细菌分类鉴定PPT.

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❖ 现代的数值分类学必须借助于电子计算机,因此又称电子计 算机分类学。
❖ 在工作开始时,必须先准备好一批待研究菌株和有关典型菌 种的菌株,它们被称作OTU(操作分类单位,operational taxonomic units)。要用50个以上甚至几百个特征进行比 较,且所用特征越多,其结果也就越精确。在比较不同菌株 时,都要采用相同的可比特征,包括形态的、生理的、生化 的、遗传的、生态的和免疫的特征等。
如果是节假日,必须要说节假日好。
为用放线菌的形态特征和化学组分相结合的方法划分属提供了科学的依据。
2.全细胞水解液的糖型
现以放线菌为例,其糖型可分四类:
3.磷酸类脂成分的分析
位于细菌、放线菌的细胞膜上的磷酸类脂成分, 在不同属中有所不同,故可用于鉴别放线菌属的 重要指标之一。
4.枝菌酸的分析
❖ 枝菌酸存在于诺卡氏菌属、分枝杆菌属和棒杆菌 属3属称作“诺卡氏菌形放线菌”中,它们在形态、 结构和细胞壁上难以区分,但它们所含的枝菌酸 却差别明显,分别含有80、50、30个碳原子,可 对它们分属。
(二)细胞化学成分用作鉴定指标
化学分类法
微生物分类中,根据微生物细胞的特征性化学组 分对微生物进行分类的方法称化学分类法 (chemotaxonomy) 。
在近二十多年中,采用化学和物理技术来研究细 菌细胞的化学组成,已获得很有价值的分类和鉴 定资料。
细菌的化学组分分析及其在分类水平上的应用
细胞成份
原理
测定序列的相似性: <20% 不同属 20~60% 同一个属 60~85% 同一个种 >85% 同一个株
菌落原位杂交
特异性的探针主要用于 病原微生物的快速鉴定
3.rRNA寡核苷酸序列分析
❖ 16SrRNA普遍存在于原核生物和真核生物细胞中, 故可用以比较它们在进化上的相互联系。rRNA被 称作细胞中的“活化石”。
能同时测定20项以上生化指标
组别 1 2 3 4 5
试验项目
硫化氢 苯丙氨酸 葡萄酸盐 靛基质 甲基红 枸橼酸盐 尿素 动力 产气 赖氨酸 鸟氨酸 棉子糖 山梨醇 侧金花醇 木胶糖
代码
4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1 4 2 1
结果
+ + + + + + + + + + -
结果代码
0 0 1 0 2 1 4 2 1 4 2 0 4 2 0
分担工作 3、师介绍病因病理:蛇毒的主要成分是神经毒(风毒)、血循毒(火毒)和酶。蛇毒在体内的过程和中医对蛇毒体内传变过程的认识 见课本。
第八个,客户购车的洽谈内容是否被记录在案; (1)出去野炊千万不要单人行动,这样会十分危险。 今天的销售是以客户为中心的顾问式销售,是在市场竞争非常激烈的情况下进行的,所以我们不能再像以前那样采取“黄瓜敲锣—一锤 子买卖”的做法,而要给客户提供一款适合他的需要的车型,因此我们要了解客户的购买动机,对他的需求进行分析。 第五课时 地震后的自救自护 学生发言讨论。 2、学习了交通法规和各种交通信号、标志后,检查自己,并写一条警示句。 三、活动小结: 1.了解来店客户的心理状态及其应对方法(下)
数值分类的基本步骤为:
1、计算两菌株间的相关系数 2、列出相似度矩阵 3、将矩阵图转换成树状谱
微生物的微型、简便、快速或自动化鉴定技术
1、API细菌数值鉴定系统
2、“Enterotube”系统 3、“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统
1、API细菌数值鉴定系统
该系统通过数学的编码技术将细菌的生化反应模式转换成 数学模式,给每种细菌的反应模式赋予一组数码,建立数 据库或编成检索本。通过对未知菌进行有关生化试验并将 生化反应结果转换成数字(编码),查阅检索本或数据库, 得到细菌名称
核酸分子杂交-----固相、液相
Southern blot, Northern blot,Western blot
a)DNA-DNA杂交;
(亲缘关系相对近的微生物之间的亲缘关系比较)
b)DNA-rRNA杂交;
(亲缘关系相对远的微生物之间的亲缘关系比较)
c)核酸探针;
(利用特异性的探针,用于细菌等的快速鉴定)
双歧法检索表例样 A. 能在 60℃以上生长
B. 细胞大,宽度 1.3~1.8mm ……1. 热微菌属 ( Thermomicrobium )
BB. 细胞小,宽度 0.4~0.8mm
C. 能以葡萄糖为碳源生长
D. 能在 pH4.5 生长 ……… 2. 热酸菌属 ( Acidothermus )
DD. 不能在 pH4.5 生长 …… 3. 栖热菌属 ( Thermus )
分析内容
在分类水平上的作用
细胞壁 膜
肽聚糖结构 多糖 胞壁酸 脂肪酸
种和属 种和属
蛋白质
极性类脂 霉菌酸 类异戊二烯苯醌 氨基酸序列分析 血清学比较 电泳图 酶谱
属和属以上单位
代谢产物
脂肪酸
种和属
全细胞成分分析 热解—气液色谱分析 种和亚种
热解 — 质谱分析
1.细胞壁的化学组分
利用细胞壁组分进行细菌化学分类工作。
总值 1 3 7 6 6
2、“Enterotube”系统
3、“Biolog”全自动和手动细菌鉴定系统 使用96孔板。
Section 7 微生物资源的利用
一、什么是微生物资源? 1992 年联合国环境发展大会通过了《生物多样性公约》
(Convention on Biological Diversity),公约指出: “生物资源是指对人类具有实际或潜在用途或价值的遗传 资源、生物体或其部分、生物群体或生态系统中任何其他 生物组成部分。”“最好在遗传资源原产国建立和维持产 地保护及研究植物、动物和微生物的设施”。 所以,我 们研究微生物多样性与研究动、植物多样性同样重要,无 论是维持生态系统的平衡,还是提供对人类具有实际或潜 在用途或价值的资源,动物、植物、微生物都有其不可替 换的作用,即独特之处,作为资源,它们都有自身的特点。
Koch's postulates
In 1905 Koch won the Nobel Prize for Physiology or Medicine "For his investigation and discoveries in relation to tuberculosis".
微生物鉴定的方法
2)GC%测定主要用于对表型特征难区分的微生物 作出鉴定,并可检验表型特征分类的合理性, 从分子水平上判断物种的亲缘关系。 测定方法: Tm法: G+C mol%=(Tm-53.9)×2.44
3)使用原则:
G+C含量只能说明其DNA的含量,不说明顺序,故 主要用于微生物分类鉴定中的否定
每一种生物都有一定的碱基组成,亲缘关系近的生物,它们应该具有相 似的G+C含量,若不同生物之间G+C含量差别大表明它们关系远。但具 有相似G+C含量的生物并不一定表明它们之间具有近的亲缘关系。
Section 6 Identification of Bacteria
Robert Koch is one of the two founders of modern bacteriology.
Born on 11 December 1843, in Germany, Koch was one of thirteen children. His father was a mining official. He grew up to be an avid chess player, an admirer of Johann Goethe and above all a brilliant scientific investigator. He obtained a medical degree from the University of Gottingen, in 1866, after studying firstly natural science and then medicine.
例如: 微球菌 G+C 70%, 葡萄球菌 35%----不同
又如: 假单胞菌 58~70%,然而有8~9种为35%, 分类手册第8 版中增加一个属:Artiromana(另单胞菌 )
同一个种内的不同菌株G+C含量差别应在4~5%以下; 同属不同种的差别在5~15%;15%以上---不同属.
G+C含量已经作为建立新的微生物分类单元的一项 基本特征,它对于种、属甚至科的分类鉴定有重要意义。
常规鉴定工作步骤:
1、获得该微生物的纯种培养物; 2、测定一系列必要的鉴定指标; 3、查找权威性的鉴定手册。
一、微生物鉴定中的经典方法
指长期以来在微生物常规鉴定中普遍采用的一些形态、 生理、生化、生态、生活史、血清学反应等指标。
经典分类鉴定法----条目分类法
一百多年来进行微生物分类的传统方法。其特点是人为地 选择几种形态生理生化特征进行分类,并在分类中将表型 特征分为主、次。一般在科以上分类单位以形态特征、科 以下分类单位以形态结合生理生化特征加以区分。最后, 采用双歧法整理实验结果,排列一个个的分类单元,形成 双歧检索表
DNA碱基因组成是各种生物一个稳定的特征,即使个 别基因突变,碱基组成也不会发生明显变化。
分类学上,用G+C占全部碱基的克分子百分数 (G+Cmol%)来表示各类生物的DNA碱基因组成特征。
1)每个生物种都有特定的GC%范围,因此后者可以
作为分类鉴定的指标。细菌的GC%范围为25--75%,
变化范围最大,因此更适合于细菌的分类鉴定。
G+C含量的比较主要用于分类鉴定中的否定
2. 核酸的分子杂交
不同生物DNA碱基排列顺序的异同直接反映生物之间 亲缘关系的远近,碱基排列顺序差异越小,它们之间 的亲缘关系就越近,反之亦然。
直接分析比较DNA的碱基排列顺序 ------由于技术上的困难目前尚难以普遍地进行;
核酸分子杂交(hybridization)间接比较不同微生物DNA 碱基排列顺序的相似性
CC. 不能以葡萄糖为唯一碳源 …… 4. 栖热嗜油菌属
AA. 不能在 60m )
二、微生物鉴定中的现代方法 (一)通过核酸分析鉴定微生物 (二)细胞化学成分用作鉴定指标 (三)数值分类法(统计分类法)
(一)通过核酸分析鉴定微生物
1. DNA的碱基组成(G+Cmol%)
今天我们要讲的汽车销售流程及其应用就是要解决这个问题,希望大家以后能够更多地注重和考虑关于客户回头率的问题。 请学生讨论后说说。 小提示8:编写岗位描述时,切勿淡化工作中的困难。 什么时候用三孔的插座呢?(洗衣机、电冰箱、电饭锅用三孔插座) 生:水分太大了。 确定开发客户的优先等级 (1)不能用医用胶布(白色)包电线。因为这种胶布绝缘性能差,容易漏电。包电线必须用黑色绝缘胶布 三个原则 客户希望什么 (1) 野炊时必须有安全火防措施. 做销售也要会大浪淘沙,通过需求分析来了解他的购买动机是真的还是假的。多方面的信息证明他是假的,你就不要在他身上花那么 多的时间。
不同的微生物往往有自己不同的重点鉴定指标。 1、细胞的形态和习性水平
观察细胞的形态特征、运动性、酶反应、营养要求和生长条件等。 2、细胞组分水平
细胞组成成分例如细胞壁成分,细胞氨基酸库,脂类,醌类,光合色素 等的分析。 3、蛋白质水平 氨基酸序列分析、凝胶电泳和各种免疫标记技术。 4、核酸水平 核酸分子杂交,G+Cmol%值的测定,遗传信息的转化和转导,16S或 18S rRNA寡核苷酸序列分析,重要基因序列分析和全基因组测序等。
5.醌类的分析
❖ 在细菌和放线菌中所含有甲基萘醌(VK)和泛醌 (辅酶Q)。在放线菌分类鉴定上有重要价值。
6.气相色谱技术用于微生物鉴定
❖ 气相色谱技术可分析微生物细胞组分和 代谢产物中的脂肪酸和醇类等成分, 对厌氧菌的鉴定十分有用。
(三)数值分类法(统计分类法)
❖ 是一种依据数值分析的原理、借助现代计算机技术对拟分类 的微生物对象按大量表型性状的相似程度进行统计、归类的 方法。
❖ 过分析原核或真核细胞中的rRNA寡核苷酸序列同 源性程度,以确定不同生物间的亲缘关系和进化 谱系的方法。
16sRNA基因序列同源性在97%以上的菌株为同一个种。
4、微生物全基因组序列的测定
2010-3-8
随着微生物基因信息,特别是全基因组完全测序 的不断增加,我们可以通过各种计算机软件对不 同物种的遗传信息进行直接比较,从而分析不同 微生物间的亲缘关系。
若二个在形态及生理生化特性方面及其相似的 菌株,如果其G+C含量的差别大于5%,则肯定 不是同一个种,大于15%则肯定不是同一个属。
在疑难菌株鉴定、新种命名、建立一个新的 分类单位时,G+C含量是一项重要的,必不
可少的鉴定指标。
其分类学意义主要是作为建立新分类 单元的一项基本特征和把那些G+C含 量差别大的种类排除出某一分类单元。
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