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影响小麦面团强度的贮藏蛋白基因表达研究
麦类作物学报 2023,43(7):857-864J o u r n a l o fT r i t i c e a eC r o ps d o i :10.7606/j.i s s n .1009-1041.2023.07.07网络出版时间:2023-06-15网络出版地址:h t t ps ://k n s .c n k i .n e t /k c m s 2/d e t a i l /61.1359.S .20230614.1650.002.h t m l 影响小麦面团强度的贮藏蛋白基因表达研究收稿日期:2022-08-02 修回日期:2022-11-06基金项目:河南省农业科学院自主创新基金项目(2023Z C 004);河南省科技攻关项目(232102110254)第一作者E -m a i l :n k y c h a o yu e e n @163.c o m 通讯作者:曹廷杰(E -m a i l :c a o t i n g ji e 893@163.c o m )晁岳恩,王沙沙,杨剑,杨攀,黄超,汪庆昌,曹廷杰(河南省农业科学院小麦研究所,河南郑州450002)摘 要:小麦品质主要由籽粒贮藏蛋白的含量和类型决定,高分子量麦谷蛋白亚基(HMW -G S s)组合是决定加工品质的主要因素㊂为了解HMW -G S s 组合完全一致㊁蛋白含量相似的两个品种面团稳定时间相差近一倍的原因(郑麦158:高面团强度;郑麦369:低面团强度),通过转录组测序比较了籽粒发育中期3个时间点(花后14㊁21和28d )的贮藏蛋白基因表达差异,分析了差异表达基因编码蛋白对面粉质量的贡献以及面粉的巯基含量差异等㊂结果表明,在3个时间点,两个品种间的HMW -G S s 基因表达均无显著差异;郑麦158较郑麦369共有24个贮藏蛋白编码基因有显著表达差异,其中上调表达基因12个(23次),下调表达基因12个(23次)㊂12个显著上调表达基因中,包括9个燕麦类似蛋白基因(18次)㊁2个γ-醇溶蛋白基因(4次)和1个α-醇溶蛋白基因;在12个下调表达基因中,包括11个α-或α/β-醇溶蛋白基因(21次)和1个燕麦类似蛋白基因(2次)㊂两品种比较,郑麦158面粉的硫元素含量较低,但自由巯基和二硫键含量较高㊂基于蛋白二硫键预测和面粉蛋白质量评价模型分析结果,差异表达基因编码的燕麦类似蛋白和γ-醇溶蛋白对面团强度的贡献不低于优质HMW -G S s ㊂推测燕麦类似蛋白与个别γ-醇溶蛋白可能是影响面团强度的重要蛋白;蛋白的高自由巯基含量是高面筋强度的分子基础㊂关键词:小麦;转录组分析;贮藏蛋白;燕麦类似蛋白;面团强度;自由巯基中图分类号:S 512.1;S 330 文献标识码:A 文章编号:1009-1041(2023)07-0857-08A n a l y s i s o f t h eE x p r e s s e dG e n e sE n c o d i n g W h e a t S t o r a g e P r o t e i n sA s s o c i a t e dw i t hD o u g hS t r e n gt hT r a i t s C H A OY u e e n ,W A N G S h a s h a ,Y A N GJ i a n ,Y A N GP a n ,H U A N GC h a o ,W A N G Q i n g c h a n g ,C A OT i n g ji e (I n s t i t u t e o fW h e a tR e s e a r c h ,H e n a nA c a d e m y o fA gr i c u l t u r a l S c i e n c e s ,Z h e n z h o u ,H e n a n450002,C h i n a )A b s t r a c t :C o m b i n a t i o n s o f h i g h -m o l e c u l a r -w e i g h t g l u t e n i n s u b u n i t s (HMW -G S s )a r e t h o u gh t t o b e t h e m a j o r d e t e r m i n a n t s o f t h e v i s c o -e l a s t i c p r o p e r t i e so f g l u t e n i nw h e a t .W e c o m p a r e d t h ed i f f e r e n t i a l l ye x p r e s s e d g e n e s e n c o d i n g w h e a t g r a i ns t o r a ge p r o t e i n s (G S P s )b e t w e e nt w oc u l t i v a r sw i t ht h es a m e c o m b i n a t i o n s o fHMW -G S s a n ds i m i l a r p r o t e i nc o n t e n t s ,b u tw i t hc o n t r a s t i n g d o u g hs t a b i l i t y ti m e .W e p e r f o r m e d c o m p a r a t i v e t r a n s c r i p t o m i c a n a l y s e s b e t w e e n t w ow h e a t c u l t i v a r s ,Z M 158(g r e a t d o u gh s t r e n g t h )a n dZ M 369(w e a kd o u g h s t r e n g t h ),a t t h r e e g r a i n -f i l l i n g s t a g e s (14,21a n d 28d a y s -po s t -a n -t h e s i s )a n d c o m p a r e d t h e s u l f h y d r y l g r o u p c o n t e n t o f t h e f l o u r f r o mt h e t w o c u l t i v a r s .W e a l s o d e t e r -m i n e dt h ec o n t r i b u t i o no f t h ed i f f e r e n t i a l l y e x p r e s s e dw h e a tG S P g e n e s t o t h ed o u g hs t r e n gt ht r a i t s b a s e do n a n e v a l u a t i o nm o d e l a n d p r e d i c t i o n o f d i s u l f i d e b o n d s .T h e r e s u l t s s h o w e d t h a t 24G S P g e n e sw e r e s i g n i f i c a n t l y d i f f e r e n t i a l l y e x p r e s s e d (46t i m e s )b e t w e e n t h e t w o c u l t i v a r s a t t h e t h r e e g r a i n -f i l l -i n g s t a g e s ;12o f t h e m w e r e u p -r e g u l a t e d (23t i m e s )a n d 12w e r e d o w n -r e gu l a t e d (23t i m e s ),b u t t h e r e w a sn o g e n ee n c o d i n g HMW -G S s .T h eu p -r e g u l a t e dG S P g e n e sc o n t a i n e d n i n ea v e n i n -l i k e g e n e s (18t i m e s ),t w o γ-g l i a d i n g e n e s (4t i m e s ),a n d o n e α-g l i a d i n g e n e .T h e d o w n -r e gu l a t e d g e n e s c o n t a i n e d 11Copyright ©博看网. All Rights Reserved.α-o rα/β-g l i a d i n g e n e s(21t i m e s)a n d o n e a v e n i n-l i k e g e n e(2t i m e s).T h e p r e d i c t i o n o f p r o t e i nd i s u l f i d e b o n d s a n d t h e e v a l u a t i o nm o d e l o f f l o u r q u a l i t y c o n t r i b u t i o n i n d i c a t e d t h a t t h e a v e n i n-l i k e p r o t e i n s a n d γ-g l i a d i nm a y c o n t r i b u t em o r e t od o u g hs t r e n g t h t h a n t h e e l i t eHMW-G S s.W e a l s o f o u n d t h e r ew a s l o w e r s u l f u r c o n t e n t b u t h i g h e r f r e e s u l f h y d r y l g r o u p c o n t e n t i n t h e f l o u r f r o mZ M158c o m p a r e dw i t h t h e i rc o n t e n t i nt h e f l o u r f r o m Z M369.C o n s e q u e n t l y,c o m b i n a t i o n so fHMW-G S s m a y n o tb et h e m a i n c o n t r i b u t o r s t o f l o u r s t r e n g t h p r o p e r t i e s,w h e r e a s a v e n i n-l i k e p r o t e i n s a n dγ-g l i a d i n s a r e a l s o i m-p o r t a n t s t o r a g e p r o t e i n s r e l a t e d t od o u g hs t r e n g t h.F u r t h e r m o r e,t h eh i g h f r e e s u l f h y d r y l c o n t e n t o f f l o u r p r o t e i n i s t h e c h e m i c a l b a s i s o f g r e a t d o u g hs t r e n g t h.K e y w o r d s:W h e a t;R N A-s e q u e n c i n g;S t o r a g e p r o t e i n;A v e n i n-l i k e p r o t e i n s;D o u g hs t r e n g t h;S u l f-h y d r y l g r o u p s小麦是我国主要农作物之一,是多种面食的原料㊂小麦面粉的独特性在于其蛋白与水相互作用能交联形成疏松多孔的面筋㊂小麦的加工品质与其蛋白含量密切相关,小麦粉含有8%~20%的蛋白质,其中面筋蛋白约占小麦总蛋白质含量的80%~85%,面筋蛋白的类型和含量影响面团的强度㊁粘弹性㊁延展性等指标,决定着面粉的加工适用性[1-5]㊂在实际面制品加工中发现,部分小麦品种蛋白含量较低,但面筋强度较高,说明面粉质量不仅受籽粒蛋白含量影响,蛋白成份也是重要的影响因素[6]㊂面筋蛋白的主要成份是麦谷蛋白和醇溶蛋白,麦谷蛋白按分子量大小可分为高分子量麦谷蛋白(HMW-G S)和低分子量麦谷蛋白(L MW-G S);HMW-G S通过分子间或分子内二硫键作用形成面筋骨架,决定着面团的强度和弹性[5-10]㊂HMW-G S仅占总面筋蛋白的10%,其亚基的组合方式被认为决定着70%的面粉质量特性[11-12];除遗传因素外,栽培措施对面粉质量也有影响[13]㊂在育种过程中却发现,即使HMW-G S组合完全一致㊁蛋白含量相同的小麦品种的面粉质量存在较大差异,面团强度参数存在显著差异,暗示除HMW-G S s外,可能还存在其它影响面团强度性状的蛋白类型㊂本研究以具有一定亲缘关系且HMW-G S组合完全一致㊁蛋白含量基本相同㊁面粉质量有较大差异的两个品种为材料,在籽粒面筋蛋白积累速度较为稳定的灌浆中期[14-16],通过转录组测序分析两个品种面筋蛋白相关基因的表达差异,探讨其面粉质量差异的可能原因,为小麦品质育种提供参考㊂1材料与方法1.1试验材料供试品种为郑麦369和郑麦158,前期研究发现,二者间HMW-G S组含完全相同,蛋白含量相同,面团强度差异显著㊂于2019 2020年度种植在河南省农业科学院试验基地,小区长6m,宽2m,行距0.2m,相邻种植,无重复,常规管理㊂郑麦369亲本组合为郑麦366ˑ良星99,郑麦158亲本组合为(B i g e a z-250/96)ˑ周麦16)ˑ郑麦366㊂转录组测序分析样品分别取自花后14㊁21㊁28d的穗中部两侧籽粒,液氮速冻后带回试验室保存于-80ħ冰箱㊂收取成熟籽粒,磨粉并测定面粉质量参数㊂1.2面粉品质参数检测制粉:参照A A C C26-20方法,用B UH L E R 实验磨磨粉㊂粗蛋白含量:用丹麦F O S S公司凯氏定氮仪K j e l t e c测定㊂面团流变学参数:用德国B r a b e n d e r公司的810104型粉质仪(F a r i n o-g r a p h),按G B/T14614-93测定吸水率㊁面团形成时间㊁稳定时间㊁弱化度㊂面筋参数:用瑞典P e r-t e n公司的2200型面筋仪(G l u t o m a t i c),按G B/ T14608-93测定小麦粉湿面筋含量及湿面筋指数㊂1.3面粉蛋白提取醇溶蛋白和麦谷蛋白提取按照文献优化的方法[17],其中,S D S-P A G E分离胶浓度12%,浓缩胶浓度4%,考马斯亮蓝(R-250)染色㊂1.4转录组测序及生物信息学分析R N A提取㊁转录组测序及生物学信息分析由杭州联川生物技术有限公司(中国,杭州)完成,所有技术操作㊁基因组比对㊁转录本组装㊁F P KM定量及G O和K E G G富集分析工作均由该公司完㊃858㊃麦类作物学报第43卷Copyright©博看网. All Rights Reserved.成㊂每个样品三次生物学重复㊂使用S t r i n g T i e 软件(h t t p s://c c b.j h u.e d u/s o f t w a r e/h i s a t2)对基因或转录本进行组装并用F P KM[每百万测序片段中来自某一基因每千碱基长度的数目:F P-KM=t o t a l_e x o n_f r a g m e n t s/m a p p e d_r e a d s (m i l l i o n s)的e x o n_l e n g t h(k B)]定量,使用R包e d g e R(h t t p s://b i o c o n d u c t o r.o r g/p a c k a g e s/r e-l e a s e/b i o c/h t m l/e d g e R.h t m l)对样本之间的差异基因进行分析,差异倍数>2倍或<0.5倍,且P<0.05定义为差异表达基因㊂1.5面粉硫及巯基含量测定硫含量检测:浓硝酸消化后用液相离子色谱测定硫元素含量(I C-2001;T O S O H,J a p a n),阴离子标准液使用W a k oP u r eC h e m i c a l s(J a p a n),详细操作采用M a r u y a m a优化的方法[18]㊂总巯基和自由巯基含量测定及二硫键含量计算参考W a n g等[19]的方法㊂1.6蛋白质量评价从N C B I数据库下载不同类型的HMW-G S s氨基酸序列信息,利用巯基和二硫键含量预测在线程序(S C R A T C H P r o t e i n P r e d i c t o r:h t t p:// s c r a t c h.p r o t e o m i c s.i c s.u c i.e d u),对部分差异表达基因编码蛋白和HMW-G S s的自由巯基㊁二硫键含量进行预测,并利用蛋白质量评价模型进行评分比较[20]㊂1.7数据处理采用E x c e l2007进行数据分析和显著性检验㊂2结果与分析2.1面粉质量参数分析从表1可知,两个品种的粗蛋白含量无显著差异,郑麦158的湿面筋含量和吸水率显著低于郑麦369,但面筋指数㊁形成时间和稳定时间显著高于后者,郑麦158稳定时间约为郑麦369的两倍,推测郑麦158含有较多对面团强度贡献较大的面筋蛋白㊂2.2面筋蛋白亚基分析从图1可以看出,两个品种的HMW-G S组表1两品种的面粉品质特性T a b l e1P r o c e s s i n gq u a l i t y o f t h e t w ow h e a t c u l t i v a r s品种C u l t i v a r粗蛋白含量C r u d e p r o t e i nc o n t e n t/%湿面筋含量W e t g l u t e nc o n t e n t/%面筋指数G l u t e n i n d e x/%吸水率W a t e ra b s o r p t i o n/%形成时间D o u g hd e v e l o p m e n tt i m e/m i n稳定时间S t a b i l i t y t i m e/m i nZ M15813.5ʃ0.627.3ʃ0.588.6ʃ1.9﹡60.0ʃ0.48.0ʃ0.5﹡16.5ʃ1.0﹡﹡Z M36913.9ʃ0.332.5ʃ1.8﹡﹡70.1ʃ4.668.5ʃ1.1﹡6.2ʃ0.38.4ʃ0.4Z M158:郑麦158;Z M369:郑麦369;*和**分别表示品种间差异在0.05和0.01水平显著㊂下同㊂Z M158:Z h e n g m a i158;Z M369:Z h e n g m a i369;*a n d**i n d i c a t e s i g n i f i c a n t d i f f e r e n c eb e t w e e n t w o c u l t i v a r s s a t0.05a n d0.01 l e v e l s,r e s p e c t i v e l y.T h e s a m e i n t a b l e3.合完全一致(1㊁5+10㊁7+8),说明HMW-G S组合可能不是两个品种之间面粉质量差异的主要原因;L MW-G S s和醇溶蛋白的电泳图谱稍有差异,推测这些蛋白的组成和含量差异可能是导致两个品种之间品质差异的原因㊂2.3面筋蛋白的基因表达差异根据测序结果,发现在小麦花后14㊁21㊁28d 时,两个品种间籽粒中HMW-G S基因表达均无显著性差异,这与其蛋白检测结果相同,说明HMW-G S s不是两个品种间面团强度性状差异的主要原因㊂由表2可知,与郑麦369比较,郑麦158在3个时间点共有24个(46次)基因表达有显著差异,其中显著上调表达基因12个(23次),显著下调表达基因12个(23次)㊂上调表达基因包括9个燕麦类似蛋白基因(18次)㊁2个γ-醇溶图1两个品种的麦谷蛋白和醇溶蛋白电泳图F i g.1S D S-P AG Eo f g l u t e n i n s a n d g l i a d i n sf r o mt h e t w ow h e a t c u l t i v a r s蛋白基因(4次)和1个α-醇溶蛋白基因;下调表达基因包括11个α-或α/β-醇溶蛋白基因(21次)㊃958㊃第7期晁岳恩等:影响小麦面团强度的贮藏蛋白基因表达研究Copyright©博看网. All Rights Reserved.和1个燕麦类似蛋白基因(2次)㊂其中,燕麦类似蛋白基因占郑麦158显著上调表达基因总量的75%,暗示燕麦类似蛋白可能对面团强度性状有重要作用㊂郑麦158显著上调表达基因的染色体组定位分析显示,上调表达的基因全部位于A㊁D染色体组,其中A染色体组基因出现15次,占总数的65%㊂另外,从燕麦类似蛋白的染色体定位看,这些基因分别定位在7A㊁7D和4A染色体,7B染色体未发现差异表达的燕麦类似蛋白基因㊂所以,从本研究两个材料来说,A组染色体编码的面筋蛋白与面粉强度性状的相关性最高,D组次之㊂表2不同发育时期籽粒中表达显著差异的贮藏蛋白基因T a b l e2D i f f e r e n t i a l l y e x p r e s s e d g e n e s o fw h e a t g r a i n s t o r a g e p r o t e i n s a t d i f f e r e n t d e v e l o p m e n t a l s t a g e sG e n e_I D P r o t e i nd a s s i f i c a t i o n R e l a t i v e e x p r e s s i o nZ M158Z M369S i g n i f i c a n t r e g u l a t i o n 花后14d14d a y s-p o s t-a n t h e s i sT r a e s C S1D02G001100G a mm a-g l i a d i n117686.573630.57u pT r a e s C S4A02G451811A v e n i n-l i k e b1523.1720.17u pT r a e s C S7A02G035300A v e n i n-l i k e b61105.4515.82u pT r a e s C S6A02G048900A l p h a/b e t a-g l i a d i n12.59786.81d o w nT r a e s C S6B02G066001A l p h a/b e t a-g l i a d i n114.34244.29d o w nT r a e s C S7A02G036800A v e n i n-l i k e b188.83350.55d o w nT r a e s C S U02G153800A l p h a/b e t a-g l i a d i n8.201429.98d o w nT r a e s C S U02G188800A l p h a-g l i a d i n501.142538.28d o w n花后21d21d a y s-p o s t-a n t h e s i sT r a e s C S1D02G001100G a mm a-g l i a d i n116756.402711.65u pT r a e s C S4A02G451811A v e n i n-l i k e b1896.4150.22u pT r a e s C S4A02G453400A v e n i n-l i k e a47395.601227.59u pT r a e s C S4A02G453800A v e n i n-l i k eb6601.462708.11u pT r a e s C S7A02G035300A v e n i n-l i k e b62487.5130.83u pT r a e s C S7A02G035500A v e n i n-l i k e a39305.121481.27u pT r a e s C S7A02G035600A v e n i n-l i k e a41878.31692.09u pT r a e s C S7D02G032000A v e n i n-l i k e a1268.520.05u pT r a e s C S7D02G032100A v e n i n-l i k e a412941.552214.42u pT r a e s C S7D02G031700A v e n i n-l i k e b614215.003924.58u pT r a e s C S6A02G048900A l p h a/b e t a-g l i a d i n11.741945.21d o w nT r a e s C S6A02G049700A l p h a/b e t a-g l i a d i n1588.093344.69d o w nT r a e s C S6B02G066000A l p h a/b e t a-g l i a d i n1251.343190.28d o w nT r a e s C S6B02G066001A l p h a/b e t a-g l i a d i n147.79518.72d o w nT r a e s C S7A02G036800A v e n i n-l i k e b1119.70369.01d o w nT r a e s C S U02G108205A l p h a-g l i a d i n539.191111.61d o w nT r a e s C S U02G108300A l p h a-g l i a d i n1522.773245.03d o w nT r a e s C S U02G108700A l p h a-g l i a d i n3757.639834.43d o w nT r a e s C S U02G149946A l p h a/b e t a-g l i a d i n2368.445228.34d o w nT r a e s C S U02G149951A l p h a/b e t a-g l i a d i n2269.585484.85d o w nT r a e s C S U02G153800A l p h a/b e t a-g l i a d i n9.423897.28d o w nT r a e s C S U02G188800A l p h a-g l i a d i n530.164160.66d o w nT r a e s C S U02G220200A l p h a-g l i a d i n3035.236229.49d o w nT r a e s C S U02G265913A l p h a-g l i a d i n90.66482.20d o w n花后28d28d a y s-p o s t-a n t h e s i sT r a e s C S1D02G001100G a mm a-g l i a d i n114243.871953.81u pT r a e s C S1A02G007700G a mm a-g l i a d i nA4283.76877.03u pT r a e s C S4A02G451811A v e n i n-l i k e b1124.4410.62u pT r a e s C S4A02G453800A v e n i n-l i k eb1050.63362.81u pT r a e s C S6A02G049800A l p h a-g l i a d i n7343.883259.18u pT r a e s C S7A02G035300A v e n i n-l i k e b6540.9819.17u pT r a e s C S7A02G035500A v e n i n-l i k e a31072.94346.61u pT r a e s C S7A02G035600A v e n i n-l i k e a4225.5480.00u pT r a e s C S7D02G031700A v e n i n-l i k e b62216.16552.01u pT r a e s C S7D02G032100A v e n i n-l i k e a41908.71617.00u pT r a e s C S6A02G048900A l p h a/b e t a-g l i a d i n20.394983.39d o w nT r a e s C S6B02G066001A l p h a/b e t a-g l i a d i n310.64910.51d o w nT r a e s C S U02G153800A l p h a/b e t a-g l i a d i n15.778122.15d o w nT r a e s C S U02G188800A l p h a-g l i a d i n153.013271.17d o w n㊃068㊃麦类作物学报第43卷Copyright©博看网. All Rights Reserved.2.4 面粉硫及巯基集团含量分析为分析两个品种的巯基集团含量与面粉品质的相关性,对面粉中的硫和巯基(自由巯基㊁总巯基)及分子内二硫键含量进行了分析,结果(表3)发现,二者间总巯基含量无显著差异,郑麦158的总硫含量明显较低,其自由巯基含量显著高于郑麦369㊂面粉中面筋蛋白占总蛋白含量的80%以上,可以用面粉中的硫及巯基含量衡量其在面筋蛋白中的含量㊂暗示在含硫氨基酸的组成上,郑麦158面筋蛋白中的半胱氨酸残基含量比例较高,且分子内二硫键比例较低,而郑麦369面筋蛋白中的甲硫氨酸残基含量比例较高㊂表3 两个品种面粉中的巯基含量T a b l e 3 S u l f u r a n d s u l f h y d r y l g r o u p co n t e n t s f r o mf l o u r o f t h e t w o c u l t i v a r s 品种C u l t i v a r 硫含量S c o n t e n t /(m g㊃g -1)自由巯基含量F r e e -S Hc o n t e n t /(μm o l ㊃g -1)总巯基含量T o t a l -S Hc o n t e n t /(μm o l ㊃g -1)二硫键含量S -Sb o n d c o n t e n t /(μm o l ㊃g -1)Z M 1581.34ʃ0.0614.00ʃ0.16﹡16.33ʃ0.291.165Z M 3691.42ʃ0.06﹡13.56ʃ0.1715.55ʃ1.360.9952.5 差异表达蛋白的质量评价根据在线软件(S C R A T C H P r o t e i nP r e d i c -t o r)的分析原理,蛋白分子内二硫键的有无和自由巯基数量分属两个独立的预测,即:当一个蛋白被预测为无分子内二硫键时,也会预测潜在的二硫键含量㊂因此,在对蛋白的面粉质量贡献进行评价时,首先考虑二硫键的有,然后再考虑二硫键的数量㊂当一个蛋白预测为无分子内二硫键时,其半胱氨酸数量全部视为自由巯基数量;有分子内二硫键时,总半胱氨酸数量减去形成二硫键的半胱氨酸数量后剩余的半胱氨酸数量即为自由巯基数量㊂具体评分方法按照分值=0.9x +0.3y 计算,其中x 为某个蛋白质的自由巯基数量,y 为这个蛋白质的分子内二硫键数量[20]㊂从数据库下载的部分H MW -G S s 和差异表达基因编码蛋白的评估分值见表4和表5,按照H MW -G S 对面团强度贡献评分不低于3.6作为优质蛋白评价标准,11个上调的差异表达基因编码蛋白中,有9个达到优质蛋白标准,其中γ-醇溶蛋白(T r a e s C S 1D 02G 001100)在3个时间点都显著上调表达,且分值超过了全部HMW -G S 的评分;仅有有两个基因(T r a e s C S 4A 02G 451811:A v e n i n -l i k e b 1;T r a e s C S 1A 02G 007700:G a mm a -g l i a d i n A )没有达到优质亚基标准,但其评分(3.0分)也与中等类型的HMW -G S 相同㊂在分析的3个下调基因中(在3个时间点出现8次),也有1个编码蛋白达到了优质HMW -G S 的分值,表明可能也有对面团强度有贡献的蛋白在郑麦158中呈下调表达趋势㊂表4 基于巯基预测结果的HMW -G S 质量评价T a b l e 4 P r e d i c t e dn u m b e r o f d i s u l f i d e b o n d s i nHMW -G S a n d e v a l u a t i o n s c o r e sP r o t e i n c l a s s i f i c a t i o nN a m e G e n e B a n ka c c e s s i o nN u m b e ro fC y s P r e s e n c e o fd i s u l f i de b o n dN u m b e r o fd i s u l f i de b o n d sS c o r e v a l u eHMW -G S1D y 10.1A A U 04841.17N o 36.31D x 5D A A 06555.15N o 24.51D y3A I E 47879.15N o 34.51A x 1A H Z 62762.14N o 23.6B x 7O EA E P 33190.14N o23.61D y 12**A YM 46701.18Y e s 32.71A y AWM 72944.16Y e s 22.41A yA V K 88282.16Y e s 22.41D y 12.6A K P 95632.17Y e s 31.81B y9C A A 43361.17Y e s 31.8㊃168㊃第7期晁岳恩等:影响小麦面团强度的贮藏蛋白基因表达研究Copyright ©博看网. All Rights Reserved.表5基于巯基预测结果的差异表达基因编码蛋白的质量评价T a b l e5P r e d i c t e dn u m b e r o f d i s u l f i d e b o n d sw h e a t s t o r a g e p r o t e i n s e n c o d e d b y d i f f e r e n t i a l l y e x p r e s s e d g e n e s a n d e v a l u a t i o n s c o r e s P r o t e i n c l a s s i f i c a t i o n S i g n i f i c a n tr e g u l a t i o n G e n e_I D N u m b e ro fC y s P r e s e n c e o fd i s u l f i de b o n d N u m b e r o fd i s u l f i de b o n d s S c o r e v a l u e G a mm a-g l i a d i n11U p.14,21,28T r a e s C S1D02G0011008N o37.2A v e n i n-l i k e U p.21,28T r a e s C S7D02G03170018Y e s75.7A v e n i n-l i k e b6U p.14,21,28T r a e s C S7A02G03530019Y e s85.1A v e n i n-l i k e b U p.21,28T r a e s C S4A02G45380019Y e s85.1A v e n i n-l i k e a3U p.21,28T r a e s C S7A02G03550014Y e s63.6A v e n i n-l i k e a4U p.21,28T r a e s C S7D02G03210014Y e s63.6A v e n i n-l i k e a1U p.21T r a e s C S7D02G03200014Y e s63.6A v e n i n-l i k e a4U p.28T r a e s C S7A02G03560014Y e s63.6A v e n i n-l i k e a4U p.21T r a e s C S4A02G45340014Y e s63.6A v e n i n-l i k e b1U p.14,21,28T r a e s C S4A02G45181110Y e s43.0G a mm a-g l i a d i nA U p.28T r a e s C S1A02G0077008Y e s33.0A l p h a/b e t a-g l i a d i n D o w n.14,21,28T r a e s C S U02G1538006N o25.4A l p h a-g l i a d i n D o w n.14,21,28T r a e s C S U02G1888006Y e s22.4A v e n i n-l i k e b1D o w n.14,21T r a e s C S7A02G03680012Y e s53.33讨论面团强度参数是衡量面粉品质的重要指标,与面包烘焙体积呈正相关[5]㊂HMW-G S及其组合方式是影响面团强度的主要遗传因素[5-12]㊂本研究结果却表明,燕麦类似蛋白和部分醇溶蛋白对面团强度性状也有较大影响㊂燕麦类似蛋白为近年来发现的一类富含半胱氨酸的小麦面筋蛋白,被视为非典型面筋蛋白质成分(a t y p i c a l g l u t e nc o m p o n e n t s),包括a㊁b两个大类,又可分为若干小类[21-22]㊂目前,燕麦类似蛋白与面粉品质的相关研究还不多,已有的研究与本研究结果相似,如W a n g等[23]曾将中国春中的一个b类燕麦类似蛋白基因在郑麦9023中表达,转基因材料的面团强度明显提高,但在这个蛋白中额外引入1个半胱氨酸突变后,面团强度和弹性下降;二硫键预测结果表明,新增加的巯基与分子内的其他自由巯基形成了分子内二硫键,表明与总巯基含量相比,面筋蛋白的高自由巯基含量才是其影响面团强度的根本原因㊂M a等[24-25]研究也发现,类燕麦b贮藏蛋白具有改善面团强度的潜力㊂关于a类燕麦类似蛋白与面粉质量的关系,目前尚未检索到相关研究文献,但从本研究结果看,高面团强度品种郑麦158的9个显著上调的燕麦类似蛋白基因中,包括5个a类燕麦类似蛋白基因,且评分也全部达到了优质蛋白水平,由此推测a类燕麦类似蛋白在面团强度性状中发挥着重要效应㊂差异表达基因的染色体组定位分析显示,燕麦类似蛋白基因全部位于A㊁D染色体组,在B组染色体上没有发现燕麦类似蛋白基因㊂据推测,普通六倍体小麦的四倍体祖先中曾发生过4A L/ 7B S易位或近着丝粒倒位情况,可能导致了原来应该位于7B S的燕麦蛋白编码位点转移到了4A L上[26]㊂醇溶蛋白是面筋蛋白的主要成分之一,通常认为,醇溶蛋白是以非共价键形式结合到面筋中,主要影响面团的粘性和延展性,对面团强度具有负向效应㊂本研究结果表明,高面团强度郑麦158的显著下调表达的基因中,醇溶蛋白基因数量占总数的78.6%,这与醇溶蛋白对于面团强度具有负向效应的观点一致[27-29]㊂但是,在郑麦158的显著上调表达基因中,两个γ-醇溶蛋白(T r a e s C S1D02G001100,T r a e s C S1A02G007700)基因也表现显著性上调,其中位于1D染色体的醇溶蛋白(T r a e s C S1D02G001100)基因在3个时期均表现显著性上调,生物信息学分析表明其含有8个自由巯基,面团强度的贡献评分为7.2分,超过了公认的优质HMW-G S(1D y10和1D x5),暗示其面团强度有较大贡献㊂有研究表明,某些醇溶蛋白也可以通过分子间二硫键结合到面筋中(尤其是奇数半胱氨酸残基含量的蛋白质至少存在一个自由巯基),进而影响到面团的强度[20,30-34]㊂研究表明,面粉蛋白中的自由巯基和二硫键㊃268㊃麦类作物学报第43卷Copyright©博看网. All Rights Reserved.对面团结构及面团稳定性有重要影响,在揉面过程中,不同面粉蛋白质分子的自由巯基相互结合成二硫键,形成的面筋骨架决定着面团的结构和特性[35-39]㊂因此,小麦蛋白中的巯基含量是决定面团流变学特性及烘焙质量的关键因素[40-41]㊂本研究表明,高面团强度的郑麦158中,自由巯基含量㊁总巯基含量和总二硫键含量均高于面团强度较低的郑麦369㊂因此,进一步探索小麦籽粒蛋白中的高半胱氨酸和高自由巯基含量形成原因,对于阐释小麦面粉质量形成机制㊁完善优质小麦育种技术具有参考意义㊂4结论燕麦类似蛋白在面团强度性状上有较大贡献,可能是决定面团强度性状的另一遗传因素,个别类型的γ-醇溶蛋白可能对面团强度性状也有贡献;探索小麦籽粒蛋白中高半胱氨酸和高自由巯基含量的形成原因,对于完善现有优质小麦育种技术具有一定的参考意义㊂参考文献:[1]S H E WR YPR,T A T H AM AS,HA L F O R D N G,e t a l.O p-p o r t u n i t i e sf o r m a n i p u l a t i n g t h es e e d p r o t e i nc o m p o s i t i o no f w h e a t a n db a r l e y i no r d e r t o i m p r o v e q u a l i t y[J].T r a n s g e n i c R e s e a r c h,1994,3(1):11.[2]S H E WR YPR,T A T H AM AS,B A R R OF,e t a l.B i o t e c h n o l-o g y o f b r e a d m a k i n g:U n r a v e l i n g a n dm a n i p u l a t i n g t h em u l t i-p r o t e i n g l u t e nc o m p l e x[J].B i o t e c h n o l o g y,1995,13:1186.[3]S H E WR YP R,N A P I E RJA,T A T H AM A S.S e e ds t o r a g e p r o t e i n s:S t r u c t u r e s a n db i o s y n t h e s i s[J].P l a n t C e l l,1995,7: 953.[4]D U P O N TF M,A L T E N B A C H SB.M o l e c u l a r a n db i o c h e m i-c a l i m p a c t s o f e n v i r o n m e n t a l f a c t o r so nw h e a t g r a i nde v e l o p-m e n t a n d p r o t e i ns y n t h e s i s[J].J o u r n a lof C e r e a lS c i e n c e, 2003,38:136.[5]D E L C O U RJA,J O Y EI J,P A R E Y T B,e ta l.W h e a t g l u t e nf u n c t i o n a l i t y a sa q u a l i t y d e t e r m i n a n ti n c e r e a l-b a s e df o o d p r o d u c t s[J].A n n u a lR e v i e wo f F o o dS c i e n c ea n dT e c h n o l o-g y,2012,3(1):470.[6]C H A U D H A R Y N,D A N G IP,K HA T K A R BS.R e l a t i o n s h i p o fm o l e c u l a rw e i g h td i s t r i b u t i o n p r o f i l eo fu n r e d u c e d g l u t e n p r o t e i ne x t r a c t s w i t h q u a l i t y c h a r a c t e r i s t i c so fb r e a d[J].F o o dC h e m i s t r y,2016,210:325.[7]G U P T R B,MA C R I T C H I E F.A l l e l i cv a r i a t i o na t g l u t e n i n s u b u n i ta n d g l i a d i nl o c i,g l u-1,g l u-3a n d g l i-1o fc o mm o n w h e a t s.I I.B i o c h e m i c a lb a s i so ft h ea l l e l i ce f f e c t so nd o u g h p r o p e r t i e s[J].J o u r n a l o f C e r e a l S c i e n c e,1994,19:28. 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HIPER_IIG操作说明
，
安装完以后点击“是 ”，重启接收机然后连
接TRU软件。机静态记
录相关参数。
设置接收机内置电台
在菜单栏中选择设备→应用模式→调制解调 器管理，然后点击设备→连接，在这里可以
设置接收机的调制解调器。
简单终端
在菜单栏中选择设备→应用模式→简单终端，
进入终端窗口。高级用户可以使用此项功能设 置接收机。
HiPer IIG 产品培训
Xi'an YuHang Instrument Co., Ltd.
Lixin Bin
培训内容
1. HIPER IIG产品介绍 2. 通过TRU设置接收机参数 3. RTK操作 4. 静态测量设置 5. 常见问题解决 6. 使用注意事项 7. 野外测试情况
一、HIPER IIG产品介绍
内置1W（目前最大功率）发射电台 5~8公里作业半径 高兼容
超宽频率范围
410-470MHz
兼容格式
Simplex，Trimble，PDL
内置电台兼容除HIPER PRO 以外的其他拓普康接收机。
编辑配置集-电台模式
键入配置集名称，类型选择 “RTK”，点击“继续”，分 别设置基准站及流动站参数。
• 绿色 只有电池可用 • 红色 只有外置电源可用 • 琥珀色 电池和外置电源同时可
用
LED指示灯状态
卫星追踪指示条
➢ 内置电池 • 绿色 高于8颗 • 黄色 6颗或7颗 • 红色 4颗或5颗 • 红色闪烁 1颗、2颗或3颗
定位状态LED
• 绿色 单点定位或固定 • 红色 DGPS或RTK浮点解 • 琥珀色 RTK固定解
HIPER IIG 接入CORS基站
有两种方式：
• 通过内置GSM模块接入CORS网 • 通过手簿网络接入 CORS网
软件介绍之Hisat2
软件介绍之Hisat2咱们《生信技能树》的B站有一个lncRNA数据分析实战，缺乏配套笔记，所以我们安排了100个lncRNA组装案例文献分享，以及这个流程会用到的100个软件的实战笔记教程！下面是100个lncRNA组装流程的软件的笔记教程一、Hisat2介绍Hisat是一种高效的RNA-seq实验比对工具。
它使用了基于BWT 和Ferragina-manzini (Fm) index 两种算法的索引框架。
使用了两类索引去比对，一类是全基因组范围的FM索引来锚定每一个比对，另一类是大量的局部索引对这些比对做快速的扩展。
比对原理可阅读文献原文：HISAT: a fast spliced aligner with low memory requirements.二、Hisat2设计原则1.优化了索引建立策略hisat2应用了基于bowtie2的方法去处理很多低水平的用于构建和查询FM索引的操作。
但是与其它比对器不同的是，该软件应用了两类不同的索引类型：代表全基因组的全局FM索引和大量的局部小索引，每个索引代表64000bp的区域。
以人类基因组为例，创建了约48000个局部索引，每一个索引与其相邻索引重叠1024bp，最终可以覆盖这个30亿个碱基的基因组。
这种存在交叉（overlap）的边界可以轻松的比对那些跨区域的read（可变剪切体）。
尽管有很多索引，但是hisat会把他们使用合适方法压缩，最终只占4GB左右的内存。
2.采用了新的比对策略RNA-seq产生的reads可能跨越长度比较大的内含子，在哺乳动物中甚至最长能达到1MB，同时外显子比较短，read也比较短。
当使用100-bp reads时，会有很多read（模拟数据中大概34%）跨两个外显子的情况。
为了更好的比对，将跨外显子的reads分成了三类：1）长锚定read，两个外显子中的每个都至少有16 bp；2）中间锚定read，一个外显子中具有8-15bp；3）短锚定read，仅与其中一个外显子比对上1-7bp。
海思商用终端操作指导
海思商用终端操作指导拟制海思团队日期2011-1-12 审核日期批准日期华为技术有限公司版权所有侵权必究（DVP05T04 V2.8 / 仅供内部使用）修订记录目录1前言 (4)2P C端驱动安装 (4)3简化版HSO使用说明 (10)3.1入网配置 (16)3.1.1配置Quick configure (16)4M obile Partner使用介绍 (20)4.1Mobile Partner安装升级 (20)4.2Mobile Partner 简介 (21)4.2.1功能简介 (21)4.2.2界面简介 (21)4.3操作指导 (26)4.3.1操作步骤 (26)4.4Mobile Partner日志使用 (28)4.5注意事项 (29)1前言1.1 HSO版本更新记录B180：更新快速配置功能，对支持的Band中上下选择不一致的问题进行改进1.2 HSO安装标识海思Dongle的操作主要通过HiStudio工具完成。
如果没有HiStudio工具，可通过Mobile Partner连接入网。
本操作指导书主要介绍了HSO的使用界面、常规配置，并对Mobile Partner等操作进行说明，后续会陆续更新FAQ等信息。
2PC端驱动安装注意：有两种方案，一种是使用海思之前提供的单独的驱动软件，例如：Windows-5.06.08.00；另一种是使用数据卡缓存中携带的Mobile Connect安装包，其中包括驱动和Mobile Partner两个软件。
安装Mobile Partner即可。
在使用终端之前，最好先安装WinXP补丁（如果不确认系统是否已经安装的情况下）。
2.1 单独驱动安装2.1.1 驱动获取可以向海思Dongle指定的接口人获取。
驱动目录结构如下：2.1.2 驱动安装断开Dongle与PC的连接，点击DriverSetup.exe，等待一会安装完成。
注意此时没有任何提示。
如果先前已经安装过老版本的驱动，需要先执行DriverUninstall.exe完成后，等待一分钟左右；再执行DriverSetup.exe，再等待一分钟左右。
braker3基因组注释标准流程
braker3基因组注释标准流程概述：基因组注释是指通过将基因组序列与生物信息学工具相结合来识别基因、预测基因结构和功能的过程。
braker3是一种基因组注释软件，结合了两种不同的方法，即ab initio和evidence-based方法，以提高基因结构预测的准确性。
本文将介绍使用braker3对基因组进行注释的标准流程。
步骤一：基因组预处理首先，对基因组序列进行预处理是非常重要的，这包括去除重复序列、过滤低质量序列和修剪适当的引导序列。
这可以通过使用工具如TrimGalore和Seqtk来实现。
步骤二：基因预测使用braker3进行基因注释前，需要进行基因预测。
对于RNA-seq数据，可以使用工具如Hisat2和StringTie来进行转录本组装，并生成gff文件。
对于蛋白质序列，可以使用DIAMOND或BLAST进行相似性搜索，然后使用Augustus进行预测。
步骤三：运行braker3在braker3的运行过程中，可以使用已有的基因预测结果(如RNA-seq数据或蛋白质序列)来帮助提高基因注释的准确性。
首先，运行了第一个步骤的软件braker_build，它生成了一个训练模型，该模型将用于下一个步骤的基因结构预测。
然后，运行braker_gene_prediction，该程序会利用训练好的模型、RNA-seq数据和蛋白质序列进行基因结构预测。
步骤四：基因结构评估在进行基因注释之后，需要对预测的基因结构进行评估，以确保其准确性。
可以使用工具如BUSCO和GAG进行评估，对预测的基因结构进行比较，衡量其完整性和准确性。
步骤五：功能注释最后，对于注释的基因，可以使用工具如InterProScan和GO annotation进行功能注释，识别蛋白质的功能域和富集的功能术语。
总结：在本文中，我们介绍了使用braker3进行基因组注释的标准流程，包括基因组预处理、基因预测、运行braker3、基因结构评估和功能注释。
Hi-Q II (CE&WM)软件使用说明书
中海达致力于不断改进产品功能和性能、提高服务质量，并保留对 使用说明书的内容进行更改而不预先另行通知的权利。
我们已对印刷品中所述内容与硬件和软件的一致性作过检查，然而 不排除存在偏差的可能性，使用说明书中的图片仅供参考，若有与产品 实物不符之处，请以产品实物为准。
安全技术提示
II
Hi-Q II 软件使用说明书
Hi-Q II 软件使用说明书
手册修订情况
修订日期 修订次数
说明
I
Hi-Q II 软件使用说明书
前言
说明书用途
欢迎使用 Hi-Q II 软件使用说明书，本说明书介绍了如何设置和使用 Hi-Q II 软件。
国家基因组科学数据中心数据汇交指南说明书
国家基因组科学数据中心数据汇交指南一、总则 (2)二、科学数据汇交工作流程 (3)三、中心可接收的数据类型 (4)四、中心数据库简要介绍 (4)五、常见问题与注意事项 (5)汇交计划提交账号注册与注意事项 (5)实体数据递交账号选择与注意事项 (7)国家重点专项项目资助号填写与注意事项 (8)附件1：中心科技项目数据汇交计划（示例） (10)附件2：科技计划项目数据汇交证明实例 (20)附件3：国家重点研发计划项目汇交计划（参考格式） (22)附件4：“脑科学与类脑研究”重大项目汇交计划（参考格式） (26)一、总则根据《科学数据管理办法》要求，科学数据汇交内容包括项目执行过程中产生的科学数据实体、科学数据描述信息和科学数据辅助工具软件。
1.科学数据实体。
科学数据实体是在科技计划形成的原始数据及基于原始数据研究分析数据所形成的完整数据库或数据文件。
2.科学数据描述信息。
科学数据必须提供相应的描述信息，包括数据说明文档及过程资料等。
3.科学数据辅助工具软件。
科学数据辅助工具软件是指科技计划形成的用于科学数据处理、加工和分析的专门辅助软件工具等。
项目实施中采购的工具软件可不必汇交，但需提供与汇交数据处理相关的工具软件使用说明。
4.科学数据汇交的责任主体。
科学数据汇交的责任主体为各类科技项目的项目负责人，负责人要对所承担的科技项目负责，并确保所汇交数据的质量。
二、科学数据汇交工作流程国家基因组科学数据中心（National Genomics Data Center，以下简称“中心”）是国家科技部、财政部认定的20个国家科学数据中心之一，依托单位为中国科学院北京基因组研究所（国家生物信息中心）。
2020年起，中心承担生物领域国家重点专项项目科学数据汇交工作。
科技项目数据汇交计划服务系统（Scientific Data Archive System，SDAS）的作为中心汇交计划服务系统，主要为项目层提供汇交计划提交，数据汇交进度实时查询与监督、汇交证明出具服务，协助科技计划项目顺利验收。
单细胞转录组测序技术全流程解析
单细胞转录组测序技术是一种高通量的基因表达分析方法，可以同时检测成千上万个单个细胞的基因表达水平。
以下是单细胞转录组测序技术的全流程解析：
•样本准备：从组织或液体中提取单个细胞，并将其分离成单细胞悬液。
可以使用各种方法进行细胞分离，例如流式细胞术、微量离心等。
•RNA提取：从每个单细胞中提取总RNA,并进行质量检测和浓度测定。
可以使用商业化的RNA提取试剂盒或自制的方法进行RNA提取。
•cDNA合成：将提取的RNA逆转录成cDNA,以便于后续的扩增和测序。
可以使用商业化的cDNA合成试剂盒或自制的方法进行cDNA合成。
•文库构建：将cDNA扩增并构建成文库，以便后续的高通量测序。
可以使用商业化的文库构建试剂盒或自制的方法进行文库构建。
•高通量测序：使用高通量测序平台对文库进行测序，获取每个单细胞的基因表达数据。
常用的测序平台包括Illumina NovaSeq、PacBio
Sequel等。
•数据分析：对测序数据进行质量控制、比对、表达分析和差异表达分析等处理，以获得有关单个细胞基因表达水平的详细信息。
可以使用各种
生物信息学工具和软件进行数据分析，例如STAR、HISAT2、DESeq2等。
总之，单细胞转录组测序技术是一种复杂而精细的技术过程，需要多个步骤的操作和数据处理。
但是，它为我们提供了一种深入了解单个细胞基因表达水平和异质性的重要手段，有望在肿瘤学、免疫学等领域发挥重要作用。
赫斯曼交换机RS2安装配置指南
v7.0特性
▪ 支持VLAN (40个 VLAN，VLAN号 1-1024) IEEE 802.1Q
▪ 支持端口优先级 ▪ 支持IGMP Snooping ▪ 支持流量控制 IEEE 802.3x ▪ 支持SNTP (简单网络时间协议) RFC1769 ▪ 端口连接中断后Fast ng ▪ 可以手动配置信号输出触点
BOOTP on/off (缺省设置: on) 保存配置:
Configuration - Config files ▪ 修改密码:
Security
▪ 链路状态
软件版本
▪ V2.0 ▪ V3.0
• 支持Bridge-MIB dot1d / MAC 地址表 • 支持与MACH3000的冗余连接 • 用户界面:
RS2故障定位及处理
▪ HDX/FDX ▪ MDI/MDI-X ▪ Standby 开关打开 ▪ 形成环路, 但RM开关未打开 (RM = 0) ▪ RM+Standby 开关打开，然后重新启
动
用户接口（V.24）
操作: • TAB 和/或
上/下键 菜单选择 • SPACE键选项切换 • ENTER键确认
特性: 管理
▪ 管理
• 通过 V.24 端口进行本地管理，使用超 级终端，缺省配置为9600 ， 8N1
• 支持SNMP • 支持RMON • 支持Traps • 支持Web管理 • 支持BootP/DHCP
▪ 管理密码:
配置
▪ IP 地址, 子网掩码,网关地址: Configuration - System
▪ 故障触点: 交换机发生故障时，故障触点输出故障信 息.
安装
▪ 数据线连接
• 双绞线: 交换机之间或交换机与集线器之 间的连接使用交叉线，工作站与交换机 的连接使用直通线.
浙大植物学小白的转录组笔记
浙⼤植物学⼩⽩的转录组笔记写在前⾯：本实战笔记作者为浙⼤植物学专业的⼀位同学，纯实验背景能坚持学习就实属不易，还能认真写下这么多的总结更让我们感动。
就问⼀直收藏从不动⼿的你此刻惭愧不惭愧。
转录组⼊门（1）：计算机及软件安装作业要求计算机资源的准备需要Linux系统：只能选择Ubuntu 16.04 LTS ，这个版本是长期⽀持的，⽽且是开源系统，并且有很好的GUI，很适合菜鸟⼊门的系统。
8G内存：没有钱换新的电脑，只能把⼿头2009年⾄今的y450改装升级⼀下。
原本只有2G内存，我全部卸下，在某宝购买了两根DRR3 1600 16芯的4G的内存条，我的⼩y已经是极限了，升级到8G的内存。
存储500G：本来的⼩y只有320G的西数HDD 5200转的硬盘，读取速度和开机速度均不⾏，我就索性将HDD换成了120G的特科芯的SSD（也是在某宝购买的），然后在光驱位买了⼀个1T的希捷的5200转的HDD，容量问题解决了。
内存：因为要跑⽐较⼤的数据，我就索性将CPU也升级⼀下吧，当然还是在某宝购买的，我原来的是T4200，实在是吃不消了，我就度娘了⼀下，结果很多⼈都推荐换成P9600，性能提升很多，⽽且发热⽐T9600少很多，所以内存也差不多了，已经是极限了。
显卡我是没有办法了，因为被焊死在主板上了。
到此计算机资源算是勉强可以了，好像真的是有点惨，说到底就是科研狗⽐较惨，缺钱，要不然，我早就买苹果电脑了，哪来那么多的事情呢。
能够做到这种程度，还是挺佩服我⾃⼰的哈。
以下软件安装的内容，是参考简书作者hoptop的内容进⾏，在此进⾏说明。
因为⾃⼰是完全新⼿⼊门，很多东西没有办法很快⼊门，作者的内容对我的帮助⾮常⼤，感谢。
当然在这过程中，⾃⼰也是折腾了很久，有些地⽅采⽤了⾃⼰的⽅法，对于植物学的实验者来说，真是不容易呢。
软件的安装在这之前，我们需要替换Ubuntu的镜像源，⽅法如下（参考链接）：# 备份源列表⽂件并将默认镜像源改为清华镜像源$ perl -pi.bak -e 's///g'/etc/apt/source.list$ perl -pi -e 's/http/https/g' /etc/apt/source.list$ perl -pi -e 's///g'/etc/apt/source.list# 更新升级索引$ sudo apt-get update $ sudo apt-get upgrade# 创建软件下载⽬录src和软件⽬录biosoft（也是从别⼈那⾥学来的，我也就这么常规的⼲了）$ cd && mkdir src && mkdir biosoft1.SRA Toolkit$ cd ~/src# 选择适合⾃⼰系统的软件，这⾥选择的是Ubuntu版本。
EWS v2 EWSi v2安装手册说明书
INSTALLER MANUALEWS v2/ EWSi v21. TERMINAL BLOCKS DESCRIPTION2. WIRINGv .b 1Battery (CR2032)Diagnostic LEDsTamper InputInputsExit Buttons Door SensorsOutput 2Output 1Door Relay 2Door Relay 1Reset IP(press and hold for 3sec to reset the IP,the port and the network password)Default IP:192.168.1.100; port:4001DIPSWITCHEARTH -fixing holes for earth connectionpin1: RS-485 termination pin2: I/O COM termination RS-485 Line for Controllers and Biometric ReadersRS-485 Line for I/O Boards (Lift Controllers)Wiegand Data 1Wiegand Data 0Reader’s Power Supply +12V Reader’s Power Supply GND Red LED Green LEDWiegand Data 1Wiegand Data 0Reader’s Power Supply +12V Reader’s Power Supply GND Red LED Green LEDSchematic of the EWS input optocouplerLEDs:Power supplyEthernetTransmit/Receive Commu-nication SYSTEM OK (Heartbeat)External voltageExit Button (NO, mechanical or relay dry contact)Door Sensor (NC, mechanical or relay dry contact)Reader 2BIOC3Reader 1MINI-EHPower SupplyPower SupplyElectro Magnetic+ - LockElectric DoorStrike (DC powered)Electric Door Strike (AC powered)Lift controllersDry contactp i n k v i o l e tg r e e n g r e e n o r a n g e o r a n g e b l a c k b l a c k r e d r e d w h i t e w h i t e y e l l o wy e l l o w2 Doors/2 Readers Access Control Unitmax. 150m.3. MOUNTING THE PCB4. SPECIFICATIONS5. INSTALLATION6. COMMUNICATION7. RS-485 TUNINGPower Supply: 12VDC User/Event capacity: 1000/30000, 4000/24000, 8000/16000, 12000/8000 or 15000/2500, configurable by software Communication: EWS v2 -RS-485, EWSi v2 -RS-485 and TCP/IP Door relays: 2 (250 VAC, 10A)Programmable Outputs: 2 (250 VAC, 10A)Readers: 2Programmable Inputs: 2, optocoupled, ON level 5-30VDC (3-28mA)Door sensors: 2Exit Button Inputs: 2Wiegand interface: Programmable (8 to 128bit), 32 data bits, 4 parity bits Environment temperature: 0 - 45 C Humidity: 0-80 %, non condensing Consumption: EWS v2 - 200mA, EWSi v2 - 250mA (without readers)Fuse protection: 1A thermal fuse for total consumption of the controller and readers.1. Connect the devices according to the connection diagram above.2. Use the diodes provided when the door lock is DC powered or the capacitor with 10K resistor when the lock is AC powered.3. Use the Dipswitch pin1 for RS-485 tuning.4. Insert the battery provided with the hardware kit.5. Connect the power.IMPORTANT NOTE:- The RS-485 Communication Line must be made in daisy chain, NOT in a star type configuration.- The cable must be twisted and shielded. Connect the EARTH to the shield.- Connect the COM to each unit in the RS-485 line.- Terminate both ends of the line with 120 Ohm resistor. If end of line is EWS, use built in resistor (120 ohm) by turning the Dip switch pin1 ON.Put the Dipswitch pin1 in ON position, on the first and last controller in the RS-485 network, to set 120ohmresistance between terminal pins A and B.1 km max / 32 Units (EWS and Biometric Readers)1 km max / 32 Units (EWS and Biometric Readers)MIXEDRS-485 1 km max / 32 Units (EWS and Biometric Readers)RS-485RS-485RS-485RS-485RS-485RS-485RS-4858. CHANGING THE IP ADDRESS OF EWS(i)With PROS CS:The default IP of the controller is 192.168.1.100. To change the IP of the EWS controller:1. Connect the EWS controller directly to the PC.2. Change the IP of your PC to 192.168.1.2003. Go in the Software and in the hardware window, right click on the Portals item, thenselect Search Network Portals. When the Search portals window is opened,hit Search.4. Click on the “Setup” button. Setup Portal window is opened. Further you have theparameters of the setup explained.5. Change the portal IP address, and press Send settings.6. Put back the IP of your PC to the previous IP address.IP: Portal IP address.Setup Port: Used for searching the portals of the network.Password: For searching and configuring the portals.Mask: IP Mask.Gateway: Network Gateway.MAC: Mac portal.DHCP enable: It is recommended that DHCP is disabled and fixed IP value is used.DNS: Domain name server. Recommended to keep zeros.Data port: Port value for communication between software and devices (controllers,readers) connected to the portal.Dedicated client: If enabled portal will connect only with software on computers thatare matching the dedicated IP or dedicated MAC value. This parameter affects onlycommunication between server software and portal. Computers that are running clientsoftware are not affected, as client software is connected only to server software and notwith portals.Dedicated IP: Valid if dedicated client is enabled.Dedicated MAC: Valid if dedicated client is enabled.Enable web interface: If enabled, portal configuration can be done by web browser usingIP and Web port as an address.(ex. If the port IP is 192.168.1.100 and Web port is 80, the web address for setup ishttp://192.168.1.100:80 )Version: Firmware version of the portal. If newer version is available, it will be distributedwith the latest release of the access control software.For upgrading the firmware check the manual of the access control software.With Web browser:- Change the IP of your PC to 192.168.1.200- Connect the EWS controller and type in the browser 192.168.1.100 ( username: admin, password: 00000000) and change the IP from there- Put back the IP of your PC to the previous IP address9. ADDING EWS CONTROLLER IN THE SOFTWAREIn order the controller to communicate with the software, the controller must be added in the software with its Serial Number.The serial Number is written on the controller itself, but it can be also searched when the controller is connected to PC.1. Right click on Portals and select “Search Network Portals” (1)2. The Software will find all the IP’s of the controllers that are connected to the network (2)3. Click on “Add”4. Right click on the newly added portal and “Search devices” for Controllers. The software will find all the Serial Numbers of the controllers that are connected under that IP address. (3)5. Click on “Add New” and the controller will be added. Put a name for the controller and “Save and Exit”. From then on the controller should be on line. (4,5,6)Note: If the Controller/Portal can not be added automatically by search option, add them manually.For any other feature, see the HELP File located whithin the software itself10. TROUBLESHOOTING1. Reader is not reading the card.-Check the power supply at reader. If the voltage is low use additional wires for power supply.-Check the connection of the wires in EWS reader terminals.-Check if the card type match the reader or the readers card type setup.-Check for correct wiring.2. Reader is reading the card, but no reaction from the controller or access event in the software.-Check in software if readers Wiegand setting match the reader Wiegand output.-Check if cable length is within the specifications of the reader. If reader is working with short cable then the problem is voltage drop on power supply lines. In this case use free wires as additional power supply lines for the reader. If you have only one free wire use it to improve the 0V line. 3. Communication via RS-485 line is inconsistent or non-existing ( in the software, controller is switching online/offline status).-Check if A and B lines are correctly connected at all terminals/devices.-Check if one of the RS-485 lines is disconnected at some point.-Check termination configuration of RS-485 line in all devices.4. Controller loses time and users after mains power failure.-Replace the controller coin battery (Cr2032).-Always use power supply with battery charger and battery of at least 4 Ah.5. Software cannot connect to controller via TCP.-Make sure there is no other device with the same IP address in the network.-Make sure there is no other software communicating with the controllers.-Check with the WEB interface of the EWS if the settings are correct.6. Searching portals in software shows only some or none of the portals.-In the software under settings/system parameters disable the item “use default PC network interface only’.7. Controller does not perform some options configured by software.-Check the controller firmware by right-clicking on the controller icon and selecting “Check version item”. Upgrade the firmware by right-clicking on the controller icon and select “Firmware upgrade item”.This product herewith complies with requirements of EMC directive 2014/30/EU. In addition it complies with RoHS2 directive EN50581:2012 and RoHS3 Directive 2015/863/EU.。
hisat2的使用samtools
hisat2的使用samtoolsHISAT2是一款用于RNA-Seq数据比对的软件工具，被广泛应用于生物信息学领域。
下面将介绍HISAT2的使用以及与samtools的结合来处理比对结果。
HISAT2的安装：进入解压后的目录，可以找到可执行文件hisat2和hisat2-build。
将这些文件的路径添加到系统的环境变量中，这样就可以在任何位置使用HISAT2了。
建立参考基因组索引：在使用HISAT2进行比对之前，首先需要生成参考基因组的索引。
索引文件可以通过hisat2-build命令生成。
``````其中，[options]是可选的参数，<reference.fa>是参考基因组的fasta格式文件，<ht2_base>是目标索引的基本名称。
比对RNA-Seq数据：使用HISAT2比对RNA-Seq数据非常简单，在命令行中运行以下命令即可：``````其中，[options]是可选的参数，<ht2-idx>是参考基因组的索引文件的路径，<m1>和<m2>是待比对的两个RNA-Seq数据文件（paired-end数据的情况），<sam>是输出的SAM格式比对结果文件。
常用的参数包括：--p：指定并行线程的个数，加快比对速度。
- --dta：用于表征转录组装的参数。
如果要进行转录组装的话，需要添加此参数。
--q：输入的数据文件是FASTQ格式。
- -k：为每个read返回多少条比对结果，默认为5条。
处理比对结果：HISAT2的输出结果是SAM格式文件，可以使用samtools对结果进行进一步处理和分析。
首先，我们可以使用samtools将SAM格式文件转换为BAM格式，以便更加高效地存储和处理。
```samtools view -bS <sam> > <bam>```其中，<sam>是HISAT2的输出SAM格式结果文件，<bam>是转换后的BAM格式文件。
一步一步教你做转录组分析(HISAT--StringTie-and-Ballgown)
一步一步教你做转录组分析（HISAT, StringTie and Ballgown）该分析流程主要根据2016年发表在Nature Protocols上的一篇名为Transcript-level expression analysis ofRNA-seq experiments with HISAT, StringTie and Ballgown的文章撰写的，主要用到以下三个软件：HISAT(/software/hisat/index.shtml)利用大量FM 索引，以覆盖整个基因组，能够将RNA-Seq的读取与基因组进行快速比对，相较于STAR、Tophat，该软件比对速度快，占用内存少。
StringTie(/software/stringtie/)能够应用流神经网络算法和可选的de novo组装进行转录本组装并预计表达水平。
与Cufflinks等程序相比，StringTie实现了更完整、更准确的基因重建，并更好地预测了表达水平。
Ballgown (https:///alyssafrazee/ballgown)是R语言中基因差异表达分析的工具，能利用RNA-Seq实验的数据(StringTie, RSEM, Cufflinks)的结果预测基因、转录本的差异表达。
然而Ballgown并没有不能很好地检测差异外显子，而DEXseq、rMATS和MISO可以很好解决该问题。
一、数据下载Linux系统下常用的下载工具是wget，但该工具是单线程下载，当使用它下载较大数据时比较慢，所以选择axel，终端中输入安装命令：$sudo yum install axel然后提示输入密码获得root权限后即可自动安装，安装完成后，输入命令axel，终端会显示如下内容，表示安装成功。
Axel工具常用参数有：axel ［选项］［下载目录］［下载地址］-s ：指定每秒下载最大比特数-n：指定同时打开的线程数-o：指定本地输出文件-S：搜索镜像并从X servers服务器下载-N：不使用代理服务器-v：打印更多状态信息-a：打印进度信息-h：该版本命令帮助-V：查看版本信息号#Axel安装成功后在终端中输入命令：$axelftp:///pub/RNAseq_protocol/chrX_data.tar.gz 此时在终端中会显示如下图信息，如果不想该信息刷屏，添加参数q，采用静默模式即可。
U2NAS-2 中文说明书
声 明首先感谢您选择购买并使用本产品，为了您能够更好的使用本产品的所有功能，请您在正式使用本产品前仔细阅读本手册内所提及的在产品使用过程中应注意的事项以及详细功能操作说明。
本手册内所描述之产品组件已申请并注册国家专利，任何仿冒均属侵权行为，须承担牵连之法律责任。
本产品组件符合国家低压电子产品安全标准。
本产品机身及包装盒标贴的专有系列号码标签是产品保修时的重要凭证，当产品需要保修时，用户需出示产品的系列号条码标签。
如果该标签遭到破坏，无法辨认或撕毁，本公司将不予保修。
本产品享有三个月保换，二年免费保修的售后服务。
本产品并非所有的环境都适合于产品的使用；本公司仅对产品本身质量按照本公司承诺的保修条款提供售后服务，因为技术上或者其他外部因素导致本产品设计规格上的变更,本公司将不再另行单独通知。
免除义务条款¾铁威马(Terra Master)对因地震、雷电等自然灾害、不是因为铁威马(Terra Master)的责任而发生的火灾、第三方操作、失盗、损坏、意外事故等，或在不正常情况下使用（如不正常的操作、误操作或其他问题）引起的损失不承担任何责任。
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HI-CARE 2 使用指南说明书
H I-C A R EH I-C A R EThe HI-Care is an industry-recognized ergonomic mobile solution, witha flexible design tailored to fit multiple and varying workflows. Our mostpopular cart offers full class-exclusive features to automate, update, andcommunicate based upon the individual needs of your facility.ERGONOMIC FEATURES• A short distance between the worksurface, keyboard tray, and patient bins reduces unnecessary arm movements and bending• Ergonomic adjustable push handles with soft-touch grip on front of cart are available• Rubberized foot rests on each side of the cart allow for a more relaxed stance and relieves fatigue• Slide-out keyboard tray with integrated wrist rest (max keyboard dimensions 18.2” W x 7.5” D x 1.6” H)• Keyboard is auto-leveling with a -15 degree negative-tilt and a positive-tilt up to 6 degrees• Open architecture at wheel base allows end user to maintain their normal walking stride• One-touch worksurface height adjustment allows for a full sit/stand range of motion• The HI-Care carts have a centralized control panel that enables the user to easily access all of the cart features by having them located in one central location• Available with on-demand steer assist technology (SAT)• When SAT is engaged, the rear casters act as pivot points, easing and stabilizing the navigation, and effortlessly allows the end user to navigate around corners, doorways, and other changes in direction2 HI-Care3one-touch height adjustment for worksurfaceergonomic push handlesrubberized footrestsopen architecture at wheel baseone-touch independent height adjustment for monitorauto-leveling keyboard with negative/positive tilton-demand steer-assist technologyF E AT U R E S• Central control panel with convenient electronic worksurface and monitor height adjustment, lighting controls and storage management • VESA monitor mount has tilt, swivel, and rotation adjustments• Flexible storage configurations with add on capability can be customized to fit multiple workflows• Universal accessory mounting locations on rear of cart and on monitor mount (choose from 12+ optional accessories)• 270° wrap-around handle on sides and rear• Large, raised-edge worksurface area (17”W x 14.3”D) with translucent protective cover• Medical grade (all touch surfaces)• Dedicated cable management area with easy access panels to manage and house excess cables• Integral AC power distribution with 6 AC receptacles for powering customer equipment• Large, fan cooled, PC compartment (17.1”W x 12.5”D x 3.2”H)• Includes 4-port USB Hub• Battery fuel gauge• The easy-swap cassettes allow the HI-Care cassettes to be easily swapped between the cart to a Transfer cart • 8ft coiled power cord with hospital-grade AC plug with dual integrated hooks and integrated pull loop (Hospital Grade)• (4) 5” dual wheel premium casters (2 locking casters on front)• Tool-less battery cover (snap-on) and tool-less battery and power supply replacement• Standard power module (smart charger) with intake filter• Available with multiple power options that you can choose from to best fit your workflow, including Howard Powermax 150 and the hot-swappable Scott Clark power system• Remote cart monitoring and management software• Advanced electronics are an option on the HI-Care with features such as: drawer sensing, automatic drawer lighting, and drawer ajar alarm • Mouse surface and mouse holder (left or right)• Cart and cart accessories ship fully assembled in one box for convenience• Meets UL and CE standards4 HI-CareHI-CARE XNO STORAGEHI-CARE E2-TIER STORAGEHI-CARE X4-TIER STORAGE HI-CARE E6-TIER STORAGE56 HI-CareThe dimensions and data below is a comparison of the various HI-Care carts. Contact your local Howard Medical Account Executive for further information.D I ME N S I O N S* weight with Howard Powerrmax 150 and 40 Ah batteryOVERALL DIMENSIONS7.3”1-Tier2-Tierbin dividers are included with bins12”12”11”11”11”11”11”11”6”6”4”4”.2”2.3”.3”2”.2”DHoward’s innovative storage options ensure that you get the features you want and the capacity you need. Drawers unlock via the keypad console. Electronic locking storage also comes with a manual keyed bypass in case of a power failure.S T O R A G ETi er O ne Ti er T w o Ti er O neTi er T w oTi er T hr eeTi er F ou rTi er O neTi er T w oTi er T hr eeTi er F ou rTi er F iv eTi er S ix• Med Drawer lighting for continuous use in low light conditions without disturbing your patient• Programmable secure access to storage drawers and patient bins via keypad on the cart’s centralized control panel• Independent bypass key for manual emergency access• Automatic relock with adjustable timer (6 seconds - 1 hour) • Audible beep for code entry confirmation• Supports up to 2000 unique user IDs (3-8 digits)• On Screen drawer configuration and status via Med Display • Local management of user IDs and locking system settings via Med Display • Remote management of user IDs and locking system settings via Med Manager• User ID, time, and date of each unlock event is stored in an audit log• Locking system status displayed by LED’s on the cart’s centralized control panel• Powered by cart power system• Optional independent narcotics security• Configurable secure storage options• Patient bins are in quick swap cassettes• Dividers included with all drawers and patient binsFEATURES8 HI-Care91-Tier2-TierC A S S E T T E O P T I O N S• Provides configurable secure storage•Installed onto the cart frame below the keyboard drawerP O W E R O P T I O N SH O WA R D P O W E R M A X15038 AH BATTERY• 3-year lithium iron phosphate battery defect• 3-year lithium iron phosphate battery performance• 3-year or 3000 cycles, (battery will maintain 50% or Array greater of charging capacity)• 5-year optional upgrades available• 38 Ah / 491 Wh lithium iron phosphate battery• 150W inverter• Run time: 8.5 hr (full charge to 0% charge)• Battery life expectancy: 5+ years40 AH BATTERY• 3-year lithium iron phosphate battery defect• 3-year lithium iron phosphate battery performance• 3-year or 3000 cycles, (battery will maintain 50% orgreater of charging capacity)• 5-year optional upgrades available• 40 Ah / 512 Wh lithium iron phosphate battery• 150W inverter• Run time: 10 hr (full charge to 0% charge)• Battery life expectancy: 5+ years50 AH BATTERY• 3-year lithium iron phosphate battery defect• 3-year lithium iron phosphate battery performance3-year or 3000 cycles, (battery will maintain 50% orgreater of charging capacity)• 5-year optional upgrades available• 50 Ah / 640 Wh lithium iron phosphate bat tery• 150W inverter• Run time: 12.5 hr (full charge to 0% charge)• Battery life expectancy: 5+ years10 HI-Careplease see separate power documents for complete details P OSCOTT CLARK (SINGLE BATTERY)• Design supports full hot-swappable capabilities; canbe hot-swapped with another fully charged battery• 3-year lithium iron phosphate battery defect• 3-year lithium iron phosphate battery performance• 3-year or 3000 cycles, (battery will maintain 50% orgreater of charging capacity)• 5-year optional upgrades available• 25 Ah / 330 Wh lithium iron phosphate battery• 100W inverter• Weight of removable battery: 4lbs• Run time: 5.5 hr (full charge to 0% charge)• Battery life expectancy: 5+ years (assumed withextra battery usage)S C O T T C L A R K(H O T S WA P)SCOTT CLARK (DUAL BATTERY)• Design supports full hot-swappable capabilities; canbe hot-swapped with another fully charged battery• 3-year lithium iron phosphate battery defect• 3-year lithium iron phosphate battery performance• 3-year or 3000 cycles, (battery will maintain 50% orgreater of charging capacity)• 5-year optional upgrades available• 50 Ah / 660 Wh lithium iron phosphate battery• 100W inverter• Weight of removable batteries: lbs• Run time: 10.1 hr (full charge to 0% charge)• Battery life expectancy: 5+ years (assumed withextra battery pair)11Our carts are designed with the healthcare setting clearly in mind; with a range of features expressly integrated to ease workloads for nurses and other healthcare professionals, as well as to enhance patient care. Howard’s family of carts can be used in a variety of applications that include Charting and EMR, Medication Dispensing, and Nursing Education. Our cartsare engineered to meet the exacting requirements of the healthcare industry, and built tough enough to withstand daily use in the most demanding environments.E A N D X C A R TSEasy Touch Keypad Intelligent Touch ScreenHI-Care HI-Care12 HI-Care• Central control panel with easy touch sealed membrane keypad for:-storage access-power system controls-battery fuel gauge with visual andaudible alerts-cart height adjustment-monitor height adjustment-on-demand steer assist technology-cart lights• Power Module• Audible Alarms• Visual Indicators• Battery Fuel Gauge • Remote management (Med Manager) and remote monitoring (Power Manager) areindepentent—do not require a parent computer or software to be installed on the PC• Fully compatible with thin clients and zero clients• Onboard dedicated computer with color LCD touchscreen• Up to 2000 user profiles and cart settings• Centralized command center• 7” high-resolution color touchscreen• Central control panel with touchscreen for:-storage access-power system controls-battery fuel gauge with visual andaudible alerts-cart height adjustment-monitor height adjustment-on-demand steer assist technology-cart lights• P ower module• Low battery and open drawer alarm volume control• Visual indication of narc lock status on cart • High-resolution battery fuel gauge• Displays run time remaining• Onboard Wi-Fi• Supports user presets for auto adjustments to preferred worksurface and monitor heights• Asset location assistance• Local management• Call home feature• Med Manager admins or users can broadcast messages to the cart• Intelligent storage calibration• On-screen cart DNA information• Energy saving modeOur E-comm and X-comm carts are designed with features to automate, update, and communicate based upon the individual needs of your facility.With two great cart technology offerings available, Howard Medical will find the right solution for you.1314 HI-CareA C C E S S O R Y O P T I O NSaccessory options may vary between cartsmounting locations are not available for all Howard cartsHoward offers several accessory mounting options and configurations that provide a smoother and more sanitary work flow. With hundreds of options and configurations available, you can tailor your cart to best fit your facility’s needs and applications.15A C C E S S O R Y A C C E S S O R Y M O U N T I N G E X A M P L ESLOCATION 1BARCODE SCANNERLOCATION 4MINI WASTE BIN AND BRACKETLOCATION 22.2 QT SHARPS CONTAINERLOCATION 3SANI WIPES BRACKET16 HI-CareHoward’s specialized Software Solutions help you manage your assets more effectively by optimizing cart performance and maximizing availability. With features such as remote monitoring and configuration, as well as data and event logging, you have instant access to vital information about cart power and medication dispense systems.for more information about our software solutions, please contact us at 1.877.856.6441C A R T S O F T WA R EPower Manager is a powerful web based tool for remote monitoring and management of cart power systems on your entire fleet of Howard Medical carts. The application runs as a web service allowing easy access by an administrator anywhere on your network via a web browser. Carts on your network will automatically "call home" to Power Manager, announce themselves and request to be managed and then periodically "call home" to report power system data. Power Manager provides administrators detailed control over power system data logging, alarm thresholds, and notification rules used for real-time alarm notification. Data from cart power systems throughout your fleet is continuously pushed up to and stored in Power Manager for later review. Robust data mining and reporting tools are available to analyze collected cart power system data or you can export the data for further analysis by 3rd party tools. Power Manager also keeps track of the last two wireless access points used by each cart to “call home” thus providing a simple way to track recent movement of carts and to determine the last known location of carts that have gone offline. Power Manager can be used with all Howard carts.Power Display is a web based tool that runs on the local computing device on each cart providing direct access to power supply data as well as communication with Power Manager. Power Display also provides a small on-screen battery fuel gauge that displays real time battery capacity and charging state. The web interface provided by Power Display allows you to view the cart’s real time power data, power data logs, and event data logs from a browser either locally at the cart or from any location on the network. The Power Display background service, which is transparent to local users, handles communication with Power Manager to periodically “call home” and report power system data.POWER MANAGERPOWER DISPLAY17Med Manager is a powerful web based tool for remote management of cart settings and med drawer access permissions on your entire fleet of Howard Medical carts. The application runs as a web service allowing easy access by an administrator anywhere on your network via a web browser. Carts on your network will automatically “call home” to Med Manager, announce themselves and request to be managed and then periodically “call home” to check for new data. Med Manager provides administrators detailed control over cart behavior and user permissions individually or in groups. Data from carts throughout your fleet is continuously pushed up to and stored in Med Manager for later review including general cart configuration data and detailed information about who accessed which drawers and when. Robust data mining and reporting tools are available to analyze cart, user, and med drawer access data or you can export the data for further analysis by 3rd party tools. Med Manager also keeps track of the last two wireless access points used by each cart to “call home” thus providing a simple way to track recent movement of carts and to determine the last known location of carts that have gone offline. Med Manager can be used with all Howard carts that include electronic locking storage and can be used with X series carts with or without storage.MED MANAGERMed Display is a Windows application that runs on the local computing device on each cart providing direct access to local med drawer cabinets, cart settings, audit records, and drawer calibration. The Med Display background service, which is transparent to local users, handles communication with Med Manager and periodically “calls home” to report any new audit data and retrieve any pending cart updates.MED DISPLAYC A R T S O18 HI-CareHoward’s commitment to providing unmatched customer service and support continues long after a sale is final. Our technology staff provides 24/7 technical support (excluding US holidays) for as long as you own your Howard product. Our friendly, US-based team of experts will answer your questions about the product, hardware setup, or installation, andwith telephone hold times of typically less than a minute.Standard Limited Warranty on Powered Medical Carts:• 3-year standard warranty • 3-year mechanical • 3-year electrical• 3-year lithium phosphate battery defect • 3-year lithium phosphate batteryperformancefor our full warranty information, please visit /warrantyUpgraded Limited Warranty on Powered Medical Carts:• 5-year mechanical • 5-year electrical• 5-year lithium phosphate battery defect • 5-year lithium phosphate battery performanceFixed Solutions:• 5-years on wall-mounted arms• 3-years on wall-mounted cabinetComputers and Other Peripheral Devices:• See manufacterer’s warrantyStandard Limited Warranty on Non-Powered Medical Carts:• 3-year standard warranty • 3-year mechanicalWA R R A N T YW A R R A N T Y19for our full services information, please visit /professionalservicesDeployment ConsultationIn-Service TrainingTechnical Integration & SetupTraining / ConsultationOn-Site Setup and Integration The Howard Medical Professional Services Team has technical specialists nationwide and is known as one of the industry’s premier service providers, with a history of successfully serving clients for more than a decade. Our dedicated employees are completely focused on customer satisfaction, giving Howard Medical the resources to provide a solution that is just right for you. Whether your project is large or small, single-site or across multiple facilities, you can trust our experience to work for you!We Also Offer:• Complete In-Factory Integration • Technical Training• Equipment Cleaning With Disinfectants • Service Level Agreement • Battery Replacement Program• Product Removal and Recycling • Technology Installation • Annual Fleet Audit • In-Factory Imaging• White-Glove Delivery With Trash RemovalOn-Site RepairPreventative MaintenanceP R O F E S S I O N A L S E R V I C E SC O N N E C T W I T H U SREDEFINING HEALTHCARE TECHNOLOGY201803V2General InformationToll Free: 1.888.912.3151WebLive chat available M-F, 8-5 CST Customer & Technical Support Toll Free: 1.888.323.315124/7 (excluding US holidays)。
海德商业管理系统V2标准版使用说明书
海德商业管理系统V2 标准版目录第一章、软件安装 (7)运行环境要求（单机和网络版） (7)系统硬件准备 (7)系统软件准备 (7)软件产品准备 (8)安装步骤 (8)安装操作系统。
(8)安装数据库服务器 (8)安装海德商业管理系统V2标准版 (11)搜银软件注册 (14)后台第一次使用 (15)前台第一次使用 (16)第二章基本管理 (18)商品分类与商品档案 (18)多单位商品 (21)辅助条码商品 (22)特价打包商品 (22)同码系列商品 (23)货商分类与货商档案 (24)操作员档案 (25)数据导入 (27)第三章采购管理 (28)采购入库单 (29)采购退货单 (29)货商结算单 (30)采购报表查询 (30)第四章收银管理 (33)POS收银实时监控 (33)前台销售明细报表 (34)促销调价单 (35)收银结款单 (36)收银管理报表 (36)第五章库存管理 (40)报损单 (40)盘点单 (40)商品库存查询 (41)库存报表 (42)第六章会员管理 (44)金卡档案 (44)金卡分类 (45)金卡制作 (45)金卡充值 (46)金卡冲减积分 (46)会员管理报表 (47)报表中心要点 (49)第七章条码标签 (51)条码设置 (51)标签设置 (53)搜银软件支持什么样的条码打印机 (55)第八章系统功能 (55)系统功能 (55)工作站设置 (55)参数设置 (55)促销注意 (59)操作日志 (60)数据备份 (60)数据清除 (60)初始密码 (62)修改密码 (63)权限设置 (63)第九章前台 (64)前台操作 (64)第十章附件（要点） (71)1、第一次使用搜银软件应该设置哪些期初项目 (71)2、一品多码、一码多品分别有那些方面的知识 (72)3、什么情况下有可能是错价商品 (73)4、普通商品编码的两种类型 (73)5、条(编)码的三种自动生成 (74)6、我想减少后台增加前台怎么做 (74)7、如何进行盘点 (74)8、盘点的四种方法 (75)9、列操作 (75)10、列设定 (77)11、万能查询器 (78)12、电子称数据导出 (79)13、右击设定 (80)14、系统中一包烟和一条烟是如何处理的 (82)15、特价打包商品和多单位商品区别和联系 (82)16、权限控制的四种方法 (83)17、打印报表的自定义设计 (83)18、批量生成金卡用户 (85)19、搜银软件操作方面的几大特点 (85)20、日常使用问题集 (85)第一章、软件安装运行环境要求（单机和网络版）系统硬件准备在安装“海德商业管理系统V2标准版”软件产品之前，您必须按照第一章的“运行环境要求”准备好所有的硬件。
F2NAS-2中文快速安装指南
包装清单
在您开始使用前，请检查包装盒内是否包含下列的各个项目。
编号 1 2 3 4 5 6 7
项目 主机 电源适配器 网络连接线 e‐SATA 数据线 驱动光盘 螺丝 快速安装指引
数量 1 1 1 选配 1 若干 1
1.主机：F2NAS‐2 2.电源适配器：给产品供电。 3.网络连接线：采用高速连接线。 4.e‐SATA 数据线：采用高速连接线。 5.光盘：内有 TerraMaster NAS 搜索软件等产品的相关资料。 6.螺丝：稳定硬盘与安装硬盘盒。 7.快速安装指引：产品快速安装指南。
来安装，系统将会格式化硬盘，并且将硬盘上的数据清空，才能使用本产品的全部 功能。若您日后还需要使用这些数据，请在安装前先行备份。
1.如图箭头所示,将硬盘支架上的锁扣往左推；
2. 支架上的拉杆会自动弹出；
3.将拉杆往右打开大约 80 度的角度，然后将 硬盘支架从硬盘盒内抽取出；
4.拧下支架后端的两个螺丝，取去中间的铁条；
4 F2NAS‐2系统初始化
第一次使用NAS，进入NAS的系统初始化界面，请依照说明设定NAS。
设定主机名称及密码
设定日期时间
设定IP地址，一般情况下建议自动获取IP地址，若您对网络比较熟悉可选择使用固定IP。
设定自动开启的服务，选择您需要开启的服务，在对应的服务前打钩，一般建议选择常 用的服务即可。
2.务必使产品平躺放置于平面上。切勿让其侧立。
3.切勿将产品靠近水源。
4.清洁时，先将电源插头及所有线路拔下，再以湿布擦拭即可。切勿使用 化学或喷雾式清洁剂。
5.切勿将产品放置在不稳定的推车、台子或桌面上，以免产品滑落而损害。
6.与本产品所连接的线路和装置必须能提供本产品正常的电量，以确保 其运作正常。