对虾Taura综合症病毒Taqman实时定量RT—PCR检测方法的建立与应用

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虾苗场3种重要病原同步定量PCR检测技术的建立

虾苗场3种重要病原同步定量PCR检测技术的建立

文章编号:1004-2490(2020)03-0375-10虾苗场3种重要病原同步定量PCR检测技术的建立 收稿日期:2019-03-25基金项目:中国水产科学研究院基本科研业务费(2017HY ZD0302);上海市虾类产业技术体系建设项目[沪农科产字(2014)第5号];公益性行业(农业)科研专项基金(201303047)作者简介:李楠英(1993—),男,硕士研究生,研究方向:水产动物病害与防治。

E mail:935454951@qq.com通信作者:周俊芳,副研究员。

E mail:zhoujf@ecsf.ac.cn李楠英1,2,房文红1,王 元1,马清扬1,2,李新苍1,赵 姝1,符贵红1,周俊芳1(1.中国水产科学研究院东海水产研究所,农业农村部东海渔业资源开发利用重点实验室,上海 200090;2.上海海洋大学水产与生命学院,上海 201306)摘 要:白斑综合征病毒(whitespotsyndromevirus,WSSV)、虾肝肠胞虫(Enterocytozoonhepatopenaei,EHP)和虾虹彩病毒(decapodiridescentvirus1,DIV1)为近年来凡纳滨对虾(Litopenaeusvannamei)育苗场内的主要生物性危害因素,其中2种或3种病原共感染的现象也较为常见,快速、准确地检测和鉴别这3种病原是大型苗场生物安保体系构建和无特定病原虾苗生产的迫切需求。

基于SYBRGreenI染料法,建立了同步扩增3种病原的定量PCR检测技术。

结果显示,该同步方法对3种病原的标准曲线相关系数(R2)均大于0.99,且检测限可低至10copy·μL-1,尤其是WSSV,在低至1copy·μL-1时仍能保持较好的组内和组间重复性。

熔解曲线分析显示,该同步定量PCR技术对对虾样品的扩增产物只在78.4℃、79.7℃、83.5℃处出现3个尖锐峰,分别与3种病原(DIV1、EHP和WSSV)扩增产物的Tm值相对应。

应用改良的实时TaqMan荧光定量RT-PCR技术检测口蹄疫病毒及其3D基因转录水平

应用改良的实时TaqMan荧光定量RT-PCR技术检测口蹄疫病毒及其3D基因转录水平

摘要:将改良的实时TaqMan荧光定量RT-PCR技术应用于口蹄疫病毒感染体内和体外的定量检测以及其3D基因转录水平分
析。结果表明:对样品中口蹄疫病毒基因组RNA的检测灵敏度可达l0个基因拷贝,可同时检测病毒正负链复制水平且重复性
较好,所测口蹄疫病毒3D基因转录水平可高达6.9×104拷贝/μL;与实时SYBR GreenⅠ染料RT-PⅠ染料RT-PCR
荧光定量反应液总体积50µL,其中2×buffer溶 液25µL,25µmol/L正义(FP)、反义(RT)引物各2
第 21 卷 5 期 2006 年 9 月
中国病毒学 VIROLOGICA SINICA
µL,20×SYBR GreenⅠ染料0.5 µL,反转录和热启
(State Key Laboratory of Virology, College of Life Sciences, Wuhan University, Wuhan 430072, China)
Abstract: In this study, an improved real-time RT-PCR was applied to quantification of Foot-and-mouth disease virus in vivo and in vitro. The results suggested that this method had a high sensitivity with up to less than 10 copies / reaction. Furthermore, this novel method was successfully used to quantify the transcriptional level of FMDV-3D gene in transfected BHK-21 cells and the resultant concentration of RNA level was up to 6.9×10 4 copies/μL. Compared with SYBR GreenⅠRT-PCR, six of eight samples testing the FMDV RNA copy number was up to 6.7-fold higher when determined by TaqMan RT-PCR, indicating that the improved method shows a high sensitivity in virus detection. Key word: Foot-and-mouth disease virus; Real-time TaqMan RT-PCR; Quantificational detection

taqman荧光定量pcr步骤

taqman荧光定量pcr步骤

taqman荧光定量pcr步骤
TaqMan 荧光定量PCR(Real-time Quantitative PCR)是一种常用的分子生物学技术,用于定量检测特定核酸序列的表达水平。

以下是一般的TaqMan 荧光定量PCR 实验步骤:
1. 设计引物和探针:根据目标基因序列,设计合适的引物和TaqMan 探针。

2. 准备模板:提取待测样本的DNA 或RNA,并将其作为模板用于PCR 反应。

3. 反应体系准备:根据试剂盒说明书,准备反应体系,包括反应缓冲液、引物、探针、dNTPs、Taq 聚合酶等。

4. 设定反应条件:根据引物和探针的特性,设置合适的PCR 反应条件,如温度、时间等。

5. 加样和运行PCR:将准备好的反应体系和模板加入PCR 仪中,开始运行PCR 反应。

6. 数据采集和分析:在PCR 反应进行过程中,仪器会实时监测荧光信号,并记录每个循环的荧光强度。

根据荧光强度与循环数的关系,绘制荧光定量曲线,并进行数据分析。

7. 结果解读:根据荧光定量曲线和标准曲线,计算出目标基因的初始拷贝数或相对表达量。

EHP、SHIV 双重TaqMan 实时荧光定量PCR 检测方法的构建及应用

EHP、SHIV 双重TaqMan 实时荧光定量PCR 检测方法的构建及应用

·研究论文·Chinese Journal of Animal Infectious Diseases中国动物传染病学报摘 要:本研究根据GenBank 中已有的虾肝肠胞虫(EHP )和虾血细胞虹彩病毒(SHIV )基因的保守序列,设计特异的引物和探针。

建立了快速诊断EHP 和SHIV 的双重TaqMan 实时荧光定量PCR 检测方法,并对其特异性、敏感性和稳定性进行检测。

结果表明:该方法检测限可达10 copies/μL ,其敏感性是SYBR Green real-time PCR 的10倍,普通PCR 法的100倍;对白斑综合征病毒、传染性皮下及造血组织坏死病毒、高致病性副溶血弧菌,以及桃拉综合征病毒的检测结果均为阴性,表明无交叉反应,具有良好特异性;重复性试验结果表明,该方法Ct 值的变异系数小于4%,具有良好的稳定性。

对37份已知检测结果的样品进行检测,结果符合率为100%。

本研究建立的EHP 和SHIV 检测方法具有快速、特异性强、灵敏度高等优点,适用于对虾隐性感染的早期监测。

关键词:虾肝肠胞虫;虾血细胞虹彩病毒;TaqMan 荧光定量PCR 中图分类号: S852.723文献标志码:A 文章编号:1674-6422(2022)01-0112-08Development of a Duplex TaqMan Real-time PCR Assay for Detection of EnterocyTozoon Hepatopenaei and Shrimp Hemocyte IridovirusHOUYuee 1, ZENG Junxia 1, LAN Jianyuan 1, XU Zaozhu 1, LIAO Xiuyun 2, LUO Baozheng 2(1. Zhuhai Kerric T esting T echnolongy Co. Ltd., Zhuhai 519000, China; 2. Gongbei Customs district technology center, Zhuhai 519015, China)收稿日期:2019-09-04基金项目:珠海市公共技术服务平台产学研协同创新计划项目(IETP201901011)作者简介:侯月娥,女,硕士,主要从事畜禽和水产疾病及免疫防治通信作者:罗宝正,E-mail:*************EHP 、SHIV 双重TaqMan 实时荧光定量PCR检测方法的构建及应用侯月娥1,曾俊霞1,蓝间媛1,许枣珠1,廖秀云2,罗宝正2(1.珠海科艺普检测科技有限公司,珠海51900;2.拱北海关技术中心,珠海519015)2022,30(1): 112-119Abstract: In this study, specific probes and primers were designed according to Enterocy Tozoon Hepatopenaei (EHP) and Shrimp Hemocyte Iridovirus (SHIV) gene sequences in GenBank. A d uplex TaqMan-based real-time quantitative PCR assay was then developed by optimizing the reaction conditions. The results demonstrated that this PCR assay was more sensitive for EHP and SHIV with the detection limit of 1×10 copies/μL, which was 10-fold higher than SYBR Green real-time PCR and 100-fold higher than conventional PCR. Specifi city tests showed no cross reactions with White spot syndrome virus, Infectious hypodermal and hematopoietic necrosis virus, High pathogenicity ibrio parahaemolyticus and Taura syndrome virus. Repeatability tests demonstrated that the threshold cycle of the method gave a good stability with the coeffi cient of variations were less than 4%. Then 37 samples were tested by using a duplex TaqMan real-time PCR and conventional PCR and the results reached 100% agreement. In conclusion, the duplex TaqMan-based real-time quantitative PCR assay developed here were specifi c and sensitive for rapid detection of EHP and SHIV . Therefore, it could be suitable for early duplex TaqMan-based real-time quantitative PCR assay of latent infection of shrimp.Key words: Enterocy tozoon hepatopenaei; shrimp hemocyte iridovirus; TaqMan real-time PCR; detection· 113 ·侯月娥等:EHP、SHIV 双重TaqMan 实时荧光定量PCR 检测方法的构建及应用第30卷第1期虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei, EHP)是2009年于泰国养殖池塘生长迟缓的斑节对虾(Penaeus monodon)中发现的专门寄生于细胞内的原生生物[1-2]。

对虾偷死野田村病毒(CMNV) RT-PCR 检测方法的建立

对虾偷死野田村病毒(CMNV) RT-PCR 检测方法的建立

对虾偷死野田村病毒(CMNV) RT-PCR 检测方法的建立作者:张达云来源:《农家致富顾问·下半月》2016年第03期摘要:参考 GenBank 中对虾偷死野田村病毒(Covert mortality nodavirus, CMNV)的基因序列,应用 Primer Premier5.0 软件设计了一对引物,建立了适合CMNV快速检测的RT-PCR 检测方法。

以该方法对实验室分离并保存的CMNV cDNA片段为模板进行PCR扩增,得到了预期大小为210bp的目的片段。

将扩增所得的DNA片段进行克隆测序,测序结果与GenBank 中的CMNV的相应序列比对分析,确定为CMNV的基因序列。

以对虾常见IHHNV(传染性皮下及造血组织坏死病毒)、WSSV(对虾白斑综合症病毒)、TSV(桃拉病毒)、YHV(黄头病毒)等病毒核酸片段为模板,用设计的引物进行PCR,结果均为阴性。

该方法敏感性检测结果表明,最低RNA模板检出量为2pg。

表明所建立的RT-PCR检测技术具有特异、快速和敏感的特点,可用于对虾CMNV的快速检测。

关键词:虾;病毒;检测方法1 材料与方法1.1 材料与试剂从宁波市多个南美白对虾育苗场分别采集10日龄虾苗幼体1000尾左右,95%酒精保存,CMNV、IHHNV(传染性皮下及造血组织坏死病毒)、WSSV(对虾白斑综合症病毒)、TSV (桃拉病毒)、YHV(黄头病毒)阳性样品为本实验室的保存样品。

上海生工的“柱式动物组织总RNA抽提纯化试剂盒”和“胶回收纯化试剂盒”、康为世纪“HiFiScript cDNA 第一链合成试剂盒”、康为世纪“2×Taq MasterMix”。

1.2 病毒RNA提取根据上海生工的柱式动物组织总RNA抽提纯化试剂盒,操作如下:将阳性虾苗用RNase-free研磨器研磨匀浆后,取25-50mg匀浆产物加入1.5ml RNase-free 离心管中,加入450μl Buffer Rlysis-AG,立即震荡混匀,室温放置3min;12,000rpm,4℃离心3min,将上清移至新的1.5ml RNase-free离心管中,加入1/2体积无水乙醇,充分混匀后,转移至吸附柱中,静置1min,室温12,000rpm离心1min,倒掉收集管中废液;将吸附柱放回收集管中,加入500μl GT solution,静置1min,室温10,000rpm离心1min,倒掉收集管中废液;再加入500μl NT Solution,静置2min,室温10,000rpm离心1min,倒掉收集管中废液;室温12,000rpm空转离心2min;将吸附柱放入新的RNase-free的离心管中,在吸附膜中央加入40μl DEPC处理的水,静置2min,室温12,000rpm离心2min,得到总RNA。

对虾Taura综合症病毒Taqman实时定量RT_PCR检测方法的建立与应用

对虾Taura综合症病毒Taqman实时定量RT_PCR检测方法的建立与应用

80年代以来,养虾业成为海水养殖业中举足轻重的支柱产业。

随着养殖规模的扩大,集约化程度的提高,对虾生活环境日益恶化,对虾病毒病已成为制约对虾养殖业可持续发展的主要因素。

Taura综合症是其中危害较大的,该病由Taura综合症病毒(Taurasyndromevirus,TSV)引起,其是直径为对虾Taura综合症病毒Taqman实时定量RT-PCR检测方法的建立与应用岳志芹1,刘荭2,梁成珠1,高宏伟1,雷质文1,徐彪1,朱来华1,江育林2(1.山东出入境检验检疫局检验检疫技术中心,山东青岛266002;2.深圳出入境检验检疫局水生动物疫病国家重点实验室,广东深圳518010)摘要:建立了Taqman实时定量RT-PCR方法检测对虾的Taura综合症病毒(Taurasyndromevirus,TSV)。

选取TSV基因组的保守序列,利用PrimerExpress2.0软件设计引物和探针,扩增产物长度为73bp。

以含有TSV目的扩增片段的质粒为标准品,进行实时定量RT-PCR反应,结果表明质粒DNA在6~6×106个拷贝,共7个数量级的范围内有“S”型扩增曲线。

根据病毒拷贝数与Ct值制备了标准曲线,可以用于病毒的定量分析。

该方法的检测灵敏度为6个病毒粒子。

该方法的重现性好,组内的实验变异系数为0.04%~2.70%,组间实验变异系数为0.92%~4.67%。

引物和探针对于对虾基因组RNA、黄头病毒RNA都没有扩增反应,表现出良好的特异性。

实时定量RT-PCR检测TSV方法的建立,对于虾病的临床诊断及流行病学研究具有重要意义。

关键词:TSV;实时定量RT-PCR;Taqman探针中图分类号:S945.4文献标识码:A文章编号:1008-0589(2008)02-0141-04DevelopmentandapplicationofTaqmanreal-timequantitativeRT-PCRassayfordetectionoftaurasyndromevirusinshrimpsYUEZhi-qin1,LIUHong2,LIANGCheng-zhu1,GAOHong-wei1,LEIZhi-wen1,XUBiao1,ZHULai-hua1,JIANGYu-lin2(1.ShandongTechinicalCenterofInspectionandQuarantineBureau,Qingdao266002,China;2.TheKeyLabofAquaticAnimalDiseases,ShenzhenEntry-ExitInspectionandQuarantineBureau,Shenzhen518010,China)Abstract:Areal-timequantitativeRT-PCRassaywasdevelopedusingaTaqmanprobetodetectandquantifyTaurasyndromevirus(TSV)inshrimp.PrimersandprobeweredesignedbasedontheconservedregionoftheTSVgenomeusingthePrimerExpress2.0software.AplasmidthatcontainstargetTSVsequencewasconstructedandusedastemplate.ThestandardcurvewasgeneratedbasedonthelinearrelationshipbetweentheamountofplasmidDNA(X)andcyclethreshold(Ct).Thereal-timeRT-PCRassayhadadetectionlimitof6DNAcopies.Thisquantitativemethodwashighlyreproducible,withacoefficientvariation(CVs)valueof0.04%-2.70%withinassayand0.92%-4.67%amongassays.TheprimersandTaqmanprobeusedinthisassaywereshowntobespecificforTSVanddidnotamplifyyellowheadvirus(YHV)RNAorshrimpRNA.Thisassayishighlyrobustandhasgreatpotentialapplicationindiagnosticandepidemiologicalstudiesinshrimpaquaculture.Keywords:Taurasyndromevirus(TSV);real-timequantitativeRT-PCR;Taqmanprobe收稿日期:2007-08-16基金项目:国家质量检度检验检疫总局资助项目(2006IK003)作者简介:岳志芹(1975~),女,山东烟台人,博士,高级工程师,主要从事水生动物疫病的检测.中国预防兽医学报ChineseJournalofPreventiveVeterinaryMedicine第30卷第2期2008年2月Vol.30,No.2Feb.200830nm~32nm的无囊膜的二十面体,属于小RNA病毒。

对虾桃拉综合征病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

对虾桃拉综合征病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立

用 实 时 荧光 P C R技术 进 行 桃 拉综 合 征 病 毒检 测 的
研 究报道 。 l 材料 与方 法 1Байду номын сангаас. 1 试 验 材 料 对 虾 桃 拉 综 合征 病 毒 毒 株 由南 海
水 产研 究所 提 供 , 其 他对 照 毒株 ( 皮 氏杆 状病 毒 、 斑
如 南 美 白对 虾 、 凡纳 对 虾 ( P . v a n n a me i ) 、 蓝 脚细 对 虾
检 测特异性为 1 0 0 %, 高于普通 P C R ; 检测 时间在 6 0 m i n内, 约为普通 P C R的 1 / 4 ; 有效解 决 P C R产物 的气溶胶 污染 问 题, 安全
性 高。结论 : 本研究应 用荧光定量 P C R技 术用 于对虾桃拉 综合征 病毒检测具有敏感 、 定量、 快速 、 特异 、 安全等优点。

晖 ’ 陈 旭新 ’ 5 1 0 O O O )
( 1 . 东 山 出入 境检 验检 疫局 福建 东 山 3 6 3 4 0 1 ; 广州
要 目的: 建立一种敏感 、 定量 、 快速 、 特异 、 安全的实时荧光定量 P C R检 测方 法, 用于对 虾桃拉 综合征 病毒 ( T S V) 的早期诊
c e n c e Q u a n t i t a t i v e P C R, v O — P C R ) , 如T a q M a n探 针 、
节对 虾 型杆状 病毒 、 中肠 腺坏死 杆状 病毒 、 传染 性皮
下造 血坏 死病 毒 、 肝 胰腺 细小病 毒和 呼肠 孤病毒 ) 由 本 单位保 存 。试验 对虾采 自福 建省 和广 东省各养 殖 场 。T a q酶 和 A MV反 转 录酶 为 T a K a R a公 司产 品 。 实时荧 光定量 P C R仪 型号 为罗 氏 L i g h t C y c l e r 1 . 5 。

对虾病毒DNA/RNA的实时荧光定量RT—PCR同步检测方法研究

对虾病毒DNA/RNA的实时荧光定量RT—PCR同步检测方法研究
r e a l — — t i me RT— — PCR a s s a y wa s e s t a b l i s he d a nd op t i mi z e d f o r s i m ul t a ne o us l y de t e c t i ng f our vi r u s e s ( W SS V、 I H H NV 、 TSV 、 Y HV )o f s h r i mp .The o pt i mi z e d r e a l — t i me RT— PCR ge ne r a t e s t y p i c a l a m—
河 南农 业科 学 , 2 0 1 3 , 4 2 ( 1 o ) : 1 4 6 — 1 4 8
J o u r n a l o f He n a n Ag r i c u l t u r a l S c i e n c e s
对 虾 病 毒 DN A/ RN A 的 实 时 荧 光 定 量 RT—P C R 同 步 检 测 方 法 研 究
2 . Z h o u s h a n Ce n t e r s f o r Di s e a s e Co n t r o l a n d Pr e v e n t i o n, Z h o u s h a n 3 1 6 0 2 1, Ch i n a )
Ab s t r a c t :To i n c r e a s e t h e i n s p e c t i o n a n d q u a r a n t i n e e f f i c i e n c y o f DNA/ RNA v i r u s e s o f s h r i mp, a
a t i o n c o e f f i c i e n t d i s t r i b u t i o n a t 0 . 2 6 一1 . 6 2 ), a n d h i g h s e n s i t i v i t y, wi t h n o s i g n i f i c a n t d i f f e r —

Taura综合征病毒套式RT—PCR检测方法的建立及应用

Taura综合征病毒套式RT—PCR检测方法的建立及应用
式 反 应 (rvr t nci i -o m r e ee e r sr t np l ea s a po y s
感 染 T V后 病死 率 高 达 6 % 一 0 。据 估 S 0 9%
计 ,从 19 9 2年 至 19 9 6年在美 洲 由 T V造成 S
canratn TP R 具有灵 敏度高 、特 hi eci ,R —C ) o 异性 强 、操 作 简便 和快 速等 特点 ,是诊 断病 原体 的一 种有效 的现代 分子生 物学技术 。套
16 R A的提 取 . N
1 材 料 和 方 法
1 1 T V阳性病 料 . S 来 自广西 合浦某 对虾 养 殖场 ,由本 实验
取待检对虾鳃、肝胰腺、肌 肉组织等 , 使用 U I 1 NQ一 0柱式 总 R A抽 提 试 剂盒 并 按 N
其产 品说 明 的 方 法 提 取 总 R A,最 后 用 适 N
维普资讯
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广 西 水产 科 技
Tua 合征 病毒 套 式 ar 综 R —C T P R检 测 方法 的建 立及 应 用
黄玉 英 黎 小正 韦信 贤 吴祥庆 黄 国秋 黄玉柳 50 2 ) 3 0 1 ( 广西 渔业病 害防治环境 监测和 质量检 验 中心
和意义。
关键词
T ua 综合征病毒 ar
套式 R —C 灵敏度 阳性检 出率 TP R
T ua ar综合 征 ( ar nrm ,T ) 是 Tuas do e S y
由 T ua综合征 病毒 ( a r sn rmev u , ar T ua ydo i s r
目前 国 内外 诊 断 T V 的方 法 ,包 括 在 S
摘 要
T ua综合征病毒 (’ ar , V)是世界动物卫生组织 ( I ) 目录规 定的水生动物二类疫 I S OE

对虾偷死野田村病毒荧光定量RT-PCR检测方法[发明专利]

对虾偷死野田村病毒荧光定量RT-PCR检测方法[发明专利]

专利名称:对虾偷死野田村病毒荧光定量RT-PCR检测方法专利类型:发明专利
发明人:张庆利,黄倢,李小平,刘爽,邱亮
申请号:CN201510756976.6
申请日:20151109
公开号:CN105331739A
公开日:
20160217
专利内容由知识产权出版社提供
摘要:本发明涉及一种对虾偷死野田村病毒(CMNV)荧光定量逆转录PCR(RT-PCR)检测方法。

本发明的方法是:针对CMNV的RNA依赖的RNA聚合酶基因保守基因片段设计引物和Taqman探针,制备RNA样品,按照预设的反应条件,进行荧光定量RT-PCR。

通过标准曲线制作和检测方法的特异性验证,结果显示本发明的方法可以实现对CMNV的绝对定量,同时本方法能从白斑综合征病毒、杆状病毒、桃拉病毒、肝胰腺细小病毒、传染性皮下及造血组织坏事病毒和传染性肌肉坏死病毒中将CMNV准确鉴定出来,显示出高的特异性。

本发明的引物、探针和检测方法对于加强水体、饵料和苗种中CMNV监测、防止该病毒大规模爆发流行具有很高的推广价值。

申请人:中国水产科学研究院黄海水产研究所
地址:266071 山东省青岛市市南区南京路106号
国籍:CN
代理机构:青岛海昊知识产权事务所有限公司
代理人:曾庆国
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牛诺如病毒RdRp基因TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用

牛诺如病毒RdRp基因TaqMan荧光定量PCR检测方法的建立与应用

22体系专栏牛诺如病盡RdRp 基因TaqM an 褒光 定量P C R 检测方法的建立与应用王梦佳,刘莹,彭志豪,翟向和,左玉柱,李清艳,范京惠(河北农业大学动物医学院,河北保定071001)牛诺如病毒(BNoV )是国内新发的犊牛腹 泻病病原,高度变异且传染性极强。

牛感染该病毒后发病较为突然,能够引起腹泻呕吐等临床 症状,一般情况下诺如病毒较为温和但是在暴 发时感染率可达45%以上,甚至引起出血性的死亡,给养牛业造成经济损失。

因此,建立一种 特异性强、灵敏度高、耗时短的检测方法对准确 检测BNoV 及其流行病学调查等均具有重要意 义。

实时荧光定量PCR 方法敏感而快捷,操作简 便,因此荧光定量PCR 技术被广泛应用于兽医 学的检测。

本研究设计了一对BNoV 的特异性引 物和探针,建立了 TaqMan 荧光定量PCR 的检 测方法,为快速检测和及早诊断BNoV 提供有效 的技术保障。

1材料与方法1.1材料牛病毒性腹泻病病毒(BVDV )、牛轮状病毒 (BRV )、牛冠状病毒(BCV )阳性材料均为河北农 业大学传染病实验室保存。

78份腹泻病犊牛的 肠道内容物样品为2019年采集自河北省的五 个牛场。

1.2方法根据GUI .2基因型BNoV 的RdRp 基因保 守序列,应用Primer 5.0软件设计特异性引物和 探针见表丨,引物由生工生物工程(上海)股份有 限公司合成。

BVDV 阳性样本验证该方法的特异性。

应用建立 的方法检测倍比稀释的重组质粒检测灵敏度, 所有试验均一式三份并设置阴性对照,根据C t 值计算组内、组间的变异系数(C V )检测所建立 的荧光定量PCR 方法的重复性。

应用建立的方法对临床样品进行检测,以了解河北地区犊牛 腹泻中BNoV 的阳性率,对其结果进行分析评价 其临床实用性。

照和BCV 、BRV 、BVDV 阳性样本均没有出现特 异性扩增曲线,且重复性良好,结果证明特异性 良好。

实时荧光定量PCR检测对虾白斑综合症病毒方法的建立

实时荧光定量PCR检测对虾白斑综合症病毒方法的建立

实时荧光定量PCR检测对虾白斑综合症病毒方法的建立程晓艳;刘庆慧;黄倢【期刊名称】《安徽农业科学》【年(卷),期】2010(038)026【摘要】[目的]根据对虾白斑综合症病毒(White Spot Syndrome Virus,WSSV)的保守序列,利用Primer 5.0软件设计引物,建立了WSSV的荧光实时定量PCR检测体系.[方法]构建含有WSSV目扩增片段的质粒为标准品,进行定量PCR扩增,探索反应条件.[结果]确定了最佳退火温度(61 ℃)和最佳引物浓度(0.2 μmol/L),标准品浓度在8.8×109~8.8×104个拷贝数之间有典型的"s"型扩增曲线,标准曲线中模板拷贝数(X)与Ct值的关系为Ct=-3.597 lgX+42.547,相关系数R2=0.993.[结论]该检测方法特异性强,对传染性皮下和造血器官坏死病毒(IHHNV)、肝胰腺细小病毒(HPV)没有扩增反应.【总页数】3页(P14265-14267)【作者】程晓艳;刘庆慧;黄倢【作者单位】中国海洋大学,山东青岛,266003;农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,中国水产科学院黄海水产研究所,山东青岛,266071;农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,中国水产科学院黄海水产研究所,山东青岛,266071;农业部海洋渔业资源可持续利用重点开放实验室,中国水产科学院黄海水产研究所,山东青岛,266071【正文语种】中文【中图分类】Q7【相关文献】1.对虾桃拉综合征病毒实时荧光定量PCR检测方法的建立 [J], 方成俊;陈俊玉;王碧生;杨奇志;潘迎芬;陈晖;陈旭新2.对虾白斑综合症病毒双抗体夹心ELISA方法的建立 [J], 郑晓聪;刘荭;张朋;何俊强;史秀杰;贾鹏;兰文升3.对虾白斑综合症病毒变性高效液相色谱检测方法的建立与应用 [J], 赵巍;马亚;赵玉然;杨大伟;梁成珠;刘荭;何俊强;史秀杰;岳志芹4.虾肝肠胞虫(Enterocytozoon hepatopenaei)实时荧光定量PCR检测方法的建立及对虾样品的检测 [J], 刘珍;张庆利;万晓媛;马芳;黄倢5.一种简单快速测定对虾白斑综合症病毒浓度方法的建立 [J], 秦崇涛;杨丰因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

PCR技术在对虾病毒病检测上的应用及研究进展

PCR技术在对虾病毒病检测上的应用及研究进展

PCR技术在对虾病毒病检测上的应用及研究进展牛英豪;杨凯;王凤敏;申红旗;赵宝华【摘要】聚合酶链式反应PCR具有特异性强、灵敏度高、快速简便及重复性好等优点,多种临床样品均可用PCR进行检测,现已开发出多种PCR新技术,用于生物学科的各个领域.本文对PCR技术的原理及其在动物疫病尤其是对虾病毒病的检测中的应用及研究进展做一综述,以期对对虾病毒病的诊断与防治有所帮助.【期刊名称】《河北渔业》【年(卷),期】2009(000)001【总页数】5页(P1-4,24)【关键词】PCR;对虾病毒;检测【作者】牛英豪;杨凯;王凤敏;申红旗;赵宝华【作者单位】河北师范大学生命科学学院,河北,石家庄,050016;河北师范大学生命科学学院,河北,石家庄,050016;河北省水产技术推广站,河北,石家庄,050011;河北省水产技术推广站,河北,石家庄,050011;河北师范大学生命科学学院,河北,石家庄,050016【正文语种】中文【中图分类】S9聚合酶链式反应(polymerase chain reaction,PCR)技术诞生于1985年,是特定DNA片段体外扩增的新技术[1]。

该技术的优点在于敏感性强、特异性高、实验简易快速,应用广泛。

PCR技术能特异地在体外扩增微量基因或DNA片段,将皮克(pg)水平的DNA特异地扩增106~107倍,达到微克(μg)的水平,经凝胶电泳后形成肉眼能直接观察到的核酸条带,最终达到检测诊断的目的。

80年代以来,养虾业成为海水养殖业中举足轻重的支柱产业。

随着养殖规模的扩大,集约化程度的提高,对虾生活环境日益恶化,对虾病毒病已成为制约对虾养殖业可持续发展的主要因素[2]。

自1974年Couch等[3]发现了第一种对虾病毒(BP)以来,目前世界上报道的对虾病毒有7个科19种,对对虾危害最大的主要包括三种病毒:1.对虾白斑综合征病毒(WSSV),属杆状病毒科,无包涵体,为双链DNA 病毒(dsDNA);2.桃拉综合征病毒(TSV),属小RNA病毒科,有包涵体,为单链RNA病毒(ssRNA);3.传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV),属细小病毒科,有包涵体,为单链DNA病毒(ssDNA)[4]。

实时荧光定量PCR快速检测对虾IHHNV载量方法的建立和应用

实时荧光定量PCR快速检测对虾IHHNV载量方法的建立和应用

实时荧光定量PCR快速检测对虾IHHNV载量方法的建立和应用实时荧光定量PCR快速检测对虾IHHNV载量方法的建立和应用目的:建立一种快速、定量、特异、灵敏的PCR方法用于对虾传染性皮下及造血组织坏死病毒(IHHNV)的早期诊断和疫情监测.方法:根据GenBank登录的IHHNV毒株序列,使用生物学软件进行序列比对,在IHHNV保守区序列设计特异性引物与T aqman探针.对实时荧光定量PCR反应条件进行优化以缩短检测时间,提高特异性、灵敏度、重复性,并与普通PCR进行盲样测试的比对.结果:本法线性范围5×102~5×107拷贝/ml,检出限5×101拷贝/ml,灵敏度超过普通PCR100倍,特异性高于普通PCR,重复性极好(S=0.035~0.39,CV=0.13%~1.05%),检测时间为普通PCR的1/5,现场盲样IHHNV检出阳性率高于普通PCR 26.00%.结论:本研究建立Taqman实时荧光定量PCR用于对虾IHHNV检测具有特异、灵敏、快速、定量、重复性好等优点.作者:王忠发王建跃卢亦愚何伟贤王学海Wang Zhong-fa Wang Jian-yue Lu Yi-yu He Wei-xian Wang Xue-hai 作者单位:王忠发,王建跃,何伟贤,Wang Zhong-fa,Wang Jian-yue,He Wei-xian(浙江省舟山市疾病预防控制中心,浙江舟山,316000)卢亦愚,Lu Yi-yu(浙江省疾病预防控制中心,杭州,310009)王学海,Wang Xue-hai(浙江大学医学院病原生物研究所,杭州,310031)刊名:中国卫生检验杂志 ISTIC英文刊名:CHINESE JOURNAL OF HEALTH LABORATORY TECHNOLOGY 年,卷(期):2007 17(9) 分类号:Q75 关键词:实时荧光定量PCR IHHNV 病毒载量。

养殖对虾病毒病PCR诊断方法的建立及在流行病学调查中的应用

养殖对虾病毒病PCR诊断方法的建立及在流行病学调查中的应用

养殖对虾病毒病PCR诊断方法的建立及在流行病学调查中的应用薄清如;吴小伦;黄建珍;徐海聂;朱建洪;王小玉;黄云君;周思波;陈静静【期刊名称】《中国畜牧兽医》【年(卷),期】2004(031)010【摘要】利用分子生物学技术,建立了一种快速、准确、实用的养殖对虾白斑病和斑节对虾杆状病毒的PCR检测方法,通过特异性试验和敏感性试验,并经测序,其PCR产物与目的基因符合率为99%,证实该方法具有良好的特异性.本项目还将该方法应用于对虾育苗过程的各个环节,并对珠海地区养殖场养殖对虾、市场销售的对虾和进出口对虾等进行了对虾白斑病毒和斑节对虾杆状病毒的流行病学调查.在调查中首次发现虾蛄对虾白斑病毒呈阳性反应,说明该病毒可以感染除对虾外的节肢动物.【总页数】4页(P38-41)【作者】薄清如;吴小伦;黄建珍;徐海聂;朱建洪;王小玉;黄云君;周思波;陈静静【作者单位】珠海出入境检验检疫局,珠海,519015;珠海出入境检验检疫局,珠海,519015;珠海出入境检验检疫局,珠海,519015;珠海出入境检验检疫局,珠海,519015;斗门省级罗氏沼虾良种场,斗门,519000;珠海出入境检验检疫局,珠海,519015;珠海出入境检验检疫局,珠海,519015;珠海出入境检验检疫局,珠海,519015;珠海出入境检验检疫局,珠海,519015【正文语种】中文【中图分类】S945.1+9【相关文献】1.鸭副粘病毒病RT-PCR诊断方法的建立与应用 [J], 李建侠;刁有祥;刘霞;李宏梅2.猪病毒病PCV2、 PEDV、 TGEV、 GAR的复合PCR方法建立及应用 [J], 赵津;禹泽忠;冯刚;王萍;杨锁住;赵国洪;高俊男;韩建强3.猪圆环病毒病PCR检测方法的建立与应用 [J], 师丽刚4.9种鸭病毒病GeXP多重PCR检测方法的建立及其应用 [J], 张艳芳;谢芝勋;谢丽基;邓显文;谢志勤;罗思思;黄莉;黄娇玲;曾婷婷5.猪伪狂犬病、猪细小病毒病及猪流行性乙型脑炎多重PCR诊断方法的建立 [J], 张焕容;肖驰;曹三杰;文心田因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

实时荧光定量RT-PCR检测内皮细胞t-PA mRNA方法的建立

实时荧光定量RT-PCR检测内皮细胞t-PA mRNA方法的建立

实时荧光定量RT-PCR检测内皮细胞t-PA mRNA方法的建立赵砚婷;张莲芬;金坚【期刊名称】《中国药理学通报》【年(卷),期】2006(22)5【摘要】目的建立实时RT-PCR检测人微血管内皮细胞组织型纤溶酶原激活物(t-PA) mRNA的表达.方法提取人微血管内皮细胞总RNA,经RT-PCR获得靶基因(t-PA)及管家基因(β-actin)的PCR产物.纯化后,作为标准品梯度稀释,采用SYBR Green I定量PCR检测,建立标准曲线.方法学考核参数为特异性、线性范围、精密度和重复性.分析全反式维甲酸对内皮细胞表达t-PA mRNA的干预效果.结果定量方法特异性好,检测的灵敏度达103拷贝,线性范围为103~ 1010拷贝,循环阈值与PCR体系中起始模板量的对数值之间有着良好的线性关系(r2》0.990),批内变异≤3.10%,批间变异≤4.93%.1.25~20.00 μmol·L-1的全反式维甲酸能明显上调内皮细胞t-PA mRNA的表达(P《0.01),且呈剂量依赖性.结论实时荧光定量RT-PCR 的方法可对t-PA mRNA的表达进行准确定量,有助于溶栓药物药理学研究和新药筛选.【总页数】5页(P633-637)【作者】赵砚婷;张莲芬;金坚【作者单位】江南大学教育部重点实验室·细胞与分子药理研究室,江苏,无锡,214036;江南大学教育部重点实验室·细胞与分子药理研究室,江苏,无锡,214036;江南大学教育部重点实验室·细胞与分子药理研究室,江苏,无锡,214036【正文语种】中文【中图分类】R332.12;R340.3;R342.22;R345.63;R394.2;R973.2【相关文献】1.实时荧光定量RT-PCR检测剑尾鱼IgM mRNA方法的建立 [J], 张铃铃;任艳;石存斌;吴淑勤2.实时荧光定量RT-PCR检测糖皮质激素α-受体mRNA表达水平方法的建立 [J], 熊涛;曹政3.番鸭IFN-α mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 [J], 万春和;朱海侠;陈红梅;施少华;傅光华;程龙飞;黄瑜4.3种猪细胞因子mRNA实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立与应用 [J], 王凤雪;黄双;刘莹;杨勇;孙娜;朱洪伟;张淑琴;程世鹏;温永俊5.水稻MOC1 mRNA TaqMan实时荧光定量RT-PCR检测方法的建立 [J], 高东;孙宏伟;刘雪清;何霞红;王云月;李成云;朱有勇因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

对虾Taura综合征病毒RT-PCR检测方法的改进及应用

对虾Taura综合征病毒RT-PCR检测方法的改进及应用

对虾Taura综合征病毒RT-PCR检测方法的改进及应用黎小正;韦信贤;吴祥庆;黄国秋;黄玉柳【期刊名称】《上海水产大学学报》【年(卷),期】2008(17)5【摘要】Taura综合征病毒(TSV)是世界动物卫生组织(OIE)目录规定的水生动物二类疫病病原体。

本研究在RT-PCR方法检测TSV行业标准的基础上,优化建立了能更准确检测TSV的套式RT-PCR。

敏感性试验结果表明,所建立的套式RT-PCR的灵敏度大约为常规RT-PCR的103倍,最低可检测到10fg的TSVRNA。

分别应用两种RT-PCR方法对180份来自广西沿海不同对虾养殖场的对虾临床样品进行检测,其中套式RT-PCR共有52份检出TSV,而常规RT-PCR仅有23份检出TSV。

表明所建立的套式RT-PCR提高了TSV的阳性检出率,较常规RT-PCR有更大的应用价值和意义。

【总页数】5页(P525-529)【关键词】Taura综合征病毒;套式RT-PCR;灵敏度;阳性检出率【作者】黎小正;韦信贤;吴祥庆;黄国秋;黄玉柳【作者单位】广西渔业病害防治环境监测和质量检验中心【正文语种】中文【中图分类】S917【相关文献】1.二温式RT-PCR检测对虾Taura综合征病毒的研究 [J], 庞耀珊;谢芝勋;何竞铭;邓显文;莫友群2.荧光定量RT-PCR检测虾Taura综合征病毒方法建立及应用 [J], 熊炜;邱璐;李健;蒋静;王巧全;李树清;杨锡铨;胡永强3.RT-PCR检测Taura综合症病毒方法改进及应用 [J], 熊炜;邱璐;李健;蒋静;王巧全;胡永强4.应用RT-PCR方法从进境南美白对虾亲虾中检出桃拉综合征病毒(Taura syndrome virus) [J], 陈信忠;龚艳清;孔繁德;王景明;周斌华;郑征;黄元成5.对虾Taura综合症病毒Taqman实时定量RT-PCR检测方法的建立与应用 [J], 岳志芹;刘荭;梁成珠;高宏伟;雷质文;徐彪;朱来华;江育林因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

以色列急性麻痹病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

以色列急性麻痹病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用

以色列急性麻痹病毒Taq Man荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用张体银;黄嫦娇;田国宁;侯义宏;王武军;张志灯;林素洁【期刊名称】《中国预防兽医学报》【年(卷),期】2021(43)12【摘要】为建立以色列急性麻痹病毒(IAPV)荧光定量RT-PCR检测方法,本研究根据GenBank中IAPV RNA依赖的RNA聚合酶(RdRp)基因保守区域序列设计了一对特异性引物和一条特异性探针,以体外转录制备的重组质粒标准品为模板,经过反应条件优化,建立了IAPV荧光定量RT-PCR检测方法,并对其进行了特异性、敏感性、重复性试验;利用所建立的方法对70份福建地区临床疑似IAPV感染的蜜蜂样品进行检测,并对阳性样品进行测序验证。

结果显示,荧光定量RT-PCR方法的最佳引物和探针浓度分别为0.25μmol/L和0.20μmol/L,最佳退火温度为61℃。

该方法仅对IAPV出现阳性扩增信号,对蜜蜂克什米尔病毒、蜜蜂慢性麻痹病毒、蜜蜂残翅病毒、蜜蜂急性麻痹病毒、蜜蜂黑蜂王台病毒、蜜蜂囊状幼虫病毒等6种病毒均未出现扩增,特异性较强;该方法对重组质粒标准品的最低检测限为9.7拷贝/μL,比普通RT-PCR敏感性高约100倍;该方法批内及批间变异系数均小于1.5%,重复性好。

利用该方法和普通RT-PCR方法分别对70份临床样品进行检测,结果显示,两种方法的阳性检出率分别为31.4%(22/70)和27.1(19/70),二者的符合率为95.9%。

本研究首次建立的IAPV Taq Man荧光定量RTPCR检测方法快速、敏感,检测结果准确可靠,为IAPV的流行病学调查及其分子生物学的快速检测奠定了基础。

【总页数】6页(P1287-1292)【作者】张体银;黄嫦娇;田国宁;侯义宏;王武军;张志灯;林素洁【作者单位】福州海关技术中心福建省检验检疫技术研究重点实验室;潍坊海关技术中心;长沙海关技术中心【正文语种】中文【中图分类】S895.2【相关文献】1.Taq Man探针荧光定量RT-PCR对牛精液中牛病毒性腹泻病毒检测方法的建立2.Taq Man实时荧光定量PCR检测猪伪狂犬病病毒方法的建立与初步应用3.猪繁殖与呼吸综合征病毒Taq Man-MGB荧光定量RT-PCR方法的建立和应用4.牛病毒性腹泻-粘膜病病毒TaqMan荧光定量RT-PCR检测方法的建立及初步应用5.检测猪传染性胃肠炎病毒Taq Man荧光定量RT-PCR方法的建立与初步应用因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

二温式RT-PCR检测对虾Taura综合征病毒的研究

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二温式RT-PCR检测对虾Taura综合征病毒的研究庞耀珊;谢芝勋;何竞铭;邓显文;莫友群【期刊名称】《海洋科学》【年(卷),期】2004(028)002【摘要】设计了一对能扩增大小为 231 bp对虾 Taura综合征病毒( TSV)某段基因的特异性引物,优化建立了能快速检测 TSV的二温式 RT- PCR.特异性和敏感性试验结果表明,二温式 RT- PCR能对 3个试验用 TSV毒株的 RNA进行扩增,并得到与预期大小一致的 231 bp的扩增产物,而其它 3种对虾病原则无相同大小的特异性扩增产物出现; RT- PCR最低能检测到 1 pg的 TSV RNA.应用 RT- PCR对320份分别来自广西沿海不同对虾养殖场的对虾样品进行检测,结果一共有 85份检出 TSV.这说明了 TSV在广西沿海地区养殖对虾中已呈现出区域性流行趋势,同时也显示了 RT- PCR在 TSV临床检测中具有较高的实用性.【总页数】4页(P54-57)【作者】庞耀珊;谢芝勋;何竞铭;邓显文;莫友群【作者单位】广西兽医研究所,广西,南宁,530001;广西兽医研究所,广西,南宁,530001;广西兽医研究所,广西,南宁,530001;广西兽医研究所,广西,南宁,530001;广西海洋研究所,广西,北海,536000【正文语种】中文【中图分类】Q78;S941.53【相关文献】1.一步二温式RT-PCR检测南美白对虾桃拉综合症病毒 [J], 陈晓汉;曾地刚;彭敏;雷爱莹;李咏梅;蒋伟明2.二温式多重PCR检测鉴别对虾白斑综合征病毒(WSSV)和传染性皮下及造血器官坏死病毒(IHHNV)的研究与应用 [J], 谢芝勋;庞耀珊;刘加波;邓显文;唐小飞3.二温式多重PCR检测对虾白斑综合征病毒和桃拉病毒的研究 [J], 谢芝勋;庞耀珊;邓显文;唐小飞;刘加波4.二温式多重PCR检测对虾的白斑综合征病毒和桃拉综合征病毒 [J], 吴刘记;吴信忠;孟庆国5.对虾Taura综合征病毒RT-PCR检测方法的改进及应用 [J], 黎小正;韦信贤;吴祥庆;黄国秋;黄玉柳因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

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摘 要 :建 立 了 T q a am n实 时 定 量 I P R 方 法检 测 对 虾 的 T ua 合 症 病 毒 (ar snrme i s S ) .C ar 综 T u ydo r ,T V 。 a vu 选取 T V 基 因组 的 保 守序 列 ,利 用 Pi r x r s .软 件 设 计 引物 和探 针 ,扩 增 产 物 长 度 为 7 p 以 含 有 T V S r pe 0 me E s 2 3 。 b S 目的 扩 增 片段 的 质 粒 为 标 准 品 ,进 行 实 时 定 量 R .C TP R反 应 ,结 果 表 明质 粒 D A 在 6 N ~6×1 拷 贝 ,共 7个 0个 数 量级 的 范 围 内有 “ ” 型扩 增 曲线 。根 据 病毒 拷 贝数 与 C 值 制 备 了标 准 曲线 ,可 以 用 于病 毒 的 定 量 分析 。该 方 S t 法 的检 测 灵敏 度 为 6个 病毒 粒 子 。 该方 法 的 重现 性 好 ,组 内的 实验 变异 系数 为 0 4%~27 . 0 . 0%,组 间 实验 变异 系 数 为 09 . 2%~46 %。 引物 和 探 针 对 于 对 虾 基 因组 R A、黄 头病 毒 R A 都 没 有 扩 增 反 应 ,表 现 出 良好 的 特 异 . 7 N N
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