益生菌和益生元组合物及其调节微生物组的方法和用途[发明专利]

(19)中华人民共和国国家知识产权局
(12)发明专利申请
(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201580074535.6
(22)申请日 2015.11.25
(30)优先权数据
62/084,537 2014.11.25 US
62/084,536 2014.11.25 US
62/084,540 2014.11.25 US
62/117,637 2015.02.18 US
62/117,639 2015.02.18 US
62/117,632 2015.02.18 US
62/162,562 2015.05.15 US
62/257,714 2015.11.19 US
(85)PCT国际申请进入国家阶段日
2017.07.25
(86)PCT国际申请的申请数据
PCT/US2015/062805 2015.11.25
(87)PCT国际申请的公布数据
WO2016/086205 EN 2016.06.02
(71)申请人 伊夫罗生物科学公司
地址 美国马萨诸塞州(72)发明人 D ·贝里　S ·拉曼　N ·B ·阿菲延　J ·卡普兰　(74)专利代理机构 北京市金杜律师事务所 11256代理人 陈文平　徐志明(51)Int.Cl.A61K 35/74(2015.01)A61K 35/741(2015.01)A61K 35/742(2015.01)A61K 35/747(2015.01)A61K 35/744(2015.01)A61K 35/745(2015.01)A61K 38/46(2006.01)A61P 29/00(2006.01)A61P 37/00(2006.01)A61K 35/39(2015.01)A61K 31/7016(2006.01)A61K 31/715(2006.01)A61K 31/7004(2006.01) (54)发明名称
益生菌和益生元组合物及其调节微生物组
的方法和用途
(57)摘要
本文描述了含有非病原性微生物实体(例如
细菌实体)的益生菌组合物。

该益生菌组合物可
以任选地含有一种或多种益生元或者与其结合
使用。

还提供了益生菌组合物用于治疗或预防受
试者中局部或系统微生物组紊乱的用途。

权利要求书7页 说明书343页序列表（电子公布） 附图118页CN 108135944 A 2018.06.08
C N 108135944
A
1.一种减少受试者中炎症的方法，其包括向所述受试者施用包含分离的、抗炎细菌群体的益生菌组合物，使得所述受试者中的炎症减少。

2.权利要求1所述的方法，其中所述益生菌组合物包含药学上可接受的赋形剂。

3.权利要求1所述的方法，其中所述受试者具有自身免疫性或炎性紊乱。

4.权利要求3所述的方法，其中所述自身免疫性或炎性紊乱选自由以下构成的组：移植物抗宿主病(GVHD)、炎性肠病(IBD)、溃疡性结肠炎、克罗恩病、多发性硬化(MS)、系统性红斑狼疮(SLE)、I型糖尿病、类风湿性关节炎、综合征和乳糜泻。

5.权利要求1所述的方法，其中施用所述益生菌组合物减少所述受试者胃肠道中的炎症。

6.权利要求1所述的方法，其中在第一位点处施用所述益生菌组合物减少所述受试者在远端部位处的炎症。

7.权利要求6所述的方法，其中所述远端部位是血液、皮肤、阴道、肝脏、脾脏、输卵管、子宫或其组合。

8.前述权利要求任一项中所述的方法，其中所述受试者具有微生态失调。

9.权利要求8所述的方法，其中所述微生态失调是胃肠微生态失调。

10.权利要求8所述的方法，其中所述微生态失调是远端微生态失调。

11.前述权利要求任一项中所述的方法，其中所述抗炎细菌群体减少人外周血单核细胞(PBMC)的促炎细胞因子分泌和/或增加其抗炎细胞因子分泌。

12.权利要求11所述的方法，其中所述抗炎细菌群体减少选自以下的促炎细胞因子的分泌：IFNγ、IL-12p70、IL-1α、IL-6、IL-8、MCP1、MIP1α、MIP1β、TNFα及其组合。

13.权利要求11所述的方法，其中所述抗炎细菌群体增加选自以下的抗炎细胞因子的分泌：IL-10、IL-13、IL-4、IL-5、TGFβ及其组合。

14.权利要求1所述的方法，其中所述抗炎细菌群体包含一种或多种梭菌目(Clostridiales)的细菌物种。

15.权利要求14所述的方法，其中所述细菌物种是来自布劳特氏菌属(Blautia)、梭菌属(Clostridium)或瘤胃球菌属(Ruminococcus)。

16.权利要求14所述的方法，其中所述细菌群体包含表1中所列的单一细菌物种。

17.权利要求14所述的方法，其中所述细菌群体包含表1中所列的两种或更多种细菌物种。

18.权利要求14所述的方法，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的单一细菌物种。

19.权利要求14所述的方法，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的两种或更多种细菌物种。

20.前述权利要求任一项中所述的方法，其中所述抗炎细菌的水平在所述受试者的胃肠道中增加。

21.权利要求20所述的方法，其中所述抗炎细菌植入所述受试者的胃肠道中。

22.前述权利要求任一项中所述的方法，其中所述抗炎细菌的水平在所述受试者中施用部位的远端部位处增加。

23.权利要求22所述的方法，其中在施用所述益生菌组合物之前，所述抗炎细菌不在所述受试者的胃肠道的远端部位处可检测地存在。

24.权利要求22所述的方法，其中所述抗炎细菌移位至所述受试者内的远端部位。

25.权利要求22所述的方法，其中所述胃肠道远端的部位是血液、皮肤、阴道、肝脏、脾脏、输卵管、子宫或其组合。

26.前述权利要求任一项中所述的方法，其中所述益生菌组合物中不存在的细菌物种的水平在所述受试者的胃肠道中增加。

27.前述权利要求任一项中所述的方法，其中所述益生菌组合物中不存在的细菌物种的水平在所述受试者的胃肠道的远端部位处增加。

28.权利要求27所述的方法，其中所述胃肠道远端的部位是血液、皮肤、阴道、肝脏、脾脏、输卵管、子宫或其组合。

29.前述权利要求任一项中所述的方法，另外包括向所述受试者施用益生元。

30.权利要求29所述的方法，其中所述益生元增加所述益生菌组合物中存在的所述抗炎细菌群体的生长。

31.权利要求29所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：阿拉伯木聚糖、木糖、可溶性纤维葡聚糖、可溶性玉米纤维、聚葡萄糖、乳糖、N-乙酰基-乳糖胺、葡萄糖及其组合。

32.权利要求29所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：半乳糖、果糖、鼠李糖、甘露糖、糖醛酸、3’-岩藻糖基乳糖、3’-唾液乳糖、6’-唾液乳糖、乳-N-新四糖、2’-2’-岩藻糖基乳糖及其组合。

33.权利要求29所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖及其组合。

34.权利要求29所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的二糖：木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖及其组合。

35.权利要求29所述的方法，其中所述益生元包含多糖，其中所述多糖是低聚木糖。

36.权利要求29所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖、木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖、低聚木糖及其组合。

37.一种治疗受试者中远端微生态失调的方法，其包括以足以改变施用、植入或定植部位远端的部位处的微生物组的量向所述受试者施用包含分离的细菌群体的益生菌组合物，使得所述远端微生态失调被治疗。

38.权利要求37所述的方法，其中所述益生菌组合物包含在所述远端微生态失调的部位处缺乏的细菌物种。

39.权利要求37所述的方法，其中存在于所述益生菌组合物中的细菌物种在所述远端微生态失调的部位处增加。

40.权利要求39所述的方法，其中在施用所述益生菌组合物之前，在所述远端微生态失调的部位处增加的细菌物种不在所述远端微生态失调的部位处可检测地存在。

41.权利要求39所述的方法，其中所述细菌物种移位至所述远端微生态失调的部位。

42.权利要求37所述的方法，其中所述益生菌组合物中不存在的细菌物种在所述远端
微生态失调的部位处增加。

43.权利要求37-42任一项中所述的方法，其中所述远端微生态失调的部位是血液、皮肤、阴道、肝脏、脾脏、输卵管、子宫或其组合。

44.权利要求37所述的方法，其中所述微生态失调由产生短链脂肪酸的微生物的缺乏引起。

45.权利要求44所述的方法，其中所述益生菌组合物包含产生短链脂肪酸的细菌物种。

46.权利要求37所述的方法，其中所述微生态失调由产生乳酸的微生物的缺乏引起。

47.权利要求46所述的方法，其中所述益生菌组合物包含产生乳酸的细菌物种。

48.权利要求37所述的方法，其中所述益生菌组合物减少施用部位处的炎症。

49.权利要求37所述的方法，其中所述益生菌组合物减少施用部位远端的部位处的炎症。

50.权利要求37所述的方法，其中所述益生菌组合物降低所述受试者的肠道渗透性。

51.权利要求37所述的方法，其中所述远端微生态失调与所述受试者中的自身免疫性或炎性紊乱相关。

52.权利要求51所述的方法，其中所述自身免疫性或炎性紊乱选自由以下构成的组：移植物抗宿主病(GVHD)、炎性肠病(IBD)、溃疡性结肠炎、克罗恩病、多发性硬化(MS)、系统性红斑狼疮(SLE)、I型糖尿病、类风湿性关节炎、综合征和乳糜泻。

53.权利要求37所述的方法，其中所述远端微生态失调与所述受试者中增加的移植物抗宿主病(GVHD)易感性相关。

54.权利要求53所述的方法，其中所述受试者是接受移植的受试者。

55.权利要求54所述的方法，其中所述移植是造血干细胞移植、骨髓移植或实体器官移植。

56.权利要求51所述的方法，其中所述远端微生态失调与移植物抗宿主病(GVHD)以外的自身免疫性或炎性紊乱相关。

57.权利要求37-56任一项中所述的方法，其中所述细菌群体包含一种或多种梭菌目(Clostridiales)的细菌物种。

58.权利要求57所述的方法，其中所述细菌群体包含表1中所列的单一细菌物种。

59.权利要求57所述的方法，其中所述细菌群体包含表1中所列的两种或更多种细菌物种。

60.权利要求57所述的方法，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的单一细菌物种。

61.权利要求57所述的方法，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的两种或更多种细菌物种。

62.权利要求37-61任一项中所述的方法，还包括向所述受试者施用益生元。

63.权利要求62所述的方法，其中所述益生元增加所述益生菌组合物中存在的所述细菌群体的生长。

64.权利要求62所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：阿拉伯木聚糖、木糖、可溶性纤维葡聚糖、可溶性玉米纤维、聚葡萄糖、乳糖、N-乙酰基-乳糖胺、葡萄糖及其组合。

65.权利要求62所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：半乳糖、果糖、鼠李糖、甘露糖、糖醛酸、3’-岩藻糖基乳糖、3’-唾液乳糖、6’-唾液乳糖、乳-N-新四糖、2’-2’-岩藻糖基乳糖及其组合。

66.权利要求62所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖及其组合。

67.权利要求62所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的二糖：木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖及其组合。

68.权利要求62所述的方法，其中所述益生元包含多糖，其中所述多糖是低聚木糖。

69.权利要求62所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖、木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖、低聚木糖及其组合。

70.一种降低受试者中的肠道渗透性的方法，其包括将向所述受试者施用包含分离的细菌群体的益生菌组合物，其中施用所述益生菌组合物增加产生短链脂肪酸、粘蛋白或其组合的细菌物种，使得所述受试者的肠道渗透性降低。

71.权利要求70所述的方法，其中所述益生菌组合物包含产生短链脂肪酸的细菌物种。

72.权利要求71所述的方法，其中所述细菌物种产生丁酸。

73.权利要求70所述的方法，其中所述肠道渗透性的降低调节所述受试者中胃肠道远端部位处的微生物多样性。

74.权利要求70-73任一项中所述的方法，其中所述细菌群体包含一种或多种梭菌目(Clostridiales)的细菌物种。

75.权利要求74所述的方法，其中所述细菌物种是来自布劳特氏菌属(Blautia)、梭菌属(Clostridium)或瘤胃球菌属(Ruminococcus)。

76.权利要求74所述的方法，其中所述细菌群体包含表1中所列的单一细菌物种。

77.权利要求74所述的方法，其中所述细菌群体包含表1中所列的两种或更多种细菌物种。

78.权利要求74所述的方法，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的单一细菌物种。

79.权利要求74所述的方法，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的两种或更多种细菌物种。

80.权利要求70-79任一项中所述的方法，还包括向所述受试者施用益生元。

81.权利要求80所述的方法，其中其中所述益生元增加所述益生菌组合物中存在的所述细菌群体的生长。

82.权利要求80所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：阿拉伯木聚糖、木糖、可溶性纤维葡聚糖、可溶性玉米纤维、聚葡萄糖、乳糖、N-乙酰基-乳糖胺、葡萄糖及其组合。

83.权利要求80所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：半乳糖、果糖、鼠李糖、甘露糖、糖醛酸、3’-岩藻糖基乳糖、3’-唾液乳糖、6’-唾液乳糖、乳-N-新四糖、2’-2’-岩藻糖基乳糖及其组合。

84.权利要求80所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单糖：阿拉伯糖、果糖、岩
藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖及其组合。

85.权利要求80所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的二糖：木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖及其组合。

86.权利要求80所述的方法，其中所述益生元包含多糖，其中所述多糖是低聚木糖。

87.权利要求80所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖、木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖、低聚木糖及其组合。

88.一种在需要的受试者中治疗或预防与远端微生态失调相关的紊乱的方法，其包括以足以改变施用、植入或定植部位的远端部位处的微生物组的量向所述受试者施用包含分离的细菌群体的益生菌组合物，使得所述与远端微生态失调相关的紊乱被治疗。

89.权利要求88所述的方法，其中所述与远端微生态失调相关的紊乱是自身免疫性或炎性疾病。

90.权利要求89所述的方法，其中所述自身免疫性或炎性疾病选自由以下构成的组：移植物抗宿主病(GVHD)、炎性肠病(IBD)、溃疡性结肠炎、克罗恩病、多发性硬化(MS)、系统性红斑狼疮(SLE)、I型糖尿病、类风湿性关节炎、综合征和乳糜泻。

91.权利要求88所述的方法，其中所述与远端微生态失调相关的紊乱是移植紊乱。

92.权利要求91所述的方法，其中所述移植紊乱是移植物抗宿主病。

93.权利要求92所述的方法，其中所述受试者正在接受造血干细胞移植、骨髓移植或实体器官移植。

94.权利要求93所述的方法，其中所述实体器官移植选自肾移植、心脏移植、肺移植、皮肤移植、肝脏移植、胰腺移植、肠移植、内分泌腺移植、膀胱移植和骨骼肌移植。

95.权利要求88所述的方法，其中所述受试者在选自以下的远端部位处具有微生态失调：血液、皮肤、阴道、肝脏、脾脏、输卵管、子宫及其组合。

96.权利要求88所述的方法，其中所述益生菌组合物包含在所述远端微生态失调的部位处缺乏的细菌物种。

97.权利要求88所述的方法，其中存在于所述益生菌组合物中的细菌物种在所述远端微生态失调的部位处增加。

98.权利要求97所述的方法，其中在施用所述益生菌组合物之前，所述在远端微生态失调的部位处增加的细菌物种不在所述远端微生态失调的部位处可检测地存在。

99.权利要求97所述的方法，其中所述细菌物种移位至所述远端微生态失调的部位。

100.权利要求88所述的方法，其中所述益生菌组合物中不存在的细菌物种在所述远端微生态失调的部位处增加。

101.权利要求88所述的方法，其中所述微生态失调由产生短链脂肪酸的微生物的缺乏引起。

102.权利要求101所述的方法，其中所述益生菌组合物包含产生短链脂肪酸的细菌物种。

103.权利要求88所述的方法，其中所述微生态失调由产生乳酸的微生物的缺乏引起。

104.权利要求103所述的方法，其中所述益生菌组合物包含产生乳酸的细菌物种。

105.权利要求88所述的方法，其中所述益生菌组合物减少所述受试者胃肠道中的炎
症。

106.权利要求88所述的方法，其中所述益生菌组合物减少所述受试者胃肠道的远端部位处的炎症。

107.权利要求88所述的方法，其中所述益生菌组合物降低所述受试者的肠道渗透性。

108.权利要求88-107任一项中所述的方法，其中所述细菌群体包含一种或多种梭菌目(Clostridiales)的细菌物种。

109.权利要求108所述的方法，其中所述细菌群体包含表1中所列的单一细菌物种。

110.权利要求108所述的方法，其中所述细菌群体包含表1中所列的两种或更多种细菌物种。

111.权利要求108所述的方法，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的单一细菌物种。

112.权利要求108所述的方法，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的两种或更多种细菌物种。

113.权利要求88-112任一项中所述的方法，还包括向所述受试者施用益生元。

114.权利要求113所述的方法，其中所述益生元增加所述益生菌组合物中存在的所述细菌群体的生长。

115.权利要求113所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：阿拉伯木聚糖、木糖、可溶性纤维葡聚糖、可溶性玉米纤维、聚葡萄糖、乳糖、N-乙酰基-乳糖胺、葡萄糖及其组合。

116.权利要求113所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：半乳糖、果糖、鼠李糖、甘露糖、糖醛酸、3’-岩藻糖基乳糖、3’-唾液乳糖、6’-唾液乳糖、乳-N-新四糖、2’-2’-岩藻糖基乳糖及其组合。

117.权利要求113所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的单糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖及其组合。

118.权利要求113所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的二糖：木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖及其组合。

119.权利要求113所述的方法，其中所述益生元包含多糖，其中所述多糖是低聚木糖。

120.权利要求113所述的方法，其中所述益生元包含选自以下的糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖、木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖、低聚木糖及其组合。

121.一种药物组合物，其包含能够减少人外周血单核细胞(PBMC)的促炎细胞因子分泌和/或增加其抗炎细胞因子分泌的分离的抗炎细菌群体，和药学上可接受的赋形剂。

122.权利要求121所述的药物组合物，其中所述细菌群体包含一种或多种梭菌目(Clostridiales)的细菌物种。

123.权利要求121所述的药物组合物，其中所述细菌群体包含表1中所列的单一细菌物种。

124.权利要求121所述的药物组合物，其中所述细菌群体包含表1中所列的两种或更多种细菌物种。

125.权利要求121所述的药物组合物，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、
表1E或表1F中所列的单一细菌物种。

126.权利要求121所述的药物组合物，其中所述细菌群体包含表1A、表1B、表1C、表1D、表1E或表1F中所列的两种或更多种细菌物种。

127.权利要求121所述的药物组合物，还包含益生元。

128.权利要求127所述的药物组合物，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：阿拉伯木聚糖、木糖、可溶性纤维葡聚糖、可溶性玉米纤维、聚葡萄糖、乳糖、N-乙酰基-乳糖胺、葡萄糖及其组合。

129.权利要求127所述的药物组合物，其中所述益生元包含选自以下的单体或聚合物：半乳糖、果糖、鼠李糖、甘露糖、糖醛酸、3’-岩藻糖基乳糖、3’-唾液乳糖、6’-唾液乳糖、乳-N-新四糖、2’-2’-岩藻糖基乳糖及其组合。

130.权利要求127所述的药物组合物，其中所述益生元包含选自以下的单糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖及其组合。

131.权利要求127所述的药物组合物，其中所述益生元包含选自以下的二糖：木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖及其组合。

132.权利要求127所述的药物组合物，其中所述益生元包含多糖，其中所述多糖是低聚木糖。

133.权利要求127所述的药物组合物，其中所述益生元包含选自以下的糖：阿拉伯糖、果糖、岩藻糖、乳糖、半乳糖、葡萄糖、甘露糖、D-木糖、木糖醇、核糖、木二糖、蔗糖、麦芽糖、乳糖、乳果糖、海藻糖、纤维二糖、低聚木糖及其组合。

益生菌和益生元组合物及其调节微生物组的方法和用途
[0001]相关申请
[0002]本申请要求2014年11月25日提交的美国临时专利申请No.62/084,536、2014年11月25日提交的美国临时专利申请No.62/084,537、2014年11月25日提交的美国临时专利申请No.62/084,540、2015年2月18日提交的美国临时专利申请No.62/117,632、2015年2月18日提交的美国临时专利申请No.62/117,637、2015年2月18日提交的美国临时专利申请No.62/117,639、2015年5月15日提交的美国临时专利申请No.62/162,562、以及2015年11月19日提交的美国临时专利申请No.62/257,714的优先权。

上述每个申请的全部内容通过引用并入本文。

[0003]序列表
[0004]本申请包含已经以ASCII格式电子提交的序列表，并且该序列表以其整体通过引用并入本文。

所述ASCII副本创建于2015年11月25日，名称为126383_01820_SL.txt，大小为4,147,475字节。

背景技术
[0005]人类和其他哺乳动物具有许多微生物小生境(niche)，并且调节其微生物群的干预已经集中在抗生素(其主要导致微生物群的非特异性消灭以力图靶向病原体)、益生菌(主要以食品中的乳酸生产菌形式)、益生元(刺激性材料，主要是碳水化合物，其增加细菌生长和/或活性)和合生素(益生元和益生菌的组合)。

参见例如WO2011/022542。

自身免疫性和炎症性疾病的特征在于不适当的免疫不耐受或免疫应答异常，并影响多达5000万美国人。

目前对这些病症的治疗方法(如免疫抑制药物)具有危险的全身副作用，如感染、器官损伤和产生新的自身免疫性疾病的风险。

因此，需要用于自身免疫性和炎症性疾病的改进的诊断和预后措施、预防措施和治疗。

[0006]认识到哺乳动物在胃肠(GI)道、皮肤上以及其它上皮和组织小生境如口腔、眼表和阴道中被微生物定植。

胃肠道、阴道和其他小生境内藏有丰富多样的微生物群落。

它是一个复杂的系统，为许多不同物种或生物体的群落提供环境或小生境，包括不同的细菌菌株。

数百种不同的物种可能在健康人的胃肠道或阴道中形成共生群落，这种生物体的补充从出生时开始，最终形成约3岁的功能成熟的微生物群体。

极大多样的物种可能在健康人群的肠道和阴道中形成共生群落。

这些群体中的微生物菌株与微生物与宿主(例如，宿主免疫系统)之间的相互作用形成群落结构以及远离肠腔的微生物群小生境，其中可用性和竞争资源影响微生物的分布。

这些资源可以是食物、位置以及生长空间的可用性或微生物可附着的物理结构。

例如，宿主饮食涉及形成胃肠道菌群和阴道菌群。

[0007]健康的微生物群为宿主提供多种益处，包括对广谱病原体的定植抗性、必需的营养生物合成和吸收以及维持健康的肠上皮和适当控制的全身免疫的免疫刺激。

在“微生态失调(dysbiosis)”或经破坏的共生的环境中，微生物群功能可能丧失或混乱，导致对病原体的易感性增加、改变的代谢特征或诱导炎性信号，其可导致局部或全身炎症或自身免疫。

因此，肠道微生物群在许多疾病和病症(包括胃肠道远端的各种病原性感染)的发病机理中。