配对病例对照研究基因与基因交互作用样本量的确定

合集下载
  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。
中华流行病学杂志 # # $ $ E 年 K 月第 # ( 卷第 K 期 !* + , -LH , 4 6 : , 0 > L 3 > $ $ E# M 0 > ’ # (# N 0 ’ K < 5#
!& # %!来自! 基础理论与方法 !配对病例对照研究基因与基因交互作用 样本量的确定
王志萍 ! 李会庆
基因主作用与样本量与基因主作用增加时样本量减少的规律相同随基因交互作用增大交互作用的样本量明显减少研究基因主作用的样本量远低于研究基因交互作用所需要的样本量在探讨两个基因与疾病关系时按主作用参数确定样本量以研究两个基因各自对疾病的影响如果研究条件许可可按研究基因交互作用所需的样本量进行基因之间交互作用的研究不能用研究基因主作用的样本量研究基因与基因之间的交互作用否则将得出错误的结论病例对照设计适用于罕见疾病危险因素的研究疾病的发生频率变化对样本量计算影响很小该软件计算研究设计样本量是采用人群中的无关正常者作为对照根据3值的交互作用乘法模型同时假设uu等位基因型的危险度为du的前提下计算的且仅适用于两基因存在相乘交互作用的情况a3468
!! 目 前 认 为 约 () 的 疾 病 属 于 基 因 缺 陷 性 遗 传 绝大多数疾 病 的 发 生 与 基 因 的 易 感 性 有 关 " 易 病# 感基因及基因与基因之间交互作用的研究为新热点 之一 # 病例对照研究是最常被采用的研究方法之一 " 由于基因研究花费 高 # 用最小的样本获取最佳结果 是设计的重要问题 " 本文旨在提供采用匹配的病例 对照设计方法研究 基 因 与 基 因 间 交 互 作 用 # 所需要 的样本量大小 " 基本原理 符号注释 ( 设 ? 代表疾病 & !’ ; 与 + 代表两个要 研究的等位基因 # 分别有三个基因型 $ # UU# U . . .和 # 其 中 U 和 [ 分 别 为 易 感 基 因 位 点# [ [# [ A# A A%
! " !
表! ! 显性模型中易感基因不同携带率的 交互作用样本含量
组 + + D ; ; D 别 D ! # # # # % % % % E E E E ( ( ( ( ( ( ( ( ( ( # % E ( # % E ( # % E ( # % E ( # # # % % E # % E ( # % E ( # E E ( # % E ( % E ( E ( ( 易感基因携带率 I U 或I [ $’ $ ( ( $ ( !# # E ( % # ( % % # & & ( " % $ " E # ! $ $ ! ! $ O # ( & E ( O K & % " K $ & E ! ! E % O E O K ( E O E # ! E % O E ( & E & $ E O % ( ! ( $’ ! $’ ! ( $’ # $’ # ( $’ % ! $ # & !K ( $ !& " & !K % O !O ( ( ! ! ! % O " K " ! $ ! $ E & ! % $ $ ! # ( E ! $ " # ! ! O # ! E % ( ! O & " ! E # E ! % ! " ! ( $ % ! " $ $ # ( ( ( E ! ( % # & % # # % & $ E % & E K K E ! O E ( % ( E O K ! # ( & % ( % ( & ! O K O O ! $ & K & & % & K ! O ! % ! $ K & ! E " O # K $ # # E # % # # & " % % K % # ( % $ % % E % E % $ ( K E % " & E $ ! E O E & % K O O # E K " ( ! ( & ( $ O O & ! # ( " # $ " ! O # ! " ( # % # # " O # & ! # ( ( # " " % O ( ( # % % # K % E & E % ! ( O $ O ! O E $ # E ( % ( O " O ! O ! ! K O # % ! # ! E # E $ # " K % " # # ( E # E ( # O % % & $ E O & # K K # K ( % # & E # % ( K O # " ! # " & % ( O E K ! & ( % % ! " % % & E ! ( ( ( & K O ! % & ( % " ( ( $ % & O O " O $
# 群中分布 频 率 D + 分 别 为 UU_I U . _# ; I I E$ U% U# U # $ # !PI . . _$ !PI +基因的各种基因 U% U %" 同 理 # # 型在 人 群 中 分 布 频 率 D + 分 别 为[ + [_I I E$ [% [# # # [ A_# !PI A A_ $ !PI I [$ [% [ %"
摘要 " > 0 , 1 2 , 7 !! ! ! 目的 ! 采用配对病例对照研究探讨基因与基因交互作用所需的样本量 " 方 法 ! ; 回归分析原理 建 立 两 基 因 与 一 种 疾 病 相 关 性 模 型 # 以 模 拟 参 数 值 回 代 计 算 样 本 量# 计算过程以 % 基因 交 互 作 用 越 大 # 所 需 样 本 量 越 少& 基因型分布频率 D kfUN / c 软件完成 " 结果 ! $ ! () E 为% $ 相当于显性遗传模型易感基因频率等于$’ 阴性遗传模型易感基因频率等于$’ % 时# 基因 交 互 作 # $’ & $ 用 的样本量最少 ( 如两基因主作用均为 ## 基因交互作用为 # 时样本量为 K 基因交互作用为 ( 时 $ $例& 样本量为 # % 探讨基因主作用与探讨基 因 交 互 作 用 所 需 的 样 本 量 不 同 " 结 论 ! 提 供 了 可 供 $ $ 例 "$ # 查阅的两基因交互作用样本含量值 " ! 关键词 " ! 病例对照研究 &基因交互作用 &样本量 ! 0 , 4 ) / . L )* ) # . * ) , ) ’ " / 1 & *0 / / & 2 . 0 " . & ’/ " # $ . ) /& ’) ’ ) + ) ’ ). ’ " ) * 0 2 " . & ’. ’2 0 / ) + 2 & ’ " * & 4 / " # $ 3 G %!!"#$ " < : + ’ + 0 ;> & + ’ + G ) A A 9 9 ) & ( A + => 9 , A @ :# J : , H ) + I 9 E B + @ 4 + , -# ( $ $ ! ## * + , . . /" # L /? / CD /2 1# ( G ) E E 9 B ) H + & @ : ) E( 0 ;> & + ’ + H @ : . , > + 3 , , E ! " #++ 0 2 : . , > ’ 7 0 : I ; . /, L /? ) * 5 6 / " * 0 2 " 6 ) 2 " . 9 ) . : > 61 , C 68 6 3 , 8 6 : 6 2 19 0 8. 1 1 0 7 , . 2 , 0 -1 2 3 4 , 6 10 -; 6 6 @ 6 6 , 2 6 8 . 7 2 , 0 !7 !F < I ; 8 # ) " ( & $ /! F 6 > 6 7 2 , , 9 9 6 8 6 2< . 8 . : 6 2 6 8 1 $ 1 3 7 +. 1, + 6 8 , 2 . 7 6 : 0 4 6 , -7 . 1 6 @ 7 0 2 8 0 >1 2 3 4 ’: ;4 5 # # % 1 3 1 7 6 2 , A , > , 2 8 6 3 6 7 9 8 6 3 6 7 9 . > > 6 > 6 9 0 8 4 , 1 6 . 1 6 3 %0 9 6 6: . , -6 9 9 6 7 2 . 4 , 9 , > > , 2 + 6 :, 2 0 < 59 I 5 I 50 ; ; ) / # 4 " / !% / + 6: . , -< . 8 . : 6 2 6 8 1 kfUN / c1 0 9 2 B . 8 6A . 1 6 40 -7 0 4 , 2 , 0 . > > 0 , 1 2 , 78 6 8 6 1 1 , 0 -: 0 4 6 ’; !$ ; ; , 9 > 3 6 7 , + 61 . : > 61 , C 68 6 3 , 8 6 : 6 2 1B 6 8 62 + 6> 6 = 6 > 10 9, 2 6 8 . 7 2 , 0 -A 6 2 B 6 6 -; 6 6 1. 42 + 6 ;2 < I 1 3 1 7 6 2 , A , > , 2 8 6 3 6 7 ’ / + 63 : A 6 8 10 9 1 . : > 6B 6 8 6 2 + 61 . : 6A 6 2 B 6 6 -8 6 7 6 1 1 , = 6. 44 0 : , . 2B + 6 < 59 I 5 < #%F . : > 61 , C 69 0 82 6 1 2 , 9; 6 6 @ 6 6, 2 6 8 . 7 2 , 0 -B . 1 1 3 1 7 6 2 , A , > , 2 8 6 3 6 7 6 8 62 + 61 . : 6 ’$ < ;0 ; < 59 I 5B 4 , 9 9 6 8 6 2 9 8 0 :2 + . 2 9 0 8 2 6 1 2 , 9; 6 6 2 , 76 9 9 6 7 2 1 ’ < & ’ 2 4 # / . & ’ V 2B . 17 0 = 6 , 6 2 2 03 1 6 2 + 63 : A 6 8 10 9 ! ;0 1 . : > 61 , C 6 9 8 0 :2 + 68 6 1 3 > 2 1 9 0 8; 6 6 @ 6 6 , 2 6 8 . 7 2 , 0 , -7 . 1 6 @ 7 0 2 8 0 > 1 2 3 4 ’ < ; 5 ) * & & = ) & * $ / . 1 6 @ 7 0 2 8 0 > 1 2 3 4 a 6 6 @ 6 6 , 2 6 8 . 7 2 , 0 F . : > 61 , C 68 6 3 , 8 6 : 6 2 1 !* 5 ; < I %>
-& # E-
中华流行病学杂志 # $ $ $ E 年 K 月第 # ( 卷第 K 期 !* + , -LH , 4 6 : , 0 > L 3 > $ $ E$ M 0 > ’ # ($ N 0 ’ K < 5#
方法建立两种基因 ! 与疾病 ? 相 关 性 及 基 因 ; 和 +" 间交互作用的研究模型 应的条件似然值
作者单位 ( 山东大学公共卫生学院 $ 王志萍% & 山东 # ( $ $ ! # 济南 # 省医学科学院基础医学研究所 $ 李会庆 % 通讯作者 ( 李会庆 !H ( @ : . , > + 3 , , E ! " #++ 0 2 : . , > ’ 7 0 : I ;
I U 和I [ 分别表示 ; 和 + 等位基因位点上 U 和 [ 的 携带频率 " 假 定 两 基 因 位 点 不 连 锁" 根 据 T . 8 4 @ 5 ] 6 , A 6 8 ; 遗传平衡定律 # ;基因的各 种 基 因 型 在 人
$ !‘ " " " :> + !‘ :$ + !> + ! /+ / 9 # _ .+ !!0! :$ :" _! /$ / $ ‘ ‘ :$ > " " " " :> + /+ P " P " / + P + P /!9 " P0N +
# !$ #%
& 则 # 个 配 对 样本 其 相
时样本量为 % D # #& ’ 当 基 因 间 交 互 作 用 水 平 +_% ; 不同时 $ 基因 主 作 用 D 样本量相 + 取 值 越 大$ ; 和 D 应增大 ! 表! " &
定义致病基因模型 ( 当; % _U U 或+ _[ [ 时 a$ ; 或 a$ % & 当; % 或 a$ % & + _ ! _ . .或 + _A A 时 a$ + _ $ ; 当; %或 a$ % # 其极限形式 _U .或 + _[ A时 # a$ + _ 7 ; 而7 _ $ 为隐性遗传模型 # _! 为显性遗传模型 " 易 7 感基因 ;与 + 相对危险度近似值 $ 以D 3 %% + 表 ; 和D 示# $ 和D $ # 易感基因 ;与 + 交互 D 6 G 6 G < < +_ +% ;_ ;% / / 作用 $ 为相乘模型% 3 % 值以 D +表示 " ; 疾病的本底发生概率为 D3 " 样本量 的 计 算 ( 采 用 条 件> #’ 0 , 1 2 , 7回 归 分 析 ;
相关文档
最新文档