系统发育树构建PPT
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• 名 称： Uncultured bacterium clone YU201H10 • 序列号： FJ694683 /FJ694514 • 文 献： TITLE Circumpolar synchrony in big river
bacterioplankton • 序列长度：353 • 相 似 比： 99% • 核酸序列 • 分类地位
分支 长度 狒 狒
一个单位
距离标尺 0.5
外群
系统发育进化树示例
整理版
4
4
整理版
5Leabharlann Baidu
系统发育树构建分析步骤
找到建树目的基因（基因组） 进行多序列比对 选择建树方法
建立进化树
进化树评估
整理版
6
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系统发育树构建的相关软件
• ClustalX （序列比对软件）
• Modeltest&MrModeltest(碱基替换模型筛选软件)
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打开软件clustalx
• CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的 Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比 对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可 以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉 菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的 所有选项。
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• PHYLIP
• MEGA
• PHYML
• PAUP
系统发育树构建软件
• BEAST
• Figtree (树形显示软件）
• TreeView （树形显示软件）
整理版
7
7
系统发育树构建的基本方法
Distance-based methods 基于距离的方法
Unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) 非加权分组平均法 Minimum evolution(ME)最小进化方法 Neighbor joining(NJ)邻位归并法
• Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提
整理版
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具体步骤
• 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序 列。将序列COPY至记事本
• 1）File Load sequences 找序列 • 2）Alignment Do complete alignment
Align 自动生成文件于桌面（序列所 在文件夹）. • . aln是所需文件
Character-based methods 基于特征的方法
Maximum parsimony(MP)最大简约法 Maximum likelihood method(ML)最大似然法
计算速度
距离法 >最大简约法 >最大似然法
整理版
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系统发育树建立方法
• NCBI——BLAST——输入序列对比—— 记录好以下几方面：
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3
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系统进化树
结点：表示一个分类单元。
结点
人
进化支：两种以上生物（DNA序
列）及其祖先组成的树枝。 进化分支长度：用数值表示的进
进化支
化枝的变化程度（遗传距离）
猩
距离标尺：生物体或序列之间差
猩
异的的数字尺度。
根：所有分类的共同祖先。
外群：一个或多个无可争议的同 根 源物种,与分析序列相关且具有适当 的亲缘关系
分子进化分析—— 系统发生树的构建
整理版
1
分子系统发育分析
• 系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种 方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序 列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生 物系统发生的关系。并用系统进化树来概括生物 间的这种亲缘关系。
整理版
2
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分子系统发育分析
• 系统发育进化树（ Phylogenetic tree) 用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。
• 系统进化树的主要构成： 结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分枝(Clade)： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。 实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接
• 研究对象： 包括基因序列，基因组的排列方式，二级结构，编码的蛋白序列 及高级结构等
分子系统发育的核心是——构建系统发育进化树
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bacterioplankton • 序列长度：353 • 相 似 比： 99% • 核酸序列 • 分类地位
分支 长度 狒 狒
一个单位
距离标尺 0.5
外群
系统发育进化树示例
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5Leabharlann Baidu
系统发育树构建分析步骤
找到建树目的基因（基因组） 进行多序列比对 选择建树方法
建立进化树
进化树评估
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系统发育树构建的相关软件
• ClustalX （序列比对软件）
• Modeltest&MrModeltest(碱基替换模型筛选软件)
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打开软件clustalx
• CLUSTALX－是CLUSTAL多重序列比对程序的 Windows版本。Clustal X为进行多重序列和轮廓比 对和分析结果提供一个整体的环境。 序列将显示屏幕的窗口中。采用多色彩的模式可 以在比对中加亮保守区的特征。窗口上面的下拉 菜单可让你选择传统多重比对和轮廓比对需要的 所有选项。
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• PHYML
• PAUP
系统发育树构建软件
• BEAST
• Figtree (树形显示软件）
• TreeView （树形显示软件）
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系统发育树构建的基本方法
Distance-based methods 基于距离的方法
Unweightedpair group method using arithmetic average (UPGMA) 非加权分组平均法 Minimum evolution(ME)最小进化方法 Neighbor joining(NJ)邻位归并法
• Clustalx比对结果是构建系统发育树的前提
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具体步骤
• 根据需要，选定要比对的菌株及相应的序 列。将序列COPY至记事本
• 1）File Load sequences 找序列 • 2）Alignment Do complete alignment
Align 自动生成文件于桌面（序列所 在文件夹）. • . aln是所需文件
Character-based methods 基于特征的方法
Maximum parsimony(MP)最大简约法 Maximum likelihood method(ML)最大似然法
计算速度
距离法 >最大简约法 >最大似然法
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系统发育树建立方法
• NCBI——BLAST——输入序列对比—— 记录好以下几方面：
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系统进化树
结点：表示一个分类单元。
结点
人
进化支：两种以上生物（DNA序
列）及其祖先组成的树枝。 进化分支长度：用数值表示的进
进化支
化枝的变化程度（遗传距离）
猩
距离标尺：生物体或序列之间差
猩
异的的数字尺度。
根：所有分类的共同祖先。
外群：一个或多个无可争议的同 根 源物种,与分析序列相关且具有适当 的亲缘关系
分子进化分析—— 系统发生树的构建
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分子系统发育分析
• 系统发育分析是研究物种进化和系统分类的一种 方法，研究对象为携带遗传信息的生物大分子序 列，采用特定的数理统计算法来计算生物间的生 物系统发生的关系。并用系统进化树来概括生物 间的这种亲缘关系。
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分子系统发育分析
• 系统发育进化树（ Phylogenetic tree) 用一种类似树状分支的图形来概括各种生物之间的亲缘关系。
• 系统进化树的主要构成： 结点（node)：每个结点表示一个分类单元（属、种群）。 进化分枝(Clade)： 是指由同一生物进化而来的单一系统群。 实体抽象为节点，实体间的进化关系抽象为连接
• 研究对象： 包括基因序列，基因组的排列方式，二级结构，编码的蛋白序列 及高级结构等
分子系统发育的核心是——构建系统发育进化树
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