miRNA的命名规则

miRNA的命名规则
2001年，刚刚独立的Thomas Tusch首次在果蝇中克隆到了内源siRNA
这让人不仅到了早在1993年V Ambros在线虫中克隆到的小调控RNA Iin4 Thomas Tusch的小RNA克隆方法虽然是很早就建立的，但是在小RNA领域的运用取得了惊人的效果。

紧随其后，Thomas Tusch，他的博后老板David Bartel,以及理论上首次发现内源小RNA的Ambros实验室，还是在2001年，各以一篇Scienee pape，宣告miRNA 时代的到来。

Thomas Tusch打头的这篇paper中即阐述了miRNA命名的基本规则。

随后，miRNA大量发现，仍然是这三家，在国际RNA协会会刊RNA上，发表了
一篇规范miRNA命名的paper：
A system for microRNA anno tati on.
最开始的miRNA信息由San ger所的一个网站收集，很多老pap er还在引这个，随后miBase成立，成为目前最权威的miRNA命名。

这种科学权威出面，人为规定命名的方式为miRNA研究提供了很大方便，这一
点从基因命名的历史就可以看出，随便一个什么基因，名字都有一大把，而且还经常一名多用。

最开始的规则是：
1, miRNA，除历史原因，在2001年前即以通过遗传学方式发现并命名的lin，let 系统外，均以miR-开头。

2，miRNA的编号分为3级系统。

miR-罗马数字，表示含有相同seed sequenee的一个miRNA family
含有相同seed sequenee但是其他序列仍有所不同的，即是一个miRNA family
中的成员，用a，b，c，d表示
对于mature miRNA序列相同，但是pre-miRNA不同的，即是一个miRNA的isoform，
用罗马数字在最后表示，如let-7a-1, let-7a-2, let-7a-3，成熟的miRNA 只有let-7a。

这个命名规则随着miRNA研究的发生也发生了一些变化。

最重要的就是二代测序的发展，对miRNA star strand,或者passage strand的理解。

一个pre-miRNA经过Dicer切割之后可以产生两条小RNA,早期的理论认为，其
中作为mature-miRNA进入RISC另一条就降解了，标记为*，比如let-7a-1*，注意，let-7a-1，-2，-3都是let-7a前体，但是*序列还是不同，所以表示为let-7a-1*，let-7a-2*，let-7a-3*。

随后发现，很多miRNA曾经认为的*很稳定，也能作为mature miRNA发挥作用。

为了避免*的歧视意味
改称5p和3p
也就是pre-miRNA,靠近5的那个，叫5p，靠近3'勺那个，叫3p
同样的，如果序列不一样，就在最后加数字，
比如，刚才说的let-7a, 3个isoform，可以产生这样的mature-miRNA
>hsa-let-7a-5p MIMAT0000062
UGAGGUAGUAGGUUGUAUAGUU
>hsa-let-7a-3p MIMAT0004481
CUAUACAAUCUACUGUCUUUC
>hsa-let-7a-2-3p MIMAT0010195
CUGUACAGCCUCCUAGCUUUCC
这里的3p,就是曾经的*，注意，*在5和3p是不一定的。

7a-1和7a-3产生了相同序列的3p,统称let-7a-3p
而7a-2的3p序列有所不同，单称let-7a-2-3p。