核果类基因组DNA提取和RAPD条件优选
药用百合DNA提取和RAPD条件的优化
药用百合DNA提取和RAPD条件的优化童巧珍;盛孝邦;刘湘丹;周日宝;吴佳【期刊名称】《湖南中医药大学学报》【年(卷),期】2008(28)2【摘要】目的确定药用百合最佳随机扩增多态DNA(RAPD)分析方法 .方法以药用百合新鲜鳞叶为材料,研究DNA的提取方法 ,并对影响RAPD反应的各因素进行优化.结果药用百合RAPD反应体系及程序为:在40 μL反应体系中,含40 ng模板DNA,0.3 μmol/L随机引物,0.2 mmol/L dNTPs,1.7 mmol/L Mg2+,3 μL10×PCRBuffer,1.5 U Taq酶;扩增程序为:第一步94℃预变性2 min,第二步94℃变性1 min,第三步36℃退火45s,第四步72℃延伸90s.返回至第二步重复40个循环,第六步72℃延伸10 min,最后4℃保存以备电泳.结论建立了药用百合RAPD 的优化反应体系及程序.【总页数】4页(P33-36)【作者】童巧珍;盛孝邦;刘湘丹;周日宝;吴佳【作者单位】湖南农业大学,湖南,长沙,410128;湖南中医药大学,湖南,长沙,410007;湖南农业大学,湖南,长沙,410128;湖南中医药大学,湖南,长沙,410007;湖南中医药大学,湖南,长沙,410007;湖南中医药大学,湖南,长沙,410007【正文语种】中文【中图分类】R284.2【相关文献】1.兰州百合DNA提取方法比较及RAPD体系的快速优化 [J], 崔文娟;林玉红;欧巧明;石有太;罗俊杰2.广东野百合DNA提取和RAPD条件的优化 [J], 黄永芳;杨懋勋;柳军;周锦平3.兰州百合DNA提取方法比较及RAPD体系的快速优化 [J], 崔文娟;林玉红;欧巧明;石有太;罗俊杰4.濒危药用植物降香黄檀DNA提取及RAPD反应体系优化 [J], 杨新全;冯锦东;杨成民;魏建和;李榕涛;何明军5.亚洲百合DNA的提取及RAPD-PCR反应体系的优化 [J], 赵琛因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
玉米种子基因组DNA提取及RAPD分析
玉米种子基因组DNA 提取及RAPD 分析Ξ徐其放1,朱苏文2,常 弘1(1.中山大学生命科学学院,广东广州510275;2.安徽农业大学生命科学学院,安徽合肥230036)摘 要:采用了两种不同DNA 提取方法(常规法及改进法)从玉米Zea mays 种子的胚和胚乳中分别提取基因组。
结果表明,在两种不同的提取方法中,改进法比常规法有提取的DNA 纯度高、RNA 含量少、DNA 降解少等优点。
无论从胚和胚乳中提取的DNA 都可以满足RAPD 的要求。
为玉米RAPD ,分子标记,品质鉴定等研究提供可行的依据。
关键词:玉米;胚;胚乳;基因组;RAPD 中图分类号:Q503 文献标识码:A 文章编号:052926579(2003)0520078204 RAPD (Random Am plified ploym orphic DNA )技术是1990年由William 和Welsh 等发展的一种分子生物学技术,在此前国内外对玉米Z ea mays 自交系和杂交系的室内鉴定工作主要是利用蛋白质及同工酶电泳方法,而RAPD 技术测定是特定的DNA 片段,对于一个特定的基因型来说,这些扩增的片段是唯一的,所以用RAPD 技术来鉴定玉米自交系及杂交种的纯度及真伪有很强的优势,因此它被迅速用于品质鉴定[1]、分子标记、转基因分析及克隆等生物技术领域里。
本实验就是探讨从玉米种子中提取基因组DNA 及用于RAPD 分析,而不同于一般方法的从植株中提取基因组DNA 。
因为从种子中提取DNA 快速,不用等待其萌发,甚至长出子叶,这样就可以随时对其进行DNA 提取作相关的研究。
而且实验又从种子胚乳中提取基因组DNA ,不破坏种子胚,直接切取种子胚乳部分,这样没有受到损伤的种子胚仍可以发芽,长出植株。
1 材料与方法111 材 料以玉米种子(L 173)用做实验材料,分别取种子的胚及胚乳两个不同的部分进行。
112 实验仪器及试剂DNA 提取液(100mm ol ΠL Tris-HCl ,100mm ol ΠL E DT A ,500mm ol ΠL NaCl ,ρ=115%S DS ),氯仿,无水乙醇,φ=70%乙醇,TE (含RNA 酶),PCR 反应体系(bu ffer ,T aq 酶,dNTPs ,MgCl 2,primers ,DNA 模板,无菌水),移液枪(20,200,1000μL ),电泳仪,PCR 扩增仪(HE M A 4800),离心机,冰箱,水浴锅。
山药基因组DNA的提取和RAPD反应条件的优化
1 2 2 RAP . . D反应体 系 和程序 的优化
1 2 2 1 Mg 与 d . . . 抖 NTP浓 度 对 RAP 扩 增 的 影 响 D
P R反应液 中含 1 C ufr 1 a C ×P R B fe ,U T q酶 ,0 g模板 DNA,0p l L 引 物 ( P 1 0n 1 mo ・ O A一0 ) Mg 2 , 抖
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第 3 5卷 第 1期
20 0 7年 2月
河 南师 范 大 学 学报 ( 自然科 学 版 )
J u n l f He a r lUn v ri ( tr l ce c ) o r a n n No ma iest Na u a in e o y S
Z 5 N0 .3 .1
Fe 2 b. 007
文章 编 号 : 0 0 3 7 2 0 ) l 1 0 4 1 0 —2 6 ( 0 7 O 一0 4 —0
山药基 因组 DNA 的提取 和 RAP D反应 条 件 的优 化
李 明军, 徐 鑫 , 晓 丽 , 张 刘永 康
( 南师范大学 生命科学学院 , 南 新乡 430 ) 河 河 5 0 7
退火 4 , 2 C 延 伸 2mi , 3 5s7 n 共 5个循 环 ; 2 ℃ 终 延 伸 1 n 7 0 mi.
关 键词 : 山药; N ; A D 优化 A
山药( ocrao p s a T u b ) 又 名薯 蓣 , Diso e p oi h n . , t 为薯 蓣 科 薯 蓣 属 的 一种 药食 兼 优 的植 物 , 有 健 脾 、 具 固 精、 补肺 、 肾的功 能口 . 国种质 资源 丰富 , 益 ]我 生产 实践 中常 以块茎 的形状 为 依 据进 行 分类 [ , 2 也有 使 用 同工 ] 酶作 为 品种鉴别 的依 据 , 两种 方法均 存在 较大 的局 限性 , ]这 利用 分 子标记 从 DNA分 子水 平 揭示 品种 间 的
荔枝DNA提取及RAPD扩增条件优化
荔枝DNA提取及RAPD扩增条件优化
荔枝DNA提取及RAPD扩增条件优化
为应用RAPD技术开展对荔枝种质资源的分析,以S43(GTCGCCGTCA)为引物,通过试验设计,分别研究了退火温度、模板浓度、引物浓度、dNTP浓度、Taq DNA聚合酶用量对荔枝RAPD-PCR反应的影响. 建立并优化了适宜荔枝RAPD分析的扩增体系:20 μL 的反应体系,30 ng的模板DNA度,0.25 μmol/L RAPD引物、1.0 U Taq DNA聚合酶,0.2 μmol/L dNTP为荔枝适宜的RAPD-PCR扩增条件.
作者:尤有利王江波施维属潘东明作者单位:尤有利(福建永春县农业技术推广站,泉州,362600)
王江波,施维属,潘东明(福建农林大学园艺学院,福建农林大学园艺产品贮运保鲜研究所,福州,350002)
刊名:生物技术通报PKU英文刊名:BIOTECHNOLOGY BULLETIN 年,卷(期):2010 ""(4) 分类号:关键词:荔枝 RAPD 优化 PCR Litchi chinensis Sonn. RAPD Optimize PCR。
何首乌基因组DNA提取及RAPD反应体系正交设计优化
何首乌基因组DNA提取及RAPD反应体系正交设计优化(作者:_________ 单位: ____________ 邮编: __________ )【摘要】目的确定适合何首乌RAPD-PC的基因组DNA 提取方法及最适宜反应体系。
方法通过改良的CTAB法提取何首乌基因组DNA研究其用于RAPD-PCR勺可行性。
利用正交设计方法L16 (45),针对Tag酶,引物,dNTP镁离子,模板设计了5因素4水平的正交实验,优化RAPD-PC反应体系。
结果正交设计结果表明,可以得到几种不同的有效扩增反应体系组合。
根据实际需求,最适宜的RAPD-PC 反应体系为20 卩I,其中1X PCR buffer, Tag 酶1U,弓I 物 1 卩mol/L,镁离子2 mmol/L,dNTP 300 卩mol/L,模板40 ng。
结论改良的CTAB法和正交优化得到的反应体系适合用于何首乌RAPD 遗传多样性分析。
【关键词】何首乌;DNA提取;RAPD正交设计何首乌是我国传统医药中的名贵药材,何首乌块根及茎叶均可入药。
何首乌具有补肝肾、益精血、乌须黑发、养心安神等功效,主治血虚身痛、心烦失眠、劳伤多汗等症。
同时可用于保健和食品等多方面,何首乌块根富含淀粉,含量高达45.2%,药食两用。
RAPD(Random Amplified Polymorphic DNA)技术是由美国学者Williams : 1]和Welsh :2]两个研究团队在1990年几乎同时发展起来的。
Williams等在发现RAPD多态性的同时还证明了RAPD标记的分离情况符合孟德尔遗传规律,因而明确了RAPD乍为分子标记用于研究生物遗传变异的理论基础。
RAPD分子标记建立在PCR基础之上。
通过使用一系列具有10个碱基的单链随机引物,对基因组的全部DNA进行PCR扩增以检测多态性。
RAPD^术因其操作简便、反应迅速、成本低和DNA用量少等优点而被广泛应用于药用植物种内或种间亲缘关系和遗传多样性方面的研究。
云南紫苏的种子DNA提取和RAPD引物筛选
13 R P . A D引物 筛选 方法 研 究所 用 的 8 个 1 6 O碱基 随机 引物均 由 O e pr O 公 司生产 , 增 反 应 在美 国 P I 1 扩 E公 司生 产 的 40 8 型 P R仪上 进 行 , 余 试 剂均 购 自华 美 生 物 工 程 C 其 公 司。反应 条件 除总体 积 改 为 1 外 , O 其余 都 同 文献 [: 5 。扩增 产物 在 05xT E缓 冲 液系 统下 用 . B
T E溶 南 l 县 0份 ~8 8个 市的 紫苏 种 子 作 材 料 提 取 基 因组 D A, 中 选 择 N 从 分属 于不 同变 种 的 4份 紫 苏 种 子 的 D A作 t D N L M ̄ 引物 筛选 的模 板 D A. N
过温 的研 钵 中磨 碎 , 入 i5m 转 . L的 离心管 中, 加入 03 L的 5 .5m 5℃ 预 热 过 的 1XD A 提 取 液 (O N 5
n,lLTi—H I H7 5 0 mo LEYA p . , uo  ̄/ r s C . ,1 n a/ l H80 p l F
龙 雯虹 郭 风 根 王 仕 玉 , ,
(1 .云南 农业大学 园林 园艺学 院 , 云南 昆 明 6 00 ; 57 1 , - 2 云南农 业大学农学 -生 物技 术学院 , b 云南 昆明 600 52 1j
摘要 :以保存多年的云南 紫苏种子为材料 , 对其 D A提取 和 R P N A D引物筛选 进行 了研究 。结 果表明 : 从活 力很低 的紫苏种子提取 的 D A也有较高的质量 N 可 用于 P P  ̄ D丹析 ; 8 个随机引物中筛选 出了4 A 从 6 2个显示紫苏遗传差
07r o L N C ,1 B一巯 基 乙 醇 , % C A ) 3 . t l a 1 % e / o 1 T B ,
大樱桃基因组DNA提取及RAPD分析
银杏DNA的提取及其RAPD-PCR体系的建立
1 前言1.1 银杏概述1.1.1 银杏的形态习性特征银杏(Ginkgo biloba),别名:白果,公孙树、鸭脚树、蒲扇,属裸子植物。
变种及品种有:黄叶银杏、塔状银杏、裂银杏、垂枝银杏、斑叶银杏。
银杏树为落叶大乔木,高达40米,胸径可达4米,幼树树皮近平滑,浅灰色分两叉(稀3~5叉),种子核果状,具长梗,下垂,椭圆形、长圆状倒卵形、卵,大树之皮灰褐色,不规则纵裂,有长枝与生长缓慢的距状短枝。
叶互生,在长枝上辐射状散生,在短枝上3~5枚成簇生状,有细长的叶柄,扇形,两面淡绿色,在宽阔的顶缘多少具缺刻或2裂,宽5~8厘米,具多数叉状细脉。
雌雄异株,稀同株,球花单生于短枝的叶腋;雄球花成葇荑花序状,雄蕊多数,各有2花药;雌球花有长梗,梗端常常分两叉(稀3~5叉),种子核果状,具长梗,下垂,椭圆形、长圆状倒卵形、卵圆形或近球形,长2.5~3.5厘米,直径1.5~2厘米;假种皮肉质,被白粉,成熟时淡黄色或橙黄色;种皮骨质,白色,常具2(稀3)纵棱;内种皮膜质,淡红褐色[1]。
银杏为阳性树,喜适当湿润而排水良好的深厚壤土,适于生长在水热条件比较优越的亚热带季风区。
在酸性土(pH4.5)、石灰性土(pH8.0)中均可生长良好,而以中性或微酸土最适宜,不耐积水之地,较能耐旱,单在过于干燥处及多石山坡或低湿之地生长不良。
银杏寿命长,有3000年以上的古树。
初期生长较慢,寿命长。
雌株一般20年左右开始结实,500年生的大树仍能正常结实。
一般3月下旬至4月上旬萌动展叶,4月上旬至中旬开花,9月下旬至10月上旬种子成熟,10月下旬至11月落叶。
银杏最早出现于3.45亿年前的石炭纪。
曾广泛分布于北半球的欧、亚、美洲,中生代、侏罗纪银杏曾广泛分布于北半球,白垩纪晚期开始衰退。
至50万年前,发生了第四纪冰川运动,地球突然变冷,绝大多数银杏类植物濒于绝种,在欧洲、北美和亚洲绝大部分地区灭绝,只有中国自然条件优越,才奇迹般的保存下来。
何首乌基因组DNA提取及RAPD反应体系正交设计优化
( 2 C一 3,15 5( 3 4 . c一 9,10 1( 4 16 1( 5 5 . C一 ’, 1 . C一 々,19 6 [ 1 . 6] 于 德 泉 , 峻 山 .分 析 化 学 手 册 ( 二 版 ) 第 七 分 册 [ . 磁 共 杨 第 , M] 核 ( 6 10 1( C一 ,, 0 . C一1 , 3 3( 2 7 . c一3 , 9 7( 7 . C一 9, 6 4( 6. C 振 波 谱 分 析 [ .北 京 : 学 工 业 出版 社 ,9 9 8 8 M] 化 19 : 1 . 4 ) 7 . ( 一 ’, 0 8 ( 6 : S —MS,/ : 4 M — [ ,, 7 2 C 5 6 . C一 ’ E I n z 4 7 1 7] S nS, h u S i R,K n Y ogLY,e a.Gyoie rm ro o n ec t 1 lcs sf ot f gla d o A i
何 首 乌 基 因组 D A, 究其 用 于 R P N 研 A D—P R 的 可行 性 。利 用 正 交 设 计 方 法 L 4 ) 针 对 Tg酶 , 物 ,N P 镁 离子 , C 。 , ( a 引 dT , 模板设计 了5因素 4水平的正交实验 , 优化 R P A D—P R反应体 系。结果 正交设计 结果表 明, 以得到几种不 同的有效 C 可 扩 增 反 应 体 系组 合 。根 据 实际 需 求 , 适 宜 的 R P —P R 反 应 体 系 为 2 l其 中 lXP R b f r a g酶 1 引 物 1 最 AD C 0 , C u e,T f u,  ̄ o L 镁 离子 2mm lL d T 0 mo L 模 板 4 n 。结 论 改 良 的 C A ml , / o ,N P3 0i l , /  ̄ / ( g ) T B法 和 正 交优 化 得 到 的 反 应 体 系适 合 用 于何 首乌 R P A D遗 传 多样 性 分 析 。
核桃DNA的提取及RAPD分析的引物筛选
(ol e f oet n ri l r。i u nAgi l rl i rt 。 a 65 1 Sc un C i ) C lg rs yadHot ut eSc a r ut a Unv s yYan 20 4,iha , hn e oF r c u h c u ei a
2 7卷
( H8 0 , 0 mmo ・ ~ E A, 5 p . ) 5 lL DT 2 0 mmo ・ 1 l L-
收稿 日期 :0 60 1 20 .33 基金项 目: 四川核桃种质资源的选择 与利用 作 者简介 : 邹雪梅( 9 9)女 , 17 . , 汉族 , 凄硕 _ 在 } l 研究生。研究方向 : 经济林 栽培。
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7 0
四 川
林
业
科
技
I 2月
核 桃 DNA 的提 取 及 RAP 分 析 的引物 筛 选 D
邹雪梅, 肖千文 , 周兰英
( 四川农业大学林学园艺学 院, 四川 雅安 65 1 ) 2 0 4
摘
要: 以核桃 叶片为材料 , 对其 D A提 取方法和 R P N A D引物 的 筛选进行 了研 究。结果表 明 , 采用核 沉淀 法从 核
系 统等 。
表 1
Ta l i be
种质资源 , 必须对其遗传多样性进行深人研究。核 桃在利用 R P A D技术进行遗传分析方面的报 道较
少[ l 卜5。本试验以核桃叶片为材料 , 研究 了核桃基 因组 D A提取和 R P N A D引物筛选 , 为从 D A多态 N
材料来源
石榴基因组DNA的提取及RAPD引物筛选
石榴基因组DNA的提取及RAPD引物筛选
马丽;马耀华;郝兆祥;明东风;侯乐峰
【期刊名称】《中国农学通报》
【年(卷),期】2014(30)13
【摘要】以山东省枣庄市峄城区中国石榴种质资源圃内石榴品种为材料,采取改良CTAB法提取石榴基因组DNA,经RAPD-PCR扩增筛选引物。
结果表明:CTAB法提取的石榴基因组DNA谱带清晰,纯度高,浓度大,可以用于RAPD分析。
从50条随机引物中筛选出多态性高、重复性好的多态性引物20条。
20条引物对10个品种扩增结果共产生180个位点,多态性位点为134,多态性比率为74.4%。
【总页数】5页(P142-146)
【关键词】石榴;基因组DNA;RAPD;引物筛选
【作者】马丽;马耀华;郝兆祥;明东风;侯乐峰
【作者单位】枣庄学院;枣庄市石榴研究中心
【正文语种】中文
【中图分类】S665.4
【相关文献】
1.女贞不同种质材料基因组DNA的提取及RAPD引物筛选 [J], 赵峰;李碧英;张其文;符伟;张恩华
2.三叶崖爬藤DNA提取及RAPD引物筛选 [J], 郭勇;卢华兵;石丽敏;金英燕;胡贤女
3.藏獒基因组DNA提取及RAPD引物筛选 [J], 兰小平;雒林通;李三相;李一婧;王廷璞;马宏棋;鄢珣;崔泰保
4.胡卢巴基因组DNA提取及RAPD引物筛选 [J], 王掌军;刘萍
5.山核桃基因组DNA提取及RAPD引物筛选 [J], 王正加;黄坚钦;郭传友;梁锦锋因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
油葵种子DNA提取和RAPD反应体系的优化
薛志 艾鹏飞, 忠, 魏景芳 李 , 冬杰, 李楠, (北 技 学 物 学 工 学 , 石 庄0 1 刘晨 河 科 大 生 科 与 程 院河 家 5 8 北 0) o
、
摘要 [ 的 ] 目 为利 用 R P 技 术进行 油葵 的亲缘 关 系分析及杂种 鉴定奠 定基 础。 [ 法] 6 杂交油葵种子 为试材 , 用改 良的 C A AD 方 以 种 采 TB 法提 取油葵基 因组 D A 并对提取 D A的浓度和 纯度进 行测 定。通过 单 因子 梯度 试验 , N , N 筛选 出优 化 、 定的 R I -c 稳 A D P R反应 体 系。[ 结 果] 用改 良 C T 采 A B法提 取 的 油葵 D A质 量好 、 率 高, 无蛋 白质和 酚 类 的 污染。 油葵 的 最适 R P -C N 得 且 A DP R反应 体 系为 : . 1 × 20 0
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安 徽农 业 科 学 ,ora o nu A .Si 08 3 ()25 —2 6 Junl f hi c. 0 ,6 6 :29 2 1 A 2
责 任编 辑
朱新 秀
责 任校 对
朱 新 秀
油葵 种子 D NA 提 取 和 R P 反 l mfo rS e sa d h tmi in o t Ex rci r m Oi o lwe e d n teOp i z o fIs RAPD a t n S se at l Re ci y tm o
5种提取三七基因组 DNA 方法的比较
5种提取三七基因组 DNA 方法的比较白雪嵩;赵昶灵;陈中坚;翁晨;王文亚【摘要】用高盐低pH值法、尿素法、CTAB(十六烷基三甲基溴化铵)法、SDS (十二烷基磺酸钠)法、PVP(聚乙烯吡咯烷酮)法提取一年生三七叶的基因组DNA,用紫外分光光度法测定提取的DNA浓度,用琼脂糖凝胶电泳法测定提取的DNA质量。
结果表明:用 CTAB 法提取的基因组 DNA 含量、得率最高,分别为41.4343~43.2336μg/mL、114.8295~127.2824μg/g,且D260nm/D280 nm均在标准值范围内,D260 nm/D230 nm小于1.9,有RNA污染;SDS法、PVP法、尿素法也可以提取基因组DNA,但含量较低;高盐低pH值法提取的DNA浓度最低,电泳图基本看不到明显条带。
将这5种方法进行对比,最终确定CTAB法为三七基因组DNA的最佳提取方法。
【期刊名称】《江苏农业科学》【年(卷),期】2014(000)005【总页数】3页(P54-56)【关键词】三七;基因组DNA;提取方法;比较【作者】白雪嵩;赵昶灵;陈中坚;翁晨;王文亚【作者单位】云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明 650201;云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明650201;云南省文山市苗乡三七实业有限公司,云南文山 663000;云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明 650201;云南农业大学农学与生物技术学院,云南昆明 650201【正文语种】中文【中图分类】S567.23+6.01三七(Panax notoginseng)别称田七、金不换,为五加科人参属植物,《本草纲目拾遗》中记载:“人参补气第一,三七补血第一,味同而功亦等,故称人参三七,为中药之最珍贵者”,可见三七是一种重要而名贵的药材[1],扬名中外的中成药“云南白药”和“片仔癀”即以三七为主要原料制成。
三七味甘、微苦,性温,归肝、肾经,具有止血、散瘀、消肿、止痛等功效。
葡萄属植物的基因组DNA提取及RAPD体系优化
<43
海南大学学报自然科学版
8555 年
试剂: 随机引物为 $%&’() 公司产品, !"# 酶购自华美生物工程公司, *+!,- 为 ,’(.&/" 公司 产品, 其它为国产和进口产品, ,01 仪为 ,2 公司 345 型 6 !6" 76867 方法 基因组 9+: 提取法
[;] [8] [<] [@] 分别采用傅荣昭 、 王跃进 、 王军 ,0=&)/ > ? 的 0!:A 法,
?2: # 7 =7? # 8 98@ # 8 8=7 # 7 8?8 # 7 82= # 7 <77 # 7
秋葡萄 复叶葡萄 刺葡萄 毛葡萄 山葡萄
注:!浓度指每升水溶液中所含 ;!> 的克数;!!产率指每克植物材料所提取出的 ;!> 的微克数 #
! 结果与分析
! # ) 基因组 &($ 的完整性和纯度 用上述改良 A)>B 法提取不同种葡萄的基因组 ;!> 的完 整性较好, 长度大于 29 CD (图 0) , 且产率较高, 平均每克梢尖可达 8@< # 9 ! & ;!>, ";2<7 $ ";2=7 比值介于 0 # ?78 E 0 # @0= 之间, 说明所获得的 ;!> 纯度较高 # 这与取用正处于细胞分裂生长旺
材料
山葡萄 ( ! % ./(+’0$"$ ) : 华县 $ #% , !’’) $ "+ $ ") 采自西北农业大学葡萄种质资源圃, $ # $ +%; 掐取梢尖, 放入 # M 冰箱中, 次日用保温箱带至海南热带作物生物技术国家重点实验室, 立即 放入 $ %" M 冰箱中冷冻备用 ,
芝麻高度不育材料基因组DNA提取及RAPD反应体系的建立
芝麻高度不育材料基因组DNA提取及RAPD反应体系的建立摘要以临时保持系WB51220 、两用系0176A不育株、可育株0176B和皖芝1号等4份材料的叶片为研究材料,对其基因组DNA的提取及对RAPD反应体系进行优化。
结果表明,改良的CTAB法获得的芝麻基因组DNA片段大小经电泳检测满足RAPD等遗传多样性分析要求;筛选出RAPD最佳反应体系:20 μL 反应体系含有1.5 U Taq DNA聚合酶,0.25 mmoL/L dNTP,2.0 mmoL/L Mg2+,0.75 μmoL/L引物;4个不同品种的叶片基因组DNA的电泳条带之间有着明显差异,他们共有的条带为1 900、1 800、1 000、900 bp;不同的是,临时保持系WB51220比两用系0176A不育株少了1个2 000 bp的条带,可育株0176B比两用系0176A不育株少了1个450 bp条带,皖芝1号比可育株0176B少了1个750 bp和1个1 200 bp的条带。
Abstract The genomic DNA extraction and the RAPD-PCR reaction conditions were optimized when using genomes from sesame leaves of temporary maintainer line WB51220,AB Line infertile plant 0176A,fertile plant 0176B,and Wanzhi No.1 as templates. The results indicated that the genomic DNAs extracted from sesame leaves by improved CTAB DNA extraction method satisfied the requirement of genetic diversity analysis. The best reaction condition for RAPD analysis was as follows:Taq DNA polymerase 1.5 U,dNTP 0.25 mmoL/L,Mg2+ 2.0 mmoL/L,and random primer 0.75 μmoL/L in a total volume of 20 μL. Elec trophoresis results indicated that bands amplified from the genomic DNAs of four varieties had four common bands in length of 1900,1800,1000,and 900 bp,respectively. The differences were that new bands in length of 2000 bp and 450 bp were amplified from AB line infertile plant 0176A when compared with temporary maintainer line WB51220 and fertile plant 0176B,respectively. And two new bands in length of 750 bp and 1200 bp were amplified from fertile plant 0176B when compared with Wanzhi NO.1.Key words sesame;maintainer line;infertile plant;RAPD reaction system;optimization随机扩增多态性DNA(Random Amplified Polymorphic DNA,RAPD)技术是由美国的Williams[1]和加利福尼亚生物研究所Welsh[2]建立在PCR (Polymerase Chain Reaction)技术基础之上的一种可对整个未知序列的基因组进行多态性分析的分子技术。
大樱桃基因组DNA提取及RAPD分析
大樱桃基因组DNA提取及RAPD分析赵菲佚;张媛媛;呼丽萍;安建平【摘要】以大樱桃8个品种为研究对象,利用改进CTAB法进行DNA提取,使用10碱基随机引物,通过PCR进行RAPD (RandomAmplified Polymorphic DNA)扩增,建立了鉴定大樱桃品种的分子鉴定图谱.结果表明:较高质量的DNA和理想的RAPD反应体系能够保证RAPD技术具有较好的稳定性;筛选出的不同引物的RAPD扩增谱带组合可用于大樱桃栽培品种的分子鉴定,具有在生产应用的潜在性.【期刊名称】《现代农业科技》【年(卷),期】2015(000)024【总页数】3页(P81-82,84)【关键词】大樱桃;品种;DNA提取;RAPD【作者】赵菲佚;张媛媛;呼丽萍;安建平【作者单位】天水师范学院生物工程与技术学院,甘肃天水741000;天水师范学院生物工程与技术学院,甘肃天水741000;天水师范学院生物工程与技术学院,甘肃天水741000;天水师范学院生物工程与技术学院,甘肃天水741000【正文语种】中文【中图分类】Q94-336大樱桃,学名甜樱桃,又名欧洲甜樱桃、西洋樱桃等,原产于欧洲东部和亚洲西部,属蔷薇科李属樱桃亚属[1],落叶乔木,叶卵圆形,边缘具大小不等的重锯齿,花期3—4月,果期5月,核果,果个大,硬度高,耐贮运[1]。
目前在樱桃生产育种及研究过程中,由于其存在基因组较大及多倍体性问题,而且没有进行全基因组测序,这样在缺少足够的数据库支持的情况下,使得其研究与育种工作存在一定困难。
同时在引种时,由于目标品种与非目标品种外观形态存在相似性,如仅从果树外观形态来鉴别无法保证目标品种的准确性,从而达到正确引种的目的,往往给农业生产带来不必要的损失。
利用分子生物技术建立现有品种的分子标记,形成其特有的分子“指纹”,在一定程度上可作为已有品种鉴定手段的重要补充。
Gerlach 研究表明,欧洲甜樱桃种内各品种之间在分子水平上存在着显著的差异,从DNA水平上直接检测其差异,并用于无性系品种的鉴别较为可靠[2],现对大樱桃基因组DNA提取及RAPD进行分析。
砀山酥梨基因组DNA提取和RAPD条件优选
砀山酥梨基因组DNA提取和RAPD条件优选张水明;宋丰顺;巩雪梅;杨振江;黄永峰;朱立武【期刊名称】《安徽农业大学学报》【年(卷),期】2003(30)2【摘要】分别以砀山酥梨不同品系的成熟叶片、幼叶和芽为材料,采用SDS法提取基因组DNA,比较了不同材料的提取效果,并以此为模板进行RAPD反应,优化了RAPD反应条件。
结果表明:用幼叶和芽均能提取高质量的基因组DNA,可直接用于RAPD分析,而用成熟叶片虽能提取到基因组DNA,但不能直接用于RAPD分析;优化的RAPD反应体系为:反应体积50μL,包含80ng左右模板DNA、5μL市售10×PCRBuffer、2.0mmol/LMgCl2、120μmol/LdNTPs、3U的Taq酶、0.5μmol/L随机引物;热循环程序为94℃预变性5min,使模板DNA充分变性,然后进入下列温度循环,94℃变性30s,36℃退火45s,72℃延伸90s,循环数40,最后72℃延伸7min。
【总页数】4页(P178-181)【关键词】砀山酥梨;基因组DNA;提取;RAPD;反应条件;优化【作者】张水明;宋丰顺;巩雪梅;杨振江;黄永峰;朱立武【作者单位】安徽农业大学园艺系;砀山酥梨种质资源省级自然保护区管理委员会【正文语种】中文【中图分类】S661.2【相关文献】1.人参基因组DNA的提取及RAPD-PCR反应条件的优化 [J], 周桐;金东淳;伊旭;武立丹2.蛇皮果基因组DNA提取及其RAPD条件优化 [J], 李建光;李荣生;李发根;尹光天;杨锦昌;邹文涛3.葡萄基因组DNA的提取及RAPD条件优化 [J], 吴红;高克利;曲良谱;常永义4.苜蓿基因组DNA提取和RAPD反应条件优选 [J], 袁庆华;桂枝;张文淑5.核果类基因组DNA提取和RAPD条件优选 [J], 沈向;郑学勤因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
适于RAPD分析的三种基因组DNA提取方法比较
适于RAPD分析的三种基因组DNA提取方法比较
周小朋;韩雅莉;麦瑞琴
【期刊名称】《汕头大学学报(自然科学版)》
【年(卷),期】2002(017)003
【摘要】通过对3种基因组DNA提取方法的实验比较,找到了一种既能够满足RAPD实验要求,又简便快捷、经济的基因组DNA提取方法,经RAPD试验检测与电泳结果分析表明:DNA扩增效果良好.
【总页数】5页(P10-14)
【作者】周小朋;韩雅莉;麦瑞琴
【作者单位】汕头大学理学院生物学系,汕头,505063;汕头大学理学院生物学系,汕头,505063;汕头大学理学院生物学系,汕头,505063
【正文语种】中文
【中图分类】Q523
【相关文献】
1.三种全血基因组DNA提取方法的比较 [J], 赵铁军;韩瑞;虞春华;贾天军;董明刚
2.三种全血基因组DNA提取方法的比较 [J], 杨泽民;罗少洪;陈耕夫
3.适合RAPD分析的三种玉米基因组DNA提取方法比较 [J], 朱英;陶刚;刘作易
4.三种山羊全血基因组DNA提取方法的比较 [J], 任春环;张子军;章孝荣;柴春苗;随刘才;纪索菲;冯颖;程箫
5.三种全血基因组DNA提取方法的比较 [J], 周红伟;田存章;张少恒;缑小曼;张艺丹
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苹果梨变异单系基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化
苹果梨变异单系基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化刘迪;曲柏宏;朴宇;朴永虎【期刊名称】《湖北农业科学》【年(卷),期】2007(46)1【摘要】采用CTAB改良法,以苹果梨及其变异单系叶片为材料,进行苹果梨基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化.结果表明,提取的DNA质量较高,适宜于RAPD分析;RAPD扩增最佳反应体系为25μL(15 ng DNA模板,1.0 mmol·L-1dNTP,1.0 mmol·L-1MgCl2,2.5μL Buffer,15 pmol·L-1引物,1UTaqDNA聚合酶,15.67μL ddH2O).扩增反应程序为94℃预变性5 min,94℃变性1 min,37℃退火1 min,72℃延伸1.5 min;45个循环;最后72℃延伸7min;终止温度为4℃.【总页数】3页(P21-23)【作者】刘迪;曲柏宏;朴宇;朴永虎【作者单位】延边大学农学院,吉林,龙井,133400;延边大学农学院,吉林,龙井,133400;延边州农业科学研究院,吉林,龙井,133400;珲春市农垦特产局,吉林,珲春,133300【正文语种】中文【中图分类】S661.2;Q781;Q503【相关文献】1.RAPD技术在苹果梨变异单系鉴别上的应用 [J], 刘迪;曲柏宏;朴宇2.藏獒基因组DNA提取及RAPD扩增体系的优化 [J], 兰小平;李三相;雒林通;李一婧;王廷璞;李燕;徐丽;鄢殉;崔泰保3.狗脊蕨(Woodwardia japonica(L.F.)Sm)基因组DNA提取与随机扩增多态性DNA(RAPD)的优化 [J], 付再萍4.橄榄基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化 [J], 聂珍素;赖钟雄;潘东明;郭玉琼;陈义挺;邓传远;陈桂信;吴金寿5.满天星基因组DNA提取及RAPD扩增条件优化 [J], 曹天旭;吴松权;廉美兰;朴炫春因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。
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第30卷第2期 山东农业大学学报 1999年6月 V ol.30№2 Journal of Shandong Agricultural University Jun11999核果类基因组DNA提取和RAPD条件优选Ξ沈 向1 郑学勤3 任小林2 李嘉瑞2(1山东农业大学园艺系)(2西北农业大学园艺系)(3中国热带农业科学院,热带作物生物技术国家重点实验室)【摘 要】 采用3种方法分离杏、桃等核果类树种的基因组DNA,比较了其分离效果。
并以此为模板进行RAPD反应,调整RAPD反应体系组成和热循环条件,以进行该树种的系统分类研究。
关键词: 核果类;基因组DNA;RAPD中图法分类号:S662OPTIMIZATOIN OF STONE FRUITS GEN OMIC DNAISOLATION AN D RAPD CON DITIONSShen X iang1 Zheng Xueqin3 Ren X iaolin2 Li Jiarui2(1Department o f Horticultural,Shandong Agricultural University,271018)(2Department o f Horticultural,Northwest Agricultural University,712100)(3National Biotechnology Lab for Tropical Crops,571737)Abstract Three methods were adopted to is olate genomic DNAs of stone fruit trees,such as apricot and peach.The results show that one of them is m ore effective.We have g ot the suitable conditions of RAPD system with the DNAs as tem plate,which will be helpful to classify the species and culti2 vars of stone fruit trees.K ey w ords stone fruit(Prunus spp.);genomic DNA;RAPDRAPD技术(Random Am plification P olym orphic DNA)是近年应用甚广的分子生物学方法,尤其是在动、植物系统分类方面应用颇多〔1,4,5,6,7,8〕。
系统分类研究中,往往要对几十个乃至上百个品种提取基因组DNA,用于PCR反应。
因此提取DNA的方法和质量直接影响到RAPD扩增结果。
同时由于RAPD稳定性不甚理想,一些简单的方法所获的基因组DNA很难满足其反应需要,往往不能获得扩增产物。
在对核果类果树进行RAPD系统分类研究中,比较了不同基因组DNA提取方法,并针对核果类果树特点,确定了有效的分离步骤。
获取高质量的DNA后,又进一步优选适合本种属的RAPD条件,使之能够获得清晰和稳定的扩增效果。
1 材料与方法试验所用的核果类树种有杏(金杏等)、桃(砂子早生)、油桃(N JN72)、李(盖县李)、甜Ξ收稿日期:1997—11—12樱桃(那翁、大紫),中国樱桃等。
杏枝于1996年3月15日和9月5日采自西北农业大学资源圃,室内插入清水萌发,展叶后采样,浸入液氮中115min ,然后移入-70℃冰箱保存。
基因组DNA 提取分别采用肖顺元等〔1〕、朱衡等〔2〕、傅荣昭等〔3〕所述方法,最后用于RAPD 的模板DNA 是对文献3所述方法的改进。
取011~013g 冰冻叶片至115ml E ppendorf 管中,加液氮,以特制研棒(前端形状与E p 2pendorf 管吻合,在液氮中预冷1min )研磨至粉,加提取缓冲液(50m M NaCl ,50m M Tris ・HClpH8.0,50m M E DT A ,1%(V ΠV )β-巯基乙醇)600μl ,同时加20%PVP 至终浓度6%,10%S DS至终浓度2%,振荡混匀后于65℃水浴(LK B2219水浴器)中保温15min ,取出加100μl 5MK Ac 混匀,于冰上反应30min ,10000rpm4℃离心10min (Seikno T omy MTX -150冷冻离心机,取上清转移,加0.6倍体积异丙醇,冰上沉淀10min ,12000rpm 4℃离心10min 。
弃上清,以灭菌滤纸条吸干残液,并加入600μl TE (pH8.0),RNase (华美公司(S ABC )产品,浓度10mg Πml )2μl ,蛋白酶K (Merck 公司产品,20mg Πml )2μl ,37℃水浴1h 。
以苯酚(pH718):氯仿(1:1)和氯仿:异戊醇(24:1)各抽提1次,取上清转移,加215倍体积无水乙醇,倒管混匀后即12000rpm4℃离心5min 。
弃上清,以75%冰预冷乙醇洗沉淀2次,真空抽干,加50μl TE(pH810)4℃溶解12h 后移入-20℃冰箱待用。
DNA 浓度的标定,将样品稀释后于BECK M AN DU —70型紫外分光光度计上测OD260Π280nm ,并结合015%琼脂糖平板电泳和λDNA (S ABC 产品,01414μg Πμl )标记比较确定其含量和完整性,然后以ddH 2O 稀释至5~8ng Πμl 。
RAPD 反应体系总体积25μl ,含有模板20ng ±,10倍反应缓冲液(500m M K Cl ;100m MTris ・HCl ,pH9.5,25℃;15m M MgCl 2;0.1%gelatin (W ΠV );1%Triton X -100)3μl ,2.5m MdNTPs (B.M.产品,S ABC 分装)2μl ,10mer 随机引物(0peron 产品,京海公司分装)1μl ,T aqDNA 聚合酶(S ABC 产品,3unit Πμl )015μl ,其余体积以ddH 20补充。
上覆25μl 石蜡油。
在调节Mg ++浓度时,在反应体系内添加25m M MgC12(Promega 产品)调整。
反应中所采用的随机引物序列为0P B19:ACCCCCG AAG,0PH10:CCT ACG TC AG,0PH13:G ACG CC AC AC ,0PN13:AG CG TC ACTC 。
在调整反应体系时,除比较因素变动外,其余均按上述加样,调整ddH 20量保持25μl 。
PCR 反应循环为:预变性96℃,10min ;94℃,1min ;36℃,1min ;72℃,2min ;45个循环。
所用PCR 仪为PE 公司480型。
热循环调整时注明变动条件。
PCR 反应产物在含015μg Πml 溴化乙锭的115%琼脂糖(Promega 产品,S ABC 分装)上电泳(电泳仪为LK B2301型,所加电压为2V Πcm ),所用DNA 分子量标记为λDNA Hind Ⅲ单切标记或Hind Ⅲ+EcoRI 双切标记(S ABC 产品)。
在3000A 紫外灯下照相。
使用乐凯4000AS A 高速黑白胶卷,曝光时间为1~2min (f 2)。
2 结果与分析211 基因组DNA 的完整性和纯度所述3种方法均能获得基因组DNA ,DNA 完整性较好,长度不小于48K b (图1)。
以文・551・2期 沈 向等:核果类基因组DNA 提取和RAPD 条件优选献1方法产量最高,文献2方法产量最 图2 杏的基因组DNA 紫外扫描曲线(1996—06—01) Fig 12 UV scan figures of apricot genomic DNAs 低,而文献3方法产量居中,紫外比色分析显示,三者OD260ΠOD280无大差异(表1)。
其紫外扫描曲线与标准DNA扫描曲线极为相似,在260nm 处出现吸收峰(图2)。
但文献1,2方法所提DNA ,稀释后做为RAPD 反应模板,均不能产生稳定、清晰的扩增条带,PCR 产物量也很少,只有文献3所述方法能产生丰富、清晰和重复性较好的条带。
以后的研究中以此法提取基因组DNA 做为反应模板。
如欲提高DNA 产量,可在第一次离心后向沉淀再加提取缓冲液,重新振荡离心,仍能获得合格的DNA ,但其总量一般仅为第一次提取物量的1Π3至1Π4。
表1 3种方法提取的杏基因组DNA 紫外分析结果(199613~5)T able 1 UV scan results of apricot cultivars genomic DNA using different methods方 法Methods C V OD260OD280OD260ΠOD280产量Production (μg Πg )文献1方法玛瑙杏M ono Apricot 0.14570.0739 1.972607晚熟佳丽娜Wanshujalina 0.14330.0720 1.990597华县大接杏Huaxiandajiexing 0.16600.0878 1.890691银杏Y in xing 0.12790.8644 1.984532文献2方法牛皮杏Niupi xing 0.36390.1998 1.820151东塔3号杏D ongta N o.3xing 0.27860.1514 1.898116蔡桥5号杏Caiqiao N o.50.35660.187********大杏梅Daxingmei 0.33140.1749 1.895138文献3方法红玉杏H ongyu xing 0.24680.1403 1.760185金杏Jin xing 0.21470.1317 1.629161澄城6号杏Chengcheng N o.7xing 0.44000.2840 1.547220水杏Shui xing 0.43700.2660 1.645218・651・山东农业大学学报 30卷图 版 说 明图1 杏基因组DNA 电泳结果(015%琼脂糖,1996—05—29)自左至右:λDNA 标记,鸡蛋杏,金杏,弯腰杏,水杏,东塔镇3号杏,冰佳丽娜,黄红待克,圆杏4号,软核,北瓜绵,λDNA H ind Ⅲ+EcoR Ⅰ双切标记。
图3 RAPD 条件调整效果(1996—06)3A 1模板浓度对PCR 产物量的影响自左至右:模板量1μl (8ng Πμl ),2,3,4,5,6,10μl ,λDNA H ind Ⅲ+EcoR Ⅰ以切标记3B 1T aq DNA 聚合酶对PCR 产物量的影响自左至右:加酶量013μl (3units Πμl ),0.5,1.0μl3C 1Mg 2+浓度对PCR 产物量的影响自左至右:λDNA H ind Ⅲ单切标记,M g 2+浓度115,215,315m M3D 1变性时间对PCR 产物量的影响自左至右:94℃,2min ,1循环;94℃,2min ,5循环;λDNA H ind Ⅲ+EcoR Ⅰ双切标记3E 1退火温度对PCR 产物量的影响自左至右:模板1,36℃,34℃,38℃;模板2,36℃,34℃,38℃;λDNA H ind Ⅲ+EcoR Ⅰ双切标记3F 1循环数对PCR 产物量的影响自左至右:无预变性,45循环,预变性,25循环;35循环;45循环;λDNA H ind Ⅲ单切标记3G 1RAPD 重复性比较左三道为96—10—17的扩增产物,右三道为同一模板和引物在96—11—19的扩增产物,λDNA H ind Ⅲ单切标记图4 RAPD 对核果类树种的分类效果4A 1核果类不同树种的RAPD 分析(1996—09—27)自左至右:红玉杏,桃,油桃,中国樱桃,李,甜樱桃(那翁,大紫),λDNA H ind Ⅲ单切标记4B 1不同杏品种的RAPD 分析(1996—06—15)自左至右:红荷苞杏,大红袍杏,金丝甜核,红玉杏,早红杏,崂山红杏,红脸大接杏,λDNA H ind Ⅲ+EcoR Ⅰ双切标记Fig 11 apricot genomic DNAs on 0.5%agarose gelFig 13 The effects of modified RAPD conditionsFig 14 Identification of stone fruit trees using RAPD・751・2期 沈 向等:核果类基因组DNA 提取和RAPD 条件优选212 RAPD 反应条件比较以RAPD 反应条件来说,主要包括反应体系组成和热循环状态。