粳稻种质资源SSR指纹图谱构建及遗传多样性分析
十二份三系杂交稻亲本的指纹图谱构建与应用
十二份三系杂交稻亲本的指纹图谱构建与应用摘要:选取分布于水稻12条染色体上的112对SSR引物对12份杂交稻亲本进行多态性分析,检测出35对多态性引物｡选取其中25对多态性好的引物构建了12份杂交稻亲本的指纹图谱｡利用特异引物分别对万优2号和K优88的杂交种进行纯度鉴定,结果表明,分子标记纯度鉴定与田间鉴定结果差异不明显｡关键词:杂交稻;指纹图谱;纯度鉴定Construction and Application of Fingerprinting Map of 12 Ternary Hybrid Rice Parents based on SSR MarkerAbstract: Polymorphism analysis on 12 ternary hybrid rice parents were taken by choosing 112 pairs of SSR primers from 12 chromosomes of rice; and 35 polymorphic primer pairs were detected at last. 25 pairs of SSR primers which showed higher polymorphism were used to construct the fingerprinting maps of the 12 ternary hybrid rice parents. The particular primers were used to identify the seed purity of Wanyou-2 and Kyou-88. The results showed that there was no significant difference between the result of SSR test and field test.Key words: hybrid rice; fingerprinting map; purity identificationDNA指纹反映同种生物体中的个体差异,由于个体DNA序列信息具有相对的稳定性,因此可结合现代分子生物学方法构建指纹图谱｡在水稻研究中,指纹图谱可用于杂交稻种子的真伪及纯度鉴定,避免田间鉴定的繁琐工作,同时为品种或材料申请专利保护提供分子水平的依据｡SSR作为基因组研究中的一种主要分子标记技术,在水稻中,已经广泛应用于遗传多样性分析､品种鉴定及遗传图谱构建等研究｡李云海等[1]利用SSR标记分析了生产上常用的杂交稻亲本,结果表明,生产中主要应用的水稻雄性不育系遗传背景较为单一｡郭慧等[2]利用SSR标记分析了24份水稻雄性不育系的遗传多样性,结果表明,四川及其他省(区)使用的细胞质雄性不育系之间的遗传基础较窄｡姜树坤等[3]利用SSR标记对辽宁省大面积种植的14个主栽品种进行了遗传多样性分析,结果表明,多数品种的亲缘关系较近,多样性不够丰富｡李进波等[4]利用SSR标记对两系杂交稻两优培胜的种子纯度进行了鉴定,结果与田间种植鉴定的结果完全吻合｡曾大力等[5]对湖北省某公证处封存的2份杂交稻材料进行了真假鉴定,结果显示2份材料的微卫星指纹差异明显｡肖小余等[6]利用SSR标记对四川省主推杂交稻品种进行了指纹图谱构建及品种鉴定,从指纹数据库中筛选出了用于D 优527纯度及真伪鉴定的特异引物｡詹天才[7]利用SSR标记对杂交稻种子进行了纯度鉴定,用两对多态性引物分别对掺假的威优46和金优207两个品种分别进行纯度鉴定,结果发现两者都能有效地将掺入组合中的假种子区分开｡彭锁堂等[8]利用SSR引物构建了9个杂交稻组合亲本的指纹图谱,组合纯度鉴定表明分子标记纯度鉴定与田间种植鉴定结果无显著差异｡研究选取分布于水稻12条染色体上的SSR引物112对,对重庆市常用杂交稻亲本进行多态性分析,并构建指纹图谱,以期为杂交稻品种的真伪及纯度鉴定等提供分子水平的依据｡1材料与方法1.1材料杂交稻亲本共12份,包括6份不育系(中九A､K18A､协青早A､金23A､川香29A ､宜香1A)及6份恢复系(万恢88､辐恢838､蜀恢527､绵恢725､万恢646､万恢355)｡纯度鉴定材料为万优2号(宜香1A/万恢355)和K优88(K18A/万恢88)｡1.2DNA提取取杂交稻亲本种子各20粒左右,杂交种万优2号和K优88各500粒,单独浸种并催发幼苗,待幼苗生长到约 5 cm时取单粒苗分别提取DNA,DNA提取采用CTAB法[9]｡1.3PCR扩增引物序列来自网站(/microsat),由上海英骏生物技术有限公司合成｡PCR仪为Eppendorf Mastercycler Personal｡25 μL的反应体系中包括:10 mmol/L Tris-HCl(pH值8.3),50 mmol/L KCl,1.5 mmol/L MgCl2,1UTaq酶,4 nmol/L dNTP,10 pmol/L引物,20ng模板DNA｡PCR程序为:94℃预变性5 min;94℃变性30s,55℃复性30 s,72℃延伸45 s,35个循环;72℃再延伸10 min｡每管反应产物中加入 2 μL溴酚蓝(含0.25%溴酚蓝和40%蔗糖水溶液),再用3%的琼脂糖凝胶电泳,EB染色后于凝胶成像系统上观察记录｡1.4数据处理选取扩增效果好的引物进行数据统计｡每对SSR引物检测一个位点,视每对SSR引物扩增产物中具有相同电泳迁移率的一条多态性条带为一个等位基因,并将清晰条带赋值为“1”,无条带赋值为“0”,构建亲本指纹数据库｡SSR标记进行纯度鉴定时,真杂交种应同时具有双亲电泳谱带,只具一个亲本电泳谱带的均视为杂株｡1.5田间纯度鉴定2010年于重庆三峡农业科学院高峰试验基地种植杂交稻万优2号及K优88各1 000株,试验设3次重复｡田间管理同大田生产,观察植株形态并鉴定其纯度｡2结果与分析2.112份杂交稻亲本的指纹图谱构建选取分布于水稻12条染色体上的112对SSR引物,对12份杂交稻亲本进行多态性分析,筛选出具有多态性的引物35对,占所用引物的31.25%,每对引物检测到的等位基因数为2~4个｡选取多态性较好的25对引物构建指纹图谱,25对引物的特异条带组合构成一个亲本材料的指纹,该指纹可用于相应杂交稻组合的真伪及纯度鉴定｡2.2万优2号及K优88的特异引物筛选万优2号的亲本宜香1A与万恢355之间有13对条带清晰､多态性好的SSR引物(图1)｡其中RM17可以将宜香1A与其他所有材料区分开,RM252和RM237可以将万恢355与其他恢复系区分开,这3对引物构成万优2号及其亲本的特异引物｡K优88的亲本K18A与万恢88之间有9对多态性好的SSR引物(图2)｡RM1､RM144可以将K18A与其他不育系区分开,RM213和RM341可以将万恢88与其他恢复系区分开,这4对引物构成K优88及其亲本的特异引物｡2.3万优2号和K优88纯度鉴定利用亲本差异引物RM17和RM341分别对杂交种万优2号与K优88进行纯度鉴定｡300个单株中,万优2号共检测出杂株11株,杂株率为3.67%;K优88共检测出杂株13株,杂株率为4.33%(图3)｡两者田间鉴定检出杂株率分别为2.40%和3.40%,两种鉴定方法所得结果比较吻合,说明SSR标记纯度鉴定与田间鉴定具有较好的一致性｡3讨论利用SSR分子标记构建杂交稻亲本指纹图谱后,可从中寻找相关杂交稻组合的特异引物,并用于该组合杂交种子的纯度及真伪鉴定｡研究利用多态性较好的25对SSR引物构建了12份杂交稻亲本的指纹图谱,从指纹数据库中筛选出杂交稻万优2号和K优88亲本的特异引物,并对两组合的杂交一代种进行了纯度鉴定｡结果表明,田间鉴定与SSR标记鉴定结果无明显差异,说明利用SSR分子标记进行杂交稻种子纯度鉴定结果准确可靠｡比较而言,田间纯度鉴定容易受到气候等外界条件的影响,且费时费力;利用SSR标记进行纯度鉴定则可以完全在实验室内完成,受外界条件影响较小,并且其重复性好､操作简单､用时短,研究从催发幼苗到完成PCR共耗时10 d｡利用引物RM341对K优88进行纯度鉴定时,杂交种除出现双亲的互补带型外,还有一条较弱的第三条电泳带｡辛业芸等[10]认为,此种电泳带的产生是由于杂交种的杂合链所致｡如果这种电泳带的确由杂交种的杂交链所产生,则可以进一步加强SSR标记鉴定的可信度｡因为只有真杂交种才可能产生杂交链,产生了杂交链才会出现除双亲互补带型以外的第三条电泳带｡参考文献:[1] 李云海,肖晗,张春庆,等.用微卫星DNA标记检测中国主要杂交水稻亲本的遗传差异[J].植物学报,1999,41(10):1061-1066.[2] 郭慧,李树杏,徐建第,等. 24份水稻细胞质雄性不育系的SSR多态性分析[J].杂交水稻, 2007,22(3):56-61.[3] 姜树坤,王政海,钟鸣,等.辽宁省近十五年部分主栽水稻品种的SSR多态性分析[J].植物生理学通讯,2007,43(1):69-72.[4] 李进波,牟同敏,夏建武,等.利用微卫星标记鉴定两系杂交稻两优培胜的种子纯度[J].中国农学通报,2002,18(6):10-13.[5] 曾大力,钱前,何平,等.利用分子生物学技术鉴别真､假杂交稻的研究[J].中国农业科学,1999,32(2):93-96.[6] 肖小余,王玉平,张建勇,等. 四川省主要杂交稻亲本的SSR多态性分析和指纹图谱的构建与应用[J]. 中国水稻科学,2006, 20(1):1-7.[7] 詹天才.利用微卫星DNA标记进行杂交水稻种子纯度鉴定的研究[J].杂交水稻,2002,17(5):46-50.[8] 彭锁堂,庄杰云,颜启传,等.我国主要杂交水稻组合及其亲本SSR标记和纯度鉴定[J].中国水稻科学,2003,17(1):1-5.[9] MURRAY M G,THOMPSON W F. Rapid isolation of high molecular weight plant DNA[J]. Nucleic Acids Res,1980,8(19):4321-4325.[10] 辛业芸,张展,熊易平,等.应用SSR分子标记鉴定超级杂交水稻组合及其纯度[J].中国水稻科学,2005,19(2):95-100.。
SSR分析遗传多样性
SSR分析遗传多样性1 SSR简介简单重复序列，也称微卫星（SSR），其串联重复的核心序列为1-6bp，其中最常见的是双核苷酸重复，即（CA）n和（TG）n，在植物基因组中（AT）n最多，长度一般在100bp以内。
尽管微卫星DNA分布于整个基因组的不同位置，但其两端序列多是保守单拷贝序列，因此可以根据这两端的序列设计以对特异引物，通过PCR技术将其间的核心微卫星DNA序列扩增出来，利用电泳分析技术就可以获得其长度多态性。
SSR标记的高度多态性主要来源与串联数目的不同。
根据分离片段的大小决定基因型，并计算等位基因发生频率。
2 SSR的分类根据SSR核心序列排列方式的不同，可分为3种类型：1）完全型，指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA。
如：ATATATATATATATATATATATATATATATATAT；2）不完全型，指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基，但两端的连续重复核心序列重复数大于 3 。
如：ATATATATGGATATATATATCGATATATATATATATATGGATATATATAT；3）复合型，指2个或2个以上的串联核心序列由3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开，但这种连续性的核心序列重复数不少于5 。
如：ATATATATATATATGGGATATATATATATA 。
3种类型中完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
3 SSR在植物基因组中的分布在植物中，平均23.3kb就有一个SSR；双子叶植物中的SSR数量大于单子叶植物，前者两个SSR之间的平均间距为21.2kb，后者为64.6kb；绝大多数单碱基重复型及2碱基重复型SSR存在于非编码区，3碱基重复型多位于编码区。
4 SSR标记的应用目前SSR分子标记已成为系谱分析、分类鉴定、亲缘关系分析、体细胞杂种鉴定、遗传图谱构建、基因定位、育种材料早期选择首选的分子标记之一。
SSR技术已在苹果、梨、桃、杏、葡萄、柑橘、称猴桃、板栗、核桃、樱桃、山植、椰子等果树上有了很多的应用。
基于新版本农业行业标准的水稻品种真实性SSR检测方法
基于新版本农业行业标准的水稻品种真实性SSR检测方法作者：杨华李亚春毛从亚来源：《江苏农业科学》2016年第07期摘要：新的农业行业标准NY/T 1433—2014《水稻品种鉴定技术规程：SSR标记法》于2014年6月1日实施，笔者所在实验室依据新的标准建立了新的水稻品种真实性鉴定体系。
将2个水稻样品（编号为A、B）与其标注的品种名称相同的标准样品（编号：SD20140244）进行了比对，结果表明，样品A与标准样品无位点差异，判定为近似品种；样品B与标准样品有6个位点差异，判定为不同品种。
关键词：水稻；行业标准；品种真实性鉴定中图分类号： S511.037 文献标志码： A 文章编号：1002-1302（2016）07-0087-03水稻品种真实性鉴定即鉴定一份种子样品与所属的品种、种或文件描述是否相符。
最初一般采取田间种植鉴定的方法对品种真实性进行鉴定，但是由于此方法周期长，有时鉴定结果出来后种子销售已经结束，不能满足种子市场管理机构快速、准确鉴定种子真实性的新要求。
另外由于江苏省以常规水稻为主，部分品种亲缘关系比较近，田间种植表型差异很小，甚至基本无表型差异，给鉴定工作造成了困扰。
随着生物技术的飞速发展，分子标记技术尤其是SSR 分子标记技术在品种真实性鉴定工作中被广泛应用[1-4]。
SSR分子标记具有非组织和发育阶段特异性、不容易受外界环境影响、多态性高、在基因组中分布广泛、呈共线性遗传等优点[5-7]。
采用SSR分子标记技术检测品种真实性的方法快速、简便且重演性高。
2007年，国家出台了农业行业标准NY/T 1433—2007《水稻品种鉴定：DNA指纹方法》，一直以来，种子检测机构进行水稻品种真实性鉴定工作时都是以此标准作为检测和结果判定的依据。
2014年，农业部在深入研究和广泛征求基层单位意见的基础上更新了此标准，出台了新的农业行业标准NY/T 1433—2014 《水稻品种鉴定技术规程：SSR标记法》。
耐热水稻种质资源的筛选与初步评价
耐热水稻种质资源的筛选与初步评价耐热水稻是指对高温环境具有较强适应能力的水稻品种，能够在高温条件下保持正常生长发育，同时保持较高的产量和品质。
随着全球气候变暖的趋势日益明显，耐热水稻的研究与育种逐渐成为了一个热门的领域。
目前，全球范围内对耐热水稻种质资源的筛选与初步评价工作也在不断开展中。
本文将对耐热水稻种质资源筛选与初步评价的研究进展进行综述和分析。
一、耐热水稻种质资源的筛选方法1. 野生种质资源筛选法：野生水稻种质资源是耐热水稻育种的重要来源，具有丰富的基因资源和适应性。
通过对野生水稻的野外采集和人工驯化，筛选出对高温环境具有较强适应能力的种质资源，是一种重要的筛选方法。
2. 现代分子生物学方法：利用分子标记技术对大量水稻种质资源进行遗传多样性分析和QTL定位，筛选出与耐热性相关的候选基因和分子标记，是一种高效的筛选方法。
3. 生理生化方法：通过对水稻耐热性相关生理生化指标的测定和分析，筛选出表现出较强耐热性的种质资源，是一种直观有效的筛选方法。
以上几种筛选方法可以互补和结合使用，以提高对耐热水稻种质资源的筛选效率和准确性。
1. 幼苗期耐热性：对幼苗在高温环境下的生长情况和生物量进行观察和测定，评价其耐热性能。
2. 成熟期耐高温：对成熟期水稻植株在高温环境下的抗旱抗逆性进行观察和评价。
3. 产品性状表现：包括产量、品质和抗病虫害性状的表现，评价其耐热水稻的农艺性状和经济效益。
4. 分子水平评价：通过分子标记和生物学检测手段，评价其耐热性相关候选基因和分子标记的表现和遗传特性。
通过以上指标的综合评价，可以初步筛选和评价出具有较强耐热性和优良农艺性状的水稻种质资源。
耐热水稻种质资源的筛选与初步评价是耐热水稻育种工作的重要一环，其研究成果将为耐热水稻育种和耐热性机制的研究提供重要的理论和实践依据。
耐热水稻种质资源的筛选与评价工作还将为种子企业和农业生产提供高效的耐热水稻种质资源，推动新型抗旱抗逆性水稻品种的研发和应用。
SSR分子标记在植物遗传育种中的应用
SSR分子标记在植物遗传育种中的应用摘要: SSR ( Simple Sequence Repeat)是建立在PCR技术上的一种广泛应用的分子标记，具有含量丰富、多态性高、共显性等优点。
简要介绍了SSR标记技术的原理和特点，并总结了该技术在植物遗传多样性、遗传图谱构建、分子标记辅助选择、种质资源保存、利用评价、植物群体遗传分析等方面的应用。
关键词:SSR ( Simple Sequence Repeat) ；分子标记；遗传多样性；遗传图谱；遗传分析在人类及动植物的基因组中，包括内含子、编码区及染色体上的任一区域，均存在着1-6个核苷酸为基本重复单位的串联重复序列（simple sequence repeats），简称SSR，又称微卫星DNA（microsatellite DNA），其长度大多在100bp 以内。
研究表明，在真核生物中大约每隔10-50kb就存在1个微卫星，其主要以2个核苷酸为重复单位，也有一些微卫星重复单位以3个核苷酸，极少数为4个核苷酸或更多，如（GA）n、（AC）n、（GAA）n、（GATA）n等。
人和动物中的微卫星重复单位主要为（TG），植物基因组中（AT）重复较（AC）重复更为普遍。
而且从进化的角度看，物种间重复序列的差异是自然选择和生物对环境适应的结果，生物进化的水平越高，重复序列占DNA总量的比重就越大，如噬菌体基因组中重复序列占10%，细菌位20%，酵母为30%，小麦为83%，在人的基因组中这一指数高达90%。
遗传标记(Genetic markers)是指与目标性状紧密连锁且与该性状共同分离并易于识别的可遗传等位基因变异。
在遗传育种研究中，遗传标记指的是与目标性状紧密连锁,同该性状共分离的可遗传的标识。
遗传标记已经经历了形态标记,细胞学标记,生化标记和分子标记4个阶段。
前3类遗传标记都是对基因的间接表达,并且标记位点少，多态性差，容易受到季节变化、环境因素等的影响,所以已经逐步被分子标记所代替。
我国水稻种质资源创新研究与利用进展
植物遗传资源学报 2024，25 （4 ）：495-508DOI：10.13430/ki.jpgr.20231029001 Journal of Plant Genetic Resources我国水稻种质资源创新研究与利用进展杨德卫1，张海峰2，余文权3（1福建省农业科学院水稻研究所，福州 350019；2福建省农业科学院资源环境与土壤肥料研究所，福州 350000；3福建省农业科学院茶叶研究所，福州 350000）摘要：农业种质资源主要包括农作物、畜禽、农业微生物和药用植物等种质资源。
截止到2023年，我国保存的作物种质资源有超过54万份，其中有8万多份是水稻种质资源，如何对这么庞大的水稻种质资源进行精确评价与利用，这将对今后水稻种质创新与育种具有重要意义。
本文梳理了我国水稻种质资源收集、评价与精确鉴定、水稻新品系创制、水稻杂种优势利用、水稻种质创制新技术、新方法以及水稻优异基因资源的挖掘与利用等方面的进展，并归纳形成了水稻种质资源创制与利用的新模式。
最后，本文就当前水稻核心种质构建、种质资源鉴定与挖掘以及种质资源共享共赢机制等方面的问题进行了探讨，并就如何加强专用型核心种资的构建、种质资源的精确鉴定、种质资源的创新研究、种质资源的共享机制以及种质资源的合作交流进行了分析与展望，以期为进一步深入开展水稻种质资源鉴定评价与创新利用提供一定的参考和帮助。
关键词：水稻；种质资源；创新；利用；基因Progress on Innovative Research and Utilization of RiceGermplasm Resources in ChinaYANG Dewei1，ZHANG Haifeng2，YU Wenquan3（1Rice Research Institute， Fujian Academy of Agricultural Sciences， Fuzhou 350019；2Institute of Resources， Environment and Soil Fertilizer， Fujian Academy of Agricultural Sciences， Fuzhou 350000；3Tea Research Institute，Fujian Academy of Agricultural Sciences， Fuzhou 350000）Abstract：Agricultural germplasm resources mainly include crops，livestock and poultry，agricultural microorganisms and medicinal plants. There are 134，000 crop germplasm resources preserved in China， among which 74，000 are rice germplasm resources. How to accurately evaluate and utilize such huge rice germplasm resources is of great significance in rice germplasm innovation and breeding. In this paper，we reviewed the progress in collection，evaluation and accurate identification of rice germplasm resources，creation of new strains of rice，utilization of heterosis of rice，new techniques and methods of rice germplasm creation，and exploration and utilization of excellent genetic resources of rice，and summarized a new model of rice germplasm resource creation and utilization. Finally，this article discussed the current problems of rice core germplasm construction， germplasm resources identification and mining， and germplasm resources sharing and win-win mechanism. At the same time，we analyzed and prospeced how to strengthen the construction of specialized core seed resources， the accurate identification of germplasm resources， the innovative research of germplasm resources，the sharing mechanism of germplasm resources and the cooperation and exchange of收稿日期：2023-10-29 修回日期：2023-12-06 网络出版日期：2023-12-19URL： https：///10.13430/ki.jpgr.20231029001第一作者研究方向为水稻优异基因挖掘与利用，E-mail：***************通信作者：余文权，研究方向为茶树资源利用与茶文化，E-mail：****************基金项目：福建省农业高质量发展超越“5511”协同创新工程（XTCXGC2021019）；院平台提升建设项目（CXPT20230003）；院东西部合作项目（DKBF-2024-12）Foundation projects：Fujian Agricultural High-quality Development Beyond the "5511" Collaborative Innovation Project （XTCXGC2021019）；Institute Platform Upgrading Project （CXPT20230003）； The College's East and West Cooperation Project （DKBF-2024-12）植物遗传资源学报25 卷germplasm resources， in order to provide some reference and help for further development of the identification，evaluation and innovative utilization of rice germplasm resources.Key words：rice；germplasm resources；innovate；utilization；gene农业种质资源又称遗传资源、基因资源，是指一切对人类具有实际或潜在利用价值的遗传材料［1］。
SSR分子标记技术在遗传学实验教学中的应用
SSR分子标记技术在遗传学实验教学中的应用夏曦中;车婧;章志宏;王建波【摘要】该实验是科研成果转化为实验教学的一个案例.选择位于水稻不同连锁群上的6对SSR引物构建了2个杂交稻及其亲本的SSR指纹图谱,建立了一套适合于本科生实验的杂交水稻亲本鉴定的稳定的SSR技术体系.筛选的6对引物进行PCR扩增得到的杂交稻均有2条带.由SSR指纹图谱分析可得:杂交稻P5的亲本是P2和P4,P6的亲本是P1和P3.通过本实验巩固了学生关于分离定律的学习,并有所延伸.%This is a case to turn an achievement in scientific research into the teaching experiment. It helps students to learn the theory and method of SSR marker from the experiment, and helps them grasp the technology how to identify the genetic relatives based on SSR fingerprint. It is adapted to teaching experiment that the technology of the six SSR primers in different chromosomes in hybrid rice is selected to distribute the SSR fingerprint of two hybrid rice combinations and their parents. The two bands of hybrid rice are complement types of their parents. Baaed on the SSR fingerprint, it can conclude that P2 and P4 are the parents of P5, and P1 and P3 are the parents of P6. Mendel's law of segragation and other knowledge can be consolidated by this experiment.【期刊名称】《实验技术与管理》【年(卷),期】2012(029)006【总页数】3页(P48-50)【关键词】遗传标记;遗传学实验;SSR;杂交水稻【作者】夏曦中;车婧;章志宏;王建波【作者单位】武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072;武汉大学生命科学学院,湖北武汉430072【正文语种】中文【中图分类】Q3-3;G642.423Abstract：This is a case to turn an achievement in scientific research into the teaching experiment.It helps students to learn the theory and method of SSR marker from the experiment，and helps them grasp the technology how to identify the genetic relatives based on SSR fingerprint.It is adapted to teaching experiment that the technology of the six SSR primers in different chromosomes in hybrid rice is selected to distribute the SSR fingerprint of two hybrid rice combinations and their parents.The two bands of hybrid rice are complement types of their parents.Based on the SSR fingerprint，it can conclude that P2and P4are the parents of P5，and P1and P3are the parents of P6.Mendel’s law of segragation and other knowledge can be consolidated by this experiment.Key words：genetic marker；genetics experiment；SSR；hybrid rice遗传标记包括形态学标记、细胞学标记、生化标记与分子标记。
【浙江省自然科学基金】_ssr_期刊发文热词逐年推荐_20140812
推荐指数 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2013年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22
科研热词 通用性 水稻 多态性 基因定位 分子标记 遗传结构 突变体 稻瘟菌 稻瘟病菌 稻瘟病 白化致死 杂种鉴定 无毒基因 文蛤 形态特征 小穗梗弯曲 基因组 图位克隆 光萼荷属 ssr标记 g-ssrs est-ssrs
推荐指数 4 3 3 3 3 2 2 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1 1
2010年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23
科研热词 推荐指数 基因定位 3 遗传分析 2 水稻 2 霜霉病 1 遗传距离 1 遗传多样性 1 薄壳山核桃 1 花粉直感效应 1 种间杂交 1 短根 1 温岭 1 浆片颖壳化 1 水稻(oryza sativa l.) 1 山核桃 1 大白菜 1 地方梨品种 1 叶发育 1 分子标记 1 丽水 1 丝状叶 1 ssr 1 dna分子标记 1 aflp 1
2008年 序号 1 2 3 4 5 6 7 8 9 10 11 12 13 14 15 16 17 18 19 20 21 22 23 24 25
科研热词 推荐指数 水稻 2 遗传育种 1 遗传差异 1 遗传多样性分析 1 近等基因系 1 纯合 1 粳稻 1 第6染色体短臂 1 第1染色体短臂 1 水稻(oryza sativa l.) 1 果树 1 数量性状座位(qtl) 1 多态性 1 基因型 1 千粒重 1 剩余杂合体(rhl) 1 剩余杂合体 1 分子系统发育 1 偏态分离 1 产量性状 1 ssr标记 1 ssr 1 qtl 1 est-ssr 1 dh群体 1
基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建
基于SSR标记的68份红毛丹种质资源DNA指纹图谱构建【摘要】本研究基于SSR标记对68份红毛丹种质资源进行了DNA指纹图谱构建。
通过DNA提取和PCR扩增，获取了大量的遗传信息。
数据分析和图谱构建结果显示了这些红毛丹种质资源之间的遗传关系和多样性程度。
图谱分析与比较进一步揭示了它们之间的遗传差异。
这项研究对于红毛丹的种质资源保护、遗传改良和品种选育具有重要意义。
未来的研究可以进一步挖掘这些遗传信息，为红毛丹的遗传改良和品种选育提供更多的参考和支持。
通过这项研究，我们可以更好地了解红毛丹的遗传多样性，为其研究和利用提供更多的科学依据。
【关键词】红毛丹、SSR标记、DNA指纹图谱、种质资源、构建方法、PCR 扩增、数据分析、图谱结果、图谱分析、未来展望。
1. 引言1.1 研究背景红毛丹（Mangifera indica L.）是热带水果树中的重要物种，具有丰富的生物资源和巨大的经济价值。
由于其复杂的遗传背景和缺乏良好的遗传标记，红毛丹品种资源的遗传鉴定和保育工作一直面临挑战。
DNA指纹图谱是一种有效的遗传标记技术，可以精确地鉴别不同植物品种间的遗传关系和遗传多样性。
构建红毛丹种质资源的DNA指纹图谱对于深入了解其遗传特性、优异品种的筛选和引种工作具有重要意义。
过去的研究主要使用单一或少量的基因标记进行红毛丹品种的遗传分析，缺乏系统性和全面性。
基于SSR标记的DNA指纹图谱构建技术，可以同时检测大量的遗传标记位点，具有高度可重复性和信息量丰富的特点，适合于红毛丹种质资源的遗传多样性评估和品种鉴定。
本研究旨在利用SSR标记技术，对68份红毛丹种质资源进行DNA指纹图谱构建，从而为红毛丹遗传资源的保护、育种和品种改良提供科学依据和技术支持。
1.2 研究目的本研究的主要目的是通过利用SSR标记技术，对68份红毛丹种质资源进行DNA指纹图谱构建。
通过这一研究，我们希望能够全面了解红毛丹品种的遗传多样性和遗传关系，为红毛丹的遗传改良和品种保护提供科学依据。
江西省2009年水稻区试品种的DNA指纹图谱构建及遗传多样性分析
江西农业学报2010，22(9)：20～23A ct a A gi c ul t ur ae J i an gxi江西省2009年水稻区试品种的D N A指纹图谱构建及遗传多样性分析朱珊1，黄仁良1，孙娜2，魏永清1，张松繁3，赵斧，贺国良5，沈显华卜(1．江西省农业科学院水稻研究所，江西南昌330200；2．江西农业大学生命科学与工程学院，江西南昌330045；3．江西省湖13县种子管理局，江西湖口332500；4．江西省农业科学院蔬菜花卉研究所，江西南昌330200；5．江西省种子管理局，江西南昌330046)摘要：构建D N A指纹图谱对新品种登记注册、种子质量鉴定、品种权益保护、遗传资源评价等具有重要的意义。
本研究利用12对水稻SSR引物，构建江西省2009年度区域试验品种的D N A指纹图谱。
通过聚类分析发现本研究中的水稻品种种质资源遗传多样性相对狭窄。
关键词：D N A指纹图谱；SS R分子标记；水稻；遗传多样性；江西省中图分类号：$511文献标识码：A文章编号：1001—8581(2010)09—0020—04Est abl i s hm ent of D N A F i nger pr i nt s and A nal ysi s of G ene t i c D i ver s i t y of R i ceV ar i et i es i n R egi onal T es t s of Ji angxi Pr ovi nceZ H U Sh a h’，H U A N G R e n—l i a ng。
，S U N N a2，W E I Y o ng—c l i n91，ZH A N G Son g—f an’，Z H A O Pi n94，H E G u o—l i a n95，SH EN X i an—hua l+(1．R i ce R e sea r c h I nst i t u t e，Ji ang xi A c ade m y of A gr i cu l t ur al S c i en ces，N anc han g330200，C hi n a；2．C o l l ege of Li fe Sci ence and E ngi—neer i ng，Ji angxi A gr i cult ur al U ni ver si t y，Nancha ng330045，C hi n a；3．S ee d A dm i ni s t r at i on B u r ea u of H ukou C o unt y i n J i an gxi P r ov—i nce，H ukou332500，Chi na；4．V eg et abl e a nd Fl o w er R e sear c h I ns t it ut e，J i angxi A c ade m y of A酣cul t ur al S c i e nc es，N anchang 330200，C hi na；5．S ee d A dm i ni s t r at i on B u r ea u of J i an gxi Pr ovi nce，N anc hang330046，Chi na)A bs t r a ct：D N A f i n ger p r i nt ing i s a us ef ul t ool f or t he r egi st r at i o n of ne w cuhi var s，t es t of s eed qual i t y，pr ot ect i on of c u hi var s’r i ght s，a nd eval uat i on of genet i c di vers i t y．I n t hi s s t udy，t he D N A f inger p r i n t s of r i ce var i eti es t es t ed i n t he r egi o nal adapt abi l it y t r i al s of J i an gxi pr ov i nce i n2009w er e es t abli s hed by m e an s of12pai r s of S SR pr i m el's．C l us ter i ng anal y s i s s how e d t ha t t he genet i c diver si t y of ri c e var i eti es i nvol ved i n t he t r ai l s w a s r el at i ve ly nar r o w．K e y w ords：D N A f i nger pr i nt s；SSR m ol ecul ar m a r ker s；Ri ce；G e net i c di ver s i t y；J i ang xi品种D N A指纹的本质是一系列特异的D N A片段。
水稻品种DNA指纹检测及其应用
3、琼脂糖凝胶电泳
1）制胶：用1×TAE液配制4%琼脂糖凝胶70 ml+10 ul GoldViewer 2）点样：每管加入2ul溴酚兰加样缓冲液，瞬时离心。
取10ul 扩增产物点样 (请注意点样顺序)
3）电泳：稳压（100V），电泳1.5h 4）观察：紫外灯下观察电泳结果
4、实验结果分析 多态性标记的筛选
6个多态性标记构建的水稻品种SSR指纹图谱
RM587 RM264 RM278 RM228 RM202 RM17
红莲优6号A
A
A
A
A
A
两优培九 B
B
A
A
A
B
P1 A
B
A
A
B
B
P2 A
A
B
B
B
A
P3 AB AB AB AB AB AB
P4 A
AB A
A
AB AB
请利用不同品种的SSR指纹图谱判断P5、P6杂交种的亲本来源
1、ddH2O 2、10×buffer
10*72=720 ul 2.0*72=144 ul
1500 ul 180 ul
3、25mM MgCl2 4、10mM dNTPs
1.8*72=130 ul 1.0*72=72 ul
150 ul 100 ul
5、10uM primer
2.0*12*6=24 ul*6 30 ul*6 (每对正反引物混合)
1、ddH2O
10.0
2、10×buff
2.0
90.0 18.0
3、25mM MgCl2
1.8
16.2
4、10mM dNTPs 1.0
32份水稻抗稻瘟病材料的SSR遗传多样性分析
摘
要 ： 了对抗稻瘟病品种的选 育及种 质资源保 护利用提供依据 ， 为 利用 ２ ４对 Ｓ Ｒ引物对筛选 出的 ３ Ｓ ２份 抗稻瘟病地 方种质资源
（ 品种 ） 进行 了遗传 多样性分析。结果表 明： ２ ４个位点共扩增 出１７个 等位 变异 ， ７ 平均每个位 点 ７ ３ ５ ， 均 Ｎ ｉ Ｓ 因多样性 ．７ 个 平 ｅ 基 ’ 指数为 ０ ７ ９ ， ． １４ 平均多态信息含量为 ０ ６ ３ ， ．７ ５ 供试材料整体 遗传 变异较丰富， 粳稻材 料稍高于籼稻 ， 但差异 不显著 ； 全部供试 材料
Ｃ ｕｔｒｎ ｎ ｌｓｓｓ ｏ ｄ ｅ ｈ ｉ ｌｒ ｏ ｆｃｅ ｔＷａ ３ ｈ ｔｒ ｅ ｉｉｅ ｎｏＩ ｄｃ ｎ ａ ｎｃ ｒｕ ｓ Ｔ ｅ ｇｎ ｔ ｌ ｓｅ ｇａ ａｙｉ ｈ ｗｅ ｗｈ ｎ ｔｅ ｓｍｉ ｉ ｃｅ ｉｉｎ ｓ ０． ４ ｔｅ ｍａｅ ａ ｗ ｒ ｄｖｄ ｉｔ ｎ ｉａａ ｄ Ｊ ｐ ｉａ ｇｏ ｐ ． ｈ ｅｉ ｉ ａｔ ｙ ｉ ｌ ｅ ｄ ｏ ｅ ｃ ｅ ａｉ ｓ ｉ ｓ ８ｍｅｒａ ｅ ｔ ｈ ｉ ｅ ｇａ ｈｃ ｒ ｉ． ｒｌｔ ｎ ｈｐＷａ ｏ ｌｔ ｏｔｅｒｇ ｏ ｒｐ ｉ ｌｏ ｇｎ ｏ ｅ ｄ ａ ｉ Ｋ ｅ ｒ ｓ Ｒｉｅｂａ ｔ ｙ ｗｏ ｄ ： ｃ ｌ ；Ｒｅｉｔｎ ｔｒａ ；Ｓ Ｒ；Ｇｅ ｅｉ ｉｅ ｉ ｓ ｓｓａ ｔｍａｅ ｌ ｉ Ｓ ｎ ｔ ｄｖ ｒ ｔ ｃ ｓｙ
Ｇｅ ｅｉ ｖ ｒ ｉ ｆ３ ｓｓａ ｔＭ ａ ｅ ｉ ｌ ｔ ｃ ａ ｔＢａ ｅ ｎ Ｓ Ｒ ａ ｋ ｒ ｎ ｔ Ｄｉ ｅ ｓｔ ｏ ２ Ｒｅ ｉｔ ｎ ｔ ｒａｓ ｏ Ｒｉｅ Ｂｌｓ ｓ ｄ ｏ Ｓ Ｍ ｒ ｅ ｓ ｃ ｙ
Ｔ Ｎ Ｑｎ－ｕ ＡＮ ｅｈ ｉ ＨＥＨａ ｙｎｚ ＨＥ Ｘｉ － ｎ ，ＷＵ Ｓ ｉ ｉｇ ， Ａ ｉ ， Ｎ ｕ － ｅ ‘ Ａ ｉｇｑ ｎ ，Ｙ ＧＸｕ－ｕ ， ｌ ｏ ｇ ，Ｃ Ｎ ａ ｊ － ｏｕ ｈ－ ｎ２ ＹＵ Ｎ Ｊ ＷＡ Ｇ Ｙ ｎｙ ｐ ｅ ｕ （ ． ａｉ ａ Ｃ ｎｅ ｒＡ ｒ ｕｔｒｌ ｉ ｉｅｓｙ ｕｍ ｎＡ ｒ ｕｔ ａ Ｕ ｉ ｒ ｔ，Ｙ ｎ ａ ｕｍｉｇ６ ００ ， ￣ｎ ； ．Ｉｓｔｔ ｆＰａ ｔ １ Ｎ ｔ ｎ ｌ ｅ ｔ ｆ ｇｉ ｌ ａ ｏ ｖｒｉ ，Ｙ ｒａ ｇｉｌ ｕ ｌ ｎｖ ｓｙ ｕ ｎｎ Ｋ ｎ ｎ ５ ２ １ Ｃ ａ ２ ｎｔｕｅｏ ｌｎ ｏ ｒｏ ｃ ｕ Ｂｄ ｔ ｃ ｒ ｅｉ ｉ
SSR标记及在水稻遗传育种中的应用
SSR标记及在水稻遗传育种中的应用张桂莲,陈立云,张顺堂,雷东阳(湖南农业大学水稻科学研究所,长沙,410128)摘 要:SSR标记是在PCR基础上发展起来的新型分子标记,已开始应用于基因组研究的各个领域。
概述了SSR类型、特点、原理,总结了其在水稻遗传育种方面的应用,并讨论了其所存在的问题。
关键词:SSR;分子标记;水稻;遗传育种中图分类号:S511.03503 文献标识码:A 文章编号:100125280(2004)0520325204 简单重复序列(Si m p le sequence repeat,SSR)亦称微卫星DNA(m icro satellite DNA),是一类以少数几个核苷酸(一般1～6个)串联重复的DNA序列。
SSR广泛分布于真核生物基因组中。
对SSR的研究始于动物基因组。
1974年Sk inner等在寄居蟹DNA中发现了一类(TA GG)n[1]。
1982年H a m ada等在人心肌肌动蛋白(H a225)的内含子中发现了一个重复25次(T G)序列[2]。
随后在其它生物的研究中也发现了相似的串联重复序列。
由于SSR在不同基因组型间表现高度的多态性,使其很快成为一种新的分子标记[3],在多种作物中广泛应用。
本文拟就SSR标记类型、特点、原理及其在水稻遗传育种中的应用作一简要综述。
1 SSR类型根据SSR核心序列排列方式的不同可将SSR分为完全型(perfect)、不完全型(i m perfect)和复合型(compound)。
完全型SSR是指核心序列以不间断的重复方式首尾相连构成的DNA;不完全型SSR是指在SSR的核心序列之间有3个以下的非重复碱基,但两端的连续重复数大于3;复合型SSR是指2个或2个以上的串联核心序列有3个或3个以上的连续的非重复碱基分隔开,但这种连续性的核心序列重复数不少于5。
W eber 等[4]研究指出,这3种类型SSR在人类基因组中所占的比例差异很大,分别为64%,25%和11%,3种类型内完全型是SSR标记中应用较多的一种类型。
SSR_分子标记在玉米研究中的应用
作者简介：王若丁（1986—），女，硕士，研究实习员，研究方向为牧草研究、饲草栽培、分子标记辅助育种。
*通信作者：钟鹏（1978—），男，硕士，研究员，研究方向为作物育种与栽培。
SSR分子标记在玉米研究中的应用王若丁1,2，钟鹏1,2*，王建丽3，高海娟1,2，孙蕊1,2，李伟1,2，徐艳霞1，杨曌1，李莎莎1，王晓龙1，刘丽4（1.黑龙江省农业科学院畜牧兽医分院，黑龙江齐齐哈尔161005；2.黑龙江省草原与牧草育种重点实验室，黑龙江齐齐哈尔161005；3.黑龙江省农业科学院草业研究所，哈尔滨150086；4.黑龙江省农业科学院克山分院，黑龙江克山161606）摘要：SSR 简单重复序列也称微卫星DNA ，是由特异性的引物进行PCR 扩增分析的一种分子标记技术。
简要介绍了SSR 分子标记的原理，分析了SSR 分子标记在玉米的种质资源、品种纯度鉴定、真伪鉴定、遗传多样性、种质性状等方面的应用。
通过研究表明：能够利用SSR 分子标记技术对玉米的品种纯度鉴定、真伪性鉴定、遗传结构、亲缘关系、优劣群体的划分、种质性状等方面进行分析，同时也能为以后研究玉米的遗传连锁图谱构建、分子标记辅助育种、基因定位和种质资源等方面提供参考。
关键词：SSR ；分子标记；玉米；遗传多样性中图分类号：S513文献标志码：A文章编号：1001-0084（2024）01-0076-05Application of SSR Molecular Markers inMaize ResearchWANG Ruoding 1,2,ZHONG Peng 1,2*,WANG Jianli 3,GAO Haijuan 1,2,SUN Rui 1,2,LI Wei 1,2,XU Yanxia 1,YANG Zhao 1,LI Shasha 1,WANG Xiaolong 1,LIU Li 4(1.Branch of Animal Husbandry and Veterinary Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences,Qiqihar 161005,Heilongjiang China;2.Heilongjiang Provincial Key Laboratory of Grassland and Forage Breeding,Qiqihar 161005,Heilongjiang China;3.Grassland Research Institute of Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences,Harbin 150086,China;4.Keshan Branch,Heilongjiang Academy of Agricultural Sciences,Keshan 161606,Heilongjiang,China )Abstract:SSR (simple sequence repeat)is a molecular marker technology for PCR amplification analysis by specific primers,also known as microsatellite DNA.The principle of SSR molecular markers was introduced,and the application of SSR molecular markers in germplasm resources,variety purity identification,authenticity identification,genetic diversity and germplasm traits of corn was analyzed.The results showed that SSR molecular marker technology could be used to analyze the variety purity identification,authenticity identification,geneticstructure,genetic relationship,division of superior and inferior groups,germplasm traits and other aspects of corn,and also could provide references for future researches on the construction of genetic linkage map of corn,molecular marker-assisted breeding,gene mapping,germplasm resources and other aspects.Key words:SSR (simple sequence repeat);molecular markers;corn;genetic diversitiesDOI:10.20041/ki.slbl.2024.01.016问题探讨Problem Discussion1SSR简介SSR也称微卫星DNA，是一种通过特异性的引物进行PCR扩增分析的分子标记技术。
水稻基因图谱的构建及应用
水稻基因图谱的构建及应用现代农业技术的发展给人类的粮食生产增产增效带来了新的机遇和挑战。
水稻作为我国主要的粮食作物之一，其品种的研发一直是国内农业科技研究领域的一个热门话题。
在过去几十年的研究过程中，人们逐渐发现了水稻中许多关键的基因，这些基因的研究和遗传改良已经成为水稻研究的重点之一。
本文将重点介绍水稻基因图谱的构建及应用，以期为该领域研究者提供参考和借鉴。
一、水稻基因图谱的构建1.1 定义及意义水稻基因图谱，即水稻整个基因组的图谱，包括水稻基因组的物理地图、遗传图谱和基因功能图等。
搭建水稻基因图谱是研究水稻基因结构和功能的一项基础性工作，对于揭示水稻生命活动的机理，加速水稻育种进程，提高水稻产量和品质有着重要的意义。
1.2 构建方法水稻基因图谱的构建采用了一系列的生物技术手段，其中包括基于不同克隆方法产生的一系列分子标记、GenBank中的EST、已注册的基因等。
这些分子标记、基因和EST可以方便地通过计算机处理以建立各种类型的遗传图谱。
通过建立这些遗传图谱，既可以帮助解决水稻基因组中的基因：- 精细定位基因的位置及特点，- 发现突变形式，- 评估单个基因驱动的phenotypic effects。
此外，还可以建立水稻物理地图来精确定位基因的位置。
我们可以使用不同的克隆方法建立不同的分子标记，如RAPD、SSR、AFLP、RAD等方法。
这些标记可以在基因组上独立或一起使用，从而形成一个可生成水稻基因型的连锁图谱。
通常，这些连锁图谱会用来与整个基因组上的候选基因进行匹配，以更好地了解这些基因的位置及其环境。
1.3 近年来的进展近年来，随着高通量测序技术的不断发展，研究者们已经建立了越来越多的水稻基因组测序数据，使得水稻基因图谱的构建工作取得了许多重要的进展。
目前已经建立的水稻基因图谱很大程度上反映了水稻基因组的全貌，并且能够应用于水稻基因功能研究及育种。
二、水稻基因图谱的应用2.1 基因组学研究水稻基因图谱可用于鉴定新的基因位点，这些新的位点可以帮助基因工程师们对植物进行基因改造和选择育种过程中进一步地获得新的品种资源。
我国部分香稻SSR指纹图谱的构建及遗传相似性分析
江西农业学报2011,23(4):5~9Acta Agr i culturae Jiangxi我国部分香稻SS R 指纹图谱的构建及遗传相似性分析朱勇良1,黄凌哲2,乔中英1,谢裕林1,王建平1,黄萌1,陈培峰1,吴建祥2*收稿日期3基金项目苏州市应用基础研究项目(Y G );江苏省自然科学基金项目(B K )。
作者简介朱勇良(65),男,江苏苏州人,副研究员,研究方向水稻遗传育种和栽培。
*通讯作者吴建祥。
(1.苏州市农业科学院,江苏苏州215155;2.国家水稻重点实验室、浙江大学生物技术研究所,浙江杭州310029)摘要:以太湖稻区和引自国内其它地区的39个香稻品种以及2个籼型恢复系对照品种为研究材料,利用SS R 分子标记进行DN A 指纹图谱构建和遗传多样性分析。
从已公布的40对水稻SS R 引物中筛选出13对核心引物,在这41个水稻品种中共检测到36个多态性片段。
据此建立41个水稻品种的D NA 指纹图谱,进行聚类分析,发现它们的遗传相似系数在0.58以上,而供试香稻品种的遗传相似系数在0.64以上,基本反映了不同品种间的亲缘关系。
关键词:香稻;微卫星;D NA 指纹图谱;遗传相似性中图分类号:S511文献标识码:A 文章编号:1001-8581(2011)04-0005-05E stab lis hm en t of SS RF i ngerpr i n tM ap and A na l ysi s ofG eneti cSim ilar ity am ong So m e A ro m a ti c R ice L i nes i n Ch i n aZ HU Yong-li ang 1,HUA NG L i ng-z he 2,QI AO Zhong-yi ng 1,XIE Yu-li n 1,WAN G Ji an-p i ng 1,HUA NG M eng 1,C HEN Pe i-feng 1,WU Jian-xi ang 2*(1.Suz ho u Acade m y ofAgr i cultura l Sciences in Jiangsu P ro vi nce ,Suzho u 215155,Ch i na ;2.Sta te Key Laboratory ofR ice B i ol ogy ,Institute of B iotechnol ogy ,Z he jiangUn i versity ,H angzhou 310029,Ch i na)Abstra ct :F orty-o ne rice li nes (39aro m ati c rice li nes fro m Ta i hu area and ot her areas of Ch i na and 2i nd i ca rice rest ori ng li nes)were analyzed by usi ng 13si m p l e sequence repeats (SSR )pri m er pa i rs selected fro m 40SSR s of Na ti o na l Standard pri m er pa irs that d i sperse o n 12chro moso mes in r i ce .A total of 36poly m orph i c bands were detected among 41r i ce li nes ,thus the D NA fi ngerpr i nt m aps of the 41r ice li neswere establis hed .C l usteri ng analysis s ho wed that t he gene ti c si m il ar iti es a m o ng the 41li neswere above 0.58,wh ile t he genetic s i m ilar ities a m o ng t he a ro m atic r ice li neswere above 0.64.As expected ,the resu lt of cl usteri ng analysi s bas i call y re fl ected the genetic relati ves based on t he pedigree ana l ysis .K ey wor ds :Aro m ati c rice ;SS R;DNA fi ngerpr i ntm ap ;Gene tic si m ilarity简单序列重复(Sm i p le Seque nce R e peats ,SS R )又叫微卫星DNA 标记,随机分布于整个水稻基因组,具有高丰度,在不同品种中变异度高,且是一种共显性标记[1]。
利用SSR标记构建我国亚麻品种DNA指纹图谱及遗传多样性分析
文章编号：１６７１－３５３２（２０１９）０４－０１４５－０６
利用 ＳＳＲ标记构建我国亚麻品种 ＤＮＡ指纹图谱 及遗传多样性分析
潘根，张义，赵立宁，陈安国，李建军，黄思齐，唐慧娟，常丽，张翠萍，邓勇，李德芳 （中国农业科学院麻类研究所，湖南 长沙 ４１０２０５）
Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｆｌａｘ；ＳＳＲｍａｒｋｅｒ；ｆｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇ；ｇｅｎｅｔｉｃｄｉｖｅｒｓｉｔｙ
收稿日期：２０１９－０４－０３ 基金项目：中央级公益性科研院所基本科研业务费专项（１６１０２４２０１９００１） 作者简介：潘根（１９８８－），男，助理研究员。主要从事一年生麻类作物遗传研究。Ｅ－ｍａｉｌ：ｐａｎｇｅｎ＠ｃａａｓ．ｃｎ 通讯作者：李德芳（１９６２－），男，研究员，主要从事一年生麻类育种研究。Ｅ－ｍａｉｌ：ｃｈｉｎａｋｅｎａｆ＠１２６．ｃｏｍ
关键词：亚麻；ＳＳＲ标记；指纹图谱；遗传多样性 中图分类号：Ｓ５６３．２ 文献标识码：Ａ
ＥｓｔａｂｌｉｓｈｍｅｎｔｏｆＤＮＡ ＦｉｎｇｅｒｐｒｉｎｔｉｎｇａｎｄＧｅｎｅｔｉｃ ＤｉｖｅｒｓｉｔｙＡｎａｌｙｓｉｓｏｆＦｌａｘＶａｒｉｅｔｉｅｓ ｉｎＣｈｉｎａＵｓｉｎｇＳＳＲ Ｍａｒｋｅｒｓ
ＰＡＮＧｅｎ，ＺＨＡＮＧＹｉ，ＺＨＡＯＬｉｎｉｎｇ，ＣＨＥＮＡｎｇｕｏ，ＬＩＪｉａｎｊｕｎ，ＨＵＡＮＧＳｉｑｉ，ＴＡＮＧＨｕｉｊｕａｎ， ＣＨＡＮＧＬｉ，ＺＨＡＮＧＣｕｉｐｉｎｇ，ＤＥＮＧＹｏｎｇ，ＬＩＤｅｆａｎｇ
ห้องสมุดไป่ตู้４６
中国麻业科学 第 ４１卷
亚麻（Ｌｉｎｕｍ ｕｓｉｔａｔｉｓｓｉｍｕｍ Ｌ．）是一种重要的经济作物，广泛种植于中国西北和东北地区。亚麻 茎制取的纤维是纺织工业的重要原料，亚麻种子含油量 ３０％～４５％，亚麻油富含亚麻酸、亚油酸等 不饱和脂肪酸，被广泛用于榨油及保健等行业［１］。目前而言，亚麻育种以品种间杂交选育为主，对 杂交亲本亲缘关系正确评价是亚麻品种选育的关键。简单重复序列 ＳＳＲ（ＳｉｍｐｌｅＳｅｑｕｅｎｃｅＲｅ ｐｅａｔ），也称微卫星，是由 １～６个核苷酸组成的基本序列串联重复构成的 ＤＮＡ片段，具有简便、快 捷、稳定性好以及等位基因多样等特点［２］。目前，ＳＳＲ分子标记已成功应用于亚麻的遗传多样性 以及亚麻连锁图谱的构建等多方面［３－５］。Ｃｌｏｕｔｉｅｒ等［６］利用 ＥＳＴ－ＳＳＲ引物对 ２３份亚麻种质资源 进行了遗传多样性分析，发现亚麻品种间遗传背景狭窄；Ｗｕ等［７］利用基因组重测序所获得的 ６２ 对基因组 ＳＳＲ引物较好地将 ４８份亚麻品种分为纤用和油用两大类群。ＤＮＡ指纹图谱是指某一品 种所具有的区别于其他品种的特异性 ＤＮＡ片段，其以 ＤＮＡ标记为基础，具有多位点性、高变异性 和简单而稳定的遗传性等优点［８］。前人关于亚麻指纹图谱构建已有相关报道，郝冬梅等［９］利用 ３２ 对 ＲＡＰＤ引物构建了 ２６份亚麻材料的指纹图谱；李秋芝等 同 ［１０］ 样利用 ８对 ＲＡＰＤ核心引物构建 了 １００份亚麻材料的指纹图谱，但其所用标记主要集中于 ＲＡＰＤ，未见利用 ＳＳＲ标记构建中国现育 成的亚麻品种指纹图谱的研究报道。本研究拟采用 ＳＳＲ分子标记技术，通过 ９６对 ＳＳＲ引物对 ２４ 份亚麻品种进行遗传多样性分析，构建 ＤＮＡ指纹图谱，确定亚麻品种遗传基础和遗传多样性的状 况，旨在为亚麻遗传育种工作提供参考。
利用SSR标记构建水稻核心亲本指纹图谱
利用SSR标记构建水稻核心亲本指纹图谱曾晓珊;彭丹;石媛媛;谢伟;刘爱民【摘要】利用农业行业标准（NY／T 1433-2014）中公布的48对 SSR 引物构建27个水稻核心亲本指纹图谱，并获得所有亲本的 SSR 分子身份证号。
48对 SSR 引物在27个亲本中共扩增到162个多态性片段，平均每对引物可检测到3.53个等位基因。
能扩增到2个以上等位基因的 SSR 引物共45对，PIC 值变化范围0.07~0.80，平均0.46。
聚类分析结果表明，27个亲本的遗传相似性系数在0.593~0.944之间，基本上反映了不同材料间的亲缘关系。
核心亲本 SSR 分子身份证的确定，不仅为品种鉴定提供了一个平台和标尺，便于建立品种的遗传指纹档案，还为保护品种知识产权，鉴定品种真伪及纯度提供了可靠依据。
%Fingerprinting profiles and molecular identity cards of 27 rice core parental lines were established using 48 SSR markers recommended by “Sector Standard of Agriculture (NY/T 1433 -2014)”.Total 162 Polymorphic fragments were detected with an average of 3.53 alleles for each SSR primer.Each of the 45 SSR primers are amplified more than 2 alleles respectively,their PIC (polymeric index content) values ranged from 0.07 to 0.80,and the average PIC value is 0.46.Result from cluster analysis showed that genetics similarities among the 27 lines ranged from 0.593 to 0.944,which reflected basically the genetic relatives based on the pedigree analysis.Varietal genetic files were developed based on the established fingerprinting profiles and molecular identity cards,and found that it performed well in intellectual property rights protection,varietal identification and purity testing.【期刊名称】《作物研究》【年(卷),期】2016(030)005【总页数】7页(P481-486,511)【关键词】水稻;核心亲本;SSR标记;指纹图谱;分子身份证【作者】曾晓珊;彭丹;石媛媛;谢伟;刘爱民【作者单位】袁隆平农业高科技股份有限公司，湖南长沙 410006;袁隆平农业高科技股份有限公司，湖南长沙 410006;袁隆平农业高科技股份有限公司，湖南长沙 410006;袁隆平农业高科技股份有限公司，湖南长沙 410006;袁隆平农业高科技股份有限公司，湖南长沙 410006【正文语种】中文【中图分类】S511.032水稻是我国的主要粮食作物之一。
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摘
要： 【 目的】 构建新疆粳稻种质资源的Ｄ Ｎ Ａ指纹图谱 ， 了解新疆粳稻育成品种的遗传相似性。【 方法】 利
用 均匀 分布于水 稻 ｌ ２条染色体的 ７ ０对 Ｓ Ｓ Ｒ引物 ， 以新疆粳稻育 成品种及 引进资源为 材料 ， 进 行遗传多样 性
分析并构建 Ｓ Ｓ Ｒ指纹图谱。【 结果】 有６ ３ 对引物具有多态性片段， 共检测到 ３ ８ ８ 个有效等位基因， 平对每对
遗传基础相对 比较狭窄 ， 加强新的基因资源鉴定利用及育种材料创制 。 关键词 ： 粳稻； 种质资源 ； 遗传多样性
中图分类号 ： ￥ ５ １ １ 文献标识码 ： Ａ 文章编号 ： １ ０ ０ １ — ４ ３ ３ ０ （ ２ ０ １ ６ ） １ １—１ ９ ６ １ — ０ ８
０ 引 言
１ ９ ６ ２
新 疆农 业科 学
２ ． １ Ｓ Ｓ Ｒ标 记 的多样 性
５ ３卷
析 新疆 主要推 广种 植 的粳 稻 品种 、 选 育 品种 、 骨干
亲本及引进资源等常规粳稻 品种的遗传 多样性 ，
利用 ７ ０对 Ｓ Ｓ Ｒ引物对 ８ ９份粳稻 品种进行 Ｄ Ｎ Ａ分析 ， 其 中７ 对引物在所有粳稻 品种均不表
粳稻种质资源 Ｓ Ｓ Ｒ指纹图谱构 建 及遗传 多样性分析
张燕红 ， 王奉斌 ， 布哈 丽且木 ・阿不力孜 ， 袁 杰 ， 赵 志强 ， 文孝 荣 ， 唐福森 ， 马 盾
（ １ ．新疆农科院核技 术生物技 术研 究所 ， 鸟鲁木 齐 ８ ３ ０ ０ ９ １ ； ２ ． 新疆农业科 学院温宿水稻试验站 。 新 疆温宿 ８ ４ ３ ０ ０ ０ ）
水 稻生 产发 展主 要 以选 育 品种 、 国 内外 引进 品种 、
在６ ０ ０ ｋ ｇ ／ ６ ６ ７ ｈ ｍ 左右 。根 据地 域分 别划 分为 北
疆伊犁河谷稻区 、 乌鲁木齐米东稻 区、 南疆阿克苏
稻 区和 喀什 和 田稻 区 四大稻 区 ； 根 据 水 稻 熟 期 划
作者简介 ： 张燕红（ １ ９ ８ ２一）， 女， 助理研究员 ， 研究方 向为水稻遗传育种 ， （ Ｅ—ｍａ ｉ ｌ ） ｚ ｈ ａ ｎ ｇ ｙ ａ ｎ ｈ ｏ ｎ ｇ ９ ５ ２ ７ ＠１ ６ ３ ． ｅ ｏ ｍ
通讯作者（ Ｃ ｏ ｔ ｒ ｅ ｓ ｐ ｏ ｎ ｄ ｉ ｎ ｇ ａ ｕ ｔ ｈ ｏ ｒ ） ： 王奉斌 （ １ ９ ６ ８ 一） ， 男， 研究 员 ， 研究方 向为水稻遗传育种与栽培 ， （ Ｅ— ｍ ａ ｉ ｌ ） ｘ ｊ ｎ ｋ ｙ ｗ ｆ ｂ ＠１ ６ ３ ． ｅ ｏ ｍ
意义。【 前人研究进展 】 目前应 用最广泛 的 Ｓ Ｓ Ｒ
收稿 日期 （ Ｒ ｅ ｃ ｅ ｉ ｖ ｅ ｄ ） ： ２ ０ １ ６ — ０ ３ — ０ ７
【 拟解决的关键问题 】 研究利用 Ｓ Ｓ Ｒ标记技术 ， 分
基金项 目： 国家科技 支撑计划课题 （ ２ ０ １ ４ Ｂ Ａ Ａ ０ ３ Ｂ ０ ４ ） ； 新疆农业科学院青年科 技基金项 目（ ｘ ｊ ｎ ｋ ｑ 一 ２ ０ １ ４ ０ ２ ９ ）
制约 育种 的 主要 问 题 之 一 Ｊ ， 因此 ， 利 用 遗 传 多
但各育种单位在选育新品种过程中相互间的交流
广泛 ， 并且 育种 目标 又很 相 近 ， 使得 育成 品种 的遗 传基 础 相近 ， 并 且 对 水 稻 的遗 传 基 础 研 究 还不 够
样性分析 ， 了解水稻常用育种材料的遗传背景和
分 为 中熟 稻 区 （ 北疆） 、 中 晚熟 稻 区 （ 南疆 ） ， 由于
遗传材料为主， 截止 ２ ０ １ ４年底经新疆维吾尔 自治
区种子 站 审认 定 水稻 品种 已达 到 ５ ２个 ， 有地 州 审 定 的水 稻 品种 有 阿稻 系列 和伊粳 系列 约 １ ７余 份 ，
新疆的生态环境形 成 了与之相适应 的水稻 品种 群。亲本遗传基础狭窄 ， 遗传多样性丧失 是
等＿ ４ 利用 ３ ６对 Ｓ Ｓ Ｒ标 记 分 析 了 ４ ５ ３份 中 国选 育
品种的遗传多样性 ， 发现 Ｓ Ｓ Ｒ标记和表型性状遗 传多样性分析的结果相似性很 高， 东北粳稻 品种
直稳定在 ０ ． ７ ３× １ ０ ｈ ｍ （ １ １ ０ 万 亩） 左右 ， 单产
间遗传多样性最小。【 本研究切人点 】 目前 ， 随着
新 疆 业 种 竽
Ｚ Ｏ Ｉ Ｏ， ＿ ｊ （ ¨） ： １ ９ ０ １—１ ９ ６ ８
Ｘ ｉ ｎ ｊ ｉ ａ ｎ ｇ Ａቤተ መጻሕፍቲ ባይዱｇ ｒ ｉ ｃ ｕ ｌ ｔ ｕ ｒ ａ ｌ Ｓ ｃ ｉ ｅ ｎ ｃ ｅ ｓ
ｄ ｏ ｉ ： １ ０ ． ６ ０ ４ ８ ／ ｊ ． ｉ ｓ ｓ ｎ ． １ ０ ０ １ — ４ ３ ３ ０ ． ２ ０ １ ６ ． １ １ ． ０ ０ １
亲缘关 系 ， 评价 稻种 资源 的利用 价值 ， 发 觉其 中的 有 利基 因 ， 对 于 种 质创 新 和 新 品种选 育 具 有 重 要
深人 ， 特别是从分子水平上对其遗传多态性的研 究及 Ｓ Ｓ Ｒ标记指纹图谱 的构建还处于空 白阶段。 研究构建新疆 粳稻种质 资源 的 Ｄ Ｎ Ａ指纹 图谱。
引物 ６ ． １ ５ ８ ７个等位基 因； 引物平 均多态性 频率为 ０ ． ２ ３ ７ Ｉ 。８ ９个材料问的遗传相似系数在 ０ ． ７ ２～ ０ ． ８ ８ ， 相似
性较高， 以０ ． ７ ３ 为标准， 可分为５ 大群。【 结论】 新疆粳稻育成品种的遗传背景相似性较高、 多样性不够丰富，
【 研究意义 】 新疆 稻作历史悠久 ， 阿克苏 、 米
泉等地 的优质大米质细味美。从北疆 的阿尔泰山 南麓 、 天山北坡 、 伊犁河谷 到天 山南部 、 昆仑 山脚
下 的 ９个地 州都 遍 布 有 水 稻 生产 ， 水 稻 种 植 面 积
一
标记技术 ， 为共显性标记 ， 可揭示品种资源间的遗 传多样性 。应用 Ｓ Ｓ Ｒ标记技术进行不同地 区、 来 源的水稻资源研究 已有不少报 道 。齐永文