微卫星DNA标记在常用实验动物遗传监测中的分析
微卫星DNA标记技术的特点及其在动物研究中的应用
基 因 的重 复单 位 数 目是 高 度 变
同 . 此 微卫 星显 示 了高 度 多 态 性 因 通 过 对 微 卫 星 D A 态 性 的 研 究 可 在 生 N 多 产 中选 取 数 个 与 生 产 性 能 相 连 锁 的微 卫 星标 记 。在 这 些 位 点 上 对 所 研 究 的 品 种 或 品 系进 行 分 析 .计 算 父 本 与母
12 微 卫 星 DN 数 量 多 且 在 基 因组 . A
尔遗传规律 .能够稳定地从上一代传
位 点 多态 性 . 些 特 点 可 以 帮 助 我 们 这 进 行 做 各 种 遗 传 分 析 .而 且 在 这 些 微 卫 星位 点 中多 数 可 以 为 不 同 动 物 所 共
11 微 卫星 标 记 具 有 丰 富 的 多态 性 . 微 卫 星 结 构 中 各 位 点 上 不 同 等 位
增 发 现 :在 羊 中5 % 的引 物 可 扩 增 出 6
特 异产 物 .其 中4 % 的扩 增 产 物 表 现 2
多 态 .而 在 马和 人 中则 未 扩 增 出多 态
用。 目前 . 卫 星 标记 技术 已经 被 广 泛 微 运 用 于 遗 传 图谱 的 构 建 、品 系 间 的 遗
物 . 过 P R 增 . 后 再 通 过 凝 胶 电 通 C 扩 然
( 春 学 院 生命 科 学 与资 源 环 境 学 院 , 西 宜 春 宜 江
中图 分 类 号 :85 ¥ 1
文献 标 识 码 : B
文章 编 号 :0 8 o 1(o 1— 0 4 0 10 一 4 42 l)2 03 — 2 1
微卫星DNA标记应用于畜禽血缘关系鉴定
微卫星DNA标记应用于畜禽血缘关系鉴定作者:张一君马海明来源:《国外畜牧学·猪与禽》2016年第02期摘要:随着现代畜牧业的发展,公畜对畜禽育种的影响越来越大,优秀公畜的后裔越来越多,优秀种畜在生产上的贡献也较为突出,因此亲子鉴定对畜牧业有重要的指导意义。
微卫星标记技术以其具有分布广泛,多态信息含量高,呈共显性以及检测方便、快速等优点而备受关注,成为国际动物遗传协会(ISAG)和联合国粮农组织(FAO)优先推荐的分析畜禽遗传多样性的工具,被广泛应用于畜禽的遗传多样性分析、品种间遗传距离估测及亲子鉴定和血缘控制来防止近亲交配。
关键词:微卫星标记;亲缘关系;遗传多样性中图分类号:S813.1 文献标识码:A 文章编号:1001-0769(2016)02-0047-021 微卫星标记的结构微卫星标记(Microsatellite),又称为短串联重复序列(Short Tandem Repeats)或简单重复序列(Simple Sequence Repeats),是均匀分布于真核生物基因组中的简单重复序列[1-3],由2~6个核苷酸的串联重复片段构成,美国人Weber发现了微卫星DNA具有长度多态性[4],并将微卫星分为3类:单纯(Pure)SSR、复合(Compound)SSR和间隔(Interrupted)SSR。
单纯SSR是指由单一的重复单元所组成的序列,如(AT)n;复合SSR则是由2个或多个重复单元组成的序列,如(GT)n(AT)m;间隔SSR在重复序列中有其他核苷酸夹杂其中,如(GT)nGG(GT)m。
由于重复单位的重复次数在个体间呈高度变异性并且数量丰富,因此微卫星标记的应用非常广泛。
2 微卫星标记的特点2.1 分布广泛,有高度多态性微卫星DNA在真核生物的基因组中广泛存在且分布比较均匀。
平均每10 kb的DNA序列中就会出现一个微卫星序列[5]。
在猪的基因组中,每隔 30 kb~50 kb就会有1个两核苷酸重复[6]。
应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析
( 中 国食 品 药 品 检 定研 究 院 , 北 京 1 0 0 0 5 0 )
【 摘 要] 目的
检测 国内 E t 本大耳 白兔 、 青紫蓝兔 、 新 西兰 白兔 的遗传 背景及遗传结构 , 为 封闭群兔遗传 检
测 方 法 建 立 和 标 准 化 提 供 基 础 资 料 。 方 法 应 用 1 8个 微 卫 星 标 记 及 荧 光 标 记 一 半 自动 基 因 分 型 技 术 对 三 个 群 体 9 5个 个 体 进 行 H a r d y . We i n b e r g检 测 , 统 计 每 个 位 点 等 位 基 因频 率 、 杂合 度、 F值 、 遗 传 距 离 等 信 息 。 结 果 三 个 种
间分 化 明显 。个 别 位 点 偏 离 遗 传 平 衡 , 推 测 人 工 繁 育 过 程 中存 在 一 定 问 题 。
【 关键 词 】 日本 大 耳 白兔 ; 青紫蓝兔 ; 新 西 兰 白兔 ;封 闭群 ; 微 卫 星
【 中图分类号】R 3 3 2
【 文献标识码 】A
【 文章编号 】 1 6 7 1 - 7 8 5 6 ( 2 0 1 3 ) 0 9 - 0 0 1 2 — 0 7
d o i :1 0 . 3 9 6 9 . j . i s s n . 1 6 7 1 . 7 8 5 6 .2 0 1 3 . 0 0 9 . 0 0 3
Ge ne t i c a na l y s i s o f t h r e e g r o u ps o f c l o s e d c l o l o n y r a bb i t s u s i n g
e x p e c t e d h e t e r o z y g o s i t y, t h e F— s t a t i s t i c v a l u e a n d t h e g e ne t i c d i s t a n c e we r e c o u nt e d. Re s u al t s I n t h r e e po pu l a t i o n s
实验兔三个封闭群微卫星DNA多态性遗传分析
中国实验动物学报 21 0 2年 4月 第 2 O卷 第 2期
Ac a nt S i i, pi2 1 V 12 . o 2 t L bA i c n A r ,0 2, o.0 N . a a S l
27
微 卫 星序列 ( coa It D A) 称 为 简单 序 mi st le N 又 r e i
间遗 传 分 化 明显 。
【 关键词 】 日本大耳 白兔 ; 青紫蓝兔 ; 新西 兰兔 ; 封闭群 ; 微卫 星
【 图 分 类 号 】Q 53 中 9 —3 【 献标 识 码 】A 文 【 章 编 号 】10 -87 2 1 )2 2 — 文 0 5 4 (0 2 0  ̄0 60 4 6
【 ywod 】 Jp ns h erbi; hnhl abt; e eln b i ; lsdcln s Mi oa lt l i Ke r s a aeew i abt C i iarb i N wZ aadr b s Coe ooi ; c stle o t c l s a t e r e i c
青 紫 蓝 品种 在 1L E 1位 点 IR C D V 2 3位 点 , 211 新 N A C D O8 N A C D 00 日本
c D 阳 23 P<0 0 , 著 偏 离 H c D 0, .5 显 WE, 数 表 现 为 杂 合 子 缺 陷 ; 个 群 体 在 S t 、 多 三 a 3 l
( a oa r nm l nt i e t ,Is tt o a oa r A i a S i c s C ieeA a e yo dc l L b rt y A i a Mo i r gC n r nt u f b rt y nm l c n e , hn s c d m f o on e i e L o e Me i a S in e n e igU i d a C l g , e ig1 0 2 , hn ) ce c s dP kn no Me i l ol e B in 0 0 1 C ia a n c e j
种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文
种群遗传学中微卫星DNA标记的应用-分子生物学论文-生物学论文——文章均为WORD文档,下载后可直接编辑使用亦可打印——微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。
下面由学术堂为大家整理出一篇题目为种群遗传学中微卫星DNA标记的应用的分子生物学论文,供大家参考。
原标题:微卫星DNA标记应用前景浅议摘要:微卫星广泛存在于真核生物基因组中,一般由1~6个碱基组成重复片段,因为其种类多、分布广及重复次数在个体间具有高度的变异性呈现高度的多态性、共显性,所以微卫星DNA标记已经成为种群遗传学中被广泛应用的分子标记。
就微卫星的结构、功能及其形成机制方面在特定基因定位,种群遗传结构分析、种群内亲缘关系界定、物种进化分析等方面的应用进行阐述。
关键词:微卫星;物种进化;基因图谱;亲子鉴定分子标记是以个体之间的遗传物质内核苷酸序列变异为基础的遗传标记,是DNA水平上遗传多态性的直接的反映。
微卫星标记是继RFLP、AFLP之后的一种新的遗传标记。
微卫星标记已被广泛应用于保护遗传学研究的各个领域,包括种群遗传多样性评估、种群遗传结构分析、遗传图谱构建、基因定位和亲子鉴定等。
1 微卫星标记的发现20世纪70年代,生物科学家Litt[1]等在研究寄居蟹基因组DNA 时发现其基因组中存在许多不同碱基的重复序列。
在后续研究中,发现人、动物和酵母基因组中均存在大量类似的重复单元并于1988年将此重复序列作为新的遗传标记并应用于人类,创造出微卫星(Microsatellite)的名称。
2 微卫星的结构微卫星又称简单重复系列(Simple SequenceR e p e a t s,S S R)或简单串联重复序列多态性(S h o r tTandem Repeat Polymorphism,STRP),这些位点由短的重复串联序列(1~6 bp)组成。
微卫星DNA标记在近交系大鼠HFJ和MIJ遗传监测中的应用
中 国 实 验 动 物 学报 2 1 0 2年 4月 第 2 O卷第 2期
Ae a nm Si i, pi 2 1 , o.0 N . t LbA i c Sn A r ,0 2 V 12. o2 a l
3 3
传检 测 已被证 明具 有 独 特 优 势 和 良好 前 景 。 。刘 军 须 等 ] 自 2 0 年 开始 , 用本 实验 室饲 养 的一 , 01 选 对 清 洁级 Wi a 大 鼠作 为 基 代 , 育 近 交 系 , 终 sr t 培 最
【 关键 词 】 H J 鼠 ; J 鼠 ; 卫 星 D A; F大 MI 大 微 N 遗传 监测
【 中图分 类号】Q 53 9 -3
【 文献标识 码】A
【 文章编 号】10 487 2 1 )20 3 -5 0 5 4 (0 2 0 -0 20
Do :0 3 6 / .sn 1 0 i1 . 9 9 j is . 0 5—4 4 . 0 2 0 . 0 87 2 1 .2 07
( b iMe ia nv ri ,He e yL b o a oaoyAnma ce c He e dc lU iest ห้องสมุดไป่ตู้ b iKe a fL b rtr i lS in e,S iah a g0 0 1 hj zu n 5 0 7,C ia i hn )
【 btat 0bet e T epl rhs fmcoaei oia n u n r t iso rt A s c】 r jc v h oy p i o i st lel mogf r be s a f a i mo m r lt c o i d r n s(H J F ,MI, J
微卫星标记在长牡蛎三倍体鉴定中的应用
微卫星标记在长牡蛎三倍体鉴定中的应用姜群;李琪;于红;孔令锋【摘要】为开发一种简单有效的倍性检测方法对长牡蛎三倍体诱导结果进行准确评估,本实验采用细胞松弛素B抑制第二极体释放诱导产生长牡蛎三倍体,选用7个微卫星位点扩增基因组DNA,通过亲子代基因分型进行倍性检测,检测结果采用流式细胞仪加以验证,以评估微卫星标记倍性检测的准确性.另外,本研究探讨了准确鉴定倍性所需的微卫星标记数量与微卫星—着丝粒重组率(y)之间的关系,以期为其他物种采用分子标记进行倍性检测提供理论依据.结果显示,细胞松弛素B诱导产生的115个长牡蛎子代经7个微卫星位点鉴定得到40个三倍体,与流式细胞仪检测结果一致,准确率达到100%,7个微卫星位点的(1-y)的乘积为0.005.随机挑选6个位点,也可鉴定出所有三倍体,(1-y)的乘积为0.005 ~0.042.研究表明,本研究中开发的微卫星标记可以简单高效地鉴定长牡蛎三倍体,微卫星位点的(1-y)的乘积小于0.005,倍性检测的准确率可达100%,采用微卫星标记进行倍性检测对于加速长牡蛎三倍体育种进程具有十分重要的意义.【期刊名称】《水产学报》【年(卷),期】2014(038)012【总页数】6页(P1970-1975)【关键词】长牡蛎;微卫星;倍性检测;微卫星—着丝粒重组率【作者】姜群;李琪;于红;孔令锋【作者单位】中国海洋大学水产学院,海水养殖教育部重点实验室,山东青岛266003;中国海洋大学水产学院,海水养殖教育部重点实验室,山东青岛266003;中国海洋大学水产学院,海水养殖教育部重点实验室,山东青岛266003;中国海洋大学水产学院,海水养殖教育部重点实验室,山东青岛266003【正文语种】中文【中图分类】Q785;S968.3长牡蛎(Crassostreagigas)又称太平洋牡蛎,属软体动物门(Mollusca)、双壳纲(Bivalvia)、牡蛎目(Osteroida)、巨蛎属(Crassostrea),是一种广温、广盐性的内湾贝类。
食蟹猴微卫星DNA标记遗传监测及多态性分析
1 , n dv u l s o e i e re o p lm rhs 0 a d i ii a h w da hg d ge f oy op i n d s h m.O sre u b ro l ls N ) a 5 0~1 . ,e e t e b evd n m e fa ee ( a w s . l 0 0 f c v f i
q a i n tr g a d DN p lmo p im n lsswe e c n u td i 0 Ma a a f s iu a i.Re u t 2 o iwi ih u l y mo i i n A oy r h s a ay i t on r o d ce n 5 c c a ec lr s sl s 0 lc t hg h
g nei u lt ni rng me h d i M a a a f ce l rs M e ho Usn e o ae l e e tc q a i mo ti t o n y o c c as iu a i. t ds i g mi rs tli DNA g n tc t e ei ma k r r e s,g nei e tc
21 0 1年 8月 第2 l卷 第 8期
中 国 比较 医 学 杂 志
CHI NES OURNAL OF C EJ OMP ARATI VE MEDI I C NE
A u u t 01 g s ,2 1 Vo . NU 8 I 2l .
食 蟹猴 微 卫 星 D A标记 遗 传 监 测 及 多态 性 分 析 N
poy r im ss lce r m 00 mi os tlie DNA o i a n lmo ph s wa ee td fo 1 cr aelt lc , mo g whih all mbe si a a a f s iulrswe e5- c l e nu e r n M c c a c e a i r
微卫星分子标记在濒危动物保护遗传学研究中的应用
收稿日期: "##$ ’ #% ’ () ;接受日期: "##$ ’ #, ’ ") 基金项目:教育部留学回国人员启动基金和教育部高等学校骨干教师资助计划项目 ( 339)	")##"$#(9),$# ) "通讯作者 /:BK@? L@? >@??5AG@<E5<>5O U9J;6C:D;<IFVW QJ:O 5E:O ><
#" 种群遗传结构分析
遗传结构及其影响因素的研究是探讨生物适应 意义、 物种形成及进化机制的基础, 同时也是保护生 物学研 究 的 核 心 之 一 ( 盛 岩 等,"GG" ) 。微 卫 星 %&’ 因其所具有的特点, 现已成为种群遗传结构研 究中最有效的分子标记之一。 濒危动物多是典型的小种群, 易发生遗传漂变 而导致多样性丢失, 因此濒危动物保护的关键是保 护物种的遗传多样性或进化潜力, 制定切实有效的 保护策略必须建立在对濒危物种遗传多样性充分了 解的基础上。黄磊和王义权 ( "GG? ) 用 C 个微卫星 座位对扬子鳄野生对照群体、 宣州 O> 代与 O" 代饲 养群体共 L# 个个体进行了研究, 结果显示扬子鳄野 生群体与饲养群体无明显的遗传差异, 应作为一个 整体进行保护; 两者的遗传多样性都明显偏低且水 平相当, 由此推测目前扬子鳄饲养种群遗传多样性
生物多样性! "##$ ,!" (%) : %"& ’ %(( !"#$"%&’(")* +,"&-,&
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微卫星分子标记在濒危动物 保护遗传学研究中的应用
微卫星DNA标记在畜禽遗传选育中的应用
微卫星DNA标记在畜禽遗传选育中的应用摘要概述了微卫星DNA的结构、功能及形成机制,对其在分子标记方面的特点及在基因定位、基因图谱绘制、分析群体遗传结构、预测杂交优势等畜禽遗传选育方面的应用优势进行了分析。
关键词微卫星;分子标记;多样性;基因分析长期以来,对畜禽的遗传选育研究的准确性和敏感性始终受数量与环境影响,难以提高选育的效率和选育过程的预见性。
直到近年微卫星标记技术的出现,人类对畜禽品种遗传与选育的研究进度才明显加快。
微卫星标记在畜禽品种资源分类及遗传多态性评估和保存研究中,因为数量大、分布广且均匀、多态信息含量高、检测快速方便等优点,被公认为理想分子选择标记而在畜禽遗传选育中得到广泛应用。
1微卫星DNA的结构特点微卫星(microsatellite)一般以1~6个碱基为核心序列,首尾相连组成串联重复序列[1]。
这种序列存在于几乎所有真核生物的基因组中,均匀分布于基因的间隔区和内含子、外显子和调控区(如启动子、增强子)。
在染色体上,除着丝粒及端粒区域外,其他区域也广泛散在分布有微卫星位点(Winter,1992)[2]。
微卫星是一种多态标记,本身却无位点特异性,为了解决不同实验室用不同方式所做图谱的合并、融合问题,Beckmann等(1990)在序列示踪位点(Sequence Tagged Site,STS)的基础上提出以微卫星核心序列为中心,两侧各加上一段侧翼序列,这两段侧翼序列可以将包含于它中间的微卫星特异地定位于基因组的某一部位,构成可通过PCR技术从基因组中检测出来的序列示踪微卫星座位(Sequence Tagged Microsatellite Site,STMS)[3],微卫星DNA由其核心序列和两侧的侧翼序列构成,侧翼序列使某一微卫星特异定位在染色体的一定位置,核心序列重复数的不同是构成微卫星多态性的基础。
因DNA在复制和修复过程中碱基的滑动、错配或减数分裂过程中姊妹染色单体的不均等交换。
应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析
应用微卫星标DNA记对三个封闭群兔遗传分析申幸娇,岳秉飞(中国食品药品检定研究院北京100050)[摘要]:目的检测国内日本大耳白兔、青紫蓝兔、新西兰白兔的遗传背景及遗传结构,为封闭群兔遗传检测方法建立和标准化提供基础资料。
方法应用18个微卫星标记及荧光标记-半自动基因分型技术对三个群体95个个体进行Hardy-Weinberg检测,统计每个位点等位基因频率、杂合度、F值、遗传距离等信息。
结果三个种群平均等位基因观测数为3.167、4.556、3.444,平均观测杂合度为0.444、0.5230、0.4976。
18个位点平均多态信息含量(PIC)为0.410、0.549、0.470,日本大耳白兔6个位点HWE检验P﹤0.05,显著偏离Hardy-Weinberg 平衡,并在Sat13,INRCCDDV0088位点基因型完全纯和,新西兰白兔和青紫蓝兔分别有2个位点显著偏离Hardy-Weinberg平衡。
三个种群遗传距离:青紫蓝兔与新西兰白兔遗传距离最近,为0.124,与日本大耳白兔遗传关系最远,为0.320;新西兰白兔与日本大耳白兔较远,为0.310。
结论三个种群有各自不同遗传特征,遗传多样性较高,种群间分化明显。
个别位点偏离遗传平衡,推测人工繁育过程中存在一定问题。
[关键词]:日本大耳白兔;青紫蓝兔;新西兰白兔;封闭群;微卫星Genetic Analysis of Three Groups of Closed Clolony Rabbitsusing Microsatellite DNA MarkersSHEN Xing-jiao, YUE Bing-fei(National Institutes for Food and Drug Control Beijing 100050)[Abstract] Objective To analyze the population genetics of three groups of closed colony rabbits:Japanese white rabbits(JWR),Chinchilla rabbits(CR),and New Zealand rabbits(NZWR).Methods 18 microsatellite loci were selected and tested by Hardy-Weinberg equilibrium(HWE),and the values of the allele frequency,observed heterozygosity and expected heterozygosity,the F-statistic value and the genetic distance were counted. Resualts In three populations, the average number of observed alleles respectively are 3.167、4.556、3.444;The average observed heterozygosity respectively are 0.444、0.5230、0.4976;The average polymorphism information content(PIC) respectively are 0.410、0.549、0.470. Four loci showed evident deviation from that of the HWE(P<0.05) and two loci of Sat13 and INRCCDDV0088 are基金项目:“国家科技支撑计划”项目编号2011BAI15B01;2013BAK11B01作者简介:申幸娇(1987—),女,硕士研究生,E-mail: xjshen816@通讯作者:岳秉飞,研究方向:实验动物遗传学,E-mail: yue-bingfei@completely homozygous in JWR population; There are two loci evident deviation from HWE in CR and NZW. The genetic distance of CR and NZW is 0.124, while that of CR and JWR being 0.320 and JWR and CR being 0.310. Conclusions Three populations have different genetic characteristics, whose genetic diversity are relatively rich. Several loci are evident deviation from that of the HWE, which probably indicates that certain problems exist in the process of artificial breeding.[key words] Japanese white rabbit; Chinchilla rabbit; New Zealand rabbit; closed colony animal; Microsatellite DNA家兔是最早用于实验的动物之一,在医学科学研究领域里发挥独特的作用。
微卫星标记在水产动物遗传研究方面的应用
微卫星标记在水产动物遗传研究方面的应用陈万光1,贾晓慧2(1.洛阳师范学院生命科学系,河南洛阳471022;2.洛阳理工学院环境与化学工程系,河南洛阳471023)摘要 微卫星标记具有分布广、多态性高、数量丰富、等位基因检测方便等优点,在亲缘关系分析、种质资源鉴定、物种遗传多样性检测等方面被研究者广泛采用。
笔者简要介绍了微卫星标记在水产动物遗传方面的研究进展,以期为水产动物遗传研究提供参考。
关键词 微卫星标记;水产动物;遗传;应用中图分类号 S188 文献标识码 A 文章编号 0517-6611(2009)12-05659-02作者简介 陈万光(1964-),男,河南洛阳人,教授,从事水产动物遗传育种方面的研究。
收稿日期 2009-02-0620世纪80年代,M a rsh fie ld 医学研究基金会(M a rsh fie ld M ed ica l R esea rch F ound a tion)的J am es 和俄勒冈健康科学大学(O regon H ea lth S cien ces U n ive rs ity)的W is 等人分离出一种比小卫星DN A 具有更短重复单元的DN A 序列,被称为微卫星(M icrosa tellite)。
由于其是几个(1~6bp)核苷酸为单位,多次串联重复N DA 序列,因此又被称之为简单重复序列(S in g le S equence R ep ea ts ,S SR )、简短串联重复序列(S hor t T a ndem R e-pea ts ,S TR)或简单序列长度多态性(S i m p le S equ ence L eng th P o lym o rp h is m,S S LP )[1]。
根据重复单元的构成与分布,微卫星DN A 序列被分为3种类型:单一型(pu re)、复合型(com p ound)和间断型(in terrup ted)。
微卫星DNA标记及其应用
微卫星DNA 标记是继RFLP 技术之后发展起来的新一代的分子遗传标记技术。
微卫星DNA 的PCR 产物检测方法主要有同位素标记引物的聚丙烯酰胺电泳法、荧光标记引物的测序法以及聚丙烯酰胺凝胶电泳银染法等。
自20世纪80年代以来,经过二三十年的不断发展,微卫星DNA 标记技术因其数量大、分布广且均匀、多态性丰富、呈孟德尔共显性遗传、检测快速方便以及结果稳定可靠等优点,已被广泛应用于各个领域。
1微卫星DNA 标记的发现1974年,Skinner 等在研究寄居蟹的基因组时发现了微卫星DNA 的重复序列。
此后,在人、动物和酵母的基因组中都发现了类似大量的简单重复序列。
直到1986年,Ail 等首次用合成的微卫星寡核苷酸作为探针用于人的指纹分析,这时才得到重视。
1988年,Jeffreys 等人做了进一步的研究并使之发展成为新的遗传分子标记系统。
1989年,Litt 等[1]扩增到了人类基因组微卫星序列,从而创造了“微卫星(mi -crosatellite )”这个名称。
2微卫星DNA 的结构微卫星DNA 又称简单重复序列(simple sequence re -peats ,SSR)或短串联重复序列(short tandem repeats ,STR),是指以少数几个核苷酸(一般是1~6个)为单位串联重复的DNA 序列。
这些重复序列的重复次数和重复程度在不同的生物体内高度变化,并且随机分布于真核生物基因组中[2-3]。
普遍认为,在染色体上,除着丝粒及端粒区域外,其他区域也广泛散在分布有微卫星位点[4]。
Weber 根据微卫星核心序列排列方式的不同,将其分为完全(无间隔)、不完全(有非重复单位的碱基间隔)和复合型(2个或更多重复单位彼此毗邻连续出现)微卫星3种类型。
3微卫星DNA 标记的优缺点3.1优点①分布广泛。
微卫星DNA 广泛且均匀地分布于真核生物基因组中。
②多态性丰富。
由于微卫星在不同个体中的重复单位数目变异大,因而造成其长度具有高度的多态性,使其可以包含大量丰富的信息。
微卫星标记及其在动物遗传育种中的应用
涉及 D N A结 构 , 通常与表型无关 , 这 种 方 法 可在 较 短 时 间 内 ,使 用非 常 低廉 的费用 检 测 出 1 个 群 体 的 全 部 有 害基 因。家 畜 中用 分 子遗 传 学 基 因技 术 研 究 发 现 的遗传 缺 陷 , 多 数是使 用 微卫 星标 记发 现 的。
示 动 物所 带 遗传 信 息 的 内容 ,准 确确 定 Q T L在 基 因
星序列存在 困难 ; 微卫星位点的获得较为繁琐 , 花费 较 大 ,须 进 行基 因文 库构 建 ,分 子 杂 交 等一 系 列 工
作, 分 析 成本 高 , P C R扩 增 产物 在 检测 过程 中常 出现 “ 影 子 带 ”和一 些 没有 被 扩增 的无 效基 因 , 都 会 给 鉴
检 测 动物 个 体基 因型 ,统 计 出动 物 群 体水 平 上 微卫
星座位等位基因的数 目及频率 ,并结合分子遗传学 和数量遗传学原理 ,计算 出各个 品种的平均遗传杂 合 度 和彼 此 间 的遗 传 距离 ,然后 进 行 多个 品种 群 间 的聚类分析 , 从而初步评估该 品种的遗传多样性 , 品 种间的亲缘远近和遗传分化关系。 杂 种 优 势 的大小 在 一 定 程度 上 取 决 于亲 本 间遗 传差异的大小 , 即遗传距离。有人用 D N A多态性测 定 品种或 品系间的差异 ,并据此得 出遗传距离 比其
繁 育 改 良
微 卫 星 标 记 及 其 在 动 物 遗 传 育 种 中 的 应 用
孙庆 华 陈 小兵 2
( 1 . 黑龙 江省杜 尔伯 特 蒙 古族 自治县 畜牧 兽 医兽 医局 黑龙 江杜 尔伯特 1 6 6 2 0 0 ,
2 . 黑龙 江 省杜 尔伯特 蒙古族 自治县职 教 中心 黑龙 江杜 尔伯 特 1 6 6 2 0 0)
微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用_徐莉
西北植物学报2002,22(3):714—722Acta Bot.Boreal.-Occident.Sin.文章编号:1000-4025(2002)03-0714-09微卫星DNA标记技术及其在遗传多样性研究中的应用①徐 莉,赵桂仿(西北大学生命科学学院,西安710069)摘 要:微卫星DN A的高突变率、中性、共显性及其在真核基因组中的普遍性,使其成为居群遗传学研究、种质资源鉴定、亲缘关系分析和图谱构建的优越的分子标记。
本研究系统介绍了微卫星DN A在结构和功能上的特点,并对微卫星DN A标记技术应用的遗传学机理和一般方法进行了扼要的阐述。
另外,本研究还探讨了微卫星DN A标记技术在遗传多样性研究中的应用现状,并进一步提出其发展前景。
关键词:微卫星DN A;微卫星DN A标记;遗传多样性中图分类号:Q946.33 文献标识码:AMicrosatellite DNA marker and its applicationin genetic diversity researchXU Li,ZHAO Gui-fang(Colleg e of Life Science,Nor thw est University,Xi an710069,China)Abstract:Beca use of its hy pe rva ria bility,neutra lity,co-do minance and ubiquity in eukary otic g eno mes, micr osatellite DN A is becoming pr efer red mo lecula r mar ker for po pulatio n g enetic studies,a s w ell a s fo r strain identification,kinship analy sis,and mapping pur po se.Th e paper presents th e structural and func-tio na l charac teristics o f micro sa telli te DN A sy stema tically,and show s the genetic mecha nism fo r applica-tio n of micr osatellite DN A mar ker and its gener al me tho ds.It is also discussed that micro sa tellite DN A mar ker is utilized in ge netic div ersity r esea rch now aday s and its develo pment in the futur e.Key words:micr osatellite DN A;mic rosatellite DN A mar ker;g enetic div ersity物种的灭绝,遗传多样性的丧失,生态系统的退化和瓦解,使生物多样性研究成为目前的一个热点。
微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用
微卫星DNA分子标记在海洋动物遗传分析中的应用*APP L ICATIO N OF THE MICR OSATE LL ITE TECHNI Q UE FO RGENETIC ANALYSIS IN MARINE ANIMALS 刘志毅相建海(中国科学院海洋研究所青岛266071)分子遗传标记的研究一直是遗传学研究中的一个热点。
目前,生物学中已深入开展,在海洋生物学中分子遗传标记的研究也是方兴未艾。
在各种分子遗传标记中,微卫星DNA标记的研究则受到许多学者的青睐。
微卫星DNA标记以其特异性的PCR扩增、稳定性、重复性好、能较好地反映物种的遗传结构和遗传多样性变化等特点,日益受到研究者的重视。
1微卫星DNA的概念和特征微卫星DNA是指核心序列为1~4个的寡核苷酸经多次重复而形成的串联重复的DNA序列,如(CA)n,(TG)n等,又被称为短串联重复序列、简单序列重复。
有的学者也认为核心序列核苷酸数小于10的短串联重复序列即可认为是微卫星DNA。
微卫星DNA重复次数及重复程度的差异是造成每个基因座位的多态性的原因。
微卫星DNA广泛分布在真核生物的基因组中。
与限制性片段长度多态性、可变串联重复相比,微卫星DNA在基因组中的分布更为随机,所显示的多态性也更高[4]。
微卫星DNA呈孟德尔共显性遗传模式,可以区别纯合显性个体和杂合显性个体,这为遗传研究提供了更多的可供分析的信息。
一般说来,微卫星DNA 的重复序列两侧都有物种特异性的侧翼序列,根据这一特异性序列可以设计引物对基因组DNA进行PCR扩增,从而检测物种在DNA水平上的遗传多样性。
2微卫星DNA标记的筛选和遗传信息的分析微卫星的筛选是微卫星标记研究中关键的一步。
通常获得微卫星DNA序列有两大途径:一是通过检索DNA序列数据库获得,二是通过具体的DNA序列分析实验获得。
一般获得微卫星序列的实验方法有下述几种。
2.1从基因组文库中获得含有微卫星DNA的阳性克隆这是目前大多数研究者所用的方法,如张亚平等在1995年,徐磊等[1]所报道。
微卫星标记及其在实验动物中的应用
2005年8月第15卷 第4期中国比较医学杂志CHINESE JOURNA L OF COMPARATIVE ME DICINE August ,2005V ol.15 N o.4综述与专论微卫星标记及其在实验动物中的应用宋国华,刘田福(山西医科大学实验动物中心,太原 030001) 【摘要】 微卫星序列广泛存在于各类真核基因组中,是一种简单序列重复(simple sequence repeats ,SSR )。
由于它具有多态性高、结果稳定可靠等特点,因此是一种十分理想的分子标记,在遗传图谱构建、数量性状位点(QT L )定位、标记辅助选择、遗传多样性评估、遗传监测等领域都有着重要的应用价值。
【关键词】 微卫星重复;动物,实验【中图分类号】Q95-331 【文献标识码】A 【文章编号】167127856(2005)0420244205Application of Microsatellite in Laboratory AnimalS ONG G uo 2hua ,LI U T ian 2fu(Laboratory Animal Center of Shanxi Medical University ,T aiyuan 030001,China )【Abstract 】 Microsatellites ,simple sequence repeats (SSR ),are distributed throughout the eukary ote genomes.Withabundant number ,highly polym orphic character ,reliable outcome ,microsatellites are useful tools for gene mapping construction ,localization of quantitative trait loci ,marker assisted selection ,genetic diversity detecting ,genetic m onitoring and others.【K ey w ords 】 Microsatellite repeats ;Animals ,laboratory[作者简介]宋国华(1973-),女,硕士,研究方向:实验动物遗传学。
用微卫星DNA标记技术建立猕猴遗传检测方法及对群体遗传多样性的分析
用微卫星DNA标记技术建立猕猴遗传检测方法及对群体遗传多样性的分析随着生物学、医学和药学的发展,对标准化实验猕猴的需求量不断增加,建立并提供遗传背景清楚的标准化实验猕猴,将对生命科学研究结果的准确性和可靠性提供有力保障。
实验动物科学是生物医学乃至整个生命科学研究的基础和支撑条件,其发展和应用程度是衡量一个国家或地区科学技术水平高低的一个重要标志。
但是,从整体水平看,我国实验动物工作的发展还不平衡,标准化进程和水平也不一致,尤其是实验猕猴等大型实验动物,不管是资源丰厚程度,还是自身的研究力度都相当薄弱。
实验动物遗传质量监测是评价动物质量好坏的一个重要手段,其目的是为了验证各种动物品系应具有的遗传特性,检查是否存在杂合性、基因突变和遗传污染等,以确定被检对象是否符合该群体的生物学特性。
微卫星DNA标记技术由于其具有高度地灵敏性、特异性和多态性,方法简便、快速和廉价等特性,被广泛地应用到实验动物的遗传质量监测和遗传结构多样性分析中,是目前公认的物种遗传多样性评估的最佳分子遗传标记技术,也是实验动物遗传质量监测的重要手段。
本实验研究通过优化各猕猴微卫星DNA位点的复性温度和Mg2+浓度等PCR扩增反应体系条件,从100个位点中筛选出D1S1594、D1S533、D3S3045、D21S1246、D7S513、D6S493、D6S2419、D4S1645、D5S820、D5S1470、D5S1466、D14S255、D15S644、D10S611、D20S171、D12S372、D2S1333、D12S67、D2S146、D11S2002、D11S1352、D9S934、D17S1290、D17S791、D13S797、D18S536、D18S869、D19S571、D19S559和D16S403等30个具有多态性高、等位基因数多和染色体上分布均匀的微卫星DNA位点。
利用这30个多态性微卫星DNA位点对北京地区恒河猴种群的28只个体的遗传结构进行了监测分析,其等位基因数均在7条以上,最高的达到了11条。
微卫星DNA
微卫星DNA微卫星DNA在种下分化及近缘种的鉴定中的应用农业昆虫与害虫防治姚远M071105摘要:微卫星DNA标记作为一种多态性和稳定性高、重复性好、呈共显性的分子遗传标记技术,目前已被广泛应用于昆虫学的研究中。
本文介绍了微卫星DNA标记的基本原理和特点,并综述了近年来该技术在昆虫种群遗传结构及分化、近缘种的鉴定、遗传图谱的构建、基因定位以及系统发生等领域中的应用。
关键词: 微卫星DNA标记;多态性;分化;种群早在1974 年,Skinger在蟹的DNA 中发现了一类短串联重复序列TAGG。
随后人们在人、动物和酵母的基因组中都发现了大量的简单重复序列,因为其比小卫星(10~25bp)短,每个重复单位仅1~6bp,重复数10~20次,是头尾相连的串联重复序列,故称微卫星(microsatellite),又称为简单序列重复DNA(Simple Sequence Repeat,SSR)。
重复类型有两种单核苷酸如A/T、C/G;四种二核苷酸重复AT/TA、AC/TG、AG/TC、CG/GC 以及三、四核苷酸重复类型等,但研究发现较多的为AC/TG,约占57%,其它类型较少。
而且根据微卫星核心序列排列方式的不同,可分为完全(perfect),不完全(imperfect)和复合型(compound)微卫星。
20世纪七八十年代以来,伴随着分子生物学的飞速发展,出现了多种多样的DNA分子标记[1]。
目前常用的DNA分子标记技术有限制性片段长度多态性( restriction fragment length polymorphism,RFLP) 、数量可变的串联重复序列(variable number of tandem repeat,VNTR) 、随机扩增多态性DNA ( random amp lified polymorphic DNA,RAPD) 、扩增片段长度多态性( amp lified fragment length polymorphism,AFLP) 、微卫星标记(microsatellite marker) 、简单重复序列间扩增( inter-simple sequence repeat,ISSR)和单核苷酸多态性( single nucleotide polymorphysm,SNP) 。
微卫星DNA及其在家禽遗传育种中的应用
微卫星DNA及其在家禽遗传育种中的应用
刘莉;陈国宏
【期刊名称】《动物科学与动物医学》
【年(卷),期】2000(017)006
【摘要】微卫星DNA(MicrosatelliteDNA)是80年代末期发展起来的一种新型分子标记,与其它DNA分子标记相比较,具有许多优点。
【总页数】3页(P19-21)
【作者】刘莉;陈国宏
【作者单位】扬州大学畜牧兽医学院,江苏扬州;扬州大学畜牧兽医学院,江苏扬州【正文语种】中文
【中图分类】S831.2
【相关文献】
1.微卫星DNA标记在家兔遗传育种中的应用 [J], 荣敏;杨福合;章秀婷;邢秀梅;王雷;鲍加荣
2.微卫星DNA在畜禽遗传育种中的应用 [J], 刘小帆
3.微卫星DNA分子标记及其在绵羊遗传育种中的应用 [J], 梁春年;杨博辉;程胜利;刘存霞;牛春娥
4.微卫星DNA技术在蜜蜂遗传育种中的应用 [J], 陈晶;吉挺;殷玲;包文斌;陈国宏
5.微卫星DNA标记在鱼类遗传育种中的应用 [J], 孙建帮;肖克宇;朱吉
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3T3成纤维细胞在海水浸泡伤中的应用
王大鹏,宁浩勇,孟宇红,刘肖
(中国人民解放军海军总医院动物实验室,北京100048)
【摘要】目的用成纤维细胞替代动物实验,观察海水对成纤维细胞的影响。
方法将NIH3T3成纤维细胞随机分成5个组,分别为对照组(C组)、生理盐水浸泡30min组(P30组)、生理盐水浸泡60min组(P60组)、海水浸泡30min组(H30组)、海水浸泡60min组(H60组)。
结果细胞存活率H60组为70.79%,H30组为76.87%,P60组为84.82%,P30组为85.96%。
C组细胞bFGFmRNA转录量显著高于其他各组(P<0.01),其他各组中仅H60组细胞存在少量bFGFmRNA转录。
C组细胞FGFR-1mRNA几乎无转录,其他各组均有转录,以海水浸泡各组的转录量最高。
结论3T3成纤维细胞可以替代动物进行一些创伤合并海水浸泡的实验,其实验结果也符合实验要求,这为我们的实验提供了一种选择。
【关键词】成纤维细胞;海水浸泡;替代
小鼠白血病模型的建立及应用
王喆,陆承荣
(空军总医院临床航空医学中心实验室,北京100142)
【摘要】小鼠白血病模型分为自发性白血病、诱发性白血病和可移植性白血病。
具有建立周期短,重复性好,移植的肿瘤细胞生物特性较稳定等特点,是国内外常用的动物白血病模型,该模型在白血病的实验治疗研究和抗癌药物筛选方面具有广泛用途。
【关键词】白血病;小鼠;模型,动物
微卫星DNA标记在常用实验动物
遗传监测中的分析
李瑞生1,陈振文2,李晓娟1,鲍龙涛1
(1.解放军第302医院动物实验中心,北京100039;
2.首都医科大学基础医学院实验动物学系,北京100069)
【摘要】目的通过分析常用实验动物群体的遗传多态性,以期建立一种常用实验动物分子标记的遗传监测方法。
方法利用聚合酶链反应(PCR)扩增技术采用39个多态性微卫星DNA位点对近交系大、小鼠和封闭群猕猴群体进行了DNA多态性的分析,对比了恒河猴和食蟹猴群体间等位基因数目的差异。
结果11个近交系BALB/c小鼠群体有4个群体的基因位点出现杂合或多态性,不符合近交系的要求;6个近交系8个群体的大鼠,所
有基因座位点均纯合,但同一品系不同地区间存在差异。
封闭群恒河猴和食蟹猴群体其等位基因数均在7条以上,呈现显著多态性,但两群体间有11个位点的等位基因数存在差异。
结论利用微卫星DNA标记可以对实验动物的品种、品系和亚系间进行有效地遗传鉴别分析,建立实验动物微卫星DNA标记的遗传监测方法具有一定的可行性。
【关键词】微卫星DNA;实验动物;遗传监测;DNA多态性
BBN诱发PLCε敲基因鼠膀胱癌动物模型
李瑞生1,姜泰茂2,白云峰1,李晓娟1
(1.解放军第302医院动物实验中心,北京100039;2.解放军第463医院泌尿外科,沈阳110042)
【摘要】目的通过诱癌剂N-丁基-N2(4-羟丁基)亚硝胺(BBN)诱发PLC(基因敲除小鼠建立膀胱肿瘤动物模型,为研究PLCε在膀胱肿瘤形成中的作用奠定理论基础。
方法随机选取PLC-/-小鼠和PLC+/+小鼠各48只分成A组、B组、C组和D组,A、C为空白对照组饮纯净水,B和D组为实验组饮BBN药水,实验周期为18周,在电子显微镜下观察不同阶段小鼠膀胱肿瘤的发生过程。
结果经超微结构证实PLC+/+小鼠发生膀胱肿瘤为15只,占62.5%;PLC-/-小鼠发生膀胱肿瘤为10只,占41.7%。
结论成功建立了PLC(基因敲除(PLC-/-)小鼠膀胱肿瘤动物模型,与PLC+/+小鼠相比其膀胱肿瘤的发生率较低,从而验证了PLC(基因与肿瘤发生机制具有相关性,为进一步研究PLC(基因与肿瘤发生机制的关系奠定了基础。
【关键词】膀胱癌;基因敲除;磷脂酶Cε;模型,动物
载药凝胶介质肺内应用安全性评价
黎立,张广宇,杨楠,李洪敏,史迎昌,程晓星
(解放军总参总医院,北京100091)
【摘要】目的对海藻酸钙和卡波姆凝胶经支气管镜介入兔肺支气管内的安全性进行评价,为含抗结核药物凝胶肺内应用提供依据。
方法45只日本长耳兔随机分成对照组、海藻酸钙组和卡波姆组,每组15只,实验观测4周。
检测体温、体重、血常规、T细胞亚群及肺病理学改变。
结果各组间体温、体重、血常规及外周血T细胞亚群的比较均无显著性差异(P>0.05)。
海藻酸钙组和卡波姆组凝胶介入前与介入后CD3+、CD4+、CD8+百分比比较亦无显著性差异(P>0.05)。
海藻酸钙组和卡波姆组的受试动物左肺底细支气管无凝胶成分残留,肺大体及光镜病理观察与对照组相比均未产生明显变化。
光镜病理观察可见海藻酸钙组的右肺底有局灶性肺泡破裂,肺泡间隔无炎性细胞浸润。
卡波姆凝胶组的左肺底偶见局灶性肺不张。
结论海藻酸钙和卡波姆凝胶肺内应用均具有较好的安全性,可作为含抗结核药物凝胶的良好基质。
【关键词】介入;凝胶;海藻酸钙;卡波姆。