自己使用bioEdit画载体map的方法

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processing map用法

processing map用法
Processingmap是一种可视化工具，可用于分析物质的加工过程和制备方法。

它可以帮助我们理解材料的结构与性质之间的关系，以及制备过程中不同参数的影响。

使用processing map需要以下步骤： 1. 收集实验数据，包括样品的组成、制备方法、加工参数等信息。

2. 将数据输入到processing map软件中，并根据实际情况选择合适的材料模型和变形方式。

3. 生成processing map图像，该图像展示了材料的热力学稳定区域、变形机制和加工窗口等信息。

4. 根据processing map图像，确定最优的加工参数，以获得最优的材料性能和结构。

总之，processing map是一种非常有用的工具，可用于优化材料加工过程和制备方法，以提高材料的性能和品质。

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使用 L-Edit 画PMOS 布局图

一、实验目的1、熟悉版图设计工具L-Edit 的使用方法；2、能运用L-Edit 实现器件的布局图；二、基本原理1、CMOS 器件的制作工艺2、PMOS 器件和NMOS 器件的版图PMOS 器件的版图NMOS 器件的版图3、L-Edit 使用的注意事项（1）L-Edit 编辑环境是预设在P 型基板上，故在P 型基板上制作PMOS 的第一步是需要做出N Well 区，即需设定N 阱区；（2）改变图形大小的方法：“alt+鼠标拖动边框”；移动图形的方法“alt+鼠标拖动图形”；（3）绘制各图层之前需先通过Tools---DRC Setup 查看对应的设计规则，从而选择确定图层的大小；绘制完一个图层都需DRC 进行设计规则检查；（4）各图层绘制无先后顺序的规定；（5 ）绘图时可适当使用“尺子”功能：；清除图中的“尺寸”使用“View---Objects---Rules”；三、实验内容及步骤（1）打开L-Edit 程序。

（2）另存新文件：选择File---Save As 命令，打开“另存为”对话框，在“保存在”下拉列表框中选择存储目录，在“文件名”文本框中输入新文件名称，例如，exp3。

（3）取代设定：选择File---Replace Setup 命令，单击出现的对话框的From file 下拉列表右侧的Browser 按钮，选择…:\LEdit83\Samples\SPR\example1\lights.tdb 文件，再单击OK 按钮，就可将lights.tdb 文件的设定选择性应用在目前编辑的文件，包括格点设定、图层设定等。

（4）编辑组件：L-Edit 编辑方式是以组件(Cell)为单位而不是以文件(File)为单位的，每一个文件可有多个Cell，而每一个Cell 可表示一种电路布局图或说明，每次打开新文件时自动打开一个Cell 并将之命名为Cell0，其中，编辑画面中的十字为坐标原点。

（5）设计环境设定：选择Setup 命令，打开Design 对话框。

上机实习二：数据格式和数据转换(bioedit和readseq)

在本地计算机上利用BioEdit工具进行分析打开要分析序列的文件并copy序列，在BioEdit分析工具的“File”栏目选择“New from Clipboard”粘贴序列选择被粘贴序列的名称，在“File”栏目点击“Graphic View” 在“BioEdit Sequence Alignment Editor”页面中选择各种参数修饰序列
分析方法－翻译选择的DNA序列区段（举例2）
在SRS检索主页（）点击“Tools” 在Tool网页选择“Nucleic Tools→Nucleic Translation →Transeq”，点击“Launch” 在Transeq网页选择阅读框和遗传密码类型，输入编码区，粘贴序列分析结果
File：文件菜单
Edit：编辑菜单 Sequence: 序列菜单 Alignment：排列菜单 View：视图菜单 Accessory Application：应用程序菜单 RNA：RNA序列分析菜单 World wide web：网络菜单 Options：选项菜单 Window：窗口菜单 Help：帮助菜单
6. 上机操作
分别在Genbank数据库中检索NM_015013 ，并查看该序列的文本（flat file）文件内容; 试比较Genbank和EMBL格式中主要字段的异同；熟悉Bioedit综合序列分析软件，会利用该软件对 NM_015013 序列进行以下分析： 1. 确定DNA序列的分子量和碱基组成 2. 序列变换 3.分析限制性内切酶切割位点 4.DNA序列格式修饰会利用readseq在线程序进行序列格式的转换。
互补序列（complement)
反向序列（reverse)
AGAGCACTCTAGATCGTAAGTAGAGTGACGCACACCTGGGTACCGGTAAAAA

DNAMAN质粒图谱绘制

确定质粒的名称和大小；在“Elements”中点“New”来添加插入片段，操作方法同上述；在 Text 里可输入 Elements 的名称；在“Enzyme Site”里中点 “New”来输入各酶切位点和酶名称。
Sap t I(3828) Sap I(3818)
1 ApR M13 Ori+
Psaft
BamH (320) Swa (390) Sca (420) PuV (500)
Swa (820)
Pst I (950)
Dra (1030)
5010bp
ori
Eco (1330)
ECoR I (1500)
Bsa B I (3495)
终点位置高于起点起点位置高于终点片段类型颜色片段宽窄终点位置起点位置六做完图后点击菜单栏editcopy然后打开word文档直接粘贴即可通过鼠标来拉或缩图的大小达到理想效果即可保存
一、打开 DNAMAN 软件，点击“新建”，然后点击“Restriction/Draw Map”,进入作图界面。
先点击该钮新建文件
点击该栏目，选“Draw Map”
二、双击图中的“Untitled”,在出现的框中填入相应名称，在 Font 中可改字体格式；
双击 Untitled
填入名称
三、左单击图边，选“Insert Fragment”，在“Fragment length” 填入所需大小减去 1000（系统默认大小初值为 1000bp）。
左单击图边选 “ Insert Fragment ” 来改变质粒大小
目的大小减去 1000
四、添加酶切位点。左单击图边，选“Add Enzyme site”，在出现的“Enzyme site”中填入相应的酶名称和位点，最后打勾即可。其他所有的酶都可照此进行操作。注意：酶的全称需在酶名称出现在图后，通过点击酶名称，在出现的框中填入不完整部分，即可。

bioedit中文使用手册

来自生物软件网谢谢jerry(xujz602@)和Huang(candycat719@)辛苦的翻译工作翻译说明1 原英文稿中附有许多示例如输出窗口序列等译文一般用参见英文稿表示在阅读此段时请参见英文中的图示对于一些较小的示例如等式的推导译文中保留2 原英文稿中也给出了许多算法和程序的原始文献和网址译者认为这是BioEdit的一个优点如果想深入的学习不能不读一读原始的文献译文中用REFERENCE表示请参考英文原稿3 译文中对专业的词汇采用以下办法处理即一般采用国内已有人使用的译法如果未见到则译者给出一种译法并在旁边列出英文译文中各节的标题都是这样处理的前者如最简单的例子Aligment一词有比对对比对排等多种翻译郝柏林院士建议译做联配见生物信息学手册p175方舟子译做排列对比见新语丝网页本译文采用联配的译法后者如mask一词文中专门有一节解释其含义此词的普通含义有面具遮饰译文中使用屏蔽并在旁边写mask总之此类词汇使用多了自然明了其内在的含义4 偶尔译者会对某处略做解释旁边用译者注表示表示译者的理解请注意5 翻译时在词汇的翻译和算法的理解上参考了以下资料A 生物信息学手册郝柏林等著上海科学技术出版社 2000年B 生物信息学基因和蛋白质分析的实用指南 Andreas D.Baxebanis等原著李衍达等译清华大学出版社 2000年6 由于译者占有的资料不多水平有限在译文中肯定有漏译译的不全面甚至理解完全错误的地方(尤其是算法上)敬请指正Email me at: xujz602@关于BioEdit介绍BioEdit版本5.0.6版权©1997-2001汤姆霍尔当前版本制作于2001.12.2BioEdit是一个生物序列编辑器可在Windows 95/98/NT/2000中运行它的基本功能是提供蛋白质核酸序列的编辑排列处理和分析 1.0α版本是最早的未完成的并有瑕疵的版本 1.0α版本也一直未完成并有很多问题但是比较前一个还是增加了一点东西修正了一些问题在2.0版本中在增加和配置附加分析应用程序上增加了一个界面使其能通过BioEdit得到一个图形界面而且还增加了位置排列的信息基础动态描影版本3中增加了疏水亲水面互交的2-D浮雕数据绘图和一些更多的序列操作法版本4为绘制和注解质粒载体增加了一个图形界面在4.7.1版本中修改了处理序列信息和存储方法而且增加了一个二进制文件格式允许快速保存和打开大的排列序列容量增加到20,000在版本5中增加了自动注解序列或手动使用所有的标准Genbank功能部件定义而且在Isis Pharmaceuticals公司的请求下增加了序列排序和分型组控制注解行以及残基和非残基字符的鉴别BioEdit并不打算成为一个强序列分析程序但是打算成为一个序列分析的友好用户界面并连接其他在局域网和万维网上的更多的序列分析程序它现在使用于大的排列>2000序列文件界面最初模仿于一个非常好的程序――Don Gilbert 编写的SeqApp and SeqPup印地安那州大学免费提供SeqApp (用于个人计算机) and SeqPup (用于交换平台)地址是ftp:///molbio/seqpup/GeneDoc是一个特别的排列程序能够自由的在Windows 9x 和NT上使用也是一个非常专业的程序有很好的蛋白质排列注解和分析描影和结构定义功能部件就象一个反映排列的内在的进化树而这些在BioEdit中是没有的GeneDoc的网址是/biomed/genedocGeneDoc有比BioEdit更好的描影和分类选项有助于手工排列序列还有更好的图形处理缠绕和伸展的排列视图选项动态共有序列和更平滑和更快速的排列卷曲和刷新BioEdit是用Borland's C++ Builder编写的C++程序我是北卡罗来纳州大学微生物系的研究生不是专业的程序员这是我学习C++语言的入门必然是个非专业的设计这不是我博士工作的一部分这个程序非常小而且很有效率BioEdit为序列排列输出和一些分析提供容易的工具BioEdit功能BioEdit的主要目的是为那些不愿意被迫详细了解一个程序的使用方法的生物学家提供一个有用的工具BioEdit是直观的菜单式的并有大量的图示提供用户一个外部分析程序的图形界面主要功能是提供明显的容易使用的菜单选项5.0.6版本提供以下功能用于序列处理和编辑的简单的图形界面使用编辑选项包括残基的select and drag选择和拖动和grab and drag抓取和拖动变量选择选项鼠标点击插入和删除缺口全框选择全屏编辑中剪切复制和粘贴编辑窗口的自动刷新固定序列框保护排列中的固定残基使用各种功能部件内含子外显子促进子CDS和所有标准GenBank功能部件类型自动的和手动的注解序列使用一个模板序列自动注解同一排列中的其他序列序列分组分为各个颜色编码家族为同步手动排列锁定组成员用户定义的适当功能部件能够设定考虑任何功能部件就像用于类似性描影序列同一性矩阵和保存图表视图的核酸或氨基酸序列中的相关碱基用户定义的基序搜索使用标准的Prosite命名法和IUPAC功能部件允许搜索核酸或氨基酸序列还有精确的文本搜索包括或忽略缺口程序行可以定义为DNA RNA核酸蛋白质未定义或注解注解可以用于保存普通的注释或东西就象二级结构模糊定义但是不能保存计算根本的多基因树图阅读器支持节点翻转和打印链接多基因树图到排列并保存到BioEdit格式排列文件在一个排列末端添加另一个排列配置附件应用程序界面进入一个有BioEdit产生的图形界面的外部分析程序在外部应用程序中自动提供信息和找回文件外部应用程序进入分开的调度单位允许同步应用BioEdit外部程序的输出文件可以自动被其他程序打开在ABI自动序列模型3773733700中显示打印和编辑ABI痕迹文件在版本2和3中有SCF文件就象用Licor序列输出文件RNA比较分析工具包括共变可能配对和互交信息分析使用鼠标指示的动态数据视图的互交信息输出2D矩阵图表关于互交信息矩阵行和框的互交式的1D图表用BioEdit或GanBank格式保存序列注解信息通过氨基酸翻译排列蛋白质编码核酸序列在排列中搜索保存的残基寻找好的PCR目标或帮助定义基序在核酸或蛋白质序列中搜索用户定义的基序或用通配符搜索精确的文本并选择包括或忽略缺口用支持最多20,000序列每个文档进行循环存储器分配最多可以成功测定四百六十万个碱基 E. coli基因组核糖体数据库中的原核细胞16SRNA排列29 Mb, 6205个序列将会被单独处理在配置为Pentium 233 Mhz80 Mb RAM的计算机中用BioEdit计划文件格式最多只需要10秒种可以写入一个16S RNA排列内部的读写GenBank Fasta Phylip和NBRF/PIR文件用Don Gilbert’s ReadSeq导入输出一些其他格式的文件使用BioEdit计划文件格式快速读写大排列文件使用自动更新的排列蛋白质全标题和GenBank区域信息进行ClustalW多序列排列Des Higgins et. al.编写的内部界面外部程序就象排列来自于核苷酸序列的蛋白质视图时的核苷酸编码序列将残基块状复制到剪贴板允许将全不排列或部分排列粘贴到文字处理器基本序列处理在文档之间复制粘贴序列翻译和还原编码RNAÆDNAÆRNA反转互补大写字母小写字母多文档界面最多同时打开20个文档但是在其他打开的窗口不能设置限制六框翻译核酸序列为Fasta格式ORF表用矢量图进行半自动质粒矢量绘图和注解自动酶切位点和位置标记自动多接头视图和用户控制绘图工具将质粒文件保存为可编辑的矢量图形文件如位图复制到其他图形程序并可以打印氨基酸和核苷酸成分摘要和图表Revert to Saved恢复保存和undo撤销功能编辑氨基酸和核酸序列简单的指定色彩表编辑蛋白质和核酸序列使用不同的色彩表排列易感的描影法以信息为根据其中包括排列位置BioEdit 能够读写GenBank, Fasta, NBRF/PIR, Phylip 3.2 和 Phylip 4格式能够读ClustalW 和 GCG格式.10个附加格式的导入输出过滤器使用Don Gilbert的ReadSeq导入/添加一个文件到最后的另一个文件上(不考虑文件格式)基本的多文本编辑器限制性内切酶图谱用于任何或所有形式的翻译复酶和输出选项包括酶的提供者和环状DNA选项游览限制性内切酶创造商自动连接到你喜欢的网页游览器如Netscape或Internet Explorer程序和程序组的概述BioEdit是用Borland C++ Builder 3.0编写的(开始时是用C++ Builder 1.0)这是曾经是Borland公司的最新C++产品它结合了Borland C++ 5和Delphi的可视要素库VCL允许用户界面的可视开发使用快速申请开发RAD环境的好处在于它能够容易的创造出大量的图形界面它的缺点是编码不轻便BioEdit只能在Windows 95, 98, NT and 2000中使用我原来计划可以使BioEdit在Win16使用但是自从Windows 3.x过时了以后我就不再计划这样做了组织BioEdit当前支持同时编辑最多50个文件主要的控制形式包括打开文件的菜单创建新文档调整球形选项如色彩表密码子表分析参数选择和一个窗口管理器最初每个文档有它自己的整套处理菜单可以限制文档然而这被一个更传统的多文档界面所替代BioEdit没有使用额外的物理存储器除非编辑大的排列但是它看起来像占用了很多资源BioEdit每个文档最多可以有20,000个序列但在序列大小上没有限制在80MbRAM的233MHz的个人计算机上可以很好的处理一个来自于核糖体数据库的完整的原核16S rRNA排列6205个序列每一个有3319个字符一旦用BioEdit格式保存这个文件可以在几秒钟打开用GenBank格式要几分钟才能打开程序文件(BioEdit.exe)可以在主安装目录中找到可能还有以下子目录apps附件程序网页和网页书签通常以下文件会出现在apps文件夹按名称排列accApp.ini (在首次安装时为accApp.def)Bblast.htmlBioEdit.htmlblast_adv.gifblast_form_0.gifblastall.exe (在没有BLAST的版本中不出现)blastcl3.exe (在没有BLAST的版本中不出现) blast.txtbookmark.txtcap.doccap.execlear_inp.gifclustalw.execlustalw.txtcutter.htmlDnadist.docDnadist.exeDnamlk.docDnamlk.exeDos4gw.exe (PHYLIP 程序需要)Expasy.giffastDNAml.docfastdnaml.exeFitch.docFitch.exeformatdb.exe (在没有BLAST的版本中不出现) IdPlot.exeisrecsmall.gifKitsch.docKitsch.exemod_ad.gifmod_submit.gifnnpredict.htmlNote.gifPFSCAN_form.htmlphi_blast.gifPHIBlast.htmlPhylip.mapProtdist.docProtdist.exeProtpars.docProtpars.exepsi_blast.gifPSIBlast.htmlReadseq.exeReadSeq.txtscnpsit1.htmlSiblogo.gifsmweb.gifdatabase (是局部的BLAST数据库安装的版本必须有BLAST工具).BioEdit (全版本) 有以下文件在database文件夹Ecoli.phrEcoli.pinEcoli.psqEcoli_ORFs.txt (E. coli 开放读码框架的文本文件).helptBioEdit.GID (不是安装来的出现在帮助文件第一次使用后)Bioedit.hlptablesBlosum62codon.tabcolor.tabdayhoffdefcolor.tabenzyme.tabGc.valgonnetIdentifymatchPam120Pam250Pam40Pam80Seqcode.val安装文件夹通常包括以下文件_deisreg.isr (安装相关文件)_isreg32.dll (安装相关文件)BioEdit.exe (BioEdit 执行文件)DeIsL1.isu (安装相关文件)RNaseP_prot.gb (蛋白质排列示例)RNaseP_prot_genes.gb (DNA排列示例)RNaseP_RNA.gb (RNA排列示例)PBSSK_plus.pmd (质粒绘图示例)bacterio.gb (附带GenBank 信息的蛋白质排列示例)bacterio.bio (附带GenBank信息图式注解记号标记和序列族的BioEdit文件示例) YopD.gb (附带GenBank信息的另一个示例文件)TreeView.zip (Roderic D.M. Page编写的极好的系统进化树阅读器完全安装才有) TreeView.txt (记录TreeView的安装信息和配置BioEdit与tree-generating附件的连接)license.txt (BioEdit 许可证协议)ReadMe.txt (总说明)重要的是文件夹和文件的名字不能更改如果更改了BioEdit将不能正确安装将会有一个BioEdit.ini文件出现在你的Windows主目录下它包含BioEdit的初始化默认值和参数选择虽然这个文件可以手动编辑但是我们推荐不要编辑和手动编辑这个文件当前被支持功能部件和已知问题的列表请看BioEdit的功能和已知问题局限性已知问题和局限性BioEdit想要成为一个处理个别简单序列的多用途界面带有适合于自动化多重排列选项的综合序列排列最佳成对排列并且着重于使手工排列更容易随着时间的推移增加了一些附件的功能质粒绘图限制性内切酶图谱ABI和SCF查阅RNA比较分析和其他功能中的图式注解然而常用的查找功能特殊化分析如蛋白质二级结构三级结构的预测RNA结构的热动力学预测排列性质的统计学分析序列模式的概率或神经网络模型排列和结构的预测不包括在这个程序之内虽然用户可以配置命令行附件应用软件有程序链接连到ClustalW局域BLAST和BLAST client 3但是在ClustalW程序或BLAST程序升级后不能保证这些链接正确工作虽然在BioEdit安装程序中提供的局域BLAST和Clustal程序将会继续工作但在下一次NCBI决定改变它的委托人时BLAST client 3将不能正常工作我也不再一直支持这个程序源代码将在稍后提供下载但是会有一些紊乱没有很好注释限制于Borland C++ Builder这是我毫无疑惑的发布源代码的原因同样自动网页链接为网页如BLAST PSI-BLAST PROSITE轮廓扫描网页提供一个选择序列它们的工作依赖于网页的局域HTML模板BioEdit编辑的资源包括查询文本区域的选择序列因为万维网的高度易变性这些也许不能长时间正常工作如果一些地址变化或者HTML界面充分改变这些将不再能正确工作它们可能可以在BioEdit/apps文件夹中局部的被新的同名更新网页所替代但是它们是否能正常工作将依赖于网页中必需的URL定位是否被指定为绝对路径或相对路径它们是否依赖于局域CGI或Java程序和其他潜在的问题想要配置命名行分析程序的界面很好的工作可能不需要复杂的scripting语言然而因为这个界面及其选项的静态特点可能有程序不能正确的通过BioEdit运行虽然绝大多数接受命令行的程序可以被设置总之许多人可能宁愿为了更好的控制选项而从命令行运行程序BioEidt可以很好显示合适大小的排列然而对于一次打开的排列文档数量有限制同样一个单一排列中的序列数量也有限制现在最多一次打开50个排列文档一个排列中的最多序列数是20,000序列数量的限制和序列长度是无关的排列的绝对大小是有效的系统内存决定的如果文档在系统中全部进入虚拟内存编辑将会变得很慢如果排列中有几千个rRNA基因或者全部基因组的序列列表在Win95/98或NT系统中至少需要64到128Mb的内存在Win2000系统中至少需要128Mb内存在排列矩阵N× M > 40,000,000 (N = 序列数M=最长序列长度)时Undo撤消选项自动失效BioEdit是由Borland C++ Builder编写的是100% Windows基础它是不可移植的因为这个程序的大部分是图形界面在UNIX或Mac中可能不好使用BioEdit使用手册序列编辑处理手工序列排列下面是基本的BioEdit排列文档窗口如果你不喜欢现在的样子不要当心字体大小背景颜色残基颜色和标题窗口宽度都可以改变鼠标箭头右下方的黄色条幅显示的是当前序列的绝对位置这同样显示在控制栏的Position标题选择关闭黄色条幅就进入View->show sequence position by mouse arrow总的手工排序功能是在编辑窗口有三个可应用的基本模式选项可在Sequence->Edit Mode中找到Select / Slide mode(选择/调整模式)用鼠标左键选择框住的残基用鼠标来回的拖动选择默认值是朝你滑动的方向忽略unlocked gaps并在所选择的另一边开启新的unlockedgaps为了移动所选择的全部序列的下游不管缺口在移动时按住shift键你也可以在按钮板上切换合适的按钮见后改变默认值为移动所选择的全部序列的下游选定选项后在滑动时用shift键忽略unlocked gaps用shift键选择所有在现在选定的和新选择的残基CTRL键可以在当前选择上增加一个新的选择例如你也许想在三个互不相连的序列中选择残基Edit mode编辑模式在编辑残基模式中你可以在文档的任何位置除了标题放置任何类型的光标用箭头你可以在序列中走来走去编辑有两种形式插入和改写当编辑器在编辑模式可以看见在编辑模式的下拉菜单中有一个选项在其它两个排列模式,这个选项不会出现.Grab & Drag mode(抓取/拖动模式)从mode目录中选择Grab & Drag或者切换G/D按钮见后你可以从屏幕上动态的抓取和拖动单个残基用shift键移动整个残基序列的下游或者在按钮板上切换成合适的按钮――见后Grouping of sequences序列分组Sequences may be grouped into groups (or"families").序列可以进行分组或分成家族一个组的序列排列可以相互锁定意味着手动调节用可调整的残基插入或和删除缺口将自动同步调节一个锁定的组This only applies to sliding resides (Select / slide mode or Grab & Drag mode), not to single insertions and deletions of gaps with right mouse clicks. For information on grouping sequences and locking the alignment of groups of sequences, see grouping sequences.这只适合于可调整的残基Select / slide mode或Grab & Drag mode不能用鼠标右键进行单个缺口的插入和删除想了解有关序列分组和其排列锁定的信息看grouping sequences工具条 / 加速按钮锁定和开启全部序列的所有缺口当打开一个排列这个按钮是在开启状态但是缺口是现在的虽然它们过去被保存在这个按钮被按下去后才能进行改变为了开启当前序列的所有缺口你必须按这个按钮两次进行切换到这个状态第一状态是锁定所有缺口上个按钮的锁定状态按下这个按钮可以用鼠标右键插入单个缺口用鼠标右键删除缺口在所有序列中插入缺口除了在用鼠标右键点击这个按钮的位置在所有序列中插入缺口除了在用鼠标右键点击这个按钮的位置在选择位置没有缺口的序列将不会改变但是有这个按钮在那儿缺口将始终被删除转换鼠标左键和右键的默认值功能切换Grab & Drag模式按下这个按钮可调整残基的默认值是忽略或扩展到下游缺口使用shift键可以调整转换这个功能按下这个按钮可调整残基的默认值是移动全部所选序列的下游胜过忽略或扩展到下游缺口使用shift键可以调整转换这个功能普通视图模式当序列颜色显示时残基根据当前的色彩表着色这个选项用于序列是单色视图时所有其他视图覆盖单色视图反转颜色视图模式背景栏根据每一个残基的色彩表描影残基的颜色是它们普通颜色的反转排列的强度――残基根据每一栏的信息内容灰度描影残基背景根据每一栏的信息内容描影把文档窗口中一致的和类似的残基描影按下这个按钮控制条上将会出现一个下拉菜单可以控制隐藏的百分比开端蛋白质排列的类似性隐藏的矩阵文件可以在Alignment->Similarity Matrix菜单中详细说明绘出功能部件其上有层次的序列只绘出功能部件没有序列根据当前的色彩表序列彩色视图根据当前选择的序列颜色序列单色视图只用于normal view按钮也被按下用一个字符默认值是.显示序列的同一性默认值是top.如果按下前一个按钮这个下拉菜单能够选择标记同一性的字符显示或隐藏交互信息检查器只用于RNA分析引出色彩表编辑对话窗切换ignore anchor points模式如果这个按钮没有按下固定栏限制排列的范围按下这个按钮固定栏被忽视卷屏速度控制器控制水平卷屏条卷屏是因残基增加增加或移去位置标记旗增加或移去一个栏的固定点在编辑盒中编辑在一个文本窗口中进行一个序列主要的编辑会十分方便为一个序列开启一个编辑窗口双击序列的标题或选中序列并从Sequence菜单中选择Edit Sequence为了使改变生效必须按下Apply或Apply and Close按钮取消将不会改变序列在一个序列第一次编辑时将会出现下面的窗口在Sequence Type下拉菜单中下列选项是可用的如果一个序列是未知的蛋白质色彩表通常是彩色的就像一个已经经过类似性底纹处理的蛋白质序列可以保留一个关于排列的每一行的屏幕信息的注解但是不能计算类似性和同一性不服从标准的处理如翻译互补自动排列等在单个序列编辑器中你可以用lock sequence选项选择锁定任何序列应用这个选项时selecting/dragging或抓取和拖动将不能使用但是用鼠标右键增加或删除缺口始终可以使用按下按钮可以展开窗口看相关的GenBank的信息窗口扩展如下按钮可以用于提出在大的编辑窗口中的相关领域**注意GenBank信息将只能用GenBank或BioEdit格式保存***注意GenBank信息包括功能部件领域是内部独立于用户定义的图示注解窗口隐藏一个文档可以进行窗口隐藏就是双击窗口的标题栏可以隐藏标题栏再次双击可以使其变回原来的大小它也可以最小化和最大化增加一个新序列通过以下方式增加新序列1.在Sequence菜单下选择New Sequence选项序列可以像原始文本一样被键入或复制进序列窗口按下Apply按钮可以在文档中增加序列2.通过Edit菜单的Copy Sequence(s)和Paste Sequence(s)命令复制或粘贴来自其他BioEdit文档的序列同样也可以使用当前菜单快捷键(默认值Ctrl+F8复制Ctrl+F9粘贴)全屏编辑序列可以在全屏编辑就像在一个文字处理器上一样必须首先设定Mode选项为Edit Residues(BioEdit在安装后默认模式为Slide Residue)在编辑模式下你可以使用箭头在屏幕上移动输入像在文本编辑器中一样编辑有两种选项插入模式和改写模式它们类似于在文字编辑器中的功能选择序列点击序列的标题可以选中序列拖划出一个方框可以选中多个序列或用shift键选择两个选择序列之间的所有序列用Ctrl键加鼠标可以分别选择标题或给选中的序列加上详细的标题双击标题将会打开一个单序列编辑器再次点击原先选中的标题使其进入全屏编辑模式你可以编辑标题后按下< return >或点击序列标题板的任何位置使对标题的改动生效移动序列想移动一个序列(或一些序列)选中它(用鼠标左键点击它的标题使其变亮)把它拖放到你想要的位置Cut Copy Paste剪切复制粘贴Copy复制编辑窗口的文本(序列残基)用鼠标选择文本并从Edit菜单选择Copy不像文字编辑器你可以复制你想选择的区域而不是复制文本的全部行这种方式复制的区域可以粘贴在任何能够进行文本编辑的程序中如果只是如果你没有选中在全部序列中任何残基序列的标题将会以BioEdit序列结构形式复制到BioEdit的剪贴板在选择Paste Sequence(s)时全部序列将会被粘贴到文档全部序列用鼠标选择序列标题并从Edit菜单选择Copy Sequence(s)标题被选中的序列将以Fasta格式被复制到Windows剪贴板多于一个被选中的序列将以Fasta序列目录的形式复制到剪贴板中并在BioEdit内部复制成一组全部BioEdit序列结构能够被粘贴在任何BioEdit文档中注意BioEdit剪贴板中包括所有序列相关数据Genbank信息图示注解是在BioEdit 同一步骤的内部它们不能在独立的步骤之间转移为了在BioEdit排列文档之间复制序列必须确定两个文档是在程序的同一步骤打开的只有Fasta格式的序列可以被复制到普通的Windows剪贴板Paste粘贴在编辑窗中的文本为了把一个序列粘贴入主编辑窗界面必须是Edit Residues模式见全屏编辑如果文本的一个区域被粘贴到一个序列只有第一行用回车键定义将会被粘贴这避免了在粘贴文本进入序列时可能出现的问题也避免了不注意的使错误的序列在其下为了把文本的片段粘贴到排列的一个区域片段必须一次一个的粘贴进序列如果文档在Slide Residues或Grab and Drag模式Paste粘贴的功能将会和Paste Sequence(s)粘贴序列的功能一样见后全部序列从文档菜单到粘贴序列从Edit菜单中选择Paste Sequence(s)序列将会增加到文档的最后它们可以移动到文档的任何位置Cut剪切和Cut Sequence(s)剪切序列就象Copy复制和CopySequences复制序列一样但是其功能是从文档中删除复制的信息然而只有在Edit Residues模式下残基才能从文档中删除同样当在没有选中任何残基的情况下使用剪切功能时标题被选中的序列将以Fasta格式被复制到Windows剪贴板并以序列结构的形式复制到BioEdit剪贴板中但是它们不能从文档中删除为了适当的从文档中剪切序列可以选择Cut Sequence(s)。

Bioedit操作指南PPT课件

Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
1. 目的：纯菌种16S rRNA,利用Sanger方法双端测序，然后检查测序质量，将双端测序的序列拼接成一条完整的序列,利用这个长序列去与数据库比对，判断这个序列最可能是从哪个微生物来的。
2. 具体操作过程：以一个纯菌种的16S rRNA测序为例，练习序列拼接（assembly). 用Sanger方法，从两端测序，引物为27F和1492R。
正向引物27F测得的序列
Overlap
反向引物1492R测得的序列
拼接 (assembly)
Contig
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1
Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第一步：Sanger测序下机文件为.abi文件，可以用Bioedit打开查看测序质量。峰型好的碱基质量较好，把质量好的碱基部分提取出来，存成fasta文件。
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Biedit软件的应用介绍：DNA序列基本操作
第二步：将27F和1492R测得的序列都整接成一个长的contig。
操作如下：file----new alignment-----file----import ------sequence alignment file---同时选择 Seq27F.fas和seq1492R.fas-----file-----save as 27F+1492R.fas-----file----open 27F+1492R.fas ---点击选择两个文件名-----accessory applications-----CAP assembly contig program-----run application-----enter----随即产生了contig序列，delete原始的序列（seq27F.fas和 Seq1492R.fas),给contig命名，另存为Seq27F+1492R_contig.fas。

生物信息学工具的使用教程

生物信息学工具的使用教程随着生物学研究的深入，生物信息学在生物学研究中的应用越来越广泛。

生物信息学工具是生物学研究中不可或缺的一部分，它能够帮助科学家分析和解释大量的生物学数据。

本文将介绍几个常用的生物信息学工具及其使用方法。

1. BLAST（Basic Local Alignment Search Tool）BLAST是一种用于比对生物序列的工具，它可以将一个给定的DNA、RNA或蛋白质序列与数据库中的其他序列进行比对，找出相似性最高的序列。

使用BLAST时，首先需要选择合适的数据库，然后将待比对的序列输入到BLAST程序中。

BLAST会根据序列的相似性进行比对，并给出比对结果的评分和统计数据。

科学家可以根据这些结果来研究序列的功能和进化关系。

2. ClustalWClustalW是一种用于多序列比对的工具，它可以将多个相关序列进行比对，找出它们之间的共同特征和差异。

使用ClustalW时，首先需要将待比对的序列输入到程序中，然后选择合适的参数进行比对。

ClustalW会根据序列的相似性和差异性进行比对，并给出比对结果的评分和统计数据。

科学家可以根据这些结果来研究序列的进化关系和结构特征。

3. EMBOSS（European Molecular Biology Open Software Suite）EMBOSS是一个生物信息学工具集合，它包含了许多常用的生物信息学工具，如序列比对、序列分析、结构预测等。

使用EMBOSS时，科学家可以根据自己的需求选择合适的工具进行分析。

EMBOSS的优点是它提供了丰富的功能和灵活的参数设置，可以满足不同研究的需要。

4. R（统计计算与图形）R是一种用于统计计算和图形绘制的编程语言和环境，它在生物信息学中被广泛应用。

使用R时，科学家可以编写自己的脚本来进行数据分析和图形绘制。

R提供了丰富的统计分析方法和绘图函数，科学家可以根据自己的需求选择合适的方法和函数进行分析。

L-Edit绘制版图

2011-7-13
（2）“Grid（栅格设置）”标签页为方便绘图、查看和编辑，L-Edit提供了三种独立的栅格坐标：显示栅格、鼠标栅格和定位栅格，如图3.7所示。 “Grid display”栏用于定义显示栅格。其中“Displayed grid”填充框用于设定栅格的格点间距，单位是定位单位；“Suppress minor grid”填充框用于设定栅格格点显示的最小像素，小于或等于该值时，格点将不显示。 “Mouse grid”栏用于设置鼠标栅格。选中“Snaping”选项表示鼠标指针只能在栅格上移动；选中“Smooth”选项表示鼠标指针可在栅格间移动；“Mouse snap”填充框用于设定鼠标每移动一步的距离，单位是定位单位。
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图3.8 选择参数设置标签页
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（4）“Drawing”标签页用于绘图参数的设置，设置窗口如图3.9所示。 “Default port text size”栏用于设置端口默认文字尺寸，单位是定位单位。
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“Nudge amount”栏用于设置命令 Draw/Nudge中微移量。 “Default ruler settings”栏用于设置标尺的文字大小（Text）、显示方式（Display）、端点形状（End）、刻度线显示方式（Show tick marks）。 “Create rules on”栏用于设置标尺放置的位置。选中“Current layer”选项表示将标尺放于当前图层上，也可通过图层选择框中的下拉列表，选取放置标尺的图层。
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（2）“Keyboard”标签页用来设定键盘上的热键，包括布局与文字编辑器。可以视使用者使用习惯删除或是增加热键内容。（3）“Warnings”标签页是警告框的列表。选中某个警告框前的复选框将使它激活，在编辑设计文件时发生违反规则的情况下该警告框会打开；若警告框不激活，将不会打开。（4）“UPI”（用户编程界面）标签页设置L-Edit用来解释的头文件所在目录，以及UPI写宏错误的记录文件的路径。（5）“Rendering”标签页用于建立基本的显示行为。

L-edit_版图绘制基础

选中图形，按住中间滚轮键，拖动选中对象到你想移动到的地方
原位复制一个所选择的对象
对选中对象进行上下镜像操作
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Company name
生成一个新的cell
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Company name
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Company name
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Company name
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Company name
很多设备都不能直接处理.tdb格式的文件，这就需要一种通用性好中间文件格式进行转换，如：gds文件。
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Application为应用参数的设定： Workgroup用来指定设计组配置文件的路径和名称；user用来指定设计者配置文件的路径和名称。 General中编辑选项栏（Editing options）中Paste to cursor指剪贴板上的图形粘贴到鼠标指针上；Auto-panning指自动平移窗口；Active-push rubberbanding指只需要定义端点就可画出图形。 Toolbars中 Layer icon用于设置层定义区各图标的尺寸，单位是像素；Drawing为设定绘图模式。 Recently used file list：表示最近使用的文件列表。 Keyboard用于设置键盘的热键。 Warning为警告框列表。 UPI为用户编程页面。
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Company name
图形编辑：可以改变对象的大小和形状，在多边形中添加顶点，以及对对象进行切割、合并和掏空等操作。改变对象的大小和形状：在编辑图形前首先要选中对象，然后用鼠标中键在对象的边或顶点的距离等于或小于编辑范围时按下，然后拖动鼠标，可以改变对象的大小和形状。编辑范围在设计参数对话框中设置。多边形中添加顶点：把鼠标指针放在任意角多边形的边上，按下Ctrl 和MOVE-EDIT键，拖动鼠标，鼠标指针所在边上的点将变为一个新的顶点，并随鼠标指针移动。

cocos的mapedit使用手册

Cocos的MapEdit使用手册一、概述Cocos是一款流行的游戏开发引擎，拥有强大的功能和易用的界面，为开发者提供了丰富的资源和工具。

其中，MapEdit是Cocos引擎中非常重要的地图编辑工具，可以帮助开发者快速创建游戏地图，并实现各种地图相关的功能。

本手册将为您详细介绍MapEdit的使用方法和注意事项，帮助您在游戏开发中更加高效地利用这一工具。

二、安装和启动1. 安装Cocos引擎如果您还没有安装Cocos引擎，请先从冠方全球信息站下载并安装最新版本的Cocos引擎。

2. 启动MapEdit安装完成后，启动Cocos引擎，点击“工具”菜单中的“MapEdit”选项，即可进入MapEdit地图编辑器界面。

三、界面介绍1. 地图编辑区：用于显示和编辑当前地图的主要区域，包括地图的背景、地形、道具等内容。

2. 属性设置栏：可以设置当前所选元素的属性，如位置、大小、碰撞属性等。

3. 素材库：提供了丰富的地图元素，开发者可以通过拖拽的方式将所需元素拖入地图编辑区进行使用。

4. 地图层管理：可以对地图进行层级管理，包括新建、删除、隐藏、锁定等操作。

5. 地图预览：可以预览地图在不同分辨率下的效果，方便开发者进行调试和优化。

四、基本操作1. 创建新地图点击菜单栏中的“文件”-“新建”，设置地图的大小和名称，即可创建一个新的地图。

2. 添加元素从素材库中选择需要的地图元素，拖拽至地图编辑区，即可将其添加到地图中。

3. 设置属性选中地图元素，可以在属性设置栏中设置其属性，如位置、大小、碰撞属性等。

4. 地图保存在编辑完成后，点击菜单栏中的“文件”-“保存”，即可保存当前地图。

五、高级功能1. 多层地图MapEdit支持多层地图的编辑，开发者可以在地图层管理中新建多个地图层，并进行独立编辑和管理。

2. 地图导入导出MapEdit提供了地图的导入和导出功能，支持多种地图格式，方便开发者进行地图资源的管理和共享。

生物信息绘图基础操作手册

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計網中心編製
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3-3.內容管理-建立內容介紹(1/3)
建立內容介紹
點選 >內容管理建立內容會依安裝模組而有不同項目呈現，各內容項目下方均有簡單介紹以了解項目功能。以下建立內容項目： Image 請參考 4-2 相簿功能製作日期請參考 4-5 行事曆設定檔案請參考 4-3 檔案下載功能討論版主題請參考 4-4 討論區設定頁面請參考 4-1 最新消息的設定
步驟8
步驟9
Here comes your footer Page 29
3-3.區塊管理-自訂區塊內容
步驟11:完成後按下儲存鈕，之後左欄將會出現自訂的區塊內容。
步驟11
Here comes your footer Page 30
3-3.內容管理-管理介面介紹(1/2)
內容管理介紹
點選管理>內容管理內容管理會依安裝模組而有不同項目呈現，各內容項目下方均有簡單介紹以了解項目功能。以下內容管理項目： Image galleries 請參考 4-2 相簿功能製作討論區請參考 4-4 討論區設定
內容管理：網站內容的異動與管理。
網站建置：控制網站的外觀。
網站設定：調整基本的網站設定選項。使用者管理：管理網站的使用者、群組,以及網站功能的存取方式。報告：檢視系統日誌和其他狀態資訊的報告。說明：網站功能模組的說明與設定。
管理者管理選單功能
計網中心編製
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Unit 3: Drupal基本設定
主選單
主選單主選單通常是顯示在版型上，引導使用者到網站的主要單元，使用者必須自行訂義內容。導覽選單導覽選單是由Drupal所提供，並且可以是任何網站的主要介面選單。自訂選單 drupal提供客制化選單功能，讓使用者自訂選單。

Android游戏开发之地图编辑器的使用以及绘制地图

Android游戏开发之地图编辑器的使用以及绘制地图（一）发布于2011-10-14Mappy中文地图编辑器的使用说明下载地址：/source/3452259压缩包中包含游戏地图编辑器使用指南与地图资源图片宫院1.png 一张mapwin.exe 可执行文件map.FMP 与map.TXT为使用编辑器生成出来的保存文件与地图数组。

解压后打开地图编辑器mapwin.exe.exe 创建一张新的地图。

由于我用的Android模拟器宽高是320X480地图宽的块数就是320 / 32 = 10地图高的块数就是480 / 32 = 15这里扩充一下实际在工作开发中因为手机的分辨率各式各样所以是需要尺寸考虑自适应的有两种方法可以拿到当前手机屏幕的宽高Display display = getWindowManager().getDefaultDisplay();Log.i("view" , "height:" +display.getHeight());Log.i("view" , "width:" +display.getWidth());DisplayMetrics displayMetrics = getResources().getDisplayMetrics();Log.i("view" , "height" +displayMetrics.heightPixels);Log.i("view" , "width" +displayMetrics.widthPixels);弹出框后点击确定导入地图图块编辑器下载地址中包含了一张地图图片可以选择使用因为编辑器是须要美术图片配合使用的比如tile的尺寸图片的宽高尺寸必需能被整除。

导入地图图块成功右侧为导入的地图资源接下来就是自己拖动右侧地图块拼出自己想要的地图了。

综合序列分析软件BioEdit中文说明书-文档资料66页PPT

5、教导儿童服从真理、服从集体，养成儿童自觉的纪律性，这是儿童道德教育最重要的部分。—— 陈鹤琴
ห้องสมุดไป่ตู้
1、最灵繁的人也看不见自己的背脊。——非洲 2、最困难的事情就是认识自己。——希腊 3、有勇气承担命运这才是英雄好汉。——黑塞 4、与肝胆人共事，无字句处读书。——周恩来 5、阅读使人充实，会谈使人敏捷，写作使人精确。——培根
综合序列分析软件BioEdit中文说明书 -文档资料
1、纪律是管理关系的形式。——阿法纳西耶夫 2、改革如果不讲纪律，就难以成功。
3、道德行为训练，不是通过语言影响，而是让儿童练习良好道德行为，克服懒惰、轻率、不守纪律、颓废等不良行为。 4、学校没有纪律便如磨房里没有水。 ——夸美纽斯

QTL IciMapping3.0 简单教程

QTL IciMapping3.0 定位简单应用教程张茜中国农科院2012.6.14主要步骤•数据准备•新建project•导入数据•构建图谱•QTL定位准备数据•.map格式将txt格式后缀名改成.map即可（表头信息不能动），一个map文件中包括General Information、Marker Types 、Information for Chromosomes and Markers三部分信息主要更改数据：7为F2群体；1一般不动；Marker space type 选1或2均可，只要保持数据对应Maker Types带型统计方法这些数据是标记在第几条染色体（group）上，未构建图谱侧全为0点File 选New Project新建一个工作项命名保存路径点File 选*map导入构建准备好的map格式图谱的数据打开，完成数据导入点击分组，在此处出现group群点可以看到一个group下所含标记，右键点击一个标记可以对其位置调动或者删除完成分组后，点击ordering，转换成染色体组再点此按钮完成沟通准备工作，工具栏上的map图标变蓝可以点击构图了点击map 按钮出现图谱（右）点击即可出现下一个染色体图谱点击出现整体图谱Save 可以保存各种格式的图QTL定位数据准备将构图所得结果F2bip（在project-map-result文件下）先复制一份，再用txt打开方式打开所复制文件。

Bip文件中包含5部分General Information、Information for Chromosomes andMarkers、Linkage map (Marker namefollowed by position or the interval length)、 Marker Type 、Phenotypic Data更改数据：0改成1选File-open file-*bip打开更改保存好的bip格式文件选ICIM-ADD添加的下框（一般都默认），此时start按钮从灰色变黑色，单击即可进行定位Start 完了点ADD即出现下图加性效应图显性效应图总染色体添加lod值线下一个染色体在Graph 下可以选择连锁图和lod （上）或者连锁图和QTL（下）图谱结果信息在map目录下QTL结果信息在BIP目录下信息栏补充•QTL ICIMapping是在*map（oppen file子菜单下）下完成构件图谱，在*bip（oppen file子菜单下）下完成QTL定位。

图谱构建教程

请注意: 开始之前, 请确认您的计算机已安装了QTL IciMapping集成软件!遗传连锁图谱构建1.打开软件: QTL IciMapping 软件可通过两种方式打开•双击QTL IciMapping 软件在桌面上的快捷图标•从”所有程序”菜单中选择QTLIciMapping 软件2.软件浏览. 单击StartPage中的”左箭头”或”右箭头”, 可以看到:•软件所能处理的遗传群体类型•共显性标记是如何编码的•显性标记是如何编码的•隐性标记是如何编码的3.建立一个”新工程”•单击”File”菜单•选择”New Project”•输入”工程名称”(例如, 图示中的工程名称为Tutorial)和选择路径 (例如, 图示中的路径为D:\)•单击”OK”完成”新工程”创建新建工程显示在”工程窗口”中所有与此工程相关的各种输入/输出, 按特定的组织形式自动保存在路径”D:\Tutorial\...”下的各种文件夹中4.向新建工程中导入遗传群体•单击”File”菜单, 然后选择File -> Open File -> *.map•或者单击”Open”, 然后选择*.map (Linkage mapconstruction) 文件类型•在文件列表中选择要打开的群体 (例如: “C:\CAAS\QTLIciMapping\Examples\MAP\ArabidopsisRIL.map”)•单击”打开(O)”完成由此选择打开EXCEL2003/2007文件5.MAP功能浏览: MAP功能把窗口分为4部分•工程窗口•标记整理信息和结果展示窗口•锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口•参数选择/设置窗口标记整理信息和结果展示窗口锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口参数选择/设置窗口工程窗口6.标记分群•单击Grouping下的箭头, 软件将利用默认/设定参数对标记进行分群, 例如图例中, 按LOD临界值3.00 的标准分群7.标记排序•单击Ordering下的箭头, 软件将利用默认/设定参数对标记进行排序, 例如图例中,利用nnTwoOpt算法排序遗传连锁图谱构建8.标记排序调整(此选项可跳过, 调整的目的是获得更短的图谱)•单击Rippling 下的箭头, 软件将利用默认/设定参数对标记顺序进行调整, 例如图例中, 利用SARF做标准, 窗口大小为59.结果输出•单击Outputting下的箭头, 软件将输出作图结果, 例如图例中, 输出成对标记间的LOD值, 重组率, 图距, 以及QTL分析中用到的输入文件这个图标只有在执行“Outputting”后才可用10.绘制连锁图谱•单击”MAP”图标•或者从”Figures”菜单中选择”Linkage Map”•单击”C<<“或”C>>”切换染色体•单击”C-=“绘制所有染色体的图谱10.绘制连锁图谱 (续)•单击”C-=“右边的下箭头, 选择特定染色体绘制图谱•在作图区域右击鼠标, 以复制/打印/保存连锁图谱•连锁图谱可以保存成多种文件格式遗传连锁图谱构建11.在”结果展示窗口”中浏览结果文件•在”工程窗口”的文件列表中, 双击待浏览的结果文件, 这个结果文件将显示在”结果浏览窗口”, 图例中, 打开/显示的文件是”Aradbidopsis.sum”•所有输出结果文件保存在”D:\Tutorial\MAP\Arabidopsis\Results\...”中•“Tutorial”是工程的名称•“MAP”指示软件的功能. 目前有7大功能•“ArabidopsisRIL”是导入遗传群体文件的前缀•“Results”是保存结果文件夹的名称遗传连锁图谱构建12.高级用户–锚定信息的管理•清空作图结果: 鼠标指向遗传群体文件名称”Arabidopsis.map”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Clear Results”, 然后在弹出的对话框中选择”OK”•建立新的锚定信息群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Anchor”. 锚定信息群“Anchor1[0]”出现在这个窗口内.•向锚定信息群中添加标记 (例如”SNP71”和”SNP251”):鼠标指向待添加标记”SNP71”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Anchor to -> Anchor1”将”SNP71” 添加到Anchor1中; 对”SNP251”重复上述过程.遗传连锁图谱构建13.高级用户–分组标记信息的管理•建立新的标记群: 鼠标指向”锚定信息/分组信息/染色体信息展示窗口”,然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”New Group”. 一个新群”Group5[0]”出现在这个窗口内.•向新建标记群中添加标记 (例如”Group4”中的”F6L9.78”和”SNP53”):鼠标指向待移动标记”F6L9.78”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Move to ->Group5” 将”F6L9.78” 添加到”Group5[*]”中; 对”SNP53”重复上述过程.•从标记群中删除标记 (例如”Group4”中的”FRI”和”SNP254”):鼠标指向待删除标记” FRI”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中, 选择”Delete” 将”FRI”从”Group4[*]”中删除; 对”SNP254”重复上述过程.遗传连锁图谱构建14.高级用户–排序标记(即连锁群)信息的管理•连锁群间移动标记 (例如, 把“Chromosome5”和”Deleted Markers”中的一些标记移动到”Chromosome4”):鼠标指向所要移动的标记”F6L9.78”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Move to -> Chromosome4”将”F6L9.78”移动到”Chromosome4”; 对”SNP53”, “FRI”和”CNP254”重复上述过程.•对连锁群”Chromsome4”再排序: 鼠标指向连锁群”Chromsome4”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Ordering”实现对”Chromosome4”的重排序•对连锁群重命名: 鼠标指向连锁群”Chromsome4”, 然后右击, 从弹出的快捷菜单中选择”Rename”实现对”Chromosome4”的重命名, 或者…•将连锁群上移或下移•删除连锁群内的所有标记•改变连锁群首尾标记的循序遗传连锁图谱构建15.高级用户–在EXCEL中管理遗传群体的信息•工作表”GeneralInfo”定义遗传群体的一些基本信息, 每项信息占1行.•工作表”Genotype”定义遗传群体中每个个体的标记型, 每个标记占1行. 每行第1列为标记名称, 其他列为标记型.•工作表”Anchor”定义标记的锚定信息, 每个标记占1行. 每行第1列为标记名称, 第2列为锚定信息, 用正整数表示, 0表示未知锚定信息.•EXCEL中管理遗传群体的注意事项•从软件附带的EXCEL群体实例开始, 用这些实例做模板•不要改变EXCEL工作表的名称•确认信息的完整性, 不同工作表间无冲突. 例如, 工作表”GeneralInfo”定义群体大小为120, 那么工作表”Genotype”要包含121列. 每行第1列为标记名称, 其他120列为标记型.•文件名称, 标记名称, 性状名称中不包含空格.如何构建整合图谱?•选择软件的IMP功能•向工程中导入待整合的图谱. 例如, 把软件中附带的”Arab_1.imp”打开.•依次执行”Grouping”,“Ordering”, “Rippling (可选项)”, 和”Outputtin g”建立整合图谱.如果想要计算F2群体中, 2个显性标记间的重组率, 怎么办? •选择”Tool ->2pointREC”•选择群体类型•选择标记类型•输入不同标记型下的观测样本量•单击”RUN”•浏览重组率的估计值, 检验遗传连锁的LOD值, 以及位点间的图距等。

ClueGO生信作图进阶技巧及实操演示

ClueGO生信作图进阶技巧及实操演示在之前的文章中，给大家介绍了ClueGO的基本使用方法（生信分析绘图神器，你值得拥有！），今天给大家介绍一些进阶用法和实操演示。

在先前介绍过的一篇生信文章中（不做实验，只挖掘数据库怎么发五分文章？）有这么一张图，图中展示了miRNA的靶基因所对应的信号通路，非常直观地展示了miRNA可能对哪些信号通路产生了影响。

下面本宫介绍一下这张图的作图方法。

首先选择CluePedia功能，然后输入两个miRNA的名字，Start！选中这两个miRNA，利用miTarBase数据库（这个数据库不在默认列表里，点旁边的下载选项可以下载该数据库）进行分析。

然后选择ClueGO功能，Ctrl+A选中所有基因，选择导入network，将刚才分析出来的所有基因导入到表中，选择KEGG分析，并设置成只显示pV<>的通路以及富集结果至少包含2个基因。

选择显示基因但结果中并没有包含miRNA我们还需要添加两个miRNA然后再选中这两个miRNA，用miTarBase数据库将miRNA与刚才筛选出来的靶基因进行关联（我们前面的步骤实际上是一个筛选靶基因的过程）。

最后，见证奇迹的时刻~~当然了，为了展示的更加清楚，网络图还可以进行美化调整，这里就不做演示了。

ClueGO中另一个常用的关联数据库是STRING数据库，在下面这张图中，我们还可以添加STRING数据库的分析结果。

我们选中Bladder cancer相关的基因进行分析。

相互间作用类型，相关阈值以及基因数量都是可以自己设置的。

这里本宫选择了Activation和Inhibition两项。

最后画出来是这样的：ClueGO当中还有许多其它数据库可以使用，目前一共有26个数据库。

此外ClueGO也是有许多其它外链可以使用的今天就策到这里了，大家如果在别的文章中有看到利用ClueGO 做出来的网络图也可以在本文下面留言，本宫会尽可能给大家展示重现的过程。