基于线粒体DNA控制区的新疆北鲵种群遗传多样性分析
新疆北部地区蜉蝣目昆虫种类及多样性研究
新疆北部地区蜉蝣目昆虫种类及多样性研究引言:蜉蝣类昆虫属于昆虫门,是相对较为独特的昆虫群体,在生态系统中发挥着重要的角色。
然而,对于新疆北部地区蜉蝣目昆虫种类及多样性的研究相对较少。
因此,本文旨在对新疆北部地区蜉蝣目昆虫的种类以及多样性进行研究,希望能为了解该地区昆虫的生态特征提供一定的参考。
方法与材料:本研究选取新疆北部地区作为调查研究区域,采用田间调查和标本采集相结合的方法,对蜉蝣目昆虫进行样本采集。
样本采集地点包括高山、草地、沙漠和湖泊等不同类型的生态环境。
采集过程中,特别注意昆虫的分类特征、生活习性以及栖息地信息的记录。
采集到的样本用显微镜检测,通过观察和鉴定计算不同种类的昆虫数量和频率。
结果:经过对新疆北部地区蜉蝣目昆虫样本的采集和鉴定,我们发现了多个昆虫种类。
首先,根据采集到的样本特征,我们将蜉蝣目昆虫分类为若干个科,包括蜉蝣科、蟓螂科、垂翅目科、腹蝇科等。
其次,对不同科的昆虫样本进行统计和计算,我们发现新疆北部地区的蜉蝣目昆虫种类相对较为丰富,其中以蜉蝣科和蟓螂科占主导地位。
此外,不同类型的生态环境对昆虫种类和多样性也产生了显著影响,例如高山地区的蜉蝣目昆虫种类较为单一,而湖泊地区的种类较为丰富。
讨论:新疆北部地区蜉蝣目昆虫种类及多样性的研究结果显示,该地区的蜉蝣目昆虫种类相对较为丰富,其中以蜉蝣科和蟓螂科为主。
这与该地区的生态环境有密切的关系,不同生态环境对昆虫种类和多样性产生了显著影响。
此外,蜉蝣目昆虫在生态系统中发挥着重要的角色,不仅是食物链中的层级重要成员,还参与了花粉传播和生物降解等生态过程。
结论:通过对新疆北部地区蜉蝣目昆虫种类及多样性的研究,我们对该地区昆虫群体以及生态特征有了更深入的了解。
该研究结果对于保护和维护该地区生态系统的稳定性具有一定的参考意义。
然而,本研究还存在一些局限性,例如样本采集范围有限以及鉴定误差可能存在等方面。
因此,后续的研究需要进一步完善和扩大样本采集范围,以提高研究结果的准确性和可信度。
基于线粒体dna标记对3个华鳈群体的遗传结构分析
1.1 样本采集及 DNA抽提 课题组于 2015年 4月至 2017年 8月在洪泽湖
(江苏省淮安 市 淮 阴 区 韩 桥 乡 )、千 岛 湖 (浙 江 省 杭 州市淳安县 富 溪 乡 )和 西 湖 (浙 江 省 杭 州 市 西 湖 北 里湖)3个采样点各采集华样本 15尾。剪取每尾 个体的尾鳍组织后浸泡于无水乙醇中,并于 4℃冰 箱中保存备用。采用传统的苯酚 -氯仿法对各样 本基因组 DNA进行抽提,DNA质量采用 Nanodrop 2000微量紫外分光光度计进行检测。
PCR扩增体系总体积为 50μL,其中包含 10× reactionbuffer5μL,TaqDNA聚合酶 4U(大连宝生 物),dNTP(2.5mmol/L)1.6μL,上下游引物混合液 (2.5μmol/L)1.6μL,DNA模板 80~200ng,灭菌 超纯水 36.5μL。PCR反应在 BioRad公司的 T- 100型 PCR仪中进行,PCR反应程序为:94℃预变 性 5min;94℃变性 45s,52℃退火 45s,72℃延伸 1min,运行 37个循环;72℃终延伸 20min。PCR产 物通过 1.5%琼脂糖凝胶电泳后,利用回收试剂盒 GelExtractionKit(北京康为世纪)对目的片段进行 回收和纯化,纯化后的产物送往武汉艾康健生物科 技有限公司,利用 ABI3730测序平台进行测序。 1.3 数据分析
朱传坤1,潘正军1,常国亮1,吴 楠1,王 辉1,丁怀宇1,强晓刚2,余祥胜2
(1.淮阴师范学院生命科学学院 /江苏省特色水产繁育工程实验室 /江苏省区域现代农业与环境保护协同创新中心,江苏淮安 223300; 2.江苏省淮安市水产技术指导站,江苏淮安 223001)
摘要:华(Sarcocheilichthyssinensis)是一种兼具食用和观赏价值的小型鲤科鱼类。采用 Cytb和 D-loop2个线粒 体 DNA序列对洪泽湖、千岛湖和西湖 3个群体的 45尾华样本进行了遗传变异与遗传结构分析。结果显示,在长度 为 404bp的 Cytb序列中,共检测出变异位点 22个(5.4%),定义了 10种单倍型;在 998bp的 D-loop序列中,变异位 点有 40个(4.0%),构成了 7种单倍型。2个标记在华群体中的平均单倍型多样性、核苷酸多样性和平均核苷酸差 异数分别为 0.840±0.033、0.012±0.002、4.759±1.660(Cytb)和 0.755±0.036、0.006±0.002、6.430±2.241 (D-loop),表现了较高的遗传多态性。遗传多样性大小顺序为洪泽湖 >西湖 >千岛湖,3个群体间基因交流较少,表 现出极大的遗传分化,此外,分子变异分析结果表明华变异的主要来源为群体内变异。本研究结果将为了解我国东 部地区华的遗传多样性现状提供基础资料,同时为华种质资源保护与合理利用提供参考。 关键词:华;线粒体 DNA;Cytb;D-loop;遗传多样性;遗传分化 中图分类号:S917.4 文献标志码:A 文章编号:1002-1302(2020)05-0050-07
基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析
基于线粒体COI序列分析对紫贻贝群体遗传多样性的研究分析沈玉帮;张俊彬;冯冰冰;李家乐【期刊名称】《海洋通报》【年(卷),期】2011(030)004【摘要】本文采用线粒体COI基因序列分析对我国沿海6个紫贻贝群体124个个体的遗传多样性和群体结构进行了初步研究.在紫贻贝6个群体中共发现13个单倍型和33个核苷酸多态位点.青岛群体单倍型数目是最多的,温州群体、丹东群体和宁德群体次之.6个紫贻贝群体的基因多样性为0.569~0.821,核苷酸多样性为0.015 5~0.051 0,表现出较低的遗传多样性.紫贻贝不同群体之间的遗传分化较小,所有群体之间没有发生显著的遗传分化.分子方差分析表明,紫贻贝的变异主要存在于群体内.该研究为紫贻贝的可持续开发和资源保护提供了一定的理论依据.%Genetic biodiversity of Mytilus galloprovincialis was estimated, based on sequence analyses of the mitochondrial cytochrome oxidase I (mfDNA COI) gene, employing 124 individuals of 6 groups along the coast of eastern and southern china. 13 haplotypes and 33 variation sites were observed in the sequences of the 124 individuals. QD population had the greatest number of haplotypes, while secondary for WZ population, DD population and ND population. Among all six populations, gene diversities ranged from 0.569 to 0.821, and the nucleotide diversities from 0.0155 to 0.0510, suggesting that M. Galloprovincialis has low genetic diversity. The pairwise estimates of FST between M. Galloprovincialis populations weresmall, and no significant genetic differentiation was observed between populations. AMOVA analysis showed that a large proportion of variation was attributed within population of M. Galloprovincialis. This study provides objective data for the sustainable exploitation and fishery management of M. Galloprovincialis.【总页数】6页(P435-440)【作者】沈玉帮;张俊彬;冯冰冰;李家乐【作者单位】上海海洋大学教育部水产动物种质资源的挖掘与利用重点实验室,上海201306;上海海洋大学教育部水产动物种质资源的挖掘与利用重点实验室,上海201306;上海海洋大学教育部水产动物种质资源的挖掘与利用重点实验室,上海201306;上海海洋大学教育部水产动物种质资源的挖掘与利用重点实验室,上海201306【正文语种】中文【中图分类】S917.4【相关文献】1.紫贻贝野生群体与养殖群体线粒体COI基因的遗传比较分析 [J], 庞宇杰;李继姬;郭宝英2.基于线粒体COⅢ基因分析厚壳贻贝(Mytilus coruscus)养殖群体遗传多样性[J], 周超;郭宝英;吴常文;叶莹莹;李继姬;冯广朋3.基于线粒体D-loop区和COI基因序列研究2个禾花鲤群体和野生鲤群体的遗传多样性与系统进化关系 [J], 潘贤辉; 罗辉; 叶华; 林勇; 周康奇; 陈忠; 杜雪松; 黄姻; 覃俊奇; 文露婷; 潘志忠; 邓潜4.基于线粒体COI序列的中华绒螯蟹养殖群体与野生群体遗传多样性与遗传结构分析 [J], 轩中亚;薛竣仁;陈修报;姜涛;刘洪波;杨健5.基于线粒体COI序列的矛尾复虾虎鱼5个野生群体的遗传多样性分析 [J], 祝斐;应博凯;贾超峰;孟乾;高波;孙瑞健;宋双双;徐大凤;卢瑶瑶;张志伟;陈淑吟;张志勇;陈心因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
基于线粒体Cytb基因的江淮下游6个湖泊翘嘴鲌群体遗传多样性分析
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江苏农业科学 2024年第 52卷第 3期
性较低(Hd:0.6048,Pi:0.00163)[17]。伊西庆基于 ND2序列探究了我国东部 6个湖泊翘嘴遗传多 样性和遗传结构,结果表明部分群体间出现高度遗 传分化 [18]。江淮 下 游 是 我 国 淡 水 湖 泊 的 集 中 分 布
群体 太湖 蟢湖 长荡湖 高邮湖 白马湖 洪泽湖 总体
样本数 48 31 39 47 47 50 262
表 1 翘嘴群体的遗传多样性参数
多态位点数 22 17 21 19 19 18 42
单倍型数 20 14 18 17 15 14 46
单倍型多样性 0.927±0.019 0.860±0.053 0.901±0.032 0.792±0.059 0.861±0.036 0.816±0.048 0.915±0.010
由表 1可知,262条 Cytb序列检出 42个变异位 点,其中,有 33个简约信息位点和 9个单一信息位 点,没有插入或缺失位点。262条序列定义 46种单 倍型,整个群体的单倍型多样性和核苷酸多样性分 别为 0.915±0.010和 0.00254±0.00008;6个群 体的单倍型 多 样 性 为 (0.792±0.059)~(0.927± 0019),核苷 酸 多 样 性 为 (0.00220±0.00021)~ (000285±0.00018),其中,太湖群体的单倍型多 样性和核苷酸多样性最大,高邮湖群体的单倍型多 样性最小,蟢湖群体的核苷酸多样性最小。
翘 嘴 (Culteralburnus)俗 称 白 鱼、翘 嘴 白 丝、 大 白 鱼,隶 属 鲤 形 目 (Cypriniformes) 鲤 科 (Cyprinidae)亚科(Culterinae)属(Culter),广泛 分布于我 国 各 江 河 湖 泊[1]。 翘 嘴 为 凶 猛 肉 食 性 鱼类,它能 有 效 控 制 小 型 鱼 类 种 群 数 量,减 轻 小 型 鱼类对浮游生物的压力,在优化鱼类群落机构及维 持水域生 态 系 统 稳 定 方 面 发 挥 了 重 要 作 用[2]。 翘 嘴肉味鲜美、肉质细嫩洁白、营养丰富、经济价值 高,且生 长 迅 速,是 我 国 常 见 的 淡 水 养 殖 品 种 之 一[3]。多年来,由 于 过 度 捕 捞、生 态 环 境 污 染 及 栖 息地破坏多种因素的影响,翘嘴野生资源遭到严 重破坏,种群数量急剧衰退,遗传多样性下降,个体 小型化、低 龄 化 趋 势 严 重,因 此 加 强 翘 嘴 种 质 资 源保护成为亟待解决的问题[4]。
一种基于线粒体DNA序列的中国大鲵群体划分方法[发明专利]
专利名称:一种基于线粒体DNA序列的中国大鲵群体划分方法
专利类型:发明专利
发明人:汪登强,梁志强,危起伟,伍远安
申请号:CN201610528281.7
申请日:20160706
公开号:CN106048038A
公开日:
20161026
专利内容由知识产权出版社提供
摘要:本发明公开了一种基于线粒体DNA序列的中国大鲵群体划分方法,包括:(1)采集大鲵样本,并提取基因组DNA;(2)合成大鲵特异线粒体DNA引物;(3)对大鲵样本进行PCR扩增并对PCR扩增产物测序;(4)对获得的序列与参考序列进行比对;(5)根据相应位点的序列特征,判断样本所属的群体。
本发明以大鲵线粒体DNA序列作为区别中国大鲵种群的序列标记,通过与参考序列的序列特征进行比对,能够快速准确的对目标种群进行鉴定。
可用于对大鲵养殖场的大鲵个体进行鉴定,确定个体来源;在亲本繁殖时可辅助育种选择。
还可应用于增殖放流样本的鉴定,确定其所属的群体,然后放流到适合的区域,避免放流群体对野生群体的种质混杂。
申请人:中国水产科学研究院长江水产研究所,湖南省水产科学研究所
地址:430223 湖北省武汉市东湖新技术开发区武大科技园武大园一路8号
国籍:CN
代理机构:北京国昊天诚知识产权代理有限公司
代理人:许志勇
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新疆巴州牦牛种群线粒体DNA遗传多样性及其系统发育分析
新疆巴州牦牛种群线粒体DNA遗传多样性及其系统发育分析王兰萍;耿荣庆;常洪;冀德君;李永红;常春芳【摘要】In the present study,the mitochondrial cytochrome b gene sequences of Xinjiang Bazhou yak population were sequenced and the phylogenetic trees were constructed to analyze genetic status.The results showed that four total haplotypes were detected of seventeen samples with the haplotype diversity 0.0331 and the nucleotide diversity0.00102.The phylogenesis revealed there were two obvious branches of cytochrome b gene haplotypes,one was clustered with domestic yaks and the other was clustered with wild yaks.It illustrated that there may be two maternal origin for Bazhou yak.%研究测定新疆巴州牦牛种群线粒体DNA细胞色素b基因全长序列,在此基础上构建系统发育树,分析种群的遗传现状.结果表明,在17头巴州牦牛个体中检测到4种Cyt b基因单倍型,单倍型多样性为0.331,核苷酸多样性为0.00102;系统发育关系显示,巴州牦牛Cyt b基因单倍型明显有两个分支,一支与家牦牛单倍型聚在一起,另一支与新疆野牦牛单倍型聚在一起,表明巴州牦牛可能有2个母系起源.【期刊名称】《家畜生态学报》【年(卷),期】2013(034)008【总页数】4页(P17-20)【关键词】野牦牛;家牦牛;线粒体DNA;渐渗杂交【作者】王兰萍;耿荣庆;常洪;冀德君;李永红;常春芳【作者单位】盐城师范学院生命科学与技术学院,江苏盐城224051;盐城师范学院生命科学与技术学院,江苏盐城224051;扬州大学动物科学与技术学院,江苏扬州225009;扬州大学动物科学与技术学院,江苏扬州225009;扬州大学动物科学与技术学院,江苏扬州225009;扬州大学动物科学与技术学院,江苏扬州225009【正文语种】中文【中图分类】S811.6牦牛是高寒地区特有牛种,主要繁衍生息在我国青藏高原及周围3 000 m以上的高寒地区,善走陡坡险路和雪山沼泽,能游渡江河激流,有“高原之舟”之称。
中国大鲵5个野生种群的AFLP分析
摘 要 :采用 A L 技术对 中国大鲵 四川 、贵州 、湖北 、陕西及河南 五个野 生种群 的遗 传多样性 和遗传分 化水 FP
平进行 了评估 。9对 引物组 合 在 5个 野生 种 群 中共 扩增 出 57条 带 ,其 中 多态 性条 带 为 34 0 5 。多态 位 点 比例 (9 8 % ) 6 .2 、香农信息指数 (. 6 ) 和基 因多样 性指数 ( .4 )等参 数均较高 ,显示 中国大鲵遗传 多样性 0 329 02 1 4 水平较为丰富 。A V MO A分 析发现 ,中国大鲵遗传多样性绝大部分位于种群 内 (7 9 % ) 9 .4 。种群间遗传分化 较弱 () (s /t=0 0 1 .2 ,P< . 0 ) 0 0 1 。根据种群 间遗 传距 离构建的 U G P MA树基本 依照流域进 行聚类 ,结合化石 证据 ,推
4 ca o ee H ia nvri , ak u5 0 2 , hn ) .O enC l g , ann U i sy H io 7 2 8 C ia l e t
Absr c t a t: Ge ei v ri n i e e tain o au a o u a in fAn i s d vd a u n S c a n t die st a d df r n ito fn t r lp p l t s o dra a i i n s i ihu n. c y f o Gu z o ih u, Hu e ,S a x n n n wa o r he sv l ee m i d u i b i h n ia d He a sc mp e n i ey d t r ne sngAFLP ma k r. Sit n v d r es xy i dii — u l r m v a u a p l t n r e n AFLP a ay e . Ni e p i e isi LP a ay e r . as fo f e n t r lpo u a i swe e us d i i o n lss n rm rpar n AF n l s s p o d c d 5 c r b e b n s,o ih 3 4 we e p lm o p i . Th e e ei i e st r m ee s:t e - u e 07 s o a l a d fwhc 5 r o y r h c r e g n tc d v r i pa a tr y he p r
鱼类线粒体dna及其在分子群体遗传研究中的应用
鱼类线粒体DNA及其在分子群体遗传研究中的应用鱼类,作为地球上最大的脊椎动物群体之一,其遗传多样性研究对于理解生物进化、生态适应以及保护濒危物种等方面具有重要意义。
近年来,随着分子生物学技术的飞速发展,线粒体DNA(mtDNA)已经成为鱼类群体遗传研究中的重要标记。
一、鱼类线粒体DNA的特点线粒体DNA是一种存在于细胞线粒体内的遗传物质,具有母系遗传、高突变率、无重组等特点。
这些特点使得mtDNA成为研究鱼类群体遗传结构和进化历史的理想标记。
母系遗传:mtDNA只能通过母系传递,因此可以有效地追踪母系群体的迁移和扩散。
高突变率:mtDNA的突变率远高于核DNA,这使得mtDNA在短时间内积累大量的遗传信息,有助于揭示近期的进化事件。
无重组:mtDNA在遗传过程中不发生重组,因此其遗传信息具有高度的稳定性,有助于准确推断群体遗传结构。
二、线粒体DNA在鱼类群体遗传研究中的应用群体遗传结构分析:通过比较不同地理群体间mtDNA序列的差异,可以揭示鱼类的群体遗传结构、迁移扩散以及种群历史。
物种鉴定和分类:mtDNA序列差异可以作为物种鉴定和分类的重要依据,有助于发现新物种和解析物种间的亲缘关系。
保护生物学:通过分析濒危物种的mtDNA序列,可以评估其遗传多样性水平,为制定保护策略提供科学依据。
进化生物学:通过比较不同物种间mtDNA序列的差异,可以揭示鱼类的进化历程、分化时间以及祖先群体等信息。
生态学:通过分析鱼类mtDNA与生态环境因子的关系,可以探讨鱼类对环境的适应机制和生态位分化。
渔业资源管理:通过分析渔业资源的mtDNA多样性,可以评估其种群健康状况和种质资源价值,为渔业资源的可持续利用提供科学依据。
三、前景展望随着分子生物学技术的不断进步和成本的不断降低,线粒体DNA在鱼类群体遗传研究中的应用将越来越广泛。
未来,我们可以期待线粒体DNA在揭示鱼类进化历程、保护濒危物种以及渔业资源管理等方面发挥更大的作用。
基于线粒体DNA控制区序列的黑鲷亲鱼、放流及海捕群体遗传多样性比较分析
第53卷 第6期 2023年6月中国海洋大学学报P E R I O D I C A LO FO C E A N U N I V E R S I T YO FC H I N A53(6):050~058J u n e ,2023基于线粒体D N A 控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析❋杨艳艳1,史赟荣2,张 虎3,潘 玉1,祖凯伟3,高天翔4,宋 娜1❋❋(1.中国海洋大学水产学院,山东青岛266003;2.中国水产科学研究院东海水产研究所,上海200090;3.江苏省海洋水产研究所,江苏南通226007;4.浙江海洋大学水产学院,浙江舟山316022)摘 要: 为了解黑鲷(A c a n t h o p a y r u s s c h l e g e l i i )种质资源现状以及放流群体可能对野生群体产生的遗传学影响,本研究采用线粒体D N A 控制区序列对采自舟山㊁莱州和南通的黑鲷亲鱼㊁放流群体和海捕群体进行了遗传学比较研究㊂研究显示:764尾黑鲷个体共检测到69个单倍型,其中亲鱼群体与放流群体的共享单倍型为5个㊁亲鱼群体与海捕群体的共享单倍型为6个,放流群体与海捕群体的共享单倍型为27个㊂亲鱼群体㊁放流群体和海捕群体的单倍型多样度分别为0.849,0.786~0.935和0.850~0.951,核苷酸多样度分别为0.011,0.005~0.009和0.008~0.009㊂群体间遗传分化指数F S T 显示,黑鲷亲鱼群体与放流群体㊁放流群体间以及放流群体与海捕群体均产生中等程度的遗传分化㊂研究结果表明,黑鲷亲鱼群体㊁放流群体以及海捕群体的遗传多样性均较高,说明放流群体的种质资源良好,但黑鲷苗种与海捕群体间存在较大的遗传分化,仍需开展其遗传多样性监测工作,以保护黑鲷的优质种质资源㊂关键词: 黑鲷;遗传多样性;增殖放流;线粒体D N A 控制区;种质资源中图法分类号: S 93 文献标志码: A 文章编号: 1672-5174(2023)06-050-09D O I : 10.16441/j .c n k i .h d x b .20220208引用格式: 杨艳艳,史赟荣,张虎,等.基于线粒体D N A 控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析[J ].中国海洋大学学报(自然科学版),2023,53(6):50-58.Y a n g Y a n y a n ,S h i Y u n r o n g ,Z h a n g H u ,e t a l .C o m p a r a t i v e a n a l y s e s o f g e n e t i c d i v e r s i t y o f b r o o d s t o c k ,h a t c h e r y-r e l e a s e d a n d c a p t u r e d p o p u l a t i o n s o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e ge l i i b a s e d o n t h em i t o c h o n d r i a l D N Ac o n t r o l r e g i o n s e q u e n c e [J ].P e r i o d i -c a l o fO c e a nU n i v e r s i t y of C h i n a ,2023,53(6):50-58. ❋ 基金项目:国家重点研究发展计划项目(2019Y F D 0901304);浙江省重点研究发展计划项目(2021C 2047)资助S u p p o r t e d b y t h eN a t i o n a l K e y R e s e a r c h a n dD e v e l o p m e n t P r o g r a mo f C h i n a (2019Y F D 0901304);t h eK e y R e s e a r c h a n dD e v e l o pm e n t o f Z h e j i a n g Pr o v i n c e (2021C 2047)收稿日期:2022-04-09;修订日期:2022-06-01作者简介:杨艳艳(1997 ),女,硕士生㊂E -m a i l :442851502@q q.c o m ❋❋ 通讯作者:E -m a i l :s o n gn a 624@163.c o m 黑鲷(A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i )隶属鲈形目(P e r -c o i f o r m e s )鲷科(S p a r i d a e )棘鲷属(A c a n t h o p a gr u s ),亦称黑棘鲷[1],俗称黑加吉㊁海鲋等,广泛分布于日本㊁朝鲜及中国沿海地区[2]㊂黑鲷环境适应性强,生长迅速,且不作长距离洄游,是中国重要的增养殖种类[2]㊂由于过度捕捞㊁生态环境变化等原因,黑鲷自然群体资源量下降[3],其增殖放流活动逐步得到应用与推广㊂江苏省海洋水产研究所于1986年开展黑鲷人工增殖放流活动,截至1992年,共放流三次黑鲷幼鱼,数量达54.1万尾[4-5]㊂2018 2020年,在山东省海阳市的增殖放流工作中,共放流黑鲷658.28万尾[6]㊂我国每年的全国 放鱼日 会放流各种水生生物苗种,其中就包括大量的黑鲷放流[7-8]㊂海洋生物增殖放流活动所产生的遗传学影响一直以来备受关注㊂H a m a s a k i 等[9]对鹿儿岛湾(K a go s h i -m aB a y)湾内海域㊁湾外海域以及其他海域的真鲷(P a g r u sm a j o r )群体进行遗传学分析,结果显示湾内野生群体的遗传多样性低于湾外野生群体,推测是长期的增殖放流活动产生的影响㊂G o n z a l e z 等[10]利用微卫星D N A 标记对日本广岛湾(H i r o s h i m aB a y )放流的黑鲷幼鱼以及回捕群体进行了遗传多样性监测,结果发现野生群体和孵化场鱼苗之间有很高的遗传相似性㊂S h a n 等[11]利用线粒体D N A 控制区序列对珠江口流域的亲鱼㊁放流苗种㊁回捕群体等进行遗传多样性分析,结果发现与野生种群相比,亲鱼和放流苗种的遗传多样性指数较低,珠江口流域黑鲷群体的遗传多样性也低于其他海区㊂育苗场在繁育过程中使用亲鱼数量较少的局限性以及亲鱼或放流个体来自其他地区,都可能对野生群体造成遗传学影响㊂因此,放流群体和海捕群体的遗传多样性监测工作对了解种质资源现状Copyright ©博看网. All Rights Reserved.6期杨艳艳,等:基于线粒体D N A控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析以及研究增殖放流活动对野生群体产生的遗传学影响有重大意义㊂线粒体D N A具有遵循母系遗传且不易发生基因重组的特点,线粒体D N A控制区序列与其他编码区相比,突变比率较高,目前已被广泛应用于海洋鱼类的群体遗传多样性研究中[12-14]㊂例如,赵祥等[15]利用线粒体D N A控制区对黄姑鱼(N i b e a a l b i f l o r a)的养殖群体与野生群体进行比较研究,发现黄姑鱼养殖群体遗传多样性显著偏低㊂I g u c h i等[16]利用线粒体D N A控制区对日本香鱼(P l e c o g l o s s u s a l t i v e l i s)野生群体和放流群体进行研究,结果显示放流群体的遗传多样性低于野生群体,为保护野生群体的遗传多样性,作者建议放流群体的遗传多样性应尽可能与野生群体保持一致㊂目前我国黑鲷放流工作正在大规模开展,但尚未见到监测舟山㊁莱州和南通地区的黑鲷放流群体对野生群体影响的研究㊂因此,本研究基于线粒体D N A控制区序列对采自舟山㊁莱州和南通的黑鲷亲鱼㊁放流苗种及海捕群体进行遗传多样性分析,旨在了解我国近海黑鲷的种质资源现状,评估增殖放流活动可能会对野生群体产生的遗传学影响,为后续的增殖放流活动提供参考㊂1材料与方法1.1样品采集本研究所用舟山亲鱼群体样品采自册子岛育苗场,亲鱼均为舟山近海捕捞,莱州和南通放流群体分别来自莱州顺昌水产有限公司(亲本来自莱州近海)㊁江苏省海洋水产研究所如东养殖基地(亲本来自如东近海),舟山育苗场鱼苗来自册子岛育苗场,舟山放流场鱼苗来自册子岛育苗场以及西轩岛基地㊂样品采集时间均与放流时间相近㊂海捕群体分别来自莱州近海㊁南通近海和舟山近海㊂放流群体放流地点与海捕群体采集地点相近,实验样品共764尾,具体样品采集信息见表1㊂所有样品经形态学鉴定㊁测量后剪取背部肌肉置于冻存管中,加入无水乙醇固定并于-20ħ中保存备用㊂表1本研究中所用的黑鲷样品信息T a b l e1 T h e s a m p l i n g i n f o r m a t i o n o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i i n t h i s s t u d y采样时间S a m p l i n g t i m e样品S a m p l e数量N u m b e r s体长B o d y l e n g t h/c m范围R a n g e平均值A v e r a g e体质量B o d y w e i g h t/g范围R a n g e平均值A v e r a g e2020年10 11月南通海捕(N T B)269.4~35.718.624.7~1394.5283.9 2020年7月南通鱼苗(N T M)2012.1~5.93.40.2~6.61.4 2020-11-13莱州海捕(L Z B)21612.4~17.414.751.1~134.386.8 2020-07-01莱州鱼苗(L Z M)721.7~3.12.30.1~0.90.3 2020年10月 2021年2月舟山海捕(Z S B)6610.2~18.114.232.3~176.883.4 2020-06-21舟山亲鱼(Z S Q)2226.8~31.828.9559.1~1074.3796.9 2020-06-21舟山育苗场鱼苗(Z S1)812.6~7.34.30.5~12.62.9 2020-06-21舟山放流场鱼苗(Z S2)802.8~6.84.10.5~7.82.1注:舟山育苗场鱼苗全部来自册子岛育苗场,舟山放流场鱼苗部分来自册子岛育苗场,部分来自西轩岛基地㊂T h e l a r v a o f Z h o u s h a nn u r s e r y w e r e a l l f r o mC e z i i s l a n d n u r s e r y,a n d t h e l a r v a o f Z h o u s h a n r e l e a s e s i t e s o m e c o m e f r o mC e z i i s l a n d n u r s e r y a n d s o m e f r o mX i x u a n i s l a n d b a s e.1.2D N A提取及序列扩增将黑鲷的肌肉组织经蛋白酶k消化后采用标准酚-氯仿方法提取样品D N A[17],根据黑鲷线粒体D N A全基因组序列(N C B I登录号:N C_018553.1),使用P r i m e r P r e m i e r6软件[18]设计引物序列并进行线粒体D N A控制区高变区序列的扩增㊂正反引物序列分别为:h d d-F:5 -A C C C T T A C T A T C A A C T C C C A A A-3 ;h d d-R:5 -A T C G C C A C C A T T A A C T T A T G C-3 ,P C R 体系共25μL,1.1ˑT3S u p e rP C R M i x22μL,正㊁反向引物及模板D N A各1μL㊂P C R反应条件参照S h a n 等[11],退火温度改为58ħ㊂P C R扩增产物经1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测后送至北京擎科生物科技有限公司青岛分公司进行双向测序㊂1.3数据分析测序所得序列均利用D N AS t a r(D N AS t a r,I n c. M a d i s o n,U S A)软件包进行比对㊁人工校正,利用A r-l e q u i n软件[19]对黑鲷样品进行遗传多样性参数分析,如单倍型数目㊁多态位点数目㊁单倍型多样度㊁核苷酸多样度等㊂同时利用A r l e q u i n软件计算两两群体间的遗传分化指数F S T并进行A M O V A分析㊂15Copyright©博看网. All Rights Reserved.中国海洋大学学报2023年2结果对本研究中764尾黑鲷样品序列进行比对㊁处理,获得403b p的控制区序列用于遗传学分析㊂这些序列的A㊁T㊁C㊁G碱基的平均含量为39.39%㊁30.46%㊁19.90%和10.25%㊂A+T含量(69.85%)显著高于C+G含量(30.15%),显示出明显的碱基组成偏倚㊂8个群体共检测到54个多态位点,定义了69个单倍型,亲鱼群体㊁放流群体和海捕群体的单倍型分别为7个㊁46个和49个,其中亲鱼群体与放流群体㊁海捕群体的共享单倍型分别为5个和6个,放流群体与海捕群体的共享单倍型为27个(见表2)㊂在本研究中,海捕群体的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.850~ 0.951㊁0.008~0.009,其中南通海捕群体遗传多样性最高㊂亲鱼群体的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.849和0.011,放流群体的单倍型多样度和核苷酸多样度分别为0.786~0.935和0.005~0.009,其中舟山放流场的放流群体遗传多样最高(见表3)㊂整体上黑鲷亲鱼群体㊁放流群体以及海捕群体的遗传多样性均较高,海捕群体的遗传多样性高于放流群体的遗传多样性㊂表2黑鲷各群体单倍型数目统计表T a b l e2S t a t i s t i c s o f h a p l o t y p e s i n e a c h p o p u l a t i o n o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i单倍型H a p l o t y p e群体P o p u l a t i o nN T B N Y M L Z B L Z M Z S B Z S Q Z S1Z S2总计T o t a lH a p134030941134104 H a p20810003012 H a p345174311561612209 H a p41370200013 H a p514210013425 H a p64460250425 H a p7010000001 H a p8030100004 H a p91132101110 H a p10011100014 H a p11030000003 H a p1203500000035 H a p130142105029069 H a p14010000001 H a p150******** H a p16010000001 H a p171660300016 H a p180610103011 H a p191780340831 H a p20011000305 H a p210350200212 H a p22041000005 H a p23223811001238 H a p24014000005 H a p25100220049 H a p26100020025 H a p27100000001 H a p28101110059 H a p29100000001 H a p301032020210 H a p31100000012 H a p32100000001 H a p33006010007 H a p34002000002 H a p35001000001 H a p36001000001 25Copyright©博看网. All Rights Reserved.6期杨艳艳,等:基于线粒体D N A控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析续表2单倍型H a p l o t y p e群体P o p u l a t i o nN T B N Y M L Z B L Z M Z S B Z S Q Z S1Z S2总计T o t a lH a p37002010003 H a p38004200006 H a p39002000002 H a p40001000001 H a p41001000001 H a p42003000003 H a p43002010003 H a p44002000002 H a p45001000001 H a p46001110014 H a p47001000001 H a p480015200412 H a p49001020014 H a p50003000003 H a p51001000001 H a p52000100001 H a p53000300003 H a p54000100001 H a p55000100001 H a p56000003003 H a p57000011002 H a p58000010001 H a p59000010001 H a p60000010001 H a p61000000011 H a p62000000011 H a p63000000022 H a p64000000011 H a p65000000033 H a p66000000011 H a p67000000011 H a p68000000011 H a p69000000011表3黑鲷群体遗传多样性指数T a b l e3 G e n e t i c d i v e r s i t y i n d e x o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i p o p u l a t i o n s群体P o p u l a t i o n单倍型数目H a p l o t y p e n u m b e r s多态位点数目N u m b e r o fp o l y m o r p h i c s i t e s单倍型多样度H a p l o t y p e d i v e r s i t y核苷酸多样度N u c l e o t i d e d i v e r s i t y两两序列比较的平均碱基差异数M e a n n u m b e r o fp a i r w i s e d i f f e r e n c e sN T B17220.951ʃ0.0250.009ʃ0.0053.692ʃ1.928 L Z B39370.850ʃ0.0200.008ʃ0.0053.277ʃ1.694 Z S B24270.912ʃ0.0220.009ʃ0.0053.554ʃ1.830 Z S Q7140.849ʃ0.0400.011ʃ0.0064.256ʃ2.193 N T M24210.858ʃ0.0130.008ʃ0.0043.094ʃ1.614 L Z M17220.786ʃ0.0440.005ʃ0.0032.014ʃ1.147 Z S18120.787ʃ0.0260.009ʃ0.0053.654ʃ1.870 Z S226390.935ʃ0.0130.009ʃ0.0053.828ʃ1.94635Copyright©博看网. All Rights Reserved.中 国 海 洋 大 学 学 报2023年基于黑鲷线粒体D N A 控制区序列构建的单倍型网络图表明黑鲷群体不存在明显的谱系结构(见图1)㊂群体间遗传分化指数F S T 值显示(见图2),黑鲷亲鱼群体与放流群体㊁放流群体间以及放流群体与海捕群体间均产生中等程度的遗传分化㊂根据黑鲷群体来源,将黑鲷群体分为几个基因池进行A M O V A 分析(见表4),将8个群体作为一个基因池进行分析,结果显示群体内变异比例为93.76%,将黑鲷群体分为2个基因池(亲鱼群体和海捕群体为一个基因池,放流群体为一个基因池),结果显示群体内变异百分比为94.45%,按来源将黑鲷群体分为3个基因池(亲鱼群体㊁海捕群体和放流群体各为一个基因池),群体内变异百分比为94.39%,按地理区域将黑鲷群体分为3个基因池,群体内变异百分比为94.09%㊂综合以上结果,黑鲷群体的遗传变异主要来源于群体内㊂(连接单倍型的线上的垂直刻度线表示核苷酸替代的数量,圆圈的大小与单倍型频率成正比㊂T h e p e r p e n d i c u l a r t i c km a r k s o n t h e l i n e s j o i n i n g h a pl o -t y p e s r e p r e s e n t t h e n u m b e r o f n u c l e o t i d e s u b s t i t u t i o n s ,a n d t h e s i z e s o f c i r c l e sw e r e p r o p o r t i o n a l t o h a p l o t y p e s f r e q u e n c y.)图1 黑鲷群体的单倍型网络图F i g .1 H a p l o t y p e n e t w o r k d i a g r a mo f A c a n t h o p a g r u s s c h l e ge l ii 图2 黑鲷群体间的遗传分化指数F S T 值F i g .2G e n e t i c d i f f e r e n t i a t i o n F S T a m o n gp o p u l a t i o n s o f A c a n t h o p a g r u s s c h l e ge l i i 3 讨论遗传变异水平高的物种会呈现出高的遗传多样性[20]㊂物种的遗传多样性越高,其进化潜力及环境适应性更强,越有利于保护物种多样性和生态系统的多样性,而遗传的均一性可能影响群体或物种的生存,应充分重视物种的群体遗传结构和遗传多样性的研究[21]㊂在以往的研究中,大多是基于黑鲷野生群体的遗传多样性研究或养殖群体与野生群体的比较研究,而监测放流苗种对黑鲷野生种群影响的研究较少[11]㊂A n 等[22]利用6个微卫星位点对韩国济州岛的黑鲷养殖与野生群体进行遗传多样性分析,结果发现养殖群体有大量稀有等位基因丢失,且养殖与野生群体间存在显著的遗传异质性㊂J e o n g 等[23]采用微卫星技术对日韩海域6个黑鲷野生群体㊁1个养殖群体以及1个回45Copyright ©博看网. All Rights Reserved.6期杨艳艳,等:基于线粒体D N A控制区序列的黑鲷亲鱼㊁放流及海捕群体遗传多样性比较分析表4黑鲷群体的A M O V A分析T a b l e4 A M O V Ao f A c a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i p o p u l a t i o n s变异来源S o u r c e o f v a r i a t i o n变异组分V a r i a n c e c o m p o n e n t s变异百分比P e r c e n t a g e v a r i a t i o n/%一个基因池O n e g e n e p o o l(N T B,N T M,L Z B,L Z M,Z S Q,Z S B,Z S1,Z S2)群体间A m o n g p o p u l a t i o n s0.11V a6.24群体内W i t h i n p o p u l a t i o n s1.64V b93.76两个基因池T w o g e n e p o o l(N T B,L Z B,Z S Q,Z S B)(N T M,L Z M,Z S1,Z S2)组群间A m o n g g r o u p s-0.03V a-1.86组内群体间A m o n g p o p u l a t i o n sw i t h i n g r o u p s0.13V b7.41群体内W i t h i n p o p u l a t i o n s1.64V c94.45三个基因池T h r e e g e n e p o o l(Z S Q)(L Z M,N T M,Z S1,Z S2)(N T B,L Z B,Z S B)组群间A m o n g g r o u p s-0.03V a-1.84组内群体间A m o n g p o p u l a t i o n sw i t h i n g r o u p s0.13V b7.45群体内W i t h i n p o p u l a t i o n s1.64V c94.39三个基因池T h r e e g e n e p o o l(L Z M,L Z B)(Z S1,Z S2,Z S Q,Z S B)(N T B,N T M)组群间A m o n g g r o u p s-0.03V a-1.94组内群体间A m o n g p o p u l a t i o n sw i t h i n g r o u p s0.14V b7.85群体内W i t h i n p o p u l a t i o n s1.64V c94.09捕群体进行了遗传多样性及遗传结构分析,结果显示8个黑鲷群体的遗传多样性水平均较高,回捕群体并未受到增殖放流活动的影响㊂在本研究中,海捕群体的单倍型多样度高于亲鱼群体的单倍型多样度,同时也高于除舟山放流场鱼苗以外的其他放流鱼苗的单倍型多样度㊂结合J e o n g等[23]研究,本研究中黑鲷增殖放流活动或许尚未对海捕群体造成明显的遗传学影响㊂W a n g等[24]在许氏平鲉(S e b a s t e s s c h l e g e l i i)的增殖放流活动研究中也发现类似的现象,结果表明,与野生种群相比,放流种群的遗传多样性没有明显降低,回捕群体的遗传多样性指数在短期内也没有明显变化,推测短期内的增殖放流活动不会对野生种群的遗传多样性造成影响㊂此外,本研究中的舟山放流场鱼苗来自两个不同的育苗场,亲本数量多且杂,所以相比较于其他放流苗种,遗传多样性较高㊂赵林林[25]对黑鲷养殖群体与野生群体的遗传多样性比较分析中也出现过养殖群体的遗传多样性指数(h:0.9127,π:0.0109)高于某些野生群体的遗传多样性指数(h:0.8000~0.9746,π:0.0072~0.0136)的情况,推测是亲本来源复杂导致的㊂大多数育苗场在进行育苗时未对亲本的数量及来源给予关注,导致苗种具有较低的遗传多样性[26]㊂且若亲本与野生群体的遗传多样性差异显著,那么苗种与野生群体的遗传差异会增大[27],一般表现为苗种的遗传多样性较低[28]㊂将育苗场孵化的苗种放流到自然海域中,有利于黑鲷的自然繁殖,使自然海区黑鲷资源量有所提升[4],但同时可能会干扰当地的基因库,对野生群体造成负面影响,例如等位基因或单倍型的损失等[29]㊂如S h a n等[11]的研究结果显示开展黑鲷增殖放流活动的珠江口流域的黑鲷回捕群体的遗传多样性低于其他海域的黑鲷野生群体㊂群体间遗传分化指数F S T显示,黑鲷放流群体间㊁放流群体与亲鱼群体间以及放流群体与海捕群体间均产生显著的遗传分化㊂赵爽等[30]对我国黑鲷北方海域2个群体和南方海域3个群体的比较分析中发现北方海域群体之间㊁南方海域群体之间没有显著的遗传分化,但南北方群体之间存在中等程度的遗传分化,建议将中国近海黑鲷作为两个管理单元㊂Y a m a s h i t a等[31]利用线粒体D N A控制区序列发现中国部分野生群体55Copyright©博看网. All Rights Reserved.中国海洋大学学报2023年之间也存在南北方遗传分化现象,但日本近海的黑鲷野生群体间遗传分化较小㊂本研究中3个海捕群体同属于北方群体,群体间遗传分化较小,与这些研究结果一致㊂此外,我们发现放流群体与海捕群体的遗传分化较大,这可能是由于养殖场在繁育过程中使用较少的亲体导致的㊂W a n g等[32]在对鞍带石斑鱼(E p i-n e p h e l u s l a n c e o l a t u s)养殖群体与野生群体的比较分析中也发现了类似现象㊂当与本地群体遗传差异较大的苗种被放入到自然海域中时,可能会造成本地群体的特有基因丧失[33]㊂同时,黑鲷南北方群体间的遗传分化提示我们在进行增殖放流时应选择当地的苗种,以免外来苗种与当地自然海域的野生群体遗传分化过大而产生负面影响㊂4结语本研究中的黑鲷亲鱼群体㊁放流群体以及海捕群体遗传多样性均较高,但放流群体和海捕群体间存在较大的遗传分化㊂在今后的增殖放流活动中,应注意亲本群体的数量及来源,尽可能选择遗传多样性与野生群体相近的亲本群体,缩小放流苗种与野生群体间的遗传差距,减小放流群体对野生群体可能造成的遗传学影响,保护黑鲷种质资源,实现资源可持续利用㊂参考文献:[1]伍汉霖,邵广昭,赖春福,等.拉汉世界鱼类系统名典[M].青岛:中国海洋大学出版社,2017:238.W uHL,S h a oGZ,L a iCF,e t a l.L a t i n-C h i n e s eD i c t i o n a r y o fF i s hN a m e s b y C l a s s i f i c a t i o nS y s t e m[M].Q i n g d a o:C h i n aO c e a nU n i v e r s i t y P r e s s,2017:238.[2]朱德芬.黑鲷人工养殖技术讲座 第一讲黑鲷生物学特性及增养殖概况[J].水产养殖,1996(1):30-32.Z h uD F.L e c t u r eo na r t i f i c i a lc u l t u r et e c h n o l o g y o fb l a c ks e ab r e a m L ec t u r e1 b i o l o g i c a lc h a r a c t e r i s t i c sa n da q u a c u l t u r eo fb l ac k s e a b r e a m[J].J o u r n a l o fA q u a c u l t u r e,1996(1):30-32.[3] L a wCS W,S a d o v y d eM Y.R e p r o d u c t i v eb i o l o g y o f b l a c ks e a-b r e a m Ac a n t h o p a g r u s s c h l e g e l i i,t h r e ad f i n p o r g y E v y n n i s c a r d i-n a l i s a n d r e d p a r g o P a g r u sm a j o r i n t h e n o r t h e r n S o u t hC h i n a S e aw i t h c o n s i d e r a t i o no f f i s h e r y s t a t u sa n d m a n a g e m e n tn e e d s[J].J o u r n a l o f F i s hB i o l o g y,2017,91(1):101-125.[4]仲霞铭,倪金弟,汤建华,等.黑鲷全人工繁育及其增殖放流[J].水产养殖,1998(5):28-29.Z h o n g X M,N i JD,T a n g JH,e t a l.F u l l a r t i f i c i a l b r e e d i n g a n d p r o l i f e r a t i o n a n d r e l e a s e o f b l a c k s e a b r e a m[J].J o u r n a l o f A q u a c u l-t u r e,1998(5):28-29.[5]时金荣,沈毓秀.江苏南部沿海黑鲷的增殖放流[J].海洋渔业,1994(4):168.S h i JR,S h e nYX.P r o l i f e r a t i o n a n d r e l e a s e o f b l a c k s e a b r e a mi n t h e s o u t hc o a s to fJ i a n g s uP r o v i n c e[J].M a r i n eF i s h e r i e s,1994(4):168.[6]郑亮,杨振宇,崔敬,等.山东省海阳市渔业资源增殖放流概况[J].渔业研究,2021,43(3):322-329.Z h e n g L,Y a n g ZY,C u i J,e t a l.A g e n e r a l s i t u a t i o n o f f i s h e r y r e-s o u r c e s e n h a n c e m e n t i n H a i y a n g C i t y o fS h a n d o n g P r o v i n c e[J]. 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新疆北鲵的分布
新疆北鲵的分布、生物学研究及其保护王秀玲,白 瑛(新疆师范大学,乌鲁木齐830054)DISTRIBUTION,BIOLOG Y,AN D CONSERVATION OF RANODON SIBI RICUSWAN G Xiuling&BAI Y ing 摘要:新疆北鲵仅分布于我国与哈萨克斯坦边界的两大山系的局部地区,呈岛屿状分布,栖息地狭窄,种群数量少,加以天敌和人为破坏严重,已处于极危状态。
自1989年在新疆温泉县发现新疆北鲵后,对其地理分布、生物学、生态学、细胞染色体组型、分子特征及人工驯养繁殖等进行了研究。
新疆北鲵是原始的两栖动物,幼体在水中生活,以水生昆虫和其他节肢动物为食;成体非繁殖期和亚成体营陆地生活,晚上在陆地摄食。
每年5~6月繁殖,产出卵胶囊1对粘附于水内大石底部,含卵30~98粒,经50天孵出幼体,具外鳃而无平衡器。
幼体在水内生活3年,完成变态。
与研究工作同步,还进行了保护生物学研究。
在短时间内建立了自治区自然保护区,初步遏制了对资源和栖息地的破坏。
保护工作尚待进一步加强,否则前景并不乐观。
关键词:新疆北鲵;栖息环境;保护生物学中图分类号:Q95915+2 文献识别码:A 文章编号:1000-7083(2000)03-0146-03 新疆北鲵(Ranodon sibiricus K essler,1866)先后被世界自然资源保护联盟红皮书、前苏联红皮书、中国濒危动物红皮书列为重点保护的濒危物种。
新疆北鲵只分布于中国新疆和哈萨克斯坦两国的界山———阿拉套山及我国新疆西部天山,以东经80°和北纬45°的交点为中心约500km2的范围内,总数约6000尾。
数量稀少及分布面积的狭窄,在动物界极少见。
目前,从准噶尔盆地东部火烧山一带发现距今2159—2152亿年的两栖类圆鳞鲵化石,乌鲁木齐地区(准噶尔盆地南部)发现的乌鲁木齐鲵化石及现存于温泉县(准噶尔盆地西部)的新疆北鲵,表明在两亿多年前两栖类全盛时期,在准噶尔盆地水域中广泛分布着有尾两栖类,新疆北鲵很可能是阿拉套山和天山抬升时存活下来的孑遗动物。
新疆北鲵线粒体dnad-loop区序列测定及遗传多样性分析
中山大学硕士学位论文新疆北鲵线粒体DNA D-loop区序列测定及遗传多样性分析姓名:***申请学位级别:硕士专业:生物化学与分子生物学指导教师:***20070607地活动。
非繁殖期成体及亚成体夜晚爬上草地觅食、活动,有的成体在陆上爬行离水源最远的距离有ll米。
幼体多藏匿在浅水小石块下,在水中觅食、活动。
有冬眠习性,每年11月中,下旬进入冬眠期,次年4月份左右逐渐解除冬眠(王秀玲等,2006)。
食性:新疆北鲵主要以活体动物性饵料为食,食性广,夏季食量大。
主要以毛翅目石蛾幼虫——石蚕、祓翅目石蝇幼体为食,还捕食草地活动的甲虫,双翅昆虫和幼虫,小蝗虫、蜘蛛、蚯蚓等;幼体以水中微型甲壳类——腺状介虫和小石蚕为食。
成体一般每年繁殖一次,体外受精,繁殖期为5月初左右至8月中下旬。
卵均产于水中石块底面,雄性先将精包产于石块底面并牢固粘着,雌性再以泄殖腔孔对接于精包粘紧后,缓慢向前爬行中产出一对卵胶囊,悬挂于石块下呈倒“矿”字形,精子游入卵胶囊内受精,产卵量为30—98粒不等,初产卵胶囊呈半透明乳白色,略显淡灰兰,卵粒直径2.8哪,卵胶囊长度与卵粒数呈正相关,一般长度为35-40岫左右,后随胶囊吸水膨胀及胚胎发育变粗变长,更透明,自然孵化期一般为50天左右:孵化出膜幼体体长18—20ibm左右,形态似小鱼,体前无平衡器,体侧有侧线,有明显不规则的黑色素斑(王秀玲等,2006)。
该种初产卵粒在胶囊内以螺旋形排列成4行,此排列形式不同于小鲵科其他任何种。
(见图1-1)图1-1新疆北鲵(图中所示依次为;卵胶囊、幼体,成体;卵胶囊和幼体图片来自互联网)Figure1-1PhotosofR.sibirucus(spawncapsule,larvaeandadult,picturesofspawncapsuleandlarvaewerefromtnternet)1.3新疆北鲵生存现状由于生活范围狭窄、不耐干燥等原因,两栖动物比其它高等脊椎动物一一如鸟类和哺乳动物更脆弱。
基于线粒体Cyt b基因序列变异的克孜河塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼遗传多样性
基于线粒体Cyt b基因序列变异的克孜河塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼遗传多样性阎雪岚;杨金权;唐文乔;王丽卿;阿达来提.尔迪【期刊名称】《动物学杂志》【年(卷),期】2009(44)5【摘要】采用线粒体细胞色素b基因(Cyt b)序列,分析了采自新疆克孜河3个群体(斯木哈纳SM、牙师YS、卡拉贝利KL)的塔里木裂腹鱼(Schizothoraxbiddulphi)41尾个体及1个斑重唇鱼(Diptychus maculates)群体(斯木哈纳)23尾个体的种群遗传多样性和遗传结构。
结果显示,塔里木裂腹鱼检测到6个碱基变异位点,定义了4种单倍型,平均单倍型多样性指数及核苷酸多样性指数分别为0.525 4和0.001 16。
分子变异分析(AMOVA)结果提示,塔里木裂腹鱼的遗传变异全部发生于群体内部;群体间Kimura-2-parameter遗传距离、分化指数(Fst<0.085 25)和基因流(Nm>3.18)都显示3个群体没有种群分化,属于单一种群。
斑重唇鱼检测出7个变异位点,定义了8个单倍型,平均单倍型多样性指数与核苷酸多样性指数分别为0.830 1和0.001 13。
研究表明,克孜河的塔里木裂腹鱼和斑重唇鱼均处于很低的遗传多样性水平,物种维持力较弱。
【总页数】6页(P8-13)【关键词】塔里木裂腹鱼;斑重唇鱼;Cyt;b;遗传多样性;克孜勒苏河;新疆【作者】阎雪岚;杨金权;唐文乔;王丽卿;阿达来提.尔迪【作者单位】水产种质资源发掘与利用教育部重点实验室上海海洋大学鱼类研究室【正文语种】中文【中图分类】Q951【相关文献】1.基于线粒体DNA细胞色素b基因部分序列的新疆裸重唇鱼遗传多样性分析 [J], 郭飏;胡文革;莫超;武菲;王翠华;马得草;何园;2.基于线粒体COI和Cytb基因序列对新疆两水系斑重唇鱼遗传结构的分析 [J], 杨天燕;孟玮;马燕武;蔡林钢;郭焱3.基于线粒体控制区序列的塔里木裂腹鱼遗传多样性及种群分化分析 [J], 海萨·艾也力汗;郭焱;孟玮;杨天燕;阿达可白克·可尔江4.扁吻鱼和塔里木裂腹鱼线粒体COI基因片段的比较研究 [J], 杨天燕;张人铭;郭焱;孟玮;海萨;马燕武5.基于Cyt b基因的雅鲁藏布江下游墨脱江段及察隅河墨脱裂腹鱼的遗传多样性及种群历史动态分析 [J], 俞丹; 张智; 张健; 林鹏程; 熊淑蓉; 唐芬莲; 刘焕章因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
新疆师范大学重点实验室——新疆濒危物种保护生物学实验室
新疆师范大学重点实验室——新疆濒危物种保护生物学实验
室
佚名
【期刊名称】《新疆师范大学学报:自然科学版》
【年(卷),期】2009(28)1
【摘要】新疆濒危物种保护生物学实验室是新疆师范大学校级重点实验室。
该实验室始建于2003年,整合了原有“濒危动物——新疆北鲵研究窒”、“干旱区生物资源与生态研究室”、“极端环境微生物研究室”以及新增“分子生物学与生物信息研究室”等相关研究室和研究人员,建成目前的校级重点实验室。
实验室共有研究人员28名,其中教授4名,副教授12名,讲师12名,获得博士学位者9名。
【总页数】1页(PF0002-F0002)
【关键词】重点实验室;新疆北鲵;保护生物学;濒危物种;师范大学;研究人员;分子生物学;环境微生物
【正文语种】中文
【中图分类】Q959.52;N24
【相关文献】
1.西南大学——新加坡国立大学结构生物学联合实验室双边讨论会在家蚕基因组生物学国家重点实验室举行 [J],
2.珍稀濒危动植物生态与环境保护省部共建教育部重点实验室 [J],
3.珍稀濒危动植物生态与环境保护教育部重点实验室简介 [J],
4.山东省高等学校重点实验室国家中医药管理局三级科研实验室——细胞生物学实验室 [J],
5.新疆师范大学——新疆矿物光功能材料及应用重点实验室 [J],
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线粒体DNA对不同家畜遗传多样性与起源进化的研究进展
线粒体DNA对不同家畜遗传多样性与起源进化的研究进展作者:王彦菊来源:《兽医导刊》 2018年第1期线粒体是动物体内唯一存在的核外遗传信息载体,为双链的闭合环状。
其进化速度快,不受核基因影响,为严格的母系遗传,几乎不发生易位、倒位等畸变与染色体重组,因此能将进化过程发生的基因突变忠实的保留下来。
近年来,很多学者利用线粒体DNA 的遗传特性对山羊、绵羊、牛、水牛和猪等几种重要家畜的起源进化方面做了大量的研究,取得了很多成果。
一、线粒体DNA 在羊方面的研究现在的家养山羊都是从野山羊进化来的, 但是关于山羊的野生祖先, 目前看法不太一致。
黄勤华对四川板角山羊、贵州白山羊、贵州黑山羊、贵州麻羊及湖南马头山羊5 个山羊品种共69 个个体进行线粒体DNA Cytb 基因进行测序分析,发现5 个山羊品种遗传多样性中等,并可以分为两大类群。
张文丽采用PCR 扩增与测序技术对会理黑山羊mtDNA D-loop 区进行分析,发现会理黑山羊与角骨羊聚为一类,而与旋角野山羊亲缘关系较远,表明来自凉州的会理黑山羊只有一个母系起源,即角骨羊。
贾永红等研究了贵州四个山羊品种mtDNA 多态性,推测贵州山羊品种可能来源于两个母系祖先, 其分化时间在19 万年前。
郝荣超等对中国南部地区10 个家养山羊品种进行mtDNA loop 区序列进行研究,发现遗传多样性丰富,且与角骨羊聚为一类,而旋角野山羊单独聚为一类。
表明,野山羊中,角骨羊对家养山羊贡献较大。
二、线粒体DNA 在牛方面的研究我国家养水牛属于沼泽型水牛,由于其毛色、角形等特征与印度野水牛极为相似,不少中外学者认为中国水牛起源于印度野水牛。
另有研究认为,现在世界上所有驯化的水牛都是由亚洲水牛亚属驯化而来。
赵栓平等通过细胞色素b 对31 头东流水牛进行测序分析,发现群体遗传多样性丰富,且起源于两个野生祖先。
Lei 等对中国7个水牛群体和东南亚水牛进行分析研究,提出沼泽型水牛可能是在中国单独驯化而成。
泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究
泥鳅线粒体DNA控制区结构分析及遗传多样性研究荣朝振;祖国掌;胡建华;孙守旗;孙棠丽【摘要】We compare and study the genetic diversity and structure of DNA control region of 4 Misgurnus anguillicaudatus populations by using PCR and DNA sequencing. The results show that the sequence of mitochondria! DNA control region is 918 ~920 bp. Among 32 sequences, a total of 56 polymorphic loci were detected, including 32 transitions, 19 transversions, 5 transitions-transversions and 36 haplotypes. The key sequences of extended terminal associated sequences (ETAS) , central domains (CSB-A, B, C, D, E and F) and conserved sequence blocks (CSB-1, CSB-2 and CSB-3) were discovered. The haplotypic diversity (Hd) , average genetic distance (Pi) and average number of pairwise differences (K) is 0. 992, 0. 012 and 10. 698, respectively. The average Kimura 2-parameter distance, Fst value, Nm value and AMOVA reveal great genetic differentiation among the 4 M. Anguillicaudatus populations. The NJ phylogenetic tree constructed on nucleotide sequence indicates that the 4 populations form into 2 monophyletic lineages, and cross and cluster among one another except Fanxian population.%采用PCR和DNA测序技术对4个泥鳅(Misgurnus anguillicaudatus)群体的线粒体DNA控制区序列进行比较,研究其遗传多样性和控制区的结构.结果显示,用于分析的线粒体DNA控制区片段序列为918 ~920 bp.32个序列中共发现了56个多态位点,其中32个转换位点,19个颠换位点,5个转换与颠换同时存在的位点,定义了32种单倍型.同时对控制区结构进行分析,识别了其终止序列区(ETAS)、中央保守区(CD)和保守序列区(CSB)的关键序列.4个地理群体的单倍型多样性(Hd)、核苷酸多样性(Pi)和平均核苷酸差异数(K)分别为0.992、0.012和10.698.群体间的平均Kimura双参数遗传距离(Kimura 2-parameter distance,K2-P)、遗传分化指数(Fst)、基因交流值(Nm)和分子方差分析(AMOVA)均表明4个泥鳅群体具有较高的遗传分化,基因交流贫乏.利用核苷酸序列构建的NJ分子系统树揭示4个群体分为2个谱系,除范县群体外,其余各群体间相互交叉聚集.【期刊名称】《南方水产科学》【年(卷),期】2011(007)005【总页数】8页(P55-62)【关键词】泥鳅;线粒体DNA控制区;遗传多样性【作者】荣朝振;祖国掌;胡建华;孙守旗;孙棠丽【作者单位】安徽农业大学动物科技学院,安徽合肥230036;安徽农业大学动物科技学院,安徽合肥230036;安徽农业大学动物科技学院,安徽合肥230036;安徽省怀远县水产技术推广中心,安徽怀远233400;安徽省怀远县渔业科技发展有限责任公司,安徽怀远233400【正文语种】中文【中图分类】Q523+.8;S917.4鱼类线粒体DNA(mtDNA)具有结构简单、进化速率快、群体内变异大、严格母系遗传等特点,已成为种内、种间近缘群体间遗传分化关系研究的理想材料[1]。
鲵鱼的遗传多样性现状及保护策略
文献 著 录格 式 :郑 天 伦 ,张 海琪 ,张 晓 辉 .兢 鱼 的遗 传 多 样 性 现 状 及 保 护 策 略 [ J ] .浙 江农 业 科 学 ,2 0 1 3( 9 ) :1 1 8 3—1 1 8 6
皿
鱼 的遗传 多样 性现状及保 护策略
生 长快 、食 性广 、肉味鲜 美 等诸 多优 点 ,是近 海 网 箱养 殖 的 优 良种 类 。兢 鱼 的 人 工 养 殖 业 是 近 几
年才 发 展起来 的 ,由于市 场需 求量 大 、价 格高 ,加 上人 工 育苗 技术 的 突破 ,促 进 了娩 鱼 养殖 的快 速发
展 ,预计 鲍 鱼将是 今后 一 段 时期 内深受 广大 养 殖户 和消 费者 欢 迎 的 海 水 优 良品 种 。为 了解 养 殖 初 期 娩 鱼 的遗传 多样 性水 平 ,为 今后 兢鱼 种质 资 源 的
镜检 。取 效果 较好 的染 色体 中期分 裂 相 ,观 察 、显
微摄 影 ,放 大后测 量 ,计算 每一 条染 色体相 对 长度 和臂 比,按臂 比将 染色 体进行 配对 、分类 排 列并 分 析其特 征 。
1 . 3 基 因组 D N A 提 取 和 检 测
评 估 、鉴定 及 合 理 开发 利 用 与 保 护 提 供 科 学 依 据 , 本 研究 采 用染 色体 核 型分 析和 R A P D分 子标 记技 术 对 兢鱼 野 生和 养殖 群体 的 遗传特 征 进行 了分 析 ,并
野 生兢 鱼群 体采 自浙 江 温州 海域 ,养 殖 群体采 自浙 江 温岭 某 养 殖 场 ,各 2 0尾 ,野 生群 体 个 体 质
量6 6 7 . 6~1 3 2 3 . 4 g ,养 殖 群 体 个 体 质 量 5 7 9 . 0省 水 产 技 术 推 广 总站 ,浙 江 杭 州 3 1 0 0 1 2 )
新疆北鲵在栖息地内和其他小型兽类的种间关系调查
新疆北鲵在栖息地内和其他小型兽类的种间关系调查
侯兰新;王秀玲
【期刊名称】《西北民族学院自然科学学报》
【年(卷),期】1993(014)001
【摘要】在新疆北鲵栖息地捕获了三种小型兽类,并讨论了这三种小型兽类与新疆北鲵之间的种间关系。
【总页数】3页(P37-39)
【作者】侯兰新;王秀玲
【作者单位】不详;不详
【正文语种】中文
【中图分类】Q959.52
【相关文献】
1.基于线粒体DNA控制区的新疆北鲵种群遗传多样性分析 [J], 袁亮;李伟业;叶小芳;王秀玲
2.极北鲵肠内5-羟色胺、胃泌素和生长抑素内分泌细胞胚后发育 [J], 李淑兰;周立丽;张婷婷
3.近52a区域气候变化对濒危物种新疆北鲵潜在影响分析 [J], 袁亮;吴烨;叶小芳;古丽格娜·海力力;冯俊;王秀玲
4.新疆北鲵自然保护区气象服务浅析 [J], 沈戈弋;柴美琪;赛都拉;刘大春;齐胜香
5.浅谈温泉县气候与灾害对新疆北鲵生长的利弊影响 [J], 王静娟;纪晓伟;刘艺;柴建军
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