高斯输入文件的创建1

常用的创建高斯输入文件的方法
• 输入文件的创建大致可分为两类：利用晶 体文件产生输入文件；利用绘图软件画出 分子 • 结构然后转换为输入文件。
• 利用晶体文件产生输入文件。 • 可以利用汪洋所编写的一个程序将晶体数据转化 为高斯输入文件（ 网址： /disparticle.php?boardNa me=Gaussian&ID=14201）。对于没有晶体结构 的物质也可以用量化软件进行研究，但对于大分 子来说，寻找并判断出用于研究的合适初始构型 不是一件容易的事。关于汪洋晶体程序的使用请 参见程序自带的使用说明。
GVIEW 的界面及主要功能键的介绍
• 第一行为菜单栏:
• File:主要功能是建立，打开，保存和打印当 前的文件 • Save Inage 将当前文件保存为图片格式 • Preferences。可以在里面改变GVIEW 默 认的 • 各种显示的设置。
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此时会出现下面的窗口，根据C-F 键的长度在 0.675 和2.700 之间的方 框内进行C-F 键的调整。完毕后点击OK 即可。
• (6)．双击GVIEW 界面上的 图标，出现以 下窗口，这是GVIEW 里内置的链烃库，选 中乙烷。
• (7).在工作窗口内空处点左键，用我们前面讲过的命令调节苯和乙烷 间的距离和角度，将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以 调节分子的角度；将鼠标放在分子上，前 • 后移动，可以将分子放大或缩小。Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗 口内平移分子 • 当工作窗口内有多个分子时【在构建大的分子时，这种情况很容易出 现】这时可用以下命令 • 可以用Shift+Alt+鼠标左键组合移动想要移动的分子，以调节各个分 子间的距离。 • 可以用Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节各个 分子间的角度。 • Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将鼠标左键放在分子上，左右或前后 移动，可以调节分子 • 的角度]这个功能连用。具体的好处需要自己去试。
• 应用Gauss时，计算结果的图形显示以及较 复杂分子的构建均需借助于辅助软件的配 合使用。 • Gauss本身能识别和读入Brookhaven PDB 格式的分子描述文件（文件名为*.pdb 或 *.ent），作业完成后又能通过External PDB Viewer 命令输出描述分子最后几何构 型的*.pdb 文件。因此，能够读入和输出 PDB 格式文件且带有分子构建和三维显示 功能的计算机化学软件均可用作Gauss的辅 助软件。
• 将鼠标放在分子上，按左键左右或前后移动，可以调节分 子的角度将鼠标放在分子上，前后移动，可以将分子放大 或缩小 • Shift+Alt+鼠标左键组合可以在窗口内平移分子，当工作 窗口内有多个分子时【在构建大的分子时，这种情况很容 • 易出现】这时可用以下命令可以用Shift+Alt+鼠标左键组 合移动想要移动的分子，以调节各个分子间的距离可以用 Ctrl+Alt+鼠标左键组合调节其中一个分子的角度，以调节 各个分子间的角度。Ctrl+Alt+鼠标左键这个组合常和[将 • 鼠标左键放在分子上，左右或前后移动，可以调节分子的 角度]这个功能连用。
• 选择完毕后，点Submit 即可递交计算。有 时由于安装的原因GVIEW 无法与GAUSS 建立关联，就不能直接从GVIEW 里递交计 算。这时可以在GVIEW 里保存用于 GAUSS 计算的输入文件，然后从GAUSS 里调出文件进行计算。
．构建分子中的注意事项
• 在构建分子前，应对分子的键长，键角和点群等 有一个详细的了解。这样在构建过程中才能更好 的把握细节，如构建大分子时，各个集团间的键 长，键角和二面角一定要给的准确。相当一部分 的错误（如SCF 不收敛，1502 报错等）都是分 子建模不合理造成的。分子模型不合理导致程序 根据分子模型所得的薛定鄂方程不合理，也就导 致了对方程的解不能顺利完成，所以报错。对于 大分子，不会出现分子直线排步的情况，链烃通 常为锯齿型的排列，环之间总是有一定的夹角， 共面情况虽有但不多见，这些都是在构建分子模 型的过程中需要注意的。
（10）．查看分子的对称性
• 从Edit-Point group 路径可以查看所构建分 子的点群。点击Point group 后，出现如下 窗口： • 为C1 点群，其下拉菜单中的为可能的点群 （改变Tolerance,也可帮助我们判断所构建 体系 • 可能有的点群） • （11）．
• 为C1 点群，其下拉菜单中的为可能的点群 （改变Tolerance,也可帮助我们判断所构建 体系 • 可能有的点群）
Result
• 显示计算的结果，包括电荷，静电势表示 的表面，振动频率，核磁，势能面扫描， 优化等。注意有些结果只能用检查点文件 才能显示。
常用功能键的介绍。
• 这些常用的功能键在上面菜单栏的介绍中 已有提到。在这里将对它ห้องสมุดไป่ตู้给出一个详细 的解释。
现在来构建一个间氟苯乙烷分子并 从GVIEW 里递交计算
• （11）．查看分子坐标。单击GVIEW 界面 上的 图标。出现下面窗口
Z 表示时内坐标，C 表示直角坐标。可以在里面对坐标做适当的调整
• （12）．向GAUSS 递交计算。点GVIEW 界面上Calculation 中的Gaussian
• 会出来一个递交计算的对话框。从所给的对话框中可以选 择工作类型Job Type（如优化，能量或频率等）;计算方 法Method（如半经验方法，HF 方法，DFT 方法，MP 方 法等，还可以选定基组）;Title(对所要做的计算给一个说 明，以备以后的查看) Link 0（给检查点文件命名，还可 以在此用RWF 命令设置临时数据交换文件的大小）； General,Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的 连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定 NBO 计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计算）, Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶剂外， 还要选择模拟溶剂的理论模型）
• （8）．单击GVIEW 界面上 图标。然后点 击与乙烷正对的苯上的C 原子和H 原子， 选择“None”，乙烷上的C-H 键作类似处 理 • 然后单击GVIEW 上的 图标，点选工作窗口 中的两个氢原子，即将它们删去
• 再单击GVIEW 界面上 图标，根据实际键长 将两个C 原子联起来。至此分子构建已完 成。
高斯输入文件的创建和程序运行
• 初学时，可以调用高斯自带的练习进行计 算已达到学习高斯的目的(在example 和 • exercise 文件夹中)。
．创建输入文件的目的
• 所有的量化程序（包括高斯）都是将所输入的分 子转化为薛定谔方程，然后求解方程得 • 到所需要的有关分子的性质。因此我们必须要将 所研究的体系转化为高斯的输入文件，才能 • 调入到高斯中进行计算。输入分子结构的合理性 将直接决定着据此得到的薛定谔方程的合理 • 性，也就影响着所得到的解的准确性，所以创建 一个合理的输入文件是量化计算的一个重要 • 环节。对于金属配合物，块体材料和纳米材料来 说，构建合理的输入文件也是难点。
• View 这里面的选项都是于分子的显示有关 的，如显示氢原子，显示键，显示元素符 号，显示哑原子显示坐标轴等
Calculalte：
Calculalte：
• 可从GVIEW 中直接向高斯提交计算。这是GVIEW 作为高 斯软件配套功能的重要体现。从所给的对话框中可以选择 工作类型Job Type（如优化，能量或频率等）;计算方法 Method（如半经验方法，HF 方法，DFT 方法，MP 方法 等，还可以选定基组）;Title(对所要做的计算给一个说明， 以备以后的查看) Link 0（给检查点文件命名，还可以在 此用RWF 命令设置临时数据交换文件的大小）； General,Guess,（这两个选项主要是给出体系中各原子的 连接关系及如何给出初始猜测）；NBO（可在此设定 NBO 计算）,PBC（可在此设定晶体的有关计 算）,Solvation（可在此设定溶液中的计算，除了选择溶 剂外，还要选择模拟溶剂的理论模型）
Edit: 在这里可以完成对分子的剪且，拷贝， 删除 和抓图等。 Atom List,显示当前分子的内坐标，笛 卡儿坐标，分数坐标等。 Point Group 可以显示当前分子的 点群及可能有的点群。 PBC 显示晶体文件（可以将CIF 文件转 换为图形，在点PBC 按钮后所给 并的对话框中根据选项调节具体显示的格式。 Mos 用于显示分子轨道（只有检查点文件， 此选项才能给出分子轨道图。 Symmetrize，对当前体系进行对称性控制。
• 我们先来了解一下如何将绘图软件 （GVIEW除外，因为它可以直接生成用于 高斯计算的输入文件）生成的文件转化成 可直接用于高斯计算和易于控制对称性的 高斯输入文件。 • 本法通用于能够输出*.pdb 或*.ent 文件的辅 助软件。基本步骤：
• ① 在辅助软件界面上构建分子，规整化为 “标准构型”或用分子力学法进行初步几 何优化 • ② 存为PDB 格式文件； • ③ 打开Gauss的主窗口，用UtilitiesNewMat 读入PDB 格式文件并转换为Z-矩 阵； • ④ 在跳出的作业编辑对话框上补充完成输 入文件
• (1)双击GVIEW 图标，打开GVIEW ，下图 就是GIVE 打开后的窗口
• (2)．双击窗口中的 图标，得到如下窗口， 里面有常用的环状官能团。选中苯环（单 击即可选中）
(3).在当前工作窗口（打开GIVEW 时程序自动打开一个工作窗口，如下 图）也可通过File-new 路径新建一个工作窗口，在这个窗口中点鼠标左 键窗口中就会出现苯分子，见下图
GVIEW 使用简介
• GVIEW 是一个专门设计于高斯配套使用的 软件，其主要用途有两个 • 1． 构建高斯的输入文件 • 2． 以图的形式显示高斯计算的结果 • 除了可以自己构建输入文件外，GVIEW 还 可读入CHEM3D，HYPERCHEM 和晶体数 据等诸多格式的文件。从而使其可以于诸 多图形软件连用，大大拓宽了使用范围。