黄脊竹蝗5个地理种群线粒体16SrRNA基因片段的序列分析
利用线粒体16S rRNA 基因全序列分析直翅目主要类群的系统发生关系
利用线粒体16S rRNA 基因全序列分析直翅目主要类群的系统发生关系崔爱明;黄原【期刊名称】《遗传》【年(卷),期】2012(34)5【摘要】In order to reconstruct a robust phylogenetic relationship among major groups of Orthoptera and to explore the phylogenetic utility and performance of 16S Ribosomal RNA gene, complete sequences of 16S Ribosomal RNA were sequenced from 18 species in 9 families and 4 superfamilies of Orthoptera, and analyzed with other 40 species that have been completely sequenced. The result showed that the average length of 16S Ribosomal RNA was 1 310 bp. The positions of Tridactuloidea and Gryllotalpidae in Orthoptera were uncertain based on the 16S rRNA data, and the phylogenetic relationships of other major groups in Orthoptera were rather robust. Except for Oedipodidae and Gomphoceridae, Acrididae, Catantopidae, and Arcypteridae in Xia's taxonomic system were not monophyletic groups, and the genetic distances among the five groups were small. This indicates that the five families should be combined into one family. The genetic distances among Pamphagidae, Chrotogonidae, and Pyigomorphidae were also small. The loops of 16S rRNA gene could provide more information than stems when they were used for phylogenetic analysis. Complete sequence of 16S rRNA gene can be usedto reconstruct robust phylogenetic relationship at the taxonomic category of species, genera, and suborder in Orthop-tera, but lack of resolution at family and superfamily levels.%为了构建稳健的直翅目主要类群间的系统发生关系并探讨16S rRNA 基因序列在构建直翅目昆虫不同分类阶元系统发生关系时的可行性、功效以及性能,文章测定了直翅目4 总科9 科18 种昆虫的16S rRNA 基因全序列,联合已知该基因全序列的其他40 种昆虫,构建了直翅目主要类群之间的系统发生关系,并分析了16S rRNA 基因全序列的系统发生性能和功效.结果表明,直翅目昆虫的16S rRNA 基因全长平均为1 310 bp; 除生活方式特化的蚤蝼总科和蝼蛄总科的地位无法确定外,直翅目其他主要类群系统发生关系比较稳定; 蝗总科下除了斑翅蝗科和槌角蝗科外,剑角蝗科、斑腿蝗科、网翅蝗科都不是单系群,且用不同的方法构建的系统发生树中聚类情况完全一致,各科间遗传距离差异不大,建议将其合为一科; 锥头蝗科、瘤锥蝗科和癞蝗科间的遗传距离差异也不大; 在构建系统发生树时,16S rRNA 基因环区的信息量要比茎区的大; 16S rRNA 基因可以构建可靠的直翅目属与种水平和目与亚目高级阶元的系统发生关系,但对科和总科阶元缺乏足够的分辨力.【总页数】12页(P597-608)【作者】崔爱明;黄原【作者单位】陕西师范大学生命科学学院,西安,710062;陕西师范大学生命科学学院,西安,710062【正文语种】中文【相关文献】1.基于线粒体16S rRNA基因探讨蜘蛛几个重要类群的系统发生关系 [J], 毕可然;张利民2.基于线粒体16S rRNA基因探讨鹿科动物系统发生关系 [J], 刘忠权3.基于线粒体16S rRNA和COI基因序列探讨对虾属(Penaeus)物种系统发生关系[J], 刘帅;李墨非;叶嘉;王亚;王春琳4.基于线粒体COⅠ基因序列分析宝贝科主要类群的系统发生关系 [J], 王莹;苏成勇;潘鸿春;郝家胜5.基于18S rRNA基因序列分析唇口目苔藓动物主要类群的系统发生关系 [J], 焦晓霞;杨群;赵华斌;石庆会;郝家胜因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
16s rrna基因结构
16s rrna基因结构
16S rRNA是一种常见的核糖体RNA，它在细菌和古菌中广泛存在。
它是由约1500个核苷酸组成的分子，具有特定的二级和三级结构。
16S rRNA基因的结构主要包括三个区域：5'端端区（5'端端），中央变异区（V区）和3'端端区（3'端端）。
1. 5'端端区（5'端端）：它位于16S rRNA的5'端，包含大约100个核苷酸。
这个区域的序列在不同的细菌和古菌之间变化较大，因此可以用来进行物种鉴定和分类。
2. 中央变异区（V区）：它位于5'端端区和3'端端区之间，包含了约300个核苷酸。
这个区域具有高度的变异性，可以用来推断进化关系和亲缘关系。
3. 3'端端区（3'端端）：它位于16S rRNA的3'端，包含了约100个核苷酸。
这个区域的序列在不同的细菌和古菌之间变化较小，因此可以用来设计引物以进行PCR扩增。
总体而言，16S rRNA基因的结构具有高度保守性和变异
性。
保守的区域可以用来设计通用引物，从而进行广谱的微生物检测；变异的区域可以用来推断微生物的进化关系和亲缘关系。
卵形鲳!线粒体１６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析
２０１０年第 ４期 彭金霞等，卵形鲳线粒体 １６ＳｒＲＮＡ基因全长序列的克隆与分析
８３
图 ２ 引物 １６ＳＦ和 １６ＳＲ扩增片段的测序结果 Ｆｉｇ．２ ＳｅｑｕｅｎｃｅｏｆｔｈｅＤＮＡ ａｍｐｌｉｆｉｅｄｂｙｐｒｉｍｅｒｓ１６ＳＦａｎｄ１６ＳＲ
标尺示各位点在 １６ＳｒＲＮＡ基因全长中的位置；１、２、３、４、５代表个体编号
亚科 Ｓｕｂｆａｍｉｌｙ 鲳亚科 Ｔｒａｃｈｉｎｏｔｉｎａｅ 亚科 Ｃａｒａｎｇｉｎａｅ
餷亚科 Ｓｅｒｉｏｌｉｎａｅ ?亚科 Ｃｈｏｒｉｎｅｍｉｎａｅ
属 Ｇｅｎｅｒａ 鲳属 Ｔｒａｃｈｉｎｏｔｕｓ
属 Ｃａｒａｎｘ
细属 Ｓｅｌａｒｏｉｄｅｓ 副叶属 Ａｌｅｐｅｓ 丝属 Ａｌｅｃｔｉｓ 圆属 Ｄｅｃａｐｔｅｒｕｓ 竹荚鱼属 Ｔｒａｃｈｕｒｕｓ 餷属 Ｓｅｒｉｏｌａ ?属 Ｓｃｏｍｂｅｒｏｉｄｅｓ
共测定了 １５个个体的 １６ＳｒＲＮＡ基因全长。比 较发现，个体内不同克隆间无序列差异，而 ５个个 体间存在第 ７１、７６９、１１５０位等 ３个 Ａ／Ｇ转换位点， ５７８、１１０４位等 ２个 Ｃ／Ｔ转换位点，１０７１位的 １个 Ｃ／Ａ颠换位点及 １６４４位的 １个 Ｔ碱基插入突变 （图 ３）。综合来看，５个个体分别具有 ５种不同的 基因型。因此，１６ＳｒＲＮＡ基因的序列在种群内个体 间存在丰富的变异，适用于种群内遗传多样性分析。 ２．３ 基于 １６ＳｒＲＮＡ序列的鲳科鱼类进化关系
不同物种中核糖体RNA区域的比较分析
不同物种中核糖体RNA区域的比较分析核糖体是细胞内重要的生物分子，也是生命起源和进化的关键因素之一。
它能够合成蛋白质，是所有细胞最为重要的机制之一。
核糖体由许多的蛋白质和核酸构成，其中的核酸主要是RNA。
在不同物种中，核糖体的RNA区域有着较大的差异。
这篇文章将会比较分析这些差异。
首先，我们需要明确一点，那就是核糖体RNA区域的确切大小和组成是因物种而异的。
然而，可以确认的是，该区域大多是由16S rRNA、23S rRNA和5S rRNA等不同长度的RNA组成的。
16S rRNA是核糖体RNA区域中最为普遍的一种。
它是由一条大约有1500个核苷酸组成的链构成的。
16S rRNA的序列非常保守，这意味着它在不同的物种中互相之间的区别很小。
然而，16S rRNA的序列中仍然存在一些差异，而这些差异可以被用来进行分子进化研究。
因此，16S rRNA序列常被用来构建生物物种进化树。
除了16S rRNA之外，23S rRNA也是核糖体RNA区域中非常重要的一种。
23S rRNA通常由大约3,000个核苷酸组成。
23S rRNA的序列和结构非常复杂，因此也更加保守。
与16S rRNA不同的是，23S rRNA序列在不同的物种之间的差异更大，而这些差异也在一定程度上反映了不同物种之间的进化关系。
最近的研究还发现，23S rRNA的基因序列还可能与细胞壁合成有关，于是，它在生物学中的重要性又进一步加强了。
最后，还有一种小型的RNA，即5S rRNA。
虽然它的长度只有约一百个核苷酸，但它同样也是核糖体RNA区域中非常重要的一部分。
5S rRNA的序列与结构较为简单，但是在不同物种之间的差异可以被用来研究不同物种进化的关系。
综上所述，不同物种中核糖体RNA区域的差异是十分显著的。
而这些差异又可以被应用于不同的生物学研究领域中，如生物物种进化、细胞壁合成等。
因此，进一步的研究和探索仍然十分必要。
16srrna基因技术在油藏微生物生态研究中的应用
16srrna基因技术在油藏微生物生态研究中的应用
16S rRNA基因技术是一种用于微生物分类和地球环境微生物
群落结构研究的重要方法。
在油藏微生物生态研究中，16S rRNA基因技术被广泛应用于发现、鉴定和研究油藏中的微生
物群落。
首先，通过对油藏中微生物群落的16S rRNA基因进行测序和
分析，可以获得不同微生物群落的组成和多样性信息。
这有助于了解油藏中微生物的种类、数量和相对丰度等关键生态信息，从而揭示微生物群落的结构和功能。
其次，16S rRNA基因技术可以用于鉴定油藏中的微生物。
通
过比对16S rRNA基因序列数据库，可以确定微生物的分类和
系统发育位置，从而识别油藏中存在的不同微生物种类。
此外，16S rRNA基因技术还可以帮助研究油藏中微生物的代
谢功能和生态作用。
通过分析16S rRNA基因的功能区域，可
以推断微生物的功能特性，如产酸、产气、产聚合物降解酶等，从而揭示微生物对油藏生态系统中有机物转化、油藏酸化和生物降解等方面的影响。
综上所述，16S rRNA基因技术在油藏微生物生态研究中起着
重要作用。
它可以提供关于微生物群落结构、种类、数量和功能等方面的重要信息，有助于深入理解油藏微生物的生态特性和作用机制，为油藏开发和油藏环境管理提供科学依据。
基于形态特征和线粒体_16S_rRNA基因序列探讨棱鳀属的系统进化
到的最大似然距离参数进行分析和系统重建。其 中 NJ 法使用 MEGA3.0 软件 [15]，Bootstrap 置信值估算
记录；所用的分子量标准为 DL2000（TaKaRa 产品）。 重复次数 1 000 次；ML 法通过数据分组策略，利用
PCR 产物用 UNIQ-10（上海生工）柱式纯化试剂盒纯 Treefinder 对 Modeltest 获得的参数构建树，Bootstrap
鱼 类 进 行 了 测 定（表 2）。 赤 鼻 棱 鳀 吻 突 出，吻 长 等 于眼径，上颌骨最短（为头长0.69 ～ 0.75倍），鳃耙数 最多（23 ～ 25 + 29 ～ 31，总数为52 ～ 56），臀鳍条较 少（28 ～ 31）。在吻短（其长小于眼径）的5个种中，
伸达腹鳍（其长为头长1.46 ～ 1.55倍）和鳃耙数较多 （13 ～ 14 + 18 ～ 19，总数为31 ～ 32），而与长颌棱鳀有 明显的区别，后者上颌骨几伸达肛门（为头长 2.29 倍）， 鳃耙数少（6 + 9，总数为 15）。中颌棱鳀与黄吻棱鳀上 颌骨均伸达胸鳍基部（其长分别为头长的1.02 ～ 1.17 倍和1.13 ～ 1.20倍），鳃耙分别为11 ～ 13 + 16 ～ 18（总
种类 Species
背鳍 D
臀鳍 A
鳃耙数 Rake
腹棱数 VS
上颌骨伸达（为头长倍数） Maxillary extends to
（Multiple of head length）
体长 /mm 吻长：眼径
SL
SnL：DE
杜氏棱鳀 T. dussumieri
I，13
34-36 13-14 + 18-19 15-16 + 8-9
16s rdna序列 16s rrna基因序列
16s rDNA序列是细菌和古细菌特有的一种特征序列，是通过测定16s rDNA基因所编码的16s rRNA的序列而得到的。
在分子生物学和微生物学领域，16s rDNA序列被广泛应用于微生物分类、微生物多样性研究和微生物系统进化研究中。
本文将从以下几个方面对16s rDNA 序列进行介绍和分析。
一、成因和结构16s rDNA序列是细菌和古细菌特有的一种特征序列，它是细菌和古细菌核糖体小亚基rRNA基因的一部分，通常有约1500个核苷酸碱基对，可由16s rRNA基因编码。
这一序列在细菌和古细菌的核糖体RNA中起着重要的作用，它能够稳定地与核糖体蛋白结合，形成核糖体的小亚基，并参与到细菌和古细菌的蛋白质合成过程中。
二、意义和应用1. 微生物分类16s rDNA序列在微生物分类中具有重要意义，通过对16s rDNA序列进行测序分析可以鉴定和分类细菌和古细菌的种属和亚属。
这是因为16s rDNA序列在不同种属和不同亚属的细菌和古细菌之间存在一定的变异，可以作为分子生物学特征用于分类鉴定。
2. 微生物多样性研究通过对环境样品中的16s rDNA序列进行测序分析，可以了解微生物裙落的组成和结构，揭示微生物在自然界的分布和多样性。
这对于研究微生物的生态学、环境适应性和生态功能具有重要意义。
3. 微生物系统进化研究利用16s rDNA序列进行系统进化研究，可以揭示细菌和古细菌的系统发育关系和演化过程，为了解细菌和古细菌的起源、多样性和进化提供重要的分子学证据。
三、研究方法1. PCR扩增通常情况下，从细菌或古细菌的DNA中提取16s rDNA序列，然后利用PCR技术进行扩增。
通过选择适当的引物和反应条件，可以特异性地扩增出16s rDNA序列，为后续的测序分析做准备。
2. 测序分析测序是获取16s rDNA序列信息的关键步骤，目前常用的测序方法包括Sanger测序和高通量测序。
通过测序分析，可以获得16s rDNA 序列的具体碱基序列信息，用于后续的分类鉴定和系统进化研究。
16srn序列分析
1 6 s R N A 序列分析前言点阵分析（dot-matrix analysis），是指将两条以上核酸或氨基酸序列分别列示于纵横坐标，在同一位置上出现相同符号并形成连线，以揭示序列中重复片段或两条序列同源性的方法。
16sRNA是原核生物核糖体小亚基上的RNA，这段RNA序列在不同的细菌中的结构、功能都具有高度保守性,完成测序后通过点阵分析可以确定其同源性比较、用于细菌的系统分类鉴定、多样性和亲缘关系分析等。
虽然相对保守，但在不同的微生物中，16sRNA基因序列还是存在差异的，一般来说，16sRNA序列越接近，菌种关系越近，同源性越大；反之，16sRNA序列差异越大，同源性越小。
而本文主要利用点阵分析的方法对不同菌种的16SrRNA基因进行局部比对,通过比较两个序列之间的相似区域和保守性位点，寻找两者可能的分子亲缘关系，以及进化途径的关系，从而为生物进化的研究提供理论基础。
内容在窗口值为50，阈值为80的情况下，对细菌（变形链球菌、运动发酵单胞菌、霍乱弧菌、嗜热脂肪土芽孢杆菌、海氏肠球菌）、古生菌（硫磺矿硫化叶菌）以及真核生物线粒体（爪哇根结线虫线粒体）16sRNA两两序列间的点阵分析如下：1. 运动发酵单胞菌subsp mobilis 部分的16srRNA序列1105209313417521625729800185169253337421505589673757875链球菌mutans16SrRNA（Streptococcus mutans 与Zymomonas mobilis subsp.mobilis ）1-22. 霍乱弧菌局部的16srRNA 基因序列 18516925333742150558967375780016913720527334140947754561371316s r n a 1链球菌mutans 16SrRNA(Streptococcus mutans 与Viibrio cholerae)1-33. 嗜热脂肪土芽孢杆菌1103205307409511613715800183165247329411493575657739861链球菌mutans 16SrRNA（Streptococcus mutans 与Geobacillus srearothermophilus ）1-44. 肠球菌种局部的16srRNA 基因序列 110921732543354164975318717325934543151760368977586191116s r n a链球菌mutans16SrRNA（Streptococcus mutans 与Enterococcus hirae ）1-55. 爪哇根结线虫线粒体1651291932573213854495135776417057698451771532293053814575336096857618031链球菌mutans16SrRNA（Streptococcus mutans 与mitochonddrion meloidogyne javanica ）1-m6. 硫磺矿硫化叶菌 16512919325732138544951357764170576984511432854275697118539951137127914921链球菌mutans16SrRNA（Streptococcus mutans 与Sulfolobus solfataricus ）1-s7. 硫磺矿硫化叶菌1631251872493113734354975596216837458031143285427569711853995113712791492m爪哇根结线虫线粒体(mitochonddrion meloidogyne javanica 与Sulfolobus solfataricus)m-s结果变形链球菌-远动发酵单胞菌： 变形链球菌129~190、580~640、710~770处的碱基分别于运动发酵单胞菌180~255、630~705、800~860处的碱基大致相同；相似性较高，亲缘关系较近，分子进化关系较近；变形链球菌-霍乱弧菌：相似性一般，亲缘关系一般，分子进化关系一般；有相似序列如变形链球菌160左右、600~641处的碱基分别与霍乱弧菌217左右、649~679处的碱基大致相同；此部分序列可能对基本生命活动来说不可缺少或者有相似的功能。
16S rRNA基因序列分析法鉴定病原细菌
16S rRNA基因序列分析法鉴定病原细菌朱飞舟;陈利玉;陈汉春【期刊名称】《中南大学学报（医学版）》【年(卷),期】2013(38)10【摘要】目的：运用16S rRNA 基因序列分析法鉴定14种细菌，为该方法的临床应用奠定基础。
方法：提取细菌DNA，采用通用引物PCR扩增16S rRNA 基因片段并测序。
将测序结果用Blastn 在线软件在Nucleotide 数据库中进行序列同源性比对，根据序列同源性鉴定病原细菌。
结果：12种细菌可以鉴定到“种”，2种细菌可以鉴定到“属”。
结论：16S rRNA 基因序列分析是一种有效的病原细菌鉴定方法。
%Objective: To identify 14 bacteria by sequencing the 16S rRNA gene and establish the basis for clinical application in the future.n<br> Methods: DNA samples of the 14 bacteria were extracted. The 16S rRNA genes were amplified by PCR and sequenced with common primers. The sequences of the 16S rRNA genes were aligned by online software Blastn in nucleotide database. The bacteria were identified according tothe homology of their 16S rRNA genes. n<br> Results: Twelve bacteria were classified to species, the other 2 bacteria were classified to genus. Conclusion: 16S rRNA gene sequence analysis is useful in identifying pathogenic bacteria.【总页数】7页(P1035-1041)【作者】朱飞舟;陈利玉;陈汉春【作者单位】中南大学生命科学学院生物化学系，长沙 410013;中南大学基础医学院微生物学系，长沙 410013;中南大学生命科学学院生物化学系，长沙 410013【正文语种】中文【相关文献】1.应用16S rDNA序列分析对马铃薯贮藏期三个病原细菌菌株的鉴定 [J], 张茹;李金花;扈进冬;王晋渤;王蒂2.16S rRNA基因序列分析法鉴定鸭链球菌分离株 [J], 刘文华;邹玲;温建新;赵艳丽3.16S rRNA基因与16S-23S rRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用 [J], 茅云翔;杨官品;张宝红;张学成4.应用16S rRNA基因序列分析鉴定从痰培养中分离的假肺炎链球菌 [J], 赖希希; 蔡鹏威; 王军军; 屈平华5.Biolog系统和16SrDNA序列分析方法在植物病原细菌鉴定中的应用 [J], 刘鹏;魏亚东;崔铁军因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
两种鯻科鱼类线粒体16S rRNA基因片段序列分析
两种鯻科鱼类线粒体16S rRNA基因片段序列分析张龙岗;孟庆磊;安丽;董学飒;付佩胜【摘要】利用PCR技术成功扩增了高体革鯻(Scortum barcoo)和厚唇弱棘喇(Hephaestus fuliginosus)的线粒体16S rRNA基因序列.通过序列测定,得到791 bp的基因片段,碱基A、T、G、C平均含量分别为31.4％、21.2％、20.5％和26.9％,序列中的A+T含量明显高于G+C的含量,这与其他鱼类的16S rRNA基因片段研究结果相一致.通过序列分析发现,高体革鯻和厚唇弱棘喇两序列共存在23处碱基变异,其中碱基转换位点20个,碱基颠换位点3个,转换与颠换比率为6.7,没有发现碱基插入与缺失.与从GenBank中查到的3种蜊科鱼类的同源序列比对,邻接法(neighbor-joining)构建亲缘关系树,结果显示,5种蜊科鱼类聚在一起,分为独立的2支,匀蜊和单色匀鯻及花身蜊聚成1支,高体革鯻和厚唇弱棘鯻聚为1支,说明高体革鯻与厚唇弱棘蜊的亲缘关系比较近,而与其他另外3种鯻科鱼类亲缘关系比较远.【期刊名称】《生物技术通报》【年(卷),期】2011(000)008【总页数】5页(P148-152)【关键词】鯻科;线粒体;16S;rRNA;序列分析【作者】张龙岗;孟庆磊;安丽;董学飒;付佩胜【作者单位】山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117;山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117;山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117;山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117;山东省淡水水产研究所山东省淡水水产遗传育种重点实验室,济南250117【正文语种】中文鱼类线粒体DNA(简称mtDNA)与核DNA相比，具有分子小、编码效率高、拷贝数多、结构简单、进化速度快、不同区域进化速度存在差异以及母性遗传等特点，是一个相对独立的复制单位。
16 srrna 基因的写法
一、16s rRNA基因的概述16s rRNA基因是一种真核生物和原核生物细胞中普遍存在的一种小分子RNA，其分子量约为1.5千克以上。
16s rRNA基因在细胞中广泛存在，通常以一定的拷贝数和特定序列存在于细胞的染色体或质体中。
该基因编码的16s rRNA是细菌和古菌核糖体的一个组成部分,在真核细胞中存在于线粒体和叶绿体的核糖体中。
16s rRNA基因的序列具有高度保守性和较为丰富的变异性，因此被广泛应用于系统发育关系的研究以及微生物的分类和鉴定。
二、16s rRNA基因的结构16s rRNA基因通常包含了两个高度可变的区域（V1和V2）和九个保守的区域（3’端的V3、V4、V5、V6、V7、V8、V9和5’端的V1、V2）。
这些可变的区域和保守的区域交替排列在16s rRNA基因序列上。
保守的区域用于设计引物，进行PCR扩增，而可变的区域则用于分析微生物的系统发育和分类。
三、16s rRNA基因在微生物分类中的应用16s rRNA基因作为一种广泛存在于生物体中的遗传物质，在微生物分类学领域有着重要的应用价值。
通过对不同微生物16s rRNA基因序列的比对和分析，可以研究微生物之间的亲缘关系，揭示微生物的系统进化关系。
通过对16s rRNA基因进行PCR扩增和测序分析，还可以对微生物进行分类和鉴定，进而应用于环境微生物的监测和生物技术领域。
四、16s rRNA基因的序列分析技术1. 提取DNA样本：从微生物样本中提取全基因组DNA，通过裂解和酶解等步骤获得纯净的DNA。
2. PCR扩增：设计合适的引物，对16s rRNA基因的特定区域进行PCR扩增，获取所需的基因片段。
3. 序列测定：对PCR产物进行测序，获取16s rRNA基因片段的DNA序列。
4. 比对和分析：利用生物信息学软件对得到的16s rRNA序列进行比对和分析，确定微生物的系统发育关系和进行分类鉴定。
五、16s rRNA基因序列分析在环境微生物研究中的应用1. 环境微生物多样性研究：通过对不同环境样品中微生物的16s rRNA 基因进行测序和分析，可以揭示该环境中微生物的多样性和裙落结构特点。
原核生物16S rRNA基因多重拷贝及其序列异化
原核生物16S rRNA基因多重拷贝及其序列异化阎永伟;张德民【期刊名称】《生物学杂志》【年(卷),期】2013(030)004【摘要】核糖体小亚基RNA(16S rRNA)分子存在于所有细胞生物中,在细胞中执行恒定的功能,其分子序列既有高度保守性片段,又有相对可变性部分,因而成为研究原核生物系统发育的理想分子,其基因已成为原核生物系统分类学研究的核心标识基因.但是,近年来的大量研究表明,原核生物基因组内16S rRNA基因是多拷贝的.16S rRNA基因拷贝数在种属水平上基本是稳定的,但在更高分类阶元上则是不确定的.在拷贝数多的菌株中各拷贝间还存在差异,这种差异有时会大于不同菌株间甚至不同种间的差异.原核生物基因组内16S rRNA基因拷贝数和异化与其利用环境资源的生态策略和对环境的适应性有关.原核生物16S rRNA基因拷贝数及其异化研究对深入理解原核生物的环境生态功能具有重要意义.【总页数】4页(P63-66)【作者】阎永伟;张德民【作者单位】宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室,宁波大学海洋学院,宁波,315211;宁波大学应用海洋生物技术教育部重点实验室,宁波大学海洋学院,宁波,315211【正文语种】中文【中图分类】Q78【相关文献】1.常见分枝杆菌种内不同株之间16S rRNA基因和16S-23SrRNA ITS序列分析结果的比较 [J], 黄至澄;徐黔宁;闫李侠;陈保文;王国治2.16S rRNA基因与16S-23S rRNA转录单元内间隔区序列分析及其在节旋藻和螺旋藻分类鉴定中的应用 [J], 茅云翔;杨官品;张宝红;张学成3.基于16S rRNA和16S-23S rRNA基因间隔区序列探讨陆生和水生螺原体菌株的系统发生关系 [J], 毕可然;顾伟;王文;阎斌伦;张晓君4.哈维弧菌16S rRNA基因拷贝数的种内变异 [J], 郑嘉来;阎永伟;唐姝;杨坤杰;李长红;王凯;张德民5.利用16S-23S rDNA RFLP及16S rRNA基因序列分析方法对湖北省饭豆(Vigna umbellata L.)根瘤菌系统发育的研究 [J], 潘峰;王平;胡正嘉;何绍江;冯新梅因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
南方鲇16SrRNA基因片段序列差异及遗传多样性分析
南方鲇16SrRNA基因片段序列差异及遗传多样性分析王庆容;王大忠【期刊名称】《贵州农业科学》【年(卷),期】2009(037)012【摘要】从5个种群南方鲇(Silurus merdionalis)线粒体DNA(mitochondrial DNA,mtDNA)扩增出约600 bp的16SrRNA基因片段,经Clustal X同源排序后得540 bp序列.用PopGen 32软件计算遗传距离和遗传一致度,且对5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系进行聚类分析.结果表明:18个个体间的遗传距离变化为0～0.000 9,遗传一致度变化为0.999 1～1;在长江上游支流中,南方鲇不同种群间在该基因片段上基本没有差异,只有乌江种群与其他种群有2个碱基差异;长江中游支流的洞庭湖种群与长江上游支流的各种群间在该基因片段存在一定差异;5个种群16SrRNA基因片段序列遗传关系聚为3支,其中,雅砻江、岷江、宜宾3个种群聚为1支,乌江种群聚为1支,洞庭湖种群聚为1支.【总页数】4页(P132-135)【作者】王庆容;王大忠【作者单位】遵义医学院,细胞生物学教研室,贵州,遵义,563003;遵义师范学院,生物系,贵州,遵义,563003;遵义医学院,细胞生物学教研室,贵州,遵义,563003【正文语种】中文【中图分类】Q959.4【相关文献】1.南方鲇和鲇线粒体DNA 16SrRNA基因片段的RFLP对比分析 [J], 王庆容;王乾兴;李学英;王大忠2.5个罗非鱼品种(系)线粒体DNA16SrRNA和 Cytb基因片段序列分析 [J], 杨玲;李娴;王成武;杨德光;张延华;张志山;付佩胜;董俊3.5种经济海胆线粒体16SrRNA基因片段的序列分析 [J], 刘晓慧;黄佳琪;周遵春;董颖4.南方鲇Cyt b基因序列变异及遗传多样性分析 [J], 王庆容;李黛5.鲇细胞色素b基因序列差异及遗传多样性分析 [J], 王庆容;李黛因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
16s rdna序列 16s rrna基因序列 -回复
16s rdna序列16s rrna基因序列-回复什么是16S rDNA序列？16S rDNA序列指的是16S rRNA基因的DNA序列。
rRNA（核糖体RNA）是一类在细胞中发挥重要功能的RNA，它们组成了核糖体的核心结构，参与了蛋白质的合成过程。
16S rRNA是细菌和古菌中的一个亚基，它负责识别和结合RNA的mRNA的起始部位，是构建核糖体结构的重要组成部分。
为什么使用16S rDNA序列？16S rDNA序列具有独特的特征，既高度保守又具有一定的变异性，因此可以作为细菌和古菌分类和鉴定的标记。
通过对不同物种、属、族和种的16S rDNA序列进行比对和分析，可以确定它们之间的关系，揭示物种的进化历史和分类学关系。
此外，16S rDNA序列还可以用于研究微生物的多样性和群落结构，通过对不同环境样品中16S rDNA序列的测序分析，可以了解微生物群落的组成和丰度。
16S rDNA序列的获得获得16S rDNA序列的常用方法是通过PCR（聚合酶链式反应）扩增目标序列。
首先，从微生物样本中提取总DNA或细菌DNA；然后，设计一对相互互补的引物，引物的序列位于16S rRNA基因的高度保守区域；接下来，在PCR反应体系中加入提取的DNA模板、引物、dNTPs和DNA聚合酶，通过PCR反应进行多轮扩增，最终产生16S rDNA序列。
为了避免PCR过程中的扩增偏差，通常会进行多次独立的PCR反应，并将它们混合后进行测序。
最常用的测序方法是Sanger测序，但近年来，随着测序技术的进步，高通量测序（如Illumina测序）已成为常用的选择，可以一次性测序大量样品的16S rDNA序列。
16S rDNA序列的分析和应用获得16S rDNA序列后，可以利用生物信息学工具进行序列比对和分析。
首先，使用比对工具将测序得到的16S rDNA序列与已知的16S rDNA序列数据库比对，根据比对结果确定物种的分类和身份。
线粒体16SrRNA和Cytb基因复合扩增进行种属鉴定
线粒体16SrRNA和Cytb基因复合扩增进行种属鉴定叶懿;吴谨;罗海玻;王卓;李英碧【摘要】目的建立一种用于种属鉴定的线粒体DNA16SrRNA基因和细胞色素b 基因荧光标记复合扩增检测体系.方法利用引物设计软件Primer 5.0对mtDNA序列的16SrRNA基因和细胞色素b基因各设计一对引物,建立复合扩增体系.分别扩增人和牛、猪、狗、鸡、草鱼5种常见动物.用310遗传分析仪对产物进行分析.结果人和5种动物DNA扩增产物均出现两个峰.Cytb通用引物的扩增产物为人与动物的共有峰,为358bp;16SrRNA基因的扩增产物为人与动物间存在位置差异的特异峰,位于231～256bp之间.结论该复合扩增体系可以明确区分人和5种动物样本.可用于种属鉴定.【期刊名称】《法医学杂志》【年(卷),期】2008(024)004【总页数】4页(P259-261,后插1)【关键词】法医遗传学;生物学鉴定法;基因扩增;DNA,线粒体;基因,16SrRNA;基因,细胞色素b【作者】叶懿;吴谨;罗海玻;王卓;李英碧【作者单位】四川大学华西基础医学与法医学院物证教研室,四川,成都,610041;四川大学华西基础医学与法医学院物证教研室,四川,成都,610041;四川大学华西基础医学与法医学院物证教研室,四川,成都,610041;四川大学华西基础医学与法医学院物证教研室,四川,成都,610041;四川大学华西基础医学与法医学院物证教研室,四川,成都,610041【正文语种】中文【中图分类】DF795.2在涉及动物交通事故、偷猎等案件时，有时需要鉴定检材的种属来源。
线粒体DNA(mtDNA)16SrRNA基因是线粒体非编码基因，变异较大，适合于遗传多样性、种属鉴定和亲缘关系的研究[1]，也有许多学者对mtDNA细胞色素b(Cytb)基因进行序列分析，确定种属来源[2-4]。
本研究以线粒体16SrRNA和Cytb基因为目的基因，采用两对引物对人和5种动物的mtDNA进行PCR复合扩增，扩增产物经310遗传分析仪检测，根据16SrRNA基因扩增片段长度多态性进行种属鉴定。
16SrRNA基因序列分析在原核生物种的分类中的应用
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因此最适合于揭示各原核生物的亲缘关系，确定各原 核生物彼此系统发育相关性或进化距离。16SrRNA 基因 序列也因此被公认为是一把好的谱分析的“分子尺”。
【基本步骤】
细菌基因组的提取 特异引物扩增 １６ＳｒＤＮＡ序列 验证ＰＣＲ产物 扩增是否成功
选取近似菌种序列 构建系统发育树
与数据库中已知 细菌比较获得样品 种属信息
再将得到的DNA序列输入MEGA软件进 行建树。
16S rRNA 基因序列分析技术的问题：
1、首先是数据库的完整性,尽管数据库收录的细菌 种类在不断增加, 但还会遇到不能确定的情况;早期 所测定的结果也不尽正确。
2、数据库中有些序列中还存在很多不清楚的位点。 其序列中存在着突变速度很快的“热点”区域和 高度保守的区域 , 因此其确切的进化速度目前还不列
判断16SrＤＮＡ序列扩增是否成功：
经琼脂糖凝胶电泳在1500bp附近出现条带， 说明16s rDNA已经扩增成功.由于16s rDNA序列 长度一般1500bp左右。
DNA测序获得16SrRNA处理后得到的结果
GCATGCGGCGTGCTATACATGCAAGTCGAACGAACTCTGGTATTGATTGGTGCTTGCATCATGATTTACATTTGAGTGAGTGGCGA ACTGTGAGTAACACGTGGGAAACCTGCCCAGAAGCGGGGGATAACACCTGGAAACAGATGCTAATACCGCATAACAACTTGGACCG CATGGTCCGAGTTTGAAAGATGGCTTCGGCTATCACTTTGGATGGTCCCGCGGCGTATTAGCTAGATGGTGGGGTAACGGCTCACC ATGGCAATGATACGTAGCCGACCTGAGAGGGTAATCGGCCACATTGGGACTGAGACACGGCCCAAACTCCTACGGGAGGCAGCAGT AGGGAATCTTCCACAATGGACGAAAGTCTGATGGAGCAACGCCGCGTGAGTGAAGAAGGGTTTCGGCTCGTAAAACTCTGTTGTTA AAGAAGAACATATCTGAGAGTAACTGTTCAGGTATTGACGGTATTTAACCAGAAAGCCACGGCTAACTACGTGCCAGCAGCCGCGG TAATACGTAGGTGGCAAGCGTTGTCCGGATTTATTGGGCGTAAGCGAGCGCAGGCGGTTTTTTAAGTCTGATGTGAAAGCCTTCGG CTCAACCGAAGAAGTGCATCGGAAACTGGGAAACTTGAGTGCAGAAGAGGACAGTGGAACTCCATGTGTAGCGGTGAAATGCGTAG ATATATGGAAGAACACCAGTGGCGAAGGCGGCTGTCTGGTCTGTAACTGACGCTGAGGCTCGAAAGTATGGGTAGCAAACAGGATT AGATACCCTGGTAGTCCATACCGTAAACGATGAATGCTAAGTGTTGGAGGGTTTCCGCCCTTCAGTGCTGCAGCTAACGCATTAAG CATTCCGCCTGGGGAGTACGGCCGCAAGGCTGAAACTCAAAGGAATTGACGGGGGCCCGCACAAGCGGTGGAGCATGTGGTTTAAT TCGAAGCTACGCGAAGAACCTTACCAGGTCTTGACATACTATGCAAATCTAAGAGATTAGACGTTCCCTTCGGGGACATGGATACA GGTGGTGCATGGTTGTCGTCAGCTCGTGTCGTGAGATGTTGGGTTAAGTCCCGCAACGAGCGCAACCCTTATTATCAGTTGCCAGC ATTAAGTTGGGCACTCTGGTGAGACTGCCGGTGACAAACCGGAGGAAGGTGGGGATGACGTCAAATCATCATGCCCCTTATGACCT GGGCTACACACGTGCTACAATGGATGGTACAACGAGTTGCGAACTCGCGAGAGTAAGCTAATCTCTTAAAGCCATTCTCAGTTCGG ATTGTAGGCTGCAACTCGCCTACATGAAGTCGGAATCGCTAGTAATCGCGGATCAGCATGCCGCGGTGAATACGTTCCCGGGCCTT GTACACACCGCCCGTCACACCTGAGAGTTTGTAACACCCAAAGTCGGTGGGGTAACCTTTTAGGAACCAGCCGCCTAAGGTGACAG AGATGG
16s rrna 名词解释
16s rrna 名词解释
16S rRNA是ribosomal RNA（核糖体RNA）的一种，它是原核生物（如细菌和古菌）核糖体30S小亚基的组成部分。
在核糖体中，rRNA与蛋白质结合，形成核糖体的结构，用于蛋白质合成过程中mRNA和tRNA的结合。
16S rRNA的“16S”表示沉降系数，是描述分子在离心过程中沉降速度的一个指标。
rRNA的“r”代表riboso mal（核糖体的），而“NA”表示nucleic acid（核酸）。
因此，16S rRNA可以理解为具有特定沉降系数的核糖体R NA分子。
16S rRNA基因是编码16S rRNA的DNA序列，存在于细菌和古菌的基因组中。
这些基因通常是高度保守的，因为它们在进化过程中对于生物体的生存至关重要。
16S r RNA基因的序列包含了特定的功能域，如与mRNA结合的SD序列（起始位点序列），以及与23S rRNA相互作用的区域。
在分子生物学中，16S rRNA基因经常被用于细菌和古菌的鉴定和分类，通过比较不同菌株的16S rRNA基因序列，可以构建系统发育树，从而了解它们之间的亲缘关系。
16S rRNA基因的测序和分析是微生物生态学、环境监测和临床诊断等领域的重要工具。
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第31卷第7期中南林业科技大学学报Vo l.31N o.72011年7月Journal of Central South University of Forestry &Technology Jul.2011收稿日期:2011 02 03基金项目:国家自然科学基金项目(30371167)作者简介:姜石生(1976 ),男,湖南邵阳人,硕士研究生,主要从事昆虫行为与进化生态学研究通讯作者:贺一原(1964 ),男,教授,博士,硕士导师,主要从事动物生态学、昆虫分子生物学研究黄脊竹蝗5个地理种群线粒体16S rRNA基因片段的序列分析姜石生1,贺一原1,朱道弘2,曹元清3(1.中南林业科技大学,湖南长沙410004; 2.湖南第一师范学院,湖南长沙 410004;3.新宁县第四中学,湖南新宁 422709)摘 要:摘要对湖南桃江、广东广宁、广西桂林、重庆永昌、四川长宁等5个黄脊竹蝗Rammeacr is kiang su T sai 地理种群线粒体16S rR NA 基因进行测序,并经Clustal X 同源排序后得506bp 序列。
对获得的序列分析表明,A ,T ,G ,C 平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.6%,其中保守位点数504个,变异位点数2个,自裔位点2个,所有碱基转换总数为1,颠换总数为1。
利用M EG A4.0软件重建系统发生树,发现其中这5个黄脊竹蝗种群分化程度很低。
从而可以说明其群体遗传多样性单一。
关键词:黄脊竹蝗;地理种群;16S rR NA ;遗传分化;遗传多样性中图分类号:X 503.223文献标志码:A文章编号:1673923X(2011)07011505Fragment sequences analysis of mtDNA -16S rRNA gene among5geographic populations of Rammeacris kiangsuJI AN G Sh-i sheng 1,H E Y-i yuan 1,ZH U Dao -hong 2,CAO Yuan -qing 3(1.Cent ral So ut h U niv ersity of F orestr y &T echno log y,Changsha 410004,H unan,China;2.H unan First N or mal U niv ersity ,Chang sha 410004,Hunan,China;3.Xinning N o.4M iddle Schoo l,X inning 422709,H unan,China)Abstract:A ppro x imately 506base pair s of mito cho ndr ial 16S rRN A g ene from 5po pulations of Rammeacris k iangsu T sai (Or tho pt era:A er ido idea)in T ao -jiang ,G uang -ning ,Gu-i lin,Chang -ning ,Y ong -chang wer e sequenced.Of these sequences,averag e contents o f A,T ,G and C w ere 32.0%,37.8%,17.6%and 12.7%,respectiv ely.In 506bp se -quences,there w ere 504conserv ed sites,2var iable sites and 2singleton sites.A t otal o f transitio n and tr ansv ersion a -mo ng mtDN A 16S rRN A gene wer e 1and 1r espectiv ely.T he molecula r phy lo genetic trees w ere reconstructed by M EGA 4.0softw are methods,it was found that ther e w as a consist ent evo lutio na ry relationship among t he 5popula -tions.T he results show the g enet ic diversit y in 5po pulations of Rammeacr is k iangsu was ex ceptio nally lo w.Key words:R ammeacris kiang su ;geog ra phical po pulat ion;16S r RN A;genetic differentiation;g enetic div ersity黄脊竹蝗Rammeacr is kiang su 又名黄脊雷蓖蝗,属昆虫纲Inseeta 、直翅目Orthoptera 、蝗总科Aer idoidea 、网翅蝗科Arcy pteridae 、竹蝗亚科Cer -acrinae 、雷蓖蝗属Ram meacris ,广泛分布于湖南、湖北、四川、重庆、广东、广西、江西、福建、江苏、浙江、安徽、云南、贵州、台湾等地[1]。
主要为害毛竹、淡中南林业科技大学学报第31卷竹、刚竹、小竹等多种竹种,也为害水稻、玉米、棕榈等多种其它植物。
黄脊竹蝗的成虫在接近交配时期可作长距离的群飞迁移,造成发生地区迅速扩大,危害的植物范围也随之扩大。
目前,国内学者对黄脊竹蝗的生物学特性、形态特征及防治研究比较多,但对其遗传特性的研究,在国内还未见报道。
随着分子生物学技术的迅速发展,DN A 分子的多态性研究开始受到人们的普遍重视,而mtDNA(mitochondrial DNA )由于具有分子量小、结构简单、进化速度快、母性遗传等特点,成为生物多样性、群体遗传学和系统进化研究中的重要参考对象[2-3]。
本研究对黄脊竹蝗5个地理种群线粒体16S rRNA 基因的部分序列进行测定,并以其作为分子标记来分析黄脊竹蝗的遗传分化。
1 材料与方法1.1 实验材料本实验所用的黄脊竹蝗标本采之于5个不同地区,其具体时间和地点见表1。
所有标本用无水乙醇浸泡,-20 保存。
1.2 总DN A 的提取表1 黄脊竹蝗标本采集地及时间Table 1 Populations of Rammeacris kiangsu sampled inthis study采集地纬度( N)经度( E)代码采集时间重庆永昌29.4105.9CQYC 2006 03四川长宁28.6104.9S CCN 2006 03湖南桃江28.5112.1H NTJ 2006 04广西桂林25.3110.3GXGL 2006 03广东广宁23.7112.4GDGN2006 03本实验是参照贺一原等[4]的苯酚/氯仿法从黄脊竹蝗标本后足股节肌肉中提取总DNA 。
提取之前用双蒸水浸泡48h 以上。
1.3 PCR 扩增及测序PCR 扩增引物设计参照Sim on 等[5]文献:LR -J -12887(5 -CCGGTCT GAACT CAGAT CA CGT -3 ),LR -N -13398(5 -CGCCTGT TT AACAAAAA -CAT -3 )。
引物是由上海生工(Sang on )公司合成。
PCR 反应总体积为50 L,其中含有5 L 10buffer (含M g 2+),1 L dNTP,2 L 引物(10mo l/L),2 L 模板DNA,1 L Taq 酶(5U / L),其余用ddH 2O 补充至50 L 。
PCR 扩增条件包括94 预变性5min,30个循环(94 变性30s,49 退火40s,72 延伸30s ),72 再延伸7min,最后4 保存。
PCR 产物用1.5%的琼脂糖凝胶电泳进行检测。
将条带清晰的PCR 原液交由华大基因公司完成纯化及测序。
为保证测序的准确性,所有序列均进行双向测序。
测序反应均在型号为3730XL 测序仪上进行。
1.4 DN A 序列数据处理所测序列经校对,用ClustalX1.81软件进行对比。
利用M EGA4.0软件计算黄脊竹蝗各群体16S rRNA 基因序列的保守位点、变异位点、简约信息位点、自裔位点,并统计分析群体间的碱基组成、遗传距离和转换/颠换值。
用Kim ura -2-Param eter 双参数模型分析,用邻近法(neig hbor -joining m ethod ,NJ 法)构建系统树。
系统发生树中结点的自举检验置信度以1000次重复计算估计。
2 结果与分析2.1 基因组总DN A 的提取本实验所用的标本都是存放于-20 无水乙醇中浸泡,并从标本后足股节肌肉中提取DNA 。
提取的总DNA 用1.0%的琼脂糖凝胶电泳检测。
通过凝胶成像系统观察得到清晰的总DNA 条带。
2.2 16S rRN A 基因的PCR 扩增结果用引物对提取的总DNA 进行PCR 扩增。
用1.5%的琼脂糖凝胶电泳检测,电泳结果均可看到单一条带的特异性产物(如图1),大小为560左右。
图1 16S rRNA 基因部分序列电泳Fig.1 Electrophoresis of 16S rRNA gene116第7期 姜石生,等:黄脊竹蝗5个地理种群线粒体16S rR NA基因片段的序列分析对双向测序的序列进行拼接后并去掉两端引物序列,都得到大小为506bp序列。
所测黄脊竹蝗的16S r RNA基因序列与Genbank数据库中的黄脊竹蝗(AY995330)的同源性超过了99%。
2.3 不同黄脊竹蝗地理种群16S rR NA基因序列比较5个不同黄脊竹蝗地理种群16S rRNA基因序列比较如图2所示。
从图2中可以看出,湖南桃江图2 5个地理种群的16S rRNA基因的序列比较Fig.2 Sequences comparison on16S rRNA gene of5geographic populations117中南林业科技大学学报第31卷(H NT J)黄脊竹蝗16S rRNA 基因片段在319bp 处有一个碱基A 转换成G,四川长宁(SCCN )黄脊竹蝗16S rRNA 基因片段在471bp 处有一个碱基G 颠换成C 。
而广东广宁(GDGN )、广西桂林(GXGL)、重庆永昌(CQYC )黄脊竹蝗16S r RNA 基因片段序列完全相同。
所以从图可以看出,这5个地理种群16S rRNA 基因片段序列差异非常小。
2.4 黄脊竹蝗的16S rR N A 基因遗传分析及系统发育分析2.4.1 遗传分析5个地理种群的黄脊竹蝗16Sr RNA 基因部分序列片段中,A ,T,G,C,平均含量分别为32.0%,37.7%,17.6%,12.7%。