第九章分类系统与进化谱系
进化生物学-整理
第一章绪论第二章生命及其在地球上的起源第三章细胞的起源与进化
第四章生物发展史第五章生物表型的进化第七章生物的微观进化
第八章物种与物种的形成第九章分类系统与进化谱系第九章生物的宏观进化
第十章生态系统的进化第十一章分子进化和分子系统学
1.1生物进化2进化生物学3趋同进化（convergent evolution）4趋异进化（divergent evolution）5用进废退6获得性状遗传：3.1真细菌2古细菌4.1新泛种论2寒武爆发3显生宙4隐生宙5绝对地质时间6相对地质时间7化石（fossil）8硅化木6.1致同进化（concerted evolution）：2、假基因（Pseudogene）3、基因的水平转移：4、蛋白质的结构域（structural domain）：7.1微观进化（小进化，microevolution）：2、适应：3、适合度（fitness）也称适应值（adaptive value），4、选择系数（selective coefficient）5、遗传漂变（genetic drift）：6、先适应（aptation）：7、前适应（preadaptation）8、联适应(exaptation)9、正常化选择normalizing selection：10、平衡选择：11、稳定选择（stable selection）：12、分离选择（diversity selection）:13、定向选择(direction selection):14、多态现象（polymorphism）15、性二型16、性选择（sexual selection）17、集团选择（group selection）18、遗传平衡(哈代温伯格定律)：9.1 Ma＝100万年2、线系、线系进化、线系进化斜率3、时间种4、灭绝、假灭绝5、枝丛或线系丛6、谱系进化、线系进化7、垂直进化8、水平进化 9、停滞进化 10、大进化型式（pattern of macroevolution）13、常规绝灭14、集群绝灭15、生物个体发育的重演16、异时（heterochrony）17、幼态持续（neoteny）29.1系统学（ Systematics ）2系统分类学（phylogeny）3系统发生系统学（phylogenetic systematics）4分支5姊妹群6共祖近度7单源群8近缘群：9多源群：包括亲缘关系较远的表型趋同的类群10祖征11衍征12外群(outgroup13表型特征14基因型特征：15分子特征：11.1分子系统树（molecular phylogenetic tree）：2、分子钟（molecular clock）：1
系统与进化生物学
填空题
1、系统与进化生物学主要的研究内容：分类、系统发育重建、进化的过程和机制。
2、拉马克提出的法则除获得性状遗传外还有用进废退。
3、在生物学领域里再没有比进化的见解更为有意义的了。
4、达尔文进化论的主要思想包括：生物演变和共同起源，生物斗争和自然选择，适应
是自然的产物。从微观进化角度来看，无性繁殖的生物进化的单位是无性繁殖系，有性繁殖的生物进化的单位是种群。
6、按照拉马克的进化论，长颈鹿形成的原因是：环境改变→变异→遗传→进化
7、基因突变学说和常见的地理隔绝导致迅速成种的现象成为间断平衡论的主要依据。
8、
10、分类的过程：划分类群 (grouping): 选择、描述、测定性状；赋予等级 (ranking)：
性状变异不连续（间断）性；命名 (nomenclature)：模式方法。
11、进化论对分类学的影响：出现共同祖先和群体概念。共同祖先：物种（species）不是
造物主创造的不变体（creations），而是在生命长期历史中进化来的，构成了一个不断变化着的连续统一体。群体概念：物种并不是由模式（type），而是由可变（variable）的群体（居群）来体现。
12、变异是生物进化的基础，是进化的原材料。
13、性状变异可分为“可遗传变异”和“非遗传变异”两大类。表现型变异来源于基因变异、
环境变异和基因与环境互作导致的变异。性状的遗传变异--环境饰变(表型可塑性) 表型可塑性包括发育可塑性和环境可塑性。根据生物性状变异的特点，可分为：数量性状变异（连续性变异）和质量性状变异（非连续变异）；根据变异发生的范围，又可分出居群内变异(个体变异)和居群间变异。
语言学纲要(修订本)复习题
《语言学纲要》复习题
中国古代和国外语言学史
名词解释：《尔雅》《方言》《释名》《说文解字》《广韵》《马氏文通》历史比较语言学美国描写语言学派转换生成语言学
简答1、《普通语言学教程》中表现的索绪尔的基本语言学思想有哪些。
2、简述功能语言学的主要学术观点。
《语言学纲要》导言
名词解释：语言学共时语言学历时语言学普通语言学
问答1、语言交际过程分为哪几个阶段？请举例说明。
2、如何看待语言学研究的意义和价值。
3、简述语言学的分类，如何看待它们之间的关系。
4、语文学研究有哪些特征。
第一章语言的功能
名词解释：语言交际工具思维
问答1、举例说明语言在社会生活中的作用。
2、为什么说语言是人类最重要的交际工具？
3、如何理解语言和思维的关系。
4、语言的人际互动功能表现在哪些方面。
第二章语言是符号系统
名词解释：符号符号的任意性二层性组合关系聚合关系
问答1、举例说明什么是符号，由哪些因素构成。
2、为何说语言是一种符号系统。
3、就语言符号而言，什么是形式？什么是意义？它们的相互关系有何特点？
4、语言符号的系统性表现在哪些方面？
5、举例说明什么是组合关系，什么是聚合关系？
第三章语音和音系
名词解释：音质元音辅音音位区别特征音素音位变体语流音变音步非音质音位语音四要素
问答1、音高和音重在汉语中是否区别意义？举例说明。
2、元音和辅音有哪些方面的区别？
3、举例说明什么是对立，什么是互补。
4、举例说明汉语音节结构的特点。
5、音位与因素的区别与联系。
实践要求1、能按语音特征用国际音标注出相应的音素2、能用国际音标为汉字注音。
第四章语法
进化分类学
进化分类学
进化分类学是生物学中的一个分支，它的主要目的是研究不同生
物种类的演化历史和发育关系。通过对不同生物种类的形态、遗传和
分布等属性的比较分析，进化分类学可以为人们提供更深入的了解生
命起源和进化的基础。
进化分类学的历史可以追溯到18世纪，当时林奈分类法开创了
一种基于生物形态的分类方法。然而，随着时间的推移和科技的进步，人们开始利用分子生物学和基因分析等现代技术来帮助分类学的研究。通过这些技术，我们可以更好地了解不同生物种类之间的遗传联系和
进化路径。
进化分类学的最重要的一项任务是为不同生物种类建立系统发生
学树。这个树状结构用于显示不同物种之间的亲缘关系，以及它们之
间的演化距离和相似性。生物分类学家使用这个树状结构对生物物种
进行分类，以便对它们进行更深入的研究和了解。
在进化分类学研究的方面，我们不仅要考虑生物种类之间的形态
相似性，还要考虑它们之间的遗传相似性。实际上，基因技术是进化
分类学的重要工具之一。通过基因序列比较和DNA测序等技术，我们
可以更好地了解生态系统中不同物种之间的关系，这使得进化分类学
成为了一门基础生物科学中的重要分支。
总之，进化分类学为人们提供了一个系统的方法来了解生物多样
性和进化。它帮助我们了解不同物种之间的适应和生态关系，并为生
态学和保护生物多样性做出了重要贡献。在今后的研究中，我们可以
利用各种先进技术来更加深入地了解不同生物形态、遗传和分布之间
的联系。
第九章 系统发育分析
第九章系统发育分析
Mark A. Hershkovitz and Detlef D.Leipe
National Center for Biotechnology Information
National Library of Medicine
National Institutes of Health
Bethesda,Maryland
系统发育学研究的是进化关系，系统发育分析就是要推断或者评估这些进化关系。通过系统发育分析所推断出来的进化关系一般用分枝图表（进化树）来描述，这个进化树就描述了同一谱系的进化关系，包括了分子进化（基因树）、物种进
化以及分子进化和物种进化的综合。因为”clade”这个词（拥有共同祖先的同一谱
系）在希腊文中的本意是分支，所以系统发育学有时被称为遗传分类学
(cladistics)。在现代系统发育学研究中，研究的重点已经不再是生物的形态学特征或者其他特性，而是生物大分子尤其是序列。
尽管本章的目的是想描述一个万能的系统发育分析方法，但是这个目标过于天
真，是不可能实现的(Hills et al.,1993)。虽然人们已经设计了大量的用于系统发
育的算法、过程和计算机程序，这些方法的可靠性和实用性还是依赖于数据的结构和大小，因此关于这些方法的优点和缺点的激烈争论成了分类学和系统发育学
期刊的热门课题（Avise, 1994:Saitou, 1996; Li, 1997; Swofford et al., 1996a）。Hillis等人（1993）曾经极其简单地介绍过系统发育学。
分类系统与进化谱系专业资料
5.各分类单元之间的共祖近度是衡量它们亲缘关 系远近的唯一指标。
性状性状特征是生物表型可识别的单位； 每一项特征又可以有多个可能的状态。
例如，脊椎动物的有性生殖方式特征可以 有卵生与胎生两个可能状态；动物的皮肤 附属物这项特征可以有；羽，鳞，毛，甲， 等可能状态。
分类系统。 以 牛，山羊，狼，狐，4 种动物为对象，分析比较它们的特征，推断他们之间的谱系关系。
性状性状特征是生物表型可识别的单位； 牛进化到具有共同最近祖先的狼与狐需40 + 8+ 8 = 56 个进化事件； 根据表型特征来识别区分物种，按表型相似程度逐级分类，建立分类系统。
根据进化中的分支来识别与区分分类单元， 第九章分类系统与进化谱系
分支---- 也称为性状分歧，指具有区分意义的 形状特征的产生。
姊妹群----- 一类生物在时间上的延续构成了 一条进化线系，由同一条进化线系的分支 产生出两个对立的类群，称为姊妹群。
分支系统学就是通过对性状特征的 分析来识别姊妹Leabharlann Baidu，并以在谱系 关系上相对于共同祖先的距离 （ 共祖近度 ），来确定它们在谱 系中的关系。
第九章分类系统与进化谱系
分类学
对生物物种进行识别鉴定描述命名及其归类 的专门学科。
生物与非生物之间有一个本质的区别；由于 生物经历了进化过程，各种生物之间有着 其 的联系，这就是生物之间有亲缘关系。
第九章 微生物的分类奠定
第九章、微生物的分类鉴定
目的要求:
通过本章的课堂教学，使学生了解利用现代分子生物学技术建立的有关生物进化和系统发育的理论，掌握微生物分类的基本原理和技术。
教学内容:
1、通用分类单元
种以上系统分类单元
学名
亚种以下的几个分类名词
2、微生物在生物界的地位
3、微生物分类鉴定方法
重点内容:
微生物的类单元及命名
微生物的分类鉴定方法
微生物分类学涉及三个相互依存又有区别的组成部分：分类、命名和鉴定。
分类(classification)：根据一定的原则(表型特征相似性或系统发育相关性)对微生物进行分群归类，根据相似性或相关性水平排列成系统，并对各个分类群的特征进行描述，以便查考和对未被分类的微生物进行鉴定；
命名(nomenclature)：是根据命名法规，给每一个分类群一个专有的名称；
鉴定(identification或determination)：借助于现有的微生物分类系统，通过特征测定，确定未知的、或新发现的、或未明确分类地位的微生物所应归属分类群的过程。
常用的细菌分类学术语：
培养物(culture)：一定时间一定空间内微生物的细胞群或生长物。如微生物的斜面培养物、摇瓶培养物等。
菌株(strain)：从自然界中分离得到的任何一种微生物的纯培养物都可以称为微生物的一个菌株；如Bacillus subtilis AS1.398是一株生产蛋白酶的枯草芽孢杆菌；Bacillus subtilis BF7658是一株生产生产α淀粉酶的菌株。在进行微生物分类鉴定前，首先必须获得该微生物的纯培养物，然后根据一系列分类特征进行鉴定。一般是先根据形态特征鉴别其属于哪一个大类（细菌、放线菌、酵母菌或霉菌）；再根据其生理生化特征、生态特征、免疫特征和遗传特征等，借助于检索表或鉴定手册来依次确定是属于哪个目、科、属、种；最后与该种的模式种（type species）加以比较并命名。
植物系统发育与进化
植物系统发育与进化
植物系统发育与进化是生物学的一个重要领域，涉及到植物的
起源、演化、多样性和分类等方面的问题。这个领域的研究主要
基于植物形态结构、分子遗传和进化关系等方面的证据。本文将
从植物系统发育和植物进化两个角度来探讨这个问题。
植物系统发育
植物系统发育研究的主要问题是植物分类，即将不同植物进行
分类并建立分类系统。分类的目的是为了更好地了解和研究植物，同时为自然保护和生态学研究提供基础。
自从达尔文提出进化论以来，植物分类就逐渐基于进化关系而
建立。换言之，同一谱系进化的植物被放在同一类别中，体现了
它们的亲缘关系。现在，我们可以使用分子系统学和形态学等多
种学科为基础，来重塑植物分类的進化歷史、進行分型進行分类。
在研究植物系统发育过程中，分子系统学发挥着极其重要的作用。分子标记可以反映植物基因型的变异情况，从而反映出植物
的亲缘关系。比如，可以通过研究细胞小器件基因（包括粒体和
叶绿体基因）、核基因、同源基因、非编码RNA等来评估植物进
化关系。
另一方面，形态学研究是研究植物分类和进化的另一个重要手段。形态学研究可以通过比较植物形态（包括根、茎、叶等）、
花粉、花器官及生殖结构等来推断它们的亲缘关系。现在，形态
学和分子标记技术的结合可以更好地研究植物分类和进化的相关
问题。
植物进化
植物发生了巨大的演变过程，以从单细胞藻类到多细胞植物为例，它们的进化历程和现代植物的形态结构有极大的差异。因此，植物的进化历程成为植物学家关注的热门话题。
植物的进化历程是从大约45亿年前的原核生物开始的。原核
生物是最早的生命形式，它们的分类范围较广，包括单细胞生物
第九章 生物的宏观进化
澳 大 区利 真亚 兽有 类袋 的类 平与 行其 进他 化大 陆 地
以上3种是亲缘关系较近的不同物种的进化方式，亲缘关系 较远的可以表现为趋同： （4）趋同
指亲缘关系较远的生物在条件相同的环境中，在同样的选 择压力下，有可能产生功能相同或十分相似的形态结构，以 适应相同的环境条件，这种现象称为趋同。
更绝妙的是化石动物的软躯体保存极为完整，90%以上还 保留了诸如眼睛、附肢、口器、消化道及其中的食物等软体 组织印痕，为研究寒武纪早期动物大爆发及这个时期动物的 解剖构造、功能形态、生活习性等提供了重要的实物依据。
昆虫的远祖 抚仙湖虫
灰姑娘虫（上） 谜虫（下）
腔肠动物栉水母
海口虫与脊椎动物的相关性达 到９６％，在化石上可清楚地看 出“脊椎”、肌肉、眼睛等器官， 对揭示脊椎动物“脑的起源”、 “食性起源”、“头部感觉器官 的起源”和脊椎动物的分类有重 要意义，回答了动物从无脊椎到 有脊椎之间的过渡问题。
发生适应辐射的类群，其成员保留着较多的同源特征，证 明它们有较近的共同祖先。进化趋同的各物种具有明显的同 功特征，较少的同源特征，证明它们有较远的共同祖先。
3、简化式进化(退化)
指生物由复杂的结构转变为简单结构的进化方式.
蛔虫、海鞘 菟丝子、列当
二、宏观进化的型式
（一）物种进化的描述 通常以时间为纵坐标 以进化的表型改变量为横坐标
(完整版)《树木学》习题1—总论-参考答案
《树木学》习题1—总论（参考答案）
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一、名词解释：
1.树木学：是研究树木的形态特征、系统分类、地理分布、生物学特性、生态学特性及利用价值的学科。
2.分类系统：按照生物形态的繁简差异、生理功能的不同水平和系统发育中亲缘关系的远近归类，反映生物界的自然谱系。
3.种：种是分类学的基本单位，它是由一群形态类似的群体所组成，来自共同的祖先，并繁衍出类似的后代。
4.双名法：是种的学名形式，用拉丁文表示，即每个物种的学名由两个部分构成：属名和种加词，并于其后附上命名人。这是由瑞典人林奈确立的。
5.树木分布区：每一树种都有一定的生活习性，要求一定的居住场所。每一树种所占有的一定范围的分布区域，即为该树种的分布区。
6.生物学特性：生物学特性是指树木的生长发育规律（个体发育）及生长周期各阶段的性状表现。包括树木由种子萌发，经苗木幼树发育到开花结果，直至最后衰老死亡整个生命过程的发展规律。
7.物候期：简称物候期，是指生物随着一年四季气候的变化而有不同的生命活动的现象。
8.生态学特性：生态学特性是指树木在系统发育过程中形成的对环境条件的要求和适应性。
二、填空题：
1.树木按生活型可分为下列三大基本类型：乔木、灌木和木质藤本，而每一类型又可按冬季落叶习性分为常绿、落叶和半常绿（半落叶）三种性状。
2.传统分类学的奠基人是瑞典人林奈，他确定了以“双名法”命名植物。
3.分类学的依据有形态学、解剖学、电子显微镜技术、孢粉学、细胞学、物种生物学、植物化学和分子系统学8个方面。
4.植物分类的基本等级是门、纲、目、科、属和种。
最新古生物学的基本概念
古生物学的基本概念
第一章古生物学的基本概念
第二章
第三章•古生物学
第四章•什么叫化石
第五章•微化石
第六章•超微化石
第七章•化学（分子）化石
第八章•生物层序律
第九章•系统古生物学
第十章•演化古生物学
第十一章•理论古生物学
第十二章•生物地层学
第十三章•古生态学
第十四章•古生物学地理学
第十五章•生物成矿作用
第十六章•化石形成的条件有哪些？
第十七章•石化作用
第十八章•化石的石化作用有哪些类型？
第十九章•矿质充填作用
第二十章•置换作用
第二十一章•碳化作用
第二十二章•化石埋藏学
第二十三章•死亡群
第二十四章•埋藏群
第二十五章•化石群
第二十六章•原地埋藏
第二十七章•异地埋藏
第二十八章•残留化石群
第二十九章•混合化石群
第三十章•搬运化石群
第三十一章•如何区分原地埋藏和异地埋藏？第三十二章•概述“ 化石记录不完备性” 的原因第三十三章•化石的主要类型有哪些？
第三十四章•实体化石
第三十五章•模铸化石
第三十六章•印痕化石
第三十七章•印模化石
第三十八章•外模
第三十九章•内模
第四十章•核化石
第四十一章•内核
第四十二章•外核
第四十三章•铸型化石
第四十四章•遗迹化石
第四十五章第二章古生物的分类和谱系
第四十六章•古生物分类的主要方法有哪些？
第四十七章•古生物的分类系统
第四十八章•确定化石种的主要依据有哪些？
第四十九章•地理亚种
第五十章•年代亚种
第五十一章•形态属
第五十二章•双命名法
第五十三章•三命名法
第五十四章•优先律
第五十五章•保留命名
第五十六章•模式种
第五十七章•模式标本
第五十八章•正模
第五十九章•副模
第六十章•原核生物
植物学分类
植物学分类
植物学乃是生物学中一门重要的分支科学，研究各种植物的分类分布、繁殖能力及其形态结构的演变趋势等，是植物的生态学及系统性研究的基础。植物学分类，是指把植物按其关系进行系统分类的学科，它通过对植物形态结构、特征、形式和亲子关系等进行系统比较研究，将植物划分成较小的单元，以及进行家系分类，以反映服务植物发育与演化的概念，把植物类群阐释成有系统关系的结构格局。
植物分类学的基本理论是构建系统发育树。系统发育树是植物的分类的基础，它主要是从一个现存的群体及其近缘类群中推断出共同的谱系，以及这些群体的分化情况。系统发育树可以用语言简洁清楚地表明植物种类之间的近亲关系，又可以为植物在进化发育过程中群体分化的形态、集合及分布规律提供一种框架。
植物学分类的研究受到植物的生物学特性的影响，它的分类系统的建立是建立在植物的细胞结构，形态结构，遗传特性，繁殖方式，生长和变异等的基础上的。植物的演化是总体的进化过程，联系着植物的演化史和谱系结构。
植物学分类的历史要求学者在植物的分类中，要考虑其形态特征和生物特征，进行比较和联系，以确定植物各种谱系之间的联系，及其分类体系的秩序。
植物学分类的历史也要求学者不断更新与发展分类技术，以获得更加精确的分类结果。比如，在植物学分类中，一般要通过细胞学，放射技术，基因技术，细胞化学，生物信息学，生态学等研究，辅助
植物学分类，以期获得更加精确的分类结果。
植物学分类乃是植物科学的核心研究内容，有了它，不仅方便了植物科学研究，而且也是保护植物，维系生物多样性的重要工作与内容。植物学分类的正确性不仅是分类学科的重要研究内容，而且也是生态学、系统发育和体系统论研究的基础。因此，植物学分类的研究具有重要的意义，是生物学研究的重要工作之一。
微生物的分类
微生物的分类.txt∞-一人行,必会发情二人行,必会激情三人行,必有奸情就不会被珍惜。真实的女孩不完美，完美的女孩不真实。得之坦然，失之淡然，顺其自然，争其必然。三域学说的建立
(1)古细菌原界(Archaebacteria) ,包括产甲烷细菌,极端嗜盐菌和嗜热嗜酸菌;
(2)真细菌原界(Eubacteria) ,包括蓝细菌和各种除古细菌以外的其它原核生物;
(3)真核生物原界(Eucaryotes),包括原生生物,真菌,动物和植物.
2,微生物分类学
经典分类学:按微生物表型分类
微生物系统学:按亲缘关系和进化规律分类
发展
表型特征:形态学,生理生化学,生态学等,推断微生物的系统发育.
表型特征结合分子水平上比较微生物的基因型特征(如16S rRNA)探讨微生物进化,系统发育和分类鉴定.
★微生物分类学的三个任务:分类,鉴定及命名
☆分类是根据微生物的相似性和亲缘关系,将微生物归入不同的分类类群.
☆鉴定是确定一个新的分离物属于已经确认的分类单元的过程.
☆命名是根据国际命名法规给微生物分类单元以科学的名称.
种是最基本的分类单位
每一分类单位之后可有亚门,亚纲,亚目,亚科...
种(species):是一个基本分类单位;是一大群表型特征高度相似,亲缘关系极其接近,与同属内其他种有明显差别的菌株的总称.
菌株(strain): 表示任何由一个独立分离的单细胞繁殖而成的纯种群体及其一切后代(起源于共同祖先并保持祖先特性的一组纯种后代菌群).因此,一种微生物的不同来源的纯培养物均可称为该菌种的一个菌株.菌株强调的是遗传型纯的谱系.
进化分类学
进化分类学
进化分类学是一门生物学分支，旨在研究各种生物的进化历史和演化关系，并在此基础上对生物进行分类和命名。进化分类学的发展离不开达尔文的进化论，他提出了生物进化的基本理论和方法，为后来的分类学研究提供了重要的理论基础。
进化分类学的研究方法主要包括形态学、生态学、生理学、行为学等多个方面，并借助分子生物学技术、DNA测序等现代技术手段来揭示物种之间的进化关系。根据生物分类的原则，进化分类学主要采用演化历史或系统发育作为生物分类的依据，将物种按照其进化关系分类成系统分类学的分类单元，例如物种、属、科、目、纲、门等。
进化分类学的研究不仅有助于了解生物的进化历史和演化关系，更能够为保护生物多样性和生态平衡提供重要的科学依据。随着科学技术的不断进步，进化分类学必将发展成为更加完善和精细的学科。
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一文读懂进化树（图文详解）
⼀⽂读懂进化树（图⽂详解）
⽬录
Content
⼀、什么是进化树⼆、进化树的构成1. 根 (Root)2. 结点 (Node)3. 进化⽀ (Branch)4. 外群5. 进化分⽀长度6. 距离标尺7. Bootstrap value三、进化树评估1. Bootstrap检验2. 重复取样值3. Bootstrap value 阈值4. Bootstrap value 与分⽀四、⼏种进化树图1.经典树图
（Traditional）Rectangle Tree2.圈图（Circle Tree）3.辐射树（Radiation Tree）
什么是进化树
系统发育进化树 (Phylogenetic tree)：⼀般也叫系统进化树，进化树。它可以利⽤树状分⽀图形来表⽰各物种或基因间的亲缘关系。
建进化树的过程，⽤术语讲：
分⽀系统发育分析 (Molecular phylogenetic analysis)：是⽤来研究物种或序列进化和系统分类的⼀种⽅法。⼀般研究对象是碱基序列或氨基酸序列，通过数理统计算法来计算⽣物间进化关系。最后，根据计算结果，可视化为系统进化树。
进化树的构成
我们模拟⼀个项⽬，使⽤⼈和⿏的各两个基因做进化树，结果如下：
可以看到上⾯有⼀堆标注，下⾯来看看它们代表什么意义：
1. 根 (
所有分⽀的共同祖先叫做根
根据有⽆根可分为：
有根树：上⾯的图就是有根树，可以从树中找到共同的祖先。
⽆根树：顾名思义，没有根，也就找不到共同的祖先。⽐如后边会提到的 Straight Tree
2. 结点 (
每个结点代表⼀个分类单元，物种上可以是属，种群等，基因上可以是基因家族，同源物等。
谱系分类的名词解释
谱系分类的名词解释
谱系分类（Phylogenetic classification）是生物分类学中的一个重要概念，它旨在研究不同物种之间的进化关系以及它们在演化树上的分支模式。这种分类方法基于物种的共同祖先以及演化的关系，通过在演化树上构建物种之间的分支来确定其分类位置。谱系分类对于我们理解物种的起源和演化提供了重要的线索。
谱系分类的主要特点是基于演化树的结构进行分类。在谱系分类中，物种分为亚门、门、纲、目、科、属和种等不同的等级。这些分类等级是根据物种的进化历史和共同祖先而设立的。通过建立演化树，我们可以确定物种之间的亲缘关系，并将其分类到不同的等级中。这种方法与传统的形态分类不同，后者主要基于物种的形态特征进行分类。
谱系分类的基本原则包括共同祖先、分支点和衍生特征。共同祖先是指所有分支物种共同拥有的祖先。分支点是指演化树上的交点，它代表了物种分化的起点。衍生特征是指某一物种相对于共同祖先发生的新特征。通过分析这些关键原则以及其他进化相关的证据，我们可以建立起精确的分类系统。
谱系分类的优势在于它可以提供更准确、更全面的物种分类信息。通过谱系分类，我们能够了解不同物种之间的进化关系以及它们的起源。这对于研究生物多样性、生物进化以及物种保护等方面具有重要意义。谱系分类可以帮助我们更好地理解物种的多样性演化和生态功能。同时，它也可以为其他科学领域，如医学、农业和生态学等提供重要的参考和指导。
然而，谱系分类也存在一些限制和挑战。首先，谱系分类需要大量的生物遗传学数据和分子进化分析技术的支持，这在一些较为原始的物种上是难以实施的。其次，物种的进化关系往往是复杂的，存在着多次交叉进化和基因流的现象，这给谱系分类的准确性和可靠性带来了一定的挑战。
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在所有可能的谱系关系中；所涉及 到的进化改变事件数目最少的谱系 是最可信的，这就是简约性原则。 这四种动物可以有三种可能的谱系： 四种动物共同具有的特征忽略不计， 假定，牛与羊之间有40个相同特征； 狼与狐也有40个相同特征；每一种 动物又各自具有8个独有特征。
又
每一个进化事件产生或者改变一个特征； 牛进化出自己的 8 个独有特征需要8个进化事件； 牛进化到狼需40+ 8个进化事件； 牛进化到狐也需40+8 个进化事件； 牛进化到羊需8个进化事件； 全谱系涉及到 112 个进化事件。 而在谱系 C 中： 牛进化之身需8个事件； 牛进化到山羊需8个事件； 牛进化到具有共同最近祖先的狼与狐需40 + 8+ 8 = 56 个进化事件； 谱系涉及的进化事件总数为 72 ；（ 书本上重复 了狐狼各自有8个独有特征 ，删去 。）
按简约性原则；谱系 C以最少的进化事件 数目被认为是最可信的。 因为重复进化的可能性很小，一个特征一 旦进化产生，要么一直传递下去，要么 消失；不大可能重复出现，消失，再出 现 。如， 动物祖先从卵生进化到胎生， 胎生特征就一直保留下来，成为哺乳动物 的共同特征。
分子特征
核酸和蛋白质分子包含有系统发生的信息， 其它生物学大分子如多糖等也包含有系统 信息；所有这些生物大分子的特征总称 为分子特征。 在进行构建系统进化树时，一定要利用分 子信息；因为不同类群生物形态学的进 化速率差异很大；而分子进化速率相对 恒定。
分支系统学就是通过对性状特征的 分析来识别姊妹种，并以在谱系 关系上相对于共同祖先的距离 （ 共祖近度 ）百度文库来确定它们在谱 系中的关系。
分支系统分析的基本原则
1. 系统要求一个分类群应包含一个共同祖先的 所有已知的后裔成员，即，单源群 其所建立的分类系统是单源群系统。 2.系统内各单元是通过分支进化产生的，通过对 各分类对象的各种特征的比较分析来确定谱 系分支。 3.各分类单元之间共有的衍生同源相似性在确定 谱系关系和识别姊妹群上最有意义。 4.需要最少数目进化改变的进化谱系最可靠；即， 简约性原则。 5.各分类单元之间的共祖近度是衡量它们亲缘关 系远近的唯一指标。
根据进化中的分支来识别与区分分类单元， 以共祖近度来衡量不同分类单元之间的 亲缘关系，确立其在进化谱系中的地位， 建立分类系统与进化谱系相符合的分类 学。
通过形状特征的分析来识别姊妹群
通过各类形状特征的分析来追溯进化分支， 把生物的分类建立在谱系分支基础上称为 分支系统学或谱系系统学。 分支---- 也称为性状分歧，指具有区分意义的 形状特征的产生。 姊妹群----- 一类生物在时间上的延续构成了 一条进化线系，由同一条进化线系的分支 产生出两个对立的类群，称为姊妹群。
分类学
对生物物种进行识别鉴定描述命名及其归类 的专门学科。 生物与非生物之间有一个本质的区别；由于 生物经历了进化过程，各种生物之间有着 其历史的联系，这就是生物之间有亲缘关 系。 通过分类学的研究来追溯生物的系统发生， 推断进化谱系的研究学科称为系统学。
表型分类学与谱系分类学：
根据表型特征来识别区分物种， 按表型相似程度逐级分类，建立 分类系统。
性状性状特征是生物表型可识别的单位； 每一项特征又可以有多个可能的状态。 例如，脊椎动物的有性生殖方式特征可以 有卵生与胎生两个可能状态；动物的皮肤 附属物这项特征可以有；羽，鳞，毛，甲， 等可能状态。 以 牛，山羊，狼，狐，4 种动物为对象，分 析比较它们的特征，推断他们之间的谱系 关系。 从相同特征的数目指示相似程度，把相同 特征最多的种类聚在一起。
一个基因片段包含数百到数万个核苷酸对； 每个核苷酸位点相当于一个特征；每一位 点 有4 个可能的特征状态，相当于4种碱 基 ；蛋白质情况更复杂，一种蛋白质由 许多氨基酸组成，每一个氨基酸位点相 当于一个特征；每一位点有20种可替代 的氨基酸，相当于20个可能的特征状态。 用多糖分子来研究更为复杂化；因此分子 系统学的研究即生物信息学离不开计算 机科学技术。