ChIP具体操作流程
CHIP技术操作步骤
CHIP技术操作步骤CHIP技术（也称为微芯片或集成电路）是一种用于制造电子设备的技术，它将数十亿个晶体管和其他电子元件集成在一个小小的硅芯片上。
CHIP技术在各个领域都有广泛的应用，包括计算机、通信、医疗和汽车等。
下面是CHIP技术操作的一般步骤：1.设计：首先，需要进行芯片的设计。
这个过程通常由专门的集成电路设计工程师完成。
设计师使用计算机辅助设计软件来创建芯片的电路图和布局。
他们还需要考虑功耗、散热和信号传输等因素。
2.掩膜制备：一旦设计完成，接下来需要制备用于芯片制造的掩膜。
掩膜是一种通过光刻技术将芯片上的电路图转移到硅片上的透明薄膜。
制备掩膜需要使用电子束或激光刻蚀等先进的技术。
3.硅片制备：在制备掩膜的同时，需要准备用于芯片制造的硅片。
硅片是一种高纯度的硅晶体，上面没有电路图。
硅片的制备通常通过铸造、切割和抛光等步骤完成。
4.光刻：一旦掩膜和硅片准备好，接下来需要进行光刻。
光刻是将掩膜上的电路图转移到硅片上的过程。
在光刻中，硅片表面涂上光刻胶，然后将掩膜放在光刻机上，通过紫外线照射，将电路图转移到光刻胶上。
5.刻蚀：一旦光刻胶上有了电路图，接下来需要进行刻蚀。
刻蚀是将光刻胶上的电路图转移到硅片上的过程。
刻蚀通常使用化学物质或离子束进行，以去除光刻胶上的多余部分。
6.清洗和检验：刻蚀完成后，需要对芯片进行清洗和检验。
清洗可以去除刻蚀过程中的残留物，确保芯片表面干净。
检验可以检查芯片上是否有缺陷或损坏。
7.封装和测试：一旦芯片制造完成，接下来需要进行封装和测试。
封装是将芯片放入塑料或陶瓷封装中的过程，以保护芯片并提供连接外部设备的接口。
测试是对芯片进行功能和可靠性测试，以确保其正常工作。
8.成品芯片：经过封装和测试后，芯片将成为最终的成品。
它可以被集成到各种电子设备中，如计算机、手机和汽车等。
总结：CHIP技术操作步骤包括设计、掩膜制备、硅片制备、光刻、刻蚀、清洗和检验、封装和测试，最终得到成品芯片。
CHIP全解析
ChIP实验步骤第一天：（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。
1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243ul 37％甲醛，使得甲醛的终浓度为1％。
（培养基共有9ml）2、37摄氏度孵育10min。
3、终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125M。
450ul 2.5M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5min即可。
4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5、细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中（PBS依次为5ml，3ml和3ml）。
预冷后2000rpm 5min 收集细胞。
6、倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。
这样每100ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80％。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer。
将2管混在一起，共800ul。
7、超声破碎：VCX750，25％功率，4.5S冲击，9S间隙。
共14次。
（二）、除杂及抗体哺育。
8、超声破碎结束后，10，000g 4度离心10min。
去除不溶物质。
留取300ul做实验，其余保存于－80度。
300ul中，100ul加抗体做为实验组；100ul不加抗体做为对照组；100ul加入4ul 5M NaCl （NaCl 终浓度为0.2M），65度处理3h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。
9、在100ul的超声破碎产物中，加入900ul ChIP Dilution Buffer和20ul的50×PIC。
再各加入60ul Protein A Agarose/Salmon Sperm DNA。
4度颠转混匀1h。
10、1h后，在4度静置10min沉淀，700rpm离心1min。
11、取上清。
各留取20ul做为input。
一管中加入1ul 抗体，另一管中则不加抗体。
(完整版)ChIP实验步骤
第一天：（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。
1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9ml）。
2、37摄氏度孵育10min。
3、终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125M。
450 ul 2.5M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5min即可。
4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5、细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中（PBS依次为5ml，3ml和3ml）。
预冷后2000rpm 5min收集细胞。
6、倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200 ul含2×106个细胞。
这样每100ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80%。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer。
将2管混在一起，共8 00ul。
7、超声破碎：VCX750，25%功率，4.5S冲击，9S间隙。
共14次（二）、除杂及抗体哺育。
8、超声破碎结束后，10，000g 4oC离心10min。
去除不溶物质。
留取300ul做实验，其余保存于-80oC。
300ul中，100ul加抗体做为实验组；100ul不加抗体做为对照组；100ul加入4 ul5MNaCl（NaCl终浓度为0.2M），65oC处理3h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。
9、在100ul的超声破碎产物中，加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50×P IC。
再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。
4oC颠转混匀1h。
10、1h后，在4摄氏度静置10min沉淀，700rpm离心1min。
11、取上清。
各留取20ul做为input。
一管中加入1ul抗体，另一管中则不加抗体。
chip基本实验步骤
chip基本实验步骤基本实验步骤(1)收获细胞，加入适量细胞IP裂解缓冲液(含蛋白酶抑制剂)，冰上或者4?裂解30min, 12,000g离心30 min后取上清;(2) 取少量裂解液以备Western blot分析，剩余裂解液将1μg相应的抗体和10-50 μl protein A/G-beads加入到细胞裂解液，4?C缓慢摇晃孵育过夜;(3)免疫沉淀反应后，在4?C 以3,000 g速度离心5 min,将protein A/G-beads离心至管底;将上清小心吸去，protein A/G-beads用1ml裂解缓冲液洗3-4次;最后加入15μl的2×SDS 加样缓冲液，沸水煮10分钟;(4)SDS-PAGE, Western blotting或进行质谱分析。
一、样品处理:免疫沉淀实验成功与否，第一步处理样品非常关键。
免疫沉淀实验本质上是处于天然构象状态的抗原和抗体之间的反应，而样品处理的质量决定了抗原抗体反应中的抗原的质量，浓度以及抗原是否处于天然构象状态。
所以制备高质量的样品以用于后续的抗体-agarose beads孵育对免疫沉淀实验是否成功非常关键。
在这个环节中，除了要控制所有操作尽量在冰上或者4?完成外，最为关键的是裂解液的成份。
用于免疫沉淀实验的样品一般是原代培养细胞裂解液或者细胞系裂解液。
我们以常用的RIPA裂解液为例(主要含有pH7.4左右的离子缓冲液，接近生理浓度下的NaCl,一定比例的去垢剂和甘油以及各类蛋白酶抑制剂等)来说明其各主要成份的用途，进而帮助我们如何针对不同的实验目的和不同的蛋白质特性来选择最佳的裂解液。
a. 缓冲液:离子缓冲液常采用pH7.4的Hepes或者Tris-Cl。
b. NaCl浓度一般习惯用150 mM,这主要是因为150 mM接近生理浓度，不会破坏蛋白质之间的相互作用。
然而细胞内部的NaCl浓度并不是均一的，局部NaCl的浓度可以低到50 mM,150 mM的NaCl有可能会破坏这个区域的蛋白质相互作用。
ChIP实验流程整理
1、ChIP实验用的苗是正常光照条件下生长的四周大的苗子，取1.5克嫩苗组织，放入50ml 1%甲醛溶液中，抽真空交联。
2、用2.5ml 2M甘氨酸溶液停止交联反应。
3、水洗苗子数次，然后将苗用吸水纸吸干，液氮碾磨，然后用25ml提取缓冲液1重悬。
extraction buffer I0.4 M sucrose,10 mM Tris-HCl, pH 8,10 mM MgCl2,5mM b-mercaptoethanol,0.1mM phenylmethylsulfonyl fluoride [PMSF],1* protease inhibitor; Roche),4、用神奇滤器或者是金属筛过滤，然后4000rpm, 4℃离心20分钟5、用1ml提取缓冲液2，重悬沉淀物，14,000 rpm ，4℃离心10分钟。
extraction buffer II0.25 M sucrose,10 mM Tris-HCl, pH 8,10mMMgCl2,1%Triton X-100,5mM b-mercaptoethanol,0.1mM PMSF,1*protease inhibitor)6、用300ul提取缓冲液3，重悬沉淀物，14,000 rpm ，4℃离心60分钟。
extraction bufferIII1.7Msucrose,10mMTris-HCl, pH8,0.15%Triton X-100,2mMMgCl2,5mMb-mercaptoethanol,0.1mM PMSF,1*protease inhibitor)7、粗核提取物用200ul裂解缓冲液重悬，在冰浴上孵育10分钟，以充分裂解细胞。
8、超声处理，以剪切基因组DNA，使DNA大部分断裂成200-1000bp大小，如果能把大部分控制在400-800bp则更佳。
超声过程中请一定注意要保持样品处于冰浴中，并且处于较低温度。
超声剪切的效果在后续去交联后可以用常规的DNA琼脂糖凝胶电泳检测。
(完整word版)ChIP实验流程整理
1、ChIP实验用的苗是正常光照条件下生长的四周大的苗子，取1.5克嫩苗组织,放入50ml 1％甲醛溶液中,抽真空交联。
2、用2。
5ml 2M甘氨酸溶液停止交联反应。
3、水洗苗子数次，然后将苗用吸水纸吸干，液氮碾磨，然后用25ml提取缓冲液1重悬.extraction buffer I0。
4 M sucrose,10 mM Tris-HCl， pH 8，10 mM MgCl2,5mM b-mercaptoethanol，0.1mM phenylmethylsulfonyl fluoride [PMSF］,1＊ protease inhibitor； Roche)，4、用神奇滤器或者是金属筛过滤，然后4000rpm， 4℃离心20分钟5、用1ml提取缓冲液2,重悬沉淀物,14，000 rpm ,4℃离心10分钟。
extraction buffer II0.25 M sucrose,10 mM Tris—HCl， pH 8,10mMMgCl2，1％Triton X-100，5mM b—mercaptoethanol,0。
1mM PMSF,1＊protease inhibitor)6、用300ul提取缓冲液3,重悬沉淀物,14，000 rpm ，4℃离心60分钟.extraction bufferIII1。
7Msucrose,10mMTris-HCl， pH8,0.15%Triton X—100，2mMMgCl2,5mMb-mercaptoethanol，0.1mM PMSF,1＊protease inhibitor)7、粗核提取物用200ul裂解缓冲液重悬,在冰浴上孵育10分钟，以充分裂解细胞.8、超声处理，以剪切基因组DNA,使DNA大部分断裂成200-1000bp大小，如果能把大部分控制在400-800bp 则更佳。
超声过程中请一定注意要保持样品处于冰浴中，并且处于较低温度。
超声剪切的效果在后续去交联后可以用常规的DNA琼脂糖凝胶电泳检测。
ChIP实验精讲(做科研的必看)
ChIP实验精讲(做科研的必看)染色质免疫共沉淀（ChIP）概述ChIP：chromatinimmunoprecipitation assay，染色质免疫沉淀技术。
研究蛋白质与DNA在染色质环境下的相互作用是阐明真核生物基因表达机制的基本途径。
ChIP是目前唯一研究体内DNA与蛋白质相互作用的方法原理在活细胞状态下固定“蛋白质-DNA”复合物，并将其随机切断为一定长度范围内的染色质小片段，然后通过免疫学方法沉淀此复合体，特异性地富集目的蛋白结合的DNA片段，通过对目的片断的纯化与检测，从而获得蛋白质与DNA相互作用的信息。
ChIP应用1、检测体内反式因子与DNA的动态作用，研究组蛋白的各种共价修饰与基因表达的关系；2、CHIP与基因芯片相结合建立的CHIP-on-ChIP 方法已广泛用于特定反式因子靶基因的高通量筛选；3、CHIP与体内足迹法相结合，用于寻找反式因子的体内结合位点；4、RNA-CHIP用于研究RNA在基因表达调控中的作用。
试验流程一、交联染色质免疫沉淀技术1. 细胞甲醛交联和收集注意事项：①需要优化甲醛使蛋白质和DNA交联的时间。
②交联的时间很关键。
交联的时间一般为2-30 分钟。
③交联过度会降低抗原的可结合性和超声的效率，也会被遮盖抗原的表位。
④甘氨酸可抑制甲醛的作用，终止交联反应。
1.1 取1直径10cm培养皿的细胞。
加入甲醛至终浓度为0.75%（V/V），使蛋白和DNA 交联。
1.2 室温下，轻摇10 分钟。
1.3 加入甘氨酸至终浓度为125 mM，室温下放置5 分钟，以终止交联。
1.4 吸去培养基，用冰冷PBS 洗细胞2 次。
1.5 使用细胞刮刀，加入5ml 冰冷PBS，刮下细胞，收集至一个50 ml 离心管中。
1.6 再用 3 ml 冰冷PBS 洗培养皿2次，至50ml 离心管中。
1.7 4℃，1000 g，离心5分钟收集细胞。
1.8 吸弃上清，用SDSLysis Buffer重悬沉淀（每1 X 107 个细胞加800 μl）。
chip操作步骤
磁珠吸附法chip操作步骤及试剂配方1、每盘细胞（8ml培液），加入11×Fixation solution 800ul使得甲醛的终浓度为1%，fixation solution为现配，室温摇床10min。
(甲醛能有效的使蛋白质-蛋白质，蛋白质-DNA，蛋白质-RNA交联，形成生物复合体，防止细胞内组分的重新分布。
甲醛的交联反应是完全可逆的，便于在后续步骤中对DNA和蛋白质进行分析; 交联时间如果过长，细胞染色质难以用超声波破碎，影响ChIP结果，而且实验材料也容易在离心过程中丢失。
交联时间如果过短，则交联不完全，产生假阴性。
甲醛的交联反应可被加入的甘氨酸终止。
)2、终止交联：加1M甘氨酸1.26ml，使其终浓度为0.125。
室温摇床5min。
3、用冰冷的PBS 冲洗两次后，加适量pbs+pmsf，用细胞刷刮下细胞，4℃ 1000RPM离心5min。
4、倒去上清，加入1ml Scell Lysis Buffer，冰上放置10min，匀浆器匀浆后转入2ml Ep管中，4℃ 5000RPM离心5min.5、弃上清，300ul nuclei Lysis buffer，吹散沉淀。
6、socinate破碎：1min on off 30 10次左右，4℃ 13000RPM离心20min，琼脂糖胶电泳，亮带集中在1000bp左右的方可。
(以便暴露目标蛋白，利于抗体识别。
)7、分别收集20ul样品做input -20℃保存。
(Input是断裂后的基因组DNA，需要与沉淀后的样品DNA一起经过逆转交联，DNA纯化，以及最后的PCR或其他方法检测。
Input对照不仅可以验证染色质断裂的效果，还可以根据Input中的靶序列的含量以及染色质沉淀中的靶序列的含量，按照取样比例换算出ChIP的效率，所以Input对照是ChIP实验必不可少的步骤。
)8、用 Chip Diluiton Buffer 稀释样品10倍9、准备beads，用Pre-Blocking buffer for dynabeads 洗beads3次.(Protein A是一种金黄色葡萄球菌细胞壁蛋白质，能特异性地与人和哺乳动物抗体（主要是IgG）的Fc区结合)，最好实验前一天准备beads。
CHIP实验步骤
CHIP实验步骤CHIP（Chemiluminescence Immunoassay Platform）是一种化学发光免疫分析平台，用于检测生物样本中的目标分子。
以下是进行CHIP实验的一般步骤，包括准备试剂和设备、样本处理、操作步骤、结果分析等。
1.准备试剂和设备a.试剂：准备所需的试剂，包括化学发光底物、缓冲液、酶标抗体、标准物质等。
b.CHIP分析仪：确保设备完好，对仪器进行校准和灵敏度测试。
2.样本处理a.生物样本采集：根据研究目的选择适当的生物样本，如血清、尿液或细胞培养上清等。
b.样本预处理：根据实验要求，进行样本的预处理，如离心、冻存等。
c.样本稀释：对样本进行适当的稀释，以保证在检测范围内。
3.实验操作a.准备酶标板：将酶标板板孔均匀涂覆酶标抗体，或者根据实验需要的反应物质进行固定。
b.加入标准曲线：将标准物质以不同浓度加入酶标板孔中，用于绘制标准曲线。
c.加入样本：将处理好的样本加入空白酶标板孔中，并与标准曲线孔一同进行测定。
d.加入辅助试剂：加入辅助试剂，如酶标抗体、荧光素底物等，使其与样本中的目标分子反应。
e.反应：将酶标板放入恒温水浴或实验室平台，使其反应一定时间。
f.清洗：将酶标板反复洗涤，去除未与目标分子结合的物质。
g.加入底物：加入化学发光底物，使其与酶标板上的酶反应发光。
h.测量发光：将酶标板装入CHIP分析仪中，测量发光强度。
4.数据分析a.标准曲线测定：根据标准曲线上各点的发光强度，绘制标准曲线，用于计算未知样本中目标分子的浓度。
b.样本浓度计算：根据未知样本的发光强度，通过标准曲线插值法计算目标分子的浓度。
c.质控分析：检查质控样本的测定结果是否在预设范围内，以确保实验的准确性和可靠性。
d.统计分析：对实验结果进行统计分析，如平均值、标准差等。
通过实验步骤的规范操作，可以使用CHIP分析平台进行免疫分析，检测生物样本中的目标分子。
这种分析方法具有灵敏度高、快速、准确性以及对多个样本的同时处理能力等优点，被广泛应用于临床诊断、药物研发、食品安全等领域。
染色质免疫共沉淀原理
染色质免疫共沉淀（ChIP）是一种常用的分子生物学技术，用于研究某个特定蛋白质与染色质上的特定区域之间的相互作用。
该技术在生物医学研究中得到广泛应用，可以帮助我们了解基因表达调控、信号转导、疾病发生机制等方面的问题。
一、ChIP的原理ChIP技术的基本原理是利用抗体特异性地结合目标蛋白质，然后通过共沉淀的方式将与该蛋白质结合的DNA序列一起提取出来。
这些DNA序列可以通过PCR扩增、测序等方法进行进一步的分析。
ChIP的具体操作流程如下：1. 交联：将细胞或组织中的染色质与蛋白质进行交联，使蛋白质与DNA序列紧密结合。
2. 超声破碎：将交联后的细胞或组织进行机械破碎，使染色质断裂并释放出蛋白质与DNA 序列。
3. 免疫共沉淀：将待测蛋白质与抗体结合，然后将混合物与蛋白质与DNA序列结合的破碎染色质混合并共沉淀。
4. 去交联：将共沉淀的混合物进行去交联处理，使DNA序列与蛋白质分离。
5. DNA提取：将去交联后的DNA序列进行提取和纯化，以便进行进一步的分析。
二、应用举例ChIP技术可以用于研究许多生物学问题。
以下是一些具体的应用举例：1. 研究基因表达调控ChIP技术可以用于研究转录因子与DNA序列之间的相互作用，从而了解基因的表达调控机制。
例如，研究转录因子与启动子区域之间的相互作用，可以了解转录因子如何调控基因的转录。
2. 研究表观遗传修饰ChIP技术可以用于研究表观遗传修饰与DNA序列之间的相互作用，从而了解表观遗传修饰对基因表达的影响。
例如，研究组蛋白修饰与某个基因的启动子区域之间的相互作用，可以了解组蛋白修饰如何影响该基因的转录。
3. 研究疾病发生机制ChIP技术可以用于研究某些疾病发生机制。
例如，研究某些转录因子与某些疾病相关基因的启动子区域之间的相互作用，可以了解这些转录因子如何调控疾病相关基因的表达。
三、总结ChIP技术是一种重要的分子生物学技术，可以用于研究许多生物学问题。
该技术的基本原理是利用抗体特异性地结合目标蛋白质，然后通过共沉淀的方式将与该蛋白质结合的DN A序列一起提取出来。
chip流程
chip流程Chip流程。
芯片（Chip）是集成电路（Integrated Circuit）的俗称，它是由一系列电子元件组成的微小晶片，可以实现各种功能，如计算、存储、控制等。
芯片的制造过程被称为芯片流程（Chip Process），是一项高度复杂的工程，涉及到材料科学、物理学、化学等多个学科领域。
本文将介绍芯片流程的基本步骤，帮助读者了解芯片制造的基本原理和流程。
首先，芯片流程的第一步是设计。
在芯片制造之前，需要进行芯片的设计，包括功能设计、电路设计、布局设计等。
设计阶段需要借助计算机辅助设计软件（CAD）进行模拟和验证，确保芯片的功能和性能符合要求。
设计完成后，需要进行电路板的制作，将设计好的电路图转化成实际的电路板。
接下来是芯片的制造。
芯片制造的第一步是选择合适的材料。
芯片通常采用硅（Silicon）作为基材，通过化学气相沉积（CVD）或物理气相沉积（PVD）等方法在硅片表面形成氧化层。
然后利用光刻技术，在氧化层上覆盖一层光刻胶，并通过光刻机将电路图案投射到光刻胶上，形成光刻图案。
接着进行腐蚀，去除未被光刻胶保护的部分，形成芯片上的电路图案。
随后是芯片的加工。
通过离子注入、扩散、蒸发等方法，对芯片进行掺杂、扩散和金属化处理，形成芯片上的导电层和绝缘层。
这些工艺步骤可以改变芯片材料的电学性能，实现电子元件的功能。
加工完成后，需要进行芯片的封装和测试。
芯片封装是将芯片封装在塑料封装体中，以保护芯片不受外界环境的影响。
芯片测试是对封装好的芯片进行功能测试和可靠性测试，确保芯片的性能和质量符合要求。
最后是芯片的应用。
经过设计、制造、加工、封装和测试，芯片最终可以被应用到各种电子产品中，如手机、电脑、汽车、家电等。
芯片的应用领域非常广泛，它是现代电子产品的核心部件，推动了信息技术的发展和智能化产品的普及。
总之，芯片流程是一个复杂而精密的工程，涉及到多个学科领域的知识和技术。
通过设计、制造、加工、封装和测试等步骤，可以实现芯片的功能和性能要求，推动电子产品的不断创新和发展。
CHIP实验操作过程
CHIP实验操作过程（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。
1、取出1平皿细胞（10cm平皿），在9ml培养基中加入243ul 37％甲醛，使得甲醛的终浓度为1％。
2、37摄氏度孵育10min。
（此时准备1*PBS，加入蛋白酶抑制剂混合物5ul/ml）。
3、终止交联：加10*甘氨酸900ul，混匀后，在室温下放置5min即可，置冰上。
4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5、加入含有蛋白酶抑制剂的PBS 2ml，细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中。
预冷后4度，700g，5min收集细胞。
（此时准备SDS Lysis buffer，加入蛋白酶抑制剂混合物5ul/ml）。
6、倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul含2×106个细胞。
这样每100ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80％。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer，将2管混在一起，共800ul。
7、超声破碎：VCX750，25％功率，4.5S冲击，9S间隙（共18S*3+9S）。
共14次。
（破碎前可取10ul样品，用于琼脂糖电泳，冻存）（二）、除杂及抗体孵育。
8、超声破碎结束后，15.000g 4度离心10min，去除不溶物质。
留取300ul做实验，其余保存于－80度，最多可以保存2个月。
（可取10ul样品，用于琼脂糖电泳，冻存）300ul中，100ul加抗体（anti-STAT1）做为实验组；100ul加anti-RNA Polymerase II做为阳性对照组；100ul加Normal rabbit IgG作为阴性对照。
9、15ml离心管，300ul的超声破碎产物中，加入2.7ml ChIP Dilution Buffer和13.5ul的Protease Inhibitor Cocktail II，再加入180ul Protein G Agarose，4度颠转混匀1h。
ChIP具体操作流程
ChIP具体操作流程ChIP（染色质免疫沉淀）是一种用于研究染色质蛋白质与DNA相互作用的实验方法。
下面是ChIP的具体操作流程：1.细胞或组织处理：a.培养或收集要研究的细胞或组织。
b.如有需要，对细胞或组织进行处理，如刺激、药物处理等。
2.交联：a.向培养细胞或组织中加入足量的交联剂，如甲醛，使染色质与蛋白质交联。
b.在室温下轻轻摇动培养细胞或组织，使交联剂充分混合。
3.停止交联：a.加入甘氨酸或甘氨酸盐酸盐来中和剩余的交联剂。
b.在室温下继续摇动培养细胞或组织。
4.细胞或组织裂解：a.用裂解缓冲液裂解交联细胞或组织，释放出染色质。
b.在冰上孵育细胞或组织，使细胞或组织裂解。
5.染色质切割：a.使用限制性内切酶或超声波将染色质切割成较小的片段。
b.在室温下孵育样品，使切割反应进行。
6.免疫沉淀：a.加入特异性抗体（抗目标蛋白）到裂解的细胞或组织中，与目标蛋白结合。
b.在4℃下孵育样品，使抗体与目标蛋白结合。
c.加入蛋白A/G琼脂糖磁珠，使其与抗体-蛋白质复合物结合。
d.在4℃下孵育样品，使磁珠与抗体-蛋白质复合物结合。
7.洗涤：a.使用洗涤缓冲液洗涤磁珠，去除非特异性结合的蛋白质和DNA。
b.重复洗涤步骤，至少洗涤3次。
8.去交联：a.加入适量的去交联缓冲液，去除染色质与蛋白质的交联。
b.在65℃下孵育样品，使染色质与蛋白质解交联。
9.DNA纯化：a.使用DNA提取试剂盒提取免疫沉淀后的DNA。
b.按照提取试剂盒的操作手册进行操作。
10.DNA定量和质检：a.使用紫外可见光谱仪或荧光光度计测量提取的DNA的浓度。
b.使用琼脂糖凝胶电泳检测DNA的大小和纯度。
11.DNA分析：a.使用PCR、实时荧光PCR、测序等方法对ChIP后的DNA进行分析。
b.根据需要选择适当的方法进行进一步的分析。
需要注意的是，不同实验室可能会有一些微小的差异或优化步骤，这些步骤可能根据具体实验要求而有所不同。
此外，ChIP实验是一个复杂的过程，需要仔细操作和严格控制实验条件，以确保结果的准确性和可重复性。
ChIP基本流程图
ChIP基本流程图ChIP（染色质免疫沉淀）是一种用于研究蛋白质与染色质相互作用的实验技术。
下面是ChIP的基本流程图，以便更好地了解该技术的原理和步骤。
1.交联：首先，将细胞或组织交联。
这一步骤的目的是固定蛋白质-DNA复合物，以便后续的实验处理。
交联通常通过添加交联剂（如甲醛）来完成。
2.细胞裂解：将交联的细胞或组织裂解，以释放细胞核。
这可以通过机械破碎、化学裂解或超声波处理来完成。
裂解的目的是将染色质解离为小片段，以便后续的免疫沉淀步骤。
3.DNA切割：使用特定的限制酶或酶切剂切割DNA。
这一步骤的目的是产生适当大小的DNA片段，以便后续的免疫沉淀和测序分析。
4.免疫沉淀：将特定抗体与要研究的蛋白质结合。
这些抗体通常是针对特定蛋白质的单克隆或多克隆抗体。
将抗体与它们所结合的蛋白质-DNA复合物一起孵育，以形成抗原-抗体复合物。
5.洗涤：使用缓冲液洗涤掉非特异性的蛋白质-DNA复合物，以去除非特异性结合的物质。
这一步骤的目的是减少背景噪音，提高实验的特异性。
6.反交联：通过加热或酶切等方法去除交联剂，以使蛋白质-DNA复合物解离。
这将使DNA片段从蛋白质中释放出来，以便后续的纯化和分析。
7.DNA纯化：纯化被免疫沉淀的DNA片段，以去除杂质。
这可以通过酚/氯仿提取、柱层析或磁珠纯化等方法完成。
8.DNA分析：对纯化的DNA片段进行进一步的分析。
这可以包括PCR扩增、测序、芯片分析或基因组定位等技术。
这些分析将帮助确定与特定蛋白质结合的DNA区域，并揭示蛋白质与基因调控之间的关系。
ChIP作为一种重要的基因组学技术，广泛应用于研究基因调控、表观遗传学和疾病发生机制等方面。
通过了解ChIP的基本流程，我们可以更好地理解该技术的原理和操作步骤，从而更好地利用它来解答科学问题。
CHIP技术操作步骤
CHIP技术操作步骤1.将细胞接种到2个10 cm玻璃平皿内，加入10 mL 培养液进行培养；2.当细胞密度长至70-80%时，进行甲醛交联（首次进行交联时，消化细胞进行计数，使每个平皿内细胞数长至1x107个/板）；3.吸弃培养液，PBS洗涤细胞2次，最后一次PBS不要吸走，预留10 mLPBS液于平皿内；4.每个平皿内加入270 µL 37%甲醛，至终浓度为1%，37℃交联染色质10 min；5.倒掉上清，冰浴PBS洗板2次（PBS内含有PMSF 1mmoL/L，aprotinin1µg/mL）；6.加入5 mLPBS，刮下细胞，收集到15 mL离心管中进行离心，2000 rpm/3min，弃上清；7.加入含有蛋白酶抑制剂（PMSF，aprotinin）的SDS lysis buffer 900 µL，将细胞吹打均匀，分成3管；8.将细胞悬液置于冰上，进行超声；（Out put:5W；间隙10s，工作15s），将细胞内基因组打碎至500-1000 bp的小片段；9.取出80 µL超声产物作为In put组冻存于-70℃；10.加入9倍体积IP dilution buffer摇匀，加入100 µL protein A agarose/salmonsperm DNA混合液，同时加入蛋白酶抑制剂，4℃，3h；11.2000 rpm/3min，收集上清，加入抗体（稀释度一般为1：1000），4℃，过夜；12.再加入80 µL protein A agarose/salmon sperm DNA混合液，4℃，3 h；13.2000 rpm/5min，弃上清，收集protein A agarose/antibody/DNA复合物；14.分别用以下buffer各1 mL，依次洗涤；●TSI液1 mL洗一次；●TSII液1 mL洗一次；●Buffer III 1 mL洗一次；●TE液1 mL洗2次；每次3000 rpm/3min离心，收集沉淀；15.加入Extraction buffer 250 µL洗涤2次，平板摇床摇15 min，收集约500 µL洗脱液；16.取出In put管，以及15步骤所得洗脱液，每管加入20 µL NaCl 5 M/L，65℃，4-6 h反应去交联；17.加入10 µL 0.5 M/L EDTA，20 µL 1M/L Tris-HCl，2 µL 10 mg/mL,蛋白酶K，45℃反应1-2 h；18.酚-氯仿法提纯DNA；●加入450 µL饱和酚，5000 rpm/10min，取上清，重复一次；●取上清转移至新离心管中，加入450 µL（氯仿：异戊醇=24：1），重复一次；●取上清转移至新离心管中，加入1/10体积3 M/L乙酸钠pH=5.2，2.5倍体积无水乙醇，轻柔混匀，悬液静置于-20℃3个小时，离心10000rpm/15min；●70%乙醇洗涤1-2次，倒掉上清，空气中静置20min或者真空干燥5min；●每管加入30 µLRF water，-20℃保存；19.每次取1-2 µL模板，PCR反应，1.5%EB胶检测。
CHIP流程中文版
按照Nature Protocol 2008整理1.取材：根尖0.5cm约4g（~80皿双排种）/2 g花/ 4g叶子2.交联：加入37ml 交联缓冲液（GB buffer），其中含1ml 37%甲醛，370ul 100mM PMSF，这两个现用现加。
取根尖的话先把剪下的根泡在含PMSF的GB buffer中，取材完毕再加入甲醛和PMSF。
真空抽气10min，抽气力度慢慢调大，前5min不时停下晃匀，以免材料贴壁3.停止交联：加入2.5ml 2M甘氨酸，真空抽气5min4.提核：用蒸馏水清洗材料，然后用滤纸把水吸干。
研磨材料，加入25ml预冷的提核缓冲液（nuclei isolation buffer），其中PMSF和cocktail现用现加。
用滤膜过滤研磨得到的液体，单层过滤2次滤出液4℃11000g离心20min5.核裂解：弃上清，向沉淀加入1ml 预冷的核裂解液（nuclei lysis buffer加入PMSF和cocktail），重悬，将重悬液转入新的1.5ml EP管中。
因为异丙醇可以消气泡，所以PMSF 可以最后再加以消除重悬时吹吸引起的气泡6.超声破碎：将EP管放在EP管架上并泡在冰水混合物中，超声条件：200W 15S 5次。
中间间隔60-80s。
4℃13800g离心10min。
上清可冻于-80℃，也可继续下面流程。
--------------------------------------------------------------------------------------------------------------- 7.超声检测：取5ul超声后的液体到新EP管中，加入100ul核裂解液。
加入4ul 5M NaCl，65℃放置至少4hr；加入2ul 10mg/ml RNase，37℃放置0.5hr加入2ul 0.5M EDTA，4ul 1M Tris-HCl（pH6.5）和1ul 20mg/ml Proteinase K，45℃放置1.5hr加入113ul酚/氯仿，混匀，室温13800g离心15min。
CHIP实验流程图
CHIP实验流程图1.实验准备1.1准备实验所需的器材和试剂：包括CHIP试剂盒、离心管、PCR管、电泳仪等。
1.2清洗实验器材：使用去离子水和酒精对实验器材进行清洗和消毒。
1.3准备实验样本：从细胞培养物或组织中提取DNA，并进行纯化和浓缩。
1.4质检实验样本：使用比色法或紫外分光光度计检测DNA的质量和浓度。
1.5设计实验方案：根据实验目的和样本特点，设计合适的实验方案。
2.交叉连接试验2.1设计引物：根据需要扩增的目标序列，设计合适的引物。
2.2 制备PCR反应体系：将引物、模板DNA、Taq酶和其他试剂按照一定比例加入PCR管中。
2.3进行PCR扩增反应：使用PCR仪对PCR反应体系进行温度循环扩增。
2.4检测PCR产物：将PCR产物进行电泳分析，观察扩增结果。
2.5确认PCR产物：使用测序技术对PCR产物进行测序，确认扩增结果。
3.CHIP实验3.1 交叉连接反应：将DNA样本与蛋白质进行交叉连接反应，形成DNA-protein结合物。
3.2 细胞裂解：使用细胞裂解缓冲液将细胞裂解，释放DNA-protein结合物。
3.3 DNA纯化：使用离心管将DNA-protein结合物离心，将上清液中的DNA进行纯化。
3.4DNA修饰：将纯化后的DNA进行修饰，如去磷酸化或甲基化等。
3.5 免疫沉淀：使用特异性抗体对DNA-protein结合物进行免疫沉淀。
3.6洗涤和离心：对免疫沉淀产物进行洗涤和离心，去除非特异性结合物。
3.7 DNA解交联：对免疫沉淀产物进行加热处理，解除DNA-protein结合。
3.8DNA纯化：使用离心管将解交联产物离心，将上清液中的DNA进行纯化。
3.9 DNA测序：对纯化后的DNA进行测序，获取DNA-protein结合物的序列信息。
4.结果分析4.1数据处理：将测序数据进行质量控制和去除低质量序列。
4.2 数据比对：将测序数据与参考基因组进行比对，找到DNA-protein结合位点。
CHIP技术操作步骤
CHIP技术操作步骤CHIP（Chemical Identification Profile）技术是一种常用于药物研发、化学分析和化学生物学研究的分析技术。
它基于微流控技术，可以实现高通量的化学反应和分析。
以下是CHIP技术的操作步骤：1.设计和制造CHIP芯片：首先，根据实验需求设计和制造CHIP芯片。
CHIP芯片通常由透明的玻璃或聚合物材料制成，其表面经过特殊处理，可以固定化分析物质，如抗体、酶、核酸等。
2.洗涤和预处理CHIP芯片：在使用之前，需要对CHIP芯片进行洗涤和预处理，以去除可能存在的污染物，并使芯片表面更适合固定化分析物质。
3.固定化分析物质：将需要固定化的分析物质溶液加到CHIP芯片的特定区域，利用化学键或物理吸附的方法将分析物质固定在芯片表面上。
这个过程通常需要在适当的pH、温度和时间条件下进行。
4.样品处理：将待测样品处理成适合于CHIP芯片检测的形式。
这可能涉及样品的纯化、浓缩、稀释等步骤，以确保样品中目标物质的浓度在合适的范围内，并且不会影响后续的分析步骤。
5.样品加载：将经过处理的样品加载到CHIP芯片上，通常通过微流控系统控制样品的注入和流动。
在样品流过芯片表面时，目标分析物质与已固定化的分析物质发生特异性的结合反应。
6.控制实验条件：在实验过程中，需要控制一些实验条件来提高分析的准确性和灵敏度。
这包括温度、压力、流速、反应时间等。
适当的实验条件可以确保后续的分析步骤能够准确地进行并且结果可靠。
7.反应和检测：待测样品与固定化的分析物质发生特异性的结合反应后，可以使用不同的检测方法来检测和测量结合事件。
常用的检测方法包括荧光检测、生物传感器、质谱分析等。
根据实验需求，选择适当的检测方法来获得精确的分析结果。
8.数据分析和解释：将检测到的数据进行分析和解释。
通过比较样品与对照组的差异，可以获得目标物质的定量或定性信息。
根据实验设计，可以利用统计学方法来确定结果的可信度和显著性。
ChIP_原理及实验方法
ChIP_原理及实验方法ChIP（Chromatin Immunoprecipitation）是一种常用的分子生物学实验技术，用于研究蛋白质与染色质之间的相互作用。
它可以帮助我们了解基因的表达调控机制，以及特定蛋白质在染色质上的分布情况。
本文将详细介绍ChIP的原理及实验方法。
一、原理ChIP实验的基本原理是通过交联染色质上的蛋白质与DNA分子，然后用特异性抗体将蛋白质-DNA复合物沉淀下来，最后通过PCR或测序等方法检测目标DNA序列的富集情况。
ChIP实验的步骤包括：交联、裂解、免疫沉淀、洗涤和DNA分离等。
具体步骤如下：1.交联：将细胞或组织进行交联，使得染色质上的蛋白质与DNA形成稳定的交联复合物。
常用的交联剂包括甲醛和二甲亚砜。
交联后，用甲醛或二甲亚砜进行破交联，使得蛋白质与DNA分离。
2.裂解：将细胞或组织裂解，释放出染色质，并将染色质切割成适当的片段。
常用的裂解方法包括机械裂解、酶裂解和超声波裂解等。
3.免疫沉淀：将特异性抗体与染色质中的目标蛋白质结合，形成蛋白质-DNA复合物。
免疫沉淀的条件需要优化，包括抗体浓度、缓冲液成分和温度等。
4.洗涤：将免疫沉淀得到的蛋白质-DNA复合物进行洗涤，去除非特异性结合的蛋白质和杂质。
5.DNA分离：将洗涤后的蛋白质-DNA复合物进行解交联，并纯化出目标DNA序列。
常用的方法包括蛋白酶K处理、蛋白质酶解和PCR等。
二、实验方法ChIP实验的方法流程如下：1.细胞或组织处理：根据研究目的，选择合适的细胞系或组织样本，并进行相应的处理。
例如，可以添加药物、诱导表达或处理刺激等。
2.交联：将细胞或组织用1%甲醛溶液交联15-30分钟，停止交联反应，然后加入0.125M甘氨酸进行孵育10分钟。
3.裂解：将细胞或组织裂解，释放出染色质。
可使用适当的细胞裂解缓冲液，如SDS缓冲液、NP-40缓冲液或胶体缓冲液。
4. 切割染色质：使用限制性内切酶或超声波等方法将染色质切割成适当的片段。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
具体操作流程：
第一天：
（一）、细胞的甲醛交联与超声破碎。
1、取出1平皿细胞（10cm平皿），加入243 ul 37%甲醛，使得甲醛的终浓度为1%（培养基共有9ml）。
2、37摄氏度孵育10min。
3、终止交联：加甘氨酸至终浓度为0.125M。
450 ul 2.5M甘氨酸于平皿中。
混匀后，在室温下放置5min即可。
4、吸尽培养基，用冰冷的PBS清洗细胞2次。
5、细胞刮刀收集细胞于15ml离心管中（PBS依次为5ml，3ml和3ml）。
预冷后2000rpm 5min收集细胞。
6、倒去上清。
按照细胞量，加入SDS Lysis Buffer。
使得细胞终浓度为每200ul 含2×106个细胞。
这样每100ul溶液含1×106个细胞。
再加入蛋白酶抑制剂复合物。
假设MCF7长满板为5×106个细胞。
本次细胞长得约为80%。
即为4×106个细胞。
因此每管加入400ul SDS Lysis Buffer。
将2管混在一起，共800ul。
7、超声破碎：VCX750，25%功率，4.5S冲击，9S间隙。
共14次。
（二）、除杂及抗体哺育。
8、超声破碎结束后，10，000g 4oC离心10min。
去除不溶物质。
留取300ul做实验，其余保存于-80oC。
300ul中，100ul加抗体做为实验组；100ul不加抗体做为对照组；100ul加入
4ul5MNaCl（NaCl终浓度为0.2M），65oC处理3h解交联，跑电泳，检测超声破碎的效果。
9、在100ul的超声破碎产物中，加入900ulChIPDilutionBuffer和20ul的50×PIC。
再各加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。
4oC颠转混匀1h。
10、1h后，在4摄氏度静置10min沉淀，700rpm离心1min。
11、取上清。
各留取20ul做为input。
一管中加入1ul抗体，另一管中则不加抗体。
4oC颠转过夜。
（三）、检验超声破碎的效果。
取100ul超声破碎后产物，加入4ul5MNaCl，65oC处理2h解交联。
分出一半用酚/氯仿抽提。
电泳检测超声效果。
第二天：
（一）、免疫复合物的沉淀及清洗。
12、孵育过夜后，每管中加入60ulProteinAAgarose/SalmonSpermDNA。
4oC 颠转2h。
13、4oC静置10min后，700rpm离心1min。
除去上清。
14、依次用下列溶液清洗沉淀复合物。
清洗的步骤：加入溶液，在4oC颠转10min，4oC静置10min沉淀，700rpm离心1min，除去上清。
洗涤溶液：a.low salt wash buffer-one wash
b.highsalt wash buffer-one wash
c.LiCl wash buffer-one wash
d.TE buffer-two wash
15、清洗完毕后，开始洗脱。
洗脱液的配方：100ul10%SDS，100ul1MNaHCO3，800ulddH2O，共1ml。
每管加入250ul洗脱buffer，室温下颠转15min，静置离心后，收集上清。
重复洗涤一次。
最终的洗脱液为每管500ul。
16、解交联：每管中加入20ul 5M NaCl（NaCl终浓度为0.2M）。
混匀，65oC解交联过夜。
第三天：
（一）、DNA样品的回收
17、解交联结束后，每管加入1ulRNaseA（MBI），37oC孵育1h。
18、每管加入10ul0.5MEDTA，20ul1MTris.HCl（PH6.5），2ul10mg/ml蛋白酶K。
45oC处理2h。
19、DNA片段的回收----omega胶回收试剂盒。
最终的样品溶于100ulddH2O。
（二）、PCR分析
ChIP-chip技术对于大规模挖掘顺式调控信息成绩卓著，同时它可以用于胚胎干细胞和一些疾病如癌症、心血管疾病和中央神经紊乱的发生的机制。
研究人员还可以利用这项技术开发一些治疗方法。
目前ChIP-chip技术研究主要集中于两个领域：及转录因子的结合和条件特异性；组蛋白的修饰，组蛋白修饰蛋白和染色体重建。
ChIP-chip在描述转录结合因子动力学中的研究、染色体结构组分的分布、在组蛋白的修饰、组蛋白修饰蛋白和染色体重建中的应用也十分广泛。
ChIP-chip 技术的优点是，可以在体内进行反应；在给定的检验细胞环境的模式下得到DNA 相互关系的简单影像；使用特异性修正抗体鉴定与包含有一个特异性后转录修正的蛋白质的相关位点；直接或者间接（通过蛋白质与蛋白质的相互作用）的鉴别基因组与蛋白质的相关位点。
缺点是：需要一个特异性蛋白质抗体，有时难于获得；为了获得高丰度的结合片段，必须实验演示胞内条件下靶标蛋白质的表达情况；调控蛋白质的基因的获取可能需要限制在组织来源中。
总之，ChIP-chip 技术的发展为析活细胞或组织中DNA与蛋白质的相互关系提供了一个极为有力的工具。
在未来的研究中，将对芯片的构建进行改进，提高其实用性。
使用易于获得抗体，增加这种方法的可用性。