DNASTAR使用说明

DNASTAR使用说明
中文应用说明书
目次
DNAStar的安装与进级 (6)
EditSeq的应用方法 (7)
打开已有序列
查找开放读框
DNA序列翻译
遗传暗码选择应用
遗传暗码修改
序列的反向互补及反向转换
BLAST检索
序列信息查看
序列校读
序列的储存与输出
GeneQuest的应用方法 (12)
打开已有分析文件
GeneQuest的DNA分析方法
用分析方法操作
方法参数改变
成果展现优化
Feature注释
BLAST检索
Entrez Database检索
GeneQuest的其他特点
储存分析文件
MapDraw的应用方法 (18)
新酶切图制造
过泸器类型
应用频率过泸器
应用手动过泸器
应用过泸器一览表
应用Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板对象
酶信息显示
环形展现
ORF图
显示择选
储存，退出
MegAlign的应用方法 (23)
创建队列文件
序列设置
Pairwise Alignment
应用 Dot Plot Method
多序列比较
Phylogenetic Tree查看
查看队列申报
Decorations/Consensi MegAlign文件储存
PrimerSelect的应用方法 (28)
创建PrimerSelect文件
定义引物特点
查找引物对
扫瞄其他的引物信息
按特点对引物分类
引物长度改变
在引物中引入突变
设计新引物
应用寡核苷酸订购表格
储存PrimerSelect文件
Protean的应用方法 (34)
创建蛋白质分析文件
Protean’s蛋白质分析方法
应用分析方法
方法参数改变
优化成果显示
应用蛋白酶消化与SDS PAGE Feature注释
BLAST检索
二级构造仿照
展现滴定曲线
储存分析文件
SeqManII的应用方法 (39)
输入序列片段
Pre-Assembly Options操作
检查修整的数据
序列装配
查看范畴和构建成果
去除抵触碱基和缺口
手动修改序列末尾
文件储存与序列输出
DNAStar的安装与进级
假如您往常差不多安装了Lasergene 同时今朝有进级和办事接洽，您就能够经由过程英特网来进级您现有的版本，各类模块（module）差不多上以自解压情势储备的，你能够选择性的下载安装。

必备前提
您的用户名和会员号是必须的，能够在安装盘上找到。

法度榜样进级
备份您已有的Lasergene，找到您要进级的履行法度榜样，并把它转移到备份的文件夹中。

找到windows软件（Windows 95/98/NT Software.），就能够下载您想要的模块了。

模块下载完毕今后，双击文件将其解紧缩完毕。

看到“Application name” has been updated.说明进级完毕。

软件安装
本节介绍若何从CD在PC机（Windows）上安装Lasergene。

留意安装是尽量封闭所有其它法度榜样以包管安装顺利进行。

必备前提
一张小我的Lasergene安装盘；
一张Lasergene软件光碟；
足够的硬盘空间和内存：至少30Mb的硬盘，32Mb的RAM。

从光盘安装Lasergene
插入安装盘和安装光盘，双击安装图标，则显现下面的窗口，点击连续则显现安装窗口。

随后一次显现下面窗口，请按照提示做出选择然后点击Next，直至完成安装。

EditSeq的应用方法
EditSeq是能够或许灵敏、精确地输入，同时修改DNA或蛋白质序列对象。

每个EditSeq文件都能够分为三个可编辑的部分，上边的一部分为序列文件，中心的一部分里是评论，底部是序列的注释。

EditSeq能读取大年夜部分的序列格局——包含FASTA，GenBank，ABI、GCG 和ASCII格局。

你能够应用菜单敕令或拖拽方法输入序列文件。

别的，序列也
许经由过程应用键盘输入，或者从其他处所复制、粘贴获得。

经Entrez或BLAST 检索获得的序列能够直截了当从因特网或企业内部互联网办事器下载。

序列被打开后，EditSeq能应用标准或者指定的遗传暗码进行翻译，或者反翻译，查找开放读框，还能够进行扫瞄校订。

别的， EditSeq能以GenBank，FASTA 和GCG格局输出序列。

打开已有序列
我们从用苹果运算机打开“TETHIS21MA”和用Windows打开“tethis21.seq”开端。

假设序列的末尾有载体序列污染。

我们在用EditSeq打开序列的同时，用Set Ends敕令去除5’和3’污染序列。

●从文件菜单（FILE MENU），选择Open。

●打开文件夹“Demo Sequences”单击选定序列“TETHIS21”。

●单击位于对话框右下角的Set Ends按钮。

Set Ends被打开（如右）。

●在5’框和3’框中键入50和850，点击OK。

单击Open打开序列。

当EditSeq窗口打开时，序列长度显示在右上角。

经由过程“setting ends,”现在你只有最初序列
中的801 bp的片段。

Set Ends选择在全部
Lasergene应用法度榜样中都能够应用。

查找开放读框
在这入门的一部分中，我们将确信序列
中最大年夜的ORF，并翻译它。

●从SEARCH MENU找到ORF，点击打
开会显现右边的对话框。

●单击Find Next查找第一个ORF的
地位。

●连续点击Find Next直到你把ORF的地位选定在地位183-455。

ORF的坐标
会涌现在EditSeq窗口的顶端邻近。

DNA序列翻译
这一节中我们介绍若何翻译我们的ORF，只是任何
序列中的读框内部分都能够用下面的方法进行翻
译。

假如你的选择是在三联码的读框内，三联码指
导棒显示为实心黑线（如左图）。

假如你的选择是
不在三联码的读框内，左边的箭头和右面的箭头显
示向左或向右移动
一个bp，以使所选
序列成为三的倍
数。

●选定ORF，从GOODIES MENU菜单中选择翻译
（Translate）。

●翻译的蛋白质序列涌现在一个新的不决名窗
口中（如右图）。

它是应用标准的遗传暗码翻
译的。

应用其它遗传暗码
依照你的序列的来源，你能够选择应用非标准的遗传暗码进行翻译等操作。

在这节中，我们将标准的遗传暗码转换成Ciliate Macronuclear暗码。

●从GOODIES MENU菜单选择Genetic Codes打开，子菜单显示如下。

●单击“Ciliate Macronuclear”就实现了遗传暗码的转换，EditSeq现在应
用的确实是Ciliate Macronuclear的遗传暗码。

●同样能够将遗传暗码转换为其它类型。

遗传暗码的编辑
这一节中我们修改Ciliate Macronuclear的遗传暗码。

●从GOODIES MENU菜单选择Edit Selected Code。

这将打开右面的窗口，窗
口显示遗传暗码是如何翻译DNA和RNA序列的。

●如以DNA情势展现暗码，点击DNA按钮。

●编辑时，单击任何要编辑的暗码，从其今朝的地位拖到新氨基酸对应的地位
则可。

●如应用不合的启始暗码子，单击Set Starts按钮。

第二的遗传暗码窗就会
被打开，能够进行肇端暗码子选择。

●单击任何氨基酸（或者codon地位），该暗码子就会变成绿色，同时旁边显
现一个箭头，它就被设定为肇端暗码子了。

如要去除，只需单击它即可。

如不储存，则单击撤消；如要储存，单击储存为。

序列的反向互补及反向转换
下面的步调能够用于反向测定的序列的精确输入。

●选定序列。

●从GOODIES MENU菜单，选反向互补序列（Reverse Complement），或者把序
列倒置过来（Reverse Sequence）敕令，则被选定的序列就被翻转互补或翻转过来了。

BLAST检索
下面我们将在NCBI的BLAST办事器上对TETHIS21序列进行类似性比较。

留意为了进行BLAST查找必须包管因特网的连接。

假如你没有连接因特网，跃过这部分，连续下一部分。

●选定序，或者从EDIT菜单中选择Select All。

●从收集检索菜单（NET SEARCH
MENU），选择BLAST查找。

BLAST
对话框就会显现。

●法度榜样默认为blastn，数据库默
认是nr，参数转换请参照赞助。

●单击OK开端查找。

●BLAST成果窗最上边的3钮被用来打开，或者储存检索到的序列，或者让你
明白得更多的有关信息。

下面我们从用“Create Document”钮来
打开评分最高的5序列开端：
●单击Create Document。

一个小的对
话框显现。

●在左上角有一个下拉菜单显示默认（default）。

单击下拉菜单，选顶端（Top）。

并在右面的文本框中写入5。

●单击OK，EditSeq主动查对余外序列。

假如EditSeq提示至少2序列是同一
个，请点击OK。

EditSeq将从因特网数据库下在单一的序列，并分别打开一个零丁的EditSeq窗口。

下面我们用“Batch Save”钮将3-10序列储存为EditSeq文件：
●选定从顶端起第3个序列。

单击Batch Save。

小的灰色的对话框显现。

●单击下拉菜单，选Next。

并在右面的文本框中写入8。

●点击Set Location，显示文件夹对话框。

●选定你要储存序列的地位。

单击OK回到灰色的对话框。

●单击OK储存序列，文件扩大为“.seq”。

鄙人载过程时代，EditSeq主动查
对反复的序列。

假如EditSeq提示至少2序列是同一个，请点击OK。

●除非你收到缺点信息，不然能够认为你的序列差不多成功下载。

最后我们能够应用“Launch Browser”钮查看序列的具体信息
●选定序列。

●选择Launch
Browser。

●你的收集扫瞄器将
打开右面的窗口。

序列信息查看
现在我们要应用
EditSeq菜单指令查看
有关打开的TETHIS21序
列的信息。

●选定序列的一部分。

假如你倒是欲望全
选序列，从EDIT MENU菜单，选择Select All。

●从GOODIES MENU菜单，选DNA
Statistics。

就会显现右面的窗口，
显示序列信息。

序列校读
在我们进修储存和输出序列之前，下熟悉
一下EditSeq的校读功能
这功能能赞助你校订测序胶中的错读。

●选定序列。

●单击校订发音图标（序列窗口底部张
开的嘴），或者从SPEECH MENU，选Proof-Read Sequence。

●电子的音声就会开端朗读所选的序列。

（注：假如你听不见任何声音，检查
你的运算机的喇叭是否差不多打开。

）
●要改变音声read-back的速度，从SPEECH MENU菜单，选择Faster or Slower。

●要停止校读，点击图标（手），或者从SPEECH MENU菜单，选择Proof-Read
Sequence。

序列的储存与输出
起首创建一个用于储存的序列。

从文件菜单，选New中的New DNA，或者New Protein。

●将序列写入显现的窗口。

●假如你输入不法字符，运算机会发出警告。

然后，我们将序列储存为EditSeq文件：
●从文件菜单，选Save。

●选定储存地位。

●给序列定名。

●单击储存则可。

以GenBank或GCG格局储存序列：
●从文件菜单，选Export。

●选定储存地位。

●为sequence(s)选格局。

●给sequence(s)定名。

●单击储存则可。

以FASTA格局储存序列：
●从文件菜单，选Export（1个序列），或者Export All As One（多个序列）。

当应用Export All As One的时刻，假如DNA和蛋白质文件同时存在，激活窗口的序列类型与你储存的类型是一致的。

EditSeq仅仅将写入的序列储存为FASTA格局。

●选定储存地位。

●选FASTA格局。

●给sequence(s)定名。

●单击储存则可。

GeneQuest的应用方法
GeneQuest能够赞助你发明和注释DNA序列中的基因，并赞助您操作生物学所关怀的DNA的其他feature：包含ORFS、拼接点连接，转录因子结合为点、反复序列、限制性内且酶酶切位点等。

经由过程应用“methods”到序列，序列的feature 能够以图形的情势展现出来。

你能够在序列上注释任何你发明的feature。

和其它的Lasergene应用法度榜样一样，GeneQuest也供给整合的BLAST和Entrez查找功能。

GeneQuest能直截了当打开DNASTAR，ABI和GenBank文件。

其他格局的序列文件也能够应用EditSeq改为DNASTAR格局。

假如你明白Genbank序列的登录号或名称，你能够直截了当打开序列。

别的，你还能够在Entrez数据库进行序列查找和输入。

打开已有分析文件
在这一节中，我们将对已有的GeneQuest文件（也叫做GeneQuest分析）“Nematode R01H10.”进行操作。

●从文件菜单，选择Open打开一个和右边类似的窗口。

●在苹果运算机上，从Show菜单中选择GeneQuestDocument文件。

在Windows上，
从文件类型菜单(Files of Type)的中选择GeneQuest Documents。

●用文件治理体系打开名为“Demo Sequences.”的文件夹。

双击Nematode
R01H10，就能够打开下面的窗口。

GeneQuest的DNA分析方法
打开GeneQuest文件后，下一步是选择应用方法。

应用方法后，成果的图形显示
能够赞助你明白得序列上感爱好的features。

打开序列后，你会发明只有几种方法应用后的成果展现在窗口内。

鄙人一部分中，我们将进修若何把其它方法用于我们序列的分析。

●Title——给文件取名。

●Ruler——在文件中参加标尺。

●Sequence——显示文件中的序列。

●Patterns-Matrix——方法的运算参数。

●Patterns-Signal——转录因子结合位点数据库。

●Patterns-Type-In Patterns——应用键盘输入运算所需的Pattern参数。

●Repeats-Inverted Repeats——查找反向反复序列。

●Repeats-Dyad Repeats——查找Dyad反复和palindromes。

●Repeats-Direct Repeats——查找正向反复序列。

●Gene Finding - DNA Finder————在打开的DNA序列中查找指定DNA序列。

分别显示公理连和反义连的查找成果。

●Gene Finding - Protein Finder——在打开的蛋白质序列中查找指定DNA序
列的翻译序列。

显示成果为全部6个读框。

●Enzymes-Restriction Map——用DNASTAR酶目次中的酶分析打开的序列，并
以图形方法展现。

●Coding Prediction - Borodovsky——用Borodovsky’s Markov方法来辨认
潜在的基因编码区，并以图形方法展现。

●Coding Prediction - Starts Stops ORFs——依照指定的ORFs的最小长度，
查找可能的开放读框，能够选择是否须要肇端暗码子。

读框的启始和中断点分别展现。

●Coding Prediction—Local Compositional Complexity——依照Shannon信
息学道理查找有基因编码提示信息的区域。

●Base Contents-Base Distribution——序列上4种碱基、A+T和G+C的频率、
分布，以及AT和gc分布区域。

●Bent DNA - Bending Index——DNA折叠推测。

用分析方法操作
调用新的GeneQuest方法的步调是：从More Methods中选择方法，参加方法帘（method curtain），待方法运行完毕后，选择性的拖取成果放入分析界面（assay surface）即可（见右图）。

在本节中，我们应用Bent DNA - Bending Index方法进行分析。

●从ANALYSIS MENU选择Show Available Methods能够打创方法帘，也能够经
由过程拖动分
析界面左上角
的小环的打创
方法帘。

方法帘
中包含差不多
用于分析的全
部方法。

●你将留意到方
法帘没有Bent
DNA - Bending
Index method。

在方法帘的顶端，点击More Methods打开一个下拉菜单，个中尤能够用于分析的所有方法，点击Bent DNA - Bending Index method，该方法就进入了方法帘。

●若查看方法帘中的方法是否差不多被应用，点击其右边的三角形。

假如图标
前稀有字注解该方法差不多应用，数字表示应用的次数。

因为我们还没有应用Bent DNA - Bending Index，因此点击三角形，会发明图标前没稀有字。

●点击白色彩的地位去除对图标的选择。

●单击选定“Bend Region,”，将其拖到分析界面，开释鼠标。

序列中可能会
折叠的区域就会以小盒子的情势显示出来。

方法参数改变
下面我们改变方法的参数，然后将分析成果与参数改
变前的成果进行比较。

●反复前面的操作，在方法帘中参加一个新的Bent
DNA - Bending Index，并把它拖如分析界面。

现在你应当有2个完全一样的折叠区分析成果。

●双击方法帘中任何一个成果，将打开一个参数对话框。

●改变弧长度参数为30，单击OK。

分析界面上就会显现依照此参数运算获得的
成果。

（注：假如你再次拖入新的方法时，参数的改变会主动应用到新的方法上）。

成果展现优化
●组合或移动展现的成果：单击位于GeneQuest窗口左侧的调色板对象中的的
选择器（手图标），在分析界面中能够随便拖动任何展现的成果到任何地位。

●改变方法格局：单击目标选择器（手图标），能够选择分析界面上的任何方
法。

从OPTIONS MENU菜单选择Line Color，打开彩色选择子菜单。

选定色彩后，方法标题和成果显示都将变成那个色彩。

别的，你能够用类似的指令进行操作：Line Weight、 Fill Color and Fill Pattern。

●去除方法：单击选择方法帘中显示的方法，用退位或删除键去除应用的方法
即可。

留意任何你除掉落的方法差不多上能从Methods menu菜单再一次被应用。

注释Features
当你用Genbank输入序列时，序列中标注的Features会主动转换为图形敕令显示在方法帘中。

这些Features 能够象任何其余方法那样拖到分析界面上显示。

GeneQuest也许可你为你的DNA序列制造新Features：
●单击位于GeneQuest窗口的左侧的调色板对象（箭图标）。

●然后点击选定2641-4257的Informative Region。

●点击调色板对象（铅笔图标），
或者从SITES & FEATURES MENU
选择New Featur，打开一个
Feature Editor对话框（如右
图）
●你打开Feature Editor时，起首进入Location设定。

点击“Info region”
进入Title box，点击“Segment A”进入Segment Name box，接着，在对话框的底部选择标题和区段名字的地位。

●点击Description按钮进入新的Feature Editor窗口。

假如你情愿，能够在
note中对Feature做标注，在key种选择Feature的种类。

●点击Style按钮进入最后的Feature Editor窗口，选择字型，大年夜小和色
彩，以及你爱好图型用于新建的feature。

●点击OK封闭Feature Editor窗口。

一个图形化展现的“Info region”就会
涌现在分析窗口的底部。

下面我们把新建的feature与别的一个feature整合起来。

●单击调色板对象（箭图标）。

选定你刚做好的feature，单击对象调色板对
象上的（链图标）。

●然后点击名为“R01H10.4——CDS.”的feature，再点击连接（链图标）。

●如许你的“Info region”featur将连续作为没有接洽的方法而存在，然则，
它的拷贝将作为R01H10.4featur的一部分显现。

BLAST检索
GeneQuest为你的序列在因特网或企业内部互联网数据库长进行类似性检索供给2不合的方法。

BLAST Selection指令许可你应用序列的任何一部分进行检索。

BLAST ORF须要你起首选择序列的ORF，然后他就能够主动翻译，在蛋白质数据库中进行检索。

在这一节中，我们用BLAST在NCBI上检索与Nematode R01H10类似的序列。

留意必须包管您的运算机与因特网相连。

不然，跃过这一部分。

●单击范畴选择器调色板对象（箭图标）。

●如同在右边被显示的那样，单击任何“R01H10.5”的feature。

留意现在选
定的仅仅是外显子部分（exons），内含子部分被主动去除。

●从收集检索菜单，选BLAST Selection。

会显现左面的BLAST对话框。

●不做参数改变，如许，法度榜样
是blastn，数据库是nr。

●单击赞成开端查找。

●在BLAST成果窗口中选择一个检
索成果。

●单击Put In Document。

储存对
话窗将打开。

●选定储存地位，并定名。

单击储存。

●你选的序列将象应用方法那样以短的垂直的竖线主动涌现在分析界面的底
部。

垂直的竖线显示BLAST成果的地位。

●能够选择Zoom in/OUT来放大年夜或缩小视野。

直到你能清晰地查看序列。

●其他按钮与EditSeq中介绍的功能雷同。

Entrez Database检索
GeneQuest许可你在因特网或企业内部互联网的Entez数据库长进行检索。

检索到的成果能够输入GeneQuest（或者EditSeq），或者储存为序列文件。

在这一节中，我们将检索与狨视觉色素（visual pigment in marmosets）序列有关的序列，
然后进修GeneQuest或EditSeq是若何打开个中的一个序列的。

●从收集检索菜单（NET SEARCH MENU)，选择新正文查找（New Text Search）
来打开Entrez Query窗口（如右）。

●在文本框中敲入
“visual
pigment.”。

●从默认为“All
Fields”的下拉菜单
中选择“Text
Word.”。

●用鼠标从右面再拖
入一个检索框（New
Term）。

●在文本框中敲入“Callithrix”，从“New Fields”菜单中选“Organism”。

●单击查找。

查找成果显现于Entrez Results窗口（如下）。

●双击任何Entrez Results窗口里的序列，就能够查看其具体信息。

假如你想在GeneQuest或EditSeq里打开个中的一个序列：
●从Entrez Results窗，单击你想打开的序列。

●从收集检索菜单，选择用GeneQuest或者EditSeq打开（Open with
GeneQuest/Open with EditSeq）。

●选定文件储存的地位，并给文件取名。

单击赞成（视窗），或者储存（苹果
运算机）。

假如你选择以GeneQuest打开文件，GeneQuest将打开文件同时将其默认的方法主动应用到序列上。

假如你做选择以EditSeq打开文件，Entrez序列将在主窗口中显示。

GeneQuest的其他特点
以RNA折叠情势查看序列的一部分：
●选定目标序列，在ANALYSIS MENURNA菜单中选择Fold as RNA敕令。

序列酶切，仿照agarose凝胶电泳剖断大年夜小：
●打创方法帘（method curtain）。

●从More Methods中选择Enzymes -
Restriction Map 参加方法帘。

●单击图标左边的蓝色三角形，打开内切酶
一览表。

留意方法帘仅仅显示那些起码切
割一次DNA序列的酶。

刚打开酶一览表时，
所有的酶都被选中了，在空白处单击一下
去除选定。

●选定特定的酶，拖入分析界面，即能够看见该酶的酶切位点在序列上的地位。

●从SITES & FEATURES MENU菜单选泽Agarose Gel Simulation。

●新窗口即显示酶切片段在electrophoretic的分别情形（如图）。

储存分析文件
●从文件菜单，选储存。

●选定文件的储存地位。

给文件定名。

●单击储存。

●你所应用和展现的所有信息都邑被储存。

MapDraw的应用方法
依照实验设计，分析和实验成果的展现须要的不合，MapDraw能够制造6种类的酶切图。

从简单的线性图到有注释的环形图，在展现限制性酶切位点的同时，还能够同时展现序列的feature，六个读框及其翻译成果。

MapDraw也以主动展现从GenBank输入序列的features。

你能够按照地位、酶切频率等来分列你的酶切位点。

别的，你能够用手工选任何酶切位点的结合。

酶切位点过泸器（filters）也能够应用Boolean operators结合应用。

MapDraw对象能使你筹划酶切位点和克隆实验，产生具体，充分地成果概括。

和全部Lasergene应用法度榜样一样，MapDraw也供给整合的BLAST查找功能。

新酶切图制造
我们以组氨酸DNA序列“TETHIS21MA”（苹果运算机）和“tethis21.seq”（视窗）为例。

起首我们查找能够或许切割组氨酸DNA序列的酶切位点。

●从文件菜单选择New打开右边的对话框。

●打开“Demo Sequences.”文件夹。

●双击打开TETHIS21（见下）。

过滤器类型
过泸器（filter）是你定义的能够应用的酶切位点的集合。

在你自定义过泸器之前，所有酶切位点都邑用于序列分析。

你能够用和／或来组合过泸器。

MapDraw内置的过泸器如下：
●Overhang过泸器是依照一套你定义的Overhang准则归类的酶切位点。

这些准
则包含3’和5’端凸起，与其余酶切位点互补以及兼并的末尾凸起。

克隆实验中，能够应用那个过滤器查找互补末尾。

●频率（Frequency）过泸器是指依照显现于指定的范畴序列上的频率归类的
酶切位点。

我们将在本节的下一部分中应用那个过泸器型。

●种类和复杂性过泸器（Class & Complexity）是依照酶切位点种类归类的酶
切位点。

这些种类包含：I型（随机）把II型（明白），或者I型+II型。

这过泸器也能够依照位点复杂性、价格和来源进行归类。

●手动选择过泸器（Manual Pick）许可你按须要选定酶切位点。

在随后的一
部分中，我们进修应用手动选择过泸器的方法。

●Must Cut Here/Don’t Cut Here调色板对象也是一种过滤器，随落后行阐
述。

频率过泸器应用
起首让我们用频率过泸器来删除任何能够两次切割我们序列的酶。

●从ENZYME MENU，选New Filter，然后Frequency打开参数对话框。

●在Min和Max对应的框中输入数字1和2，其他的参数不变。

那个设定将我们序
列中切割多于两次的位点主动删除。

●在过泸器名字框中，输入“Two-cuts-max.”。

●单击Apply将过泸器用于序列分析——然后OK退出参数对话框。

你将留意到
在图上酶切位点的数量现在大年夜大年夜地削减了。

应用手动过泸器
因此削减了大年夜约3分之2的位点，然则还有100以上的酶存在。

我们还能够设定一些更严紧的敕令进行限制。

看一看我们的酶是否能整洁地用来切割TETHIS21序列的编码区。

●从MAP MENU选Linear Minimapp。

打开的窗口显示每个限制酶切割位点的地
位。

●滚动窗口，直到你看到大年夜的向右的箭头，上写“histone”。

“Histone”
是在最初的Genbank进口被注释的序列特点。

当我们打开它的时刻，那个特点和序列一路输入。

●单击选定它。

●在屏幕的左上
单击种类调色
板对象（Sort），
接着选择Sort
by Cuts Close
to Selection。

酶切位点即刻
分类，如许，距
特点比来同时超出选定范畴的酶切位点将会排在最上面。

●滚动到窗口的最顶端。

你将留意到，在histone基因的左和右有2酶切位点：
Acs I和Apo I。

两个酶切位点对我们来说差不多上幻想的。

现在我们将制造仅仅包含Apo I酶切位点的Manual Pick filter。

●从ENZYME MENU，选New Filter——然后Manual
Pick。

打开酶切位点过泸器编辑器。

●把Apo I从右边的窗口拖进左边的窗口。

给过泸
器取名。

在这我们把过泸器叫做“Apo I.”。

●点击Apply——然后OK，就储存并应用“Apo I.”
过泸器了。

●留意到现在线性的minimap仅仅由Apo I酶切位点
和histone特点构成。

应用过泸器一览表
现在我们差不多应用了2个过泸器：一个叫做“Two-cuts-max”的频率过泸器和叫做“Apo I.”的手动过滤器，MapDraw会主动把两个过泸器的成果用“AND,”结合起来应用，如许，展现的成果须要知足两个标准：切割一或两次，用Apo I 切割。

我们手动过滤器包含频率过泸器的单一切点的内容，因此他主动的覆盖了频率过泸器的成果。

下述过泸器一览表许可我们随便编辑、组合各个过泸器。

●从Map Document，单击过泸
器调色板对象（在窗左上的
漏斗图标）打开过泸器一览
表（如下）。

当前应用的所
有过泸器都显现于窗口的
左边。

●为了除掉落Apo I过滤器，
点击选中它，从左窗口拖到右边的窗口，单击应用即可。

现在因为只有Two-cuts-max过泸器被应用，因此序列上的酶切位点数量急速增长了。

●把Apo I过滤器拖回，放在And旁，单击Apply再次应用Apo I过滤器，序列上
的酶切位点数量又急速削减了。

（假如把Apo I过滤器拖回，放在Or旁，单击Apply再次应用Apo I过滤器，序列上的酶切位点数量可不能改变，因为Apo I过滤器是Two-cuts-max过泸器的一部分）。

●按上面的方法把两个过滤器都去除。

应用Must Cut Here / Don’t Cut Here调色板对象
Must Cut Here / Don’t Cut Here对象是另一种酶切位点过滤限制方法。

我们将用那个方法再次反复上面的操作。

●从MAP MENU，选Site & Sequence。

●向下滚动，直到你看在大年夜的向右指的箭头，上写“histone”。

单击选中。

点击Don’t Cut Here调色板对象（红色园圈起的剪刀样图标），去除所有切割选定区的酶切位点。

（点击Must Cut Here对象——剪刀样图标——序列大将展现所有切割选定区的酶切位点。

）
如许，仅仅剩下那些不切割选定区的位点。