PCR引物流程设计详解教学内容

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PCR引物设计详细步骤

PCR引物设计详细步骤

PCR引物设计详细步骤

引言

PCR(聚合酶链式反应)是一种在分子生物学中常用的技术,用于放大DNA片段。在PCR过程中,引物的选择非常重要,因为引物的设计质量直接影响到PCR反应的效率和准确性。本文将详细介绍PCR引物设计的步骤。

步骤

1. 确定目标序列

首先,需要确定所要放大的目标序列。这可以是任何你感兴趣的DNA片段,如某个基因的编码区域,特定的DNA序列等。

2. 提取目标序列

从已有的DNA样本中提取目标序列。可以通过DNA提取试剂盒等方法进行提取,确保获得纯净的DNA。

3. 序列比对

使用BLAST等工具将目标序列与已知的序列数据库进行比对,以确认目标序列的唯一性和可能存在的变异。

4. 引物设计原则

根据目标序列,设计符合以下原则的引物:

•引物长度通常在18-25个碱基对之间。

•碱基组成均匀,避免引物中存在大量的G或C碱基,以及连续多个重复的碱基。•引物之间的互补性尽量避免,以防止二聚体的形成。

•避免引物末端存在碱基的互补序列,以防止非特异性扩增。

5. 引物设计工具

使用引物设计工具,如Primer3、NCBI Primer-BLAST等,在目标序列中选择合适的引物。这些工具可以根据给定的参数,自动设计合适的引物。

6. 引物评估

对设计的引物进行评估,包括检查引物的反向互补性、引物的Tm值(熔解温度)、引物的二聚体和自身结构等。确保引物的质量达到实验要求。

7. 引物合成

将设计好的引物发送给合成公司进行合成。确保引物的纯度和浓度符合要求。

8. PCR反应

使用合成的引物进行PCR反应,按照标准的PCR反应体系和条件进行。根据实验需求调整PCR反应的温度、时间等参数。

PCR扩增原理及操作教学内容

PCR扩增原理及操作教学内容

PCR扩增原理及操作教学内容

PCR(聚合酶链反应)是一种基因分析技术,被广泛应用于分子生物学和基因工程中。PCR的原理是通过体外扩增DNA的特定片段,从而获得大量的DNA样本。下面是对PCR扩增原理及操作教学内容的详细介绍。

一、PCR扩增原理

1.变性:将待扩增的DNA样本加热至95℃,使DNA双链解开成两根单链,也即变性。这个步骤通常需要持续30秒至2分钟。

2.退火:将温度降低至退火温度(通常为50-68℃),此时引物结合于待扩增的DNA模板的互补序列上。引物是短的DNA片段,它的序列与待扩增的目标序列的两端互补。退火的目的是让引物通过特异性互补序列,限定DNA双链的延伸范围。这个步骤通常需要持续30秒至2分钟。

3. 延伸:将温度升高至72℃,此时DNA扩增酶(如Taq聚合酶)开始工作,以模板DNA为引物,在核苷酸三磷酸(NTP)的存在下,合成新的DNA链。这个步骤的时间取决于需要扩增的DNA片段长度,通常为每kb 需延伸5-10秒。

这三个步骤构成了一个PCR循环,每个循环都会使DNA含量翻倍。通常需要进行多次循环,才能得到足够的DNA量。

进行PCR扩增通常需要以下步骤:

1.材料准备:

-待扩增的DNA样本:可以是基因组DNA、cDNA或从已有样本中提取的DNA片段。

-引物:需要设计两个引物,一个位于目标序列的起始端,另一个位

于目标序列的终止端。

-dNTPs:四种脱氧核苷酸三磷酸(dATP、dCTP、dGTP、dTTP)。

- PCR缓冲液:包含足够量的Tris-HCl缓冲液、MgCl2和pH调节剂。

高中生物pcr反应教案

高中生物pcr反应教案

高中生物pcr反应教案

一、教学目标:

1. 了解PCR(聚合酶链式反应)的基本原理和操作步骤;

2. 掌握PCR反应的实验原理和方法;

3. 能够独立进行PCR实验,并获取实验数据;

4. 能够分析PCR实验结果,初步了解PCR在生物学研究中的应用。

二、教学内容:

1. PCR的基本原理;

2. PCR实验的步骤和材料准备;

3. PCR实验的操作方法;

4. PCR实验结果的分析和解读。

三、教学步骤:

1. 理论讲解(10分钟):

教师介绍PCR的基本原理和操作流程,讲解PCR是一种体外DNA复制技术,通过酶的作

用使目标DNA片段在温度变化的条件下进行反复复制,并逐渐放大目标DNA片段的数量。

2. 实验操作(30分钟):

学生跟随教师的指导,依次操作PCR实验,包括样品提取、DNA模板制备、引物设计、

反应混合、PCR仪设置等步骤。

3. 结果分析(15分钟):

学生观察PCR反应结果,记录放大出来的特定DNA片段,并应用相关知识对结果进行分

析和解读,了解PCR在生物学研究中的应用和意义。

4. 思考讨论(5分钟):

教师与学生共同讨论PCR实验的意义和可能的应用领域,引导学生思考PCR技术在生物

学研究中的重要性。

四、实验材料:

1. 提取样品(如细胞、组织等);

2. PCR试剂盒;

3. DNA模板;

4. 引物(前/反引物);

5. PCR仪;

6. 手套、移液管、PCR试管等实验器材。

五、实验注意事项:

1. 实验操作需在无菌条件下进行;

2. 严格按照PCR实验步骤操作,避免引物交叉污染;

3. 实验过程中要确保PCR试管密封,防止反应混合物外泄;

PCR引物设计过程

PCR引物设计过程

PCR引物设计过程

(一)设计引物前应的准备工作:

1.准备载体图,并在该部分大致插入片段。

2.对片段进行酶消化分析,以确定哪些酶

消化位点不能使用。3.编制采购公司酶的商品目录,检查酶的各种数据,以及两种酶是否

可以一起使用

(二)引物的结构:5’―保护碱基+酶切位点+引物配对区―3’1.两个酶切位点

2.酶切位点的保护碱基3.5’端保护碱基4.3’端保护碱基5.引物配对区

(三)设计引物时应考虑的问题1。酶消化位点

两个酶切位点应是载体上的,所连接片断上没有这两个位点,且距离不能太近,否则

往往导致两个酶都切不好。因此,两个酶切位点要紧挨在一起,只能切一个,除非恰好是

与上面两个酶在一起的酶切位点,最好隔四个核苷酸。且不能有碱基的交叉,比如agatcttaag,这样的位点比较难切。2.酶的选择

最好使用高效的双酶,但两种酶的切割点不应是相同的尾酶(切割残留物不应互补),否则效果相当于单酶切割。最好使用常用酶和常用缓冲液(如hind3、bamh1、ecor1等),这样可以省钱。3.TM的计算。

tm是由互补的dna区域决定的,而不互补的区域对dna的溶解是没有作用的。因此,对于引物的tm,只有和模板互补的区域对tm才有贡献。计算tm时,只计算互补的区域(除非你的酶切位点也与模板互补)。设计引物的时候,先不管5'端的修饰序列,把互补区的tm控制在55度以上(我喜欢控制在58以上,具体根据pcr的具体情况,对于困难

的pcr,需要适当提高tm),再加上酶切位点和保护碱基,这样的引物通常都是可用的,

即使有小的问题,也可以挽回。

《PCR引物设计》课件

《PCR引物设计》课件

pcr引物在基因突变检测中的应用
01
02
03
pcr引物用于基因突变检 测可以帮助发现与疾病 相关的基因变异,为疾 病的诊断和治疗提供依
据。
设计引物时需确保能够 扩增出目的片段,并且 引物与突变位点的结合
不受影响。
通过比较正常和异常基 因的pcr产物,可以发现 基因突变的位置和类型

pcr引物在基因表达分析中的应用
04
pcr引物的应用与案例分 析
pcr引物在基因克隆中的应用
01
pcr引物用于基因克隆的目的是为了获得目的基因的序列信息, 进而进行后续的基因功能和表达研究。
02
设计特异性引物,通过pcr技术,从基因文库或基因组中筛选出
目的基因。
引物设计需考虑基因序列的特异性、扩增效率和避免非特异性
03
扩增等因素。
引导合成
引物作为合成子链的起点,通过与 DNA聚合酶的结合,引导合成与 模板互补的DNA链。
决定产物长度
引物的设计决定了PCR产物的长度 ,通过选择合适的引物,可以控制 产物的大小和特异性。
pcr引物设计的基本原则
特异性
长度和序列
引物应与模板DNA具有高度的特异性,避 免与其他非目标DNA序列发生非特异性结 合。
目标基因序列的来源
可以是基因组、转录组、cDNA或其他来源 的已知序列。

PCR技术(包含引物设计)

PCR技术(包含引物设计)

聚合酶链式反应(PCR)

原理:

DNA的半保留复制时,双链DNA在多种酶的作用下可以变性解链成单链,在DNA聚合酶与启动子的参与下,根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。在实验条件下,DNA在高温时也可以发生变性解链,当温度降低后又可以复性成为双链。因此,通过温度变化控制DNA的变性和复性,并设计引物做启动子,加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。PCR类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。

PCR由变性 - 退火(复性)- 延伸三个基本反应步骤构成:

①模板DNA的变性:模板DNA经加热至94℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;

②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至40~60℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;

③引物的延伸:DNA模板 - 引物结合物在DNA聚合酶的作用下,于72℃左右,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链,重复循环就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。PCR技术分类(常用)

(1)反向PCR技术(Inverse PCR, IPCR):反向PCR是克隆已知序列旁侧序列的一种方法.主要原理是用一种在已知序列中无切点的限制性内切酶消化基因组DNA.后酶切片段自身环化.以环化的DNA作为模板,用一对与已知序列两端特异性结合的引物,扩增夹在中间的未知序列。该扩增产物是线性的DNA片段,大小取决于上述限制性内切酶在已知基闲侧翼DNA 序列内部的酶切位点分布情况。用不同的限制性内切酶消化,

实验四_PCR引物设计

实验四_PCR引物设计

实验四设计PCR引物

一、实验目的

学习引物设计软件PrimerPremier5的基本使用方法。

二、PCR引物设计原理与参数要求

引物设计的目的是在两个目标间取得平衡:扩增特异性和扩增效率。特异性是指发生错误引发的频率。特异性不好或劣等的引物会产生额外无关和不想要的PCR扩增产物,在EB 染色的琼脂糖凝胶上可见到;引物效率是指在每一PCR循环中一对引物扩增的产物与理论上成倍增长量的接近程度。

①引物长度:特异性一般通过引物长度和退火温度控制。如果PCR的退火温度设置在近于引物Tm值(引物/模板双链体的解链温度)几度的范围内,18到24个碱基的寡核苷酸链是有很好的序列特异性的。引物越长,扩增退火时被引发的模板越少。为优化PCR反应,使用确保溶解温度不低于54℃的最短的引物,可获得最好的效率和特异性。

总的来说,最好在特异性允许的范围内寻求安全性。每增加一个核苷酸,引物特异性提高4倍;这样,大多数应用的最短引物长度为18个核苷酸。引物设计时使合成的寡核苷酸链(18~24聚物)适用于多种实验条件仍不失为明智之举。

②引物的二级结构:包括引物自身二聚体、发卡结构、引物间二聚体等。这些因素会影响引物和模板的结合从而影响引物效率。

对于引物的3’末端形成的二聚体,应控制其ΔG大于-5.0kcal/mol或少于三个连续的碱基互补,因为此种情形的引物二聚体有进一步形成更稳定结构的可能性,引物中间或5’端的要求可适当放宽。

引物自身形成的发卡结构,也以3’端或近3’端对引物-模板结合影响更大;影响发卡结构的稳定性的因素除了碱基互补配对的键能之外,与茎环结构形式亦有很大的关系。应尽量避免3’末端有发卡结构的引物。

《PCR引物设计》课件

《PCR引物设计》课件
PCR引物设计
欢迎来到《PCR引物设计》的PPT课件!在本课程中,我们将学习PCR引物设 计的概述、作用和原理,设计策略和步骤,以及注意事项和常见的设计软件。 期待你获得知识的启迪和灵感!
PCR引物设计的概述
PCR引物设计是分子生物学中的关键步骤之一。它涉及到选择合适的引物序列,以在PCR反应中放大感兴趣的 DNA片段。要成功设计引物,需要考虑引物的长度、GC含量、互补性等因素。
PCR引物设计的步骤
1
目标DNA序列
确定需要扩增的目标DNA序列。
2
定位位点
在目标DNA序列上选择合适的引物定位位点,通常在目标序列两侧留出一定距 离。
3
引物设计
使用引物设计软件设计合适的引物序列。
PCR引物设计的注意事项
避免引物互补性
引物之间和引物与DNA模板之间应该没有或很 少互补性,以避免非特异性扩增。
PCR引物的作用和原理
1 作用
PCR引物是DNA复制和扩增反应中的关键组 成部分。它们与DNA模板序列的特定区域互 相结合,并通过PCR技术扩增该区域,从而 产生大量特定DNA片段。
2 原理
PCR引物是由特定碱基序列组成的短DNA片 段。在PCR反应中,引物与DNA模板序列的 互补区域结合,在回路扩增的不断循环中, 引物在双链DNA序列的3'末端被延伸,产生 新的DNA片段。

引物设计具体步骤

引物设计具体步骤

引物设计

一、引物设计简介

引物设计是以一小段单链DNA或RNA,作为DNA复制的起始点,在核酸合成反应时,作为每个多核苷酸链进行延伸的起点而起作用的多核苷酸链。我们根据根据蛋白的基因序列及所选取的目的片段,设计引物。

二、引物设计的一般原则

(一)抗原性:引物设计在完整的Domain区域或者抗原表位集中区域;

(二)PCR产物长度:PCR产物长度不应过长,最佳长度为500bp左右。;(三)长度:15-30bp,其有效长度[Ln=2(G+C)+(A+T)]一般不大于38,否则PCR 的最适延伸温度会超过Taq酶的最佳作用温度(74℃),从而降低产物的特异性;(四)GC含量:应在40%-60%之间,PCR扩增中的复性温度一般是较低Tm 值引物的Tm值减去5℃;

(五)碱基分布的随机性:应避免连续出现4个以上的单一碱基。尤其是不应在其3’端出现超过3个的连续G或C,否则会使引物在G+C富集序列区错误引发;(六)互补、错配、二级结构:引物自身不能含有自身互补序列,否则会形成发夹样二级结构。两个引物之间不应有多于4个互补或同源碱基,不然会形成引物二聚体,尤应避免3’端的互补重叠;

(七)引物的3’端很大程度上影响Taq酶的延伸效应,应尽量避免3’端发生错配。而且尽可能地避免选用T,尤应避免连续出现2个以上的T;

(八)特异性:与非特异扩增序列的同源性应小于70%,或少于连续8个的互补碱基。

三、常用软件

DNAman5,Primer Preimer5,DNAStar/EditSeq、Snapgene

四、信息检索常用数据库

(完整版)PCR技术(包含引物设计)

(完整版)PCR技术(包含引物设计)

聚合酶链式反应(PCR)

原理:

DNA的半保留复制时,双链DNA在多种酶的作用下可以变性解链成单链,在DNA聚合酶与启动子的参与下,根据碱基互补配对原则复制成同样的两分子挎贝。在实验条件下,DNA在高温时也可以发生变性解链,当温度降低后又可以复性成为双链。因此,通过温度变化控制DNA的变性和复性,并设计引物做启动子,加入DNA聚合酶、dNTP就可以完成特定基因的体外复制。PCR类似于DNA的天然复制过程,其特异性依赖于与靶序列两端互补的寡核苷酸引物。

PCR由变性 - 退火(复性)- 延伸三个基本反应步骤构成:

①模板DNA的变性:模板DNA经加热至94℃左右一定时间后,使模板DNA双链或经PCR扩增形成的双链DNA解离,使之成为单链,以便它与引物结合,为下轮反应作准备;

②模板DNA与引物的退火(复性):模板DNA经加热变性成单链后,温度降至40~60℃左右,引物与模板DNA单链的互补序列配对结合;

③引物的延伸:DNA模板 - 引物结合物在DNA聚合酶的作用下,于72℃左右,以dNTP为反应原料,靶序列为模板,按碱基配对与半保留复制原理,合成一条新的与模板DNA链互补的半保留复制链,重复循环就可获得更多的“半保留复制链”,而且这种新链又可成为下次循环的模板。每完成一个循环需2~4分钟,2~3小时就能将待扩目的基因扩增放大几百万倍。PCR技术分类(常用)

(1)反向PCR技术(Inverse PCR, IPCR):反向PCR是克隆已知序列旁侧序列的一种方法.主要原理是用一种在已知序列中无切点的限制性内切酶消化基因组DNA.后酶切片段自身环化.以环化的DNA作为模板,用一对与已知序列两端特异性结合的引物,扩增夹在中间的未知序列。该扩增产物是线性的DNA片段,大小取决于上述限制性内切酶在已知基闲侧翼DNA 序列内部的酶切位点分布情况。用不同的限制性内切酶消化,

PCR引物设计

PCR引物设计

实验步骤
1、从NCBI数据库中下载水稻CDPK1基因的序列(2238bp), 2、向Oligo6.0程序导入模板序列:复制序列后在Oligo软件的序 列展示窗口粘贴,oligo会自动去除非碱基字符。当序列输入或 粘贴完成后,点击Accept/Discard菜单中的Accept浮动命令,即 可进入引物设计模式。 3、开始引物设计:在基因的之间设计一对扩增产物长度在 1500-1800bp左右的引物,两头加上合适的酶切位点便于连入表 达载体(见后一张PPT的图)。 具体步骤自己整理并在报告上写清楚。
第7章 PCR引物设计
上机操作7
【实验名称】 PCR引物设计 【实验目的】 掌握引物设计的基本要求,掌握使用软件 Oligo6.0进行引物设计,掌握使用软件 Bioxm2.6 进行酶切位点分析。 【实验器材】 Oligo 6.0软件,Bioxm2.6软件,NCBI 数据库
• 实验原理

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的核苷酸 片段,使其能有效地扩增模板DNA序列。引物设计 总体上包含三个程序:序列下载,引物设计筛选, 特异性分析。
Terminator 1
实验结果
1、写出该基因的酶切位点分析情况 2、写出设计引物的序列,用下划线表示出酶切位 点。 3、引物设计的最终结果图黏贴到实验报告:PCR 产物、上游引物和下游引物的长度,Tm值、 GC%,及上下游引物所在的位置。 4、上游引物间,下游引物间及上下游引物间形成 二聚体和发卡结构的图黏贴到实验报告.

简述pcr引物设计的基本步骤

简述pcr引物设计的基本步骤

简述pcr引物设计的基本步骤

PCR引物设计是PCR技术中至关重要的一步,它直接影响到PCR 反应的特异性和效率。以下是PCR引物设计的基本步骤:

1. 确定目标序列,首先需要确定要扩增的目标DNA序列,这可以是基因、片段或者其他特定的DNA区域。

2. 引物长度,一般来说,PCR引物的长度应在18-25个碱基对之间,太短会影响特异性,太长则会影响引物的合成效率。

3. 引物的GC含量,引物的GC含量应在40-60%之间,这有助于提高引物与模板DNA的亲和力。

4. 引物特异性,引物应该与目标DNA序列高度特异性地结合,避免与其他非特异性DNA结合。

5. 引物序列的避让,避免引物序列中出现相互补的碱基对,以免引物之间发生非特异性结合。

6. 引物的末端,引物的末端应该避免出现多余的碱基对,以免

影响PCR扩增的效率。

7. 引物的Tm值,引物的熔解温度(Tm值)应该相似,一般来说,它们之间的差异不应超过5摄氏度。

在进行PCR引物设计时,以上这些基本步骤可以帮助确保PCR 反应的特异性和效率。同时,也可以利用一些生物信息学工具来辅助引物设计,如NCBI的Primer-BLAST、IDT的PrimerQuest等。PCR引物设计的好坏直接关系到PCR扩增的成功与否,因此在实验前务必进行充分的设计和验证。

引物设计流程

引物设计流程

2010级动科2班杨教童222010328210151

1.引物设计的原理和步骤

PCR引物设计的目的是为了找到一对合适的寡核苷酸片段,其中在扩增的DNA片断5'端的引物对应于有意链DNA序列,3'端的引物对应于无意链DNA序列,使其能有效地扩增模板DNA序列。因此,引物的优劣直接关系到PCR的特异性与成功与否。要设计引物首先要找到DNA序列的保守区。同时应预测将要扩增的片段单链是否形成二级结构。如这个区域单链能形成二级结构,就要避开它。如这一段不能形成二级结构,那就可以在这一区域设计引物。现在可以在这一保守区域里设计一对引物。一般引物长度为15~30碱基,扩增片段长度为100~600碱基对。

1.引物设计的原则

(1)碱基组成:

GC含量应在40%-60%(45%-55% )之间,4中碱基在引物中分配均匀。没有多聚嘌呤或多聚嘧啶序列,如AAAAA等,没有二核苷酸重复序列,如GCGCGC等;

(2)引物长度:

引物中与模板互补的区应为18-25个核苷酸长度,上下引物长度差别不能大于3bp,如上游引物为19bp,下游引物为24bp等。

(3)重复或自身互补序列:

形成发夹结构,会阻止引物和模板之间的复性。

(4)上下引物的互补性:

一个引物的3'末端序列不允许结合到另一个引物的任何位点上,因为PCR中引物浓度较高,会形成引物二聚体。

当一个PCR有多对引物时,注意检查任何一个3'末端都不能和其他任何引物互补。

(5)解链温度(Tm 值):

计算出来的两个引物的Tm 值相差不能大于5 ℃,扩增产物的Tm 值与引物的Tm 值相差不能大于10 ℃;引物的Tm 值一般为50-70℃。

pcr技术的基本原理和过程详解

pcr技术的基本原理和过程详解

pcr技术的基本原理和过程详解

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PCR、引物设计及逆转录PCR解析

PCR、引物设计及逆转录PCR解析
由于延伸是从3’端开始的,所以不能 进行任何修饰。
引物设计的基本原则
9、引物的3’端不可以A结尾。
引物3’端错配时,不同碱基引发效率 存在着很大的差异,当末位的碱基为A时, 即使在错配的情况下,也能有引发链的合成, 而当末位链为T时,错配的引发效率大大降 低,G、C错配的引发效率介于A、T之间,所 以3’端最好选择T。
子强度,为DNA聚合酶提供最佳工作环境。
➢脱氧核苷酸(dNTP):DNA的基本组成
元件,包括dATP、 dGTP、 dCTP、 dTTP。
➢Mg2+、K+、增强剂
PCR的基本原理
1.变性:高温使双链DNA解离形成单链 (95℃,30s)。
2.退火:低温下,引物与模板DNA互补 区结合(45~ 65℃,30s) 。
Easy Taq:1-2kb/min TransStart Taq:1-2kb/min FastPfu: 2-4kb/min
循环数:
在其他参数都已优化的条件下, 最适循环数取决于靶序列的初始浓 度。一般情况下30-35个循环即可。
循环数太多:会增加非特异扩增产 物的数量和复杂性。 循环数太少:PCR产量太低。
PCR扩增曲线
1.早期(E期):引物在单链 DNA模板上搜索互补序列 , 并与特定位点杂交。
2.中期(M期):扩增反应 顺利进行,产物呈指数型增 长。

pcr引物设计操作流程

pcr引物设计操作流程

pcr引物设计操作流程

PCR引物设计是PCR技术中非常重要的一步,引物的设计质量直接影响到PCR反应的效果和结果。下面是PCR引物设计的操作流程:

1. 确定目标序列:首先需要确定要扩增的目标序列,这个序列可以是基因、DNA片段或RNA序列等。

2. 选择引物设计工具:选择合适的引物设计工具,比如NCBI Primer-BLAST、Primer3等在线工具或者专业的引物设计软件。

3. 设定引物设计参数:根据实验需求设定引物设计的参数,比如引物长度、GC含量、Tm值等。

4. 引物设计:根据目标序列和设定的参数,使用引物设计工具进行引物设计。通常需要设计一对引物,一个用于扩增目标序列的前端,一个用于扩增目标序列的后端。

5. 引物评估:对设计出的引物进行评估,包括检查引物的特异性、二聚性、自身互补性等。

6. 引物合成:将设计好的引物提交给引物合成公司进行合成。通常引物的长度在18-25个碱基对之间。

7. PCR反应:将合成好的引物与DNA模板、PCR反应缓冲液、

DNA聚合酶等混合,进行PCR反应。根据引物的设计,可以选择不同的PCR条件进行扩增。

8. PCR产物分析:对PCR反应产物进行分析,比如琼脂糖凝胶电泳、测序等,确认扩增的目标序列是否正确。

总的来说,PCR引物设计是PCR技术中至关重要的一步,需要仔细设计和评估引物,确保PCR反应的准确性和可靠性。通过以上的操作流程,可以有效地设计出高质量的引物,为PCR实验的成功提供保障。

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P C R引物流程设计详

PCR引物设计流程详解

本文目的:复制出IL-4基因片段

一、查找基因序列

1、进入NCBI主页,下拉选框选择Nucleotide,在搜索栏输入要查找的目

的基因,即IL-4,点击搜索

2 、在搜索结果选择灵长类(Homo sapiens)

2、在灵长类IL-4基因中选择需要的mRNA序列

3、查看基因的相关信息

外显子区域

CDs区域

4、点击FASTA格式,并将序列保存到文档

二、使用primer premier 5.0设计引物

1、建立新文件,将所得的序列复制进输入框内

2、点击搜索按钮,搜索引物

3、设置引物设计参数(因为在之前查找基因序列的时候获知,外显子区域

分别为:1-200、201-248、249-425、426-618,又知在引物设计时引物位置最好跨越一个内含子,PCR产物长度通常为100-150bp,故设定上游引物位置为201-248,下游引物位置为249-425,产物长度为100-150bp)

4、确认条件后,显示搜索结果

4、双击选中得分最高的引物查看引物情况

(上图为上游引物情况,下图为下游引物情况)

5、将设计的上下游引物复制出来,保存到文档中

三、使用oligo 6.0对设计的引物进行评价

1、建立新文件,将从cnki上获得的cDNA复制进输入框,并点击accept接

2、接收后显示出该序列的相关信息

3、点击edit按钮录入用primer设计的上游引物,每一次输入新数据后都

需要点击accept按钮接收

4、同理,录入下游引物

5、分析上下游引物二聚体形成情况

6、分析上下游引物发卡形成情况

7、分析上下游引物GC%

8、检测上下游引物与PCR模板其它位置错配情况

9、分析PCR整体情况

四、引物特异性检验(primer blast)

1、进入NCBI主页,并选择blast

2、选择primer blast

3、在输入框内输入模板序列和上下游引物,并设定对比数据库,点击get

primer进行对比

4、查看blast结果

Blast 结果显示,尽管IL-4与其它基因有相似区,但是引物的3’端没有完全互补。故设计的引物能特异性的扩增出目的基因

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