细菌分类鉴定-第二部分
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(根据现有数据建立系统的过程)
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
例如 Bacillus sp
1、属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用的形容词
来表示，可以是阳性、阴性或中性，首字母要大写。 例如：Bacillus(芽孢杆菌属)(阳性)，拉丁词，原 意为“小杆菌”，因该属菌有芽孢而译为“ 芽孢杆菌 属”。 Clostridium(梭菌属)(中性)，源于希腊词， 原意为“纺缍状菌”。 Salmonella(沙门氏菌属)(阴 性)，以美国细菌学家D.E.Salmon的姓氏来命名的。
Steven L. Salzberg和他的同事们与过去的研究人员一样，将人类基因组和已经测 序的真核细菌基因组做比较，来识别同时在人类和细菌中出现的“细菌到脊椎动物转 移”的基因(bacteria to vertebrate transfers,简称BVTs)。Salzberg的小组分析的数据包 括了塞莱拉的基因组序列和过去没有被分析过的寄生物谱系的蛋白，但他们排除了在 序列还没有完全测出的真核细菌中有变异的基因。
categories of Bacteria 2000-2004 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd
1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, volume I- IV (33 sections in total) Volume I : Sections 1-11 Volume II : Sections 12-17 Volume III : Sections 18-25 Volume IV : Sections 26-33 Kingdom Procaryotae Division I Gracilicutes (薄壁细菌门) Division II Firmicutes (坚壁细菌门) Division III Tenericutes (柔膜细菌门) Division IV Mendosicutes(疵壁细菌门)
根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain)
（把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或 生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶 培养物等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯 培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实 验方法(如通过诱变) 所获得的某一菌株的变 异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原 来的菌株相区别。
Section 来自百度文库 伯杰氏手册
60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面 的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代 以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是"伯杰氏手册 "。 所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。
"伯杰氏手册"最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey) (1860-1937)及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey‘s Manual of Determinative Bacteriology)。该书自1923年问世以来， 已进行过九次修订。1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上细菌 分类学家参加编写(如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家； 现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家)，所以它的近代版本反映了 出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面 分类的权威地位。70年代以来该书所提出的分类系统已被各国普遍采用。尽 管该书编辑们一再坚决否认，还是被人称之为"官方的分类"。
2、种名:
第二个词为种名，常用形容词(要与属名性别一致)，也可以用人名、地名、病 名或其他名词(名词用主格或所属格形式)，种名首字母不大写。例如： Pseudomonas aeruginosa。其中Pseudomonas是属名(假单胞菌属)(阴性 )； aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词(阴性)，原意为“铜绿色的”。 Mycobacterium tuberculosis。其中Mycobacterium是属名(分枝杆菌属)， 系 希腊词源的复合词(中性)，tuberculosis是种名加词，是希腊词和拉丁词缀合成 的名词所属格形式，意为“结核病的”。
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解 反应的不同分为不同的噬菌型等
4）中文种译（名spe推ci荐es使）用：的物名称种，以生前物使用分的类同中义基词本应的用分于类只单有元下列和性分状类的等菌级株 。 菌株与型的区别：
生血菌物清高株型型等之生间bs物不eiorv中o存avra，在r “鉴别生性殖特sb隔eior征otyt离yp的pee”差被异看，作命是名不特区不同殊分同的的抗生物的原理种菌特生的株征化标性无状准需分类学
研究评述：Are There Bugs in Our Genome? By JanO. Andersson.
涉及水平基因转移（horizontal gene transfer）的文献大量增加
在现实研究中，除了选择 16S rDNA 和 18S rDNA 作序列分析进行系统发育比较外，还可利用间隔序列 (ITS) 、某些发育较为古老而序列又较稳定的特异性 酶的基因作序列分析，进行系统发育分析。如在环境 微生物研究中，对于谷胱甘肽转移酶（ GST ）的基 因序列分析所获得的系统发育鉴定结果与用其他方法 所获得的结果具有十分吻合的一致性。
(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
一、分类单元及其等级
分类单元(taxon)是指具体的分类群，如原核生物界 (Procaryotae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、枯草芽孢杆菌 (Bacillus subtilis)等都分别代表一个分类单元。
等级:
界门 纲 目 科 属种
当泛指某一属细菌而不特指该属中任何一个种(或未定种名)时，可在属名后 加sp.或spp.(分别代表species缩写的单数和复数形式)表示，如Streptomyces sp.(一种链霉菌)，Micrococcus spp.(某些微球菌)。
武汉大学 中国典型培养物保藏中心 电话：(027)-8768 2319 传真：(027)-8788 3833 由于E细-m菌a分il:类c单ctc元c@的划wh分u缺.ed乏u一.c个n 易于操作的统一标准， 为了邮减编少：因4采3用00不72同标准界定分类单元所造成的混乱，
Topic:
Classification and identification of Bacteria Department of Microbiology Faculity : Xiancai Rao
Discussion
Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？
随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们 发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现 象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比 较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息 对这个进化树进行改进。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
Bacillus subtilis ASI.398 生产蛋白酶 Bacillus subtilis BF7658 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种 不同菌株之间的性状差异，不足以分为 新的亚种时，可以细分为不同的型。
生物体基因在域和界水平即存在大量转移
2001年5月18日 美国《Science》周刊292卷 第5520期
人类基因组中的细菌基因？
一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有40个左右的细菌基因。这个由细 菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题， 它可能意味着直到现在细菌可能一直在为其自身利益操纵着人类的基因组。
他们的结果建议，许多共有的基因在其他真核细菌中丢失了，在进化率不同的生 物体中有变化，采样大小的不同对结果也有影响。在一篇相关的研究评述中，JanO. Andersson和Camilla L. Nesbo进一步讨论了这些发现。
报告：Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, by Steven L. Salzberg, et al.
伯杰氏手册修订
1923 The first edition 1925 The second 1930 The third 1934 the fourth 1939 the fifth 1948 the sixth 1957 the seventh 1974 The eighth edition, 19 parts in total 1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 1994 Ninth edition, 35 Groups within 4 major
他类群的菌株有很明显的区别。
Section 4 Nomenclature of Bacteria
双名法(binomial nomenclature) ，由二个拉丁字或希腊字 或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
致依病根据型据，基不p因同at序h型ov列的ar 来细分菌种之，间pa如t存ho把t在ypDe鉴N别A性杂特交征同对的源宿差主性致异在病，6性0命的~ 差7名0异%或以鉴上定，不 噬同菌或的型者型1必6pS需hraR有goNv分aAr类序学列依同据源pha。性go达typ9e7ly%so以typ上e 的对菌噬株菌体定溶为解一反应个的种差。异 形态微型生物m的o种rph：ova具r 有高度mo特rph征oty相pe似性的菌特株殊群的形，态这学个特征菌株群与其
细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）；
亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
新名称的发表
根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公 开发行的刊物上进行，在菌种目录 、会议记录、会议论文摘 要等均不能视为有效发表。此外，若新名称是在国际系统与 进化微生物学杂志(International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM )以外的其他杂志上发表 的，要取得国际上承认和学名优先权，还必须经过新名称的 合格化发表，即将有效发表的英文附本送交IJSEM审查，被 认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日 算起，否则不算合格发表也不能取得国际上的承认。发表新 名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如 新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等, 例如： Pyrococcus furiosus sp.nov.表明该菌(猛烈火球菌)是一个 新发表的种。
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的
最重要依据，其特点是描述非常详细，包括对 细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验 的具体方法。
《伯杰氏鉴定细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
1984~1989
《伯杰氏系统细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
Section 3 Classification of Bacteria
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
分类、
命名、 鉴定
分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发 育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排 列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未 被分类的微生物进行鉴定；
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个 专有的名称；
(分类系统建立过程中的步骤之一)
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类 系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类 地位的微生物所应归属分类群的过程。
若所分离的菌株只鉴定到属，而未鉴定到种，可用sp来表示，
例如 Bacillus sp
1、属名 属名用一个单数主格名词或当作名词用的形容词
来表示，可以是阳性、阴性或中性，首字母要大写。 例如：Bacillus(芽孢杆菌属)(阳性)，拉丁词，原 意为“小杆菌”，因该属菌有芽孢而译为“ 芽孢杆菌 属”。 Clostridium(梭菌属)(中性)，源于希腊词， 原意为“纺缍状菌”。 Salmonella(沙门氏菌属)(阴 性)，以美国细菌学家D.E.Salmon的姓氏来命名的。
Steven L. Salzberg和他的同事们与过去的研究人员一样，将人类基因组和已经测 序的真核细菌基因组做比较，来识别同时在人类和细菌中出现的“细菌到脊椎动物转 移”的基因(bacteria to vertebrate transfers,简称BVTs)。Salzberg的小组分析的数据包 括了塞莱拉的基因组序列和过去没有被分析过的寄生物谱系的蛋白，但他们排除了在 序列还没有完全测出的真核细菌中有变异的基因。
categories of Bacteria 2000-2004 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 2nd
1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, volume I- IV (33 sections in total) Volume I : Sections 1-11 Volume II : Sections 12-17 Volume III : Sections 18-25 Volume IV : Sections 26-33 Kingdom Procaryotae Division I Gracilicutes (薄壁细菌门) Division II Firmicutes (坚壁细菌门) Division III Tenericutes (柔膜细菌门) Division IV Mendosicutes(疵壁细菌门)
根据Carl Woese的 理论，现在还在界 之上使用域(domain)
（把全部生物先分为 古生菌域、细菌域和 真核生物域， 域下面再分界。）
常用的细菌分类学术语：
1）培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或 生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶 培养物等。
2）菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯 培养物都可以称为微生物的一个菌株；用实 验方法(如通过诱变) 所获得的某一菌株的变 异型，也可以称为一个新的菌株，以便与原 来的菌株相区别。
Section 来自百度文库 伯杰氏手册
60年代以前，国际上不少细菌分类学家都曾对细菌进行过全面 的分类，提出过一些在当代有影响的细菌分类系统。但70年代 以后，对细菌进行全面分类的、影响最大的是"伯杰氏手册 "。 所以该书目前已成为对细菌进行分类鉴定的主要参考书。
"伯杰氏手册"最初是由美国宾夕法尼亚大学的细菌学教授伯杰(D.Bergey) (1860-1937)及其同事为细菌的鉴定而编写的，名为《伯杰氏鉴定细菌学手册》 (Bergey‘s Manual of Determinative Bacteriology)。该书自1923年问世以来， 已进行过九次修订。1957年第七版后，由于越来越广泛地吸收了国际上细菌 分类学家参加编写(如1974年第八版，撰稿人多达130多位，涉及15个国家； 现行版本撰稿人多达300多人，涉及近20个国家)，所以它的近代版本反映了 出版年代细菌分类学的最新成果，因而逐渐确立了在国际上对细菌进行全面 分类的权威地位。70年代以来该书所提出的分类系统已被各国普遍采用。尽 管该书编辑们一再坚决否认，还是被人称之为"官方的分类"。
2、种名:
第二个词为种名，常用形容词(要与属名性别一致)，也可以用人名、地名、病 名或其他名词(名词用主格或所属格形式)，种名首字母不大写。例如： Pseudomonas aeruginosa。其中Pseudomonas是属名(假单胞菌属)(阴性 )； aeruginosa是种名加词，是拉丁语形容词(阴性)，原意为“铜绿色的”。 Mycobacterium tuberculosis。其中Mycobacterium是属名(分枝杆菌属)， 系 希腊词源的复合词(中性)，tuberculosis是种名加词，是希腊词和拉丁词缀合成 的名词所属格形式，意为“结核病的”。
例如抗原特征的差异分为不同的血清型；对噬菌体裂解 反应的不同分为不同的噬菌型等
4）中文种译（名spe推ci荐es使）用：的物名称种，以生前物使用分的类同中义基词本应的用分于类只单有元下列和性分状类的等菌级株 。 菌株与型的区别：
生血菌物清高株型型等之生间bs物不eiorv中o存avra，在r “鉴别生性殖特sb隔eior征otyt离yp的pee”差被异看，作命是名不特区不同殊分同的的抗生物的原理种菌特生的株征化标性无状准需分类学
研究评述：Are There Bugs in Our Genome? By JanO. Andersson.
涉及水平基因转移（horizontal gene transfer）的文献大量增加
在现实研究中，除了选择 16S rDNA 和 18S rDNA 作序列分析进行系统发育比较外，还可利用间隔序列 (ITS) 、某些发育较为古老而序列又较稳定的特异性 酶的基因作序列分析，进行系统发育分析。如在环境 微生物研究中，对于谷胱甘肽转移酶（ GST ）的基 因序列分析所获得的系统发育鉴定结果与用其他方法 所获得的结果具有十分吻合的一致性。
(根据现有系统确定未知微生物分类归属的过程)
一、分类单元及其等级
分类单元(taxon)是指具体的分类群，如原核生物界 (Procaryotae)、肠杆菌科(Enterobacteriaceae)、枯草芽孢杆菌 (Bacillus subtilis)等都分别代表一个分类单元。
等级:
界门 纲 目 科 属种
当泛指某一属细菌而不特指该属中任何一个种(或未定种名)时，可在属名后 加sp.或spp.(分别代表species缩写的单数和复数形式)表示，如Streptomyces sp.(一种链霉菌)，Micrococcus spp.(某些微球菌)。
武汉大学 中国典型培养物保藏中心 电话：(027)-8768 2319 传真：(027)-8788 3833 由于E细-m菌a分il:类c单ctc元c@的划wh分u缺.ed乏u一.c个n 易于操作的统一标准， 为了邮减编少：因4采3用00不72同标准界定分类单元所造成的混乱，
Topic:
Classification and identification of Bacteria Department of Microbiology Faculity : Xiancai Rao
Discussion
Carl Woose的rRNA进化树完美无缺？
随着越来越多的微生物的全基因组序列的测定，人们 发现生物在进化中存在着非常广泛的水平基因转移现 象，很多科学家都认为不能仅靠对16SrRNA的序列比 较来确定生物之间的亲缘关系，还必须借助各种信息 对这个进化树进行改进。
菌株是微生物分类和研究工作中最基础的操作实体
Bacillus subtilis ASI.398 生产蛋白酶 Bacillus subtilis BF7658 生产α淀粉酶
3）型(form或type)：常指亚种以下的细分。当同种或同亚种 不同菌株之间的性状差异，不足以分为 新的亚种时，可以细分为不同的型。
生物体基因在域和界水平即存在大量转移
2001年5月18日 美国《Science》周刊292卷 第5520期
人类基因组中的细菌基因？
一项新的研究指出，在我们体内的每个细胞中有40个左右的细菌基因。这个由细 菌到人类寄主的所谓的“横向转移(lateral transfer)”给进化生物学带来了极大的问题， 它可能意味着直到现在细菌可能一直在为其自身利益操纵着人类的基因组。
他们的结果建议，许多共有的基因在其他真核细菌中丢失了，在进化率不同的生 物体中有变化，采样大小的不同对结果也有影响。在一篇相关的研究评述中，JanO. Andersson和Camilla L. Nesbo进一步讨论了这些发现。
报告：Microbial Genes in the Human Genome: Lateral Transfer or Gene Loss?, by Steven L. Salzberg, et al.
伯杰氏手册修订
1923 The first edition 1925 The second 1930 The third 1934 the fourth 1939 the fifth 1948 the sixth 1957 the seventh 1974 The eighth edition, 19 parts in total 1984 Bergey's Manual of Systematic Bacteriology, 1994 Ninth edition, 35 Groups within 4 major
他类群的菌株有很明显的区别。
Section 4 Nomenclature of Bacteria
双名法(binomial nomenclature) ，由二个拉丁字或希腊字 或拉丁化了的其它文字组成，一般用斜体表示
属名在前，一般用拉丁字名词表示，首字母大写 种名在后，常用拉丁文形容词表示，全部小写
致依病根据型据，基不p因同at序h型ov列的ar 来细分菌种之，间pa如t存ho把t在ypDe鉴N别A性杂特交征同对的源宿差主性致异在病，6性0命的~ 差7名0异%或以鉴上定，不 噬同菌或的型者型1必6pS需hraR有goNv分aAr类序学列依同据源pha。性go达typ9e7ly%so以typ上e 的对菌噬株菌体定溶为解一反应个的种差。异 形态微型生物m的o种rph：ova具r 有高度mo特rph征oty相pe似性的菌特株殊群的形，态这学个特征菌株群与其
细菌系统分类也像其他生物分类一样采用“模式概念”
种和亚种指定模式菌株（type strain）；
亚属和属指定模式种（type species）； 属以上至目级分类单元指定模式属（type genus）；
模式菌株应送交菌种保藏机构保藏，以便备查考和索取。
新名称的发表
根据细菌命名法规的规定，有效发表新的细菌名称应在公 开发行的刊物上进行，在菌种目录 、会议记录、会议论文摘 要等均不能视为有效发表。此外，若新名称是在国际系统与 进化微生物学杂志(International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology, IJSEM )以外的其他杂志上发表 的，要取得国际上承认和学名优先权，还必须经过新名称的 合格化发表，即将有效发表的英文附本送交IJSEM审查，被 认为合格后，在该杂志上定期公布，命名日期即从公布之日 算起，否则不算合格发表也不能取得国际上的承认。发表新 名称时，应在新名称之后加上所属新分类等级的缩写词，如 新目“ord.nov.”、新属“gen.nov.”、新种“sp.nov.”等, 例如： Pyrococcus furiosus sp.nov.表明该菌(猛烈火球菌)是一个 新发表的种。
伯杰氏手册是目前进行细菌分类、鉴定的
最重要依据，其特点是描述非常详细，包括对 细菌各个属种的特征及进行鉴定所需做的实验 的具体方法。
《伯杰氏鉴定细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Determinative Bacteriology)
1984~1989
《伯杰氏系统细菌学手册》
(Bergey’s Manual of Systematic Bacteriology)
Section 3 Classification of Bacteria
分类是认识客观事物的一种基本方法。我们要认识、 研究和利用各种微生物资源也必须对它们进行分类。
分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：
分类、
命名、 鉴定
分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发 育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排 列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未 被分类的微生物进行鉴定；