人类线粒体DNA多态区荧光标记序列分析的研究及其在法庭科学中的应用
法医DNA分析技术
第十六章法医DNA分析技术第一节概论1985年英国遗传学家Alec Jeffreys建立了DNA指纹技术,并成功的应用于一起移民案涉及的亲子鉴定,开辟了法医物证DNA分析的新纪元,实现了法医物证鉴定从否定、排除到认定的飞跃。
法医DNA技术在短短的十几年里得到了飞速的发展和广泛的应用。
特别是在2000年全国公安系统开展打击拐卖妇女儿童专项斗争中,应用DNA分析技术进行了大量的亲子鉴定。
辨明了被拐儿童的身份,使他们回到了亲生父母的身边和亲人团聚,从而使广大公安政法人员及人民群众认识到法医DNA分析技术的重要作用。
一,法医DNA分析研究的内容。
法医DNA分析是应用现代DNA分析技术,分析DNA遗传标记在群体中的分布与传递规律。
确定分析样品的一致性与遗传关系,为侦察破案和司法审判提供证据的一门科学技术。
他涉及遗传学,分子遗传学,群体遗传学,生物化学,分子生物学和计算机学等多门学科的交叉和综合应用。
脱氧核糖核酸简称DNA(deoxyribonucpeic acid )是存在于细胞中的遗传物质。
它包含了机体发育和功能所必需的全部信息。
除同卵双生外,每个人的DNA碱基(A、T、C、G)序列均不相同,是独一无二的。
这些DNA序列上的差异有的在个人特征如眼睛、发色、肤色等表现出来,更多的是不表现在个人的生理外观特征上,必需用实验室特殊技术才能测定出来。
法医DNA分析就是应用特殊的实验技术研究个体间的DNA差异及其遗传规律,而服务于侦察破案和司法审判。
(自1985年DNA指纹诞生以来,经过十几年的发展,法医DNA分析已建立了DNA指纹技术,PCR扩增片段长度多态性分析技术和线粒体DNA测序等三大主要技术,并在此基础上发展了一些新的技术方法如MVR——PCR、PCR——SSOP、SSP——PCR等共同形成了法医DNA分析技术。
二,法医DNA分析的对象法医DNA分析的案件中主要涉及人体各种体液斑、组织、毛发及表皮脱落细胞等。
线粒体基因序列定位 -回复
线粒体基因序列定位-回复线粒体基因序列定位是一种重要的生物学技术,可用于确定线粒体DNA 的序列和位置。
本文将一步一步回答关于线粒体基因序列定位的问题,以解释这种技术的原理和应用。
第一步:什么是线粒体基因?线粒体是动植物细胞内的一个细胞器,具有自身的遗传物质——线粒体DNA(mtDNA)。
线粒体基因是指位于线粒体DNA上的基因,它们携带着编码蛋白质的遗传信息,参与线粒体的功能和维持细胞的生理活动。
第二步:为什么要进行线粒体基因序列定位?线粒体基因序列定位在许多领域具有广泛的应用。
首先,它可以帮助研究人员了解线粒体的起源、进化和多样性。
此外,根据线粒体基因可以推断人类家族关系和基因演化,帮助研究家族遗传病和罕见病的发生机制。
此外,线粒体基因序列定位还可以用于犯罪和遗传学研究,例如识别嫌疑人或分析物种间的亲缘关系。
第三步:如何进行线粒体基因序列定位?线粒体基因序列定位的一种常用方法是通过PCR扩增和测序技术进行。
首先,从样本中提取线粒体DNA。
然后,使用引物扩增特定的线粒体基因区域,使其在PCR反应中大量复制。
扩增产物经纯化后,可以通过DNA测序技术获得基因的具体核苷酸序列。
第四步:如何分析和解读线粒体基因序列?分析线粒体基因序列的首要任务是对测序数据进行基因识别和注释。
这可以通过与已知线粒体基因参考序列进行比对来实现。
在比对的基础上,可以标注基因的外显子、内含子和启动子等功能区域,并确定核苷酸变异和突变。
此外,还可以使用生物信息学工具预测基因表达和功能。
第五步:线粒体基因序列定位的应用领域有哪些?线粒体基因序列定位在医学、生物学和犯罪学等领域有广泛的应用。
在医学领域,它可以用于检测遗传病的相关突变、易感基因的筛查以及个体疾病风险的评估。
在生物学研究中,它可以用于研究物种的起源和进化关系,分析基因与表型的相关性。
在犯罪学领域,它可以用于研究物种识别与亲缘关系的鉴定。
第六步:线粒体基因序列定位的前景和挑战是什么?随着高通量测序技术的快速发展,线粒体基因序列定位将被广泛应用于各个领域。
线粒体DNA在物种鉴定中的应用
线粒体DNA在物种鉴定中的应用随着科技的不断发展,分子生物学研究方法渐渐应用于物种鉴定领域。
线粒体DNA作为一种独特的遗传物质,被广泛用于物种鉴定和进化研究中。
本文将探讨线粒体DNA在物种鉴定中的应用,并介绍其优点和局限性。
一、线粒体DNA在物种鉴定中的原理线粒体DNA是细胞内的一种特殊DNA,具有相对较短的长度、高度保守的序列和多拷贝性等特点。
在物种鉴定中,常采用线粒体细胞色素b基因(cytochrome b gene)或线粒体16S rRNA基因(mitochondrial 16S ribosomal RNA gene)的序列进行分析。
通过测定样本中这些基因的序列,可以比较它们与已知物种的基因序列的相似性,从而判断该样本属于哪个物种。
线粒体DNA的高度保守性保证了不同物种在这些基因序列上有较大的差异,使得物种鉴定更加准确可靠。
二、线粒体DNA在物种鉴定中的优点1. 高度保守性:线粒体DNA序列在物种间具有较高的保守性,使得不同物种之间的差异明显,从而有助于物种的区分和鉴定。
2. 多拷贝性:每个细胞中含有多个线粒体,因此线粒体DNA存在于大量拷贝中,提高了物种鉴定的灵敏度。
3. 高变异率:线粒体DNA虽然在物种间的保守性较高,但在物种内部存在着一定的变异,这为进一步研究不同个体之间的亲缘关系提供了可能。
4. 建立数据库方便:由于线粒体DNA序列具有较高的保守性,可以便于建立线粒体DNA数据库,并用于物种鉴定和进化研究。
三、线粒体DNA在物种鉴定中的局限性1. 物种特异性:由于线粒体DNA只能反映母系遗传信息,因此在某些物种中,由于雄性和雌性个体使用不同的线粒体DNA,导致物种鉴定不准确。
2. 样本存放要求严格:线粒体DNA对样本的获取和保存要求较高,容易受到环境中DNA降解和污染的影响,这会对实验结果产生一定的影响。
3. 背景噪音:由于线粒体DNA在物种内存在一定的变异,可能会出现线粒体序列相似度较高的物种,导致物种鉴定结果不准确。
DNA重复序列研究及其在遗传学中的应用
DNA重复序列研究及其在遗传学中的应用DNA重复序列是指在基因组中包含有多个重复的DNA序列,这些序列一般会在分子水平上发生变异,从而影响基因表达和功能。
近年来,随着生物技术的飞速发展和高通量测序技术的广泛应用,对DNA重复序列的研究逐渐成为遗传学、生物学和医学等领域的热门话题。
本文将从DNA重复序列的定义、特点和分类入手,介绍其在遗传学中的应用。
DNA重复序列的定义和特点DNA重复序列是指功能或结构相似的短DNA序列在基因组中以重复的形式存在,它们通常成为基因组中比较稳定的而且数量巨大的成分。
DNA重复序列具有以下几个特点:1.重复性:DNA重复序列是指基因组中包含有两个或多个相同或相似的DNA序列。
2.长度短:DNA重复序列一般长度在几到几百个碱基对之间。
3.广泛分布:DNA重复序列广泛分布于生物基因组中,包括核酸和线粒体DNA。
4.数量巨大:DNA重复序列是基因组中最大的成分之一,占据整个基因组的60%~80%。
DNA重复序列的分类按照DNA重复序列在基因组中的位置、长度、复制机制和功能等方面的不同,DNA重复序列可分为以下几类:1.短串联重复序列(Satellite DNA):短串联重复序列是指长度在几十个到几千个碱基对之间的DNA序列,这些序列在基因组中以串联的形式存在,成为satelliteDNA。
这类DNA序列在染色体的各个区域都有所分布,通常是形成染色体的二级构造。
2.长串联重复序列(Tandem Repeats):长串联重复序列是指长度超过一千个碱基对的DNA序列,在基因组中以串联的形式存在。
这类DNA序列通常位于染色体的中央,与激活子、基因起始区和端粒等各种结构有关。
3.转座子(Transposable Elements):转座子是一类大小不等、形态各异的DNA序列,在基因组中能够跨越到不同的位置,同时还具有自身重复的特性。
可以被单独或串联的插入、剪切或复制到基因组的不同位置,影响基因组结构和环境。
线粒体d-loop基因
线粒体d-loop基因线粒体d-loop基因是线粒体DNA的一个重要区域,也被称为控制区。
它在线粒体DNA复制和转录中起着重要的调控作用。
本文将从d-loop基因的结构、功能及其在疾病中的作用等方面进行详细介绍。
一、d-loop基因的结构线粒体d-loop基因位于线粒体DNA的非编码区域,长度约为1kb 左右。
它由两个主要区域组成:重复区域和保守区域。
重复区域是指在d-loop基因中存在重复序列的区域,其中包括了一些重要的启动子和转录因子结合位点。
保守区域是指在不同物种中高度保守的序列区域,其中包含了一些重要的结构域和调控元件。
二、d-loop基因的功能1. 调控线粒体DNA复制:d-loop基因中的启动子和转录因子结合位点可以调控线粒体DNA复制的起始和速率。
这些序列位点的变异或突变可能会导致线粒体DNA复制的异常,进而影响线粒体功能。
2. 调控线粒体DNA转录和基因表达:d-loop基因中存在一些转录因子结合位点,这些转录因子能够调控线粒体DNA的转录和基因表达。
通过与转录因子的结合,d-loop基因可以调控线粒体中多个基因的表达水平,从而影响线粒体功能。
3. 维持线粒体DNA的稳定性:d-loop基因中的保守区域含有一些重要的结构域,如D-loop结构和三重鞘结构等。
这些结构域可以维持线粒体DNA的稳定性,防止其受到外界环境的损伤。
三、d-loop基因在疾病中的作用1. 线粒体疾病:d-loop基因的突变或变异与一些线粒体疾病的发生和发展密切相关。
例如,d-loop基因中的某些突变可能导致线粒体DNA复制异常,进而导致线粒体功能受损,引发线粒体疾病。
2. 肿瘤:d-loop基因的突变也与某些肿瘤的发生和发展相关。
一些研究发现,d-loop基因中的某些突变可能导致线粒体功能异常,进而影响细胞的正常生长和分裂,最终导致肿瘤的发生。
3. 衰老:d-loop基因的变异或突变也与人体衰老过程有关。
一些研究表明,d-loop基因的突变可能影响线粒体DNA复制和修复的能力,加速细胞衰老的进程。
动物进化学研究中分子标记的应用与进展
动物进化学研究中分子标记的应用与进展动物进化学研究是生物学领域的重要研究方向之一,其主要目的是揭示动物多样性及其变化的原因,了解物种形成及种群演化机制,以及预测未来生物多样性的变化趋势。
在这个过程中,分子标记作为一种重要的工具,已经被广泛应用于动物进化学研究之中,并取得了一系列的研究进展。
一、DNA序列标记DNA序列标记是目前研究进化学中最常用的标记方式之一,它涉及的研究领域非常广泛,包括物种鉴定、系统学分析、种群遗传学、分子进化等方面。
目前,其中最为常用的两种标记方式是线粒体DNA序列和核DNA序列。
线粒体DNA(mitochondrial DNA, mtDNA)对于物种间的遗传分化非常敏感,因此在分子系统学研究中有着极为广泛的应用。
同时,线粒体DNA作为单个染色体,它的遗传变异速率比较高,可以反映出相对较近的遗传分化事件,从而有助于揭示高等生物的演化和系统分类。
与之相比,核DNA序列变异率相对较低,因此在通过DNA序列标记进行系统学研究时通常需要对多个核基因进行多序列分析,这在判断相对较远的遗传分化和物种起源方面有比较大的帮助。
二、微卫星标记微卫星标记(Simple Sequence Repeats, SSR)也是目前研究物种种群遗传学的重要手段之一。
它是指一种重复序列,由一到六个碱基单元组成,序列长度通常为10-20个核苷酸,其中包括单倍型和多倍型两种类型。
它由于具有多态性、共显性和纯性等特点,因而被广泛应用在遗传关系的分析、种群结构和遗传多样性的研究。
同时,它不仅可以用来研究野生动物的遗传多样性,还可以用作家畜和植物资源的遗传多样性研究。
三、SNP标记单核苷酸多态性(Single Nucleotide Polymorphisms, SNP)是指DNA多态性的最基本形式,是精细而常见的DNA多态性。
它是指在基因组内一个碱基发生变异后在种群中的频率超过1%,表现为不同的等位基因可以在多个总基因组的不同位置失配。
DNA分子标记技术及其在法医学中的应用
2 4 全 基 因 组 扩 增 ( A) . WG :以 P R 技 术 为 基 础 的 荧 光 标 C 记 S R分 型技 术 在 触 及 模 板 DN 的 量 极 少 时 ,P R 扩 增 T A C
建医药杂志 21 年 6 02 月第 3 卷第 3 4 期
FjnMe JJn 0 2V 1 4N . ua d , e 1 ,o. , o3 i u 2 3
DNA 分 子 标 记 技 术 及 其 在 法 医 学 中 的 应 用
福 建 正 德 信 司法 鉴 定 所 ( 州 3 0 0 ) 陈 吉 娜 福 5 0 1
2 1 常 染 色 体 分 析 :随 着 复 合 荧 光 标 记 技 术 以及 自动 分 型 . 仪 器 的使 用 ,使 得 工 作 者 能 从 少 量 的 DN 检 材 中 获 得 遗 传 A 信 息 ,S R P R分 析 已 经 成 为 法 医 DN 检 验 中 的 主 要 技 T C A
行 时 间 质 谱 分 析 了 来 自不 同 种 族 的 1 个 Y—T 基 因 座 ,结 6 SR
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晶 晶 等 过 中 国 华 东 地 区 汉 族 人 群 20个 无 关 个 体 的 调 。通 0
查 建立 遗传 学 资 料 ,筛 选 出 了 4 8个 位 点 分 型 结 果 稳 定 、重 复性 好 的 X S P位 点 。 —N 2 3 线 粒 体 D A 分 析 :人 类 线 粒 体 D . N NA ( D mt NA)是 分
细胞生物学中的线粒体研究
细胞生物学中的线粒体研究线粒体是细胞内的一个小器官,它是细胞内能量代谢的关键组成部分。
线粒体具有双层膜结构,里面充满着液体和许多酶。
线粒体内的细胞色素系统可以进行呼吸作用,为细胞提供能量。
线粒体还参与了细胞凋亡、光合作用等众多生物过程,因此,对线粒体的研究有着重要意义。
本篇文章将以细胞生物学的角度,介绍线粒体的研究进展和未来的发展方向。
一、线粒体的结构和功能线粒体是一个独立的细胞器,其结构包含外膜、内膜、内膜间隙、基质等。
线粒体最主要的功能是通过氧化磷酸化作用,释放出大量能量。
线粒体内的细胞呼吸系统包含了三个关键的酶系统,即线粒体内三个解离酶(葡萄糖酸脱氢酶、丙酮酸脱氢酶、脂肪酸融合酶)。
此外,线粒体还参与了细胞的许多重要生物过程,包括细胞凋亡、钙离子平衡、脂质代谢、转运和合成、铁代谢、热量调节和细胞信号传导等。
线粒体功能异常可能导致多种疾病,如心肌病、糖尿病、肝炎、失聪、失明等。
二、线粒体的DNA线粒体中含有一个独立的环状DNA分子(mtDNA),经过研究发现,线粒体的DNA受多种因素的影响而发生突变,包括环境和遗传因素。
线粒体DNA的突变可能与多种疾病和衰老过程有关。
三、线粒体的动态变化、融合和分裂除了结构和基本功能外,线粒体还具有非常重要的动态变化和融合分裂功能。
近年来的研究证明,线粒体可以通过分裂和融合来解决一些细胞内的生物过程,例如细胞凋亡,面对不同的压力和能量代谢等。
在线粒体的分裂和融合过程中,多种蛋白质、酶和信号分子发挥重要作用。
其中,线粒体外层膜的粘附蛋白和促进酶分解线粒体内膜的双层膜融合蛋白是线粒体融合的重要因素;而线粒体分裂和向外移动的蛋白Dynamin也是重要的调节器。
线粒体的动态变化和功能在细胞生物学中有着重要的地位。
四、线粒体与疾病线粒体的异常与人类众多疾病密切相关。
在一些研究中,线粒体的蛋白质水平和突变被发现与疾病的发生、发展和治疗的效果有关,例如糖尿病、心肌病、帕金森氏病等。
人类线粒体DNA多态性检测及其在群体遗传学中的应用
2 人 类 mt NA 的 多 态 性 及 其 检 测 方 法 D
2 1 人 类 mt A 的 多态 性 . DN
人 类各群体及 个体间的差异 ,
本质上是 D NA 水 平 上 的 差 异 造 成 的 。 这 些 差 异 大 多 数 是 由
于 不 编 码 蛋 白质 的 区域 和 没 有 重 要 调 节 功 能 的 区 域 发 生 了 中 立 突 变 造 成 的 , 些 中立 突 变 构 成 的 D 这 NA 变 异 称 为 D NA 多 态 性 。 在人 类进 化 的 历 史长 河 中 , 类 基 因 组 以一 定 的 速 率 人
法庭科学领域中的个体识别与NGS
通常仅检测控制区 甚至只检测高变区
STR~34个、SNP~50个
一个人
NGS
常染色体
Y染色体 X染色体
可联合检测
检测线粒体全基因组
STR:60+、SNP:500+,可以更多
多个人
扩增子片段
70 bp 200 bp 400bp
长度范围70~400 bp, 相同荧光色的片段不 可重叠ຫໍສະໝຸດ 70 bp200 bp
ABI 3100
NGS数据
mtDNA DQA1 & PM
1995
毛细管电泳技术
A-STR
RFLP
复合扩增技术
1990
斑点杂交技术
1985
PCR 技术
平板胶电泳技术
平板胶电泳数据
毛细管电泳数据
二
法庭科学DNA技术的应用现状
常用遗传标记及其作用
A-STR
同一认定 亲子鉴定
现场物证
犯罪嫌疑人
数据库建设
较好的骨骼、牙齿等。
CE-STR技术可解决案件的比例
通过CE-STR技 术未能解决的 案例约占30%
通过CE-STR技 术可解决约70%
的案例
一、CE-STR技术检测能力有限
二、犯罪分子反侦查意识增强: 破坏、留下更少的生物检材
面对智能犯罪的不断增多 DNA检测技术能否做得更好、更丰富、更具指导意义……
法庭科学领域中的个体 识别与NGS
辽宁省刑事科学技术研究所 姜先华
一
法庭科学DNA技术的发展史
法医物证-个体识别
古代法医学
宋慈(公元1186年-公元1249年)法医学 鼻祖,南宋福建建阳人,其所著《洗冤集录》是世界最 早的一部完整的法医学专著。(滴血验亲)
线粒体全基因组测序在法医学中的应用
Whole Genome Sequencing of Mitochondria and Its Application in Forensic Science
作者: 姚岚[1,2] 李万水[1] 胡兰[1] 徐珍[1]
作者机构: [1]公安部物证鉴定中心法医遗传学公安部重点实验室,北京100038 [2]重庆医
科大学,重庆400016
出版物刊名: 刑事技术
页码: 368-372页
年卷期: 2015年 第5期
主题词: 法医遗传学 线粒体DNA 二代测序
摘要:线粒体DNA检测是法医DNA检验的重要手段之一。
随着分子生物学和计算机技术的发展,二代测序技术的出现,使得线粒体DNA检测从传统的部分测序进入到全基因组测序时代。
相对于部分测序,线粒体全基因组测序能够提供更全面的序列信息,提高线粒体DNA检测的识别率;同时也能够通过对全基因组信息的深入分析,获得样本来源信息。
本文介绍了经典以及新出现的线粒体DNA测序策略,简述了各种测序策略的优缺点,在此基础上重点介绍了线粒体全基因组
测序在法医遗传学、线粒体相关疾病、衰老机制等方面的研究和应用,最后探讨了线粒体全基因
组序列分析在法医遗传学实践中应用的可能性以及可能面临的一些问题。
线粒体DNA在遗传研究中的作用
线粒体DNA在遗传研究中的作用遗传研究一直是生物科学中的重要研究领域之一。
线粒体DNA (mtDNA)作为细胞中的一种独立基因组,具有一些独特的特性和功能,在遗传研究中发挥着重要的作用。
本文将探讨线粒体DNA在遗传研究中的作用,并分析其对人类疾病研究、进化研究以及法医学领域的影响。
一、线粒体DNA在人类疾病研究中的作用线粒体DNA在人类疾病的遗传研究中具有独特的价值。
正常情况下,线粒体DNA主要由母亲遗传给子代,所以可以追踪族群的遗传变异。
研究表明,线粒体DNA突变与一些遗传性疾病的发生和发展密切相关。
例如,韦恩博物馆综合医学研究所的研究团队发现,在线粒体DNA的ATP6基因上发生的突变与Leber遗传性视神经病变相关。
通过检测患者的线粒体DNA序列,可以发现这些突变,进而对其进行早期诊断和治疗。
此外,线粒体DNA的不稳定性也与其他神经系统疾病如帕金森病、阿尔茨海默病等的发生相关。
二、线粒体DNA在进化研究中的作用线粒体DNA在进化研究中具有重要的地位。
由于线粒体DNA具有高度保守性和不同个体间的高度变异性,科学家利用线粒体DNA序列进行物种间的进化关系研究。
通过对不同物种的线粒体DNA序列进行比较,可以推断它们之间的亲缘关系和起源。
例如,人类起源研究中,通过对各大洲不同人群的线粒体DNA进行比较,发现非洲人群的线粒体DNA的遗传多样性最高,因此得出了" 非洲起源说"的结论。
这一研究成果不仅对了解人类起源和人类迁徙具有重要意义,也揭示了线粒体DNA在进化研究中的重要作用。
三、线粒体DNA在法医学领域中的作用线粒体DNA在法医学领域中也具有重要的应用价值。
由于线粒体DNA的高度变异性和不变性,它可以用作法医学鉴定的重要工具。
例如,在刑事案件中,犯罪现场的DNA样本通常很少,此时可以利用线粒体DNA进行分析,以获得更多的信息。
利用线粒体DNA进行法医学鉴定的一个典型案例是解决沙鲁法尔玛公主谋杀案。
线粒体DNA分子标记在动物种群遗传学研究中的应用
线粒体DNA分子标记在动物种群遗传学研究中的应用随着人们对生物学,特别是遗传学的研究越加深入,越来越多的科学家开始关注动物种群遗传学,这涉及到基因在种群中的分布和演化。
而在这个领域中,线粒体DNA分子标记的应用变得越来越普遍和重要。
一、什么是线粒体DNA?线粒体是生物细胞中可以自主繁殖的细胞器。
除了有自主繁殖的能力,线粒体还有着不同于其他细胞器的基因,这些基因以环形的方式存在于线粒体DNA中。
线粒体DNA只存在于母亲的卵细胞内,而不会从父亲的精子中传递给下一代,这种遗传方式也被称为无性遗传。
因此,线粒体DNA可以被用来研究动物种群演化中母亲线ages的演化历程。
二、线粒体DNA的分析方法线粒体DNA的研究方法主要有两种:限制性片段长度多态性(RFLP)研究和DNA条形码。
这两种方法在使用上存在一些不同。
RFLP研究的方法主要是通过测量线粒体DNA的长度和序列变异,来区分同种或不同种之间线粒体DNA的差异。
这种方法通过对目标基因进行摄影并用化学荧光或其他技术处理,可以得到独特的串段图。
RFLP方法的主要优势在于可以半定量地测量线粒体DNA的序列变异,并对不同的基因型进行分类和定位。
同时,使用这种方法还可以识别出潜在的基因漏洞和致病突变。
DNA条形码方法则是使用PCR(聚合酶链式反应)将线粒体DNA从样本中扩增并鉴定序列,再将其转化为一种特定的AluI酶切位点P1和P2之间的短序列。
通过比较这些序列相似性来比较不同种物种,在这种技术下,样本的数量可以多达数百万份,而处理和分析每份样本也非常快捷并且高效。
三、线粒体DNA在动物种群遗传学中的应用通过分析不同动物种内的线粒体DNA差异,可以揭示它们在已知的地质历史和事件中是如何相互交流和进化的。
动物的地理分布和分化是由于基因演化的结果,而线粒体DNA对于识别物种的分化和地理分布具有高度传递性。
下面,就来谈一谈线粒体DNA在不同环境下的应用。
1.谱系分析通过分析线粒体DNA,可以确定某一动物物种的谱系,比如说,白头海鹰、斑点猫、印度狮、非洲象都是由多个谱系组成的。
人类基因组组装及其在遗传学研究中的应用
人类基因组组装及其在遗传学研究中的应用人类基因组组装是对人类基因组序列的组织和排列,这是人类基因组计划中的一个重要工作。
人类基因组计划的成果已经推动了遗传学和生物医学研究的快速发展。
本文将会探讨人类基因组组装的意义以及其在遗传学研究中的应用。
一、什么是基因组组装?基因组组装是指将已知的DNA序列匹配在一起,来构建完整的基因组曲线地图。
最早的基因组测序技术是Sanger测序,其需要将DNA片段逐一排列并测序,需要耗费大量的人力物力和时间。
而现在的二代测序技术可以轻松完成全基因组快速测序。
但是,二代测序技术的DNA片段长度较短,不方便直接组装长链的基因组序列。
因此,目前常用的方法是将简单的DNA序列片段通过组装软件拼接成更为完整的DNA序列,然后再通过再生物上实验验证的方式来验证这些序列的正确性。
组装完成后,就可以获得一张完整的人类基因组地图,从而方便遗传学研究。
二、基因组组装的意义基因组组装是研究基因功能、基因进化等问题的必要前提。
它有以下几个重要的意义:(1)建立基因家族和区间的谱系结构,该谱系结构可用于比较基因家族,从而推断出近期演化和进化过程。
(2)发现新的基因个体差异,并与表型特征相关联。
(3)推断出潜在的基因逻辑框架,有助于推断出新的基因功能和进化趋势。
(4)建立人类和其他生物之间的基因组比较体系,有助于理解基因功能和遗传进化的差异。
基因组组装,因为具有这些重要意义,所以成为了许多生物科学家的重要工作。
三、遗传学研究中的应用基因组组装还被广泛应用于生物遗传学领域,如精准医学,癌症诊疗等。
下面列举了一些基因组组装在遗传学研究中的应用:1.远交连锁图的计算遗传作图是一种将物理距离转换为遗传距离的方法。
远交连锁图是遗传距离较大的表型相关突变之间的连接关系图。
基因组组装可以通过分析单倍型的遗传信息来帮助建立远交连锁图。
2.基因识别基因组组装是将DNA序列中的碎片组装成长链序列的过程,因此也可以在各种基因组中定位基因的位置,并将不同基因的序列进行拼接。
线粒体DNA异质性研究进展及其法医学应用
线粒体DNA异质性研究进展及其法医学应用发布时间:2022-02-14T07:57:15.021Z 来源:《中国医学人文》(学术版)2021年11月11期作者:王泊文[导读] 线粒体DNA(mitochondria DNA, mtDNA)作为人类第二套基因组DNA,具有母系遗传、拷贝数多、突变率高等特点。
同一个细胞、组织或个体发现存在两种及以上不同的线粒体DNA序列时,称之为异质性,这一现象的存在使线粒体DNA在法医学的应用趋于复杂。
本文综述了线粒体DNA的特点、异质性的组织特异性及检测方法,并探讨了异质性在法医学中的应用价值。
许昌莲城司法鉴定所河南许昌 461000【摘要】线粒体DNA(mitochondria DNA, mtDNA)作为人类第二套基因组DNA,具有母系遗传、拷贝数多、突变率高等特点。
同一个细胞、组织或个体发现存在两种及以上不同的线粒体DNA序列时,称之为异质性,这一现象的存在使线粒体DNA在法医学的应用趋于复杂。
本文综述了线粒体DNA的特点、异质性的组织特异性及检测方法,并探讨了异质性在法医学中的应用价值。
一、人类mtDNA的特点及法医学应用价值人类mtDNA位于细胞质中,是一套独立于核染色体之外的完整的遗传物质,作为真核细胞内的重要细胞器,能量生成的场所,参与了脂肪酸及某些蛋白质的合成。
1981年,安德森等人在英国剑桥桑格实验室完成了线粒体的全序列测定,称为安德森序列(Anderson sequence);之后改进后称为剑桥参考序列(Cambridge Reference Sequence,rCRS)。
mtDNA呈闭环双链结构,其全长包含16,569 bp,序列可分为编码区和非编码区两个部分。
其中,编码区较为保守,共包含37个基因,分别是2个rRNA基因,22个tRNA基因和13个蛋白质编码基因;非编码区(也叫控制区)既是mtDNA转录和复制的起点,又是突变发生的热点,其中D环区及复制起始点附近的多态性较高,即常见的高变区Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ(HV-Ⅰ、HV-Ⅱ和HV-Ⅲ)。
线粒体的功能及其研究方法
线粒体的功能及其研究方法线粒体是细胞中最重要的能量生产器,与许多疾病和机能障碍相关。
本文将介绍线粒体的功能及其研究方法。
一、线粒体的功能线粒体是细胞内的核糖体、RNA和DNA都存在的细胞器,是唯一的有自主膜结构的细胞器。
我们不难发现,线粒体在许多方面都起到至关重要的作用。
1. 能量转化作为能量生产器,线粒体是细胞内起源于外源性无氧呼吸的最终路径。
线粒体负责将食物里的碳水化合物、脂肪酸和氨基酸等有机物转化为三磷酸腺苷(ATP)。
ATP是细胞内大分子化合物最常见的能量提供者,人体几乎所有的生物化学反应都靠它完成。
所以,线粒体对人身体和机能的支持至关重要。
2. 脂质代谢有些研究表明,线粒体可能也参与了细胞脂质代谢的过程。
线粒体可通过β氧化过程将脂肪酸或胆固醇三酯转化为ATP。
这意味着线粒体也是机体脂类代谢的一部分。
3. 历史演变线粒体是有自主自由的基因组,其DNA与真核生物核DNA是分别进行按性状遗传的。
因此,线粒体DNA也非常适合研究DNA的遗传,进而探索生物分化和人口历史。
4. 起到抗氧化作用线粒体功能上文已经讲解。
线粒体同时也是人体内一个非常重要的抗氧化系统。
这是因为线粒体与氧化气体的接触频繁,而氧化反应是极容易催化自由基的。
而自由基则是对生命体有害的物质,其反应引起的DNA损伤和细胞死亡常常会导致一系列脑部和心肌疾病。
因此,线粒体作为细胞中的能量转换器,其功能的保护是极为重要的。
二、线粒体研究方法线粒体疾病的相关研究主要围绕其病理机制展开,而现阶段鉴定线粒体病的最佳实践的标准是临床症状和分子遗传字型,通过先检查症状,再在遗传上寻找线粒体DNA变异位置,以确定是否有线粒体疾病的存在。
在研究方面,也有许多其他的方法。
1. 线粒体基因测序线粒体拥有自主自由的基因组,其研究除了关注于形态结构,关注其DNA的序列与测序也是研究线粒体疾病的一种重要手段。
由于线粒体中DNA长度仅为17kb,通常可以在ca. 30个循环内进行PCR,而且PCR所需的数量非常小,这使得线粒体基因测序成为了常规的实验手段之一。
单核苷酸多态性研究进展及其在法庭科学中的应用
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作 完成 ,使 S NP研 究 又 有 新 进展 ,2 0 0 0年 S n e a gr
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度为 2~ 6个 核 苷 酸 ,又 称 为 短 串 联 重 复 序 列 (h r tn o rp a,S sot ed m e et TR) ,它 在 基 因 组 中 分 布
广 .数 目多 ,信 息 含 量 高 ,且 符 合 孟 德 尔 遗 传 规
收 稿 日期 :20 — 9 2 01 0 — 8 作 者 简 介 :李彩霞 (9 7年一) 17 ,女 ,山西曲沃人 ,在读研究生。
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维普资讯
李彩 霞
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新一代DNA测序技术在法医实践中的应用及其研究进展
2017年11 月 辽 宁 警 察 学 院 学 报 Nov. 2017 第6期(总第106期) JOURNAL OF LIAONING POLICE COLLEGE No.6(Ser. No. 106)45新一代DNA 测序技术 在法医实践中的应用及其研究进展权冰娥,李 树(中国刑事警察学院 法医学系, 辽宁 沈阳 110035)摘 要:近几十年来,随着分子生物学和基础医学的快速发展,新一代测序技术得到了开发和应用。
DNA 测序技术是人类探索生命奥秘的重要研究手段,随着DNA 测序技术应用于法庭科学中惩罚、打击罪犯的需要,其在法庭科学和法医实践中扮演着越来越重要的角色。
测序技术历经一到四代的技术革新(二代之后的测序技术被称为新一代测序技术),测序具有低成本、时间短、高通量的特点,能够快速、准确地获取生物体的遗传信息,最重要的是开发出了更多的遗传位点。
关键词:新一代测序技术;法医学;高通量中图分类号: D919.2 文献标识码:A 文章编号:2096-0727(2017)06 -0045-05收稿日期:2017-08-30作者简介:权冰娥(1993-),女,甘肃白银人,硕士研究生。
研究方向:人体检验与鉴定技术。
李 树(1964-),女,吉林辽源人,教授,双学士。
研究方向:法医物证学。
一、引 言在过去的几十年中,基因组测序技术几乎涉及到了生命科学的各个领域,极大地推动了生命科学和分子生物学的向前发展。
由此人类从遗传层面对于自身的了解多了一个层次,但人们并不满足于当前的研究,对于发现探索生物体生命奥秘的渴望还在不断地增强。
于是,人们将目光从单个基因位点的研究方向投向了全基因组层面,特别是人类基因组计划的提出。
人类对生命科学的研究进入到了后基因组时代的今天,其中既包括了基础研究中的基因组学、转录组学和表观遗传学,也涉及了应用研究中的医学诊断和农作物育种等[1]。
这些新兴研究方向的相继出现和发展,都需要对生物种类的全部基因组或全部的m RNA 进行测序,因而要求测序技术更成熟、价格更低廉、周期更短的大规模测序方法出现。
人类线粒体DNA变异及其在遗传疾病中的作用研究
人类线粒体DNA变异及其在遗传疾病中的作用研究人类每个细胞内都有许多的线粒体,承担着细胞内能量代谢的任务。
线粒体DNA(mtDNA)是线粒体内的基因物质,较为简单,每个线粒体内只有一份DNA,没有外显子和不参与生命活动的无用DNA序列。
由于线粒体DNA的特殊性质,mtDNA变异是一种常见的遗传多态现象,它对人类遗传疾病的形成和发展具有非常重要的作用。
1. mtDNA的特殊性质与我们熟知的细胞核DNA不同,mtDNA的遗传特点有许多特殊之处。
首先,mtDNA的遗传方式是单亲遗传,即只有母亲线传给子女。
另外,mtDNA的变异率相对较高,与细胞核DNA相比更易发生变异。
由于线粒体DNA不断地复制,复制错误可能导致新的mtDNA基因型。
若线粒体遭受氧化磷酸化损伤或其DNA修复机制功能不足,将会加速mtDNA变异的发生。
因此,mtDNA变异是一种非常普遍的现象,与许多疾病的发生和发展密切相关。
2. mtDNA变异与遗传疾病mtDNA变异是遗传多态性较高的一类遗传变异形式,它可能导致线粒体功能的改变和损害,从而造成多种线粒体病。
如神经系统疾病、肌肉病、肝脏病、眼病等。
而mtDNA变异对于某些疾病的发生和发展的作用还不仅仅局限于影响线粒体自身的功能。
事实上,许多来自mtDNA的变异还能通过调节细胞自身的信号传导进行调控,从而成为影响疾病进程的重要因素。
例如,高血压、心脏病、糖尿病等都与mtDNA变异相关。
由于mtDNA变异是一种重要的遗传变异形式,对其研究也备受关注。
目前有研究表明,mtDNA变异与个体的抗氧化能力、免疫功能、基因表达、蛋白质结构、代谢能力、信号转导等多个方面密切相关。
因此,对mtDNA的变异研究不仅有助于识别疾病的致病因素和疾病的基因型-表型关系,还能为疾病的诊断、预防和治疗提供重要的基础理论和临床指导。
3. 对mtDNA变异的研究进展随着研究方法的不断创新,mtDNA变异的研究也在不断深入。
荧光标记复合扩增讲解
也可降低成本和检材的消耗,减少
STR荧光标记检测技术是指将荧光染料标记到其中一个引物(一般选正链)的5'端,使随
PCR扩增产物都带有一个荧光染料分子。这种带有荧光分子的DNA片段在电
,迁移速度按片段分子量由小到大排列,当片段通过到阳极端的激
,荧光染料分子的共辄双键受到激发,发出一定波长的荧光,被扫描仪CCD接收,
5)高灵敏度和识别率。最低灵敏度为0.5ng。在中国汉族人群中的累积随机匹配概率为
×10-18,累积非父排除率为 0.9999996。
、中德美联:AGCU(国产) AGCU 10+1 STR荧光检测试剂盒
PCR复合扩增方法对人基因组DNA中STR位点的多
AGCU 10+1 STR荧光检测试剂盒可以进行11个DNA位点(10个STR位点和1
Amelogenin性别基因。Identifiler试剂盒中进行复合扩增的四核苷酸位点包括
所必需的13个核心STR位点,即CSF1PO、D3S1358、D5S818、D7S820、D8S1179、
、D16S539、D18S51、D21S11、FGA、TH01、TPOX、和vWA。获得的数据可以
ENFSI(欧洲法医学网)与Interpol(国际刑警组织)的要求。另外两个四核苷酸位点
、ProMega公司(美国):PowerPlex 16 System荧光检测试剂盒
PowerPlex 16 System
包含CODIS系统13个基因座和PentaD、PentaE两个重复单元为5个bp的特别
Amelogenin基因座,可以进行性别检验。
1)16个位点同时在一个管子中扩增,在单一凝胶泳道中进行分析
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人类线粒体DNA多态区荧光标记序列分析的研究及其在法庭科学中的应用
张纯斌 周 静 倪锦堂 李伯龄
(公安部第二研究所)
DNA分析技术在法庭科学中的应用是一个重要的分支,以往的DNA个体识别与亲子关系鉴定分析技术主要有对存在于细胞核中的DNA做各种不同方式的分析,但这些分析均是对DNA片段的整体特性进行鉴别,无法对毛干、指甲等特殊检材进行检验。
线粒体DNA(mtDNA)序列测定检验技术与以往的DNA检验技术相比,有着显著的特点,它是对DNA分子内碱基序列差异的检验,所检验的DNA存在于细胞质中,并且在一个哺乳类细胞内含有1000~10000个拷贝。
同时在本检验方法中使用了PCR扩增技术,所以除了比对细胞核DNA的检验具有更高的检测灵敏度,而且能够对毛干、指甲等特殊检材进行检验。
早期的线粒体DNA序列测定工作,都是采用放射性同位素标记的方法来完成的[1,2],Sullivan等(1991)[3]采用PCR扩增结合DNA荧光标记测序法,测定了人类mtDNA序列,本课题这方面的研究工作已先期做过报道[5,6]。
在确立稳定的实验方法后,对105名无亲缘关系的个体mtDNA多态区15997至16401间403个碱基中存在的碱基差异进行了调查,同时对5个两代家系、2个三代家系的遗传情况进行分析,并建立了对毛干、指甲等常见特殊检材的检验分析方法,并已用于办案,现将以上各项研究报告如下。
材料和方法
一、实验材料
1、无关个体血液样品 从本实验室所办理案件积累的血样中选取无亲缘关系的个体血样105份,5个两代家系为本实验室所办理案件积累的血样,2个三代家系样品取自河北省徐水县。
2、血斑样品 从无关个体血液中取20份制做血斑。
3、毛干、指甲样品从本所自愿者中提取毛干、指甲各20份。
二、实验方法
(一)模板DNA的制备
1、血液的模板DNA制备 取血液于015ml离心管中,加入500ml无离子水,混匀浸泡15min, 12000rpm离心2min,弃上清液后加5%Chelex至200μl,混匀后于56℃保温30min,振荡混匀,沸水中煮沸8min,12000rpm离心,DNA存在于上清液中, 4℃保存备用。
2、血斑的模板DNA制备 剪取血斑约011平方厘米,放入015ml离心管中,随后步骤同1。
3、毛干的模板DNA制备 将毛干剪至约3mm 长,放入015ml离心管中,用无水乙醇冲洗一次,凉干后加入014M DTT溶液3μl,10%SDS3μl,2mg/ ml蛋白酶K6μl,Na22EDTA提取液18μl,混匀后37℃水浴保温5h,待毛干溶化后用酚∶氯仿抽提法提取DNA,然后加入1/10体积3M乙酸钠和215倍无水乙醇,混匀后于220℃冷冻1h,然后在台式高速离心机上16000rpm离心20min,用70%乙醇冲洗一次,凉干后加10μl TE缓冲液备用。
4、指甲的模板DNA制备 将指甲剪碎后装入015ml离心管中,随后操作同3,只是酶解时间延长至8~10h或过夜。
(二)线粒体DNA的PCR扩增及荧光标记序列测定方法见文献[4]。
实验结果
一、频率调查结果
通过对105名无亲缘关系的个体mtDNA序列测定证明,中国人在15997至16401之间的碱基突变点为118个,不同个体间在此区域的平均突变数为41029,最多可达9个,这些碱基的突变在此区域内随机分布,突变频率为01952~711429%,每个碱基位点的个体鉴别机率为010185~014092,该区域可变碱基位点的总鉴别机率为0199986。
二、不同检材的线粒体DNA多态区测序结果
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3
5
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第12卷 第1期 川北医学院学报 Vol.12,No.1 1997年 3月 JOURNAL OF NORTH SICHUAN MEDICAL COLL EGE Mar 1997
使用本方法对血液、血斑、毛干和指甲进行检验均得到了mtDNA 15997至16401间的碱基序列,同一个体的血斑、毛干和指甲的mtDNA 多态区序列相同。
三、家系线粒休DNA 多态区测序结果对5对母亲:孩子相对应的已知亲子关系的个体和2个三代家系的个体mtDNA 15997至16401间的序列测定结果表明,人类mtDNA 以母系遗传方式遗传。
四、线粒体DNA 序列分析的灵敏度检验结果实验结果表明,本检验方法能够对1cm 毛干,1mm 3指甲,0102μl 血斑进行准确的mtDNA 序列分析。
五、应用情况
本方法自1995年6月试用于办案以来,已经办理案件十余起,本方法以其高度的灵敏性、独特性的母系遗传分析特性和高排除率,在实际案件的办理中发挥了重要的作用。
案例111995年8月,贵州省黔西南布衣族苗族自治州发生了一起两族之间因儿童丢失所引起的争抢一男孩的案件,使用mtDNA 母系单亲亲子关系鉴定法对争执双方的母亲与男孩进行检验,结果确定了其母亲,避免了民族间的争斗。
案例211995年10月,山西省临汾市发生一起强奸杀人案,发案现场只发现两根长约1厘米的毛干,经过排查,抓获了一个嫌疑人张××,我们使用
mtDNA 测定检验,将嫌疑人的测序结果与毛干测序
结果进行比对,发现存在显著差别,排除了嫌疑人,为办案指明了方向。
讨 论
对mtDNA 序列的检验是深入到DNA 分子的内部结构水平,对DNA 分子内的碱基排列顺序进行鉴别,与以往对DNA 片段进行分析相比是向精细差异方向前进了一步,人类mtDNA 是人类细胞中唯一存在于核DNA 外的DNA ,它具有基因型单一,高拷贝数,高进化速度等特点,而且可以从角质化生物物证检材中分离出来,所以mtDNA 的检验具有以下特点:
1、准确性 由于其单一的基因型,对mtDNA
进行序列分析,可以避免对核DNA 测序时遇到两条姐妹染色体为杂合子时的相互干扰,能够得到每
一碱基位点的确切碱基,也避免了DNA 指纹图检验中可能出现的谱带漂移现象和PCR 扩增检验中带纹可能丢失的现象,所得测序结果清晰易读,非专业人员也能轻易辩别。
2、灵敏性 由于单一的人类细胞中含有成千上
万的mtDNA 拷贝,相对于核DNA 的检验,在相同的检材情况下具有更高的检出率,本方法又结合了
PCR 技术,所以可以解决目前DNA 检验技术无法
解决的极微量检材的检验问题。
3、高排除率 由于此项检验是针对碱基突变的
检验,其研究对象的突变率高,所以其个体鉴别率较以往的单一扩增体系高,在本课题所研究的403个碱基对中,发现有118个碱基位点有变异现象发生,平均每个个体存在41029个碱基突变,总鉴别机率达到0199986。
4、对毛干、指甲的检验 在毛干、指甲等常见角
质化生物检材中,已无细胞形态,无法用以往的
DNA 检验技术进行检验,而从毛干、指甲中可以分
离出mtDNA 碎片用于PCR 测序,所以,解决了法医物证检验中一个长期无法解决的难题。
5、安全性 本方法使用荧光标记测序法,不但
避免了放射性同位素标记时同位素的放射性污染问题,同时也不受同位素半衰期的限制,可以随时进行实验。
6、计算机化 本方法的检验结果直接储存于计
算机,适合于案件并案侦破和数据库的建立。
参 考 文 献
1 Higuchi R ,et al.DNA typing from single hairs Nature
1988;332:5432
Orrego
C ,
K ing
MC.
Determination
of
familial
relationships.ln :lnnis MA et al.PCR Protocols.Ist ed London Acadamic Press 1990:4103 Sullivan KM ,et al.
Automated amplification and
Sequencing
of
human
mitochondrial
DNA.
Electrophoresis 1991;12:17
4 张纯斌,等.用PCR 测序法对人类线粒体DNA 多态区
的研究,中国法医学杂志1995;10(3):129
・
45・ 川 北 医 学 院 学 报 12卷。