梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析

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基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构

基于线粒体COⅠ基因序列的梭鲈野生群体遗传结构鲁翠云;孙志鹏;曹顶臣;耿龙武;那荣滨;吴学工;郑先虎【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2024(48)1【摘要】为了解梭鲈种群的遗传结构,实验利用线粒体细胞色素c氧化酶Ⅰ亚基(COⅠ)基因部分序列分析了中国6个和中亚2个群体的遗传差异,并与欧洲群体的单倍型序列进行了比较。

结果在640 bp的COⅠ基因序列中检测到5个变异位点,定义了7种单倍型,发现Hap1为8个梭鲈群体的共享单倍型,且与欧洲群体的HapA相同,在中国群体所占比例(93.36%)高于中亚群体(72.58%)和欧洲群体(53.85%);Hap2和Hap3是中国群体的特异单倍型,而Hap4~Hap7为中亚群体的特异单倍型。

单倍型序列的聚类图和网络图均显示Hap1/A为梭鲈群体的原始单倍型,中国和中亚群体的特异单倍型相对于原始单倍型仅有1~2个位点的变异,属于Hap1/A的亚型,与欧洲群体的特异单倍型具有较大的差异。

每个群体检测到1~4种单倍型,斋桑湖(ZS)群体单倍型最多,而中国的腾格里湖(NX)、兴凯湖(XK)和鸭绿江(YJ)群体仅有1个单倍型(Hap1);塔什干(TS)群体的单倍型多样性(Hd)和核苷酸多样性(π)最高(Hd=0.514±0.069;π=0.00079±0.00011),其次是ZS群体,而中国梭鲈群体的多样性参数较低。

AMOVA分析结果显示,梭鲈群体间遗传变异占20.74%,群体间遗传分化程度较高(0.15≤F_(st)=0.20736<0.25),TS群体与ZS群体和中国群体间的遗传分化极大(F_(st)>0.25),中国群体中仅黑河(HH)群体与其他群体的遗传分化较大,而中国其他5个群体间无遗传分化。

基于群体间遗传距离的系统进化树显示,来自中国的6个梭鲈群体与哈萨克斯坦的ZS群体聚为一支,而乌兹别克斯坦的TS群体独立为一支。

研究结果为梭鲈群体的繁殖及放流管理提供了参考。

基于线粒体COI与16S rRNA基因序列探讨贻贝属的系统发育

ｄｍｎｔｔｓｈｔｔｕｅｕｉ，ｇｌｐｏｉｃｌ，ｔｓｌｓｅｏｓａｅｔａＭｙｉｓｄｌＭ．ａｏｒｎｉｉＭ．ｏｓｕ，ＣＦＳＬｎｃｌｒｉｎｓｆｍｉｔｔｏｃｄｓｍｎｅｒｌｓｌｖａｓｒｕＯ１Ｃ￣ａｄＭ．ａ＠ｎｕｒｎｌｅ．ＡｏｇｔＸＩａｏｏｗａｈ
Ｖｏ．１６，Ｎｏ５．０ｃ．．２０ｔ０１
基于线粒体ＣＩ１ＳｒＮ基因序列探讨Ｏ与６ＲＡ贻贝属的系统发育
毛阳丽，蔡厚才，李成久，高天翔
（．中国海洋大学水产学院，山东青岛２６０；２１６０３．南麂列岛国家海洋自然保护区管理局，浙江平阳３５０２４０；３．辽宁省水产苗种管理局，辽宁大连１６１）１０５摘要：比较分析了贻贝属５个种的线粒体ＤＡＣＩ１ＳｒＮＮＯ及６Ａ基因片段序列，确定了贻贝属的系统进化关系。Ｒ
３ｉｅｅＳｅｕｅｕｏＬｏｉＤｌｎ１６１，ｈｎ）．ＦｈｒｓｅＢｒｉｎｎｓｉｄａｆａｇ，ａｉ１０５Ｃｉａａ
Ａｂｓｒｔ：Ｉｈｒｓｔｓｕｄｔａｃｎｔｅｐｅｅｎｔｙ，ｗｅｃｍｐａｅｔａｔａｅｕｎｃｓｏｔｃｎｉｌＣＯＩａｄ１ＲＮＡｆｆｖｅｓＭｙｉｕｏｓｕｙｏｒｈｅｐｒｉｌｓｑｅｅｆｍｉｏｈｏｄｒａｎ６Ｓｒｏｅｇｎｕｔｌｓｔｔｄｉｔｉｈｙｏｅｅｉｅａｉｎｈｐ．ＴａｉｇＰｅｎｉｉｉａｅｔｒｖｒｔ￣ａｕｔｒｕｈｅｒｐｌｇｎｔｃｒｌｔｏｓｉｋｎｒａｖｒｄｓｎｄｓｐｉｇａｕｓｏｇｏｐｓ，ｐｙｏｅｔｃｒｅｒｃｎｔｕｔｄａｅｏｈｌｇｎｅｉｔｅｓａｅｏｓｒｃｅｂｓｄｎ

鲻鱼与梭鱼

鲻鱼与梭鱼
田金海
【期刊名称】《中国水产》
【年(卷),期】1985(000)009
【摘要】鲻鱼与梭鱼同属于鲻科鱼类，广泛分布于太平洋、印度洋、大西洋、地中海、黑海等热带和亚热带水域。

我国沿海均有分布，一般南方沿海以鲻鱼为多，北方沿海则以梭鱼为主，故有“南鲻北梭”之称。

【总页数】1页(P28)
【作者】田金海
【作者单位】无
【正文语种】中文
【中图分类】S965
【相关文献】
1.梭鱼和鲻鱼线粒体16S rRNA和COⅠ基因片段的比较分析 [J], 程国宝;李三磊;徐冬冬;薛宝贵;耿智;楼宝
2.几种重金属对梭鱼的急性致毒及梭鱼回避反应的试验研究 [J], 侯兰英;赵鸿儒
3.野生鲻鱼和养殖鲻鱼消化系统的组织学观察 [J], 于娜;李加儿;区又君
4.海水池塘内循环流水混养鲻鱼、黑鲷试验 [J], 赵伟华;徐开崇;陈琛;徐振兴;储功省;徐飞兵;章苏娣
5.梭鱼研究系列选讲之二梭鱼养殖 [J], 李明德
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2种带鱼科鱼类线粒体COI基因片段的比较分析

2种带鱼科鱼类线粒体COI基因片段的比较分析斯舒谨;褚梦洁;袁帆;王忠明;杨天燕;朱文斌【期刊名称】《浙江海洋大学学报:自然科学版》【年(卷),期】2022(41)1【摘要】为探究2种带鱼科鱼类的遗传差异,对带鱼和沙带鱼线粒体细胞色素c氧化酶亚基I(cytochrome c oxidase subunit I,COI)基因进行扩增。

通过测定得到长度为550 bp的基因片段,无碱基的插入和缺失,A、T、G、C碱基中G含量最低,A+T平均含量(52.93%)高于G+C含量(47.07%)。

碱基转换明显大于颠换,转换与颠换比(R)平均为2.72,且密码子第1位点碱基突变数目明显高于其它位点。

28尾沙带鱼样品中检测到12种单倍型,24尾带鱼样品中检测到13种单倍型,前者平均单倍型多样度(H_(d))及核苷酸多样性指数(Pi)分别为0.7169和0.0050,后者分别为0.8841和0.0046。

采用Kimura双参数法计算种间平均遗传距离为0.1655,远大于种内个体间平均遗传距离。

基于单倍型构建的邻接系统发育树显示2种鱼类得到很好的区分,从进化关系上来看,沙带鱼分化时间较带鱼更早。

【总页数】8页(P7-14)【关键词】带鱼;沙带鱼;线粒体COI基因;序列比较【作者】斯舒谨;褚梦洁;袁帆;王忠明;杨天燕;朱文斌【作者单位】浙江海洋大学水产学院;浙江海洋大学海洋与渔业研究所【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.6种帘蛤科贝类及4个地理种群文蛤线粒体COI基因片段序列分析2.三种壳口颜色脉红螺（Rapanavenosa）形态学和线粒体16SrRNA与COI基因片段差异比较分析3.基于线粒体COI基因的马(鱼友)科鱼类DNA条形码研究4.3种鲻科鱼类线粒体COⅠ基因片段序列的比较分析5.两种鲷属鱼类线粒体COI基因片段序列的比较因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

基于线粒体16S rRNA、COX1和Cytb基因探讨11种小丑鱼的系统发育关系

基于线粒体16S rRNA、COX1和Cytb基因探讨11种小丑鱼的系统发育关系何丽斌;陈芳;朱志煌;马敏宁;张河长;吴孙龙;周宸【摘要】采用线粒体16S rRNA、COX1和Cytb基因测定11种小丑鱼的序列,分析其基因序列差异和遗传距离关系,并用邻接法、最大似然法和贝叶斯法构建系统进化树,探讨了11种小丑鱼的系统发育关系.序列分析结果显示,经比对处理后的3个基因总长度4388 bp,其中多态位点1028个,简约信息位点616个,转换与颠换比为2.12,A+T的平均含量为54.7％,高于C+G的平均含量45.3％.系统发育关系表明:(1)双锯鱼亚科为单系发生,但双锯鱼属不为单系发生,建议对棘颊雀鲷属重新定位;在双锯鱼属中,公子小丑鱼Amphiprion ocellaris和黑边公子小丑鱼Amphiprion percula聚为一支,为双锯鱼亚科分子亲缘关系基础;(2)透红小丑鱼Premnas biaculeatus在双锯鱼属的定位较为模糊,贝叶斯树显示透红小丑鱼P.biaculeatus 与公子小丑鱼A.ocellaris和黑边公子小丑鱼A.percula聚成一支并位于该支的底端,而NJ树和ML树中透红小丑鱼却没能和公子小丑鱼A.ocellaris和黑边公子小丑鱼A.percula聚为一支,而是和其他小丑鱼汇聚成一支;(3)透红小丑鱼P.biaculeatus与金透红小丑鱼Premnas epigrammata是同一种.%Sequences of mitochondrial 16S rRNA,COX1 and Cytb genes were determined to establish the phylogenetic relationship among 11 species of anemonefish using the neighbor joining (NJ),maximum-likelihood (ML) and Bayesian methods with the divergence and genetic distances determined aswell.The 3 genes had a combined length of 4388 bp that consisted of 1028 polymorphic and 616 parsimonious information sites.The ratio of transition to transversion was 2.12,and the average A+T content was 54.7％,whichwas higher than 45.3％ for C+G in the genes.It was found that (1) the subfamily Amphiprioninae was monophyly,but the genus Am phiprion was not monophyletic,implying Premnas should be reclassified;(2) the phylogenetic trees grouped the percula complex into a clade that formed the ancestral taxon of anemonefish,but the phylogenetic relationship was uncertain in regard to Premnas biaculeatus;and,while the Bayesian tree placed the percula complex and P.biaculeatus in a same clade,NJ and ML tree classified P.biaculeatus in a clade with subgeneraAmphiprion,Paramphiprion and Phalerebus;and,(3) the genetic distance between species suggested a possibility of P.biaculeatus and Premnas epigrammata being identical.【期刊名称】《福建农业学报》【年(卷),期】2018(033)003【总页数】6页(P230-235)【关键词】16S rRNA基因;COX1基因;Cytb基因;小丑鱼;遗传差异;系统进化【作者】何丽斌;陈芳;朱志煌;马敏宁;张河长;吴孙龙;周宸【作者单位】福建省水产研究所,福建厦门 361013;福建省水产研究所,福建厦门361013;福建省水产研究所,福建厦门 361013;福建珊瑚海生态科技有限公司,福建福州 350102;福建珊瑚海生态科技有限公司,福建福州 350102;福建珊瑚海生态科技有限公司,福建福州 350102;福建省水产研究所,福建厦门 361013【正文语种】中文【中图分类】S917.4小丑鱼隶属于雀鲷科Pomacentridae，双锯鱼亚科Amphiprioninae。

魁蚶线粒体16S rRNA 和COI 基因片段序列测定及其应用前景

ＣＴＡ＾ＣＣＧＡＣＧＡＧＣＡＣＧＡＡＧＧＣＣ＾Ｔ＾ＡＧＣＣＡＧＣＴＴＡ＾ＣＴＧＣ
ＡＣＧＧＴＣＧＧＡＣ
ＣＧＴＣＧＡＡＣＡＧＧＣＴＣＡＡＣＣＧＡ
ＧＴＡＣＧＡ＾ＡＧＴＡＧＧＴＣ＾Ｔ＾ＧＴＴＡＡＡＡＧＧＴＡＣＴＴＴＧＣＣＡＣＣＴＣＴＧＴＴＣＣＣＣＡＴＣＣＧＧＧＣＡＴ＾ＣＧＡＴＣＴＣＧＧＣＴＴＴ＾ＡＡＣＴＧＧ
用。
２
２１
结果与讨论
测序
１２２ＰＲ扩增１ＳｒＮ和Ｃ基因分别．Ｃ６ＡＤｌＯ甩引物１ｓｔ／６ｒ６ａ－１ｓ－ＬａＨ和ＣＩ４０ＣＩ２９．列ＯＬ１９／ＯＨ１８序如下：１ｍｒ／１ｓｒＧＣＧＴＴ＿６－６ａＨ：ＣＩＬ－ｒ＾
ＴＴＡ
ＡＣＴＡＴＣＧＴＧＴＧＡＣＣＣＡＧＴＧＡ
ＣＴＴＴＴＴＣＧＧＴｆＡＴＴＴＴＣＴＧＡ
图１魁蚶１ＳＮ和ＣＩ因片段的桉苷酸序列６ＲＡＯ基
Ｆｉ１Ｔｈｃｅｌｅｓ日洲ｇ．ｅｎｕｌ０ｅｕｏａｔａ６Ｓｒｆｐｒｉｌ１ＲＮＡＣＯｌｇｎｓｉＢｏｄｙｃａＳａａｒａｂｏｇｈｏｎｅｅｎｌｏｌｍｃｐｈｅｒｕｔ￣
ＴＡ＾ＣＴＴＴＴＴＴ
ＡＧＣ ∞ ＾ｎＴ＾阻 ∞ ＡＧＴ＾ＧＴＴＡＴＴＴＧ＂ＣＣＡＡＧＣＴＡＧＧＣＴ＾Ａ０他＾ ∞ 叫∞ Ａ旺二－
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基于形态特征和线粒体_16S_rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化

到的最大似然距离参数进行分析和系统重建。其中 NJ 法使用 MEGA3.0 软件 [15]，Bootstrap 置信值估算
记录；所用的分子量标准为 DL2000（TaKaRa 产品）。重复次数 1 000 次；ML 法通过数据分组策略，利用
PCR 产物用 UNIQ-10（上海生工）柱式纯化试剂盒纯 Treefinder 对 Modeltest 获得的参数构建树，Bootstrap
鱼类进行了测定（表 2）。赤鼻棱鳀吻突出，吻长等于眼径，上颌骨最短（为头长0.69 ～ 0.75倍），鳃耙数最多（23 ～ 25 + 29 ～ 31，总数为52 ～ 56），臀鳍条较少（28 ～ 31）。在吻短（其长小于眼径）的5个种中，
伸达腹鳍（其长为头长1.46 ～ 1.55倍）和鳃耙数较多（13 ～ 14 + 18 ～ 19，总数为31 ～ 32），而与长颌棱鳀有明显的区别，后者上颌骨几伸达肛门（为头长 2.29 倍），鳃耙数少（6 + 9，总数为 15）。中颌棱鳀与黄吻棱鳀上颌骨均伸达胸鳍基部（其长分别为头长的1.02 ～ 1.17 倍和1.13 ～ 1.20倍），鳃耙分别为11 ～ 13 + 16 ～ 18（总
种类 Species
背鳍 D
臀鳍 A
鳃耙数 Rake
腹棱数 VS
上颌骨伸达（为头长倍数） Maxillary extends to
（Multiple of head length）
体长 /mm 吻长：眼径
SL
SnL：DE
杜氏棱鳀 T. dussumieri
I，13
34-36 13-14 + 18-19 15-16 + 8-9

两种鯻科鱼类线粒体16S rRNA基因片段序列分析

两种鯻科鱼类线粒体16S rRNA基因片段序列分析张龙岗;孟庆磊;安丽;董学飒;付佩胜【摘要】利用PCR技术成功扩增了高体革鯻(Scortum barcoo)和厚唇弱棘喇(Hephaestus fuliginosus)的线粒体16S rRNA基因序列.通过序列测定,得到791 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为31.4％、21.2％、20.5％和26.9％,序列中的A+T含量明显高于G+C的含量,这与其他鱼类的16S rRNA基因片段研究结果相一致.通过序列分析发现,高体革鯻和厚唇弱棘喇两序列共存在23处碱基变异,其中碱基转换位点20个,碱基颠换位点3个,转换与颠换比率为6.7,没有发现碱基插入与缺失.与从GenBank中查到的3种蜊科鱼类的同源序列比对,邻接法(neighbor-joining)构建亲缘关系树,结果显示,5种蜊科鱼类聚在一起,分为独立的2支,匀蜊和单色匀鯻及花身蜊聚成1支,高体革鯻和厚唇弱棘鯻聚为1支,说明高体革鯻与厚唇弱棘蜊的亲缘关系比较近,而与其他另外3种鯻科鱼类亲缘关系比较远.【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2011(000)008【总页数】5页(P148-152)【关键词】鯻科;线粒体;16S;rRNA;序列分析【作者】张龙岗;孟庆磊;安丽;董学飒;付佩胜【作者单位】山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117;山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117;山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117;山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117;山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117【正文语种】中文鱼类线粒体DNA(简称mtDNA)与核DNA相比，具有分子小、编码效率高、拷贝数多、结构简单、进化速度快、不同区域进化速度存在差异以及母性遗传等特点，是一个相对独立的复制单位。

coⅰ和16s rrna基因在高原裂腹鱼物种鉴定中的应用

coⅰ和16s rrna基因在高原裂腹鱼物种鉴定中的应用在高原裂腹鱼物种鉴定中，coⅰ和16s rrna基因可以作为两种常见
的分子标记来鉴定物种。

这两种基因有以下特点：
1. coⅰ基因：是线粒体DNA中的编码蛋白基因，具有以下特点：
（1）大小适中，易扩增。

（2）存在较高的多态性，可以区分不同物种。

（3）在不同物种之间有较高的遗传差异，可以快速识别物种。

2. 16s rrna基因：是细菌和真核生物中普遍存在的rRNA基因，具
有以下特点：
（1）大小较大，延伸度长。

（2）在不同物种之间存在显著的遗传差异，可以用于物种鉴定。

（3）作为进化通路的“时间钟”，可以用于重建物种进化关系。

因此，在高原裂腹鱼物种鉴定中，可以通过对coⅰ和16s rrna基因
进行PCR扩增、测序、比对，来确定不同裂腹鱼的物种身份，并构建物种
间的进化关系。

这种基于分子标记的物种鉴定方法，可以避免传统形态鉴
定方法中可能存在的主观误差和限制，具有更加客观、快速和准确的优势。

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究

基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究徐岩;潘红平;阎冰;高霆炜;吴斌;杨明柳【摘要】The species in the family of Sesarmidae are among the species mostly difficult to be differentiated taxo-nomically in the Superfamily Grapsoidea because of their morphological similarity. The analysis of partial se-quences of mitochondrial COI gene and 16S rRNA gene of 14 species in 8 genera of Sesarmidae for their molecular phylogenetics reveals that the percentages of sequence divergences of 14 species of Sesarmidae are from 5.7% to 14.5% and from 1.5% to 12.1%, both indicating that the species difference are significant. The phylogenetic trees show that the 14 species are separate and valid species and 4 species of Parasesarma and 3 species of Perisesarma are not 2 independent clades but clustered into 1 clade. Chiromantes dehaani and Sesarmops sinensis are clustered into one clade and then clustered with C. haematocheir into another clade, inconsistent with their morphological classification. The complicated molecular phylogenetic relationship among the species of Sesarmidae suggests that the species in the family of Sesarmidae might have polyphyletic origin, and their interspecific relationship or inter-genus relationship need to be clarified.%相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群.通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA 基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%,均达到了种间差异水平.构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系.而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致.错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定.【期刊名称】《海洋学报（中文版）》【年(卷),期】2019(041)008【总页数】9页(P63-71)【关键词】相手蟹;线粒体DNA;COI基因;16S rRNA基因;系统发育【作者】徐岩;潘红平;阎冰;高霆炜;吴斌;杨明柳【作者单位】广西大学动物科学技术学院,广西南宁 530004;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000;广西大学动物科学技术学院,广西南宁 530004;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000【正文语种】中文【中图分类】Q959.2231 引言相手蟹隶属于方蟹总科（Grapsoidea），相手蟹科（Sesarmidae），种类繁多，多数生活于红树林生态系统中[1-2]。

3种星虫线粒体16S rRNA、COⅠ和Cyt b基因片段的序列比较

ｆａｍｅｔｉｒｅｓｅｉｓｏｉｕｃｌｒｄｓｎＣａｄｄｒｃｑｅｃｎ．ｈｒｅｓｅｉｓａｅｒｇｎｓｎｔｅｐｃｅｆｐｎｕａｗｅｅｍａｅｕｉｇＰＲｎｉｔｕｎｉｇＴｅｔｅｐｃｅｒｈＳｅｓｈ
— ３．收稿日期：２ＯＯ７０２０
基金项目：广东省自然科学基金（００１４Ｂ６９４）
第一作者：陈子安（９２）１８一，男，在读硕士研究生，从事无脊椎动物繁殖及种质资源研究。
通讯作者：杜晓东，０５３２０，Ｅｍａ：ｕｄｄｕｅｕｃ７９２８４４ — ｉｄｘ＠ｇｏ．ｌｄｎ
［］王大忠，吉文．州金线鲍属鱼类一新种［］义医学院学６廖贵Ｊ＾遵
在１个碱基变异位点（中包括１７简约信息位点）４个碱基插入，，种内个体间变异较小；Ｃ片６９其６个和４缺失ＯＩ
段有５２个碱基（３个简约信息位点）存在变异，７１３３９个碱基插入，缺失；Ｃｔ片段存在３７个碱基（１个简约ｙｂｅｃｍｐｒｏｎｈｌｇｎｔｎｌｓｓｏＤＮＡ１ＳＲＮＡ，ＣＯＩａｄＣｔｅｅｓｒｃ：Ｓｑｅｃｏａｉｎａｄｐｙｏｅｅｉａａｙｉｆｍｔｓｃ６ｒｎｙｇｎｂ
种星虫线粒体１ＳｒＮ６ＲＡ、ｃ和Ｃｔ基因在种问存在明显的多态性，证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种０Ｉｙｂ及以上阶元的系统学分析。关键词：星虫；线粒体；１ＳＲＡ基因；ｃ基因；Ｃｔ基因；基因序列６ｒＮ０Ｉｙｂ

3种星虫线粒体16S rRNA、COⅠ和Cyt b基因片段的序列比较

3种星虫线粒体16S rRNA、COⅠ和Cyt b基因片段的序列比较陈子安;杜晓东;王庆恒;邓岳文【摘要】对裸体方格星虫(Sipunculus nudus)、可口革囊星虫(Phascolosoma esculenta)和澳洲管体星虫(Siphonosoma australe)的线粒体16S rRNA、COⅠ和细胞色素b(Cyt b)基因片段序列进行比较,并对其系统发生进行了初步探讨.采用PCR方法得到总长度分别为531～544 bp(16S)、652～675 bp(COⅠ)和406～453 bp(Cyt b)的线粒体片段.片段碱基A+T比例较高(16S rRNA基因58.3%,COⅠ基因56.9%,Cyt b基因59.5%). 16S rRNA片段存在169个碱基变异位点(其中包括167个简约信息位点)和44个碱基插入/缺失,种内个体间变异较小;COⅠ片段有512个碱基(333个简约信息位点)存在变异,79个碱基插入/缺失;Cyt b片段存在347个碱基(318个简约信息位点)变异位点,16个碱基插入/缺失.数据分析结果支持3种星虫和环节动物的分类地位较近,与软体动物较远的分类观点.此外,裸体方格星虫与澳洲管体星虫之间亲缘关系较近(D=0.3159、03156、0.2361).认为3种星虫线粒体16S rRNA、COⅠ和Cyt b基因在种间存在明显的多态性,证实了三种基因序列均普遍适用于星虫种及以上阶元的系统学分析.【期刊名称】《广东海洋大学学报》【年(卷),期】2007(027)004【总页数】8页(P3-10)【关键词】星虫;线粒体;16SrRNA基因;COⅠ基因;Cyt b基因;基因序列【作者】陈子安;杜晓东;王庆恒;邓岳文【作者单位】广东海洋大学水产学院,广东,湛江,524088;广东海洋大学水产学院,广东,湛江,524088;广东海洋大学水产学院,广东,湛江,524088;广东海洋大学水产学院,广东,湛江,524088【正文语种】中文【中图分类】Q19星虫营穴居生活,主要分布于河口、港湾及沿岸地表径流较丰富的泥沙或沙泥滩涂，我国沿海均有分布[1-2]。

哈氏仿对虾线粒体16S rRNA和CO Ⅰ基因的序列比较及其与仿对虾属之间的系统进化分析

哈氏仿对虾线粒体16S rRNA和CO Ⅰ基因的序列比较及其与仿对虾属之间的系统进化分析毛智超;段亚飞;刘萍;李健;陈萍【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2016(040)007【摘要】为调查研究哈氏仿对虾浙江象山群体的种质资源、物种间的亲缘关系及遗传多样性状况,采用PCR扩增获得哈氏仿对虾线粒体DNA的16S rRNA和CO Ⅰ基因片段,分别对其进行序列比较和系统进化分析.16S rRNA基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.76％、19.48％、26.74％和17.88％;CO Ⅰ基因片段的T、C、A和G的含量分别是35.36％、12.68％、30.54％和21.43％;A+T含量显著高于G+C含量.16S rRNA基因片段长度为558 bp,共检测出1种单倍型,没有多态性位点;CO Ⅰ基因片段长度为688 bp,共检测出7种单倍型,6个多态性位点.COⅠ基因片段比16S rRNA基因片段变异丰富,更适于哈氏仿对虾种群的遗传多样性分析.基于16S rRNA和CO Ⅰ基因片段的系统进化分析结果不太一致,结合形态学分析表明,哈氏仿对虾是仿对虾属独立的分支,与细巧仿对虾和亨氏仿对虾种类亲缘关系较近.根据CO Ⅰ基因片段的遗传距离推测出仿对虾属的大致分化时间发生在中新世末期至上新世早期.【总页数】12页(P1006-1017)【作者】毛智超;段亚飞;刘萍;李健;陈萍【作者单位】上海海洋大学水产与生命学院,上海201306;中国水产科学研究院黄海水产研究所,农业部海洋渔业可持续发展重点实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院南海水产研究所,农业部南海渔业资源开发利用重点实验室,广东广州510300;中国水产科学研究院黄海水产研究所,农业部海洋渔业可持续发展重点实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所,农业部海洋渔业可持续发展重点实验室,山东青岛266071;中国水产科学研究院黄海水产研究所,农业部海洋渔业可持续发展重点实验室,山东青岛266071【正文语种】中文【中图分类】Q785;S917.4【相关文献】1.中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究 [J], 麦维军;谢珍玉;张吕平;沈琪;胡超群2.中国沿海日本囊对虾线粒体16S rRNA基因序列变异及遗传分化 [J], 谭树华;王桂忠;李少菁3.基于线粒体16S rRNA和COI基因序列探讨对虾属(Penaeus)物种系统发生关系[J], 刘帅;李墨非;叶嘉;王亚;王春琳4.中华虎头蟹线粒体16S rRNA和CO Ⅰ基因的序列比较及其系统进化分析 [J], 刘萍;段亚飞;毛智超;李吉涛;高保全;李健5.中国南海野生斑节对虾5个地理群体线粒体16S rRNA基因序列比较分析 [J], 周发林;江世贵;姜永杰;黄建华;马之明因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

16Srna序列分析比对

16Srna序列分析比对研究目的：实验工具：利用点阵分析方法可以找到两个序列之间的所有可能的残基匹配,以及两序列之间的遗传重组现象，用Vector NTI 8 软件进行双序列局部比对，设计窗口值为5，阈值为100进行点阵分析实验材料：16S中的"S"是一个沉降系数，亦即反映生物大分子在离心场中向下沉降速度的一个指标，值越高，说明分子越大大小界门纲目科属种16S RNA1 849 细菌厚壁菌门乳酸杆菌目链球菌科链球菌属变形链球菌16S RNA2 924 细菌变形菌门变形菌纲鞘脂单胞菌目鞘脂单胞菌科发酵单胞菌运动发酵单胞菌16S RNA3 762 细菌变形菌门丙型变形细菌纲弧菌目弧菌科弧菌霍乱弧菌16S RNA4 910 细菌厚壁菌门芽孢杆菌目芽孢杆菌科土芽孢杆菌属土芽孢杆菌16S RNA5 1007 细菌厚壁菌门乳酸杆菌目肠球菌科肠球菌属海氏肠球菌melmttrna 807 真核生物后生动物门线虫纲垫刃线虫目垫刃总科根结线虫属爪哇根结线虫sulfolobus 1496 古生菌泉古菌门热变形菌纲硫化叶菌目好热好酸菌科硫化叶菌属硫磺矿硫化叶菌其中变形链球菌、运动发酵单胞菌、霍乱弧菌、嗜热脂肪芽孢杆菌、海氏肠球菌属于细菌界，而硫叶菌属于古生菌，爪哇根结线虫属于真核生物。

一、原核生物和古生菌的比对：1.变形链球菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果：2.运动发酵单胞菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果：118136154172184511452894335777218651009115312971492变形链球菌118136154172192011452894335777218651009115312971492运动发酵单胞菌3.霍乱弧菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果：4.土芽孢杆菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果：118136154175811452894335777218651009115312971492霍乱弧菌11773535297059051143285427569711853995113712791491土芽孢杆菌5.海氏肠球菌和硫磺矿硫化叶菌比对结果：1181361541721901100211452894335777218651009115312971491海氏肠球菌二、原核生物和真核生物的比对：1.变形链球菌和爪哇根结线虫比对结果：2.运动发酵单胞菌和爪哇根结线虫比对结果：199197295393491589687785845179157235313391469547625703803变形链球菌199197295393491589687785883920179157235313391469547625703803运动发酵单胞菌3.霍乱弧菌和爪哇根结线虫比对结果：4.土芽孢杆菌和爪哇根结线虫比对结果：199197295393491589687758179157235313391469547625703803霍乱弧菌199197295393491589687785906179157235313391469547625703803土芽孢杆菌5.海氏肠球菌和爪哇根结线虫比对结果：1991972953934915896877858831003179157235313391469547625703803海氏肠球菌三、古生菌和真核生物比对：硫磺矿硫化叶菌和爪哇根结线虫比对分析结果：1631251872493113734354975596216837458031143285427569711853995113712791492m四、1、变形链球菌和运动发酵单胞菌比对：1113225337449561673785845191181271361451541631721811920变形链球菌531539547555563571579587597588594600606612618624630636642649变形链球菌613614615616617618619620621ATACCCTGG665666667668669670671672673ATACCCTGG变形链球菌2、土芽孢杆菌和运动发酵单胞菌比对：1113225337449561673785906191181271361451541631721811920土芽孢杆菌420430440450460470480485394402410418426434442450458466土芽孢杆菌688690692694696ATACCCTGG664665666667668669670671672673GATACCCTGG土芽孢杆菌3、海氏肠球菌和运动发酵单胞菌比对：11132253374495616737858971003191181271361451541631721811920海氏肠球菌463475487499511523535547559569390400410420430440450460470484海氏肠球菌744746748750752753GATACCCTGG664665666667668669670671672673GATACCCTGG海氏肠球菌4、变形链球菌和霍乱弧菌比对：193185277369461553645737845175149223297371445519593667758变形链球菌527539551563575587599611588598608618628638648658668675变形链球菌623624625626627628629630AGTCCACG676677678679680681682683AGTCCACG变形链球菌5、土芽孢杆菌和霍乱弧菌比对：193185277369461553645737829906175149223297371445519593667758土芽孢杆菌187191195199203207211176180184188192198土芽孢杆菌698699700701702703704705AGTCCACG676677678679680681682683AGTCCACG土芽孢杆菌6、海氏肠球菌和霍乱弧菌比对：1931852773694615536457378299211003175149223297371445519593667758海氏肠球菌484492500508516524532540409415421427433439445451457461海氏肠球菌755756757758759760761762AGTCCACG676677678679680681682683AGTCCACG海氏肠球菌7、运动发酵单胞菌和霍乱弧菌的比对：193185277369461553645737829920175149223297371445519593667758运动发酵单胞菌175181187193199205211217223227156162168174180186192198203运动发酵单胞菌8、变形链球菌和土芽孢杆菌的比对：1111221331441551661771845189177265353441529617705793906变形链球菌512530548566584602620629575589603617631645659673687701709变形链球菌504506508*********515GTGTAGCGGTGA580581582583584585586587588589590TGTAGCGGTGA变形链球菌9、海氏肠球菌和土芽孢的比对：11112213314415516617718811003189177265353441529617705793906海氏肠球菌6678901021141261381436162636465666768693海氏肠球菌636638640642644646648649GTGTAGCGGTGAAA580581582583584585586587588589590TGTAGCGGTGA海氏肠球菌10、变形链球菌和海氏肠球菌的比对：11232453674896117338451991972953934915896877858831003变形链球菌534542550558566574582590669675681687693699705711717723729变形链球菌。

CO Ⅰ基因序列在蛇鳗科鱼类种类鉴定中的适用性研究

CO Ⅰ基因序列在蛇鳗科鱼类种类鉴定中的适用性研究张稚兰;林汝榕;邢炳鹏【摘要】In this study,we collected DNA barcodes based on CO Ⅰ sequences from 36 individuals of 10 species in 7 genera of Ophichthyidae.The mean length of the sequences was 655bp and the average content of T,C,G and A was 27.50％,28.10％,26.00％ and18.40％,respectively.The A + T content was higher than 50％ in every species.The average Kimura two parameter (K2P) genetic distances of interspecies,intraspecies and genus were 0.52％,20.07％ and23.96％,respectively.K2P genetic distance values were found increasing with taxonomic level.Interspecific genetic distance was about 38.59 times higher than the differences of intraspecies,which met Hebert's species identification standard (interspecies genetic distance was more than 10 times of intraspecies).As high efficiency of species identification is demonstrated in the present study by DNA barcoding,we conclude that CO Ⅰ sequencing can be used to identify fish species.%为研究DNA条形码技术在蛇鳗科鱼类分类鉴定中的可行性,选取了蛇鳗科7属10种36个个体进行CO Ⅰ基因扩增,结果共获取36条基因序列,平均长度为655 bp,序列中T、C、G、A碱基的平均含量分别为:27.50％、28.10％、26.00％、18.40％,A+T含量均高于50％.样品种内、种间和属间的遗传距离(K2P)分别为:0.52％、20.07％、23.96％,遗传距离随着分类阶元的提高而增大,种间遗传距离是种内遗传距离的38.59倍,符合Hebert提出的相差10倍的物种鉴定标准,表明CO Ⅰ基因序列可以作为蛇鳗科鱼类分类鉴定的有效DNA条形码.【期刊名称】《应用海洋学学报》【年(卷),期】2017(036)003【总页数】6页(P411-416)【关键词】海洋生物学;蛇鳗科;细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因;DNA条形码;物种鉴定【作者】张稚兰;林汝榕;邢炳鹏【作者单位】国家海洋局第三海洋研究所,福建厦门361005;国家海洋局第三海洋研究所,福建厦门361005;国家海洋局第三海洋研究所,福建厦门361005【正文语种】中文【中图分类】P735蛇鳗科(Ophichthidae)鱼类隶属于鳗鲡目(Anguiliformes)，是鳗鲡目中种类分化最多的一个科，目前已发现55属260多种，我国已定名有13属33种，其中蛇鳗属(Ophichthus)有14种[1].主要分布于各大海洋的热带和亚热带大陆架浅水水域，多数生活于珊瑚礁和沙质沿岸，有些种类栖息于河口，少数可进入淡水生活[2].蛇鳗科鱼类身体细长，前段一般呈圆形，尾部常稍侧偏，外形及其相似，又缺少鳞片、腹鳍和尾鳍等结构，可用作鉴别的形态特征相对较少，且在不同生长阶段的形态特征不尽相同，增加了形态分类鉴定的难度.蛇鳗科鱼类不同属间的物种性状间存在重复和交叉，如蛇鳗属和蠕鳗属(Scolecenchelys)都有鳃膜骨条交叠现象等，依据形态的分类方式十分困难，易鉴别错误[3].鱼类的形态学鉴定主要是通过外部形态特征进行区分，但鱼类样品在采集过程中外部形态特征常受到损坏，并且样品形态性状受环境因子影响较大，从而导致分类困难甚至错误[4].DNA条形码技术对样品形态完整性要求低，操作简便、结果准确，已被广泛应用于鱼类的物种鉴定中，尤其是在保护生物学和生物多样性调查等领域[4-6].线粒体DNA的分子结构简单，呈母性遗传，进化速度快且几乎不发生重组，是一种应用较广的分子标记，其中线粒体细胞色素C氧化酶亚基Ⅰ基因(COⅠ)是动物物种鉴定常用的目的基因[7-10].因此本研究对蛇鳗科7属10种鱼类样品的线粒体COⅠ基因片段进行了PCR扩增及序列测定，分析该基因在蛇鳗科鱼类样品鉴定中的适用性，为蛇鳗科鱼类物种鉴定及多样性研究提供分子生物学数据.1 材料与方法1.1 实验材料文中所用样品均采集于福建沿海，采样时间为2014～2015年(表1).经形态鉴定后置超低温冰箱保存，每种各选3～4条，使用天根动物基因组DNA提取试剂盒提取总DNA.1.2 PCR 扩增及测序根据COⅠ基因序列设计的2对引物组合进行巢式PCR，引物C1-F和C1-R、C2-F和C2-R的序列如下：C1-F：5’-TGTAAAACGACGGCCAGTCCTCGATCCTACATTCTCTTAGT-3’；C1-R：5’-CAGGAAACAGCTATGACGCNAGTCAGCTAAANACTTT-3’；C2-F：5’-CGGCCAGTCCTCGATCCTACATTCTCTTAGTT AACAGCTAA-3’；C2-R：5’-TGTAAAACGACGGCCAGTTCAACCAACCACAAAGACATTGGCACCC-3’.表1 实验样品相关信息Tab.1 Information of samples in this study序号属名种名GenBank序列号1蠕蛇鳗属(Scolecenchelys)大鳍蠕蛇鳗(Scolecenchelys macroptera)KX215169、KX426302、KY472810、KY4728112虫鳗属(Muraenichthys)裸鳍虫鳗 (Muraenichthys gymnopterus)KX215178、KX215179、KX215180、KY4728163蛇鳗属(Ophichthus)短尾蛇鳗(Ophichthus brevicaudatus)KX215170 、X215171、 KY472812、KY4728134蛇鳗属尖吻蛇鳗(Ophichthus apicalis)KX215176、KX215177、KY472814、KY4728155蛇鳗属西里伯蛇鳗(Ophichthus celebicus)KX215188、KX215189、KY4728196豆齿鳗属(Pisodonophis)食蟹豆齿鳗(Pisodonophis cancrivorus)KX215181、KX215182、KY4728177豆齿鳗属(Pisoodonophis)杂食豆齿鳗(Pisoodonophis boro)KX215190、KX215191、KX355474、KX3554808新鳗属(Neenchelys)微鳍新鳗(Neenchelysparvipectoralis)KX215185、KX215186、KX215187、KY4728189须鳗属(Cirrhimuraena)中华须鳗(Cirrhimuraena chinensis)KX215192、KX215193、KX215194、KY47282010无鳍蛇鳗属(Apterichtus)克氏无鳍蛇鳗(Apterichtus klazingai)KX215197、KX215198、JQ681408*、JQ681363*、JQ681409*、JQ681407*11蛇鳗属黄蛇鳗(Ophichthus zophochir)GU440436*、EU520650*12虫鳗属裸虫鳗(Scolecenchelys gymnota)JQ432117*、JQ432116*13油鳗属(Myrophis)扁吻油鳗(Myrophisplatyrhynchus)GU224964*、GU224965*14阿尔鳗属(Ahlia)大眼阿尔鳗(Ahlia egmontis)GU224299*、GU224659*注：“*”表示序列从Genbank数据库获取PCR反应分两轮进行，使用TIANGEN公司2×Taq Plus PCR MasterMix试剂盒，体系均为25 mm3.第一轮PCR反应循环为：95℃预变性2 min，95℃变性15s，60℃退火30 s，每个循环退火温度降低0.5℃；72℃延伸50 s，30个循环；72℃延伸10 min，4℃保存.每次反应均设置阴性对照以检测是否存在污染.第2轮PCR 反应循环为：98℃预变性2 min；95℃变性15s，60°C退火30 s，每个循环退火温度降低0.3℃；68℃延伸40 s，35个循环；72℃延伸10 min，4℃保存.PCR产物经1.2%琼脂糖凝胶电泳检测并进行双向测序，保证序列的可靠性.1.3 生物信息学分析运用DNAman及Chromas软件拼接每个样品正反向测序结果并进行校对后提交至GenBank(表1)并计算序列长度、碱基组成及GC含量.利用ClustalW及MEGA6.0软件检测多态位点和简约信息位点数量，使用Kimura-2-parameter(K2P)双参数模型计算种内距离及种间距离(表2).结合Genbank检索到的12条蛇鳗科序列，以邻接法(Neighbor-Joining)构建系统发育树[11].2 结果与讨论2.1 序列结构特征分析本研究共测序获得蛇鳗科7属 10 种36 个个体的COⅠ基因片段.经比对后得到COⅠ基因5’端一段长度为655bp 的序列，共编码218 个氨基酸，所有序列没有插入、缺失密码子并不含终止密码子.36条COⅠ序列共有20个单倍型.20个COⅠ单倍型之间共检测到保守位点441 个(约占 67.33%)，变异位点215个(约占32.82%)，包括214个简约信息位点和1个自裔位点.COⅠ序列碱基组成分析显示平均碱基含量为T(27.50%)、C(28.10%)、A(26.00%)和G(18.40%)，其中C含量最高，G含量最低，A+T含量为53.5%，高于G+C 含量46.5%.密码子3个位点在碱基使用偏向性中，只有C使用频率相近，其余3个碱基使用频率有显著不同：第1密码子中4种碱基使用频率相近，分别为T(25.00%)、C(25.10%)、A(29.00%)和G(20.50%)；第2密码子中4种碱基分别为T(27.00%)、C(27.30%)、A(23.60%)和G(21.60%)；第3密码子中C含量最高，高达32.00%，A(25.30%)和T(30.00%)；G的含量最低，仅为13.20%，出现了明显的反G偏倚现象.本研究采用Kimura-2-parameter(K2P)双参数模型，使用MEGA6.0软件，结合Genebank数据库中12条COⅠ序列，计算分析样品种内、种间及属间的遗传距离.结果显示实验样品种内的K2P遗传距离为0～1.41%，平均为0.52%，其中最小距离为0，最大为大眼阿尔鳗1.41%，其次为微鳍新鳗1.02%，其余均小于1.00%.种间遗传距离为3.97%～29.33%，平均为20.07%，是种内遗传距离的38.59倍.种间遗传距离最小的两个种为大鳍蠕蛇鳗和短尾蛇鳗，其中大鳍蠕蛇鳗的种内遗传距离为0，大鳍蛇鳗的种内遗传距离为0.20%.属间的遗传距离为14.83%～37.41%，平均为23.96%.属间的遗传距离大于种内和种间的遗传距离，分类阶元越高遗传距离越大，而且遗传距离的增长随分类阶元的增加变缓.表2 各阶元K2P遗传距离Tab.2 K2P genetic divergences among different taxonomic levels阶元样品数平均值/%最小值/%最大值/%标准误差/%种内480.5201.410.38种间1420.073.9729.331.15属间823.9614.8337.411.24图1 基于COⅠ序列的蛇鳗科鱼类邻接关系树Fig.1 Neighbor-joining tree of Ophichthidae based COⅠ sequences2.2 系统进化分析利用距离法构建NJ树(图1)，14个物种共分成14组，同一物种的序列均聚合在一起，与形态学分析一致.在属及属以上阶元中，NJ系统进化树与形态学系统进化树并不一致，同属的样品未能完全聚合在一起，存在一定的交叉.2.3 讨论DNA条形码是利用一段标准的短序列进行物种鉴定，具有操作简且不受样品的形态完整性及生长发育影响，能准确鉴别形态相似种、发掘隐存种等优点，已广泛用于鱼类物种鉴定中[12-14].Ward等(2005)对澳大利亚海洋鱼类的COⅠ基因进行了研究[15]，共获取了207种鱼类的754条COⅠ基因序列，分析了它们的GC 含量以及种内、种间及属科遗传距离的差异，得出COⅠ基因序列可以用于鱼类物种鉴定.Zhang等(2011)利用COⅠ基因对日本海洋鱼类进行了鉴定研究[16]，发现158个鱼类样品的种间遗传距离是种内遗传距离的60倍，并证明了DNA条形码在鱼类不同生长阶段中鉴定的可行性.Barros-Garcia等(2016)利用DNA条形码技术对深海鱼类海蜥鱼科和棘背鱼科的样品进行了鉴定，96%的样品鉴定到种[17]. 本研究通过扩增测序共获得蛇鳗科7属10种36个个体的COⅠ基因片段.经比对后得到COⅠ基因5’端一段长度为655bp的序列，碱基组成分析显示平均碱基含量为T(27.5%)、C(28.1%)、A(26.0%)和G(18.4%).36条COⅠ序列的A+T含量相似，最高为尖吻蛇鳗(55.3%)，最低为大鳍蠕蛇鳗(52.2%)，平均含量为53.5%，均高于G+C含量，与以往鱼类COⅠ基因序列的研究结果一致[12].密码子3个位点对碱基使用偏向性有显著差异：第1密码子中4种碱基使用频率相近，分别为T(25.00%)、C(25.10%)、A(29.00%)和G(20.50%)；第2密码子中4种碱基分别为T(27.00%)、C(27.30%)、A(23.60%)和G(21.60%)；第3密码子中C含量最高，高达32.00%，A(25.30%)和T(30.00%)；G的含量最低，仅为13.20%，出现了明显的反G偏倚现象，在鳎科鱼类中也发现类似现象[18].在物种进化中，线粒体基因密码子位点会受到不同程度的碱基突变选择压，碱基使用偏向性可能是由密码子位点上碱基突变压力造成的.DNA序列能否成为物种鉴定条形码的主要标准为种内和种间遗传距离的大小.Hebert等(2003)对动物COⅠ基因研究后得出物种种内的遗传距离通常低于2%，并提出只有种间遗传距离大于种内遗传距离，且差异高于10倍时，COⅠ基因才可对物种进行有效鉴定[19].本研究所有蛇鳗科鱼类样品中，COⅠ序列种内的遗传距离为0～1.41%，平均为0.52%，其中最小距离为0，最大为大眼阿尔鳗1.41%，其次为微鳍新鳗1.02%，其余均小于1%.种间遗传距离为3.97%～29.33%，平均为20.07%，是种内遗传距离的38.59倍，符合Hebert提出的标准，表明COI基因序列可以作为蛇鳗科鱼类物种鉴定的DNA条形码.本研究利用距离法构建NJ系统进化树，在种的水平上，36样品序列首先与同种的序列聚合，14个物种共分成14组，与形态学分析一致，具有一定的低阶元系统进化分析能力，同时也验证了COⅠ序列在蛇鳗科鱼类鉴定中的可行性.同属的样品并未在NJ系统进化树聚合到一枝，不同科属间样品存在一定交叉，这与形态学系统进化树不符，可靠性明显降低.究其原因，虽然COⅠ基因序列在属及属以上水平变异增大，但是所获取基因仅为COⅠ基因5’端一段长度为655bp的序列，信息位点数量少，且在高级分类阶元中碱基置换趋于饱和，因而系统学水平上的分辨效果较差，不适合作为蛇鳗科属科阶元系统进化研究的分子标记.3 结论本研究共获得蛇鳗科7属10种36个个体的COⅠ基因片段，COⅠ序列种间的K2P遗传距离平均为20.07%，种内的K2P遗传距离平均为0.52%，种间遗传距离是种内遗传距离的38.59倍，符合Hebert等(2003)提出的相差10倍的物种鉴定标准[19]，表明COⅠ基因序列可以作为蛇鳗科鱼类物种鉴定的条形码.另外，COⅠ基因序列在属及属以上阶元分辨效果较差，不适合用于高级分类阶元分类鉴定及系统进化的研究.参考文献：[1] 唐文乔，张春光. 蛇鳗科分类综述及中国蛇鳗科系统分类(鱼纲，鳗鲡目)[J]. 上海水产大学学报， 2004，13(1): 16-22．[2] 中国科学院动物研究所，中国科学院海洋研究所，上海水产学院.南海鱼类志[M]. 北京:科学出版社，1962．[3] 刘东，唐文乔，张春光. 中国南海蛇鳗科一新纪录属及一新纪录种(鱼纲，鳗鲡目)[J]. 动物分类学报， 2005，30(1): 199-201．[4] 产久林，姜华鹏，刘一萌，等. 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基于16S rRNA部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系

基于16S rRNA部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系张源真;王伟;姜志强;张钊【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2012(000)009【摘要】通过PCR扩增获得了3科5属6种中国黄渤海海域的鳚亚目(Blennioidei)鱼类的线粒体16S rRNA基因序列片段约669bp碱基,结合来自GenBank的5种鳚亚目其他科鱼类的相应基因片段,并以眼斑雪冰鱼(Chionodraco rastrospinosus)为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树.结果显示：在鳚亚目鱼类的16S rRNA 片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有207 bp变异位点,转换/颠换值为0.8,碱基平均差异为3.36；支持绵鳚(Enchelyopus elongates)归于鳚亚目绵鳚科(Zoarcidae),鳚(Azuma emmnion)归于鳚亚目线鳚科(Stichaeidae)；方氏云鳚(Enedrias fangi)和云鳚(Enedrias nebulosus)种间遗传距离只有0.01,亲缘关系最近.【总页数】7页(P89-95)【作者】张源真;王伟;姜志强;张钊【作者单位】大连海洋大学生命与水产学院农业部海水增养殖学重点开放实验室, 辽宁大连 116023;大连海洋大学生命与水产学院农业部海水增养殖学重点开放实验室, 辽宁大连 116023;大连海洋大学生命与水产学院农业部海水增养殖学重点开放实验室, 辽宁大连 116023;大连海洋大学生命与水产学院农业部海水增养殖学重点开放实验室, 辽宁大连 116023【正文语种】中文【中图分类】Q959【相关文献】1.基于ITS-1序列的部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系研究 [J], 张源真;王伟;姜志强2.基于16S rDNA部分序列探讨中国近海30种石斑鱼类的分子系统进化关系 [J], 丁少雄;王颖汇;王军;庄轩;苏永全;尤颖哲;李祺福3.基于线粒体16S rRNA基因部分序列探讨贵州9种菊头蝠(翼手目:菊头蝠科)的分子系统进化关系 [J], 宋华;王会;陈学平;谷晓明4.基于16SrRNA部分序列探讨中国近海十三种石首鱼类的分子系统进化关系 [J], 张永;马春艳;马凌波;倪勇;沈盎绿5.基于16S rRNA部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系 [J], 郑文娟;朱世华;邹记兴;杨迎春;沈锡权因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

泥蚶线粒体COI和16S rRNA基因片段序列研究

泥蚶线粒体COI和16S rRNA基因片段序列研究郑文娟;朱世华;沈锡权;叶央芳;潘志崇【期刊名称】《宁波大学学报（理工版）》【年(卷),期】2008(021)001【摘要】采用PCR技术扩增了泥蚶线粒体DNA的COI和16S rRNA基因片段,PCR产物经T裁体连接后进行克隆、测序,用MEGA version 3.0软件计算这2个基因片段序列碱基组成.结果显示:COI和16S rRNA基因删除引物序列后分别得到660bp和548bp的核苷酸序列,T,C,A和G碱基含量分别为40.4%,14.7%,20.6%,24.3%和23.2%,25.9%,30.3%,20.6%.COI和16S rRNA基因片段对泥蚶不同地理种群的遗传分化的研究具有一定的应用价值.【总页数】4页(P39-42)【作者】郑文娟;朱世华;沈锡权;叶央芳;潘志崇【作者单位】宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室,浙江,宁波,315211;宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室,浙江,宁波,315211;宁波大学,生命科学与生物工程学院,浙江,宁波,315211;宁波大学,生命科学与生物工程学院,浙江,宁波,315211;宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室,浙江,宁波,315211;宁波大学,生命科学与生物工程学院,浙江,宁波,315211【正文语种】中文【中图分类】Q786【相关文献】1.中国明对虾与5种虾类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究 [J], 麦维军;谢珍玉;张吕平;沈琪;胡超群2.三疣梭子蟹线粒体DNA 16S rRNA和COI基因片段序列的比较研究 [J], 郭天慧;孔晓瑜;陈四清;喻子牛3.3种蛏类线粒体16S rRNA和COI基因片段的序列比较及其系统学初步研究 [J], 陈丽梅;孔晓瑜;喻子牛;于珊珊;徐晖4.米尔顿姬小蜂线粒体16S rRNA与COI基因片段序列测定及分析 [J], 黄蓬英;林玲玲;洪钦阳;廖富荣5.4种鳕鱼线粒体16S rRNA、COI和Cyt b基因片段序列的比较研究 [J], 毕潇潇;高天翔;肖永双;李永振因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

三种鲻科鱼的同工酶分析及鉴别研究

三种鲻科鱼的同工酶分析及鉴别研究孟玮;高天翔;宋林;孙利元【期刊名称】《中国海洋大学学报：自然科学版》【年(卷),期】2007(0)S1【摘要】采用水平淀粉凝胶电泳技术研究3种鲻科鱼的遗传结构及其遗传多样性情况。

在分析的8种酶(G3PDH,IDHP,LDH,MDH,MPl,PGDH,PGM,SOD)中,共检测到12个基因位点。

棱梭、梭鱼和鲻鱼的多态座位比例分别为0.333 3,0.166 7,0.083 3,平均杂合度观测值和预期值分别为0.074 8,0.039 6,0.003 5和0.095 9,0.047 4,0.003 4,平均有效等位基因数分别为1.201 3,1.071 2,1.003 5,3种间遗传距离在0.607 4～1.731 5之间,棱梭和梭鱼亲缘关系较近。

种间在10个位点(LDH~*,IDHP~*,MDH-2~*,MDH-3~*,MDH-4~*,G3PDH~*,SOD-2~*,PGM~*,PGDH~*,MPI~*)存在基因置换或近于基因置换。

研究结果表明,通过以上8种同工酶谱的分析能够有效地进行这3种鲻科鱼的鉴别。

【总页数】5页(P181-184)【关键词】棱梭;梭鱼;鲻鱼;同工酶;分类【作者】孟玮;高天翔;宋林;孙利元【作者单位】中国海洋大学教育部海水养殖重点实验室;辽东学院;山东省海洋捕捞生产管理站【正文语种】中文【中图分类】Q55【相关文献】1.三种鯻科鱼类同工酶组织特异性及群体遗传结构分析 [J], 张健东;何国清;陈刚;汤保贵;潘传豪;周晖;黄建盛2.秦巴山区巨缘蝽亚科三种昆虫同工酶的初步研究(半翅目:缘蝽科) [J], 王启瑞;朱刚利;郑哲民3.中国鲤科鱼类染色体组型的研究Ⅺ．裂腹鱼亚科二种鱼和鳅鮀亚科三种鱼的染色体组型 [J], 李渝成;李康;桂建芳;周暾4.石首鱼科（Sciaenidae）三种鱼耳石CaCO3晶相结构分析 [J], 徐学红;唐承欢5.叉尾(鱼回)科、鲶科、(鱼危)科鱼类同工酶电泳的比较研究 [J], 郭维士;栾晓红;张志华;付增才;杨凤华因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。