高通量核酸提取在基因检测的应用案例
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名称 间
(min)
裂解
0
裂解
0
结合
0
结合
0
漂洗
0
漂洗
0
漂洗
0
洗脱
3
洗磁珠
0
混合时 间
(min) 25 25 10 10 5 4 3 12 1
磁吸时 间(s)
0 0 60 60 60 60 60 60 60
混合速 度
中 中 慢 慢 中 中 中 中 慢
容积
500 500 800 800 650 800 800 300 400
运行 状态
否 否 否 否 否 否 否 否 否
7、实验结束后,小心取出搅拌套和深孔板,将深孔板 5 列中的核酸溶液转移至 EP 管(若
有少量磁珠残留,可离心去除,少量磁珠不影响 PCR)。
(3)实验结果
表 6 提取后 DNA 浓度及纯度测定结果
编 号
Abs260
Abs280
Abs230
A260/A230
分组 D:实验室自配试剂 Z:AU70011-96
图 1 基因组 DNA 电泳结果 D:实验室自配试剂;Z:AU70011-96 表 4 基因组 DNA 浓度纯度分析结果
A260/A230
A260/A280
1.87
1.89
1.76
1.82
样品浓度 27.96 34.33
2.3.2 磁珠法唾液基因组 DNA 提取案例
(3)正确选择药物,避免滥用药物和药物不良反应:由于个体遗传基因上的差异,不 同的人对外来物质产生的反应也会有所不同,因此部分患者使用正常剂量的药物时,可能会 出现药物过敏、红肿发疹的现象。根据基因检测的结果,可制定特定的治疗方案,从而科学 地指导使用药物,避免药物毒副反应。因此,各大基因检测公司可能用及核酸提取仪。
不足 200 ul 用 1xPBS 补足,加入 20 uL 蛋白酶 K(20mg/ml)。 3、将深孔板平稳放入自动核酸提取仪,然后将搅拌套插入到卡槽中。 4、设置核酸提取仪的程序,具体如下,“温度设置”时,裂解温度设为 80℃,洗脱温度设为
(1)仪器及试剂盒(品牌:Bioteke; 产地:百泰克生物技术有限公司)
同 2.3.1。
(2)实验步骤
预封装试剂盒组成:
试剂盒组成
预封装板位
容积(ul)
1
裂解液 V
1、6、7、12
350
2
抑制物去除剂 IR
2、3、8、9
900
3
磁珠漂洗液 WB
4、10
900
4
洗脱缓冲液 EB
5、11
80
5
磁珠
/
北京联创大业基因科技有限公司
北京圣禾基因科技有限公司
中山大学达安基因股份有限公司
广州复能基因有限公司
广东云泽基因科技有限公司
广州
首大干细胞基因工程股份有限公司 广州华大基因科技有限公司
上海 深圳 武汉
广州民康基因科技有限公司 广州英特基因科技有限公司 广东华南生科基因产业有限公司 广州健天基因技术有限公司 上海时代基因医学科技有限公司 联合基因生物科技有限公司 上海中优基因科技有限公司 上海博华基因芯片技术有限公司 上海博道基因技术有限公司 上海飞奈基因科技有限公司 深圳华大基因股份有限公司 深圳华因康基因科技有限公司 深圳乐土生物科技有限公司 深圳市赛百诺基因技术有限公司 恩大细胞基因工程有限公司 深圳市博泰生物基因技术有限公司 深圳基因德信生物科技有限公司 武汉华大基因科技有限公司 武汉汉元基因技术有限公司 武汉华创达基因科技有限公司 武汉华大基因生物医学工程有限公司 美因美康基因技术(武汉)有限公司 武汉光谷中源协和细胞基因科技有限公司 武汉外旋基因科技有限公司
A260/A280
样品浓度
1 0.228 0.13 0.136 1.67
1.75
11.39
2 0.44 0.246 0.209 2.11
1.79
22.01
3 0.43 0.246 0.262 1.64
1.75
21.5
4 0.612 0.34 0.357 1.71
1.8
30.59
6 0.979 0.539 0.504 1.94
1.3 核酸提取在基因检测的应用
(1)用于疾病的诊断:如对结核杆菌感染的诊断,以前主要依靠痰、粪便或血液培养,
整个检验流程需要在两周以上,现在采用基因诊断的方法,不仅敏感性大大提高,而且在短
时间内就能得到结果。因此,各大医院的检验科室或医学检验公司均可能用及核酸提取仪。
表 1 医学检验公司潜在客户(以北京、上海、广州、武汉部分检验公司为例)
区域
公司名称
北京健为医学检验实验室有限公司
国立柏林医学检验技术(北京)有限公司
北京金则医学检验实验室有限公司
北京润康医学检验实验室有限公司
北京
北京先声医学检验实验室有限公司 北京华之源医学检验实验室有限公司
北京艾纳医学检验实验室有限公司
广州 上海 武汉
北京精特医学检验中心有限公司 华夏京都人和医学检验有限公司 北京径准医学检验实验室有限公司 广州嘉检医学检测有限公司 深圳南泰医学检验实验室 深圳市怡百世医学检测研究院有限公司 中山二十三密码医学检测有限责任公司 广州呼研所红外医学检验有限公司 上海兰卫医学检验所股份有限公司 上海金卫医学检验所有限公司 力因精准医疗产品(上海)有限公司 上海思路迪医学检验所有限公司 上海康黎医学检验所有限公司 上海华测艾普医学检验所有限公司 上海药明康德医学检验所有限公司 上海索敏医学检验实验室有限公司 上海芯超医学检验所有限公司 上海泰思特医学检验所 武汉华大医学检验所有限公司 武汉光谷联合医学检验所有限公司 武汉同济现代医学检验实验室有限公司 武汉以琳医学检验所有限公司 武汉武生医学检验实验室有限公司 武汉明志医学检验实验室有限公司 武汉德谷医学检验实验室有限公司 武汉苏博医学检验实验室有限公司
蛋白酶 K
预封装孔位 1、7 2、8 2、8 3、9 4、10 5、11 6、12 /
容积(ul) 350 300 20 900 900 900 120 /
1、小心撕开 96 孔深孔板的塑封膜,注意保持深孔板的平稳。 2、在深空板的第 1 列和第 7 列分别加入 200 uL 样本(全血、血细胞、白细胞、白膜层),
表 2 基因检测公司潜在客户(以北京、上海、广州、武汉、深圳部分检验公司为例)
区域
公司名称
北京贝瑞和康生物技术有限公司
博奥生物集团有限公司
奥溯国际基因科技(北京)有限公司
北京二三加基因科技有限公司
北京
华中海威(北京)基因科技有限公司 北京爱康利基因科技有限公司
北京普利莱基因技术有限公司
北京新基永康基因科技有限公司
/
6
蛋白酶 K
/
/
7
核酸助沉剂
/
/
1、小心撕开 96 孔深孔板的塑封膜,注意保持深孔板的平稳。
2、在深空板的 1、6、7、12 分别加入 350ul 样本和 20ul 蛋白酶 K。
3、将深孔板平稳放入自动核酸提取仪,然后将搅拌套插入到卡槽中。
4、设置核酸提取仪的程序,具体如下,“温度设置”时,裂解温度设为 65℃,洗脱温度设为
高通量核酸提取在基因检测中的应用案例
1. 引言
1.1 什么是高通量
就是单次即可同时完成几十甚至上百个样品的处理。
1.2 什么是基因
基因是遗传的基本单元,携带有遗传信息的 DNA 或 RNA 序列,通过复制,把遗传信
息传递给下一代,指导蛋白质的合成来表达自己所携带的遗传信息,从而控制生物个体的性
状表达。
(2)了解自身是否有家族性疾病的致病基因,预测患病风险:资料证实 10%~15%的 癌症与遗传有关,糖尿病、心脑血管疾病等多种疾病都与遗传因素有关。如具有癌症或多基 因遗传病(如老年痴呆、高血压、糖尿病等)的人可找出致病的遗传基因,就能够有针对性 地调整生活方式,预防或者延缓疾病的发生。例:安吉丽娜·朱莉在基因检测之后,结合自 己的家族病史,为了降低自己患癌的几率,切掉了自己乳腺和卵巢。因此,各大基因检测 公司可能用及核酸提取仪,基因检测公司分析结果主要包括祖源分析,运动基因、营养代 谢、健康风险、遗传性疾病、药物指南、遗传特征七大项。
容积
700 300 700 650 650 650 200 0
运行 状态
否 否 否 否 否 否 否 否
6、运行结束后关机,从第 6,12 列中吸取 DNA 溶液转移至 EP 管中,DNA 可以存放在 2-8℃,
如果要长时间存放,请放置在-20℃。
(3)实验结果分析
M D1 D2 D3 Z1 Z2 Z3
2.百泰克核酸提取仪及试剂盒在基因检测中的应用
2.1 核酸提取主要样本类型 口腔拭子、全血、唾液、组织等。
2.2 百泰克核酸提取仪及试剂盒在基因检测中的优势 (1)百泰克核酸提取仪搭配百泰克试剂盒,一次性完成提取核酸率高、效果好; (2)仪器有 32 通量及 96 通量,可一次完成 1-96 个样本提取; (3)节约公司人员成本; (4)若不需要购买仪器及配套试剂,百泰克仍提供科技服务,如高通量核酸提取服务等; (5)组织、血液等样本无需预处理,可直接上机,进行核酸提取。 2.3 具体实施案例 2.3.1 磁珠法口腔拭子基因组 DNA 提取案例 (1)仪器及试剂盒(品牌:Bioteke; 产地:百泰克生物技术有限公司) 唾液 DNA 采集管(ST4001); 唾液保存液(ST6001); 96 通道核酸提取仪(AU1001-96); 磁珠法唾液和拭子 DNA 自动提取试剂盒(预封装)(AU70011-96); 匹克级凝胶成像系统(EP2018); 超微量紫外可见分光光度计(ND5000)。 (2)操作步骤 深孔板预分装试剂盒组成: (a)1,7 列、裂解液 V 350ul,20ul 蛋白酶 K(20mg/ml); (b)2,8 列、300ul 磁珠缓冲液 BB 及 10ul 4 号磁珠原液; (c)3,9 列、900ul 磁珠 IR; (d)4,10 列、900ul 磁珠 IR; (e)5,11 列、900ul 漂洗液 WB; (f)6,12 列、100ul 洗脱缓冲液 EB。 1、将口腔拭子棉签部分剪碎到 1.5ml 离心管,加入缓冲液 BB 至终体积 300ul 和 20ul 蛋白
2.3.3 磁珠法全血基因组 DNA 提取案例 (1)仪器及试剂盒 磁珠法新型全血基因组DNA提取试剂盒(预封装)(AU18012);其余同2.3.1。 (2)操作步骤 深孔板预分装试剂盒组成:
试剂盒组成 磁珠结合液 CB
缓冲液 BB 磁珠
抑制物去除剂 IR 磁珠 IR
漂洗液 WB 洗脱缓冲液 TE
1.82
48.97
7 0.977 0.539 0.526 1.86
1.81
48.86
8 0.384 0.213 0.175 2.19
1.8
19.19
9 0.383 0.213 0.198 1.93
1.79
19.13
10 0.379 0.207 0.228 1.66
1.83
18.93
11 0.357 0.203 0.206 1.73
65℃,然后点击“运行”开始实验。
5、第 2 步运行完成后暂停,深孔板 1、6、7、12 列加入 10ul 核酸助沉剂和 300ul 异丙醇(需
自备),深孔板 6、12 加入 30ul 磁珠,然后继续运行程序。
表 5 核酸提取仪运行程序
步孔 骤位
11 26 36 41 52 63 74 85 91
等待时
表 3 核酸提取仪运行程序
步孔 骤位
11 22 31 43 54 65 76 82
名称
裂解 转移磁珠
结合 漂洗 漂洗 漂洗 洗脱 弃磁珠
磁吸 等待时 混合时 时间 间(min) 间(min) (s)
0
15
0
0
1
30
0
20
60
0
5
30
0
4
30
0
3
30
3
10
60
Leabharlann Baidu
0
0
0
混合 速度
中 慢 慢 中 中 中 中 慢
1.76
17.87
12 0.401 0.229 0.225 1.78
1.75
20.04
单位
ng/ul ng/ul ng/ul ng/ul ng/ul ng/ul ng/ul ng/ul ng/ul ng/ul ng/ul
样品类型
dDNA dDNA dDNA dDNA dDNA dDNA dDNA dDNA dDNA dDNA dDNA
酶 K,涡旋振荡 1min,65℃水 30min,期间振荡 4-5 次; 2、在深孔板的第 1 列和第 7 列分别加入第一步所得样本,再加入 10ul 核酸助沉剂,300ul 异
丙醇; 3、将深孔板平稳的放置到核酸自动提取仪中,然后将搅拌套插入到卡槽中; 4、设置核酸提取仪的程序,具体如下;“温度设置”时裂解温度设为 80℃,洗脱温度设为 65℃,然后点击“运行”开始实验。 5、程序运行
1.2 什么是基因检测
基因检测是通过血液、其他体液、或细胞对 DNA 进行检测的技术。一般是取被检测者
外周静脉血、唾液或其他组织细胞,通过核酸提取仪提取 DNA 后,通过特定设备对被检测
者 DNA 分子信息作检测,分析它所含有的基因类型和基因缺陷及其表达功能是否正常的一
种方法,从而使人们能了解自己的基因信息,明确病因或预知身体患某种疾病的风险。