《高能计算介绍》PPT课件

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编译并行程序：
1. openmp paralleled fortran program efc -O2 -tpp2 -fpp -openmp yourprog.f -o yourprog.out
2 .mpi paralleled fortran program efc -O2 -tpp2 yourprog.f -o yourprog.out lmpi
`output1'
prog<input2>output1 \> the same using input file
named `input2'
prog<input2>output1& \> the same `in background'
control-c
\> if cursor does not return: kill task
高性能计算介绍
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什么是高性能计算?(HPC) 1.高速运算 2.大内存 3.海量存储
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常见的高性能计算的实现 1. 多CPU共享内存结构（SGI Altix 3000) 2. 集群(cluster)结构(联想计算集群） 操作系统
Unix, Linux, Windows 并行开发软件
MPI, OpenMP
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SGI Altix 3700体系结构
一 系统模块
1.C brick: 32个1.3GHz/3M Intel Itanium2 cpu 2. M brick: 32G内存 3. R brick：路由 4. IX brick：输入/输出 5. D brick: 硬盘扩展（连接1T盘阵）
already?) \> file3 is renamed file4 \> discards file1. Clean up from time
to time. \> creates new directory with name
dir1 \> moves file2 to directory dir1 \> does precisely the same
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二 体系结构：
NUMAflex全局共享内存的结构 所有内存统一编址, 全局共享 本地与远端内存的存取速度不同
优点： 均衡的、可扩充的性能 低延迟的内存访问 适于HPC的优化的操作环境 容易配置
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操作系统
系统软件：64位Linux Advanced Server + SGI HPC ProPack 编译器：Intel C, C++, Fortran , Math Kernel Library
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MPI 并行
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OpenMP 并行
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并行计算
SGI HPC 并行开发软件包：
SGI® MPT™ (Message Passing Toolkit) 优化的MPI 和SHMEM 并行编程库 MPT 在多个分区系统的性能和在SSI上一样， 在跨节点 时无性能损失
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编译普通程序： 1.how to compile a fortran program?
efc -OБайду номын сангаас –tpp2 yourprog.f -o yourprog.out 2. how to compile a C program?
ecc -O2 -tpp2 yourprog.c -o yourprog.out
3. openmp paralleled C program ecc -O2 -tpp2 -openmp yourprog.c -o yourporg.out
利用ssh-client软件的sftp功能 在Linux系统下直接使用sftp 命令
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Linux 基本命令：
whoami ls ls -l ls -l |more
cp file1 file2
mv file3 file4 rm file1
mkdir dir1
mv file2 dir1/file2 mv file2 dir1/
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用户使用初步
一: 用户登录： 在windows操作系统下： 1. 安装xmanager等软件模拟xwindows图形 化界面 2. 利用ssh-client软件远程登录 在Linux系统下直接使用ssh 命令登录
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二：上传下载文件： 在windows操作系统下：
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\> lists your login name \> lists filenames in working directory \> same list with additional information \> if list too long; page down with
space bar \> copies file1 to file2 (NB: exists
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cd dir1
\> change working directory to dir1
cd ..
\> go back (one branch down the tree)
rmdir dir1 \> discard dir1 (works only when empty)
pwd
\> lists path to working directory
ps -ef
\> list of activities of computer
ps -ef | more \> if list is too long
efc -O2 prog.f -o prog \> see file 'Howto.txt' for details
prog>output1
\> run program prog; output in file
SGI® NUMA工具集: 包含指定cpu、内存的管理工具： cpuset, memset, dplace SGI® 集群软件(Array Services) 定义和管理集群的配置, 管理运行在集群上的作业集 SGI® Performance Co-Pilot : 图形化的性能监测工具 SGI® FFIO : 对特定I/O 传输的控制 SGI® 科学函数库SCSL