您可以为数据设置适当的标题和实验说明，以便更好地管理和识别数据。
二、数据矫正和清洗
在导入数据后，您可能需要进行一些数据矫正和清洗的步骤，以确保数据的准确性和一致性。FlowJo提供了一系列的工具和功能，用于处理和清洗数据。例如，您可以通过设置门（Gates）来排除噪声或异常数据，选择适当的控制样品进行数据矫正，调整仪器设置等。您还可以使用FlowJo 提供的统计学算法，如均值、中位数、百分位数等，对数据进行清洗和排除异常值。
三、标记和分组
数据导入和清洗后，您可以开始对样本进行标记和分组。流式细胞术通常使用多种荧光染料来标记不同的细胞亚群或生物标记物。FlowJo提供了丰富的标记和分组工具，以便您对数据进行分类和组织。您可以根据染色体类型、标记物的强度或共表达等特征创建标记或分组策略。FlowJo还支持自定义标注方法，让您根据实验设计和目标需求进行个性化标记和分组。
四、绘制和分析
细胞周期的流式检测方式技巧
细胞周期的流式检测方法
细胞周期（cell cycle）是指细胞从一次分裂完成开始到下一次分裂结束所经历的全过程，分为G0/G1期、S期、G2/M期。在科研实践中，很多实验具有对细胞群体的周期分布进行检测的需求。细胞群体周期测定的方法有很多种，最常用的是PI（碘化丙啶）渗入DNA进行染色，然后通过流式细胞仪检测PI从而测定细胞群体的周期分布。
因此，下面笔者主要通过BD（Becton＆Dickinson）公司生产的BD FACSCalibur流式细胞仪测定PI标记的细胞群体为例，对细胞周期的流式检测方法进行阐述。
一、PI染色步骤概略
1、单细胞悬液离心，1500rpm , 5min，弃上清。
2、PBS 1ml离心，弃上清。
3、70%酒精2ml，4℃，30min，离心，弃上清液。
4、PBS 1ml离心，弃上清。
5、RNase A的PBS溶液(20ug/ml)，500ul，37℃，30min，离心弃上清。
6、PBS 1ml离心，弃上清。
7、PI的PBS溶液(50ug/ml)，500ul，室温避光孵育30min。
8、吹打混匀，300目筛网过滤至流式管中，4℃保存，待测。
二、Calibur仪器设置及数据收集
1、依次打开Calibur机器电源、电脑开关和CellQuest Pro软件，按快捷键Command+B连机，按快捷键Command+1、
2、
3、4调出Detectors/Amps面板、Threshold面板、Compensation 面板和Status面板，软件的操作界面如图1所示。
图1. Cell Quest Pro软件操作界面
流式细胞仪检测细胞周期操作步骤
流式细胞仪检测细胞周期操作步骤
取对数生长期的A549细胞,按1×106 cells/ mL以1mL接种于
100mm培养皿内
↓
24h后，进行所需的处理（比如加药，照射）
↓
特定时间后终止培养，进行下一步的实验
↓
收集原培养液，洗后的PBS和消化后的细胞，将三者混匀放入15ml
离心管中
↓
1000rpm离心5min(短时低速离心)
↓
弃上清，用1.5ml预冷PBS,1000rpm离心5min后去除PBS和细胞悬
液内的细胞碎片
↓
加入1。5ml预冷PBS，在涡旋状态下加入3.5ml无水乙醇，混匀后，于4℃固定30min,或—20℃长期保存.
↓
1000r/min，离心5min
↓
将乙醇吸除,加PBS清洗混匀
↓
1000r/min，5min再离心一遍，将残留在细胞上的乙醇除去
↓
吸除离心管内PBS，加入200ul PBS和2ul的RNA酶
（0.25mg/ml)(37℃下孵育30min）
↓
加入0.5ml的50ug/ml的PI溶液室温下避光染色30min
↓
将离心管内的细胞过滤（300um尼龙网膜)至含有PBS的EP管中（PI具有很强的粘附性，容易使细胞聚团），标记EP管
↓
提前一天网上预约
↓
开机（先开仪器后开软件)
↓
流式细胞仪的结构一般分为5部分：①流动室及液流驱动系统;②激光光源及光束成形系统；③光学系统；④信号检测、存贮、显示、分析系统；⑤细胞分选系统.
↓
检测前先涡旋使细胞混匀悬浮呈单个细胞，然后插入流式细胞仪上
↓
流动室内充满鞘液,细胞排成单列由喷嘴中心喷出，形成细胞液柱
↓
液柱与激光束相交，细胞上的荧光染料被激发产生荧光(488nm激发
FlowJo软件的简单介绍和基本应用
FlowJo软件的简单介绍和基本应用
FlowJo是九十年代美国斯坦福大学Leonard Herzenberg（FACS机器的发明者）实验室研发的一款流式数据分析软件。这款分析软件功能强大，操作简单，易学易用，可在Windows或者Mac系统下安装使用。它简单直观的操作平台，已被领域内的科学家、实验室广泛使用。同时，他也是各期刊杂志引用最多的流式数据分析软件。
一、FlowJo电脑配置及安装环境
PC: 操作系统：Vista、Windows7
内存：512MB RAM及以上
MAC: 操作系统：OSX 10.3 或更高版本
内存：512MB RAM及以上
安装环境：避免阳光直射，水平放置，远离水源、热源
二、FlowJo基本功能介绍
1.阶梯式设门：
将细胞群之间的逻辑关系用简单、递进的阶梯式去呈现，一改传统复杂的逻辑门设置。并可以自定义细胞群名称，进而直观的显示细胞群统计值，让分析结果一目了然。如图
2.多种图像显示方法及显示类型：
显示方法：它可以呈现为一维的直方图，二维图及三维立体图。如图
一维图二维图三维图
显示类型:除了传统使用的散点图外，还有密度图，等高图，伪色图，斑马图等。如图
1
3..多种设门工具：
设门是流式数据分析中界定细胞目标群的必要手段，不管检测的目标细胞群是规则分布还是不规则分布的，是小概率事件还是集体事件，都可以很方便的界定各种细胞群。如图
蜘蛛门四分门矩形门、椭圆门、自动门
4.多种分析平台及工具：
特殊的分析平台：细胞周期，细胞增殖，钙离子流量，反向设门等。
独特的分析工具：门的批处理，样品的荧光补偿。
流式细胞仪检测细胞周期操作步骤
流式细胞仪检测细胞周期操作步骤
取对数生长期的A549细胞，按1×106 cells/ mL以1mL接种于100mm培养皿内
↓
24h后，进行所需的处理（比如加药,照射）
↓
特定时间后终止培养，进行下一步的实验
↓
收集原培养液，洗后的PBS和消化后的细胞，将三者混匀放入15ml
离心管中
↓
1000rpm离心5min（短时低速离心）
↓
弃上清，用1.5ml预冷PBS，1000rpm离心5min后去除PBS和细胞
悬液内的细胞碎片
↓
加入1.5ml预冷PBS,在涡旋状态下加入3.5ml无水乙醇，混匀后，于4℃固定30min,或-20℃长期保存。
↓
1000r/min,离心5min
↓
将乙醇吸除，加PBS清洗混匀
↓
1000r/min,5min再离心一遍，将残留在细胞上的乙醇除去
↓
吸除离心管内PBS，加入200ul PBS和2ul的RNA酶（0.25mg/ml）(37℃下孵育30min)
↓
加入0.5ml的50ug/ml的PI溶液室温下避光染色30min
↓
将离心管内的细胞过滤(300um尼龙网膜)至含有PBS的EP管中（PI 具有很强的粘附性，容易使细胞聚团），标记EP管
↓
提前一天网上预约
↓
开机（先开仪器后开软件）
↓
流式细胞仪的结构一般分为5部分：①流动室及液流驱动系统；②激光光源及光束成形系统；③光学系统；④信号检测、存贮、显示、分析系统；⑤细胞分选系统。
↓
检测前先涡旋使细胞混匀悬浮呈单个细胞，然后插入流式细胞仪上
↓
流动室内充满鞘液，细胞排成单列由喷嘴中心喷出，形成细胞液柱
↓
液柱与激光束相交，细胞上的荧光染料被激发产生荧光（488nm激
流式细胞仪检测细胞周期操作步骤
流式细胞仪检测细胞周期操作步骤
取对数生长期的A549细胞，按1×106 cells/ mL以1mL接种于100mm培养皿内
↓
24h后，进行所需的处理（比如加药,照射）
↓
特定时间后终止培养，进行下一步的实验
↓
收集原培养液，洗后的PBS和消化后的细胞，将三者混匀放入15ml
离心管中
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1000rpm离心5min（短时低速离心）
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弃上清，用1.5ml预冷PBS，1000rpm离心5min后去除PBS和细胞
悬液内的细胞碎片
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加入1.5ml预冷PBS,在涡旋状态下加入3.5ml无水乙醇，混匀后，于4℃固定30min,或-20℃长期保存。
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1000r/min,离心5min
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将乙醇吸除，加PBS清洗混匀
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1000r/min,5min再离心一遍，将残留在细胞上的乙醇除去
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吸除离心管内PBS，加入200ul PBS和2ul的RNA酶（0.25mg/ml）(37℃下孵育30min)
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加入0.5ml的50ug/ml的PI溶液室温下避光染色30min
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将离心管内的细胞过滤(300um尼龙网膜)至含有PBS的EP管中（PI 具有很强的粘附性，容易使细胞聚团），标记EP管
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开机（先开仪器后开软件）
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流式细胞仪的结构一般分为5部分：①流动室及液流驱动系统；②激光光源及光束成形系统；③光学系统；④信号检测、存贮、显示、分析系统；⑤细胞分选系统。
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检测前先涡旋使细胞混匀悬浮呈单个细胞，然后插入流式细胞仪上
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流动室内充满鞘液，细胞排成单列由喷嘴中心喷出，形成细胞液柱
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液柱与激光束相交，细胞上的荧光染料被激发产生荧光（488nm激
flowjo使用手册
flowjo使用手册
FlowJo是一款用于流式细胞仪数据分析和可视化的软件，它提供了许多功能和工具来帮助研究人员对流式细胞仪数据进行分析和解释。FlowJo的使用手册通常包括以下内容：
1. 起步，手册通常会介绍如何安装FlowJo软件，如何导入数据以及如何创建新的分析工作空间。
2. 数据分析，手册会详细介绍如何进行数据分析，包括数据清洗、细胞群分析、细胞亚群分析、统计分析等内容。
3. 可视化，手册会介绍如何利用FlowJo的可视化工具来呈现数据，包括散点图、直方图、热图等，以及如何定制图表样式和布局。
4. 高级功能，手册可能还会介绍一些高级功能，如样本比较、批量分析、自定义模板等内容。
5. 教程和案例，一些手册可能还会包含一些实际案例和教程，帮助用户更好地理解如何应用FlowJo软件进行数据分析和解释。
除了上述内容，使用手册还可能包括一些常见问题的解答、技术支持信息、快捷键和操作技巧等内容，以帮助用户更好地使用FlowJo软件进行流式细胞仪数据分析。
总的来说，FlowJo使用手册旨在帮助用户全面了解和熟练掌握FlowJo软件的各项功能和操作，从而更好地进行流式细胞仪数据的分析和可视化。希望这些信息能够对你有所帮助。
flowjo中文使用手册
flowjo中文使用手册
（原创实用版）
目录
1.引言
2.FlowJo 软件简介
3.FlowJo 的功能与应用
4.FlowJo 的使用方法与技巧
5.结论
正文
【引言】
随着生物科学研究的不断发展，数据分析与可视化工具在实验中的应用越来越广泛。FlowJo 是一款专业的流式细胞仪数据分析软件，适用于科研和临床实验室。本文将为您介绍 FlowJo 软件的简介、功能与应用、使用方法与技巧，帮助您更好地掌握这一强大的数据分析工具。
【FlowJo 软件简介】
FlowJo 是一款功能强大的流式细胞仪数据分析软件，适用于各种类型的流式细胞仪。它集数据采集、分析、存储和可视化为一体，为用户提供了一站式的解决方案。FlowJo 支持多种数据格式，如 FCS、FLOW、CSV 等，能够满足不同品牌和型号的流式细胞仪数据处理需求。
【FlowJo 的功能与应用】
FlowJo 具有以下主要功能和应用：
1.数据预处理：对原始数据进行去噪、补偿、统计等操作，提高数据质量。
2.数据分析：提供多种分析算法，如细胞计数、细胞分类、细胞周期
分析等，满足不同实验需求。
3.数据可视化：提供多种图表展示形式，如散点图、直方图、伪三维图等，方便用户直观地观察和分析数据。
4.报告生成：支持生成实验报告，包括数据表格和图表，方便用户撰写论文和汇报。
5.数据管理：支持数据导入、导出和备份，便于用户管理和共享数据。
【FlowJo 的使用方法与技巧】
1.安装与运行：根据软件官网提供的安装教程，下载并安装相应版本的 FlowJo。安装完成后，运行软件并连接到流式细胞仪。
flowjo软件使用方法
flowjo软件使用方法
FlowJo 是基于Windows 和Mac OSX 的流动式细胞仪试剂盒数据分析软件。它不仅可用于普通细胞仪，还可以将其拓展到多种平台，例如集成FACSDIVA, 装配FlowCore 和BioLegend。FlowJo 还带来了前沿技术，使抗原鉴定和样本智能整合更加简单。它可以帮助实验室节省时间，提高效率。
FlowJo 将流式数据文件转化为典型的、易于使用的数据表。由于它们可以在任何地方使用和共享，因此，FlowJo 将为实验室的研究人员和研究学生带来更多的便利。
使用FlowJo 的步骤如下：
一、安装 FlowJo
首先，您需要下载 FlowJo 运行文件，然后将其安装在PC 或Mac 电脑上。安装FlowJo 之后，您可以使用它在PC 或Mac 平台上对细胞计数数据进行绘图，并将这些数据和分析结果输出到 Microsoft Excel 或一般文本文件中。
安装完成之后，您需要根据您要分析的文件类型选择FlowJo 的设置选项。FlowJo 提供了多种不同的设置选项，比如 CSV、XML、TXT 和其他类型的文件，具体的选择取决于您要处理的数据类型。
三、导入数据
将 FlowJo 安装好之后，您然后就可以在软件中导入要分析的流式数据，例如，用FlowJo 进行细胞数据分析时，您可以使用FlowJo 导入适当的 FCS 数据文件，进行细胞数据分析时可以分析要求和整合各种细胞系数，而样本数据分析可以从其他数据框导入FlowJo。
四、对数据进行分析
一旦完成数据导入，就可以继续进行 FlowJo 中的数据分析。在进行数据分析之前，您可以使用 FlowJo 中的工具，选择要进行分析的抗原（如细胞标记物）和样品，以及在抗原和样品间进行分析的方法（例如因素分析）。使用这些工具，您可以对您的数据进行深入的分析，并获得有效的分析结果。
流式细胞仪检测细胞周期操作步骤
流式细胞仪检测细胞周期操作步骤
取对数生长期的A549细胞，按1×106 cells/ mL以1mL接种于100mm培养皿内
↓
24h后，进行所需的处理（比如加药,照射）
↓
特定时间后终止培养，进行下一步的实验
↓
收集原培养液，洗后的PBS和消化后的细胞，将三者混匀放入15ml
离心管中
↓
1000rpm离心5min（短时低速离心）
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弃上清，用1.5ml预冷PBS，1000rpm离心5min后去除PBS和细胞
悬液内的细胞碎片
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加入1.5ml预冷PBS,在涡旋状态下加入3.5ml无水乙醇，混匀后，于4℃固定30min,或-20℃长期保存。
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1000r/min,离心5min
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将乙醇吸除，加PBS清洗混匀
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1000r/min,5min再离心一遍，将残留在细胞上的乙醇除去
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吸除离心管内PBS，加入200ul PBS和2ul的RNA酶（0.25mg/ml）(37℃下孵育30min)
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加入0.5ml的50ug/ml的PI溶液室温下避光染色30min
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将离心管内的细胞过滤(300um尼龙网膜)至含有PBS的EP管中（PI 具有很强的粘附性，容易使细胞聚团），标记EP管
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提前一天网上预约
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开机（先开仪器后开软件）
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流式细胞仪的结构一般分为5部分：①流动室及液流驱动系统；②激光光源及光束成形系统；③光学系统；④信号检测、存贮、显示、分析系统；⑤细胞分选系统。
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检测前先涡旋使细胞混匀悬浮呈单个细胞，然后插入流式细胞仪上
↓
流动室内充满鞘液，细胞排成单列由喷嘴中心喷出，形成细胞液柱
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液柱与激光束相交，细胞上的荧光染料被激发产生荧光（488nm激
Flowjo 7.6.1使用方法
Flowjo 7.6.1软件使用方法
1.在桌面上建立新的文件夹，将需要分析的样本复制到文件夹内（一个文件夹内放一个指标的所有样本，便于统一操作）；
2.运行软件
3.将桌面上的新建文件夹拖入Flowjo内（Drag Samples Here）
4两种方法处理
以Th17细胞（CD4/FITC，IL-17A/PE）为例
方法一：圈阳性细胞（更适用于两标记）
设置阴性对照样本
双击阴性对照样本（一般编号为001）出现以下窗口
4.1依次单击T→Use Log Axis,横轴、纵轴同样操作，出现细胞4.2圈细胞：单击上面的正方形（或者椭圆或者四边形），在细胞上圈出较明亮的区域（无需更改命名）
4.3双击以上所圈细胞，弹出另一窗口
4.4选通道1：依次单击纵轴→Comp-FL1:: FL1 Log（1通道）
依次单击横轴FS:FS Lin，出现以下窗口
4.5圈CD4+T细胞细胞：用同样的方法在细胞群上方圈出CD4阳性区域），并命名为CD4，如下：
4.6圈IL-17A阳性细胞：双击以上所圈细胞，弹出另一窗口。用以上同样的方法圈出IL-17A阳性的T细胞，得到如下图
以上便为阴性对照的设置过程（注：因此样本为阴性对照，须保证双阳（CD4+ IL-17A）比率均小于1%（或2%））
5平行操作所有样本：将阴性对照的结果拖至上面的All Samples中，此时所有样本即被分析，如下：
方法二：画象限
设置阴性样本
4.1同上
4.2同上
4.3同上
4.4选通道1：依次单击纵轴→Comp-FL1:: FL1 Log（1通道）
选通道2：依次单击纵轴→Comp-FL2:: FL2 Log（1通道）出现以下窗口：
11_流式分析方法
Flowjo 是现在最受欢迎的流式数据分析软件，由于它简朴易用并且十分有效。则本文将其基本操作以及对细胞凋亡和细胞周期的 Protocol 分享给大家。
1.打开 Flowjo 软件
双击桌面 FlowJo 软件图标，进入软件工作台。
或
软件工作台由菜单栏、惯用工具栏、组空间和样本空间构成。
2.F lowjo 分析单标样本
单标记样本数据惯用的显示方式是单参数直方图。普通横坐标能够是线性标度或对数标度，代表着所检测的荧光或散射光的强度；纵坐标表达的是横坐标某一特定荧光强度的细胞数，有时也用相对比例来体现。
以 3 color comp 文献夹中的 CyPE comp.fcs 进行分析演示。将此文献夹移至桌面，并把该数据文献夹从桌面拖入 Flowjo 中的组空间中。
在组空间中单击选中“3 color comp”组，此时在样本空间里显示“3 color comp”组中的全部样本。而后在样本空间中双击“Cy5PE comp.fcs”，出现图形窗口。
此为二维点图，X 轴选择 SSC（侧向散射，细胞内颗粒构造越复杂，质量越大，SSC 越大，反之越小。）Y 轴选择 FSC（前向散射，细胞越大，FSC 越大；反之越小。）
选择设门工具（矩形门、椭圆门、多边形门、自动门）中的任意一种，在二维点图中选中淋巴细胞。
在图形窗口中双击选中的淋巴细胞，生成新的图形窗口。在 X 轴选择 Cy5PE:CD4，
Y 轴选择 Histogram，选择设门工具（区域门、双分门）中任意一种，在单参数直方图中设门。
3.F lowjo 分析多色标样本
FlowJo软件的简单介绍和基本应用
FlowJo软件的简单介绍和基本应用
FlowJo 是九十年代美国斯坦福大学Leonard Herzenberg（FACS机器的发明者）实验室研发的一款流式数据分析软件。这款分析软件功能强大，操作简单，易学易用，可在Windows或者Mac 系统下安装使用。它简单直观的操作平台，已被领域内的科学家、实验室广泛使用。同时，他也是各期刊杂志引用最多的流式数据分析软件。
一、FlowJo 电脑配置及安装环境
PC:操作系统：Vista、Windows7
内存：512MB RAM及以上
MAC: 操作系统：OSX10.3 或更高版本
内存：512MB RAM及以上
安装环境：避免阳光直射，水平放置，远离水源、热源
二、FlowJo 基本功能介绍
1.阶梯式设门：
将细胞群之间的逻辑关系用简单、递进的阶梯式去呈现，一改传统复杂的逻辑门设置。
并可以自定义细胞群名称，进而直观的显示细胞群统计值，让分析结果一目了然。如图
2.多种图像显示方法及显示类型：
显示方法：它可以呈现为一维的直方图，二维图及三维立体图。如图
一维图二维图三维图
显示类型:除了传统使用的散点图外，还有密度图，等高图，伪色图，斑马图等。如图
3..多种设门工具：
设门是流式数据分析中界定细胞目标群的必要手段，不管检测的目标细胞群是规则分布还是不规则分布的，是小概率事件还是集体事件，都可以很方便的界定各种细胞群。如图
蜘蛛门四分门矩形门、椭圆门、自动门
4.多种分析平台及工具：
特殊的分析平台：细胞周期，细胞增殖，钙离子流量，反向设门等。
独特的分析工具：门的批处理，样品的荧光补偿。
FlowJo中文使用说明书
FlowJo中文实用手册
（软件版本：FlowJo7.6.5 2012/06/20 更新）
第一章 FlowJo简介 (1)
一、FlowJo对电脑配置的要求 (1)
二、FlowJo的安装过程(Windows) (1)
三、FlowJo的工作台 (5)
第二章 FlowJo分析单标样本 (6)
一、由原始数据生成单参数直方图的过程 (6)
二、图形的输出和保存 (10)
第三章 FlowJo分析多色标记样本 (13)
一、由原始数据生成二维点图的过程 (13)
二、二维点图的设门原则 (16)
三、多色标记分析说明 (16)
第四章 FlowJo软件荧光补偿 (18)
一、用FlowJo做荧光补偿并进行数据分析的步骤 (18)
二、FlowJo荧光补偿的具体步骤 (18)
三、双指数转换 (24)
第五章 FlowJo的批处理功能 (27)
一、设门分析的批处理 (27)
二、表格分析的批处理 (32)
三、图形分析的批处理 (35)
第六章 FlowJo分析细胞凋亡样本 (43)
一、细胞凋亡概述 (43)
二、FlowJo分析凋亡数据的过程 (44)
三、凋亡数据结果分析 (45)
第七章 FlowJo软件分析细胞周期样本 (47)
一、细胞周期分析概述 (47)
二、FlowJo分析细胞周期数据的过程 (48)
三、细胞周期拟合的调整方法和步骤 (51)
四、细胞周期结果分析 (53)
第一章 FlowJo简介
FlowJo是美国斯坦福大学Leonard Herzenberg（FACS机器的发明者）实验室在90年代研发的一款流式数据分析软件。FlowJo由于功能强大，简单易用，已经被领域内的科学家、实验室广泛引用；同时FlowJo也是各高影响力核心期刊引用最多的流式数据分析软件。
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细 胞 周 期结 果 分 析 ：
4. 图三中各个区域的含义：
l G1期含义：细胞进行大量物质合成时期，为DNA合成做准备。 l S期含义：开始至完成DNA的合成以及合成组蛋白。 l G2/M期的含义：DNA复制结束和开始有丝分裂之间的间隙。
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Flow Jo软件分析细胞周期样品
张千 君
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（图一 ）
FlowJo分 析细胞周期数据 的过程
1. 把细胞周期样品拖入FlowJo软件，双击打开原始数据。如(图二)所示：
(图 二 )
X轴选择FSC,Y轴选择SSC。分析细胞周期的细胞选择上图所示的细胞群体进行分析。 2. 在SSC/FSC图中双击分析的细胞群体，如（图三 ）所示：
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GMT+8, 2012-10-18 15:07
http://blog.sciencenet.cn/blog-349948-549703.html
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l Ploidy:倍体。原指染色体数目。流式中用来描述总的DNA含量。二倍体细胞有正常细胞的DNA 含量 但不排除染色体的异常。
l S期含量 :S期细胞占总细胞周期的比例。
细 胞 周 期数 据 结 果 输 出
6. 细胞周期结果的输出根据最终的需求可以有多种输出方式
l 在细胞周期分析窗口工具栏中选择“文件”并单击，选择下拉菜单中的“另存为”，选择保存位置、 重新命名文件名以及文件保存的文件类型（SVG、PNG、EMF、JPG）。
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（图五）
细胞周期FCS原始数据下载： 细胞周期A.LMD 细胞周期B.LMD
细胞周期C.LMD
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细胞周期检 测的原理：
核酸染料可以与DNA分子特异性的结合，细胞周期检测中PI最为常用。PI为插入性核酸荧光染料，能选择 性的嵌入核酸DNA和RNA双链螺旋的碱基之间与之结合，其结合的量与DNA的含量成正比例关系，用流 式细胞仪进行分析，就可以得到细胞周期各个阶段的DNA分布状态，从而计算出各个期的百分含量。 细胞周期示意图如（图一 ）所示
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当的调整。
曲线调整原则：粉色的曲线为模型曲线，黑色的为样本曲线，理想状况是粉色和黑色曲线吻合一致为最 佳。拟和的好坏可以根据右边的RMS值来判断。RMS(root mean square)值越小越好。但是这只是 一个相对值，只在同样本不同模拟情况下，选取最小值来达到最佳拟和。你可以选中G1期的峰或 G2期的峰，根据调节按钮调节峰的宽度
已有 1394 次阅读 2012-3-20 12:20 | 个人分类:FlowJo使用 | 系统分类:科研笔记 | 关键词:FLOWJO软件, 流式数据，细胞周期分析，
Flow Jo软件分析细胞周期样品
作 者 ： 胡 金涛
细胞周期的检测是流式细胞仪最为广泛的应用之一。细胞周期是指以有丝分裂方式增殖的细胞从亲代 分裂结束到子细胞分裂结束所经历的过程。通常由G0/G1期、S期、G2期和M期组成。G1期：细胞开始 RNA和蛋白质的合成，但DNA含量仍保持二倍体。S期：DNA开始合成，这时细胞核内DNA的含量介于 G1期和G2期之间。当DNA复制结束成为4倍体时，细胞进入G2期。G2期的细胞继续合成RNA及蛋白质， 直到进入M期。因此，单纯从DNA含量无法区分G2期和M期。一旦有丝分裂发生，细胞分裂成两个细胞， 这两个细胞或者进入下一个细胞周期，或者进入静止期（G0期），而G0期从DNA含量上同样无法与G1期 区分。因此，整个复制周期可以描述为G0/G1、S、G2/M期。通过核酸染料PI标记DNA,并由流式细胞仪 进行分析，可以得到细胞各个时期的分布状态，计算出G0/G1%、S%、G2/M%，了解增殖能力，在肿瘤 病理学研究中，通常以S期细胞比率作为判断肿瘤增殖状态的指标。
l 把上述样品的分析应用到组中，在Flow Jo软件界面中单击打开布局编辑器，在工作台的样品空间把 “分析的细胞群体结点”拖入布局编辑器中，单击布局编辑器右上角的Batch工具。输出整个实验 组的数据。如（图五 ）所示
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3. 在FlowJo工作台中选中“用于周期分析的二倍体细胞”这个结点，在工具栏的“工具”中选择“细胞 周期”。 如（图四 ）所示
说明：
（图四 ）
1) 分析的模型有Watson和DJF两种，用户可以选择任意一种进行分析，两模型间没有实质的差别。模式
右边是两种模型的显示方式。
2) 细胞周期拟合原则：G1峰限制和G2峰限制。根据实验结果拟合情况，对G1峰限制和G2峰限制进行适
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（图三 ）
X轴选择FL3-LIN,用来表示PI的线性信号。Y轴选择FL3-PEAK,用来表示PI的峰值信号。本实验数据采集采 用的是贝克曼仪器采集的数据。（如果是BD的仪器采集的数据 ，X轴选择FL2-W,用来表 示PI的宽度 信 号。Y轴 选择FL2-A,用来表 示PI的 面积信号），如上图所示多倍体或异倍体细胞不予分析。
l 通常，根据G1期、S期 、G2期的百分含量来判断细胞周期的变化。相对于正常的细胞，加药 或 者 照 射 的细 胞 的 周 期 可 能会 发 生 变 。 一 般 根 据S+G2期 的 百 分 含 量 判断 处 理 后 的细 胞 是 促 进增 殖还是抑制增殖。
5. 细胞周期分析常用术语：
l CV：变异系数。不同细胞群体DNA含量的细微差别可能有生物学上的重要意义，因此DNA含量的流 式分析中分辨率尤其关键。通常检测分辨率或精度由G0/G1峰的CV来反映。影响CV的因素主要 包括两方面：仪器因素和样品制备及染色过程对标本的人为影响。