12生物分子网络
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http://dip.doe-mbi.ucla.edu/
3.MIPS数据库
MIPS数据库是一个跨物 种的综合性数据库，包 含多种数据库信息。
2. ChIP-chip芯片技术
ChIP-chip示意图 来源：维基百科
(二) 基因转录调控数据库
1.TRANSFAC数据库
TRANSFAC数据库是关 于转录因子、它们在基 因组上的结合位点的数 据库。
http://www.generegulation.com/pub/databases.html
(一) 网络的定义
以图 G= (V, E)表示网络，其中：
V 是网络的节点集合，每个节点代表一个生物分子， 或者一个环境刺激； E 是边的集合，每条边代表节点之间的相互关系。
(二) 有向网络与无向网络
无向网络
有向网络
(三) 加权网络与等权网络
如果网络中的每条边都被赋予相应的数字，这个网络 就称为加权网络，所赋予的数字称为边的权重。 如果网络中各边之间没有区别，可以认为各边的权重 相等，称为等权网络或无权网络。
2.TRRD数据库
TRRD数据库是在不断积 累的真核生物基因调控 区结构－功能特性信息 基础上构建的。 每一个TRRD的条目里包 含特定基因各种结构－ 功能特性：转录因子结 合位点、启动子、增强 子、静默子、以及基因 表达调控模式等。
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/ gnw/trrd/
串联亲和纯化示意图 来源：Bauer A, Kuster B. Affinity purification-mass spectrometry. Powerful tools for the
characterization of protein complexes.. Eur J Biochem. 2003 Feb;270(4):570-8.
第十二章 生物分子网络
Biomolecular Network
第一节 引言
(Introduction)
网络是复杂系统存在的普遍形式
公路交通网 来源：中华人民共和国交通部网站
互联网 来源：维基百科
社会网络示意图 来源：维基百科
❖ 生命活动本身的复杂性和迅速增加的海量 数据资源要求生命现象必须要在成千上万 个生物分子组成的复杂系统层面上予以认 识。
酵母启动子数据库
JASPAR数据库（http://jaspar.genereg.net）
人工收集的转录因子及结合位点数据库
DBD数据库（http://www.transcriptionfactor.org）
转录因子预测数据库
(三) 基因转录调控网络
基因转录调控网络是以转录因子和受调控基因作为节点， 以调控关系作为边的有向网络。
(二) 基因转录调控数据库
1. BIND数据库
BIND数据库是生物分子 对象网络数据库（BOND） 中最重要的组成部分之 一。
主要记录蛋白质互作在 内的生物分子间的相互 作用信息，并将其中的 信息分为经过人工检查 的可信信息和高通量数 据信息。
http://bind.ca/
2. DIP数据库
DIP数据库是专门存储蛋 白质相互作用信息的数 据库。该数据库中也包 含人工检查的可靠信息 和自动计算方法所获取 的高通量数据。
三、蛋白质互作网络
(一) 蛋白质互作检测技术
1. 免疫共沉淀技术（co-immunoprecipitation）
免疫共沉淀示意图 来源：http://www.molecularsciences.org
2. 酵母双杂交（Yeast Two Hybrid，Y2H）
酵母双杂交示意图 来源：维基百科
3. 串联亲和纯化-质谱分析（Tandem Affinity Purification Mass Spectrometry，TAP-MS）
加权网络 来源：维基百科
(四) 二分网络
如果网络中的节点可分为两个互不相交的集合，而所 有的边都建立在来自不同集合的节点之间，则称这样 的网络为二分网络
二分网络 来源：维基百科
(五) 网络中的路径与距离
网络中节点G到节点 C的路径有： l1={G, A, B, C} l2={G, A, D, C} l3={G, F, A, B, C} l4={G, F, A, D, C}
3. RegulonDB数据库
RegulonDB数据库是一 个提供转录起始和调控 网络信息的数据库。
http://regulondb.ccg.unam.mx/
4.其他数据库
COMPEL数据库（http://compel.bionet.nsc.ru）
复合转录元件的数据库
SCPD数据库（http://rulai.cshl.edu/SCPD/）
从节点G到节点C的路径中，l1和l2的长度为3，l3和l4的长 度为4。 长度最短的路径称为最短路径，最短路径的长度称为从起 点到终点的距离，上图中从节点G到节点C的距离为3
二、基因调控网络
(一) 基因调控检测技术
1. 染色质免疫沉淀技术
（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）
❖ 为揭示数量巨大的生物大分子及其间的相 互作用如何在复杂的生存环境中行使生物 学功能，需要研究者采用不同于传统生物 学研究手段的新技术。
❖ 本章将介绍网络分析在系统生物学中的应 用。
Βιβλιοθήκη Baidu
第二节 生物分子网络概述
(Description of Biomolecular Network)
一、生物分子网络的基本概念
5.遗传互作检测技术
剂量增长补足（Dosage Growth Defect）、其中剂量 增长补足是指如果一个基因突变或者被敲除时另一个 基因的表达量明显增加。
联合致死（Synthetic Lethality）则是表示在基因敲除 实验中，只敲除任何一个都不会造成细胞死亡，而两 个基因一同被敲除时细胞就会死亡。
4.白质互作预测技术
基于同源性的预测技术
•利用进化的保守性，检测一对蛋白是 否有同源序列参与已知的互作结构 •通过检查一对蛋白的系统发生距离来 推断其间存在的互作关系 •通过与已知的蛋白质结构模式进行比 对，预测分别包含互作结构域的一对蛋 白质的互作关系。
基于多重数据源和机器学习算法的蛋白质互作 预测技术不同于同源性预测技术。
3.MIPS数据库
MIPS数据库是一个跨物 种的综合性数据库，包 含多种数据库信息。
2. ChIP-chip芯片技术
ChIP-chip示意图 来源：维基百科
(二) 基因转录调控数据库
1.TRANSFAC数据库
TRANSFAC数据库是关 于转录因子、它们在基 因组上的结合位点的数 据库。
http://www.generegulation.com/pub/databases.html
(一) 网络的定义
以图 G= (V, E)表示网络，其中：
V 是网络的节点集合，每个节点代表一个生物分子， 或者一个环境刺激； E 是边的集合，每条边代表节点之间的相互关系。
(二) 有向网络与无向网络
无向网络
有向网络
(三) 加权网络与等权网络
如果网络中的每条边都被赋予相应的数字，这个网络 就称为加权网络，所赋予的数字称为边的权重。 如果网络中各边之间没有区别，可以认为各边的权重 相等，称为等权网络或无权网络。
2.TRRD数据库
TRRD数据库是在不断积 累的真核生物基因调控 区结构－功能特性信息 基础上构建的。 每一个TRRD的条目里包 含特定基因各种结构－ 功能特性：转录因子结 合位点、启动子、增强 子、静默子、以及基因 表达调控模式等。
http://wwwmgs.bionet.nsc.ru/mgs/ gnw/trrd/
串联亲和纯化示意图 来源：Bauer A, Kuster B. Affinity purification-mass spectrometry. Powerful tools for the
characterization of protein complexes.. Eur J Biochem. 2003 Feb;270(4):570-8.
第十二章 生物分子网络
Biomolecular Network
第一节 引言
(Introduction)
网络是复杂系统存在的普遍形式
公路交通网 来源：中华人民共和国交通部网站
互联网 来源：维基百科
社会网络示意图 来源：维基百科
❖ 生命活动本身的复杂性和迅速增加的海量 数据资源要求生命现象必须要在成千上万 个生物分子组成的复杂系统层面上予以认 识。
酵母启动子数据库
JASPAR数据库（http://jaspar.genereg.net）
人工收集的转录因子及结合位点数据库
DBD数据库（http://www.transcriptionfactor.org）
转录因子预测数据库
(三) 基因转录调控网络
基因转录调控网络是以转录因子和受调控基因作为节点， 以调控关系作为边的有向网络。
(二) 基因转录调控数据库
1. BIND数据库
BIND数据库是生物分子 对象网络数据库（BOND） 中最重要的组成部分之 一。
主要记录蛋白质互作在 内的生物分子间的相互 作用信息，并将其中的 信息分为经过人工检查 的可信信息和高通量数 据信息。
http://bind.ca/
2. DIP数据库
DIP数据库是专门存储蛋 白质相互作用信息的数 据库。该数据库中也包 含人工检查的可靠信息 和自动计算方法所获取 的高通量数据。
三、蛋白质互作网络
(一) 蛋白质互作检测技术
1. 免疫共沉淀技术（co-immunoprecipitation）
免疫共沉淀示意图 来源：http://www.molecularsciences.org
2. 酵母双杂交（Yeast Two Hybrid，Y2H）
酵母双杂交示意图 来源：维基百科
3. 串联亲和纯化-质谱分析（Tandem Affinity Purification Mass Spectrometry，TAP-MS）
加权网络 来源：维基百科
(四) 二分网络
如果网络中的节点可分为两个互不相交的集合，而所 有的边都建立在来自不同集合的节点之间，则称这样 的网络为二分网络
二分网络 来源：维基百科
(五) 网络中的路径与距离
网络中节点G到节点 C的路径有： l1={G, A, B, C} l2={G, A, D, C} l3={G, F, A, B, C} l4={G, F, A, D, C}
3. RegulonDB数据库
RegulonDB数据库是一 个提供转录起始和调控 网络信息的数据库。
http://regulondb.ccg.unam.mx/
4.其他数据库
COMPEL数据库（http://compel.bionet.nsc.ru）
复合转录元件的数据库
SCPD数据库（http://rulai.cshl.edu/SCPD/）
从节点G到节点C的路径中，l1和l2的长度为3，l3和l4的长 度为4。 长度最短的路径称为最短路径，最短路径的长度称为从起 点到终点的距离，上图中从节点G到节点C的距离为3
二、基因调控网络
(一) 基因调控检测技术
1. 染色质免疫沉淀技术
（Chromatin Immunoprecipitation, ChIP）
❖ 为揭示数量巨大的生物大分子及其间的相 互作用如何在复杂的生存环境中行使生物 学功能，需要研究者采用不同于传统生物 学研究手段的新技术。
❖ 本章将介绍网络分析在系统生物学中的应 用。
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第二节 生物分子网络概述
(Description of Biomolecular Network)
一、生物分子网络的基本概念
5.遗传互作检测技术
剂量增长补足（Dosage Growth Defect）、其中剂量 增长补足是指如果一个基因突变或者被敲除时另一个 基因的表达量明显增加。
联合致死（Synthetic Lethality）则是表示在基因敲除 实验中，只敲除任何一个都不会造成细胞死亡，而两 个基因一同被敲除时细胞就会死亡。
4.白质互作预测技术
基于同源性的预测技术
•利用进化的保守性，检测一对蛋白是 否有同源序列参与已知的互作结构 •通过检查一对蛋白的系统发生距离来 推断其间存在的互作关系 •通过与已知的蛋白质结构模式进行比 对，预测分别包含互作结构域的一对蛋 白质的互作关系。
基于多重数据源和机器学习算法的蛋白质互作 预测技术不同于同源性预测技术。