2018年广东部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株orf5基因变异分析
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殖障碍性疾病，仔 猪 发 生 呼 吸 系 统 疾 病 并 大 量 死 亡 的一种重大传 染 病［１］。ＰＲＲＳ 于 ２０ 世 纪 ８０ 年 代 首 次报道［２］，随 后 ５ 年 内 陆 续 在 欧 洲 和 亚 洲 暴 发 ， ［３６］ 而该病的病毒最早于１９９１年在荷兰 和 １９９２ 在 美国 得到分离［７８］。１９９６年，郭宝清等 分 ［９］ 离出我国首株 ＰＲＲＳＶ ＣＨ１ａ毒 株，随 后 我 国 几 乎 所 有 地 区 均 有 ＰＲＲＳＶ 的检出，现在已成为危害我国养猪业发展的 主 要 疫 病 之 一 ［１０］。
本研究对 ２０１８ 年 广 东 部 分 地 区 疑 似 患 ＰＲＲＳ 猪的 肺 脏 进 行 病 毒 ＲＮＡ 的 提 取，ＲＴＰＣＲ 扩 增 ＰＲＲＳＶ ＯＲＦ５，选取阳 性 ＰＣＲ 产 物 进 行 克 隆 测 序； 同时，与 国 内 外 已 发 表 的 ＰＲＲＳＶ 代 表 毒 株 的 序 列 进行比较。根据 生 物 信 息 学 分 析 结 果，揭 示 广 东 地
ＧＰ５是病毒最易 发 生 变 异 的 结 构 蛋 白 之 一，故 该 基 因 通 常 被 当 作 ＰＲＲＳＶ 发 生 变 异 的 依 据，也 是 ＰＰＲＳＶ 基 因 组 分 型 的 依 据［１２］。ＰＲＲＳＶ 分 为 以 Ｌｅｌｙｓｔａｄｖｉｒｕｓ为 代 表 的 欧 洲 型 和 ＶＲ２３３２ 为 代 表 的美洲型。ＧｕｏＺ 等［１３］发现中 国 流 行 的 ＰＲＲＳＶ 美 洲型分 为 ４ 个 Ｌｉｎｅａｇｅ，分 别 是 以 类 ＮＡＤＣ３０ 为 代 表谱 系 １，以 ＧＭ２／ＱＹＹＺ 为 代 表 谱 系 ３，以 ＢＪ４／ ＶＲ２３３２为 代 表 的 谱 系 ５（亚 系 ５．１）和 以 ＣＨ１ａ ｌｉｋｅ／ＪＸＡ１ｌｉｋｅ为代表的谱系８（亚系８．７）。 多个 谱 系的流行给我 国 防 控 ＰＲＲＳ 带 来 了 巨 大 的 挑 战，同 时重组毒株和疫苗返强毒株更加剧了防控的难度。
区 ＰＲＲＳＶ 流 行 毒 株 遗 传 进 化 趋 势，为 疫 苗 选 择 提 供 理 论 基 础 ，为 该 病 的 科 学 防 控 提 供 参 考 。
收 稿 日 期 ：２０１８１２２６ 基 金 项 目 ：广 东 省 教 育 厅 预 防 兽 医 学 重 点 实 验 室 项 目 （２０１４ＫＴＳＰＴ０３７）；广 东 省 自 然 科 学 基 金 项 目 （２０１７Ａ０３０３１０６１２） 作 者 简 介 ：陈 盛 楠 （１９９５－ ），男 ，河 南 平 顶 山 人 ，硕 士 研 究 生 ，主 要 从 事 猪 传 染 病 诊 断 与 防 控 研 究 。 通 讯 作 者
中 图 分 类 号 ：Ｓ８５２．６５９．６；Ｓ８５８．２８
文 献 标 识 码 ：Ａ
文 章 编 号 ：１００７５０３８（２０２０）０１００５００７
猪 繁 殖 与 呼 吸 综 合 征 （Ｐｏｒｃｉｎｅｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅａｎｄ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙｓｙｎｄｒｏｍｅ，ＰＲＲＳ）是 由 猪 繁 殖 与 呼 ｔｉｖｅ ａｎｄ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅｖｉｒｕｓ，ＰＲＲＳＶ）引 起 的 一 种 母 猪 厌 食、发 热、妊娠后期出现流产、产死胎和木 乃伊 胎为主的繁
ＰＲＲＳＶ 是一种单股 线 状 正 链 ＲＮＡ 病 毒，有 囊 膜 ，属 于 动 脉 炎 病 毒 科 （犃狉狋犲狉犻狏犻狉犻犱犪犲）、动 脉 炎 病 毒 属（犃狉狋犲狉狏犻狉狌狊）［１１］。ＰＲＲＳＶ 基 因 组 全 长 约 １５ｋｂ， 编码 至 少 １０ 个 开 放 阅 读 框 （ＯＲＦ），主 要 包 括 ＯＲＦ１ａ、ＯＲＦ１ｂ、ＯＲＦ２ａ、ＯＲＦ２ｂ、ＯＲＦ３５、ＯＲＦ５ａ 和 ＯＲＦ６７，其中 ＯＲＦ５基因编码的糖基化黏膜蛋白
动 物 医 学 进 展 ，２０２０，４１（１）：５０５６ ＰｒｏｇｒｅｓｓｉｎＶｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ
２０１８年广东部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株 ＯＲＦ５基因变异分析
陈盛楠 ，张海龙，谢 博，黄良宗 ，顾万军
（佛山科学技术学院生命科学与工程学院，广东佛山 ５２８２３１）
摘 要：为了解广 东 省 猪 繁 殖 与 呼 吸 综 合 征 病 毒 （ＰＲＲＳＶ）流 行 毒 株 ＯＲＦ５ 基 因 遗 传 变 异 情 况，采 用 ＲＴＰＣＲ 对２０１８年采自广东部分地区 疑 似 患 有 ＰＲＲＳ 的 猪 肺 组 织 样 品 进 行 ＰＲＲＳＶ ＯＲＦ５ 基 因 扩 增 以 及 克隆测序，并进 行 生 物 信 息 学 分 析。 结 果 表 明，成 功 扩 增 出 １８ 株 ＰＲＲＳＶ 流 行 毒 株 的 ＯＲＦ５ 基 因 片 段。 ＯＲＦ５基因序列分析表明，１８株 ＰＲＲＳＶ 流行毒株 ＯＲＦ５基因核苷酸同 源 性 为８３．７％～９９．８％，ＰＲＲＳＶ 流 行毒株与参考毒株的同源性为６２．１％～９９．８％。基于 ＯＲＦ５基因的遗传进化树分析表 明，１８ 株 ＰＲＲＳＶ 流 行株均 为 美 洲 型 毒 株。其 中，１０ 株 与 以ＪＸＡ１ 为 代 表 的 高 致 病 性 毒 株 亲 缘 较 近，２ 株 与 新 型 高 致 病 性 毒 株 ＦＺ１６Ａ 相似；１株与以 ＮＴ１为代表的疫苗返强毒株亲缘较近，１株与以 Ｒ９８为代表的疫苗毒株 亲 缘性 较近， ４株与广东新报道的 ＧＭ２和 ＱＹＹＺ 毒株亲缘性较近。ＤＮＡ 推导氨基酸序列分析表明，１８株流行株的氨 基 酸序列与国内已报道的代表株相比发生不同程度的变异，ＧＰ５抗 原表位 上 存在 着 差 异。研 究结 果 揭 示 了 广 东地区 ＰＲＲＳＶ 有新型强毒株、重组毒株以及疫苗返强毒株的流行，提示养殖者谨慎、合理 使 用疫 苗，防止 疫 苗毒株返强和毒株重组，为该地区防控 ＰＲＲＳ提供参考。 关 键 词 ：猪 繁 殖 与 呼 吸 障 碍 综 合 征 病 毒 ；ＯＲＦ５ 基 因 ；分 子 特 征
本研究对 ２０１８ 年 广 东 部 分 地 区 疑 似 患 ＰＲＲＳ 猪的 肺 脏 进 行 病 毒 ＲＮＡ 的 提 取，ＲＴＰＣＲ 扩 增 ＰＲＲＳＶ ＯＲＦ５，选取阳 性 ＰＣＲ 产 物 进 行 克 隆 测 序； 同时，与 国 内 外 已 发 表 的 ＰＲＲＳＶ 代 表 毒 株 的 序 列 进行比较。根据 生 物 信 息 学 分 析 结 果，揭 示 广 东 地
ＧＰ５是病毒最易 发 生 变 异 的 结 构 蛋 白 之 一，故 该 基 因 通 常 被 当 作 ＰＲＲＳＶ 发 生 变 异 的 依 据，也 是 ＰＰＲＳＶ 基 因 组 分 型 的 依 据［１２］。ＰＲＲＳＶ 分 为 以 Ｌｅｌｙｓｔａｄｖｉｒｕｓ为 代 表 的 欧 洲 型 和 ＶＲ２３３２ 为 代 表 的美洲型。ＧｕｏＺ 等［１３］发现中 国 流 行 的 ＰＲＲＳＶ 美 洲型分 为 ４ 个 Ｌｉｎｅａｇｅ，分 别 是 以 类 ＮＡＤＣ３０ 为 代 表谱 系 １，以 ＧＭ２／ＱＹＹＺ 为 代 表 谱 系 ３，以 ＢＪ４／ ＶＲ２３３２为 代 表 的 谱 系 ５（亚 系 ５．１）和 以 ＣＨ１ａ ｌｉｋｅ／ＪＸＡ１ｌｉｋｅ为代表的谱系８（亚系８．７）。 多个 谱 系的流行给我 国 防 控 ＰＲＲＳ 带 来 了 巨 大 的 挑 战，同 时重组毒株和疫苗返强毒株更加剧了防控的难度。
区 ＰＲＲＳＶ 流 行 毒 株 遗 传 进 化 趋 势，为 疫 苗 选 择 提 供 理 论 基 础 ，为 该 病 的 科 学 防 控 提 供 参 考 。
收 稿 日 期 ：２０１８１２２６ 基 金 项 目 ：广 东 省 教 育 厅 预 防 兽 医 学 重 点 实 验 室 项 目 （２０１４ＫＴＳＰＴ０３７）；广 东 省 自 然 科 学 基 金 项 目 （２０１７Ａ０３０３１０６１２） 作 者 简 介 ：陈 盛 楠 （１９９５－ ），男 ，河 南 平 顶 山 人 ，硕 士 研 究 生 ，主 要 从 事 猪 传 染 病 诊 断 与 防 控 研 究 。 通 讯 作 者
中 图 分 类 号 ：Ｓ８５２．６５９．６；Ｓ８５８．２８
文 献 标 识 码 ：Ａ
文 章 编 号 ：１００７５０３８（２０２０）０１００５００７
猪 繁 殖 与 呼 吸 综 合 征 （Ｐｏｒｃｉｎｅｒｅｐｒｏｄｕｃｔｉｖｅａｎｄ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙｓｙｎｄｒｏｍｅ，ＰＲＲＳ）是 由 猪 繁 殖 与 呼 ｔｉｖｅ ａｎｄ ｒｅｓｐｉｒａｔｏｒｙ ｓｙｎｄｒｏｍｅｖｉｒｕｓ，ＰＲＲＳＶ）引 起 的 一 种 母 猪 厌 食、发 热、妊娠后期出现流产、产死胎和木 乃伊 胎为主的繁
ＰＲＲＳＶ 是一种单股 线 状 正 链 ＲＮＡ 病 毒，有 囊 膜 ，属 于 动 脉 炎 病 毒 科 （犃狉狋犲狉犻狏犻狉犻犱犪犲）、动 脉 炎 病 毒 属（犃狉狋犲狉狏犻狉狌狊）［１１］。ＰＲＲＳＶ 基 因 组 全 长 约 １５ｋｂ， 编码 至 少 １０ 个 开 放 阅 读 框 （ＯＲＦ），主 要 包 括 ＯＲＦ１ａ、ＯＲＦ１ｂ、ＯＲＦ２ａ、ＯＲＦ２ｂ、ＯＲＦ３５、ＯＲＦ５ａ 和 ＯＲＦ６７，其中 ＯＲＦ５基因编码的糖基化黏膜蛋白
动 物 医 学 进 展 ，２０２０，４１（１）：５０５６ ＰｒｏｇｒｅｓｓｉｎＶｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ
２０１８年广东部分地区猪繁殖与呼吸综合征病毒流行毒株 ＯＲＦ５基因变异分析
陈盛楠 ，张海龙，谢 博，黄良宗 ，顾万军
（佛山科学技术学院生命科学与工程学院，广东佛山 ５２８２３１）
摘 要：为了解广 东 省 猪 繁 殖 与 呼 吸 综 合 征 病 毒 （ＰＲＲＳＶ）流 行 毒 株 ＯＲＦ５ 基 因 遗 传 变 异 情 况，采 用 ＲＴＰＣＲ 对２０１８年采自广东部分地区 疑 似 患 有 ＰＲＲＳ 的 猪 肺 组 织 样 品 进 行 ＰＲＲＳＶ ＯＲＦ５ 基 因 扩 增 以 及 克隆测序，并进 行 生 物 信 息 学 分 析。 结 果 表 明，成 功 扩 增 出 １８ 株 ＰＲＲＳＶ 流 行 毒 株 的 ＯＲＦ５ 基 因 片 段。 ＯＲＦ５基因序列分析表明，１８株 ＰＲＲＳＶ 流行毒株 ＯＲＦ５基因核苷酸同 源 性 为８３．７％～９９．８％，ＰＲＲＳＶ 流 行毒株与参考毒株的同源性为６２．１％～９９．８％。基于 ＯＲＦ５基因的遗传进化树分析表 明，１８ 株 ＰＲＲＳＶ 流 行株均 为 美 洲 型 毒 株。其 中，１０ 株 与 以ＪＸＡ１ 为 代 表 的 高 致 病 性 毒 株 亲 缘 较 近，２ 株 与 新 型 高 致 病 性 毒 株 ＦＺ１６Ａ 相似；１株与以 ＮＴ１为代表的疫苗返强毒株亲缘较近，１株与以 Ｒ９８为代表的疫苗毒株 亲 缘性 较近， ４株与广东新报道的 ＧＭ２和 ＱＹＹＺ 毒株亲缘性较近。ＤＮＡ 推导氨基酸序列分析表明，１８株流行株的氨 基 酸序列与国内已报道的代表株相比发生不同程度的变异，ＧＰ５抗 原表位 上 存在 着 差 异。研 究结 果 揭 示 了 广 东地区 ＰＲＲＳＶ 有新型强毒株、重组毒株以及疫苗返强毒株的流行，提示养殖者谨慎、合理 使 用疫 苗，防止 疫 苗毒株返强和毒株重组，为该地区防控 ＰＲＲＳ提供参考。 关 键 词 ：猪 繁 殖 与 呼 吸 障 碍 综 合 征 病 毒 ；ＯＲＦ５ 基 因 ；分 子 特 征