碳青霉烯类耐药铜绿假单胞菌的耐药机制及其与Ⅰ类整合子的相关性研究
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碳青霉烯类耐药铜绿假单胞菌的耐药机制
及其与Ⅰ类整合子的相关性研究
杨雪娇1ꎬ杨欢1ꎬ焦芳艳1ꎬ2aꎬ尹铁球1ꎬ2b
(1.湖南中医药大学临床医学院ꎬ长沙410007ꎻ2.湖南省脑科医院a.临检中心ꎬb.检验科ꎬ长沙410007)
㊀㊀DOI:10 3969/j issn 1006 ̄2084 2020 13 031基金项目:湖南省临床医疗技术创新引导计划项目(2018SK50606)ꎻ湖南省卫生计生委计划项目(B2016026)ꎻ湖南中医药大学研究生培养
质量工程项目(2019CX34)
通信作者:尹铁球ꎬEmail:ytqstar@163.com
中图分类号:R37㊀㊀㊀㊀㊀文献标识码:A㊀㊀㊀㊀㊀文章编号:1006 ̄2084(2020)13 ̄2654 ̄05
㊀㊀摘要:目的㊀分析碳青霉烯类耐药铜绿假单胞菌(CRPA)的耐药机制及其与Ⅰ类整合子的相关性ꎮ方法㊀选取2018年10月至2019年2月湖南省脑科医院临床分离的110株非重复铜绿假单胞菌进行菌种鉴定及药敏试验ꎻ
参考美国临床和实验室标准协会标准ꎬ采用改良碳青霉烯灭活试验(mCIM)法和改良Hodge法检测碳青霉烯酶ꎻ采用聚合酶链反应技术检测Ⅰ类整合子及可变区ꎮ结果㊀在分离的39株CRPA中ꎬ15.38%(6/39)mCIM法和改良Hodge试验均为阳性ꎬ1株仅表现为mCIM法阳性ꎻ碳青霉烯类敏感株Ⅰ类整合子的检出率为9.86%(7/71)ꎻ碳青霉烯类耐药株Ⅰ类整合子的检出率为35.90%(14/39)ꎬ且碳青霉烯类敏感株与碳青霉烯类耐药株的Ⅰ类整合子分布比较差异有统计学意义(P<0.01)ꎻ在Ⅰ类整合子阳性株中ꎬ57.14%(12/21)成功扩出可变区ꎬ其中碳青霉烯类敏感株可变区检出率为2.82%(2/71)ꎬ而碳青霉烯类耐药株可变区检出率为25.64%(10/39)ꎮ检出的碳青霉烯酶与Ⅰ类整合子的携带具有一定的相关性(r=0.530ꎬP<0.01)ꎮ结论㊀Ⅰ类整合子是介导CRPA耐药的重要原因之一ꎬ铜绿假单胞菌对碳青霉烯类耐药可能与整合子携带相关耐药基因有关ꎮ
关键词:铜绿假单胞菌ꎻ碳青霉烯酶ꎻⅠ类整合子
StudyonResistanceMechanismofCarbapenems ̄resistantPseudomonasAeruginosaandItsCorrelationwithClassⅠIntegron
YANGXuejiao1ꎬYANGHuan1ꎬJIAOFangyan1ꎬ2aꎬYINTieqiu1ꎬ2b
1.SchoolofClinicalMedicineꎬHunanUniversityofTraditionalChineseMedicineꎬChangsha410007ꎬChinaꎻ2a.ClinicalLaboratoryCenterꎬ2b.ClinicalLaboratoryꎬBrainHospitalofHunanProvinceꎬChangsha410007ꎬChinaCorrespondingauthor:YINTieqiuꎬEmail:ytqstar@163.com
Abstract:Objective㊀Toanalyzetheresistantmechanismofcarbapenems ̄resistantpseudomonasaeruginosa(CRPA)ꎬanditscorrelationwithclassⅠintegron.Methods㊀110strainsofnon ̄repetitivepseudomonasaeruginosaisolatedfromHunanBrainHospitalfromOct.2018toFeb.2019wereselectedforbacterialidentificationanddrugsensitivitytestꎻaccordingtothestandardsofAmericanAssociationofClinicalandLaboratoryStandardsꎬmodifiedcarbapeneminactivationmethod
(mCIM)andmodifiedHodgemethodwereusedtodetectcarbapenemaseꎻpolymerasechainreactiontechnologywasusedtodetectclassⅠintegronandvariableregion.Results㊀Amongthe39CRPAisolatesꎬ15.38%(6/39)ofthemwerepositivebymCIMandmodifiedHodgetestꎬonewaspositiveonlybymCIMꎻThedetectionrateofclassⅠintegronsofcarbapenems ̄sensitivestrainswas9.86%(7/71)ꎬthedetectionrateofclassⅠintegronsofcarbapenems ̄resistantstrainswas35.90%(14/39)ꎬandthedistributionofclassⅠintegronsbetweencarbapenems ̄sensitiveandcarbapenems ̄resistantstrainswas
statisticallysignificant(P<0.01).AmongtheclassIintegronpositivestrainsꎬ57.14%(12/21)successfullyexpandedthe
variableregionꎬamongwhichthedetectionrateofthevariableregionofthecarbapenems ̄sensitivestrainswas2.82%(2/71)ꎬwhilethatofthecarbapenems ̄resistantstrainswas25.64%(10/39).Therewasacertaincorrelationbetweencarbapenemase
detectedandclassⅠintegron(r=0.530ꎬP<0.01).Conclusion㊀ClassⅠintegronisoneoftheimportantreasonsofmediatingCRPAresistanceꎬsuggestingthattheresistanceofpseudomonasaeruginosatocarbapenemsmayberelatedtothecarryingofrelatedresistancegenesofintegrons.
Keywords:PseudomonasaeruginosaꎻCarbapenaseꎻClassⅠintegron
㊀㊀铜绿假单胞菌是一种常见的机会致病菌ꎬ是引起免疫力低下患者细菌感染的常见病原体ꎬ由于碳青霉烯类抗菌药物的临床广泛使用ꎬ该类药物耐药株不断增加ꎬ导致铜绿假单胞菌感染易反复发作ꎬ且难以控制[1 ̄2]ꎮ铜绿假单胞菌对碳青霉烯类药物发生耐药的原因多样ꎬ产碳青霉烯酶是最常见的原因之一[3]ꎮ酶基因易被可移动元件携带ꎬ进而造成耐药因子的播散ꎮ
近年来ꎬ越来越多的研究发现ꎬ整合子在介导铜绿假单胞菌从单一耐药向多重耐药转变过程中发挥了重要作用[4 ̄6]ꎮ整合子是一种可移动遗传元件ꎬ存在于细菌染色体或质粒中ꎬ可以捕获多种耐药基因ꎬ使细菌耐药性在同种细菌或异种菌属间发生水平转移ꎬ使细菌具有多重耐药性[7 ̄10]ꎮ在目前已经发现的6种类型耐药整合子中ꎬ由于Ⅰ类整合子携带耐药基因盒种类多㊁宿主广泛ꎬ故成为引起细菌间耐药性播散的重要原因之一[11 ̄12]ꎮ故本研究以亚胺培南/美罗培南耐药的铜绿假单胞菌为研究对象ꎬ依据美国临床和实验室标准协会(ClinicalLaboratoryStandardsInstituteꎬCLSI)标准检测碳青霉烯酶ꎬ探讨铜绿假单胞菌与Ⅰ类整合子的相关性ꎬ现报道如下ꎮ1㊀资料与方法
1.1㊀菌株来源及鉴定㊀选取2018年10月至2019年2月湖南省脑科医院临床分离的110株非重复铜绿假单胞菌ꎮ入组菌株经全自动细菌鉴定仪鉴定ꎬ根据CLSI2018版标准[13]中亚胺培南或美罗培南的最低抑菌浓度判断药敏检测结果ꎬ其中最低抑菌浓度ȡ8μg/mLꎬ判定为碳青霉烯耐药铜绿假单胞菌(Carbapene ̄resistantpseudomonasaeruginosaꎬCRPA)ꎻ最低抑菌浓度ɤ2μg/mLꎬ判定为碳青霉烯类敏感铜绿假单胞菌ꎮ质控菌株为标准菌株ATCC27853和ATCC25922ꎬ均选自卫生部门临床检验中心ꎮ
1.2㊀仪器与试剂㊀实验仪器包括全自动细菌鉴定仪(法国梅里埃公司ꎬ型号:VITEK ̄2compact)ꎻJUNYI电泳仪(北京君意东方电泳设备有限公司ꎬ型号:JY600C)ꎻ凝胶成像仪(美国柯达公司ꎬ型号:GelLogic212)ꎻ超微量分光光度计(美国赛默飞世尔科技有限公司ꎬ型号:NanoDropLite)ꎮ试剂包括美罗培南药敏纸片(英国Oxoid公司ꎬ批号:2408075)ꎻ细菌DNA提取试剂盒(美国Omega公司ꎬ批号:00D3350010000G20R079)ꎻPremixExTaq试剂盒(日本TaKaRa公司ꎬ批号:AI51239A)ꎻ100bpDNALadder(北京Solarbio公司)ꎻ引物由上海生工及湖南擎科公司合成ꎮ
1.3㊀方法
1.3.1㊀碳青霉烯酶的检测㊀①改良Hodge法:依据2017年CLSI标准[14]ꎬ首先调制0.5麦氏浊度大肠埃希菌ATCC25922的菌悬液ꎬ按1ʒ10稀释ꎻ然后按照纸片扩散法步骤将稀释后菌液涂布于MH平板上ꎬ干燥3~10min后贴美罗培南纸片ꎬ最后将待测菌垂直于药敏纸片ꎬ从纸片边缘向平板边缘划线(20~25mm)ꎬ在35ħ条件下孵育16~20hꎮ结果判读标准为待测菌在抑菌圈内呈现矢状生长者为阳性ꎮ②改良碳青霉烯灭活法(modifiedcarbapeneminactivationmethodꎬmCIM):依据2019年CLSI标准[15]ꎬ用10μL接种环将满环过夜生长待测菌落接种于2mL胰蛋白胨大豆肉汤中ꎬ充分涡旋振荡10~15s后ꎬ向每支试管中加入一片含10μg美罗培南的无菌纸片ꎬ在35ħ条件下孵育4hꎮ孵育即将结束时ꎬ立即调制0.5麦氏浊度ATCC25922菌悬液ꎬ菌悬液制备后必须在15min内涂布于MH平板上ꎬ干燥3~10minꎻ将美罗培南纸片从胰蛋白胨大豆肉汤中取出ꎬ控干多余液体后贴在已涂布ATCC25922的MH平板上ꎬ随后在35ħ条件下孵育18~24hꎮ结果判读标准如下ꎮa.碳青霉烯酶阳性:没有抑菌圈或抑菌圈直径6~15mmꎬ或抑菌圈直径16~18mmꎬ但抑菌圈内有散在菌落ꎻb.碳青霉烯酶阴性:抑菌圈直径ȡ19mmꎻc.碳青霉烯酶中性:抑菌圈直径为16~18mmꎬ或抑菌圈直径ȡ19mmꎬ但抑菌圈内有散在菌落ꎬ无法判定是否产生碳青霉烯酶ꎮ
1.3.2㊀Ⅰ类整合子的检测㊀采用聚合酶链反应(polymerasechainreactionꎬPCR)技术检测Ⅰ类整合子ꎮ
①制备DNA模板ꎮ参考提取细菌DNA试剂说明书提取细菌DNAꎬ使用超微量分光光度计检测模板纯度ꎬA260/A280在1.7~1.9ꎬ于-20ħ冰箱中保存备用ꎮ②扩增整合酶基因ꎮPCR反应体系为25μLꎬPremixExTaq12.5μLꎬ模板DNA0.7μLꎬ上下游引物各0.8μL(引物序列见表1[16])ꎬRNaseFreeddH2O10.2μLꎻ配置反应体系在冰上进行ꎬ以减少核酸降解ꎮ反应条件:95ħ预变性5minꎬ95ħ变性30sꎬ
52.5ħ退火30sꎬ72ħ延伸1minꎬ共35个循环ꎬ72ħ延伸10minꎮ扩增后产物经1.5%琼脂糖凝胶在100V恒压下电泳30minꎬ经凝胶成像仪扫描后观察结果ꎮ
表1㊀Ⅰ类整合子及可变区引物序列[16]
引物名称引物序列5ᶄ ̄3ᶄ
产物(bp)Ⅰ类整合子(F)
GCATCCTCGGTTTTCTCG
457Ⅰ类整合子(R)GGTGTGGCGGGCTTCGTG可变区(F)GGCATCCAAGCAGCAAGCvariable
可变区(R)AAGCGAACTTGACCTGAT
1.3.3㊀可变区的检测㊀可变区PCR反应体系为25μL:PremixExTaq12.5μLꎬ上述Ⅰ类整合子阳性菌株的基因组DNA为模板DNA0.7μLꎬ上下游引物各0.8μLꎬRNaseFreeddH2O10.2μLꎻ配置反应体系在冰上进行ꎬ以减少核酸降解ꎮ反应条件:
95ħ预变性5minꎬ95ħ变性30sꎬ58ħ退火30sꎬ
72ħ延伸60sꎬ共35个循环ꎬ72ħ延伸10minꎮ扩增后产物经1.5%琼脂糖凝胶在100V恒压下电泳50minꎬ经凝胶成像仪扫描后观察结果ꎮ
1.4㊀统计学方法㊀采用SPSS22.0统计软件进行数据处理ꎬ计数资料比较采用χ2检验ꎬ相关性计算列联系数ꎬP<0.05为差异有统计学意义ꎮ2㊀结㊀果
2.1㊀碳青霉烯酶检测结果㊀110株临床分离的铜绿假单胞菌中ꎬ经VITEK ̄2compact细菌鉴定仪以及药敏试验检出CRPA39株ꎬ其中15.38%(6/39)表现为mCIM法和改良Hodge试验同步阳性ꎬ仅
1株表现为mCIM法阳性ꎬ部分实验结果见图1ꎮ2.2㊀Ⅰ类整合子检测结果㊀Ⅰ类整合子检出率为19.09%(21/110)ꎬ其中碳青霉烯类敏感株Ⅰ类整合子的检出率为9.86%(7/71)ꎬ耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌Ⅰ类整合子的检出率为35.90%(14/39)ꎬ差异有统计学意义(χ2=11.049ꎬP=0.002)ꎬ见表2ꎮPCR产物经琼脂糖凝胶电泳Ⅰ类整合子的扩增产物为457bp左右ꎬ与目的条带大小一致ꎬ见图2ꎮ
2.3㊀PCR检测可变区㊀以检出的21株Ⅰ类整合子阳性菌株基因组DNA为模板扩增可变区ꎬ结果显示ꎬ57.14%(12/21)可变区成功扩增ꎬ可变区片段长度为800~4500bpꎬ大小不等ꎬ见图3ꎬ其中碳青霉烯类敏感株可变区检出率为2.82%(2/71)ꎬ而碳青霉烯类耐药株可变区检出率为25.64%(10/39)ꎬ差异有统计学意义(χ2=13.493ꎬP<0.
01)ꎮ
mCIM:改良碳青霉烯灭活法ꎻCRPA:耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌ꎻ2㊁6㊁8㊁16㊁18㊁20为菌株编号ꎬ其中2㊁16为mCIM法和改良Hodge试验阳性
图1㊀CRPA碳青霉烯酶检测结果
表2㊀Ⅰ类整合子在碳青霉烯耐药组与碳青霉烯
敏感组中的分布差异
(株)菌株类型Ⅰ类整合子
+
-
合计碳青霉烯耐药142539碳青霉烯敏感
76471合计
21
89
110
PCR:聚合酶链反应ꎻM:标志物Markerꎻ-:阴性对照ꎻ+:阳性对照ꎻ
2㊁16㊁20㊁23为菌株编号
图2㊀Ⅰ类整合子PCR
产物电泳图
PCR:聚合酶链反应ꎻM:标志物Markerꎻ-:阴性对照ꎻ20㊁23㊁41㊁56㊁
67㊁71㊁81㊁87㊁88㊁90㊁93㊁115㊁273㊁283为可变区阳性株
图3㊀Ⅰ类整合子阳性株可变区PCR产物电泳图
2.4㊀Ⅰ类整合子与碳青霉烯酶的关系㊀在39株CRPA中ꎬ7株检出碳青霉烯酶铜绿假单胞菌ꎬ且均携带Ⅰ类整合子ꎬ碳青霉烯耐药铜绿假单胞菌产碳青霉烯酶与Ⅰ类整合子的携带具有一定相关性(r=
0.530ꎬP<0.01)ꎬ见表3ꎮ
表3㊀39株CRPA中Ⅰ类整合子与产碳青霉烯酶
菌株的分布情况
(株)
碳青霉烯酶
Ⅰ类整合子
+
-
合计+70
7
-
7
2532合计14
25
39
㊀㊀CRPA:耐碳青霉烯类铜绿假单胞菌
3㊀讨㊀论
铜绿假单胞菌是医院感染的主要病原菌之一ꎬ常引起皮肤黏膜㊁呼吸道㊁泌尿道等感染ꎮ碳青霉烯类药物是临床治疗铜绿假单胞菌感染的常用抗菌药物ꎬ具有抗菌谱广㊁抗菌活性强的特点[17]ꎬ但随着碳青霉烯类药物的广泛应用ꎬ铜绿假单胞菌对碳青霉烯类药物的敏感性不断下降ꎮ据2017年全国细菌耐药监测网统计ꎬ在革兰阴性菌分离榜中ꎬ铜绿假单胞菌感染居第三位ꎬ其对碳青霉烯类药物的耐药率平均为20.7%[18]ꎮ本研究中ꎬCRPA的检出率为
35.45%ꎬ提示湖南省脑科医院铜绿假单胞菌的感染形势依然严峻ꎬ故需严密监测和减少铜绿假单胞菌感染ꎬ以避免铜绿假单胞菌的院内大规模感染ꎮ因此ꎬ探讨不同地区CRPA耐药性及整合子耐药基因的表达ꎬ并分析其耐药机制ꎬ以指导临床科学用药和控制院内感染[19 ̄21]ꎮCRPA的耐药机制主要包括产生碳青霉烯酶㊁孔蛋白突变㊁MexA ̄MexB ̄OprM外排泵超表达等ꎬ其中碳青霉烯酶的产生是CRPA耐药的重要原因之一[22 ̄23]ꎮ本研究结果显示ꎬ17.95%(7/39)临床分离的CRPA为产碳青霉烯酶ꎬ说明碳青霉烯酶是导致湖南省脑科医院铜绿假单胞菌对碳
青霉烯类药物耐药的原因之一ꎮ
铜绿假单胞菌的耐药机制复杂ꎬ整合子作为一种可移动的遗传元件ꎬ是介导细菌耐药的重要因素之一ꎮ有研究显示ꎬ与未携带Ⅰ类整合子菌株相比ꎬ携带Ⅰ类整合子菌株对多数抗生素的耐药率较高ꎬ提示Ⅰ类整合子在铜绿假单胞菌耐药形成中发挥着重要作用[24]ꎮ本研究中ꎬⅠ类整合子在碳青霉烯类敏感株与碳青霉烯类耐药株的分布差异有统计学意
义ꎬⅠ类整合子的检出率为19.09%(21/110)ꎬ与上述文献报道趋势一致ꎮ此外ꎬ本研究中ꎬ7株产碳青霉烯酶的铜绿假单胞菌均携带了Ⅰ类整合子ꎬCRPA产碳青霉烯酶与Ⅰ类整合子的携带具有一定相关性(P<0.01)ꎬ提示湖南省脑科医院铜绿假单胞菌碳
青霉烯类耐药可能与Ⅰ类整合子携带相关耐药基因盒密切相关ꎻ有57.14%(12/21)的Ⅰ类整合子阳性菌株成功扩出可变区ꎬ且可变区片段均较大ꎬ多在
3000~5000bp附近ꎬ提示Ⅰ类整合子整合的耐药基因较多ꎬ可能携带除碳青霉烯酶以外的其他类型耐药基因盒ꎬ从而加速细菌耐药性的播散及流行ꎻ其中ꎬ93号菌株存在两条独立条带ꎬ可能携带了不同
类型的整合子或不同的耐药基因盒ꎮ
本研究结果显示ꎬⅠ类整合子和碳青霉烯酶的携带在铜绿假单胞菌对碳青霉烯酶类耐药甚至多重耐药中发挥了重要作用ꎬ两者具有中度一致性ꎮ但本研究样本量较小ꎬ仍需进行大样本量各类整合子分析ꎬ通过基因测序技术分析可变区相关耐药基因盒的携带情况ꎬ从而进一步明确铜绿假单胞菌的耐药性机制ꎮ
综上所述ꎬ研究期间湖南省脑科医院铜绿假单胞菌对碳青霉烯类耐药可能与Ⅰ类整合子携带相关耐药基因有关ꎮ应继续严格实施抗生素管理制度㊁加强院内感染监测ꎬ进一步完善整合子的相关研究ꎮ参考文献
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收稿日期:2019 ̄09 ̄20㊀修回日期:2020 ̄02 ̄26㊀编辑:李瑾。