测序实验室操作手册
CLIACAP 二代测序临床检测标准操作指南
CLIA/CAP 二代测序临床检测标准操作指南2015-04-23自由度本临床二代测序操作指南来自于Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA) of 1988/College of American Pathologists (CAP) laboratory。
释义：Clinical Laboratory Improvement Amendments (CLIA) of 1988：美国临床实验室改进修正法规’88 。
这个法规里面有关于医学检验项目的一些质量规范，中国的临床行业很多项目的指标都参考过CLIA’88 中的内容。
College of American Pathologists (CAP) laboratory：美国病理学家协会。
相较于Sanger测序，二代测序技术（新一代测序技术，NGS）拥有高通量和低单碱基成本的特点，这使其在临床检测领域拥有得天独厚的优势。
过去的数年间，相当数量的NGS服务商迅速成长，而美国病理学家协会却没有及时依照美国临床实验室改进修正法规（CLIA）编制指南来规范这个检测。
基于NGS平台的临床检测是一种新的检测方式，相较于原有检测方法，其复杂程度大大提高，因此迫切需要一个规范标准来指导各实验室进行检测。
CAP 于2011年成立了NGS工作部门，商讨NGS临床检测实验检查表的内容。
本次CAP列出共计18条实验室要求的检查表，包含检测的二代测序实验过程和生物信息学分析过程。
二代测序技术（NGS）包含两个部分：实验操作部分（wet bench）和生物信息分析部分（dry bench）。
实验操作部分包括以下部分或所有的流程：病例样本的采集处理、核酸提取、片段化、生物分子标签（barcode）、目标区段/基因捕获富集、连接、扩增、文库构建、上机测序、数据产出。
生物信息分析部分主要依赖于高性能的计算机和不同的生物信息分析方法，主要流程包括：参考序列比对、组装、变异检测、注释、临床解释（依赖于是否运用诊断工具）。
DNA测序实验步骤大全(精华版)
DNA测序实验步骤大全(精华版)
本文档旨在提供一份DNA测序实验的步骤概述，以帮助研究
人员顺利完成实验。
下面是DNA测序实验的核心步骤：
1.DNA提取
选择适当的样本（例如细胞、组织、血液等），并使用DNA
提取试剂盒提取DNA。
遵循试剂盒说明书中的步骤，将样本溶解在适当的缓冲溶液中，并进行离心以分离DNA。
2.纯化和浓缩
使用DNA纯化试剂盒纯化提取得到的DNA，去除潜在的污染物。
对纯化后的DNA进行浓缩，以增加测序的效率和准确性。
3.DNA片段构建
利用DNA库制备试剂盒，将DNA片段和DNA连接酶一起反应。
反应后的DNA片段经过纯化步骤，去除未连接的DNA片段和连接酶。
4.测序PCR
将DNA片段进行PCR扩增，以得到足够量的DNA样本进行
测序。
使用DNA测序引物和聚合酶进行PCR扩增。
5.DNA测序
将PCR扩增的DNA提交给DNA测序服务提供商进行测序。
根据测序平台的要求，选择合适的测序方法（例如Sanger测序、___测序等）进行测序。
6.数据分析
在测序完成后，获得原始测序数据。
使用适当的软件和工具对测序数据进行处理和分析，以获得最终的DNA序列。
以上是DNA测序实验的核心步骤概述，具体实验细节应根据实验目的和设备进行调整和优化。
希望本文档对您的实验工作有所帮助。
注意：本文档旨在提供DNA测序实验步骤的概述，并没有进行详细解释和说明。
对于具体实验操作和方法，请参考相关文献和专业指南。
微生物测序做根内和根际的
微生物测序做根内和根际的
微生物测序做根内和根际的采样方法如下：
- 根际土壤样本取样方法：
- 作物类（含草地等矮小植物）：
1. 采集植物植株，去除根部大块土壤，置于冰上运输至实验室。
2. 晃动根部，去除根部松散的土壤后，使用无菌刷子从根部收集残留土壤。
3. 同一样方多点取样土壤样本等量混合均匀后，液氮速冻，置于-80℃冰箱保存。
- 林木类：
1. 采集地面下10-20cm根际土壤，置于冰上运输至实验室。
2. 过2-5mm孔径无菌筛网。
3. 同一样方多点取样土壤样本等量混合均匀后，液氮速冻，置于-80℃冰箱保存。
- 植物内部微生物取样方法：
1. 依据实验设计，进行样方设置，每一样方进行多点取样，同一样方点等量混匀成一个样本。
2. 对植物组织进行表面消毒操作，液氮速冻后，研磨成粉，即可用来进行核酸的提取。
在采样过程中，应注意取样器具的消毒灭菌处理，并尽可能减少人为的污染。
如需获取更详细的采样方法或操作步骤，请补充相关背景信息后再次提问。
Nextseq-500二代测序实验室要求教学内容
NextSeq™ 500实验室指导方案一、实验室要求………………………………………………………………………….1-2二、电的要求 (3)三、不间断电源（UPS） (4)四、环境限制 (5)五、计算网络要求 (6)六、用户提供的消耗品和设备…………………………………………………...7-8一． 实验室要求1. Nexseq 500仪器尺寸：2. 安置要求仪器安装的位置必须保证有足够的空间，以确保能够接触电源开关和电源插座，以及进行设备的检修，同时应当保持适当的通风。
1) 仪器的左侧应有足够的空间，以确保实验人员能够控制位于仪器背部电板电源线上的电源开关。
2) 放置仪器以便工作人员可以迅速的从电源插座上断开电源线。
3) 该仪器四周能够让实验人员进入操作的空隙不能小于以下数值。
注：移动仪器需要联系厂家代表。
如果移动仪器不当会影响光学校准以及数据的完整性。
3. 放置Nextseq 500的实验台要求仪器中有精密的光学原件，应该被安装在坚固的实验台上，并远离振动源。
4.防止震动源使用以下指导意见最小化测序过程中的震动，以保证光学表现。
1)把仪器安装在坚固牢靠的实验台上。
2)不要将其他任何可能导致震动的设备放置在同一实验台上，如摇床，涡旋器，离心机，或能引起空气流动的装置。
3)在测序过程中，不要打开试剂箱门，缓冲液门，右侧的服务面板，或流式细胞门。
不要在仪器上放置任何物品。
5.PCR工序的实验室设置实验室在使用前应建立专用区域和实验程序，并确保实验室设置合理，以减少被PCR产物污染的风险（PCR产物会污染试剂，仪器，样本等，并导致实验结果的不准确性）。
1)专用的完全独立区域如果您打算进行PCR序列扩增，仪器必须设在PCR后处理实验室。
●专用的完全独立的PCR前处理实验室进行PCR前处理工序（DNA的提取，量化和标准化）。
●专用的完全独立的PCR后处理实验室进行PCR产品制造和加工。
●绝不使用同一水池进行PCR前处理和PCR后处理材料的清洗工作。
PCR实验室操作流程
PCR实验室操作流程PCR（聚合酶链反应，Polymerase Chain Reaction）是一种可以通过体外合成DNA的方法，也是现代生物技术中一项重要的分子生物学技术。
PCR技术的应用广泛，包括基因测序、基因突变检测、表达定量等。
下面是PCR实验室操作的一般流程。
1.设计引物：PCR实验的第一步是设计引物。
引物是用于扩增目标DNA片段的短链DNA序列。
两个引物分别对应目标序列的两端，其长度通常在18-24个碱基对之间。
引物的碱基序列必须与目标序列互补，以确保引物的结合和扩增特异性。
2. 制备PCR反应液：将PCR反应所需的试剂制备成PCR反应液。
PCR 反应液包括模板DNA、引物、聚合酶、反应缓冲液、dNTPs和Mg2+等。
聚合酶可以是常见的Taq聚合酶，也可以是其他高保真度的热稳定聚合酶。
反应缓冲液包含缓冲盐、pH调节剂和聚乙二醇等成分。
3.加热变性：PCR反应开始前，需要对DNA模板进行热变性，将其双链DNA解开成单链DNA，以供引物结合。
一般在95℃左右进行加热变性步骤，持续1-5分钟。
4.循环扩增：PCR实验主要包括循环扩增的步骤。
循环扩增主要分为三个步骤：变性、退火和延伸。
变性温度一般设置在94-98℃，可以使DNA双链变为单链；退火温度根据引物序列的特性来设计，一般设置在50-70℃之间，可以使引物与DNA模板序列结合；延伸温度一般为72℃，此温度下聚合酶能够合成新的DNA链。
5.PCR循环反复：PCR反应通常进行30-40个循环，每个循环包括变性、退火和延伸的三个步骤。
这样可以进行指数级扩增，生成大量目标DNA片段。
6. PCR产物检测：PCR反应结束后，可以通过凝胶电泳等方法对PCR产物进行检测。
将PCR产物与DNA分子量标记物一起电泳，可以通过与标准品比较得知扩增片段的大小。
也可以通过染色剂如SYBR Green等进行荧光定量，或者使用定量PCR方法定量扩增产物的数量。
7.结果分析和数据处理：根据PCR产物的结果进行数据分析和处理。
ABI测序仪简易使用20100106
评估定位结果: 各道的信号高度应该相差不大，间隔均一 96道毛细管一般为5或6，允许范围为4～8 48道毛细管为9～11） 确认所有毛细管都有信号
光谱校正
• 从图可以看到，四（或五）色荧光检 测系统的本质是检测四（或五）种荧 光素在其中心发射波长处的信号。由 于每一种荧光素的发射光谱不是锐线 光谱，而是 一种有一定宽度分布的光 谱带。所以一个纯荧光除在它自己光 谱的中心波长处能采 集到信号N1外， 在其他荧光信号光谱的中心波长处亦 能检测到信号而产生信号重叠。为了 校准信号重叠，需知道一种荧光信号 在其他荧光信号处产生的重叠系数。 所以，我们用四（或五）条不同长度 的ＤＮＡ片断分别标记上不同的荧光 素来计算这些系数。
建立新的Analysis Protocol
Plate Manager：如何建立新的上样板
样品准备与上机
运行上样板
如何控制运行的程序
开始运行一个Run的程序
停止当前运行的板号 和 停止Run Scheduled中其他等待运行的板号 完成当前运行的板号 和 停止Run Scheduled中其他等待运行的板号 停止当前运行的板号 和 继续运行Run Scheduled中其他等待运行的板号
ABI公司 DNA测序仪器的应用
仪器硬件构造 3730XL
各部件功能
电源开关 打开或关闭仪器电源
照明灯开关
进样器按钮 阳极缓冲液杯
打开或关闭仪器内部的照明灯
使进样器抓取缓冲液槽到毛细管针端（或相反） 内装67毫升1X缓冲液，电泳时作为阳极介质 装1X缓冲液，电泳时作为阴极介质 装双蒸水，清洗毛细管用 装双蒸水，灌胶时盛放废胶 泵入胶并将其灌入毛细管 上装有阳极，阳极缓冲液杯装在此处 保证毛细管束的温度均一性和稳定性
安捷伦二代测序操作方法
安捷伦二代测序操作方法
安捷伦二代测序操作方法主要分为以下几个步骤：
1. 文库构建：将待测样本的DNA或RNA分离，并进行适当的处理，如碎裂、修复末端、连接接头等。
然后通过PCR扩增，生成适合测序的文库。
2. 文库质检：对文库进行定量和质量检测，确保文库中的DNA或RNA片段长度适当且浓度合适。
3. 群体扩增：将文库中的DNA或RNA片段固定在测序芯片上的空位上，然后进行PCR反应，使每个DNA片段扩增成数百个等位基因的聚集体。
4. 测序反应：将扩增的DNA片段附着在玻璃芯片上，并加入碱基、引物和聚合酶。
然后通过荧光信号和光学检测，测定每个聚集体中的碱基序列。
5. 数据处理：将测序得到的原始数据进行图像转换和碱基配对，然后进行质量控制和序列比对。
最后得到测序样本的碱基序列信息。
6. 数据分析：根据测序得到的碱基序列信息，进行序列组装、多样性分析、功能注释等一系列数据分析，获得样本的基因型、表达水平、突变状态等相关信息。
需要注意的是，具体的操作方法可能会有一些具体的差异，可以参考安捷伦二代
测序仪的操作说明书来进行操作。
此外，操作中的实验室条件、试剂质量等因素也会对结果产生影响，需要严格控制实验条件和使用优质试剂。
测序实验室工作制度
测序实验室工作制度一、实验室概述测序实验室是一个专门进行基因测序和基因分析的研究场所，旨在为生物学、医学、农业等领域的研究提供高效、准确、可靠的测序服务。
为了确保实验室的高效运行和安全管理，特制定本工作制度。
二、实验室人员管理1. 实验室工作人员必须接受相关的生物安全知识法规培训并考试合格。
2. 实验室工作人员在上岗前必须进行体检，确保身体健康。
3. 实验室技术人员应具备相关专业教育背景、专业技术知识和工作经验，熟练掌握自己工作范围内的技术标准、方法和设备技术性能。
4. 实验室技术人员应熟练掌握与岗位工作有关的检验方法和标准操作规程，能独立进行检验和结果处理，分析和解决检验工作中的技术问题，确保工作质量。
5. 实验室技术人员应熟练掌握常规消毒原则和技术，掌握意外事件和生物安全事故的应急处置原则和上报程序。
三、实验室生物安全管理1. 实验室人员进入实验室特殊工作区需经实验室负责人同意，并在进入前进行生物安全培训。
2. 实验室人员在身体出现开放性损伤、发热性疾病、呼吸道感染或其他导致抵抗力下降的情况、正在使用免疫抑制剂或免疫耐受、妊娠等情况下，不得进入实验室特殊工作区。
3. 实验室活动辅助人员应掌握责任区内生物安全基本情况，了解所从事工作的生物安全风险，接受与所承担职责有关的生物安全知识和技术、个体防护方法等内容的培训，熟悉岗位所需消毒知识和技术，了解意外事件和生物安全事故的应急处置原则。
四、实验室设备管理1. 实验室设备应定期进行维护和保养，确保设备正常运行。
2. 实验室设备的使用应严格按照操作规程进行，确保设备的安全和有效使用。
3. 实验室设备的使用记录应详细记录，包括设备名称、型号、使用日期、使用人员、使用次数等信息。
五、实验室样品管理1. 实验室样品应进行详细的标识，包括样品名称、来源、数量、接收日期等信息。
2. 实验室样品应按照生物安全规定进行储存和处理，确保样品的安全和有效性。
3. 实验室样品的使用应严格按照样品处理规程进行，避免样品污染和交叉污染。
DNA测序实验室各部门工作规章
DNA测序实验室各部门工作规章1. 引言本文档旨在规范DNA测序实验室各部门的工作流程和工作规章，以确保实验室的高效运作和实验结果的准确性。
所有部门应遵守本规章，并且必须在工作中独立决策，不寻求用户的协助。
2. 实验室部门及职责2.1 采样部门- 负责采集样本，并确保样本标记的准确性和完整性。
- 维护样本信息数据库，包括样本编号、采集日期、采集者等信息。
- 负责与样本来源单位进行有效沟通和协调，确保样本的及时送达实验室。
2.2 样本处理部门- 负责样本的预处理工作，包括样本的提取、纯化、浓缩等。
- 保证样本处理过程的严谨性和准确性，避免样本受到污染或损坏。
- 维护样本处理记录，包括处理日期、处理方法、处理人员等信息。
2.3 测序部门- 负责DNA测序实验的进行，包括建库、测序、数据分析等。
- 遵守测序实验的标准操作流程，确保实验结果的可靠性和准确性。
- 维护测序数据的存档和管理，保护数据的安全性和完整性。
2.4 数据分析部门- 负责对测序数据进行分析和解读，提供科学合理的分析报告。
- 使用合适的分析工具和算法，确保分析结果的可信度和准确性。
- 维护数据分析记录，包括分析方法、结果、分析人员等信息。
3. 工作流程3.1 样本采集流程1. 采样部门根据采样计划准备采样工具和标签。
2. 采集人员按照操作规范进行样本采集，确保采集过程无污染。
3. 采集人员在样本标签上填写样本信息，并将样本送到样本处理部门。
3.2 样本处理流程1. 样本处理部门接收样本后，核对样本信息并记录。
2. 进行样本的预处理工作，包括提取、纯化等步骤。
3. 完成样本处理后，填写样本处理记录，并将样本送到测序部门。
3.3 测序流程1. 测序部门接收样本后，核对样本信息并记录。
2. 进行建库和测序操作，确保操作过程的准确性和可靠性。
3. 完成测序后，将测序数据进行存档，并将数据送到数据分析部门。
3.4 数据分析流程1. 数据分析部门接收测序数据后，核对数据信息并记录。
Q24焦磷酸测序操作流程
1、开机前检查：(1) 检查过滤探针：确保过滤探针不发生堵塞，否则更换。
(2) 检查废液桶：必要时清除废液。
(3) 检查卡夹（Cartridge）：确保Cartridge已经在上次使用过后检查过未发生堵塞，并且已经晾干，否则更换。
(4) 检查真空系统：确保真空系统的压力正常。
2、开机程序：打开机器电源→等待约1分钟进入主界面→插入带有程序的U盘3、标本检测程序将PCR产物加入到预先准备好的 2ul Beads及 40ul Binding Buffer混合液中→放置在平板振荡仪上1400rpm混合5-10分钟→准备测序引物与Annealing Buffer混合液25ul →根据实验设计分配到对应的24孔板孔位上→准备work station上的各种缓冲液→将PCR产物混合液转移到work station上→在work station上进行DNA链的分离→将24孔板放置在80度上温浴2min后在室温放置5分钟→根据pre run information加入相应体积的酶、底物和dNTP至试剂仓（Cartridge）中→将试剂仓放进Q24设备中→将24孔板放进Q24设备中→从屏幕上选择需要运行的程度→再次确认后设备开始运行→结束后数据自动保存在U盘上→将U盘上数据拷贝回电脑上进行分析4、关机程序4.1 关闭真空工作站打开真空开关，将真空抽滤工具放置在高纯水中清洗约10秒→将真空抽滤工具以垂直90度竖值约10秒→关闭真空抽滤工具的开关→放置在Park位置上→关闭真空泵电源→清洗work station上的各缓冲液槽后晾干4.2 关闭PyroMark Q24选择屏幕上的Shutdown选项→确认后等待屏幕上显示“It is now safe to turn off the instrument”→关闭仪器电源→丢弃测序24孔板，取出仪器内的试剂仓→用高纯水清洗试剂仓，确认无堵塞后室温晾干或37度烘干。
核酸测序实验室安全操作手册
核酸测序实验室安全操作手册一、实验室安全基本原则1. 严格遵守国家及地方有关生物安全的法律法规，严格执行实验室各项规章制度。
2. 坚持“安全第一”的原则，做好个人防护，确保实验室生物安全和环境安全。
3. 所有实验室工作人员必须接受生物安全培训，并通过相关考核。
4. 进入实验室前，必须确保身体状况良好，无传染性疾病。
5. 实验室内禁止吸烟、进食、喝水、触摸实验外物。
二、个人防护装备（PPE）1. 实验室工作人员应根据实验内容，穿戴相应的个人防护装备，如实验服、口罩、手套、护目镜等。
2. 穿戴个人防护装备前，应确保其完好无损，如有破损或污染，应及时更换。
3. 实验过程中，应随时注意个人防护装备的完整性，如有损坏，应立即停止实验，重新穿戴。
三、实验室设备操作规程1. 在操作实验室设备之前，应仔细阅读设备说明书，了解设备性能、操作步骤及注意事项。
2. 操作设备时，应严格按照操作规程进行，确保设备正常运行。
3. 定期对实验室设备进行维护和保养，确保设备处于良好状态。
四、实验室生物安全操作规程1. 实验室内进行核酸测序时，应严格按照实验规程操作，确保实验结果的准确性。
2. 处理核酸样本时，应戴好口罩、手套、护目镜等个人防护装备，防止样本污染。
3. 实验室内禁止将实验废物随意丢弃，应按照实验室废物处理规定进行分类、包装、标记，并由专业人员按规定途径进行处理。
4. 实验过程中产生的废弃物，如培养皿、试剂瓶等，应经过高压蒸汽灭菌后，方可丢弃。
五、实验室突发事件应急预案1. 如发生实验事故、生物泄漏等突发事件，应立即启动应急预案，采取相应措施，防止事故扩大。
2. 实验室内应配备必要的应急物资，如消毒剂、防护服、口罩等。
3. 发生突发事件时，应立即报告实验室负责人及相关部门，并按照指示进行处理。
六、实验室环境卫生与消毒1. 实验室应保持整洁、卫生，定期进行消毒处理。
2. 实验室内地面、桌面、设备表面等，应使用有效消毒剂擦拭，确保消毒效果。
PyroMark Q24 测序仪标准操作规程
PyroMark Q24 测序仪标准操作规程一、实验前准备工作：1.认真阅读PyroMark Q24使用说明书后安装系统。
2.将稀释Control Oligo的10×的Dilution buffer稀释成1×，稀释的方法是：取200 μL的10×Dilution buffer加到1800 μL的超纯水中，摇匀后保存。
（实际中可以按比例少配制些，到用时再配。
）3.将PyroMark Q24 Plate Holder放在80℃的金属浴中预热。
4.在测序前将测序过程中所要用到的所有试剂都保证其在室温状态下（15－25℃）。
二、操作步骤：（以Control Oligo为例）：1.用PyroMark Q24 MDx software进行序列编辑（可以是AQ、CpG或者SQA）。
2.以建立基因SNP分型为例，在软件上点击工具栏按钮，然后选择“NewAQ Assay”。
3.在“Sequence to Analyze”格式栏下输入将要检测分析的序列，TAYGGTTTGCA。
4.点击“Dispensation Order”获得仪器碱基加样的顺序和预期的峰型图。
5.保存待分析的序列信息（）。
6.点击工具栏的按钮，建立序列的运行信息，具体操作见软件操作规程。
7.点击工具栏上的保存按钮（），将运行信息保存到USB存储器里。
8.点击软件上的tools工作栏下拉菜单中的Pre run information，得到酶，底物及dNTPs的加样量的信息，打印结果（很重要）。
9.将Streptavidin Sepharose High Performance（Beads）轻轻振荡，保证其充分混匀。
10.按下表准备混合液（考虑到损耗，实际用量比理论用量多10%左右）：表一：结合液的配制11.将PyroMark Q24 Control Oligo按下表稀释到0.04uM。
表二：Control Oligo 的稀释12.取表一中的混合液60μL加到含有20 μL的PCR产物当中（PCR扩增引物中一条用生物素标记），对照组用0.04 uM的Control Oligo，PCR产物用容易揭盖的PCR管（如8联管）盛放。
DNA测序实验室各室工作准则英文版
DNA测序实验室各室工作准则英文版DNA Sequencing Laboratory Room Work GuidelinesIn the DNA Sequencing Laboratory, each room has specific work guidelines that must be followed to ensure accuracy and efficiency in sequencing experiments.Sample Preparation Room- Handle samples with care to avoid contamination.- Label all samples clearly and accurately.- Follow protocol for sample storage and disposal.DNA Extraction Room- Maintain a clean and sterile work environment.- Use proper techniques for DNA extraction to prevent degradation.- Keep track of extraction reagents and supplies inventory.PCR Room- Adhere to strict PCR protocols to minimize errors.- Calibrate and maintain PCR machines regularly.- Document all PCR reactions accurately.Sequencing Room- Prepare samples for sequencing according to protocol.- Monitor sequencing process and troubleshoot any issues promptly.- Record sequencing data accurately in the designated database.Data Analysis Room- Analyze sequencing data using appropriate software.- Verify results and report findings in a clear and concise manner.- Collaborate with other team members for data interpretation.General Guidelines- Follow all safety protocols and wear appropriate protective gear.- Communicate effectively with team members and report any discrepancies.- Keep workstations organized and clean at all times.These work guidelines are essential for maintaining the integrity of sequencing experiments and ensuring reliable results for research purposes.。
DNA测序实验室各室工作准则
DNA测序实验室各室工作准则引言本文档旨在为DNA测序实验室各室的工作制定准则，以确保实验室的高效运作和准确的实验结果。
准则的制定应遵循简单策略，避免引入法律复杂性，并且不引用无法确认的内容。
实验室各室工作准则1. 实验室管理室- 负责实验室的日常管理和组织。
- 确保实验室设备和仪器的正常运行。
- 负责实验室的安全管理，包括安全培训和应急预案的制定。
- 确保实验室的卫生和清洁。
2. 样本采集室- 负责从患者或样本提供者处收集样本。
- 确保采集的样本的完整性和标识的准确性。
- 遵循标准的采集流程和操作规范。
3. 样本处理室- 负责对采集的样本进行处理和准备，以便进行DNA测序。
- 遵循标准的样本处理流程和操作规范。
- 确保样本的完整性和准确性。
4. 实验室分析室- 负责进行DNA测序实验和分析。
- 遵循标准的实验操作规范，确保实验结果的准确性和可重复性。
- 负责实验数据的记录和存储。
5. 结果解读室- 负责对实验结果进行解读和分析。
- 遵循标准的解读流程和操作规范，确保结果的准确性和可靠性。
- 提供结果报告和建议，以辅助临床诊断。
6. 质量控制室- 负责实验室的质量控制工作。
- 制定和执行质量控制流程和标准操作规范。
- 监督实验室的质量指标，确保实验结果的准确性和可靠性。
结论本文档概述了DNA测序实验室各室的工作准则，旨在确保实验室的高效运作和准确的实验结果。
各室应遵循相关的操作规范和流程，并且质量控制是至关重要的。
通过遵守这些准则，我们将提高实验室的整体质量和实验结果的可信度。
DNA测序实验室的工作标准和制度
DNA测序实验室的工作标准和制度引言DNA测序实验室是进行基因组学研究的关键部门，其工作标准和制度对于确保实验结果的准确性和可靠性至关重要。
本文档旨在详细阐述DNA测序实验室的工作标准和制度，以指导实验室的日常运行和管理。
一、实验室安全与卫生1.1 安全规定- 所有实验室人员必须接受安全培训，并了解实验室的安全规程和应急预案。
- 实验室内应配备必要的个人防护装备，如实验服、手套、护目镜等。
- 使用实验室仪器和设备时，必须遵循操作规程，防止意外伤害和设备损坏。
- 实验室内禁止吸烟、饮食和携带火源，以防火灾和交叉污染。
1.2 生物安全- 实验室应遵守生物安全相关规定，对实验废弃物进行分类处理。
- 对实验操作过程中可能产生的气溶胶进行有效控制，避免对环境和人员造成污染。
- 实验室应定期进行消毒和清洁，保持环境整洁。
二、实验室设备管理2.1 设备购置与维护- 实验室设备购置应经过充分的市场调研和性能评估，确保设备质量和性价比。
- 设备应定期进行维护和校准，确保其正常运行和测量准确性。
- 设备操作人员应接受专业培训，熟练掌握设备操作规程。
2.2 设备使用与记录- 实验室设备使用应严格按照操作规程进行，防止设备损坏和实验失败。
- 设备使用过程中应做好详细记录，包括使用时间、操作人员、实验参数等。
- 设备故障时，应立即停用并及时报修，防止事故扩大。
三、实验流程与质量管理3.1 实验设计- 实验设计应充分考虑实验目的和预期结果，确保实验的科学性和合理性。
- 实验方案应经过实验室内部评审，确保实验的可行性和安全性。
3.2 实验操作- 实验操作应严格按照实验方案进行，确保实验数据的准确性和可靠性。
- 实验过程中应做好详细记录，包括实验操作、实验数据、实验结果等。
3.3 数据处理与分析- 实验数据应进行严格的数据处理和分析，确保数据的准确性和可靠性。
- 数据处理和分析过程中应遵循相关规范和标准，防止数据篡改和错误解读。
高通量测序技术的使用教程
高通量测序技术的使用教程引言：高通量测序技术是一种重要的基因组学研究手段，它能够迅速、可靠地获取大量的DNA或RNA序列信息。
本文将介绍高通量测序技术的使用教程，包括样品准备、文库构建、测序平台选择和数据分析等方面的内容。
一、样品准备：在进行高通量测序前，样品的准备非常关键。
首先，需要根据研究目的选择合适的样品类型，如组织、细胞、血液等。
其次，对于DNA样品，需要通过核酸提取方法将DNA纯化。
对于RNA样品，需要注意样品的采集、保存和提取过程中避免RNA的降解。
另外，样品的数量和质量也对高通量测序结果有影响，因此要确保样品含量充足且质量良好。
二、文库构建：文库构建是高通量测序的关键步骤，它决定了待测DNA或RNA的插入片段、测序标签和文库构建方法。
常见的文库构建方法包括PCR扩增文库、tagmentation文库和mate-pair文库等。
在文库构建的过程中，需要选择适当的酶切位点、测序引物和适配体，确保文库构建的高效和准确。
三、测序平台选择：目前市面上有多种不同的高通量测序平台可供选择，如Illumina HiSeq、Ion Torrent PGM等。
选择合适的测序平台需要考虑测序通量、测序质量、运行成本和处理时间等因素。
一般来说，Illumina HiSeq是最常用的高通量测序平台，它具有较高的通量和测序质量，适用于大多数研究项目。
四、测序实验操作：根据测序平台和文库构建方法的要求，进行相应的实验操作。
首先，需要将文库片段与测序引物结合，然后进行PCR扩增、片段选择和质检等步骤。
在实验过程中，应注意反应体系的准备、温度控制和反应时间等细节，确保实验操作的准确性和稳定性。
五、数据分析：测序完成后，得到的数据需要进行后续的数据分析。
常见的数据分析包括序列比对、变异分析、基因表达分析和基因组装等。
这些分析通常需要通过专业的测序分析软件（如BWA、SAMtools、GATK等）进行。
对于初学者来说，可以借助一些在线的分析平台（如Galaxy、BaseSpace等）进行数据分析，减轻分析的难度。
测序实验室操作手册
测序实验室操作手册文件编号：版次：编制：审核：批准：日期：测序实验室标准操作手册一、健康中心实验室介绍.............................................................................................. .. (2)二、实验室管理 (2)2.1 实验室行为管理 (3)2.2 实验室出入管理 (4)2.3 实验室清洁卫生管理 (6)2.4 仪器试剂使用管理 (10)2.5 实验室安全管理 (11)2.6 实验室紧急事故处理 (14)2.7 实验室物料管理 (15)三、实验室保密制度管理 (17)四、测序实验室仪器操作规程 (17)超净台操作规程.....................................................................................................................18 微量台式离心机使用规程.....................................................................................................20 移液枪使用维护规程.............................................................................................................21 冰箱使用维护规程.. (26)PCR 仪使用规程 (29)五、高通量测序标准操作规程 (32)5.1 模板制备标准操作规程 (32)5.2 上机测序标准操作规程 (41)六、测序人员考核标准 (47)七、实验室管理考核标准 (48)八、测序实验室工作时间表 (50)九、附录 (50)一、健康中心实验室介绍健康中心实验室主要分为6 个部分：血浆分离室、核酸提取室、文库构建室、测序室、QC 检测区、仓库。
ABI操作手册 基因测序
3500/3500XL简易操作手册1. 空间定位和光谱校正设置Dye Set进入library界面，选择Dye Sets菜单，点击Create，在Dye Set Name中输入“AGCU_E5”作为我公司Dye Set名称，从Chemistry下拉菜单中选择“Matrix Standard”，从Dye Set Template下拉菜单中选择“E5 Template”，设置完成后点击Save保存设置。
空间定位进入3500 Data Collection Software主界面，选择Maintenance菜单，在Maintenance界面中点击Calibrate下拉菜单中的Spatial按钮，选择合适的空间定位参数即可开始空间定位。
3500系列遗传分析仪空间定位与3100、3130系列类似。
光谱校正 a、光谱校正前先更换水和阴阳极Buffer，按10ul甲酰胺： 5 Dye Matrix Standard的比例配制甲酰胺和光谱校正标准品混合物，轻轻震荡混匀后短暂离心。
准备一块新的96孔反应板，将配制好的混合物均匀的分装在前三列各孔中。
3500/3500xL进行光谱校正时仪器默认第一个Run，即前三列中加入了光谱校正混合物。
95℃加热3 min ，立即冰浴 3 min，变性完成后装载96孔板并置于仪器托盘中。
b、点击Calibrate下拉菜单中的Spectral按钮，按照图示选择各种参数点击Start Run即可进行光谱校正。
注意在Dye Set中应选则在中设置好的与AGCU试剂盒相匹配的Dye Ste。
如果光谱校正未达到仪器默认质量要求，仪器会自动重复跑样三次，并自动选择各次跑样中质量最好的通道作为此次光谱校正的最后结果。
光谱校正时应观察实时原始数据，以便及时做出相应调整，确保最终结果。
C、3500系列遗传分析仪与3100、3130系列遗传分析仪最大的区别之一就是光谱校正。
它不需要编写protocol、run module等软件栏目及其相应参数设置，直接按照仪器默认的参数进行即可，因此操作更为简单、快捷。
Q24焦磷酸测序操作流程
Q24焦磷酸测序操作流程1、开机前检查：(1) 检查过滤探针：确保过滤探针不发生堵塞，否则更换。
(2) 检查废液桶：必要时清除废液。
(3) 检查卡夹（Cartridge）：确保Cartridge已经在上次使用过后检查过未发生堵塞，并且已经晾干，否则更换。
(4) 检查真空系统：确保真空系统的压力正常。
2、开机程序：打开机器电源→等待约1分钟进入主界面→插入带有程序的U盘3、标本检测程序将PCR产物加入到预先准备好的2ul Beads及40ul Binding Buffer混合液中→放置在平板振荡仪上1400rpm混合5-10分钟→准备测序引物与Annealing Buffer混合液25ul →根据实验设计分配到对应的24孔板孔位上→准备work station上的各种缓冲液→将PCR 产物混合液转移到work station上→在work station上进行DNA链的分离→将24孔板放置在80度上温浴2min后在室温放置5分钟→根据pre run information加入相应体积的酶、底物和dNTP至试剂仓（Cartridge）中→将试剂仓放进Q24设备中→将24孔板放进Q24设备中→从屏幕上选择需要运行的程度→再次确认后设备开始运行→结束后数据自动保存在U盘上→将U盘上数据拷贝回电脑上进行分析4、关机程序4.1 关闭真空工作站打开真空开关，将真空抽滤工具放置在高纯水中清洗约10秒→将真空抽滤工具以垂直90度竖值约10秒→关闭真空抽滤工具的开关→放置在Park位置上→关闭真空泵电源→清洗work station上的各缓冲液槽后晾干4.2 关闭PyroMark Q24选择屏幕上的Shutdown选项→确认后等待屏幕上显示“It is now safe to turn off the instrument”→关闭仪器电源→丢弃测序24孔板，取出仪器内的试剂仓→用高纯水清洗试剂仓，确认无堵塞后室温晾干或37度烘干。
DNA测序操作步骤
D N A测序操作步骤B i g D y e T e r m i n a t o r k i t v3.01.DNA模板的纯度与用量要求DNA纯度：OD260 / OD280 = 1.6 ~ 2.0。
DNA浓度：质粒200 ng / μL，PCR产物10 ng / μL。
DNA用量：PCR产物100-200 bp 1-3 ng200-500 bp 3-10 ng500-1000 bp 5-20 ng1000-2000 bp 10-40 ng> 2000 bp 40-100 ng单链DNA 50-100 ng质粒，双链DNA 100-500 ngCosmid, BAC 0.5-1 μg细菌基因组DNA 2-3 μg2. 测序反应以下加样量以质粒测序为例。
测序PCR产物请按上面表格调整DNA用量，其余条件不变。
Cosmid、BAC和细菌基因组DNA等大分子测序需使用40μL反应体系，所有成分用量加倍。
详细说明请参见BigDye英文手册。
所有试剂从冰箱中取出融化后，稍稍振荡，离心，然后使用。
PCR反应的操作在冰上进行。
试剂用量DNA (200 ng/μL) 1 μLBigDye Mix 8 μL引物 (3.2 pmol / μL) 1 μL灭菌去离子水10 μL总体积20 μL测序PCR热循环条件：(96 ︒C 10 sec → 50 ︒C 5 sec → 60 ︒C 4 min) x 25个循环→ 4 ︒C保温3. 测序产物纯化——96孔板法1. 每管加入80 μL NaAc/酒精混合液，室温放置15 min，最高速（2000-3000 x g）离心30 min（离心机需要配置96孔板转头）；马上倒置96孔板，50 x g离心1 min；2. 加入150 μL 70% 酒精，最高速（2000-3000 x g）离心15 min；倒置96孔板，50 x g离心1 min；3. 重复第2步1次。
4. 让残余的酒精在室温挥发干，加入10 μL Hi-Di Formamide溶解DNA。
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测序实验室操作手册文件编号：版次：编制：审核：批准：日期：测序实验室标准操作手册一、健康中心实验室介绍.............................................................................................. .. (2)二、实验室管理 (2)2.1 实验室行为管理 (3)2.2 实验室出入管理 (4)2.3 实验室清洁卫生管理 (6)2.4 仪器试剂使用管理 (10)2.5 实验室安全管理 (11)2.6 实验室紧急事故处理 (14)2.7 实验室物料管理 (15)三、实验室保密制度管理 (17)四、测序实验室仪器操作规程 (17)超净台操作规程.....................................................................................................................18 微量台式离心机使用规程.....................................................................................................20 移液枪使用维护规程.............................................................................................................21 冰箱使用维护规程.. (26)PCR 仪使用规程 (29)五、高通量测序标准操作规程 (32)5.1 模板制备标准操作规程 (32)5.2 上机测序标准操作规程 (41)六、测序人员考核标准 (47)七、实验室管理考核标准 (48)八、测序实验室工作时间表 (50)九、附录 (50)一、健康中心实验室介绍健康中心实验室主要分为6 个部分：血浆分离室、核酸提取室、文库构建室、测序室、QC 检测区、仓库。
1. 样品处理室：用于血液样品的接收和分离，内部配备台式冷冻离心机、台式微量离心机、超净工作台、防护设施等。
2. 核酸提取室：用于样品中核酸的提取和纯化，内部配备、超净工作台、垂直混匀仪等。
3. 文库构建室：用于测序文库的制备与纯化，内部配备台式微量离心机、超净工作台、台式小离心机、冰箱等。
4. 测序室：用于高通量测序过程中样品的制备，芯片的处理以及上机操作等，内部配备台式微量离心机、超净工作台、高通量测序仪、涡旋混匀仪、冰箱等5. QC 检测区：用于核酸样品、文库样品的浓度及质量检测，配备了PCR 仪、台式小离心机、Qubit 荧光计、2100 生物分析仪。
6. 仓库：用于所有物料及耗材的存储。
二、实验室管理1. 按要求做好防护工作，进不同实验室穿不同的实验服，戴好胸卡。
2. 各工作区专用的仪器设备、办公用品、工作服、实验耗材和清洁用具等不可混用。
3. 严格按技术员等级使用相应仪器。
4. 实验室出现任何意外状况，见者都需上报。
5. 非本实验室工作人员，未经许可不得入内；外来人员如参观、维修人员要通过经理同意并在专人陪同下完成。
6. 做好实验的各项清洁整理工作。
2.1 实验室行为管理2.1.1 严格遵守实验室的上下班作息表：8:30 上班，17:30 下班，11:40-12:40午休时间。
上下班按规定打卡。
2.1.2 早上8:40 之前做好实验室的清洁杀菌工作，9:10 之前一定要进入实验室工作。
2.1.3 上班时间要坚守岗位，尽职尽责，不准擅离职守，外出办私事。
2.1.4 不戴操作过的手套做其它与实验无关的事如挠痒、开门把手等可能污染手套的动作；2.1.5 最后一个离开实验室要自觉检查实验的水、电、空调、仪器是否按要求关闭。
2.1.6 实验室严禁行为：A. 在实验室内工作时，动作要轻，严格执行操作规程；B. 严禁在实验室跑跳、串岗、闲聊、嬉笑打闹；C. 在实验室内不做不必要的动作，不做易发尘和大幅度的动作；D. 严禁在实验室内吸烟、饮食和进行非生产性活动；E. 严禁上班时间玩电脑，不得打游戏，浏览与工作无关的网站；F. 严禁将各种个人物品如手表、手机、化妆品、手纸、钱包、钥匙等带入实验室；G. 严禁在实验室内座椅或实验桌上睡觉；H. 严禁实验操作时无精打采、哈气连天；I. 严禁在实验室内披头散发；J. 不得穿前露脚趾、后露脚跟的鞋子；2.1.7 实验室良好行为：A. 头发一律盘起或包入防护帽中，不得有头发裸露在外；B. 勤清洗实验服，保持实验服整洁，不在实验服上乱涂乱写；C. 勤修剪指甲，不留长指甲，不涂指甲油；D. 工作期间坐姿要端正，双腿交叠时腿要保持平稳；E. 站姿要挺直，不可无精打采；F. 实验操作期间尽量不正对着实验样本交流，除了工作上必须的交流，尽量少说话；2.2 实验室出入管理2.2.1 进出实验室的防护顺序白色实验服更衣区：A. 实验人员进入健康实验室，首先在白色实验服更衣区，换上白色实验服，戴一次性口罩、一次性帽子、穿上鞋套；B. 要将所有的头发包入帽子中，禁止脸部周围有碎发露出帽子；C. 佩戴实验室胸牌；D. 按七步洗手法洗手并擦干或吹干，然后进行实验操作；E. 操作完毕，脱下手套、帽子、口罩和实验服，实验服整齐叠好放到对应的实验柜中；F. 在普通清洁区按七步洗手法洗手，擦干或吹干；G. 离开实验室，关上实验门。
蓝色实验服更衣区A. 进入岗位实验室（如DNA 提取室、测序室），需要换上蓝色防护服，先脱下白色实验服，将实验服整齐叠好放入更衣柜，再换上蓝色防护服。
B. 蓝色防护服的穿衣顺序为：鞋套→（裤子）→衣服→口罩→帽子；C. 按七步洗手法洗手并擦干或吹干；D. 处理血液样本时要进行特殊防护，如戴双层口罩和防护目眼镜；E. 操作完毕，脱下手套，按从上到下的顺序脱下实验服；F. 在普通清洁区按七步洗手法洗手并擦干或吹干；G. 离开实验室，关上实验门。
正确的洗手方法：用流动的水冲洗手部，使手掌、手背、手指、指缝和手腕部充分浸泡，打上洗手液等，在手掌、手背、手指、指缝和手腕部皮肤处反复揉搓30 秒钟，用流水冲洗干净。
2.2.2 进出实验室的注意事项：A. 穿衣时，不要使衣服触及地板、桌子、椅子等物品，不要沾污袖子和裤腿下摆，姿势要保持直立，按从下至上顺序穿衣。
B. 口罩应完全遮盖鼻子及口，上缘不能低于鼻孔，下缘不能高于口唇。
C. 为了防止再次进入和往返作业对实验室造成交叉污染，人员在作业中途和作业完毕均应按规定的顺序退出实验室。
D. 先在实验室脱下手套，进入更衣室后先关门，然后按先上后下的顺序脱下一次性帽子、口罩、防护服放入指定盛具内，再换鞋后离开。
E. 最后离开实验室人员应仔细检查每间房所有该关的电器是否已关闭，并在进入实验室的门边《安全登记表》进行登记。
2.2.3 严格控制进入实验室人员：禁止外来人员随意进入实验室，因工作需要需进入实验室的维护、检测人员和其他人员，如参观者等必须严格按以下步骤执行：A. 经过实验室管理人员同意；B. 必须严格按要求着装进入；C. 进入应由专人陪同并按要求登记《实验室来访人员进出情况登记表》；D. 维修人员的工具、仪器等需经消毒处理后才能进入实验室。
下列人员不准进入实验室：A. 皮肤有晒焦、剥离、外伤和炎症、瘙痒症者。
B. 鼻子排出物过多者。
C. 冻伤、湿疹等疾病患者。
D. 过多掉头皮、头发者，长指甲者，有搓皮肤、挖鼻孔、搔头等不良习惯者。
E. 没有按规定洗去化妆品、指甲油和未穿洁净工作服者；没有及时刮须、剪指甲者。
2.2.4 物品进出的管理A. 大的物件搬进岗位实验室时，先在公共实验室内用实验室真空吸尘器或自来水将灰尘擦净，然后用中性消毒剂对物件内外表面按要求进行消毒处理，再用纯水将消毒剂清洗干净；B. 测序室内净化系统运行期间，不许搬进大的物件；C. 小物件在进岗位实验室前，应先在公共实验室内擦拭清洁消毒，通过传递窗紫外消毒再带进去；2.3 实验室清洁卫生管理2.3.1 整理A. 将实验区内不需要的物品整理好：可以回收利用的（如枪头盒）：暂存实验台下面的空柜子中，柜子做好标记并通知相关人员；或直接扔到垃圾房中。
不可回收利用的：废弃物可直接倒掉。
B. 废液缸的垃圾达到废液缸的一半就要清理掉，冰盒用完后敞开盖子，整齐的摆放在冰盒晾晒区。
C. 工作时要保持台面有序不乱；任何物品使用完毕后立即按要求放回原位；记录单等文件填写完毕，要按要求放回原处或上交存档。
D. 实验台面、实验架和柜子里的物品按物品标记要求分类放置。
E. 移液器使用后按要求放置：调回最大量程；清洁移液器表面；放回规定枪架位置。
F. 枪头盒：实验人员离开实验桌或长时间不使用（10 分钟以上）时枪头盒要盖好，放置在规定区域。
2.3.2 及时补充抽屉内的防护用品如口罩、手套、鞋套等。
A. 所有的仪器设备放在相应的黄色警示区内，仪器底部边缘不得超出警示区，禁止随意搬动仪器，如意外情况需搬动仪器一定要经过相应实验区负责人的同意，用完后要及时归还，仪器归还后实验区负责人要检查仪器是否使用正常。
B. 各实验区的实验物品都要做好各实验区相应的标记，公用的物品只需标记部门名称；通用物品也要做好标记如铝饭盒，按用途分类做好标记。
C. 实验物品的放置与标签对应。
D. 实验试剂开启后要在瓶身和盖子上标注开启日期，新配置的试剂要标注试剂名称、配制人、配制时间，试剂的放置要安全、整齐、便于拿取。
E. 根据实验服的编号将实验服整齐的放到相应标记柜子中，禁止将实验服放到实验桌上或凳子上，实验鞋也放到标记好的柜子中摆放整齐。
F. 实验室的通道要畅通无阻，特别是蓝色实验服通道不仅要畅通无阻，还禁止随意走动，只有换上干净的鞋套才可进入。
G. 实验室的自来水水龙头已做好标记，按标记要求使用。
1) 普通清洁区：➢洗手专用：可用来穿白色实验服或便服时洗手专用水龙头，为了不引起污染，戴操作手套时尽量不使用该水龙头；➢清洁专用：可用打扫卫生时，或清洁废液缸专用，尽量戴手套使用该水龙头2) 蓝色实验服清洁区：➢洗手专用：穿蓝色实验服时洗手专用水龙头，为了不引起污染，戴操作手套时尽量不使用该水龙头；➢清洁专用：穿蓝色实验服清洁，或清洁废液缸专用，尽量戴手套使用该水龙头H. 凳子（椅子）的摆放要求：无人使用时，凳子（椅子）推入桌下，椅背摆正；做完实验后也应该立即回位。
I. 工作中所用到的相关文件、记录等应分类摆放整齐、填写清楚无误。
纸质记录单等要远离水源，必须避免受到污染和损坏。
2.3.3 实验前清洁整理工作：A. 将窗台上的灰尘用干布擦净；B. 实验台用75%酒精擦拭干净；C. 超净台台面用75%酒精由内向外擦拭干净，开紫外照射30min，再吹风10min；D. 实验需要的耗材（如双面板）按要求先75%酒精擦拭，再紫外照射30min；E. 移液枪用先75%酒精擦拭，再紫外照射30min；F. 仪器外表面用75%酒精擦拭，屏幕可以触屏的仪器屏幕用洁净的干布擦拭；G. 废液缸用75%酒精擦拭外表面，再紫外照射30minH. 注：没有超净台的实验区，也按以上步骤清洁，但不需紫外照射30min。