基于线粒体12S和16S rRNA基因部分序列的角蟾亚科部分属种的系统发育关系
利用线粒体16S rRNA 基因全序列分析直翅目主要类群的系统发生关系
利用线粒体16S rRNA 基因全序列分析直翅目主要类群的系统发生关系崔爱明;黄原【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2012(34)5【摘要】In order to reconstruct a robust phylogenetic relationship among major groups of Orthoptera and to explore the phylogenetic utility and performance of 16S Ribosomal RNA gene, complete sequences of 16S Ribosomal RNA were sequenced from 18 species in 9 families and 4 superfamilies of Orthoptera, and analyzed with other 40 species that have been completely sequenced. The result showed that the average length of 16S Ribosomal RNA was 1 310 bp. The positions of Tridactuloidea and Gryllotalpidae in Orthoptera were uncertain based on the 16S rRNA data, and the phylogenetic relationships of other major groups in Orthoptera were rather robust. Except for Oedipodidae and Gomphoceridae, Acrididae, Catantopidae, and Arcypteridae in Xia's taxonomic system were not monophyletic groups, and the genetic distances among the five groups were small. This indicates that the five families should be combined into one family. The genetic distances among Pamphagidae, Chrotogonidae, and Pyigomorphidae were also small. The loops of 16S rRNA gene could provide more information than stems when they were used for phylogenetic analysis. Complete sequence of 16S rRNA gene can be usedto reconstruct robust phylogenetic relationship at the taxonomic category of species, genera, and suborder in Orthop-tera, but lack of resolution at family and superfamily levels.%为了构建稳健的直翅目主要类群间的系统发生关系并探讨16S rRNA 基因序列在构建直翅目昆虫不同分类阶元系统发生关系时的可行性、功效以及性能,文章测定了直翅目4 总科9 科18 种昆虫的16S rRNA 基因全序列,联合已知该基因全序列的其他40 种昆虫,构建了直翅目主要类群之间的系统发生关系,并分析了16S rRNA 基因全序列的系统发生性能和功效.结果表明,直翅目昆虫的16S rRNA 基因全长平均为1 310 bp; 除生活方式特化的蚤蝼总科和蝼蛄总科的地位无法确定外,直翅目其他主要类群系统发生关系比较稳定; 蝗总科下除了斑翅蝗科和槌角蝗科外,剑角蝗科、斑腿蝗科、网翅蝗科都不是单系群,且用不同的方法构建的系统发生树中聚类情况完全一致,各科间遗传距离差异不大,建议将其合为一科; 锥头蝗科、瘤锥蝗科和癞蝗科间的遗传距离差异也不大; 在构建系统发生树时,16S rRNA 基因环区的信息量要比茎区的大; 16S rRNA 基因可以构建可靠的直翅目属与种水平和目与亚目高级阶元的系统发生关系,但对科和总科阶元缺乏足够的分辨力.【总页数】12页(P597-608)【作者】崔爱明;黄原【作者单位】陕西师范大学生命科学学院,西安,710062;陕西师范大学生命科学学院,西安,710062【正文语种】中文【相关文献】1.基于线粒体16S rRNA基因探讨蜘蛛几个重要类群的系统发生关系 [J], 毕可然;张利民2.基于线粒体16S rRNA基因探讨鹿科动物系统发生关系 [J], 刘忠权3.基于线粒体16S rRNA和COI基因序列探讨对虾属(Penaeus)物种系统发生关系[J], 刘帅;李墨非;叶嘉;王亚;王春琳4.基于线粒体COⅠ基因序列分析宝贝科主要类群的系统发生关系 [J], 王莹;苏成勇;潘鸿春;郝家胜5.基于18S rRNA基因序列分析唇口目苔藓动物主要类群的系统发生关系 [J], 焦晓霞;杨群;赵华斌;石庆会;郝家胜因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于线粒体COI与16S rRNA基因序列探讨贻贝属的系统发育
ｄｍ ｎｔ ｔｓｈ ｔ ｔｕ ｅｕｉ， ｇ ｌｐｏｉｃ ｌ ， ｔ ｓ ｌｓ ｅ ｏ ｓａｅ ｔａ Ｍｙｉｓ ｄ ｌ Ｍ． ａ ｏｒ ｎｉ ｉ Ｍ． ｏｓ ｕ ， ＣＦＳＬ ｎ ｃｌ ｒｉｎｓｆ ｍ ｉｔ ｔｏｃ ｄ ｓ ｍ ｎ ｅ ｒ ｌ ｓ ｌ ｖ ａｓ ｒ ｕ Ｏ１Ｃ￣ａｄＭ．ａ＠ ｎ ｕ ｒ ｎ ｌ ｅ．Ａ ｏｇｔ ＸＩ ａ ｏ ｏｗ ａ ｈ
Ｖｏ． １６， Ｎｏ ５ ． ０ｃ ．． ２ ０ ｔ ０１
基 于 线 粒 体 Ｃ Ｉ １ Ｓｒ Ｎ 基 因序 列 探 讨 Ｏ 与 ６ Ｒ Ａ 贻 贝 属 的 系统 发 育
毛 阳丽 ，蔡 厚 才 ，李 成 久 ，高 天 翔
（ ．中国海洋 大学水产学院 ，山东 青 岛 ２ ６０ ；２ １ ６ ０ ３ ．南麂列 岛国家海 洋 自然保护区管理局 ，浙江 平 阳 ３５ ０ ２ ４０； ３ ．辽宁省水产苗种管理局 ，辽 宁 大连 １６ １ ） １０ ５ 摘要 ：比较分析 了贻 贝属 ５个种 的线粒 体 Ｄ Ａ Ｃ Ｉ １Ｓｒ Ｎ Ｎ Ｏ 及 ６ Ａ基 因片段序 列 ，确定 了贻贝属 的系统进化关 系。 Ｒ
３ ｉ ｅ ｅ Ｓｅ ｕｅｕｏ Ｌ ｏｉ Ｄ ｌ ｎ１６ １ ， ｈｎ ） ．Ｆ ｈｒ ｓ ｅ Ｂ ｒ ｉ ｎｎ ｓ ｉ ｄ ａ ｆ ａ ｇ， ａｉ １０ ５ Ｃ ｉａ ａ
Ａｂｓｒ ｔ： Ｉ ｈ ｒ ｓ ｔｓｕｄ ｔ ａｃ ｎ ｔ ｅ ｐ ｅ ｅｎ ｔ ｙ，ｗｅ ｃ ｍｐａ ｅ ｔ ａ ｔａ ｅ ｕ ｎｃ ｓｏ ｔ ｃ ｎ ｉ ｌＣＯＩａ ｄ １ ＲＮＡ ｆｆｖ ｅ ｓＭ ｙ ｉｕ ｏ ｓｕ ｙ ｏ ｒ ｈｅ ｐ ｒｉ ｌｓ ｑ ｅ ｅ ｆｍｉｏ ｈｏ ｄｒａ ｎ ６Ｓ ｒ ｏ ｅ ｇ ｎｕ ｔｌｓ ｔ ｔ ｄ ｉ ｔ ｉ ｈｙｏ ｅ ｅｉ ｅａｉ ｎ ｈｐ． Ｔａ ｉ ｇ Ｐｅ ｎ ｉｉ ｉ ａ ｅ ｔ ｒ ｖｒ ｔ￣ ａ ｕｔｒ ｕ ｈｅｒｐ ｌｇ ｎ ｔｃ ｒ ｌｔｏ ｓ ｉ ｋ ｎ ｒ ａ ｖｒｄｓ ｎｄ ｓ ｐ ｉｇａ ｕ ｓ ｏ ｇ ｏ ｐｓ， ｐ ｙ ｏ ｅ ｔｃ ｒ ｅ ｒ ｃ ｎ ｔｕ ｔｄ ａ ｅ ｏ ｈ ｌ ｇ ｎｅｉ ｔｅ ｓ ａ ｅ ｏ ｓｒ ｃ ｅ ｂ ｓ ｄ ｎ
基于16S rRNA部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系
基于16S rRNA部分序列探讨部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系张源真;王伟;姜志强;张钊【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2012(000)009【摘要】通过PCR扩增获得了3科5属6种中国黄渤海海域的鳚亚目(Blennioidei)鱼类的线粒体16S rRNA基因序列片段约669bp碱基,结合来自GenBank的5种鳚亚目其他科鱼类的相应基因片段,并以眼斑雪冰鱼(Chionodraco rastrospinosus)为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用MEGA 4.0软件分析序列的碱基组成、差异百分比、转换/颠换值等,应用最大简约法(MP)和邻接法(NJ)构建系统发育树.结果显示：在鳚亚目鱼类的16S rRNA 片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入缺失现象,共有207 bp变异位点,转换/颠换值为0.8,碱基平均差异为3.36；支持绵鳚(Enchelyopus elongates)归于鳚亚目绵鳚科(Zoarcidae),鳚(Azuma emmnion)归于鳚亚目线鳚科(Stichaeidae)；方氏云鳚(Enedrias fangi)和云鳚(Enedrias nebulosus)种间遗传距离只有0.01,亲缘关系最近.【总页数】7页(P89-95)【作者】张源真;王伟;姜志强;张钊【作者单位】大连海洋大学生命与水产学院农业部海水增养殖学重点开放实验室, 辽宁大连 116023;大连海洋大学生命与水产学院农业部海水增养殖学重点开放实验室, 辽宁大连 116023;大连海洋大学生命与水产学院农业部海水增养殖学重点开放实验室, 辽宁大连 116023;大连海洋大学生命与水产学院农业部海水增养殖学重点开放实验室, 辽宁大连 116023【正文语种】中文【中图分类】Q959【相关文献】1.基于ITS-1序列的部分鳚亚目鱼类的分子系统进化关系研究 [J], 张源真;王伟;姜志强2.基于16S rDNA部分序列探讨中国近海30种石斑鱼类的分子系统进化关系 [J], 丁少雄;王颖汇;王军;庄轩;苏永全;尤颖哲;李祺福3.基于线粒体16S rRNA基因部分序列探讨贵州9种菊头蝠(翼手目:菊头蝠科)的分子系统进化关系 [J], 宋华;王会;陈学平;谷晓明4.基于16SrRNA部分序列探讨中国近海十三种石首鱼类的分子系统进化关系 [J], 张永;马春艳;马凌波;倪勇;沈盎绿5.基于16S rRNA部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系 [J], 郑文娟;朱世华;邹记兴;杨迎春;沈锡权因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析
豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析杜启艳;董方娟;常重杰【摘要】为了评价豫北地区泥鳅种质资源的多样性，以采自新乡地区泥鳅种群中的11个个体为材料，利用PCR技术扩增其线粒体16S rRNA和12S rRNA基因的部分序列，利用 Clustalw 2．0和DNAsp 4．10软件分析了不同个体间的差异和遗传多样性。
结果表明：16S rRNA和12S rRNA基因种内个体间的差异分别为0．25％和0．97％，二者的分化程度较低；16S rRNA的进化速度约为12S rRNA基因的4倍。
16S rRNA和12S rRNA种群群体的单倍型间平均遗传距离分别为0.0027、0.0016，单倍型多样度指数分别为0.873、0.327，核苷酸多样性指数分别为0.00265和0.00081，平均核苷酸差异数分别为1.636和0.327。
可见，豫北泥鳅种群具有较低的遗传多样性。
%In order to accurately evaluate the diversity of germplasm resources,to provide basic data and theoretical guidance for the genetic breeding of loach,the mtDNA 16S rRNA and 12S rRNA genes fragment of 1 1 individuals from the population ofM.anguillicaudatus from the Xinxiang of Henan were amplified by PCR.The genetic diversity and sequence variation were studied via Using Clustalw 2.0 and DNAsp 4.10 software.These results indicated that the sequence variation among individuals were 0.9 7% and 0.2 5%.The genetic divergence was exceptionally low and the evolution rate of 16S rRNA was four times that of 12S rRNA.For the mtDNA 16S rRNA and 12S rRNA genes,the average genetic distance among the haplotypes in the population was 0.002 7 and 0.001 6,and the haplotype diversity was 0.873and 0.327.The nucleotide diversity of the 11 individuals was 0.002 65 and 0.000 81,and the average number of nucleotide differences was 1.636 and 0.327.The results demonstrated that the genetic diversity of the population of M.anguillicaudatus from North Henan was very low and the protection for the population is necessary.【期刊名称】《河南农业科学》【年(卷),期】2014(000)011【总页数】5页(P137-140,146)【关键词】泥鳅;遗传多样性;16SrRNA基因;12SrRNA基因【作者】杜启艳;董方娟;常重杰【作者单位】河南师范大学生命科学学院，河南新乡 453007;河南师范大学生命科学学院，河南新乡 453007;河南师范大学生命科学学院，河南新乡 453007【正文语种】中文【中图分类】S917泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)隶属于鲤形目(Cypriniformes)花鳅亚科(Cobitidae)泥鳅属(Misgurnus)。
卵形鲳!线粒体１６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析
２０１０年第 ４期 彭金霞等，卵形鲳线粒体 １６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析
８３
图 ２ 引物 １６ＳＦ和 １６ＳＲ扩增片段的测序结果 Ｆｉｇ．２ ＳｅｑｕｅｎｃｅｏｆｔｈｅＤＮＡ ａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙｐｒｉｍｅｒｓ１６ＳＦａｎｄ１６ＳＲ
标尺示各位点在 １６ＳｒＲＮＡ基因全长中的位置；１、２、３、４、５代表个体编号
亚科 Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ 鲳亚科 Ｔｒａｃｈｉｎｏｔｉｎａｅ 亚科 Ｃａｒａｎｇｉｎａｅ
餷亚科 Ｓｅｒｉｏｌｉｎａｅ ?亚科 Ｃｈｏｒｉｎｅｍｉｎａｅ
属 Ｇｅｎｅｒａ 鲳属 Ｔｒａｃｈｉｎｏｔｕｓ
属 Ｃａｒａｎｘ
细属 Ｓｅｌａｒｏｉｄｅｓ 副叶属 Ａｌｅｐｅｓ 丝属 Ａｌｅｃｔｉｓ 圆属 Ｄｅｃａｐｔｅｒｕｓ 竹荚鱼属 Ｔｒａｃｈｕｒｕｓ 餷属 Ｓｅｒｉｏｌａ ?属 Ｓｃｏｍｂｅｒｏｉｄｅｓ
共测定了 １５个个体的 １６ＳｒＲＮＡ基因全长。比 较发现，个体内不同克隆间无序列差异，而 ５个个 体间存在第 ７１、７６９、１１５０位等 ３个 Ａ／Ｇ转换位点， ５７８、１１０４位等 ２个 Ｃ／Ｔ转换位点，１０７１位的 １个 Ｃ／Ａ颠换位点及 １６４４位的 １个 Ｔ碱基插入突变 （图 ３）。综合来看，５个个体分别具有 ５种不同的 基因型。因此，１６ＳｒＲＮＡ基因的序列在种群内个体 间存在丰富的变异，适用于种群内遗传多样性分析。 ２．３ 基于 １６ＳｒＲＮＡ序列的鲳科鱼类进化关系
基于形态特征和线粒体_16S_rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化
到的最大似然距离参数进行分析和系统重建。其 中 NJ 法使用 MEGA3.0 软件 [15]，Bootstrap 置信值估算
记录；所用的分子量标准为 DL2000（TaKaRa 产品）。 重复次数 1 000 次；ML 法通过数据分组策略，利用
PCR 产物用 UNIQ-10（上海生工）柱式纯化试剂盒纯 Treefinder 对 Modeltest 获得的参数构建树，Bootstrap
鱼 类 进 行 了 测 定（表 2）。 赤 鼻 棱 鳀 吻 突 出，吻 长 等 于眼径，上颌骨最短（为头长0.69 ～ 0.75倍），鳃耙数 最多（23 ～ 25 + 29 ～ 31，总数为52 ～ 56），臀鳍条较 少（28 ～ 31）。在吻短（其长小于眼径）的5个种中，
伸达腹鳍（其长为头长1.46 ～ 1.55倍）和鳃耙数较多 （13 ～ 14 + 18 ～ 19，总数为31 ～ 32），而与长颌棱鳀有 明显的区别，后者上颌骨几伸达肛门（为头长 2.29 倍）， 鳃耙数少（6 + 9，总数为 15）。中颌棱鳀与黄吻棱鳀上 颌骨均伸达胸鳍基部（其长分别为头长的1.02 ～ 1.17 倍和1.13 ～ 1.20倍），鳃耙分别为11 ～ 13 + 16 ～ 18（总
种类 Species
背鳍 D
臀鳍 A
鳃耙数 Rake
腹棱数 VS
上颌骨伸达（为头长倍数） Maxillary extends to
（Multiple of head length）
体长 /mm 吻长：眼径
SL
SnL：DE
杜氏棱鳀 T. dussumieri
I，13
34-36 13-14 + 18-19 15-16 + 8-9
基于16SrRNA和ND1基因序列的中国蚌科丽蚌属的系统发育
妹 群 ，而 无 齿 蚌 亚 科 是 珠 蚌 亚 科 ＋缓 行 蚌 亚 科 的姐 妹 群 。将 北 美缓 行 蚌 亚 科 方 蚌 属 ７个 种 的序 列 加 入 进 行 比较 ， 得 出 丽蚌 属 和北 美 的方 蚌 属 都 是 比 较 古 老 的类 群 ，它 们 的 亲缘 关 系 很 近 ， 可 能 来 自 共 同 的 祖 先 ［ 物 学 报 ５ 动 ３ （ ） ０４—１３ ，２０ ］ ６ ：１２ ００ ０７ 。
周 春 花 欧 阳珊 吴 小平 ｈ 黎 敏
１ 南 昌 大 学 生命 科 学 学 院 ，南 昌 ３０２ ． ３０ ９
２ 南 昌 大 学科 学 技术 学 院 ，南 昌 ３ ０ ２ ． ３０ ９ ３ 南 昌 工程 学 院 ， 昌 ３ ０ ２ ． 南 ３０９
摘
要
本 文 根 据 线 粒 体 Ｄ Ａ １ＳｒＮ Ｎ ６ Ａ基 因 和 Ｎ Ｉ 因 的部 分 核 苷 酸序 列构 建 了 中 国 蚌科 丽 蚌 属 的 分 子 系 统 发 Ｒ Ｄ 基
丽 蚌 （ ．ｏ ｕ ｍ ｌ ａ ） Ｌ ｃｒ ｕ － ｎ ｅ 、猪耳 丽蚌 （ ．ｏｈｃｏａｔ） ｎ ｕ Ｌ ｒ ｅｈ ｕ ｒ 。前 者 构 成 尖 丽 蚌 属 ，后 者仍 为丽 蚌 属 。 与 蚌 科 其 它 属 的 代 ｃ ｉ 表 种 比较 分 析 表 明 ：尖 丽 蚌 属 和珠 蚌 亚 科 的种 类 形 成 一 支 ，丽 蚌 属 和 缓 行 蚌 亚 科 的 种 类 形 成 一 支 ，无 齿 蚌 属 和 冠 蚌 属 形 成 一 支 。 由此 可 见 ，尖 丽 蚌 属 属 于 珠 蚌 亚 科 ，丽 蚌 属 属 于 缓 行 蚌 亚 科 。珠 蚌 亚 科 和 缓 行 蚌 亚 科 形 成 姐
ｔｒ ｏａ， Ｌ．ｃｉｔ ｏｔ ｓ ｕ ｓｒ ａ， Ｌ．ｉｎ ｉｅｓ ， Ｌ． ｂｏａ， Ｌ．ｏ ａａ； ｔｅ ｔｅ ｉｃｕ ｅ Ｌ．ｅ ｉ Ｌ．ａｅ ｔ ｐ ｔ ｔｎｎｉ ｅｓ ｓ ｉ ｆ ｒｓ ｚｎ ｔ ｈ ｏｈ ｒ ｎ ｌｄｓ １ ， ａ ｃｖａａ， Ｌ．ｏｕ ｕ －ｕ ａ ｃｒｕ ｍ ｆｎｅ， Ｌ．ｏｈｃｏ ａｔ． ｈ ｏｍ ｒｇｏ ｐｃ ｎｔｕｅ ｅｇ ｎ ｓＡ ｕａ ｐｏｕａ ｅｅｔｄｂ ｒｃｅｈ ｕ ｒ Ｔ ｅｆｒ ｅ ｒｕ ｏ ｓｉ ｔｄｔ ｅ ｕ ｃｌｍ ｒｔｌ ｒｃｅ ｙＷｕ （９ ８ ｉ ｔ ｈ １９ ），ｔｅｌｔ ｒｂ ｌｎｅ ｈ ｅ ｕ ｈ ａｔ ｅｏｇ ｄｔ ｔｅｇ ｎ ｓ ｅ ｏ
基于线粒体16S rRNA基因徂徕林蛙(R.culaiensis)与镇海林蛙(R.zhenhaiensis)的物种分化
摘
要 ：目前 对徂徕林 蛙的描述仅 限形态学分析 ， 对其与近缘 物种的分化 及物种有效性 尚缺
乏分 子生物学研究 。笔者 对徂 徕 林蛙 所 属长 肢林 蛙 种组 物 种及 其他 林 蛙属 物种 的线 粒体 １ ６ Ｓ ｒ Ｒ ＮＡ基 因部分序列进行分析 ， 得到序列长度 ５ ２ １ ｂ ｐ 。遗 传变异分 析显示徂 徕林蛙 与镇海林 蛙 以 及峨 眉林 蛙遗传距离很近（ 均为 ０ ． ９ ） ， 表 明徂徕林蛙 在进化 过程 中是一个 紧密连 接镇海林 蛙与 峨眉林蛙 的物种 。系统发育树分析显示徂徕林蛙与镇海林蛙构 成姐妹群 ， 徂徕林 蛙与镇海林 蛙处 于物 种分 化过程中的并系阶段 ， 其 物种 分化还未完全完成 。
沈 阳师范大学学报（ 自然科学版）
第３ １ 卷
基 因进 行 了测序 ， 并 结 合 本 实 验 室 已发 表 的寒 露 林 蛙 和 中 国林 蛙 序 列 ［ ９ 以及 在 Ｇｅ ｎ Ｂ ａ ｎ ｋ收 集 的数 据ｌ １ ３ ＿ 进 行 了分 析 。其 中作 为 内群 的有 长肢 林 蛙 种组 物 种 ： 徂 徕林 蛙 （ Ｒ．ｃ ｕ ｌ ａ ｉ ｅ ｎ ｓ ｉ ｓ ） 、 寒露林蛙 （ Ｒ．
第３ １ 卷 ２ ０ １ ３年
第 ２ 期 ４ 月
沈阳师范大学学报 （ 自然 科 学 版 ）
Ｊ ｏ ｕ ｒ ｎ ａ ｌ ｏ ｆ Ｓ ｈ ｅ ｎ ｙ ａ ｎ ｇ Ｎｏ ｒ ｍａ ｌ Ｕ ｎ ｉ ｖ ｅ ｒ ｓ ｉ ｔ ｙ（ Ｎａ ｔ ｕ ｒ ａ ｌ Ｓ ｃ ｉ ｅ ｎ ｃ ｅ ）
Ｖｏ １ ． ３ １ Ｎｏ ． ２
ＡＤ ｒ ．２ ０ １ ３
文章编号 ：１ ６ ７ ３ —５ ８ ６ ２ （ ２ ０ １ ３ ） ０ ２ —０ １ ４ ３— ０ ５
基于线粒体16S rRNA基因对中国狼蛛科(Lycosidae)系统发育研究
收稿 日期 （ ｅｅ ｅ ）２ ０ ．２０ Ｒ ｃｉ ｄ ：０ ７０ －９ ｖ
ＮＡ １ＳｒＮＡ序列进行 比较 ； －６ Ｒ 以漏 斗蛛科 １ 种蜘蛛作 为外 群 ， 对碱基序列 的组成和遗传距 离进行了分析 ， 采用
Ｂ ｙｓ ｎ方法 和最大简约法（ ） ａｅｉ ａ ＭＰ 构建分子系统树 。研究 结果 表明 ：６ ＮＡ基 因的部分序列为 ３ ０ｂ １Ｓｒ Ｒ ４ ｐ到 ３ ０ ６
维普资讯
蛛 形 学 报 Ａｃ Ａｒｃ ｌｇｃ Ｓｎｃ， ｖ ２ ０ ，６ ２ ：５７ ｔ ａｌ ｏｉａ ｉｉ Ｎｏ ． ０ ７ （ ）６ ．１ ａ ｍｏ ａ Ｉ
ＩＳ ０ ５９ ２ Ｓ Ｎ ｌ０ ．６ ８
基于线粒体 １ Ｓｒ Ｎ ６ Ｒ Ａ基 因对 中国狼蛛科 （ ｙ ｏｉａ） Ｌ ｃ ｓ ｅ系统发 育研 究 ｄ
道 种类 已超 过 ３ ０ ０种 ， 泛分 布 于全球 各地 ， 国报 道 １５ ， ０ 广 我 ３ 种 适应 各种 类 型 的生 态环 境 。狼 蛛多 数 为 不结网、 游猎 型蜘 蛛 ， 数结 漏 斗形 网 ， 留了原 始 习性 ， 少 保 它们 是 害虫 的主要 天 敌 。 于狼蛛 科 蜘蛛 ， 对 目前 子系统发育关系的研究 。 而国内从分子水平上对狼蛛进行系统分析和属间定位 的 研究非常少 ， 罗育发 ， 颜享梅（０６ 利用 ｍ Ｄ Ａ的 １Ｓ Ｒ Ａ基 因探讨了狼蛛的分子系统发育关系。 ２０ ） ｔＮ ２ Ｎ ｒ 本 文测定 了 中国狼蛛 科 ４亚 科 ６属 ２ 种 的线粒 体 １ＳｒＮＡ基 因 的部 分序 列 ， ６ ６ Ｒ 以漏 斗 蛛科 １ 蜘 种
基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究
基于线粒体COI和16S rRNA基因的中国沿海相手蟹系统发育研究徐岩;潘红平;阎冰;高霆炜;吴斌;杨明柳【摘要】The species in the family of Sesarmidae are among the species mostly difficult to be differentiated taxo-nomically in the Superfamily Grapsoidea because of their morphological similarity. The analysis of partial se-quences of mitochondrial COI gene and 16S rRNA gene of 14 species in 8 genera of Sesarmidae for their molecular phylogenetics reveals that the percentages of sequence divergences of 14 species of Sesarmidae are from 5.7% to 14.5% and from 1.5% to 12.1%, both indicating that the species difference are significant. The phylogenetic trees show that the 14 species are separate and valid species and 4 species of Parasesarma and 3 species of Perisesarma are not 2 independent clades but clustered into 1 clade. Chiromantes dehaani and Sesarmops sinensis are clustered into one clade and then clustered with C. haematocheir into another clade, inconsistent with their morphological classification. The complicated molecular phylogenetic relationship among the species of Sesarmidae suggests that the species in the family of Sesarmidae might have polyphyletic origin, and their interspecific relationship or inter-genus relationship need to be clarified.%相手蟹科的诸多种类因其形态极其相似成为方蟹总科分类中疑问较多的一个类群.通过对中国沿海相手蟹线粒体COI和16S rRNA基因序列进行分子系统发育分析,结果表明14种相手蟹COI和16S rRNA 基因序列之间差异分别为5.7%～14.5%和1.5%～12.1%,均达到了种间差异水平.构建的系统发育树显示,14种相手蟹分别为独立有效物种,但分属于拟相手蟹属和近相手蟹属的4种拟相手蟹和3种近相手蟹,没有分别形成2个独立的支系,而是混合聚成一大支系.而属于螳臂相手蟹属的无齿螳臂相手蟹则首先与属于中相手蟹属的中华中相手蟹聚成一支,再与红螯螳臂相手蟹聚为一大支,表现出与形态分类的不一致.错综复杂的分子系统关系预示着相手蟹类为多系起源,也表明它们之间的种间关系乃至于属间关系尚有诸多问题有待进一步厘定.【期刊名称】《海洋学报（中文版）》【年(卷),期】2019(041)008【总页数】9页(P63-71)【关键词】相手蟹;线粒体DNA;COI基因;16S rRNA基因;系统发育【作者】徐岩;潘红平;阎冰;高霆炜;吴斌;杨明柳【作者单位】广西大学动物科学技术学院,广西南宁 530004;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000;广西大学动物科学技术学院,广西南宁 530004;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000;广西科学院广西红树林研究中心广西红树林保护与利用重点实验室,广西北海 536000【正文语种】中文【中图分类】Q959.2231 引言相手蟹隶属于方蟹总科（Grapsoidea），相手蟹科（Sesarmidae），种类繁多，多数生活于红树林生态系统中[1-2]。
线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展
线粒体DNA12SrRNA、16SrRNA研究进展宋洁;张小芳;刁雪淘;金梅【期刊名称】《安徽农学通报》【年(卷),期】2008(014)009【摘要】动物线粒体DNA是共价闭合的环状双链DNA,在真核生物具有高保守性,使其成为了研究物种进化的一种常用的标记,并为线粒体起源提供了有价值的线索.通过动物线粒体DNA从分子水平上研究类群的系统关系,获得种群遗传多态性的资料及建立种群遗传标记,对类群系统关系研究有重要意义.【总页数】3页(P42-43,37)【作者】宋洁;张小芳;刁雪淘;金梅【作者单位】辽宁师范大学生命科学学院,辽宁大连,116029;辽宁师范大学生命科学学院,辽宁大连,116029;辽宁师范大学生命科学学院,辽宁大连,116029;辽宁师范大学生命科学学院,辽宁大连,116029【正文语种】中文【中图分类】Q522【相关文献】1.湖南郴州非综合征型聋患者GJB2、SLC26A4和线粒体DNA12SrRNA基因突变分析 [J], 胡鹏;邓忠;谭东辉;赖若沙;朱发梅;谢鼎华2.国内线粒体DNA12SrRNA A1555G突变的流行病学文献分析 [J], 纪育斌;王秋菊;兰兰;王卉;史伟;刘穹;满荣军;韩东一3.青海省部分聋校学生线粒体DNA12SrRNA A1555G和GJB2基因突变筛查报告[J], 惠培林;郭玉芬;鲍晓林;刘晓雯;王大勇;韩明琨;周瑜;赵翠;王秋菊4.29个近亲结婚致聋核心家系GJB2、SLC26A4和线粒体DNA12SrRNA基因分析 [J], 鲍晓林;韩东一;郭玉芬;王秋菊;刘晓雯;韩明鲲;赵翠;赵亚丽;王大勇;兰兰5.河北涿州、高碑店市特教学校非综合征性聋分子病因学分析——GJB2 235delC 突变、SLC26A4 IVS7-2A＞G突变和线粒体DNA12SrRNA A1555G突变筛查报告 [J], 宋任东;袁永一;戴朴;林拥军;于飞;刘新;刘丽贤;李梅;袁慧军因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于12S、16S和Cyt b基因部分序列的丽棘蜥系统发育分析
树 ， 讨它们的系统发育关系。 探 ＭＰ、 和 ＭＬ分 子 系 统 树 聚 类 的 结 果 显示 ： 蜥 亚 目、 虎 亚 目 、 蜥 亚 目 、 ＮＪ 蛇 壁 蚓 石 龙 子亚 目和 鬣蜥 亚 目能 够 完 全 分 开 ， 亚 目和 蜥 蜴 亚 目在 有 鳞 目中 为 姐 妹 支关 系 。 蛇 关 键词 ： 棘 蜥 ；２ Ｒ 丽 １ Ｓ ＮＡ 基 因 ；６ Ｒ １ Ｓ ＮＡ 基 因 ； ｙ 因 ； Ｃｔ ｂ基 系统 发 育 中 图 分 类 号 ： ５ Ｑ９ １ 文献标识码 ： Ａ 文章 编 号 ：Ｏ ｌ６ ｏ （ｏ ２ Ｏ一０ １０ ｌ Ｏ 一６ｏ ２ １） ｌ０ ７—６
．
～
７ ２
广 西 师 范 大学 学 报 ： 自然 科学 版
第３ ｏ卷
１ 材料 与 方 法
１ １ 材 料 ． 丽棘 蜥 Ａｃｎｈ ｓｕａｌ ｉ ｏ ａｔ 。 ａ ｔｏａ ｒ ｐｄ ｇ ｓ ｒ ｅ ｅ １ ２ 方 法 ．
１ ２ １ 总 ＤＮ 提 取 ．． Ａ
基 因组 ＤＮＡ 的提取 用改进 的 Ｓ Ｓ 蛋 白酶 Ｋ 方法 Ｅ］ Ｄ ／ ｌ。 Ｏ １ ２ ２ 引物 设计 与 Ｐ Ｒ扩增 ．． Ｃ
参照 已知 的有 鳞 目动物 的线粒 体 序列 ， 设计 了扩 增 １ Ｓ ２ ＲＮＡ、 ６ ＲＮＡ 和 Ｃ ｔ １Ｓ ｙ 因 的部分 片段 的 ３ ｂ基
对引物：
１ ＳＲＮＡ— ｌ： ＇ＡＡＡＡＡＧＣＴＴＣＡＡＡＣＴＧＧＧＡＴＴＡＧＡＴＡＣＣＣＣＡＣＴ一 ． ２ ｂ ５－ ３ １ ＳＲＮＡ— ２： ＴＧＡＣＴＧＣＡＧＡＧＧＧＴＧＡＣＧＧＧＣＧＧＴＧＴＧＴ一 ２ ｂ ５ ３． １ ＳＲＮＡ— ５： ＣＧＣＣＴＧＴＴＴＡＣＣＡＡＡＡＡＣＡＴ一 ６ ｂ ５ ３。
１ ＳＲＮ Ａ — ６： ＣＣＧ ＧＴ ＣＴ ＧＡ ＡＣＴ ＣＡＧ Ａ ＴＣＡ ＣＧＴ 一 ， ６ ｂ ５一 ３
基于16SrRNA部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系
第32卷第6期2008年11月水 产 学 报J OURNAL OF FISH ERIES OF CHINAVol.32,No.6Nov.,2008收稿日期:2007209222资助项目:国家自然科学基金(30771652);华南农业大学校长基金(K 06141)作者简介:郑文娟(1982-),女,浙江湖州人,硕士,从事鱼类分子遗传的研究,E 2mail :zhengwj 37965@ 通讯作者:邹记兴,E 2mail :zoujixing @文章编号:1000-0615(2008)06-0847-08基于16S r RNA 部分序列探讨12种鲹科鱼类的分子系统进化关系郑文娟1,2, 朱世华1,2, 邹记兴3, 杨迎春1,2, 沈锡权1(1.宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室,浙江宁波 315211;2.宁波大学生命科学与生物工程学院生物系,浙江宁波 315211;3.华南农业大学动物科学学院,广东广州 510642)摘要:通过PCR 扩增获得了中国海域的鲹科(Carangidae )8属9种的线粒体16S rRNA 序列片段约598bp 碱基,结合来自GenBank 的3种鲹科鱼类的相应片段序列,并以大斑石鲈为外群,生成供系统发育分析的序列矩阵,利用M EGA version 310软件分析序列的碱基组成、差异百分比和转换/颠换值等,应用最大简约法和邻接法构建系统树。
结果显示:(1)鲹科鱼类的16S rRNA 序列片段生成的序列矩阵中发现有碱基的插入和缺失,共有146bp 变异位点,转换/颠换值为2117,表明基因序列的突变未达到饱和,碱基平均差异为8122%;(2)支持鲹科下设四个亚科(鲹亚科,亚科,鲳鲹亚科,鲹亚科)阶元的分类系统;(3)鲹亚科鲹属下不宜设亚属分类阶元;(4)及达副叶鲹与丽叶鲹亲缘关系近,16S rRNA 序列片段碱基只有1107%的差异,未达到分属水平。
关键词:鲹科;线粒体DNA ;16S rRNA 序列;系统发育中图分类号:S 917 文献标识码:A 鲹科(Carangidae )属鲈形目(Perciformes ),是重要的海水经济鱼类,广泛分布在世界的三大洋(印度洋、太平洋、大西洋),尤其是热带或亚热带海域。
基于线粒体12SrRNA基因部分序列的6种浙南海域舌鳎属鱼类系统进化研究
２１ ０ ２年 ３月
科 技 通 报
ＢＵＬＬＥＴＩ ０Ｆ Ｎ ＳＣＩ ＥＮＣＥ ＡＮＤ ＴＥＣＨＮＯＬＯＧＹ
Ｖｏ ．８ ｏ ３ １ Ｎ ． ２
Ｍａ ． ２ ２ ｒ ０１
基 于线 粒体 １ Ｓｒ Ｎ Ａ基 因部 分 序 列 的 ６种 浙 南 ２ Ｒ 海域舌鳎属鱼类 系统进化研 究
摘
要 ： 浙 江 南 部 沿 海 的 ６种 舌 鳎 属 鱼 类 线 粒 体 １Ｓｒ Ｎ 对 ２ Ｒ Ａ序 列 进 行 扩 增 ， 到 长 度 约 为 ３ ６ｂ 得 ４ ｐ的
片 段 。利 用 Ｍ ＧＡ ｅ ｉ ３ Ｅ ｖｒ ｏ ． 件 分 析 了 ６ 鱼类 的 序列 特 征 ， 测 到 １０个 变 异 位 点 ， 中简 约 信 息 ｓ ｎ ０软 种 检 ０ 其 位 点 ４ 个 ， 入 缺 失 位 点 １ 个 ； 均 Ａ ＴＣ Ｇ 为 ５ ． ４ ． 。所 有 序 列 的 转 换 颠 换 比 （Ｓｒ 为 ３ 插 １ 平 ＋ ：＋ ７ ％： ８ ２ ３％ Ｔ 厂Ｖ）
（ ． ｃ ｏ ｌｏ ｖ ｃｅ ｃ ｓ Ｗ ｅ ｚ ｏ ｄｃ ｌｃ ｌ ｇ Ｗ ｅ ｚ ｏ ２ ０ ０， １ Ｓ ｈ ｏ ｆｌ ｅｓｉｎ ｅ ， ｎ ｈ ｕｍｅ ｉａ ｏｌ ｅ， ｎ ｈ ｕ３ ５ ０ ｉ ｅ
Ｃ ｉ ； ． ｈ ａ ｇＭ ｒ ｕｔｒ ｅｅｒｈＩｓｔｔ， ｎｈ ｕ３ ５ ０ ， ｈｎ ； ｈｎ ２ Ｚ ￣ｉ ａｉ ｌ ｅＲ ｓａｃ ｔｕ Ｗｅｚｏ ２０ ５ Ｃ ｉａ ａ ｎ ｃ ｕ ｎｉｅ
３ Ｚ ｅ ａｇＫ ｙＬｂ ｒｔ ｙｏ ｘ ｌ ｔｉｎａ ｄＰｅｅｖｔ ｎｏ ｏｓ ｌ ｉ— ｓｕｃ ， ｎｈｕ３ ５０ ，ｈｎ ） ． ｈｊ ｎ ｅ ａ ｏａ ｒ ｆ ｐｏ ａ ｏ ｎ ｒｓｒａ ｏ ｆ ａｔ ｏｒ ｏｒｅＷｅ ｚｏ ２ ０ ５ Ｃ ｉ ｉ ｏ Ｅ ｉｔ ｉ Ｃ ａＢ ｅ ａ ＡｂｔａｔＴ ｉ ｓ ｄ ａ ｌｄｓ ，ｏ ｓ ｆ ｈｓ ｎｔｅｓｕｈｒ ｏｓｏ ｈｊ ｎ ｒ ｉｃ ， ｎ ｍｐｉｅ ｅｐ ｒａ ｓ ｃ ：ｈｓ ｔ ｙｓｍｐｅ ｘＣ ｎ ｏｓ ｉ ｅ ｏｔｅｎｃａｔ ｆ ｅ ａｇＰｏ ｎｅ ａｄａ ｌ ｄｔ ａｔ ｌ ｒ ｕ ｉ ｓ ｉ ｈ Ｚ ｉ ｖ ｉ ｆ ｈ ｉ
基于线粒体部分基因序列重构张氏树蛙属系统发育关系
第42卷第5期Vol.42No.5丽水学院学报JOURNAL OF LISHUI UNIVERSITY2020年9月Sept. 2020基于线粒体部分基因序列重构张氏树蛙属系统发育关系余水生！，陈智强2,王卫东！，张英川!!张乃芳乔芬2(1.遂昌县林业发展中心，浙江遂昌323300;2.丽水学院生态学院，浙江丽水323000)摘要：通过比较28种张氏树蛙属物种的12S rRNA-tRNA™*-16S rRNA部分片段序列，并用同科的2种树蛙属物种为外群构建系统发育进化树，以探讨该属28种树蛙的系统发育关系。
结果显示：张氏树蛙属系统进化树具有两大分支；安徽树蛙与丽水树蛙之间、峨眉树蛙与蓝面树蛙之间的遗传距离均为1.1%。
基于现有数据分析,推测安徽树蛙与丽水树蛙、峨眉树蛙与蓝面树蛙均为同物异名或亚种。
关键词：树蛙科；张氏树蛙属；系统发育关系doi:10.3969/j.issn.2095-3801.2020.05.004中图分类号:Q9516.3文献标志码:A文章编号:2095-3801(2020)05-0024-07Phylogenetic Relationships from Genus Zhangixalus Based onMitochondrial Partial SequencesYU Shuisheng1,CHEN Zhiqiang2, WANG WeiJong1,ZHANG Yingchuan1,ZHANG Naifang1,QIAO fen2(l.Suichang Forestry Development Center,Suichang323300,Zhejiang;2.Faculty of Ecology,Lishui University,Lishui323000,Zhejiang)Abstract：We assessed the phylogenetic relationships of28species from genus Zhangixalus by comparing the partial sequences of12S rRNA-tRNAval-16S rRNA and constructing Phylogenetic trees using2species from genus Rhacophorus as an outgroup.Our results showed that all species were divided into two sister groups.The genetic distances between Zhangixalus Ushuiensis and Zhangixalus zhoukaiyae and between Z.omeimontis and Z. duboisi were both1.1%.Therefore,it is speculated that huiensis and Z.zhoukaiyae,Z.omeimontis and Z. duboisi may be synonymous or subspecies.Keywords:Rhacophoridae;Zhangixalus;phylogenetic relationship收稿日期:2020-07-07;修回日期：2020-07-15基金项目：生态环境部南京环境科学研究所委托项目“虎纹蛙调查与保护成效评估”(2019-2-4-6)、“景宁和松阳2县两爬类本底调查与评估”(20-04-01);丽水市重点研发计划项目“丽水市山地药用脊椎动物资源的开发利用”(SH2017001)、“黑斑蛙、棘胸蛙绿色高效产业化养殖技术研发"(2020ZDYF07);县发展中心委托项目“遂昌东南部生脊椎动物样性调查和保护项目”(20-07-01)作者简介:余水生，男，浙江昌，高级第5期余水生，陈智强,王卫东，等:基于线粒体部分基因序列重构张氏树蛙属系统发育关系25物种名录是进行生物多样性研究、保护、利用以及管理的重要基础资料叫随着分子技术的发展，越来越多的两栖动物新种和新记录被描述叫一些珍稀两栖动物隐存种被证实叫仅在2015—2019年间，中国新增两栖动物新记录18种,新描述或恢复有效种74种叫同时，基于分子技术证实湍蛙属的物种多样性远被低估〔1。
一种基于线粒体16s基因分析等边浅蛤遗传结构的方法[发明专利]
![一种基于线粒体16s基因分析等边浅蛤遗传结构的方法[发明专利]](https://img.taocdn.com/s3/m/935bd52faa00b52acec7ca78.png)
专利名称：一种基于线粒体16s基因分析等边浅蛤遗传结构的方法
专利类型：发明专利
发明人：叶莹莹,徐鸣,冯鉴童
申请号：CN201910974651.3
申请日：20191014
公开号：CN110714084A
公开日：
20200121
专利内容由知识产权出版社提供
摘要：本发明涉及等边浅蛤遗传结构分析技术领域，公开了一种基于线粒体16s基因分析等边浅蛤遗传结构的方法，包括以下步骤：1）取浅蛤闭壳肌冰冻保存；2）对闭壳肌进行DNA提取（3）设计线粒体16S rRNA基因作为引物，采用25μL 反应体系进行PCR扩增测序；4）对测序结果进行比对校正，得到遗传多样性参数并计算，分析等边浅蛤遗传结构。
本发明中线粒体DNA作为生物体种系发生的“分子钟”突变率高，因此会很快地积累大量的核苷酸置换，选择线粒体16s基因作为分子标记可以进行比较分析，有利于检查出在较短时期内基因发生的变化，比较不同地理群体的等边浅蛤的相同基因之间的差别，更方便于分析其遗传结构，并且步骤简便。
申请人：浙江海洋大学
地址：316022 浙江省舟山市定海区临城街道海大南路1号
国籍：CN
代理机构：杭州杭诚专利事务所有限公司
代理人：尉伟敏
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不同地理种群栗瘿蜂的mtDNA的16S rRNA基因部分序列及其系统进化关系分析
不同地理种群栗瘿蜂的mtDNA的16S rRNA基因部分序列及其系统进化关系分析范斌;贺一原;朱道弘【摘要】对福建福州、湖南怀化、河北保定、山东泰安、湖南浏阳、广西桂林6个不同地理种群栗瘿蜂的线粒体16S rRNA基因测序,并用Mega 4.0软件进行分析,结果表明:T、C、A、G碱基平均含量分别为42.6%、8.1%、41.5%、7.8%,(A+T)含量(84.1%)明显高于(C+G)含量(15.9%).这6个地理种群遗传距离平均值为0.398 0.保定、泰安、浏阳3个群体亲缘关系较近;而福州、怀化、桂林种群亲缘关系较近.【期刊名称】《湖南师范大学自然科学学报》【年(卷),期】2010(033)003【总页数】5页(P78-82)【关键词】栗瘿蜂;种群;线粒体基因;16S rRNA;系统进化【作者】范斌;贺一原;朱道弘【作者单位】中南林业科技大学昆虫行为与进化生态学实验室,中国,长沙,410004;中南林业科技大学昆虫行为与进化生态学实验室,中国,长沙,410004;中南林业科技大学昆虫行为与进化生态学实验室,中国,长沙,410004;湖南第一师范学院,中国,长沙,410205【正文语种】中文【中图分类】Q343.1栗瘿蜂(Dryocosmus kuriphilus Yasumatsu)属膜翅目(Hymenoptera)瘿蜂科(Cynipidea)栗瘿蜂属，每年发生1代，主要危害板栗(Castanea mollissima)，也危害茅栗(C.sequinii)和锥栗(C.henryi)．被害枝不能抽发新梢，严重时枯死，不仅影响当年生长和结果，而且影响次年的产量，是危害我国栗树生长和结果的主要害虫之一．该虫分布于陕西、湖北、湖南、福建等我国大部分板栗产区，日本、朝鲜等国也有报道[1-3]．线粒体DNA(mitochondrial DNA， mtDNA)是核外DNA，由于它具有分子结构稳定，母性遗传、替换速率相对快及缺少重组等特征，已成为昆虫分子系统学常被选择的研究对象[4]．对于栗瘿蜂而言，因为其特殊的生殖机制(孤雌生殖)，使得栗瘿蜂线粒体DNA成为其进化研究中一种有用的分子标记．而16S rRNA基因又是线粒体上进化速率中等的基因，适合于较高分类单元的系统发育进化的研究．目前，国内对栗瘿蜂研究主要集中在生活史、发生规律和防治策略等方面，而分子水平研究尚未见报道．本研究以栗瘿蜂线粒体内16S rRNA基因作为分子标记，对福建福州、湖南怀化、山东泰安、河北保定、湖南浏阳、广西桂林6个栗瘿蜂地理种群的线粒体DNA进行了序列测定和分析，为我国栗瘿蜂的分子进化提供理论依据．1 材料和方法1.1 材料实验所用栗瘿蜂的虫瘿分别于2005年7月采自福建福州、湖南怀化、山东泰安、河北保定，2009年7月采自湖南浏阳、广西桂林．采集的虫瘿于实验室置于养虫笼(40 cm×40 cm×20 cm)内保存，成虫羽化当日收集的成虫以无水乙醇浸泡，于-20 ℃的冰箱保存备用．1.2 样品DNA的提取栗瘿蜂1个体置于装有100 μL STE 缓冲液(100 mmol/L NaCl，10 mmol/LTris-HCl，1 mmol/L EDTA，pH 8.0)的Eppordef管(1.5 mL)内，将其充分捣碎．加质量分数为10%的SDS溶液10 μL，并加2 μL蛋白质分解酶K(20 g/L)，以快速混匀器(XL96-B)混匀，置于电热恒温水浴锅(DK-98-1)内，37 ℃水浴30 min．加100 μL PCL (苯酚、氯仿、异戊醇体积比为 25∶24∶1)进行抽提，台式离心机(TG16-WS)离心10 min，转速为5000 r/min(下同)；提取上清液，再加100 μL PCL二次抽提，并二次离心(10 min)．离心后的抽提液加入10 μLNaAc(3 mol/L)和250 μL无水乙醇，-20 ℃过夜．过夜后的样品以落地式冷冻离心机(J-25)低温(5 ℃)离心20 min，转速为14 000 r/min(下同)；去上清液，用体积分数为75 %的冷无水乙醇洗涤后再低温离心20 min，去上清液并常温干燥．所得的DNA样品加50 μL T E 缓冲液，于4 ℃过夜，-20 ℃保存备用．1.3 PCR扩增PCR扩增的上游、下游引物分别为：5-TRACTGTRCAAAGGTAGC-3；5-TTAATTCAACATCGAGGTC-3[5](上海生工生物有限公司合成)PCR反应体系为50 μL，其中10×Buffer(10 mmol/L)5 μL，dNTP(10mmol/L)1 μL，上下引物(10 μmol/L)各1 μL，Taq 酶(2.5 mol·min-1·L-1)1 μL，DNA 1 μL，双蒸水补足50 μL．扩增条件为96 ℃预变性3 min，接着进行35个热循环：96 ℃变性15 s，49 ℃退火15 s，72 ℃延伸15 s，循环完成后在72 ℃延伸10 min．扩增产物用质量分数为1.2%的琼脂糖凝胶于0.5×TBE 缓冲液中电泳，电压70 V，电泳时间约1 h．电泳后以溴化乙锭(EB)染色30 min，经凝胶成像系统检测并拍照．DNA 分子量采用佳和生物科技有限公司的Mark DL2000标记．每次PCR扩增均设双蒸水的阴性对照．1.4 16S rRNA基因序列测定和分析扩增产物经凝胶成像系统检测后，将PCR产物送北京天根生化科技有限公司纯化回收，进行双向测序，以确保序列的可靠性．使用Clustal X 1.81软件对所得栗瘿蜂线粒体16S rRNA基因序列进行排列比对，然后将序列在NCBI中用BLAST进行相似性搜索，确定扩增的片段为目标基因序列．利用Mega 4.0中的双参数模型计算各种群的遗传距离，以落叶松种子小蜂(Eurytoma laricis Yano)为外群，并用邻近法(NJ)，最小进化法(ME)，非加权配对算术平均法(UPGMAN)重建系统进化树，系统进化树中结点的自举检验置信度以1 000次自导复制计算估计．2 结果2.1 PCR扩增结果从图1可见，栗瘿蜂16S rRNA的PCR扩增产物经凝胶电泳检测后，大约在430～470 bp之间，为实验扩增的目的基因范围，且条带清晰无杂带，选取亮而且清晰的条带纯化后测序．2.2 6个不同地理种群的栗瘿蜂16S rRNA基因序列比较经Mega4.0软件分析得出，保定种群、泰安种群、浏阳种群、福州种群、桂林种群、怀化种群这6个种群的差异非常明显，碱基的缺失、插入、转换和颠换现象严重．2.3 6个不同地理种群的栗瘿蜂16S rRNA基因序列组成分析综合从NCBI检索获得的其他栗瘿蜂科中枝跗瘿蜂(Ibalia)的16S rRNA基因序列进行比对，同源性达80%以上，说明所得序列为栗瘿蜂科16S rRNA基因序列．利用Mega 4.0软件统计出这6个不同地理种群的栗瘿蜂16S rRNA基因序列间变异位点和A、T、C、G的平均含量．其中，保守位点(C)88个，变异位点(V)270个，简约信息位点(Pi)155个，自裔位点(Si)15个，分别占24.6%、75.4%、43.3%、32.1%．T、C、A、G碱基平均含量分别为42.6%、8.1%、41.5%、7.8%，其中(A+T)含量(84.1%)明显高于(C+G)含量(15.9%)．2.4 6个不同地理种群的栗瘿蜂16S rRNA基因碱基转换/颠换数及遗传分析根据16S rRNA基因序列，通过Mega4.0软件分析出6个不同地理种群的栗瘿蜂的遗传距离为0.168 4～0.538 7，平均遗传距离为0.398 0．由表1可以看出桂林和怀化种群间的遗传距离最小(0.168 4)，亲缘关系最近；浏阳和桂林种群间的遗传距离最大(0.538 7)，亲缘关系最远．整个部分序列中，核苷酸的转换/颠换(TS/TV)平均值为0.4，替换以颠换为主，并且各序列变异位点颠换多于转换(表1)．表1 目的基因16S rRNA的序列转换/颠换数与遗传距离泰安保定浏阳福州怀化桂林泰安18/4618/5850/8651/8268/99保定0.181 822/5254/7853/7851/94浏阳0.191 90.232 342/9942/10050/88福州0.508 40.528 60.542 122/5215/66怀化0.515 20.508 40.515 20.229 011/46桂林0.521 90.535 40.538 70.252 50.168 4注：对角线上三角的数据为转换/颠换数，对角线下三角的数据为遗传距离.当转换/颠换比值小于2.0时，此基因序列突变达到饱和状态，受进化噪音的影响可能性较大[6]．本研究中的6个地理种群的转换/颠换比平均值为0.4，说明栗瘿蜂的突变已经达到了饱和状态，在重建系统树时受饱和效应的影响也越大．为了避免碱基替换饱和分析对系统进化树分析的影响，本文以遗传距离为横坐标，转换数和颠换数为纵坐标进行散点分析(图2)．分析结果显示，颠换的数值明显高于转换的数值，随着遗传距离的增大，颠换数增加的速度大于转换数，且转换数趋于稳定，而颠换数呈直线上升的趋势．转换和颠换的比率随着遗传距离的增加也并未出现饱和状态，而是呈稳定性的线性增长，因此，在分析中将所有的转换和颠换信息应用于系统进化树的构建．M:Marker2000；1:保定；2:泰安；3:浏阳；4:怀化； 5:福州；6:桂林；7:阴性对照图1 栗瘿蜂6地理种群16S rRNA基因的PCR扩增图2 栗瘿蜂6地理种群碱基替换饱和分析2.5 6个不同地理种群的栗瘿蜂16S rRNA分子系统进化树利用Mega 4.0中的双参数模型分析，以落叶松种子小蜂(Eurytoma laricis Yano)为外群，用邻近法(NJ法)，最小进化法(ME)，非加权配对算术平均法(UPGMAN)重建系统进化树，系统进化树中结点的自举检验置信度以1 000次重复估计计算(图3～图5)．图3 基于16S rRNA基因序列构建不同地理种群的栗瘿蜂的NJ树图4 基于16S rRNA基因序列构建不同地理种群的栗瘿蜂的ME树图5 基于16S rRNA基因序列构建不同地理种群的栗瘿蜂的UPGMAN树利用NJ、ME、UPGMAN分析得到的分子系统发育树拓扑结构基本一致，6个不同地理种群大致可以分为两个支系，第一个支系由保定、浏阳、泰安种群组成，并有着极高的置信度(100%)，说明这三者之间具有较近的亲缘关系；第二个支系由福州、桂林、怀化种群组成，前期已经出现分化，且置信度相对较低．从总体上看，这6个地理种群在聚类上呈现出一种平行式的分布关系，并没有因为地理环境的远近而显示出相应的差异性，如空间位置相距较远的浏阳和泰安种群并不一定存在大的差异，而较近的怀化和浏阳种群的差异反而更加显著．3 结论与讨论mtDNA 16S rRNA既具有保守性，又具有高变性．保守性能够反映出物种的亲缘关系，为系统发育重建提供线索，高变性则能揭示出物种的特征核苷酸序列，是属种鉴定的分子基础．目前国内外对昆虫16S rRNA的报道较多，但对栗瘿蜂的16S rRNA研究还尚未见报道，而对栗瘿蜂的研究又主要集中在对其生物学特性、发生和防治等方面，如任淑艳[7]，黄汉杰[8]等；在分子水平上的研究也仅见于贺一原[1-2]和朱道弘[1-2]对栗瘿蜂的Wolbachia感染研究．国外对瘿蜂科的其他种研究较多，如Dowton M.[9]对枝跗瘿蜂(Ibalia)16S rRNA的研究，Buennige M.[10]对食榕小蜂(Sycophila)的研究等．本研究对我国栗瘿蜂线粒体DNA 16S rRNA基因序列测定和分析，在一定程度上能为栗瘿蜂的系统演化提供分子生物学方面上的证据．对基因序列进行分析，结果表明，T、C、A、G碱基平均含量分别为42.6%、8.1%、41.5%、7.8%，其中(A+T)含量(84.1%)明显高于(C+G)含量(15.9%)，表现出明显的A+T碱基偏嗜，且A和T碱基含量相当，这与Simon[11]等报道的昆虫线粒体基因的碱基组成特征基本一致．本文所示的6个不同地理种群的栗瘿蜂16S rRNA基因片段中具有较多的转换、颠换、插入和缺失现象，这可能是由于16S rRNA基因是一非编码蛋白基因，在进化中所受到的选择压力相对较小的缘故[12]．尽管建树方法的设置参数不同，但是，这6个不同地理种群的分化趋势大致相同，即：泰安、保定、浏阳种群亲缘关系较近，福州、桂林、怀化种群分化程度较高．分化原因可能与栗瘿蜂的生活习性相关，因栗瘿蜂的迁飞能力弱，很难远距离的转移，在地理隔离的作用下，栗瘿蜂由于寄主、气候等外界环境因素的影响，向着适应自己环境的方向进化．另一方面，种群突变和遗传漂变也是导致遗传距离差异的重要因素．系统拓扑树上的有些分支的置信度不是太高，许多低于70，如NJ上的保定种群和浏阳种群甚至低到49，其原因可能是所研究的序列片段太短(450左右)，不能提供足够的遗传信息[13]．另外，整个实验过程中所选择的地理种群少，并没有完全反映出我国栗瘿蜂不同地理种群的遗传分化特征，因此对我国不同地理种群的栗瘿蜂遗传分化还有待进一步探讨．参考文献：[1] 贺一原，朱道弘，赵吕权. ftsZ基因和16S rDNA特异引物检测栗瘿蜂体内Wolbachia感染研究[J]. 湖南师范大学自然科学学报，2007，30(2):113-115.[2] 石淑英. 栗瘿蜂发生规律及防治技术研究进展[J]. 北方园艺，1997，5(5):29-30.[3] 朱道弘，贺一原，赵吕权，等. 栗瘿蜂体内Wolbachia的感染及其wsp基因序列分析[J].林业科学，2007，43(3):133-137.[4] 黄原.分子系统学——原理、方法及利用[M]. 北京:中国农业出版社，1998.[5] SCHULMEISTER S，WHEELER W C，CARPENTER J M. SimμLtaneous analyis of the basal lineages of Hymenoptera (Insecta) using sensitivity analysis[J]. Cladistics，2002，18(3):455-484.[6] KNIGHT A，MINDELL D P. Substitution bias， weighting of DNA sequence evolution， and the phylogentic position of fea， sviper[J]. Sys Bio，1994，42(1):18-31.[7] 任淑艳. 栗瘿蜂的发生与防治[J]. 保定果树，2000，3(3):57-58.[8] 黄汉杰，陈炳旭，孙姒纫，等. 栗瘿蜂的发生与防治[J]. 中国果树，1998，2(2):33-36.[9] DOWTON M，AUSTIN A D. Molecular phylogeny of the insect order Hymenoptera:apocritan relationships[J]. Nat Acad Sci，1994，91 (21):911-915.[10] BUENNIGE M，HILKER M，DOBLER S. A molecμLar phylogeny of eurytomid wasps inferred from DNA sequence data of 28S，18S，16S and COI genes[J]. Mol Phylogenet Evol，2004，31(1):300-307.[11] SIMON C，FRQTI F，BECKENBACH A，et al. Evolution，weighting and phylogenetic utility of mitochondrial gene sequences and a compilation of conserved PCR primers[J]. Ann Entomol Soc Am，1994，87(5):651-701. 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基于激光共聚焦扫描显微术和16S rRNA 基因序列探讨一株水华蓝藻的分类地位
基于激光共聚焦扫描显微术和16S rRNA 基因序列探讨一株水华蓝藻的分类地位舒惠琳;翁笑艳;庄惠如;郑凌凌【摘要】A tiny filamentous cyanobacteria,which endogloeic in mucilage of Microcystis,was isolated from a water supply reservoir of Fuzhou.To identify its class and taxonomy,we combined morphological and 1 6S rRNA sequence a-nalysis approaches.Furthermore,autofluorescence by LSCMand absorption spectra analysis were used to explore its pig-ment composition.The result showed that this filamentous cyanobacteria is Pseudanabaena mucicola(Genbank accession number is KR91 21 97),the strain not only contained phycocyanin,it also contained phycoerythrin.This result provided favorable evidence for the classification of the taxonomic position of the algae.%首次从福州市一重要供水水库中分离到一株体型微小的丝状蓝藻，该藻喜粘附在微囊藻胶被内外。
为了确定该蓝藻的种类和分类学地位，通过形态特征分析和16S rRNA 序列分析的方法鉴定其种类，并利用激光共聚焦扫描显微镜的荧光光谱以及色素提取物的吸收光谱分析其色素组成。
基于线粒体16S rRNA基因序列对3种珍珠贝的鉴定
基于线粒体16S rRNA基因序列对3种珍珠贝的鉴定刘国强;刘锐;魏春雷;张春华【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2016(040)009【摘要】传统的形态鉴定主要依赖于分类者的经验和水平,容易产生分类错误。
为提高物种鉴定的准确性,作者采用形态学与线粒体16S rRNA基因序列分析相结合的方式对广西北海涠洲岛采获的3种珍珠贝进行了鉴定。
研究结果表明,基于形态学可将3种珍珠贝分别鉴定为企鹅珍珠贝(Pteria penguin)、宽珍珠贝(P. loveni)和中国珍珠贝(P. chinensis),但基于16S rRNA基因序列,形态学鉴定为P. loveni 的标本应为P. lata。
P. loveni和P. lata是两个完全独立的种,并非为同物异名。
珍珠贝属16S rRNA基因序列的种间遗传距离明显大于种内遗传距离,适宜作为该属种类鉴定的分子标记。
在基于16S rRNA基因序列构建的系统树中,相同种类的不同个体均形成单系群,并获得很高的支持率。
分布于中国沿海的珍珠贝属种类应包括P. lata,是否有P. loveni的分布尚需进一步证实。
%Species identification based on morphology highly relies on the ability of taxonomists. Some species can be easily misidentified based on morphological characteristics alone. To improve the accuracy of species identifica-tion, threePteriaspecies sampled from Weizhou Island, Guangxi, were identified based on shell morphology and mitochondrial 16S rRNA gene sequences. These three species were identified asP. penguin,P. loveni andP. chinensis, respectively, based on shell morphology. However, the specimen that was identified asP. loveni based on morphological characteristicswas lateridentified asP. lata using 16S rRNA gene sequences.P. loveniandP. lata are two distinct species and are not synonyms. The genetic distances are much higher between species than within species, indicating that 16S rRNA gene is useful for species identification in the genusPteria.P. latais a valid species, andP. loveniexists in China, with no further confirmation required.【总页数】5页(P18-22)【作者】刘国强;刘锐;魏春雷;张春华【作者单位】国家海洋局北海海洋环境监测中心站，广西北海 536000;河北省邯郸市环境保护局，河北邯郸 056002;国家海洋局北海海洋环境监测中心站，广西北海 536000;国家海洋局北海海洋环境监测中心站，广西北海 536000【正文语种】中文【中图分类】Q959.212【相关文献】1.豫北泥鳅线粒体DNA 16S rRNA和12S rRNA基因序列的遗传多样性分析 [J], 杜启艳;董方娟;常重杰2.珍珠贝基于16S rRNA基因序列的亲缘关系研究 [J], 黄桂菊;喻达辉;郭奕惠;曲妮妮3.条斑星鲽和圆斑星鲽线粒体12S rRNA与16S rRNA基因序列及其系统分析 [J], 丛林林;宋广军;木云雷;陈姝君;葛陇利;高祥刚;赫崇波4.基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析[J], 谭月;邱明;李金龙;左陆雅;吴婉婷;霍忠明;闫喜武5.基于线粒体16S rRNA基因序列的中日朝菲律宾蛤仔野生群体遗传多样性分析[J], 谭月;邱明;李金龙;左陆雅;吴婉婷;霍忠明;闫喜武因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。