单核苷酸多态性影响基因功能的机制
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一wk.baidu.com
( Ha P Ma P计划 ) 开 始 实 施 , 该 计 划 最 终 将 鉴 定 出 2 0 - 1 0 0万 个标 签 S NP 位 点。
近 来的研 究表明,S NP作为 一种单个核 苷酸水 平 的基 因多态性 ,其 本身 也可影 响基 因的功能 。对 于这 方面 的研 究,常 用的分 析方 法有 3种。第 一种 是基 于遗传流行病 学的关联分析 ,分析 S NP引起个
位点 ,但 该区域 的遗传 多态模 式 可用少数 几个标 签
S NP s 来表示。2 0 0 2年 国 际 人 类 基 冈组 单体 型 图 计 划
收稿 日期 :2 0 0 7 — 0 9 — 2 8 国家 自然 基 金 重点 项 目( No . 3 O 6 3 0 0 5 8 ) 和 国家 自然 科 学基 金 ( No
可影响剪接位 点活性 ,进 而影响基 因的功 能。例如 , 日本学 者通 过体 内和体 外实验 ,发 现杜 氏肌营 养不
良症 ( DMD) 基因 3 2 号 内含 子 第 5 位 上 的 一个 S N P ( G /
2 .同义 c S N P对基因功 能的影响
同义 c S N P由 于其 不 改变 编 码 的氨 基 酸 , 过 去 一 直认 为它 不 会 改 变 基 因 的功 能 。 近 来 , 随 着这 方 面 研 究 的 日益深 入 , 人 们 发 现 同 义 c S NP也 可 影 响 基 因 的
1 .非 同义 c S N P对基因功 能的影响 非同义 c S N P , 由于其 改变编 码的氨基酸, 对基
因功能 的影响易于理解 ,常用 的研究方法是关联分析 和生化、细胞水平的分 析。近来有研究表明,非同义
c S N P可 通 过 影 响 基 因产 物 , 引 起 细 胞 信 号通 路 方 面
作者 简介: 刘越( 1 9 8 4 一 ) ,男,硕士生,E — ma i l :l i u y u e 6 6 @s t u x j t u . e d u . c n ;吕社民( 1 9 5 9 一 ) ,男,教授,博士,联 系作者,E — ma i l :
l u s h e mi n @ma i l . x j t u . e d u . c a
号 通 路 和 经 典 的 Wn t 信 号 通 路 ,促 进 成 骨 细 胞 分 化 及 骨 形 成 。
海默病 ( AD) 星形细 胞增多和快 速认知下降 相关。研
究显示,C C 、GC基 因型 相 比 G G 基 因 型 , 认 知 下 降 更 快 ; 此 外 , 相 比 G 等 位 位 点 ,含 有 C 等位 位 点时 , 显 示 出 更 严 重 的 星 形 细 胞 增 多 …】 。 在 内含 子 区 S NP 影 响 基 因 功 能 的 分 子 机 制 方 面 , 有研 究 显 示 , 基 因 内 含 子 一 侧剪 接 位 点 处 的 S N P
单核苷 酸 多态性 影 响基 因功 能的机 制
刘 越 吕社 民
( 西 安交通 大学 医学 院遗传 学 与分 了生物学 系, 西安 7 1 0 0 6 1 )
摘
要 :单 核苷酸 多态性 ( S i n g l e nu c l e o t i d e p o l ymo r p h i S m, S NP) , 最 早 是 作 为 一 种 基 因 组 作 图 的 遗 传 标 记 , 随 着
通路,使患脑梗塞 的风 险增加…。在 S NP与骨形成 的
● 知 识 介 绍
“ 生命 的化 学 2 0 0 8 年2 8 卷2 期
・
21 5 ・
CHE MI S T RY OF L I F E 2 0 0 8 ,2 8 ( 2 )
研 究 方 面 , 一 种 编 码 软 骨 中 间层 蛋 白 的基 因 C I L P 中 的一 个 非 同义 c S N P ( 1 1 8 4 T / C ) 与 腰 椎 问盘 疾 病 的 易 感 性 相 关 ,研 究 表 明 , 等 位 位 点 C的 存 在 可 使 T GF — B 1 信号通路得到 抑制_ 2 】 。一种决定骨量 的蛋白 L R P 5 ( 低 密度 脂 蛋 白受 体 相关 蛋 白 5 ) 基 因 的一 个 非 同 义 c S NP ( 4 5 7 4 C / T ) ,T等 位 位 点 的 存在 可 通 过 B MP 2 介 导 的 信
c S N P ) 和非同义c S NP( n o n . s y n o n y mo u s c S NP ) 。 基 冈 某
一
他遗 传表 型的差 异,这 种方 法提 出较早 ,使用 频率 也较 高 。第二种 是生化 和细胞 水平 的分 析,通 过分
析酶活 力、细胞信 号通路等来解释 S NP对 基 因 功 能 的影 响。第三种分析 方法是基于 S NP影 响基 因 表 达 的分子机 制研究,通 过分析 S NP对 基 因 转 录 、 翻 译 及 翻 译 后 蛋 白 质 折 叠 的 影 响 , 从 而 更 深 刻 地 解 释 S NP影 响基 因 功 能 的 机 理 。
最近的研 究表明: 多向性耐药基 因 1 ( MD R1 ) 第
3 4 3 5 位 的一 个 同义 c S N P ( 3 4 3 5 C / T ) 可 改变 MD R 1 基 因 产 物 的 功 能 。这 种 机 制 不 是 通 过 改 变 m R NA及 蛋 白 的 产 量 水 平 ,而 是 通 过 改变 m R NA 的构 象 、蛋 白 的折 叠 及 细 胞 定 位 , 进 而 影 响基 因 功 能 的 发 挥 r 8 1 。
区域 的一组相关联的 S NP等位位点被称作单体型。
S N P作 为 一 种 人 类 常 见 DN A 变 异 , 日益 受 到 人
们的重视。随着 S N P 检测技术的发展,人量的 S NP 数
据 被 公 布 。对 于 S N P的认 识 ,最 甲 . 将 它 视 为 一种 基 因 组 作 图 的遗 传 标 记 , 一 个 染 色 体 区域 可以 有 很 多 S N P
研 究 的 进 一 步 深 入 , 发 现 SNP 本 身 也 可 影 响 基 因 功 能 。 非 同 义 C SNP 由 于 其 改 变 编 码 的 氨 基 酸 , 对 基 因 功 能 的 影 响
容 易 理 解 。 其 他 类 型的 SN P, 由于 不改 变 所 编 码 的 氨 基酸 , 以前 不 为 研 究 者 所重 视 。 但 近 来 , 尤 其 是 分 子机 制 方 面的研 究 表明 , 同义 C S NP可 通过 改变 mRNA 的_ 二 级结 构 、翻 译速 度 等影 响基 因功能 的 发挥 ; 内含 子 区 SNP可通 过 改变 剪接 位 点 的活 性 来 影 响基 因功 能 ;调 控 区 的 r SNP则 可 通 过影 响 启动 子元 件 来调 节 基 因 的功 能 。 此 外, 一 个 基 因内 若干 相 关联 的 SNP位 点 可 通 过形 成 同 的单 体 型, 影响 mRNA 二 级 结 构的 稳 定性 , 进 而 调 节基 因 功能 。 关 键 词:单核苷酸 多态性 ;基 因功能;分子机制;单体型
究表明,在不 同的蛋 白质二级结构( 如0 c 螺旋、B 折叠)
问 , 同义 密 码家 族 的 密 码 子 使 用 是 非 随机 的, 密 码 子 的 结 构 偏 好 性 与 密 码 子 第 2个 位 置 上 的 碱 基 相 关 i s 】 。 也 有 研 究认 为 , 这 种 结构 偏 好性 与密 码 子 第 3个位 置 上的 碱 基 相 关 [ 6 1 。 同义 c S N P也 可 引 起 核糖 体 通 过 m R NA 特 定 区域 时 速 度 的 加 快 或 变 慢 , 影 响 翻 译 动 力 学 , 最 终 使 蛋 白 质 的 结 构 和 功 能 发 生 改 变 。
・
2l 4 ・
《 牛命 的化 学 2 0 0 8 年2 8 卷 2期 C HE MI S T RY OF L I F E 2 0 0 8 ,2 8 ( 2 )
● Cu r r e n t To p i c s
文章编号: 1 0 0 0 — 1 3 3 6 ( 2 0 0 8 ) 0 2 — 0 2 1 4 - 0 3
分析 表明:多巴胺 D 4受体基 因启动子区的一个 r S N P ( 一 5 2 1 C / T ) 与韩 国男孩注意力缺失 / 过动症( A DH D ) 的发
病 有 关 。研 究 结 果 显示 ,1 Y r 基因型人群相比 C T 、C C
基 因型人群表现出更高的 AD HD发 病程 度等级 】 。
功能。
A) ,等位位 点从 G到 A的转变 可使 剪接供体位 点完
全 失 活 】 。
4 .基 因调控 区 r S N P对基 因功能的影响
在调控 区 r S NP影 响基 因功 能 的研 究方 面 , 关 联
在 同义 c S NP影 响 基 因 功 能 的 分 子 机 制 方 面 , 通 过研究人类氨酰t R NA合 成酶 及 复 制 蛋 白 A的 c S N P与 mR N A- " 级 结构 的关 系, 发 现 同义 c S N P 可 引起 mR N A 二 级 结 构 的不 同H 】 。 在 密 码 子 水 平 可 能 的机 制 , 有 研
生 化 、细 胞 水 平 的研 究 表 明,r S NP 也 可 通过 影 响 基 因产 物 , 引起 细 胞信 号通 路 的 改变 。例 如 ,对 于 人 类 MD M2 癌 基 因启 动 子 区 的 一个 r S N P ( G / T ) ,基 因 型 从G G、G T到 1 T r ,MD M2 蛋 白 水 平依 次 降 低 ,G G基
因型可影响 p 5 3 肿瘤抑制 的通路,加速 肿瘤形 成_ l 4 】 。
对于 r S NP影 响 基 因功 能 的分 子 机 制 , 有研 究 表 明, 基 因调 控 区 的 r S NP可 通 过 影 响 启 动 子 元 件 来 调 节基因的功能。 例如, I F N— Y 基 因启 动 子 区 含 一个 r S N P
3 0 5 7 1 7 2 5 ) 资助
的改变。例如,日本学者报道,蛋白激酶 C r I ( P R K C H ) 基 因内的一个非同义 c S NP ( 1 4 2 5 G / A ) ,等位位点从 G
到 A 的 改 变 可 导致 激 酶 的 活 力 增 强, 进 而 激 活其 信 号
体 或 群 体 疾 病 的 易 感 性 、 抵 抗 力 、 药 物 反 应 性 及 其
般 来 说 ,基 因组 中大 约 平 均 每 1 0 0 0 个 碱 基 就 会 有 一
个S N P , 人 类 的所 有群 体 中大 约 存在 3 0 0 万个 S N P位 点。根据在 基 因中的位置,S NP可 分 为 基 因 编 码 区 S N P ( c o d i n g S N P , c S N P ) 、基 因 内含 了区 S NP 和 基 冈 调 控区S N P ( r e g u l a t o r y S N P , r S N P ) 。其 中 c S N P根 据 是 否改 变 编 码 的 氨基 酸 又 可 分 为 同义 c S N P( s y n o n y mo u s
中 图 分 类 号 :Q3 1
单核 苷酸 多态性( s i n g l e n u c l e o t i d e p o l y mo r p h i s m,
S N P )是指 基 因组 D NA 序 列 上 群体 发 生 频 率 人 于 l % 的单个 核苷酸 差异 。 1 9 9 6年 , 它 是 由美 国 M I T 的 L a n d e r 最 早 提 出, 被 称 为 “ 第= = 三 代 DN A遗传标 记” 。
( Ha P Ma P计划 ) 开 始 实 施 , 该 计 划 最 终 将 鉴 定 出 2 0 - 1 0 0万 个标 签 S NP 位 点。
近 来的研 究表明,S NP作为 一种单个核 苷酸水 平 的基 因多态性 ,其 本身 也可影 响基 因的功能 。对 于这 方面 的研 究,常 用的分 析方 法有 3种。第 一种 是基 于遗传流行病 学的关联分析 ,分析 S NP引起个
位点 ,但 该区域 的遗传 多态模 式 可用少数 几个标 签
S NP s 来表示。2 0 0 2年 国 际 人 类 基 冈组 单体 型 图 计 划
收稿 日期 :2 0 0 7 — 0 9 — 2 8 国家 自然 基 金 重点 项 目( No . 3 O 6 3 0 0 5 8 ) 和 国家 自然 科 学基 金 ( No
可影响剪接位 点活性 ,进 而影响基 因的功 能。例如 , 日本学 者通 过体 内和体 外实验 ,发 现杜 氏肌营 养不
良症 ( DMD) 基因 3 2 号 内含 子 第 5 位 上 的 一个 S N P ( G /
2 .同义 c S N P对基因功 能的影响
同义 c S N P由 于其 不 改变 编 码 的氨 基 酸 , 过 去 一 直认 为它 不 会 改 变 基 因 的功 能 。 近 来 , 随 着这 方 面 研 究 的 日益深 入 , 人 们 发 现 同 义 c S NP也 可 影 响 基 因 的
1 .非 同义 c S N P对基因功 能的影响 非同义 c S N P , 由于其 改变编 码的氨基酸, 对基
因功能 的影响易于理解 ,常用 的研究方法是关联分析 和生化、细胞水平的分 析。近来有研究表明,非同义
c S N P可 通 过 影 响 基 因产 物 , 引 起 细 胞 信 号通 路 方 面
作者 简介: 刘越( 1 9 8 4 一 ) ,男,硕士生,E — ma i l :l i u y u e 6 6 @s t u x j t u . e d u . c n ;吕社民( 1 9 5 9 一 ) ,男,教授,博士,联 系作者,E — ma i l :
l u s h e mi n @ma i l . x j t u . e d u . c a
号 通 路 和 经 典 的 Wn t 信 号 通 路 ,促 进 成 骨 细 胞 分 化 及 骨 形 成 。
海默病 ( AD) 星形细 胞增多和快 速认知下降 相关。研
究显示,C C 、GC基 因型 相 比 G G 基 因 型 , 认 知 下 降 更 快 ; 此 外 , 相 比 G 等 位 位 点 ,含 有 C 等位 位 点时 , 显 示 出 更 严 重 的 星 形 细 胞 增 多 …】 。 在 内含 子 区 S NP 影 响 基 因 功 能 的 分 子 机 制 方 面 , 有研 究 显 示 , 基 因 内 含 子 一 侧剪 接 位 点 处 的 S N P
单核苷 酸 多态性 影 响基 因功 能的机 制
刘 越 吕社 民
( 西 安交通 大学 医学 院遗传 学 与分 了生物学 系, 西安 7 1 0 0 6 1 )
摘
要 :单 核苷酸 多态性 ( S i n g l e nu c l e o t i d e p o l ymo r p h i S m, S NP) , 最 早 是 作 为 一 种 基 因 组 作 图 的 遗 传 标 记 , 随 着
通路,使患脑梗塞 的风 险增加…。在 S NP与骨形成 的
● 知 识 介 绍
“ 生命 的化 学 2 0 0 8 年2 8 卷2 期
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CHE MI S T RY OF L I F E 2 0 0 8 ,2 8 ( 2 )
研 究 方 面 , 一 种 编 码 软 骨 中 间层 蛋 白 的基 因 C I L P 中 的一 个 非 同义 c S N P ( 1 1 8 4 T / C ) 与 腰 椎 问盘 疾 病 的 易 感 性 相 关 ,研 究 表 明 , 等 位 位 点 C的 存 在 可 使 T GF — B 1 信号通路得到 抑制_ 2 】 。一种决定骨量 的蛋白 L R P 5 ( 低 密度 脂 蛋 白受 体 相关 蛋 白 5 ) 基 因 的一 个 非 同 义 c S NP ( 4 5 7 4 C / T ) ,T等 位 位 点 的 存在 可 通 过 B MP 2 介 导 的 信
c S N P ) 和非同义c S NP( n o n . s y n o n y mo u s c S NP ) 。 基 冈 某
一
他遗 传表 型的差 异,这 种方 法提 出较早 ,使用 频率 也较 高 。第二种 是生化 和细胞 水平 的分 析,通 过分
析酶活 力、细胞信 号通路等来解释 S NP对 基 因 功 能 的影 响。第三种分析 方法是基于 S NP影 响基 因 表 达 的分子机 制研究,通 过分析 S NP对 基 因 转 录 、 翻 译 及 翻 译 后 蛋 白 质 折 叠 的 影 响 , 从 而 更 深 刻 地 解 释 S NP影 响基 因 功 能 的 机 理 。
最近的研 究表明: 多向性耐药基 因 1 ( MD R1 ) 第
3 4 3 5 位 的一 个 同义 c S N P ( 3 4 3 5 C / T ) 可 改变 MD R 1 基 因 产 物 的 功 能 。这 种 机 制 不 是 通 过 改 变 m R NA及 蛋 白 的 产 量 水 平 ,而 是 通 过 改变 m R NA 的构 象 、蛋 白 的折 叠 及 细 胞 定 位 , 进 而 影 响基 因 功 能 的 发 挥 r 8 1 。
区域 的一组相关联的 S NP等位位点被称作单体型。
S N P作 为 一 种 人 类 常 见 DN A 变 异 , 日益 受 到 人
们的重视。随着 S N P 检测技术的发展,人量的 S NP 数
据 被 公 布 。对 于 S N P的认 识 ,最 甲 . 将 它 视 为 一种 基 因 组 作 图 的遗 传 标 记 , 一 个 染 色 体 区域 可以 有 很 多 S N P
研 究 的 进 一 步 深 入 , 发 现 SNP 本 身 也 可 影 响 基 因 功 能 。 非 同 义 C SNP 由 于 其 改 变 编 码 的 氨 基 酸 , 对 基 因 功 能 的 影 响
容 易 理 解 。 其 他 类 型的 SN P, 由于 不改 变 所 编 码 的 氨 基酸 , 以前 不 为 研 究 者 所重 视 。 但 近 来 , 尤 其 是 分 子机 制 方 面的研 究 表明 , 同义 C S NP可 通过 改变 mRNA 的_ 二 级结 构 、翻 译速 度 等影 响基 因功能 的 发挥 ; 内含 子 区 SNP可通 过 改变 剪接 位 点 的活 性 来 影 响基 因功 能 ;调 控 区 的 r SNP则 可 通 过影 响 启动 子元 件 来调 节 基 因 的功 能 。 此 外, 一 个 基 因内 若干 相 关联 的 SNP位 点 可 通 过形 成 同 的单 体 型, 影响 mRNA 二 级 结 构的 稳 定性 , 进 而 调 节基 因 功能 。 关 键 词:单核苷酸 多态性 ;基 因功能;分子机制;单体型
究表明,在不 同的蛋 白质二级结构( 如0 c 螺旋、B 折叠)
问 , 同义 密 码家 族 的 密 码 子 使 用 是 非 随机 的, 密 码 子 的 结 构 偏 好 性 与 密 码 子 第 2个 位 置 上 的 碱 基 相 关 i s 】 。 也 有 研 究认 为 , 这 种 结构 偏 好性 与密 码 子 第 3个位 置 上的 碱 基 相 关 [ 6 1 。 同义 c S N P也 可 引 起 核糖 体 通 过 m R NA 特 定 区域 时 速 度 的 加 快 或 变 慢 , 影 响 翻 译 动 力 学 , 最 终 使 蛋 白 质 的 结 构 和 功 能 发 生 改 变 。
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2l 4 ・
《 牛命 的化 学 2 0 0 8 年2 8 卷 2期 C HE MI S T RY OF L I F E 2 0 0 8 ,2 8 ( 2 )
● Cu r r e n t To p i c s
文章编号: 1 0 0 0 — 1 3 3 6 ( 2 0 0 8 ) 0 2 — 0 2 1 4 - 0 3
分析 表明:多巴胺 D 4受体基 因启动子区的一个 r S N P ( 一 5 2 1 C / T ) 与韩 国男孩注意力缺失 / 过动症( A DH D ) 的发
病 有 关 。研 究 结 果 显示 ,1 Y r 基因型人群相比 C T 、C C
基 因型人群表现出更高的 AD HD发 病程 度等级 】 。
功能。
A) ,等位位 点从 G到 A的转变 可使 剪接供体位 点完
全 失 活 】 。
4 .基 因调控 区 r S N P对基 因功能的影响
在调控 区 r S NP影 响基 因功 能 的研 究方 面 , 关 联
在 同义 c S NP影 响 基 因 功 能 的 分 子 机 制 方 面 , 通 过研究人类氨酰t R NA合 成酶 及 复 制 蛋 白 A的 c S N P与 mR N A- " 级 结构 的关 系, 发 现 同义 c S N P 可 引起 mR N A 二 级 结 构 的不 同H 】 。 在 密 码 子 水 平 可 能 的机 制 , 有 研
生 化 、细 胞 水 平 的研 究 表 明,r S NP 也 可 通过 影 响 基 因产 物 , 引起 细 胞信 号通 路 的 改变 。例 如 ,对 于 人 类 MD M2 癌 基 因启 动 子 区 的 一个 r S N P ( G / T ) ,基 因 型 从G G、G T到 1 T r ,MD M2 蛋 白 水 平依 次 降 低 ,G G基
因型可影响 p 5 3 肿瘤抑制 的通路,加速 肿瘤形 成_ l 4 】 。
对于 r S NP影 响 基 因功 能 的分 子 机 制 , 有研 究 表 明, 基 因调 控 区 的 r S NP可 通 过 影 响 启 动 子 元 件 来 调 节基因的功能。 例如, I F N— Y 基 因启 动 子 区 含 一个 r S N P
3 0 5 7 1 7 2 5 ) 资助
的改变。例如,日本学者报道,蛋白激酶 C r I ( P R K C H ) 基 因内的一个非同义 c S NP ( 1 4 2 5 G / A ) ,等位位点从 G
到 A 的 改 变 可 导致 激 酶 的 活 力 增 强, 进 而 激 活其 信 号
体 或 群 体 疾 病 的 易 感 性 、 抵 抗 力 、 药 物 反 应 性 及 其
般 来 说 ,基 因组 中大 约 平 均 每 1 0 0 0 个 碱 基 就 会 有 一
个S N P , 人 类 的所 有群 体 中大 约 存在 3 0 0 万个 S N P位 点。根据在 基 因中的位置,S NP可 分 为 基 因 编 码 区 S N P ( c o d i n g S N P , c S N P ) 、基 因 内含 了区 S NP 和 基 冈 调 控区S N P ( r e g u l a t o r y S N P , r S N P ) 。其 中 c S N P根 据 是 否改 变 编 码 的 氨基 酸 又 可 分 为 同义 c S N P( s y n o n y mo u s
中 图 分 类 号 :Q3 1
单核 苷酸 多态性( s i n g l e n u c l e o t i d e p o l y mo r p h i s m,
S N P )是指 基 因组 D NA 序 列 上 群体 发 生 频 率 人 于 l % 的单个 核苷酸 差异 。 1 9 9 6年 , 它 是 由美 国 M I T 的 L a n d e r 最 早 提 出, 被 称 为 “ 第= = 三 代 DN A遗传标 记” 。