如何根据报导的snp查找rs号

如何根据报导的snp查找rs号
一, SNP根据的是氨基酸变化所命名的(错义突变SNP)
基因：血管紧张素原(angiotensinogen, AGT)基因M235T
文章：血管紧张素原H"$’I基因多态性与原发性高血压的相关研究;浙江大学学报；2004年33卷，02期。

引物：P1 CCGTTTGTGCAGGGCCTGGCTCTCT P2 CAGGGTGCTGTCCACACTGGACCCC
[查找方法]
Step1：进入SNPs3d网，网址是/
Step2：输入基因名，这里输入AGT
Step3：验证自己的rs号是否正确
1，将自己查到的rs号在ncbi上的dpsnp上比对。

2，将自己查到的rs号在snpedia网站上比较
比如我们查到的M235T对应的rs号是rs699，讲这个rs699在snpedia比对
我们会看到这么一句话，证明我们查找的RS还是正确的，当然我们还得具体在相关报导的文献中再具体确认下。

rs699is a SNP in the angiotensin AGT gene that encodes a functional change. In most published literature, the name for this SNP is M235T, or perhaps Met235Thr, however its amino acid 268 (not 235) that varies based on the numbering in todays databases. rs699 is also occasionally known as C4072T.
二，SNP的命名是根据cdna的位置或者是根据DNA序列中的位置命名的
我们以白介素IL-10-592的突变snp为例。

文献："Polymorphisms of interleukin-1B and interleukin-1 receptor antagonist genes in patients with chronic hepatitis B."
[查找方法]
第一种方法：
利用goolge学术搜索。

/
Step1：输入检索式，结构不能错！
"IL10:-592 A/C rs*"
我们会发现这样的一篇文献
这里面我们看到了我们要找的rs号了。

第二种方法：
利用PCR引物进行blast，找到扩增的产物中存在哪些snp，这种方法最为科学可靠。

Step1：查找相关文献，找到引物信息。

我们查到这篇文献上提供了IL-10-592的引物信息
文献："Polymorphisms of interleukin-1B and interleukin-1 receptor antagonist genes in patients with chronic hepatitis B."
引物：正向GGTAAAGGAGCCTGGAAC
反向CCAAGCAGCCCTTCCATTT
探头或者是测序引物为：（Probes or sequencing primers）
S:5`-CTGGCTTCCTACAG-3`
Step2：进入UCSC网站，进行blast。

/cgi-bin/hgPcr?org=Human&db=hg18&hgsid=97455841
将我们查到的引物信息，填入Forward Primer 和 Reverse Primer中，点击submit。

Step3：我们点击我们blast出来的pcr产物的位置信息。

Step4：我们点击这段pcr产物中出现的SNP，本例中pcr产物比较短，只包含有两个个snp，下面我们就是要确认哪个是我们要找的rs号了。

Step5：进入下面3个网站都可以帮助我们确认信息。

我们查到的两个snp分别为
rs1800872 和rs56299498
1. snpinfo网站。

/，再进入
我们将两个snp的rs号输入对话框，可以得到下面的界面
我们可以从distance中寻找我们确认的线索，但是我们发现这两个snp的distance都包含了
-592这个位置，我们还是无法确定。

Step6，进入ncbi的dbsnp网站查找。

rs1800872的信息如下
Rs1800872的序列位置为
我们将M（突变点）前后的位点与文献中的测序引物比较
测序引物5`-CTGGCTTCCT ACAG-3`进行逆转录得到5`-CTGTAGGAAG CCAG-3`
与基因序列M位点后面的14个位点完全匹配！！而且Rs1800872的突变正是A/C
我们完全可以确认IL-10-592就是rs 1800872！！！！
rs56299498的信息如下
rs56299498的突变是C/T。

基本上就可以排除这个rs号了。

最后，我们还可以将自己查到的rs号在snpedia网站上比较，有些也是可以确认的。