诺禾致源2014产品手册
相关主题
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
[3] Cao S, Han J, Wu J, et al. Specific gene-regulation networks during the pre-implantation development of the pig embryo as revealed by deep sequencing[J]. BMC genomics, 2014, 15(1): 4.
诺禾致源总部位于北京市海淀区学清路金码大厦B座17、21层，总办公面积4500平米。天津分公司位于天津 市武清区创业总部基地B07与B08栋，办公面积5600平米，其中实验室面积2000平米。为国家高新技术企业、双 软企业、北京市科技研究开发机构、北京市博士后流动站、北京市企事业专利试点单位。
诺禾致源拥有全球领先的高通量测序平台，包括4台HiSeq2000、6台HiSeq2500、4台MiSeq，并且搭建 了国内首个NextSeq 500、HiSeq X Ten 测序平台。诺禾致源高性能计算平台（HPC）采用了DELL计算节点和 Isilon存储的高效组合，拥有2.3PB的存储资源，高达22.82Tflops的计算能力；总内存大小为12.33TB，能有效支 撑生命科学研究、农业育种、食品安全和医疗健康等领域对数据分析的需求。
未来，诺禾致源将专注于开发生物科技和信息技术在人类健康，特别是优生优育和癌症个体化诊疗领域的应 用，开发精准、具有明确预防措施和治疗方案的筛查和诊断产品，使最前沿的科学技术真正惠及于民。
3
硬件平台
迄今为止，诺禾致源硬件总投资已达1.5亿，建立了目前国内最先进、通量最高的测序平台以及高存储、高性 能的计算平台。 1、测序平台
[8] Xu X, Dong G X, Hu X S, et al. The genetic basis of white tigers[J]. Current Biology, 2013, 23(11): 1031-1035. [9] Jiang W, Liu Y, Xia E, et al. Prevalent role of gene features in determining evolutionary fates of whole-genome duplication duplicated genes in flowering plants[J]. Plant physiology, 2013, 161(4): 1844-1861. [10] Zhang G, Cowled C, Shi Z, et al. Comparative analysis of bat genomes provides insight into the evolution of flight and immunity[J]. Science, 2013, 339(6118): 456-460. [11] Fan Y, Huang Z Y, Cao C C, et al. Genome of the Chinese tree shrew[J]. Nature communications, 2013, 4: 1426. [12] Wang M Y, Zhao P M, Cheng H Q, et al. The Cotton transcription factor TCP14 functions in auxin-mediated epidermal cell differentiation and elongation[J]. Plant physiology, 2013, 162(3): 1669-1680. [13] Lu S, Zong C, Fan W, et al. Probing meiotic recombination and aneuploidy of single sperm cells by wholegenome sequencing[J]. Science, 2012, 338(6114): 1627-1630. [14] Guo S, Zhang J, Sun H, et al. The draft genome of watermelon (Citrullus lanatus) and resequencing of 20 diverse accessions[J]. Nature genetics, 2013, 45(1): 51-58. [15] Li S, Li R, Li H, et al. SOAPindel: Efficient identification of indels from short paired reads[J]. Genome research, 2013, 23(1): 195-200. [16] Li M, Wu H, Luo Z, et al. An atlas of DNA methylomes in porcine adipose and muscle tissues[J]. Nature communications, 2012, 3: 850. [17] Fan W, Li R. Test driving genome assemblers[J]. Nature biotechnology, 2012, 30(4): 330. [18] Liu C M, Wong T, Wu E, et al. SOAP3: ultra-fast GPU-based parallel alignment tool for short reads[J]. Bioinformatics, 2012, 28(6): 878-879. [19] Hvilsom C, Qian Y, Bataillon T, et al. Extensive X-linked adaptive evolution in central chimpanzees[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109(6): 2054-2059. [20] Zhang G, Fang X, Guo X, et al. The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation[J]. Nature, 2012, 490(7418): 49-54.
[5] Yan L, Yang M, Guo H, et al. Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells[J]. Nature structural & molecular biology, 2013.
[6] Li Y, Zhao S, Ma J, et al. Molecular footprints of domestication and improvement in soybean revealed by whole genome re-sequencing[J]. BMC genomics, 2013, 14(1).
目录
转录调控测序
32 mRNA测序 33 真核mRNA测序 34 真核Single cell转录组测序 36 比较转录组与泛转录组（pan-transcriptome）测序 38 原核转录组测序 40 非编码RNA测序 40 LncRNA测序 42 Single cell LncRNA测序 44 Small RNA测序 46 表观遗传测序 46 全基因组甲基化测序 48 ChIP-seq 50 多组学关联分析
全球领先的高通量测序平台，包括4台HiSeq2000、6台HiSeq2500、4台MiSeq，并且搭建了国内首个 NextSeq 500、HiSeq X Ten 测序平台。
为从源头保证数据准确可靠，公司配备了高通量测序所需的全套分子生物学设备，从样品检测到建库都采取最 严格的质控标准。
4
诺禾致源是illumina公司的CSPro认证测序服务商。同时，诺禾致源也是 illumina中国大陆地区唯一指定的人重 测序业务服务商。
2、计算平台 诺禾致源计算平台采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，总内存大小为12.33TB，计算能力高达
22.82Tflops，高性能储存容量2.3PB。Байду номын сангаас着公司的发展，计算平台还将不断扩容，以保证高效的数据处理和安 全的数据存储。
DELL大型服务器：用于数据处理及存储
5
团队成员发表文章
目前的主营业务为向国内外高校、科研院所、医院、医药研发企业等提供研究和技术服务。现已完成多个大 型研究项目，多项成果发表于Science、Nature 系列等国际顶尖学术期刊。
近年来，高通量基因组学技术的飞速发展极大推动了个人基因组和个体化医学时代的到来，基因组学技术在 人类健康领域的应用将深刻改变现有的临床诊断、药物研发和医疗健康模式，乃至转变人们的社会生活方式。基 因组学技术在人类健康领域的应用不仅将带来巨大的商业机会，也具有良好的社会效益。
[2] Zhi X Y, Yao J C, Li H W, et al. Genome-wide identification, domain architectures and phylogenetic analysis provide new insights into the early evolution of shikimate pathway in prokaryotes[J]. Molecular phylogenetics and evolution, 2014, 75: 154-164.
[4] Li M, Tian S, Jin L, et al. Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars[J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438.
微生物
52 细菌基因组测序 55 真菌基因组测序 58 小基因组测序 60 16S/18S/ITS等扩增子测序 63 宏基因组测序
2
诺禾致源 北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年3月15日在北京中关村生命科学 园注册成立，以基因组学研究与应用开发为发展方向，致力于成为全球领先的基因组学研究解决方案提供者。专 注于开拓生物学、计算机科学和信息技术在动植物研究以及人类健康领域的应用。
[1] Zhi X Y, Yao J C, Tang S K, et al. The futalosine pathway played an important role in menaquinone biosynthesis during early prokaryote evolution[J]. Genome biology and evolution, 2014, 6(1): 149-160.
[7] Qu Y, Zhao H, Han N, et al. Ground tit genome reveals avian adaptation to living at high altitudes in the Tibetan plateau[J]. Nature communications, 2013, 4.
1
CONTENTS
建库测序
06 建库测序服务
基因组测序
08 动植物基因组测序 10 基因组特征评估 11 基因组de novo测序 14 泛基因组测序（pan-genome） 16 动植物重测序 17 变异检测（基于全基因组重测序） 19 变异检测（基于简化基因组测序） 21 单个性状定位 24 遗传图谱（基于全基因组重测序） 26 遗传图谱（基于简化基因组测序） 28 群体进化（基于全基因组重测序） 30 群体进化（基于简化基因组测序）
诺禾致源总部位于北京市海淀区学清路金码大厦B座17、21层，总办公面积4500平米。天津分公司位于天津 市武清区创业总部基地B07与B08栋，办公面积5600平米，其中实验室面积2000平米。为国家高新技术企业、双 软企业、北京市科技研究开发机构、北京市博士后流动站、北京市企事业专利试点单位。
诺禾致源拥有全球领先的高通量测序平台，包括4台HiSeq2000、6台HiSeq2500、4台MiSeq，并且搭建 了国内首个NextSeq 500、HiSeq X Ten 测序平台。诺禾致源高性能计算平台（HPC）采用了DELL计算节点和 Isilon存储的高效组合，拥有2.3PB的存储资源，高达22.82Tflops的计算能力；总内存大小为12.33TB，能有效支 撑生命科学研究、农业育种、食品安全和医疗健康等领域对数据分析的需求。
未来，诺禾致源将专注于开发生物科技和信息技术在人类健康，特别是优生优育和癌症个体化诊疗领域的应 用，开发精准、具有明确预防措施和治疗方案的筛查和诊断产品，使最前沿的科学技术真正惠及于民。
3
硬件平台
迄今为止，诺禾致源硬件总投资已达1.5亿，建立了目前国内最先进、通量最高的测序平台以及高存储、高性 能的计算平台。 1、测序平台
[8] Xu X, Dong G X, Hu X S, et al. The genetic basis of white tigers[J]. Current Biology, 2013, 23(11): 1031-1035. [9] Jiang W, Liu Y, Xia E, et al. Prevalent role of gene features in determining evolutionary fates of whole-genome duplication duplicated genes in flowering plants[J]. Plant physiology, 2013, 161(4): 1844-1861. [10] Zhang G, Cowled C, Shi Z, et al. Comparative analysis of bat genomes provides insight into the evolution of flight and immunity[J]. Science, 2013, 339(6118): 456-460. [11] Fan Y, Huang Z Y, Cao C C, et al. Genome of the Chinese tree shrew[J]. Nature communications, 2013, 4: 1426. [12] Wang M Y, Zhao P M, Cheng H Q, et al. The Cotton transcription factor TCP14 functions in auxin-mediated epidermal cell differentiation and elongation[J]. Plant physiology, 2013, 162(3): 1669-1680. [13] Lu S, Zong C, Fan W, et al. Probing meiotic recombination and aneuploidy of single sperm cells by wholegenome sequencing[J]. Science, 2012, 338(6114): 1627-1630. [14] Guo S, Zhang J, Sun H, et al. The draft genome of watermelon (Citrullus lanatus) and resequencing of 20 diverse accessions[J]. Nature genetics, 2013, 45(1): 51-58. [15] Li S, Li R, Li H, et al. SOAPindel: Efficient identification of indels from short paired reads[J]. Genome research, 2013, 23(1): 195-200. [16] Li M, Wu H, Luo Z, et al. An atlas of DNA methylomes in porcine adipose and muscle tissues[J]. Nature communications, 2012, 3: 850. [17] Fan W, Li R. Test driving genome assemblers[J]. Nature biotechnology, 2012, 30(4): 330. [18] Liu C M, Wong T, Wu E, et al. SOAP3: ultra-fast GPU-based parallel alignment tool for short reads[J]. Bioinformatics, 2012, 28(6): 878-879. [19] Hvilsom C, Qian Y, Bataillon T, et al. Extensive X-linked adaptive evolution in central chimpanzees[J]. Proceedings of the National Academy of Sciences, 2012, 109(6): 2054-2059. [20] Zhang G, Fang X, Guo X, et al. The oyster genome reveals stress adaptation and complexity of shell formation[J]. Nature, 2012, 490(7418): 49-54.
[5] Yan L, Yang M, Guo H, et al. Single-cell RNA-Seq profiling of human preimplantation embryos and embryonic stem cells[J]. Nature structural & molecular biology, 2013.
[6] Li Y, Zhao S, Ma J, et al. Molecular footprints of domestication and improvement in soybean revealed by whole genome re-sequencing[J]. BMC genomics, 2013, 14(1).
目录
转录调控测序
32 mRNA测序 33 真核mRNA测序 34 真核Single cell转录组测序 36 比较转录组与泛转录组（pan-transcriptome）测序 38 原核转录组测序 40 非编码RNA测序 40 LncRNA测序 42 Single cell LncRNA测序 44 Small RNA测序 46 表观遗传测序 46 全基因组甲基化测序 48 ChIP-seq 50 多组学关联分析
全球领先的高通量测序平台，包括4台HiSeq2000、6台HiSeq2500、4台MiSeq，并且搭建了国内首个 NextSeq 500、HiSeq X Ten 测序平台。
为从源头保证数据准确可靠，公司配备了高通量测序所需的全套分子生物学设备，从样品检测到建库都采取最 严格的质控标准。
4
诺禾致源是illumina公司的CSPro认证测序服务商。同时，诺禾致源也是 illumina中国大陆地区唯一指定的人重 测序业务服务商。
2、计算平台 诺禾致源计算平台采用DELL计算节点和Isilon存储的高效组合，总内存大小为12.33TB，计算能力高达
22.82Tflops，高性能储存容量2.3PB。Байду номын сангаас着公司的发展，计算平台还将不断扩容，以保证高效的数据处理和安 全的数据存储。
DELL大型服务器：用于数据处理及存储
5
团队成员发表文章
目前的主营业务为向国内外高校、科研院所、医院、医药研发企业等提供研究和技术服务。现已完成多个大 型研究项目，多项成果发表于Science、Nature 系列等国际顶尖学术期刊。
近年来，高通量基因组学技术的飞速发展极大推动了个人基因组和个体化医学时代的到来，基因组学技术在 人类健康领域的应用将深刻改变现有的临床诊断、药物研发和医疗健康模式，乃至转变人们的社会生活方式。基 因组学技术在人类健康领域的应用不仅将带来巨大的商业机会，也具有良好的社会效益。
[2] Zhi X Y, Yao J C, Li H W, et al. Genome-wide identification, domain architectures and phylogenetic analysis provide new insights into the early evolution of shikimate pathway in prokaryotes[J]. Molecular phylogenetics and evolution, 2014, 75: 154-164.
[4] Li M, Tian S, Jin L, et al. Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars[J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438.
微生物
52 细菌基因组测序 55 真菌基因组测序 58 小基因组测序 60 16S/18S/ITS等扩增子测序 63 宏基因组测序
2
诺禾致源 北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年3月15日在北京中关村生命科学 园注册成立，以基因组学研究与应用开发为发展方向，致力于成为全球领先的基因组学研究解决方案提供者。专 注于开拓生物学、计算机科学和信息技术在动植物研究以及人类健康领域的应用。
[1] Zhi X Y, Yao J C, Tang S K, et al. The futalosine pathway played an important role in menaquinone biosynthesis during early prokaryote evolution[J]. Genome biology and evolution, 2014, 6(1): 149-160.
[7] Qu Y, Zhao H, Han N, et al. Ground tit genome reveals avian adaptation to living at high altitudes in the Tibetan plateau[J]. Nature communications, 2013, 4.
1
CONTENTS
建库测序
06 建库测序服务
基因组测序
08 动植物基因组测序 10 基因组特征评估 11 基因组de novo测序 14 泛基因组测序（pan-genome） 16 动植物重测序 17 变异检测（基于全基因组重测序） 19 变异检测（基于简化基因组测序） 21 单个性状定位 24 遗传图谱（基于全基因组重测序） 26 遗传图谱（基于简化基因组测序） 28 群体进化（基于全基因组重测序） 30 群体进化（基于简化基因组测序）