7-研-HMM
隐马尔科夫模型在生物信息学中的应用(Ⅱ)
隐马尔科夫模型在生物信息学中的应用引言生物信息学是一个跨学科领域,它将计算机科学、数学和生物学相结合,以研究生物学中的分子机制、生物系统和生物信息数据。
隐马尔科夫模型(Hidden Markov Model, HMM)是生物信息学中常用的一种统计模型,它在基因识别、蛋白质结构预测、基因组比对等领域发挥着重要作用。
HMM的基本原理HMM是一种用于描述概率序列的统计模型,它由一个隐藏的马尔科夫链和一个观测序列组成。
隐藏的马尔科夫链代表不可见的状态序列,而观测序列则代表由隐藏状态生成的可见数据。
HMM的基本原理是通过观测序列推断隐藏状态序列,并利用隐藏状态序列对观测序列进行建模和预测。
基因识别中的应用在基因识别中,HMM被用来预测DNA序列中的基因和非基因区域。
通过训练HMM模型,可以将DNA序列划分为不同的隐含状态,如基因起始子、外显子、内含子和终止子等。
利用HMM对DNA序列进行建模和预测,可以帮助研究人员更准确地识别基因,从而深入理解基因的功能和结构。
蛋白质结构预测中的应用在蛋白质结构预测中,HMM被用来对蛋白质的序列和结构进行建模和分析。
通过训练HMM模型,可以将蛋白质序列划分为不同的结构域,如α-螺旋、β-折叠和无规则卷曲等。
利用HMM对蛋白质序列和结构进行建模和预测,可以帮助研究人员更准确地预测蛋白质的结构和功能,从而为药物设计和疾病治疗提供重要参考。
基因组比对中的应用在基因组比对中,HMM被用来对基因组序列进行比对和分析。
通过训练HMM模型,可以将基因组序列划分为不同的功能区域,如编码区、非编码区和调控区等。
利用HMM对基因组序列进行建模和预测,可以帮助研究人员更准确地比对基因组序列,从而揭示基因组之间的共同特征和差异。
结论隐马尔科夫模型在生物信息学中发挥着重要作用,它为基因识别、蛋白质结构预测、基因组比对等生物信息学问题的研究提供了有力的工具和方法。
随着技术的不断进步和方法的不断完善,HMM在生物信息学中的应用将会更加广泛和深入,为生物学研究和生命科学领域的发展做出更大的贡献。
语音识别技术基础知识
语音识别技术基础知识语音是人类最自然的交互方式。
计算机发明之后,让机器能够“听懂”人类的语言,理解语言中的内在含义,并能做出正确的回答就成为了人们追求的目标。
我们都希望像科幻电影中那些智能先进的机器人助手一样,在与人进行语音交流时,让它听明白你在说什么。
语音识别技术将人类这一曾经的梦想变成了现实。
语音识别就好比“机器的听觉系统”,该技术让机器通过识别和理解,把语音信号转变为相应的文本或命令。
语音识别技术,也被称为自动语音识别AutomaTIc Speech RecogniTIon,(ASR),其目标是将人类的语音中的词汇内容转换为计算机可读的输入,例如按键、二进制编码或者字符序列。
语音识别就好比“机器的听觉系统”,它让机器通过识别和理解,把语音信号转变为相应的文本或命令。
语音识别是一门涉及面很广的交叉学科,它与声学、语音学、语言学、信息理论、模式识别理论以及神经生物学等学科都有非常密切的关系。
语音识别技术正逐步成为计算机信息处理技术中的关键技术。
目前国内有些厂商已具备语音识别技术能力,如有道智云、百度、科大讯飞等。
语音识别技术的发展语音识别技术的研究最早开始于20世纪50年代,1952 年贝尔实验室研发出了10 个孤立数字的识别系统。
从20 世纪60 年代开始,美国卡耐基梅隆大学的Reddy 等开展了连续语音识别的研究,但是这段时间发展很缓慢。
1969年贝尔实验室的Pierce J 甚至在一封公开信中将语音识别比作近几年不可能实现的事情。
20世纪80年代开始,以隐马尔可夫模型(hidden Markov model,HMM)方法为代表的基于统计模型方法逐渐在语音识别研究中占据了主导地位。
HMM模型能够很好地描述语音信号的短时平稳特性,并且将声学、语言学、句法等知识集成到统一框架中。
此后,HMM的研究和应用逐渐成为了主流。
例如,第一个“非特定人连续语音识别系统”是当时还在卡耐基梅隆大学读书的李开复研发的SPHINX系统,其核心框架就是GMM-HMM框架,其中GMM(Gaussian mixture model,高斯混合模型)用来对语音的观察概率进行建模,HMM则对语音的时序进行建模。
基于HMM和PNN的语音情感识别研究
1 语 音 情 感识 别 系统
在语 音情 感 识别 系统 中 , 录制 的语料 包含 6 演员 的 7种不 同情 感 , 高兴 、 个 即 害怕 、 伤 、 怒 、 恶 、 悲 愤 厌 惊 讶和 中性 , 同时语 料又被 分 成训 练集 和测试 集 。语 音情 感 识别 系 统 的设 计如 图 1所示 。首先 对语 音 信 号进
具有 有效 的识 别能 力 。
关键 词 :语音 情感 识别 ;情感 计算 ;概率 神经 网络 ;隐马 尔科夫 模 型
中 图分类 号 : P 9 . 2 T 3 1 4 文献标 识码 :A
情 感 计算L ( fcieC mp t g 的研 究 领域 涉及 到很 多 学科 , 目的是要 赋 予 计算 机 类 似 于人 一样 1 Af t o ui ) ] e v n 其 的观察 、 理解 和生 成各 种情 感 特征 的 能力 , 终使 计算 机 像 人一 样 能 进行 自然 、 最 亲切 和 生 动 的交 互 。语 言是 人类 交 际最 重要 的交 流工 具 , 人类 的话 语 中不仅 包含 了文字符 号 信息 , 而且 还包含 了人们 的感情 和情 绪等信 息 。当人们 通过 电话 交谈 时 , 从对 方 的声音 能感 知 到对 方 的情 感 。 因此 , 过分 析语 音来判 断人 的情感 是可 通 能 的[ 。语音 情感 识别 涉及 到人 工 智能 、 2 ] 心理 学 、 音 信号 处理 等众 多学 科 , 语 随着研 究 的深入 , 以有 效9 ( 0 1 0 10 7 8 2 1 ) 4—0 5 一O 03 4
基 于 HMM 和 P N 的语 音 情 感 识 别 研 究 N
叶 斌
( 津大 学计 算机科 学与技 术 学院 ,天 津 3 0 7 ) 天 0 0 2
基于HMM的满文文本识别后处理的研究
e ont na or t e c da ia e o . hs f i l ehn e h r g t e f rcgio dt cr c ter et dm s k nw rsT i e cet n acst eo i nrt o ncu i n o e h j e n t d i n y e cn i a Ma h o
f t vl tnm d1A d nl , i r eo tnpe s no S R Sn e hrc r cg t )wly l o eea ao oe. d ioa y ahge cg io r io C ( i l C aat eo i n i i d h ui i t l h r n i c i f g eR n o l e
Z A i,I i da WA G Ld n , H N i hn ‘ H O J。L n i , N iu Z A GJ- e g Jg o s
( .col f o p t cec 1S ho o m ue Si e& E g er g A sa ineadTc nl yU i rt, nh ,io n 104, hn ; C r n ni e n , nhnS ec n eh o g nv sy A sa Lan g14 4 C ia n i c o ei n i
Ab t a t T e su yp e s s a p s- r c s ig meh d t mp v h ef r n e o n c u c a a t rrc g i o . sr c : h t d mp e o t o e sn to o i r e t e p r ma c f p o o Ma h h rc e e o n t n i A e au t n mo d a e n t e Ba e u e a e u e o e t t e p o a i t ft e c d d t n c u w r s vla o d i b s d o h y s r l r s d t s ma e t r b b l y o a i ae Ma h o d , i h i h n w ih t k sb t ep sei rp b b l y o a d d t d t e p i rp b b ly o n c u p r s s i t c o n . h c a e o t o tr r a i t f c i ae a r r a i t Ma h h a e no a c u t h h o o i n n h o o i f A
基于HMM的Web信息抽取算法的研究与应用
o d lH r o e ( M M ) d s u s d} W o u e H M M n o t r a a i e t if r to x rc in o fr d s v r l t 。 ic s e l O t s a d h w o ma k d t n t x n o ma in e ta t , f e e ea o e meh d o i p o e t e h d e a k v mo e n i f r t n e t a t n i to u e h s a l h n f e n o ma i n e s t m r v h i d n M r o d l n o ma i x r c i ,n r d c d t e e t b i me to b i f r t x i o o s W o t a t n mo e a e n HM M , mp r t ey a ay e h u p td t fi f r a i n e ta t n, e i e h a i i f r c i d lb s d o o Co a a i l n l s d t eo t u a a o o m t x r c i v rf d t e v l t o v n o o i d y t e ag r h t r u h e p rme t. h l o i m h o g x e i n s t Ke wo d HM M 。n o ma i n e ta t n M a h n e r i g y rs I f r t x r c i , c ie la n n o o
ZH U e— u IU LI Bi- i W i a Yi h U n b n
( c o lo y fwa eEn i e ig, o g ig U nv r i Ch n qn 0 04 Chn ) S h o f?o t r gne rn Ch n qn iest y, o g ig 4 0 4. ia
基于HMM的安多藏语非特定人孤立词语音识别研究
前字 — 。T L. ^加 加 — I 口 [ 口_ 后字 ,于 —叉Ⅳ u
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语 音 识 别技 术 是集 声 学 、 音 学 、 言 学 、 语 语 计算 机 科 学 、 信
号 与 信 处 理 、 工 智 能 等 诸 领 域 的 一 门 交 叉 学 科 , 究 难 度 较 人 研 大 。 前 语 音 识 别 技 术 的 研 究 成 果 还 远 没 有 达 到 使 计 算 机 和 人 目 之 间 能 自然 交 流 这 个 终 极 目标 。
第9 第 7 卷 期
2 1 年 7月 00
软 件 导 刊
So t r fwa eGu d ie
Vo . 7 1 No. 9
J _ Ol ul 2 0
基于 H MM 的安 多藏 语非特定人 孤立词 语音识别研 究
韩 清 华 . 洪 志 于
( 北 民族 大学 中国民族 信 息技 术研 究 院 , 肃 兰 州 70 3 ) 西 甘 3 0 0
藏 语 孤 立 词 的 MF C( l 率 倒 谱 系 数 ) 并 以 此 训 练 并 建 立 C me 频 , 孤立 词语 音特 征参 考模 板库 , 终 实现 孤立 词 的语 音识 别 。 最 语音识 别 系统 的流 程 图如 图 1 示 : 所
2 MF C参 数 提 取 C
图 1 孤 立 词 识 别 系统 图
摘 要 : VC 6 以 抖 . 开 发 平 台 , 现 一 个 基 于 隐 马 尔 可 夫 模 型 ( d e ro d l简 称 HMM ) 特 定 人 的 安 多 0为 实 Hid nMakvMoe , 非
藏语 孤 立 词语 音 识 别 系统 。对 有 声段 语 音 进 行 MF C参 数 的提 取 ,对提 取 后 的 MF C参数 进 行 矢量 量化 后 训 练 C C
基于HMM的联机手写哈萨克文字的识别研究
2 . K e y L a b o r a t o r y o f Mu l t i l i n g u a l I n f o r ma t i o n T e c h n o l o g y o f X i n j i a n g , Ur u mq i 8 3 0 0 4 6 , C h i n a
t e c h ni q ue s o f s e g me n t a t i o n,w o r d ・ p a r t c l a s s i ic f a t i o n a n d f e a t u r e e x t r a c t i o n f o r Ka z a k h o n l i n e h a n d wr i t i n g r e c o g n i t i o n.
Da we l Ab i l ha y e r ,G u l i l a Al t e n be k.S t ud y o f HM M ba s e d o n l i n e Ka z a kh ha n d wr i t i ng r e c o g n i t i o n. Co mp ut e r En g i —
Th e d e l a y e d s t r o k e s a r e r e mo v e d f r o m s u b - wo r d s a n d t he n i t t a k e s t h e ma i n s t r o k e s a s t h e i n p u t o f HM M r e c o g n i z e r . Af t e r
Da we l Ab i l h a y e r 一 , Gu l i l a Al t e n b e k ,
基于HMM的语音信号情感识别研究
关键词 : 语音信号 ;情感识别 ;H MM
Re e r h o m o in r c g to fs e h sg a a e n HM M s a c n e to e o niin o pe c i n lb s d o
Gu n h n Gu ih n Do u u  ̄ o Xic u oJc a g u Xiq a
r s a c h r c s f mo in r c g iin u i g CH M M n o v n h a no mo i n l p e h,t ee t a t f mo i n e e r h t e p o e so e to e o n t sn o i v l i g t e g i fe t a e c o s h x r c o e t o f a u e ,e to e o n t n a d S n e t r s mo in r c g i o n O o ,W e h v c iv d a d a e o n t n i a e a h e e n ie lr c g i o i, Ke w r s s e c i n e e to e o n t n; HM M y o d : p e h sg l ; mo in r c g ii o
机要能更 加 主动地 适应操 作 者 的需 要 , 先要 能 够识 别说 首
2 情感语音资料 的获取
目前普遍采用 2 种方式获得情感语音 资料 : 一是通过 善于表演的演员 , 通过采集其在各种模拟情感状态下的语
音 数据 作为识 别用 的语 料 ; 是 通 过 电影 里 相 关 情 节 的剪 二 裁 得到 相应 的情感 状态 。
但一般认为有 Puci l hk划分的八大基本情 感, t 或六大基本 情感( 平静 、 高兴 、 惊奇 、 愤怒、 悲伤、 恐惧 ) 本文就 以后者 , 为例研究用 HMM 进行语音信号的情感识别。
基于HMM和ANN混合模型的语音情感识别研究
基于HMM和ANN混合模型的语音情感识别研究林巧民;齐柱柱【摘要】随着情感计算成为人工智能的一个重要方向,语音情感识别作为情感计算的一个重要部分,已经逐渐成为模式识别领域研究的热点之一.随着研究的不断深入,单独使用某一种模式识别时效果并不理想.为了提高识别率,提出了一种将隐马尔可夫模型(HMM)和径向基函数神经网络(RBF)相结合的方法.这种方法对不同情感状态分别设计HMM模型,经过维特比(Viterbi)算法得到最优状态序列,然后对得到的状态序列进行时间规整,以便生成等维的特征矢量,将其作为RBF模型的输入进行语音情感识别,最后的识别结果由RBF模型给出.实验结果表明,与孤立HMM相比,该方法在识别率上有较大的提高.【期刊名称】《计算机技术与发展》【年(卷),期】2018(028)010【总页数】5页(P74-78)【关键词】情感计算;人工智能;隐马尔可夫模型;神经网络;语音情感识别【作者】林巧民;齐柱柱【作者单位】南京邮电大学计算机学院,江苏南京 210023;南京邮电大学教育科学与技术学院,江苏南京 210003;南京邮电大学计算机学院,江苏南京 210023【正文语种】中文【中图分类】TN912.340 引言语音是人类沟通方式中最快和最自然的方法。
研究人员认为语音是一种快速和有效的人机交互方法。
然而,这要求机器应具有足够的智能来识别人类声音。
自五十年代以来,已经对语音识别进行了大量研究,其中涉及了将人类语音转换为词序列的过程。
尽管在语音识别方面的研究已经取得了重大进步,但仍然远远没有实现人与机器之间的自然交互,这是因为机器不能理解说话者的情感状态。
因此引入了语音情感识别[1]这一相对较新的领域,即定义为从他或她的语音中提取说话者的情感状态。
语音情感识别可以从语音中提取有用的语义,并改进语音识别系统的性能[2]。
目前,大多数研究者都同意“调色板理论”[3],其中指出任何情感都可以分解成主要情感和次要情感。
六羟甲基三聚氰胺的甲醚化反应机理分析及动力学研究
度由 3 0 ℃升高至 5 5 ℃时 ,甲醚 化反应平衡常数 由 1 . 1 7 增大至 2 . 7 9 。甲醚 化正逆反应速率常数 与温度的关系分别为 k l = 8 . 5 4 x 1 0  ̄ e x p ( . 5 . 3 9 x 1 0 / R r ) 与k 2 = 2 5 7 x e x p ( 一 2 . 7 9 x 1 0 4 / R T ) 。根据 v a l l’ t H o f f 方程计算 了该 甲醚 化反应表观反应焓为
r e l a t i o n s h i p b e t w e e n d e g r e e o f e t h e r i i f c a t i o n ( D O E ) a n d r e a c t i o n t i me u n d e r d i f e r e n t t e mp e r a ur t e s wa s na a l y z e d .
隐马尔科夫模型在心理学研究中的应用案例(五)
隐马尔科夫模型在心理学研究中的应用案例隐马尔科夫模型(Hidden Markov Model, HMM)是一种统计模型,通常用于对隐含状态的序列进行建模和预测。
在心理学研究中,HMM被广泛应用于理解和预测个体的心理状态和行为模式。
本文将通过探讨几个具体的应用案例,展示HMM在心理学研究中的重要性和价值。
1. 情绪识别情绪识别一直是心理学研究中的一个重要课题。
研究者们希望利用情绪识别来理解个体的情绪波动和情绪表达方式。
HMM可以被用来对观察到的行为序列进行建模,从而识别出个体所处的情绪状态。
研究者可以利用HMM模型来分析语音、面部表情或者身体动作等观察数据,从中推断出个体的情绪状态,并进一步理解情绪在不同环境下的变化规律。
2. 认知过程建模另一个重要的应用领域是认知过程建模。
研究者们希望能够理解个体在不同认知任务中的认知过程和策略选择。
HMM可以被用来对观察到的认知任务数据进行建模,从而推断出个体在任务中的认知状态和策略选择。
通过HMM模型,研究者可以发现个体在认知任务中的潜在状态序列,进而理解认知过程中的转换规律和影响因素。
3. 精神疾病诊断除了对正常个体的心理状态进行建模,HMM还可以被应用于精神疾病诊断。
研究者们希望能够通过分析观察到的行为序列来识别出可能存在的精神疾病。
HMM 可以被用来发现患者在行为表现上的潜在模式,从而对精神疾病进行诊断和干预。
通过HMM模型,研究者可以发现患者在不同时间段的行为状态转换规律,并帮助临床医生进行更加精准的诊断和治疗。
4. 行为预测最后,HMM还可以被用来进行个体行为的预测。
研究者们希望能够通过观察到的行为序列来预测个体未来可能的行为模式。
HMM可以被用来发现个体行为之间的潜在关联和转换规律,从而进行未来行为的预测。
通过HMM模型,研究者可以发现个体在不同行为状态之间的概率转移规律,并进一步预测个体未来可能的行为模式。
综上所述,隐马尔科夫模型在心理学研究中具有广泛的应用前景。
寒假作业11完形填空-2024年九年级英语寒假培优练(人教版)(原卷版)
限时练习:40min 完成时间: 月 日 天气:寒假作业11 完形填空完形填空解题方法: 1.细研首句定主旨完形填空首句一般不设空,这是为了给学生提供一个清晰而完整的背景。
记叙文首句往往介绍事件发生的时间、地点、人物和起因等细节信息,说明文和议论文一般通过文章首句点明全文的主题。
仔细分析文章的首句,往往能获取许多解题信息,从而节省做题时间。
2.前瞻后望重语境完形填空题主要考查学生对语境的理解能力,所以空处的前后多有暗示(下文暗示上文的居多)。
学生在做题时,一定要从整体上把握文章的内容,弄清文章的结构和文章的内在逻辑关系。
3.熟词生义要重视一词多义和熟词生义是近几年中考完形填空中多次出现的词汇活用现象,这往往也是考生容易忽视的地方。
备考时应注意单词本义以及根据词根推断单词的生僻意义。
研读首句确定文章体裁和题材 找文章起点背景和主要内容 锁定关键词,获取解题信息前瞻后望联系空处与上下文语境需“前瞻” 下文或最后的题目从上文中寻线索 需“后望”开头的题目从下文中寻线索需“前瞻后望” 中间的题目从上下文中寻线索注意积累熟词生义词汇结合熟词生义和语境判断正确选项熟词生义如对选项不把握,可结合排除法和语法知识缩小范围,提高正确率阅读下面短文, 从短文后所给的A、B、C、D 四个选项中选出能填入相应空白处的最佳选项。
(A)Once upon a time, there was a very bad man. When he saw people 1 happily, he became angry. What he hated most was when people were polite to each other, saying words like “please” and “thanks”. 2 , he didn’t use sentences like “Excuse me, could you please tell me how to get to the bookstore?” He thought all the kind and polite words were useless. So he 3 with a plan. He decided to invent a 4 which could steal words. With this machine, he would be able to steal “excuse me”, “please”, “thanks”, “sorry”, and 5 words which people used to be polite. Finally, he made it. When people said kind and polite words, nothing came out. All those words were stolen by the “bad” machine. It seemed that people really didn’t need to be polite.However, after a few days, everyone began to argue with others and people got 6 easily.The bad man was glad about his 7 . However, there were some “special” girls. They were unable to 8 , so they had to municate by using sign language(手语). They were 9 kind and polite because the “bad” machine couldn’t steal gestures (手势). Soon they 10 what had been happening to everyone else. They followed the bad man, found the “bad” machine and broke it. After that, people began to say kind and polite words again.1.A.falling down B.passing by C.giving up D.taking out2.A.Especially B.Luckily C.Normally D.Suddenly3.A.came out B.came up C.came on D.came in4.A.car B.box C.motor D.machine5.A.similar B.different C.easy D.difficult6.A.bored B.nervous C.angry D.sad7.A.performance B.shame C.business D.success8.A.see B.speak C.walk D.write9.A.still B.already C.almost D.hardly10.A.repeated B.admired C.realized D.accepted(B)While traveling to big cities in the world, you will see statues of thousands of characters 11 in the streets. Do you believe that they are actually real people working as 12 artists? They often cover themselves 13 with paint. They have to stand still (静止的) and keep eyes open for several hours. Street artists need to be strongminded and 14 . It is not an easy job, but there’s plenty of fun 15 them.Yorge is one of the most famous street artists in Brazil. He stands out 16 his partner, a cute dog named Jaspe. When Yorge goes to work, Jaspe 17 on his arm and keeps still as long as she can. Most people are 18 by their perfect work together.However, the pair once got into trouble. Some animal lovers thought that Yorge forced his dog to give a 19 in the street. In fact, Yorge 20 trained Jaspe at all.The performance of living statues has bee a street art. Now it is really popular in many large cities around the world.11.A.walking B.singing C.standing D.dancing12.A.language B.genius C.paint D.street13.A.clearly B.pletely C.suddenly D.correctly14.A.patient B.active C.bright D.honest15.A.of B.as C.for D.on16.A.thanks to B.instead of C.besides D.without17.A.plays B.eats C.rests D.answers18.A.encouraged B.disappointed C.refused D.surprised19.A.lecture B.performance C.report D.hand20.A.seldom B.sometimes C.never D.often(C)Have you ever dreamed of being a marine(海洋的) scientist? If you have, you might need to 21 for trips to Antarctica(南极洲)!Rob King is a marine biologist from Australia. He 22 Antarctic krill (磷虾). Each year, he doesresearch in the world’s 23 place —Antarctica where the temperature is below zero all year round. In January, he returned from his latest journey there, which 24 39 days. “Each year we 25 fresh samples(样本) of Antarctic krill and bring them back to our research center in Australia,’’ said King. “This way we can do longterm research, not only on krill but on 26 that can live for several years.”Little krill 27 a big role in the marine food chain (链条). They eat phytoplankton(浮游植物), while they are eaten by fish, squid, seabirds, penguins, seals and whales. According to King, Antarctic krill are 28 important for scientists because they can learn more from them than other animals.However, as climate change 29 the Southern Ocean and the temperature is higher and higher, the area for krill to live and grow is reducing. “Our research tries to better understand the effects of climate change on krill,” said King.King said one o f the highlights in his career was traveling to Antarctica. “Trips to Antarctica are usually one to three months long,” he said. “Before setting out, we would have some 30 , including survival(生存) at sea, fire fighting, and how to work well in a tea m. It’s really a great experience for me to see the beauty of the environment there.”21.A.care B.send C.prepare D.call22.A.studies B.increases C.discovers D.develops23.A.best B.coldest C.hottest D.worst24.A.collected B.lasted C.moved D.offered25.A.put out B.give away C.take after D.look for26.A.ice B.waste C.water D.animals27.A.take B.play C.carry D.make28.A.especially B.lightly C.pletely D.hardly29.A.protects B.understands C.cools D.warms30.A.munication B.objectsC.training D.magic阅读下面短文,从短文后各题所给的A、B、C、D四个选项中,选出可以填入空白处的最佳选项。
生物信息学题库--精校+整理
生物信息学题库一、名词解释1.生物信息学:生物分子信息的获取、存贮、分析和利用;以数学为基础, 应用计算机技术, 研究生物学数据的科学。
2.相似性(similarity):相似性是指序列比对过程中用来描述检测序列和目标序列之间相同DNA 碱基或氨基酸残基顺序所占比例的高低。
3.同源性(homology):生物进化过程中源于同一祖先的分支之间的关系。
4.BLAST(Basic Local Alignment Search Tool):基本局部比对搜索工具, 用于相似性搜索的工具, 对需要进行检索的序列与数据库中的每个序列做相似性比较。
5.HMM隐马尔可夫模型:是蛋白质结构域家族序列的一种严格的统计模型, 包括序列的匹配, 插入和缺失状态, 并根据每种状态的概率分布和状态间的相互转换来生成蛋白质序列。
6.一级数据库:一级数据库中的数据直接来源于实验获得的原始数据, 只经过简单的归类整理和注释(投稿文章首先要将核苷酸序列或蛋白质序列提交到相应的数据库中)7、二级数据库:对原始生物分子数据进行整理、分类的结果, 是在一级数据库、实验数据和理论分析的基础上针对特定的应用目标而建立的。
8、GenBank: 是具有目录和生物学注释的核酸序列综合公共数据库, 由NCBI构建和维护。
9、EMBL: EMBL 实验室: 欧洲分子生物学实验室。
EMBL 数据库: 是非盈利性学术组织 EMBL 建立的综合性数据库, EMBL 核酸数据库是欧洲最重要的核酸序列数据库, 它定期地与美国的GenBank、日本的 DDBJ 数据库中的数据进行交换, 并同步更新。
10、DDBJ: 日本核酸序列数据库, 是亚洲唯一的核酸序列数据库。
11.Entrez:是由 NCBI 主持的一个数据库检索系统, 它包括核酸, 蛋白以及 Medline 文摘数据库, 在这三个数据库中建立了非常完善的联系。
12.SRS(sequence retrieval system):序列查询系统, 是 EBI 提供的多数据库查询工具之一。
引入新型异戊二烯醇利用途径促进解脂耶氏酵母中β-胡萝卜素的合成
中国生物工程杂志China Biotechnology,2021,41 (4) :3746D O I:10. 13523/j.c b. 2012054引入新型异戊二烯醇利用途径促进解脂耶氏酵母中P-胡萝卜素的合成朱航志1蒋珊1陈丹2刘鹏阳1万霞u’4”(丨中国农业科学院油料作物研究所武汉430062 2武汉工程大学化工与制药学院武汉430205) (3农业农村部油料作物生物学与遗传育种重点实验室武汉430062 4农业农村部油料加工重点实验室武汉430062)摘要目的:微生物体内异戌二烯类化合物的前体物异戊烯焦磷酸酯的天然合成路径受到严格的代谢调控,因此限制了异戌二烯类化合物的高效生物合成,而新型异戊二烯醇利用途径独立于生物体内源性代谢路径,通过在微生物中引入IU P能够进行异戊烯焦磷酸酯的大量合成,从而促进异戌二烯类化合物的大量合成。
方法:在油脂酵母解脂耶氏酵母中引入IUP,强化异戊烯焦磷酸酯生物合成,促进P-胡萝卜素的高效积累。
结果:通过生物信息学的方法预测I U P中两个关键蛋白酿酒酵母来源的胆碱激酶S c C K和拟南齐来源的异戊烯磷酸激酶AtIPK,均为酸性亲水性蛋白,无跨膜区和信号肽,二者都具有疏松不稳定的结构特征,显著富集于磷酸类物质的合成通路中。
在解脂耶氏酵母中利用同源重组技术引入外源p-胡萝卜素合成关键基因car/W和m rB,强化甲羟戌酸途径的关键基因和保s/,使工程菌株中积累2.68 mg/L p-胡萝卜素。
通过Cre-lo x P系统回收基因组上的u m标签,再将IU P进一步整合到工程菌株染色体上。
当培养基中含有20 m M异戌二烯醇作为底物、碳氮比为4/3且发酵96 h后,重组解脂耶氏酵母中(3-胡萝卜素的产量提高到410.2 mg/L,较原 始工程菌的产量提高了近200倍。
结论:IU P能够促进解脂耶氏酵母中p-胡萝卜素的高效积累,为利用IU P开展p-胡萝卜素和其他异戌二烯类化合物的高效生物合成提供新思路。
HMM在自然语言处理领域中的应用研究
HMM在自然语言处理领域中的应用研究韩普;姜杰【摘要】隐马尔可夫模型(HMM)是一种强大的统计学机器学习技术,该模型已经成功地应用于连续语音识别、在线手写识别,在生物学信息中也得到了广泛的应用.由于该模型的强大的学习能力,在自然语言处理领域逐渐得到了应用.对隐马尔可夫模型在词性标注、命名实体识别、信息抽取应用中的关键问题进行了分析,着重分析了在信息抽取时使用隐马尔可夫模型的重点和难点问题,期望让更多的研究人员进一步认识和了解HMM.最后分析了隐马尔可夫模型在应用中的不足之处和改进研究.【期刊名称】《计算机技术与发展》【年(卷),期】2010(020)002【总页数】5页(P245-248,252)【关键词】隐马尔可夫模型;信息抽取;词性标注;命名实体【作者】韩普;姜杰【作者单位】南京师范大学,教育科学学院,江苏,南京,210097;南京师范大学,教育科学学院,江苏,南京,210097【正文语种】中文【中图分类】TP3910 引言隐马尔可夫模型(HMM)是一种强有力的概率机器学习过程,已被成功应用于语音识别[1]、手写体识别、生物信息学等领域。
HMM处理新的数据具有很好的鲁棒性,并且有一套成熟的算法。
隐马尔可夫模型的优点是它有强壮的概率统计作为基础,而这个特点也很适合处理自然语言领域的任务,在自然语言处理中[2,3],HMM已被应用于词性标注[4,5]、命名实体识别[6]、信息抽取[7~10]等任务。
HMM也有个明显的缺点就是模型的建立比较困难。
而模型的构建恰是使用HMM 的关键步骤。
1 隐马尔可夫模型的概述1.1 概述隐马尔可夫模型(HMM)是一个二重马尔可夫随机过程,包括具有状态转移概率的马尔可夫链和输出观测值的随机过程,其状态只有通过观测序列的随机过程才能表现出来。
一个HMM包含两层:一个可观察层和一个隐藏层。
可观察层是待识别的观察序列,隐藏层是一个马尔可夫过程,即一个有限状态机,其中每个状态转移都带有转移概率。
基于HMM理论的身份认证应用研究
基于改进的HMM地图匹配算法
基于改进的HMM地图匹配算法作者:张浩刘大明来源:《现代信息科技》2020年第21期摘要:針对路网拓扑结构的复杂和轨迹信息利用不充分问题,文章提出了一种改进的HMM,该方法考虑了真实路网的拓扑信息,轨迹的位置、方向和速度信息。
在计算发射概率时用二维正态分布将轨迹的位置信息和方向信息融合,转移概率计算时考虑到候选道路的限制速度和距离的非线性关联,并在实验中得到验证,改进后的匹配成功率比传统HMM提高了7%。
关键词:拓扑结构;HMM;观测概率;转移概率中图分类号:TP301.6 文献标识码:A 文章编号:2096-4706(2020)21-0084-04The Map Matching Algorithm Based on Improved HMMZHANG Hao,LIU Daming(School of Computer Science and Technology,Shanghai University of Electric Power,Shanghai 200090,China)Abstract:In view of the complexity of road network topology and inadequate utilization of track information,an improved HMM method is proposed in this paper,which considers the topology information,track position,direction and velocity information of the real road network. In the calculation of the emission probability,the location information and direction information of the trajectory are fused together with the two-dimensional normal distribution. In the calculation of the transition probability,the nonlinear relation between the limit speed and distance of the candidate road is taken into account,which is verified in the experiment. The improved matching success rate is 7% higher than the traditional HMM.Keywords:topology;HMM;observation probability;transition probability0 引言随着无线通信技术和定位技术的发展,轨迹数据可用于空间数据挖掘、智能交通[1-3]、城市规划[4,5]等领域。
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M
当Pij(m,m+1)与m无关时,称马尔科夫链为齐次马 尔科夫链,通常说的马尔科夫链都是指齐次马尔科 夫链。
HMM概念
HMM的状态是不确定或不可见的,只有通过观测 序列的随机过程才能表现出来 观察到的事件与状态并不是一一对应,而是通过 一组概率分布相联系 HMM是一个双重随机过程,两个组成部分: – 马尔可夫链:描述状态的转移,用转移概率 描述。 – 一般随机过程:描述状态与观察序列间的关系, 用观察值概率描述。
初始状态空间的概率分布
初始时选择某口缸的概率
HMM实例:硬币赌博
观测值:正面(H Head)、反面(T Tail) 硬币: 真(F Fair)、假(B Bais)
HHHHTTTTHHTTHTTTTHHH… FFFFBBBBFFFFBBBBFFFFF…
HMM的基本要素-示例
HMM的基本要素-示例
课堂作业
算法设计与分析
北京交通大学计算机学院
李清勇
E-mail: qingyongli@ Tel: 51688603 主校区: 9号楼 北314
引言
Urn 3
Urn 2 Urn 1
Veil
Observed Ball Sequence
引言
设有N个缸,每个缸中装有很多彩球,球的颜色由一组 概率分布描述。实验进行方式如下
HMM组成
Markov链 (, A)
状态序列 q1, q2, ..., qT
随机过程 (B)
观察值序列 o1, o2, ..., oT
HMM的组成示意图
HMM模型的假设
假设1:有限历史假设 p(qi|qi-1…q1) = p(qi|qi-1) 假设2:齐次性假设(状态与具体时间无关) p(qi+1|qi) = p(qj+1|qj),对任意i,j成立 假设3:输出独立性假设(输出仅与当前状态有 关) p(O1,...,OT | q1,...,qT) = Π p(Ot | qt)
T (i) 1 t T 1
N j1
–
t (i) aijb j (Ot 1 ) t 1 ( j ) t T 1, T 2,...,1,1 i N
P(O / ) 1 (i )
i 1 N
–
HMM解码:Viterbi算法
目的:给定观察序列O以及模型λ,如何选择一个对
2 递归: t ( j ) 1max [ t 1 (i)aij ]b j (Oi ), t N ,1 i M
1i M
jM
t ( j ) arg max [ t 1 (i )aij ], t T ,1 j M 2
终结:
P* max [ T (i )])
解决问题1 —基础方法
P(O / )
所有S
P(O / S , ) P(S / )
M=5, N=100, => 计算量5^100
解决问题1 — 前向法
定义前向变量 t (i) P(O1 , O2 ,Ot , qt i) t N 1
–
初始化: (i) b (O ) t N 1 1 i i 1
应的状态序列Q ,使得Q能够最为合理的解释观察 序列O?
多种最优化准则。最典型的是最大化 P(Q|O),等价 于最大化 P(Q,O)。
M和T分别为状态个数和序列长度
Viterbi示意图
O1 Q1 O2 O3 O4 O5 O6
t (i)
Q2
t (i)
Q3
q4
t1 ( j )
状态表示
1 递归: t 1 ( j ) [ t (i)aij ]b j (Ot 1 ) t T 1,1 j M
i 1 M
–
– –
终结: P(O / ) T (i) i 1 时间复杂度O(T*M^2)
N
前向法示意图
α tM
qM . qi . qj . . q1
马尔科夫链
时间和状态都离散的马尔科夫过程称为马尔科夫链 记作{Xn = X(n), n = 0,1,2,…}
–
在时间集T1 = {0,1,2,…}上对离散状态过程的相继观察的结果
链的状态空间记做I = {a1, a2,…}, ai∈R. 条件概率Pij ( t ,t+1)=P{Xt+1 = aj|Xt = ai} 为马氏链在时刻t处于 状态ai条件下,在时刻t+1转移到状态aj的转移概率。
1i M * qT arg max [ T (i )] 1i M
求S序列:
qt* t 1 (qt*1 ), t T 1, T 2,...,1
参考文献
Lawrence R. Rabiner, A Tutorial on Hidden Markov Models and Selected Applications in Speech Recognition. Proceedings 1989.
–
–
–
根据初始概率分布,随机选择N个缸中的一个开始实验 根据缸中球颜色的概率分布,随机选择一个球,记球的颜色 为O1,并把球放回缸中 根据描述缸的转移的概率分布,随机选择下一口缸,重复以 上步骤。
最后得到一个描述球的颜色的序列O1,O2,…,称为观 察值序列O。
引言
在上述实验中,有几个要点需要注意:
不能被直接观察缸间的转移 从缸中所选取的球的颜色和缸并不是 一一对应的 每次选取哪个缸由一组转移概率决定
引言
语音识别,词性标注,汉语分词 基因序列分析
计算机视觉(手语识别,字符识别)
天气预报 ……
马尔可夫性
如果一个过程的“将来”仅依赖“现在”而 不依赖“过去”,则此过程具有马尔可夫性, 或称此过程为马尔可夫过程 X(t+1) = f( X(t) )
ti
aMj aij
t1 ( j )
a1j
t1
1 Q1
... ...
t Qt
t+1 Qt+1
... ...
解决问题1 — 后向法
与前向法类似 定义后向变量 t (i) P(Ot 1 , Ot 2 ,OT , qt i / ) t T 1 1
–
初始化: 递归: 终结:
转移概率矩阵
晴天 阴天 下雨
晴天 晴天 0.50
阴天 0.25 0.25
下雨 0.25 0.375
阴天 0.375
下雨
0.25
0.125
0.625
转移概率矩阵(续)
由于链在时刻m从任何一个状态ai 出发,到另一时 刻m+1,必然转移到a1 ,a2…,诸状态中的某一个, 所以有
P (m, m 1) 1 i 1,2,...M
HMM可解决问题
问题1:给定观察序列O=O1,O2,…OT,以及模 型 λ=(π, A, B), 如何计算P(O)? 问题2:给定观察序列O=O1,O2,…OT以及模型 λ,如何选择一个对应的状态序列 S = q1,q2,…qT,使得S能够最为合理的解释观察序 列O? 问题3:如何调整模型参数 λ=(π, A, B) , 使得 P(O|λ)最大?
HMM的基本要素
用模型五元组 λ =( Ω , Σ , π ,A,E)用来描述 HMM,或简写为 λ =(π ,A,E)
参数 含义 状态集合 总数M 观察值集合 总数C 缸 彩球 实例
Ω Σ
A E
与时间无关的状态转移概率矩 在选定某个缸的情况下,选择 另一个缸的概率 阵 给定状态下,观察值概率分布 每个缸中的颜色分布
定义:
t(i )
max P(O q q
1
1
Ot ,qt i )
N (i )
,... t 1
我们所要找的,就是N时刻最大的 个状态序列
所代表的那
Viterbi算法
1 初始化: 1 (i) i bi (O1 ), i N
1 (i) 0, i N 1