基于SSR分子标记的桃品种鉴别及指纹图谱构建

Pchgms4-54 和 BPPCT-001 相结合，可将供试 26 个桃主栽品种鉴别开，据此构建了 26 个桃主栽品种的 SSR 分子
指纹图谱。26 个桃主栽品种的遗传相似度较高（0.64 ～ 0.94），在遗传相似度系数 0.70 时，可将供试 26 个桃
主栽品种分为 3 组，同一品系品种优先聚在一起，其分组聚类结果与品种来源基本一致。【结论】桃主栽品种
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基于 SSR 分子标记的桃品种鉴别及指纹图谱构建
王 淋 1，敖 敦 2，包文泉 3，张淑宁 3，陈俊兴 3，李凤鸣 3，孟繁庆 3，杨钰莹 3，白玉娥 3
（1. 中国林业科学研究院与资源环境学院 草地资源教育部重点实验室，内蒙古 呼和浩特 010011；3. 内蒙古农业大学 林学院，内蒙古 呼和浩特 010018）
桃 Amygdalus persica L. Batsch 为 蔷 薇 科 Rosaceae 李 属 Prunus 桃 亚 属 Amygdalus 多 年 生 落 叶树种，原产自中国，是世界四大果树之一 [1]。作 为桃的原产地，我国具有极其丰富的桃种质资源， 其桃产业、栽植面积和产量均具全球首位 [2]。桃的 适应性和抗逆性较强，花色美，果实风味独特，富 含维生素、糖类和蛋白质，营养价值较高，可直接 鲜食，还可以加工成桃干、桃果酱、桃罐头及桃果 汁等产品，开发利用价值巨大。目前，我国栽培的 桃种质主要以‘黄金蜜 1’、‘黄金蜜 13’、‘中 桃 6’、‘中桃 9’和‘中桃 13’等 10 几个品种 为主 [3]，但由于其悠久的栽培历史和混乱的引种驯 化，使我国桃种质出现了很多“同名异物”和“同 物异名”；并且桃品种间树形、叶片、花器官、果 实等的形态特征相似，使得传统的形态学分类法难 以准确鉴定桃主栽品种，这严重地影响了跨地区间 桃品种的引种效率，也给桃种质的栽培管理带来了 很多不确定性 [4-5]。随着分子生物学和生物信息技 术的发展，分子标记技术已广泛应用于物种鉴定、 系统进化、种群遗传学和分子辅助育种等研究领域。 其 中，SSR（Simple sequence repeat） 分 子 标 记， 又称为微卫星标记，具有多态性高、重复性好、通
Abstract:【Objective】Based on SSR markers, the genetic diversity and genetic background of main peach varieties were analyzed, and SSR fingerprints of main peach varieties were constructed.【Method】By using 15 SSR markers with high polymorphism and strong repeatability, PCR amplification and capillary fluorescence electrophoresiss were carried out on 26 main peach varieties in China, and their genetic diversity was analyzed, and SSR fingerprints of main peach varieties were constructed.【Result】A total of 259 alleles (Na) and 213.41 effective alleles (Ne) were detected by 15 pairs of SSR primers in 26 peach varieties, and the average Na and Ne at each point were 17.27 and 14.23 respectively. Among them, the number of Na and Ne detected at BPPCT-025 was the highest, with 23 and 20.94 respectively, while the number of Na and Ne detected at pchgms-54 and UDP97-402 was the lowest (12 both). The expected heterozygosity and observed heterozygosity are between 0.24-0.63 and 0.29-0.79, with average values of 0.43 and 0.54, respectively. Polymorphism information index (PIC) ranged from 0.76 to 0.91, with an average of 0.83. Among the 15 pairs of SSR primers used, primer pchgms25 has the strongest discrimination ability, which can distinguish 10 main peach varieties; Combining primer pchgms25
度分别介于 0.24 ～ 0.63 和 0.29 ～ 0.79 之间，其平均值分别为 0.43 和 0.54；多态性信息指数（PIC）在 0.76 ～ 0.91
之间，平均值为 0.83。所采用 15 对 SSR 引物中，引物 pchgms25 的鉴别能力最强，能够将 10 个桃主栽品种鉴
别 开； 而 将 引 物 pchgms25 与 PceGA25、UDP96-003、UD98-412-50、UDP98-409、UDP98-406、UDP97-402、
收稿日期：2020-11-10 基金项目：内蒙古自然科学基金项目（2019BS03019）；内蒙古农业大学林学院青年教师科研基金（DC2000001004）；内蒙古自治 区高校科研项目（NJZY20041）。 第一作者：王淋（wanglin1815@），助理研究员，博士研究生。通信作者：白玉娥（bye666@），教授，博士研究生。 引文格式：王淋 , 敖敦 , 包文泉 , 等 . 基于 SSR 分子标记的桃品种鉴别及指纹图谱构建 [J]. 中南林业科技大学学报 ,2021,41(6):131-138. WANG L, AO D, BAO W Q, et al. Research on the identification of main peach varieties and construction of fingerprint based on SSR markers[J]. Journal of Central South University of Forestry & Technology, 2021,41(6):131-138.
(1. Non-timber Forest Research and Development Center, Chinese Academy of Forestry, Zhengzhou 450003, Henan, China; 2. Key Laboratory of Grassland Resources and Education Department, College of Grassland and Resource Environment, Inner Mongolia
Research on the identification of main peach varieties and construction of fingerprint based on SSR markers
WANG Lin1, AO Dun2, BAO Wenquan3, ZHANG Shuning3, CHEN Junxing3, LI Fengming3, MENG Fanqing3, YANG Yuying3, BAI Yu’e3
摘 要：【目的】基于 SSR 分子标记分析桃主栽品种的遗传多样性和遗传背景，构建桃主栽品种的 SSR 分子指
纹图谱。【方法】利用 15 个多态性高、重复性强的 SSR 分子标记，对我国 26 个桃主栽品种进行 PCR 扩增、毛
细管荧光电泳检测，分析其遗传多样性，构建桃主栽品种的 SSR 分子指纹图谱。【结果】15 对 SSR 引物在供试
的遗传多样性水平适中，遗传背景较狭窄，遗传相似度较高，不同品系间基因交流较少。本研究结果可为后期
桃种质资源的创新、桃核心种质资源库的建立以及桃种质资源的保护与利用提供技术与理论支撑。
关键词：桃；SSR；品种鉴定；指纹图谱
中图分类号：S727.3；S662.1
文献标志码：A
文章编号：1673-923X(2021)06-0131-08
Agricultural University, Hohhot 010011, Inner Mongolia, China; 3. College of Forestry, Inner Mongolia Agricultural University, Hohhot 010018, Inner Mongolia, China)
26 个桃主栽品种中共检测到 259 个等位基因（Na）和 213.41 个有效等位基因（Ne），每个位点的平均 Na 和 Ne
分别为 17.27 个和 14.23 个；其中，位点 BPPCT-025 上检测到的 Na 和 Ne 数量最多，分别为 23 个和 20.94 个，而
位点 pchgms-54 和 UDP97-402 上的 Na（均 12 个）和 Ne（10.31 和 10.04 个）数量最少；期望杂合度和观察杂合
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王 淋，等：基于 SSR 分子标记的桃品种鉴别及指纹图谱构建
第6期
with PceGA25, UDP96-003, UD98-412-50, UDP98-409, UDP98-406, UDP97-402, Pchgms4-54, BPPCT-001, 26 main peach varieties tested can be identified, and based on this, 26 peach varieties were constructed The genetic similarity of 26 main peach varieties is high (0.64 ～ 0.94). When the genetic similarity coefficient is 0.70, the 26 varieties tested can be divided into 3 groups, and the clustering results are basically consistent with the variety sources.【Conclusion】The genetic background of main peach varieties is narrow, the genetic similarity is high, and the gene flow among different varieties is less. The results of this study can provide technical and theoretical support for the innovation of peach germplasm resources, the establishment of peach core germplasm resources, and the protection and utilization of peach germplasm resources. Keywords: peach; SSR; variety identification; finger-print
第 41 卷 第 6 期 2021 年 6 月
中南林业科技大学学报 Journal of Central South University of Forestry & Technology
Doi:10.14067/ki.1673-923x.2021.06.014
Vol. 41 No. 6 Jun. 2021