【CN109919924A】一种适用于大批量HE染色图片细胞数字化处理的方法【专利】

(19)中华人民共和国国家知识产权局
(12)发明专利申请
(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201910151096.4
(22)申请日 2019.02.28
(71)申请人 江南大学
地址 214000 江苏省无锡市蠡湖大道1800
号
(72)发明人 刘元法　李有栋　李进伟　曹晨　
徐勇将　翟颖红　
(74)专利代理机构 哈尔滨市阳光惠远知识产权
代理有限公司 23211
代理人 林娟
(51)Int.Cl.
G06T 7/00(2017.01)
G06T 7/62(2017.01)
G06T 7/12(2017.01)
G06T 7/136(2017.01)
G06K 9/00(2006.01)
(54)发明名称
一种适用于大批量HE染色图片细胞数字化
处理的方法
(57)摘要
本发明公开了一种适用于大批量HE染色图
片细胞数字化处理的方法，属于生物科学图像处
理技术领域。

所述方法通过选用CellProfiler作
为图像处理软件，并通过优化各管线程序的参数
使得其能够对大批量的数字图像进行处理，准确
地识别拥挤的细胞类型，更适用于H/E切片的观
察，能够准确、快速的对大批量的H/E染色样本进
行数字化和定量计算比较，大大节约了时间和人
力成本，为后续基于H/E切片做进一步研究的应
用提供了基础。

权利要求书2页 说明书7页 附图7页CN 109919924 A 2019.06.21
C N 109919924
A
权　利　要　求　书1/2页CN 109919924 A
1.一种适用于大批量HE染色图片细胞数字化处理的方法，其特征在于，所述方法包括：图片处理、图像采集和细胞参数测量；所述方法基于CellProfiler软件，其中，所述图片处理包括图像剪切、图像灰度转化、光照矫正；所述图像采集包括对图像细胞核、图像细胞边界的识别；所述细胞参数测量包括对细胞核个数和面积、细胞的个数和面积的测定。

2.根据权利要求1所述的方法，其特征在于，所述方法应用于对肝脏组织和/或脂肪组织的HE染色图片进行处理。

3.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法应用于对肝脏组织的HE染色图片进行处理时包括步骤如下：
为便于描述，将调用各程序处理后的图像以英文字母或者英文字母后加数字进行区分；
S1：对肝脏组织进行染色并拍摄得到HE染色图片；
S2：运行CellProfiler软件，将S1中得到的HE染色图片导入ExampleNeighbors.cppipe 工程程序中获得图像A；
S3：调用Crop管线程序对图像A进行剪切得到图像B，调用ColorToGrey管线程序对图像B进行灰度图像转化得到图像C，调用CorrectIlluminationCalculate管线程序对图像C进行光照矫正处理得到图像D，调用ImageMath管线程序对图像D进行目标物突出处理得到图像E，其中，光照矫正平滑滤波参数为30.0；
S4：设置平滑度阈值为1.0，校正因子阈值为0.8，边界阈值设为0.0-0.9；
调用IdentifyPrimaryObjects管线程序对图像E中主要对象进行识别；依据识别的主要对象，调用IdentifySecondaryObjects管线程序利用主要对象和次要对象之间的联系对细胞核进行识别得到图像F，其中，主要对象包括细胞和/或细胞核，次要对象为图像E中除主要对象外的物质或背景；
S5：在IdentifySecondaryObjects管线程序中，对在IdentifyPrimaryObjects管线程序中识别的主要对象作为“种子”对象的周围展开进行识别次要对象得到图像G；
S6：调用MeasureImageAreaOccupied、MeasurObjectsSizeShape管线程序对图像F和G 所识别的主要对象测定得到细胞质的面积、细胞的大小和数量。

4.根据权利要求2所述的方法，其特征在于，所述方法应用于对脂肪组织的HE染色图片进行处理时包括步骤如下：
Step1：对动物脂肪组织进行染色并拍摄得到HE染色图片H；
S t e p2：运行C e l l P r o f i l e r软件，将S t e p1中得到的H E染色图片H导入ExampleNeighbors.cppipe工程程序中获得图像H1；
Step3：调用Crop管线程序对图像H1进行剪切得到图像H2，调用ColorToGrey管线程序对图像H2进行灰度图像转化得到图像H3，调用CorrectIlluminationCalculate管线程序对图像H3进行光照矫正处理得到图像H4，调用ImageMath管线程序对图像H4进行目标物突出处理得到图像H5，其中，光照矫正平滑滤波参数为30.0；
Step4：调用CorrectIlluminationCalculate、OverLayOutlines管线程序对图像H5处理得到图像H6；
Step5：设置平滑度阈值为1.0，校正因子阈值为0.8，边界阈值设为0.0-0.9；
调用IdentifyPrimaryObjects管线程序两次对图像H6中主要对象进行识别；依据识别
2。