微阵列预测分析法筛选乙型肝炎肝硬化发生的风险基因 肖春阳

ＸＩＡＯ Ｃｈｕｎｙａｎｇ ＬＩ Ｑｉｎｋａｉ ＹＵ Ｊｉｎｇｘｉａ ｅｔ ａｌ． Ｄｅｐａｒｔｍｅｎｔ ｏｆ Ｇａｓｔｒｏｅｎｔｅｒｏｌｏｇｙ Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｆｉｒｓｔ Ｐｅｏｐｌｅᶄｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｊｉａｏ Ｔｏｎｇ Ｕ ｎｉｖｅｒｓｉｔｙ Ｓｃｈｏｏｌ ｏｆ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ Ｓｈａｎｇｈａｉ ２０００８０ Ｃｈｉｎａ Ａｂｓｔｒａｃｔ Ｏｂｊｅｃｔｉｖｅ㊀ Ｔｏ ｉｎｖｅｓｔｉｇａｔｅ ｔｈｅ ｒｉｓｋ ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｃｈｒｏｎｉｃ ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ＣＨＢ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ ｕｓｉｎｇ ｇｅｎｅ ｃｈｉｐ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ． Ｍｅｔｈｏｄｓ㊀ Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ ４０ ＣＨＢ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｗｈｏ ｖｉｓｉｔｅｄ Ｓｈａｎｇｈａｉ Ｆｉｒｓｔ Ｐｅｏｐｌｅᶄｓ Ｈｏｓｐｉｔａｌ ｆｒｏｍ Ａｐｒｉｌ ２００８ ｔｏ Ｄｅｃｅｍｂｅｒ ２０１０ ｗｅｒｅ ｅｎ ｒｏｌｌｅｄ ａｓ ａ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｃｏｈｏｒｔ ａｎｄ ｗｅｒｅ ｄｉｖｉｄｅｄ ｉｎｔｏ Ｓ０ Ｓ１ Ｓ２ Ｓ３ ａｎｄ Ｓ４ ｇｒｏｕｐｓ ｗｉｔｈ ８ ｐａｔｉｅｎｔｓ ｉｎ ｅａｃｈ ｇｒｏｕｐ． Ｌｉｖｅｒ ｂｉｏｐｓｙ ｗａｓ ｐｅｒｆｏｒｍｅｄ ｔｏ ｄｅｔｅｒｍｉｎｅ ｆｉｂｒｏｓｉｓ ｓｔａｇｅ ｗｉｔｈ ｔｈｅ Ｓｃｈｅｕｅｒ ｐａｔｈｏｌｏｇｉｃａｌ ｓｃｏｒｅ ａｓ ｔｈｅ ｃｒｉｔｅｒｉａ ａｎｄ ｃｌｉｎｉｃａｌ ｄａｔａ ａｎｄ ｌｉｖｅｒ ｔｉｓｓｕｅ ｓａｍｐｌｅｓ ｗｅｒｅ ｒｅｓｅｒｖｅｄ． Ｔｈｅ Ｈｕｍａｎ Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ ｗａｓ ｕｓｅｄ ｔｏ ｅｓｔａｂｌｉｓｈ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅｓ ｏｆ ｌｉｖｅｒ ｔｉｓｓｕｅｓ ｉｎ ＣＨＢ ｐａｔｉｅｎｔｓ ａｎｄ ｔｈｅ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｃｅ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ＳＡＭ ａｎｄ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ ＰＡＭ ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ｔｏ ｓｃｒｅｅｎ ｏｕｔ ｔｈｅ ｒｉｓｋ ｇｅｎｏｍｅｓ ｆｏｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ＣＨＢ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ． Ｑｕａｎｔｉｔａｔｉｖｅ ｒｅａｌ － ｔｉｍｅ ＰＣＲ ｗａｓ ｕｓｅｄ ｔｏ ｍｅａｓｕｒｅ ｔｈｅ ｍＲＮＡ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｒｉｓｋ ｇｅｎｅｓ ｉｎ ｌｉｖｅｒ ｔｉｓｓｕｅ． Ｔｈｅ ｃｈｉ － ｓｑｕａｒｅ ｔｅｓｔ ｗａｓ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｃａｔｅｇｏｒｉｃａｌ ｄａｔａ． Ｔｈｅ ｔ － ｔｅｓｔ ａｎｄ ａ ｏｎｅ － ｗａｙ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｖａｒｉａｎｃｅ ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｎｏｒｍａｌｌｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓ ｄａｔａ ａｎｄ ＳＮＫ － ｑ ｔｅｓｔ ｗａｓ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ｆｕｒｔｈｅｒ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｂｅｔｗｅｅｎ ａｎｙ ｔｗｏ ｇｒｏｕｐｓ ｔｈｅ Ｍａｎｎ － Ｗｈｉｔｎｅｙ Ｕ ｒａｎｋ ｓｕｍ ｔｅｓｔ ｗａｓ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ｃｏｍｐａｒｉｓｏｎ ｏｆ ｎｏｎ － ｎｏｒｍａｌｌｙ ｄｉｓｔｒｉｂｕｔｅｄ ｃｏｎｔｉｎｕｏｕｓ ｄａｔａ． Ｒｅｓｕｌｔｓ㊀ Ａ ｔｏｔａｌ ｏｆ １６７４ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔｉａｌｌｙ ｅｘｐｒｅｓｓｅｄ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ｓｃｒｅｅｎｅｄ ｏｕｔ ｂｙ Ａｆｆｙｍｅｔｒｉｘ ＧｅｎｅＣｈｉｐ． Ａ ｃｌｕｓｔｅｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｔｈｅｓｅ ｇｅｎｅｓ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈａｔ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｓｈｏｗｅｄ ｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｓ ｂｅｔｗｅｅｎ ｇｒｏｕｐｓ ｗｉｔｈ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｆｉｂｒｏｓｉｓ ｓｔａｇｅｓ ｗｈｉｃｈ ｓｕｇｇｅｓｔｅｄ ｔｈａｔ ｔｈｅ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｐｒｏｆｉｌｅ ｗａｓ ｗｅｌｌ ｃｏｎｓｉｓｔｅｎｔ ｗｉｔｈ ｆｉｂｒｏｓｉｓ ｓｔａｇｅ． Ｆｏｕｒ ｄｉｆｆｅｒｅｎｔ ｃｌａｓｓｉｆｉｃａｔｉｏｎ ｍｅｔｈｏｄｓ ｗｅｒｅ ｕｓｅｄ ｆｏｒ ａｎａｌｙｓｉｓ ａｎｄ ８７ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ｓｃｒｅｅｎｅｄ ｏｕｔ ｂｙ ＳＡＭ ａｎｄ １４ ｈｉｇｈ － ｒｉｓｋ ｇｅｎｅｓ ｗｅｒｅ ｓｃｒｅｅｎｅｄ ｏｕｔ ｂｙ ＰＡＭ． Ｔｈｅ ｑｕａｎｔｉｔａ ｔｉｖｅ ｒｅａｌ － ｔｉｍｅ ＰＣＲ ｓｈｏｗｅｄ ｔｈｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ６ ｒｉｓｋ ｇｅｎｅｓ ＣＤ２４ ＣＸＣＬ６ ＥＨＦ ＩＴＧＢＬ１ ＬＵＭ ａｎｄ ＳＯＸ９ ｄｉｆｆｅｒｅｄ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ ｂｅ ｔｗｅｅｎ ｇｒｏｕｐｓ Ｓ０ Ｓ１ － ３ ａｎｄ Ｓ４ Ｐ ＜ ０． ０５ ａｎｄ ｔｈｅ Ｓ１ － ３ ａｎｄ Ｓ４ ｇｒｏｕｐｓ ｓｈｏｗｅｄ ｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔｌｙ ｕｐｒｅｇｕｌａｔｅｄ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｏｆ ｔｈｅｓｅ ｇｅｎｅｓ ｃｏｍ ｐａｒｅｄ ｗｉｔｈ ｔｈｅ Ｓ０ ｇｒｏｕｐ ａｌｌ Ｐ ＜ ０． ０５ ． Ｃｏｎｃｌｕｓｉｏｎ㊀ Ｔｈｅ ６ ｈｉｇｈ － ｒｉｓｋ ｆａｃｔｏｒｓ ｓｃｒｅｅｎｅｄ ｏｕｔ ａｎｄ ｖｅｒｉｆｉｅｄ ｂｙ ｇｅｎｅ ｃｈｉｐ ｔｅｃｈｎｏｌｏｇｙ ｈｅｌｐ ｔｏ ｐｒｅｄｉｃｔ ｔｈｅ ｐｒｏｂａｂｉｌｉｔｙ ｏｆ ｄｅｖｅｌｏｐｉｎｇ ｌｉｖｅｒ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ ｉｎ ＣＨＢ ｐａｔｉｅｎｔｓ ａｎｄ ｃａｎ ｂｅ ｕｓｅｄ ａｓ ｔｈｅ ｄｉａｇｎｏｓｔｉｃ ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｐｒｅｄｉｃｔｉｎｇ ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ． Ｋｅｙ ｗｏｒｄｓ ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｃｈｒｏｎｉｃ ｌｉｖｅｒ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ ｇｅｎｅ ｅｘｐｒｅｓｓｉｏｎ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙ ａｎａｌｙｓｉｓ
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ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
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ｄｏｉ： １０． ３９６９ ／ ｊ． ｉｓｓｎ． １００１ － ５２５６． ２０１６． ０７． ０２２ 收 稿 日 期 ： 修 回 日 期 ： ２０１６ － ０２ － ２５ ； ２０１６ － ０３ － ２８ 。 基 金 项 目 ： 国 家 科 技 部 “十 二 五 ”重 大 专 项 （ ２０１３ＺＸ１０００２００４ － ００２ － 国 家 自 然 基 金 面 上 项 目 （ 院 优 秀 青 年 培 ００３ ）； ８１５７０５４７ ）； 养 计 划 （ ０６１４０５ ） １９９１ － ）， 作 者 简 介 ： 肖 春 阳 （ 男 ， 主 要 从 事 内 科 消 化 系 统 疾 病 研 究 。 通 信 作 者 ： 徐 铭 益 ， 电 子 信 箱 ： ｘｕｍｉｎｇｙｉ２０１４＠ １６３． ｃｏｍ。
． 微 肖 春 阳 ， 等 阵 列 预 测 分 析 法 筛 选 乙 型 肝 炎 肝 硬 化 发 生 的 风 险 基 因
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+- ／ 13456175
345 Æòó 6 P 7 ¹>%?%eH@ 89: ý
㊀ 婷 肖 春 阳 ，李 沁 恺 ，于 景 霞 ，刘 ，陆 伦 根 ，徐 铭 益
２０００８０ ） （上 海 交 通 大 学 附 属 第 一 人 民 医 院 消 化 科 ，上 海
摘 要 ： 目 的
方 法
结 果
结 论
关 键 词 ： 中 图 分 类 号 ：
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文 献 标 志 码 ：
文 章 编 号 ：
（ ）
Ｒｉｓｋ ｇｅｎｅｓ ｆｏｒ ｔｈｅ ｄｅｖｅｌｏｐｍｅｎｔ ｏｆ ｃｈｒｏｎｉｃ ｈｅｐａｔｉｔｉｓ Ｂ ｃｉｒｒｈｏｓｉｓ ａｓｓｅｓｓｅｄ ｂｙ ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ ａｎａｌｙｓｉｓ ｏｆ ｍｉｃｒｏａｒｒａｙｓ
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３２ 卷 ７期 ２０１６ 年 ７月 ㊀ Ｊ Ｃｌｉｎ Ｈｅｐａｔｏｌ， Ｖｏｌ． ３２ Ｎｏ． ７， Ｊｕｌ． ２０１６ 临 床 肝 胆 病 杂 志 第 第
化 进 展 的 临 床 高 危 因 素 包 括 ：ＨＢＶ 复 制 活 跃 （ＨＢＶ ＤＮＡ ＞ １０ １０ 拷 ／ ｍｌ ） ＨＢｅＡｇ 阳 贝 、 性 、 酗 酒 、 其 他 病 ［ ］ 毒 混 合 感 染 以 及 免 疫 抑 制 剂 的 使 用。然 而 ， 由 于 个 体 差 异 ， 这 些 因 素 都 不 能 作 为 预 测 是 否 会 进 展 为 肝 硬 ［ ］ 化 的 依 据。 ［ ］发 有 研 究 现 用 微 阵 列 芯 片 的 方 法 检 测 ＣＨＢ 患 者 的 肝 组 织 ， 结 果 提 示 不 同 差 异 基 因 的 表 达 与 肝 纤 维 化 的 分 期 相 关 。因 此 推 测 ， 肝 脏 基 因 图 谱 的 变 化 在 肝 硬 化 的 发 生 中 起 主 导 作 用 。本 研 究 目 的 在 于 采 用 基 因 芯 片 技 术 分 析 乙 型 肝 炎 肝 硬 化 发 生 相 关 的 基 因 表 达 图 谱 ， 从 而 在 临 床 实 践 中 用 于 预 测 乙 型 肝 炎 肝 硬 化 的 发 生 。 料 与 方 法 １㊀ 资 床 队 列 建 立 １． １㊀ 临 ㊀ 收 ２００８ 年 ４月 － ２０１０ 年 １２ 集 月 于 本 院 就 诊 的 者 ， 建 立 芯 片 筛 选 风 险 ＣＨＢ 患 ４０ 例 ５组 Ｓ０ 、 Ｓ１ 、 Ｓ２ 、 Ｓ３ 、 Ｓ４ ； ８例 基 因 队 列 （ 分 ： 每 组 ） 。入 ［ ］ 选 条 件 ：符 合 《慢 性 乙 型 肝 炎 防 治 指 南 》中 慢 性 染 诊 断 标 准 ， 既 往 有 乙 型 肝 炎 病 史 或 ＨＢＶ 感 ＨＢｓＡｇ 阳 性 史 超 过 月 ， 现 （或 ）ＨＢＶ ＤＮＡ 仍 为 ６个 ＨＢｓＡｇ 和 阳 性 ， 年 龄 ， 所 有 患 者 均 未 接 受 抗 病 毒 治 １８ ６０ 岁 疗 ， 且 有 基 线 肝 活 组 织 检 查 结 果 。排 除 标 准 ： 人 类 免 疫 缺 陷 病 毒 或 慢 性 染 ， 饮 酒 量 或 已 ＨＣＶ 感 ＞ ３０ ｇ ／ ｄ， 有 肝 癌 发 生 。乙 型 肝 炎 肝 硬 化 诊 断 标 准 ： （ 织 学 １ ）组 或 临 床 提 示 存 在 肝 硬 化 的 证 据 ， 本 研 究 采 用 肝 活 组 织 检 查 ， 纤 维 化 分 期 采 用 期 ， 其 中 诊 断 Ｓｃｈｅｕｅｒ 分 Ｓ４ 期 为 早 期 肝 硬 化 ； （ 因 学 有 明 确 的 染 证 据 。 ２ ）病 ＨＢＶ 感 ＨＣＶ 感 染 、 酒 且 排 除 其 他 常 见 病 因 引 起 的 肝 硬 化 ， 如 ［ ］ 精 等。此 研 究 由 本 院 伦 理 委 员 会 批 准 ， 所 有 受 试 对 象 均 签 署 知 情 同 意 书 。 集 患 者 临 床 资 料 包 括 ： 染 料 收 集 １． ２㊀ 资 ㊀ 收 ＨＢＶ 感 平 、 肝 功 能 以 及 病 理 分 。 时 间 、 ＨＢＶ ＤＮＡ 水 Ｓｃｈｅｕｅｒ 评 所 有 患 者 均 行 肝 活 组 织 检 查 ， 肝 组 织 切 片 进 行 ＨＥ 、 网 织 纤 维 染 色 ， 标 本 长 度 在 上 ， 有 Ｍａｓｓｏｎ 及 １． ５ ｃｍ 以 不 少 于 完 整 的 汇 管 区 。采 用 分 进 行 肝 ６个 Ｓｃｈｅｕｅｒ 评 纤 维 化 分 期 和 炎 症 分 级 。 用 一 步 抽 提 法 从 取 和 芯 片 杂 交 １． ３㊀ ＲＮＡ 提 ㊀ （ １ ）采 肝 组 织 中 抽 取 总 所 用 试 剂 为 剂 （购 自 ＲＮＡ， Ｔｒｉｚｏｌ 试 美 国 司 ） ，为 提 高 总 纯 度 ，使 用 Ｉｎｖｉｔｒｏｇｅｎ 公 ＲＮＡ 的 剂 盒 纯 化 总 用 分 光 光 ＱＩＡＧＥＮᶄｓ Ｒｎｅａｓｙ 试 ＲＮＡ。使 度 计 在 分 别 测 定 吸 光 度 值 ， 选 取 ２６０ ｎｍ 和 ２８０ ｎｍ 处 较 纯 的 ＲＮＡ 用 ２ ）从 于 芯 片 检 测 。（ 样 本 中 取 出 纯 化 ＲＮＡ， ｃＤＮＡ， 后 的 总 反 转 录 合 成 第 一 链 以 第 一 链 为 模