DNAMAN-5软件应用报告

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序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介

序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。

由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。

本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。

打开DNAMAN，可以看到如下界面：第一栏为主菜单栏。

除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，(如左所示：)点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。

每个Channel 可以装入一个序列。

将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。

此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。

本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。

1．将待分析序列装入Channel（１）通过File Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。

（初始为channel1）可以通过激活不同的channel (例如：channel5)来改变序列装入的Channel。

（２）通过Sequence/Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel 。

通过Sequence/Current Sequence/Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

2．以不同形式显示序列通过Sequence//Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。

对话框选项说明如下：Sequence &Composition 显示序列和成分Reverse Complement Sequence 显示待分析序列的反向互补序列Reverse Sequence 显示待分析序列的反向序列Complement Sequence 显示待分析序列的互补序列Double Stranded Sequence 显示待分析序列的双链序列RNA Sequence 显示待分析序列的对应RNA 序列3．DNA 序列的限制性酶切位点分析将待分析的序列装入Channel，点击要分析的Channel，然后通过Restriction/Analysis 命令打开对话框，如下所示：参数说明如下：Results 分析结果显示其中包括：Show summary（显示概要） Show sites on sequence（在结果中显示酶切位点）Draw restriction map（显示限制性酶切图）Draw restriction pattern（显示限制性酶切模式图）Ignore enzymes with more than（忽略大于某设定值的酶切位点）Ignore enzymes with less than（忽略小于某设定值的酶切位点）Target DNA （目标DNA 特性）circular（环型DNA），dam/dcm methylation（dam/dcm 甲基化）all DNA in Sequence Channel（选择此项，在Sequence Channel 中的所有序列将被分析，如果选择了Draw restriction pattern，那么当所有的channel 中共有两条DNA 时，则只能选择两个酶分析，如果共有三个以上DNA 时，则只能用一个酶分析。

荧光定量pcr引物设计原则

1.引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。

最好位于编码区5’端的300-400bp区域内，可以用DNAman,Alignment 软件看看结果。

2. 产物不能形成二级结构（自由能小于58.61KJ/mol）。

3.引物长度一般在17-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。

4.G+C含量在40%~60%之间，45-55％最佳。

5.碱基要随机分布，尽量均匀。

6.引物自身不能有连续4个碱基的互补。

7.引物之间不能有连续4个碱基的互补。

8.引物5′端可以修饰。

9.3′端不可修饰，而且要避开AT,GC rich的区域，避开T/C,A/G连续结构（2-3个）。

10. 引物3′端要避开密码子的第3位。

11.引物整体设计自由能分布5‘端大于3’端，且3‘端自由能最好小于9KJ/mol。

可用oligo 6 软件进行比对看结果的情况。

12.做荧光定量产物长度80-150bp最好，最长是300bp.13.引物设计避免DNA污染，最好跨外显子接头区。

14.引物与非特异性扩增序列的同源性最好小于70％或者有8个互补碱基同源。

15.查看有无假基因的存在。

假基因就是无功能的DNA序列，与需要扩增的目的片段长度相似。

16.TM值在58-62度之间。

17.引物设计的软件Primer 5.0 有专门针对荧光的。

设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率。

引物分析软件将试图通过使用每一引物设计变化的预定值在这两个目标间取得平衡。

设计引用有一些需要注意的基本原理：①引物长度一般引物长度为18~30碱基。

总的说来，决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度。

有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度。

在引物长度小于20bp时：[4(G+C)+2(A+T)]-5℃在引物长度大于20bp时：62.3℃+0.41℃(%G-C)-500/length-5℃另外有许多软件也可以对退火温度进行计算，其计算原理会各有不同，因此有时计算出的数值可能会有少量差距。

DNAman使用方法教学课件ppt

基因组浏览器
总结词
DnaMan具备可视化基因组浏览器，方便用户查看基因组结构和基因注释。
详细描述
DnaMan的基因组浏览器支持多种基因组数据可视化展示，包括基因注释、基因转录本、SNP、重复序列等，可帮助用户深入分析基因组结构及功能。
分子进化分析
总结词
DnaMan支持分子进化分析，可探究物种间的亲缘关系和演化历程。
详细描述
DnaMan的分子进化分析功能包括多种进化树构建方法，如 NJ树、MP树、ML树等，并提供了丰富的分子进化分析工具，如PAML、CODEML等。
04
DnaMan使用中的常见问题及解决办法
序列导入问题
总结词
在导入序列时遇到的各种问题，如格式不正确、文件名限制等。
详细描述
DnaMan支持多种格式导入，如FASTA、GenBank等，但常因格式问题导致导入失败；另外，序列文件名中不能含有特殊字符，否则无法导入。
DnaMan具备强大的序列编辑、可视化和注释功能，同时提供了大量内置的分析工具和数据库，方便用户进行各种生物信息学研究。
DnaMan的起源与发展
1
DnaMan起源于20世纪90年代末期，由美国一家生物技术公司开发。
2
经过多年的发展和不断更新，DnaMan已经成为了生物信息学领域中广受欢迎的工具之一。
插入视频
添加注释
在课件中插入DnaMan软件操作视频，以便学生更好地了解软件操作流程和功能使用方法。
对于一些复杂的操作和功能，可以添加注释来帮助学生更好地理解和记忆。
演示教学课件的技巧
熟悉课件
在演示教学课件前，需要熟悉课件的内容和排版，以便更好地讲解。
互动教学

(生物类研究生必学)DNAMAN、DNAstar、primer5.0、Endnote常用功能介绍

EndNote
EndNote 是THOMSON 公司推出的最受欢迎的一款产品，是文献管理软件中的佼佼者。其具有海量文献信息的管理、全文管理、笔记管理、自动编排论文或书籍的参考文献、利用杂志全文模版撰写论文、统计与分析等功能，强烈推荐！！！
养成良好的阅读习惯，不管做实验还是写文章将会事半功倍。
8. 引物5′ 端和中间△G值应该相对较高，而3′ 端 △G值较低。
△G值是指DNA 双链形成所需的自由能，它反映了双链结构内部碱基对的相对稳定性，△G值越大，则双链越稳定。应当选用5′ 端和中间△G值相对较高，而3′ 端△G值较低（绝对值不超过9）的引物。引物3′ 端的△G 值过高，容易在错配位点形成双链结构并引发DNA 聚合反应。
DNAstar
DNAstar软件，即著名的Lasergene Suite，功能
主要有：序列的格式转换，序列拼接和重叠克隆群的处理；基因寻找；蛋白质结构域的查找；多重序列的比较和两两序列比较；寡核苷酸设计（PCR引物，测序引物，探针）。由EditSeq 、MegAlign 、GeneQuest 、MapDraw 、PrimerSelect 、 Protean 、SeqMan II七个模块组成。
类型⇒选择相应的要打开的文件
序列格式转换 ① 载入序列 ② 主菜单栏⇒序列⇒显示序列
寻找酶切位点 ① 载入序列 ② 主菜单栏⇒限制性酶切⇒限制性酶切分析
序列比对 ① 主菜单栏⇒序列⇒比对⇒多重序列比对 ② 工具栏⇒多重序列比对
DNAstar功能强大，这里主要讲EditSeq。
运行EndNote后，出现的第一个界面如下：
我们可以新建一个数据库：
如何将文献导入数据库
1. 电脑里的本地文献选择Import File出现以下界面：

荧光定量PCR引物设计要求

荧光定量PCR引物设计要求
相关专题
引物设计
荧光定量PCR引物的具体设计要求：
1.引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。

最好位于编码区5’端的300-400bp区域内，可以用DNAman,Alignment 软件看看结果。

2. 产物不能形成二级结构(自由能小于58.61KJ/mol)。

3.引物长度一般在17-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。

4.G+C含量在40%~60%之间，45-55%最佳。

5.碱基要随机分布，尽量均匀。

6.引物自身不能有连续4个碱基的互补。

7.引物之间不能有连续4个碱基的互补。

8.引物5′端可以修饰。

9.3′端不可修饰，而且要避开AT,GC rich的区域，避开T/C,A/G连续结构(2-3个)。

10. 引物3′端要避开密码子的第3位。

11.引物整体设计自由能分布5‘端大于3’端，且3‘端自由能最好小于9KJ/mol。

可用oligo 6 软件进行比对看结果的情况。

12.做荧光定量产物长度80-150bp最好，最长是300bp.
13.引物设计避免DNA污染，最好跨外显子接头区。

14.引物与非特异性扩增序列的同源性最好小于70%或者有8个互补碱基同源。

15.查看有无假基因的存在。

假基因就是无功能的DNA序列，与需要扩增的目的片段长度相似。

16.TM值在58-62度之间。

17.引物设计的软件Primer 5.0 有专门针对荧光的。

用染料做荧光定量不如探针特异性好，具体操作一下就知道了!
可以多定几对引物，免得摸条件浪费时间和金钱!试剂很贵的!。

序列分析软件DNAMAN的使用方法

DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。
打开DNAMAN，可以看到如下界面：

第一栏为主菜单栏。除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，第二栏为工具栏：第三栏为浏览器栏：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。每个Channel 可以装入一个序列。将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入 Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。

Annotations 是否显示注释 Comparision 比对参数，其中Window 代表Window size（单位比对长度）， Mismatch 代表Mismatch size（单位比对长度中许可的错配值）要快速比对，需将此项设为0。 Both stran 代表Both strand（双链比对）选择此项，是指用Sequence 2 中的序列的正链和负链分别和 Sequence 1 比较。 Sequence 2 正链与Sequence 1 比较结果用黑色点表示，Sequence 2 负链比对结果用红色点表示。
ห้องสมุดไป่ตู้

选择所需的项目，然后按提示操作点击按扭，出现下列对话框：参数说明如下： Enzyme 代表（enzyme data file），点击旁边的下拉按钮，出现两个默认选项，restrict.enz 和dnamane.enz，如果添加过自制的酶列表，则附加显示自制酶列表文件名。其中restrict.enz 数据文件包含180 种限制酶， dnamane.enz 数据文件包含2524 种限制酶。选择其中一个数据文件，相应的酶在左边的显示框中列出（按酶名称字母表顺序），鼠标双击酶名称，则对应的酶被选中，在右边空白框中列出。

序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿

序列分析软件DNAMAN的使用方法中文演示文稿第一部分：软件介绍1.DNAMAN是什么？-DNAMAN是一款用于DNA和蛋白质序列分析的软件。

-它提供多种功能，包括序列比对、引物设计、限制酶分析和进化树构建等。

2.DNAMAN的应用领域-DNAMAN广泛应用于生物学、生物技术和医药领域。

-它可以帮助研究人员进行序列分析、设计实验方案和解读实验结果。

第二部分：基本序列比对1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。

-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。

2.导入序列-点击“导入”按钮，选择需要比对的序列文件，点击“确定”导入。

-系统会自动将序列导入到项目中。

3.序列比对-选择需要比对的序列，点击“比对”按钮进行序列比对。

-系统会自动比对序列并生成比对结果。

4.结果解读-比对结果以图形和文本形式展示。

-可以通过选择不同的比对算法和调整参数来优化比对结果。

第三部分：引物设计1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。

-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。

2.导入标记序列-点击“导入”按钮，选择需要设计引物的标记序列文件，点击“确定”导入。

-系统会自动将标记序列导入到项目中。

3.引物设计-点击“引物设计”按钮，选择设计引物的参数和算法。

-系统会根据所选参数和算法自动生成引物设计结果。

4.结果解读-引物设计结果以图形和文本形式展示。

-可以通过选择不同的参数和算法来优化引物设计结果。

第四部分：限制酶分析1.创建新项目-打开DNAMAN软件，点击“新建”按钮创建新项目。

-输入项目名称和序列信息，保存并打开该项目。

2.导入限制酶序列-点击“导入”按钮，选择需要分析的限制酶序列文件，点击“确定”导入。

-系统会自动将限制酶序列导入到项目中。

3.限制酶分析-点击“限制酶分析”按钮，选择分析参数和算法。

-系统会根据所选参数和算法自动进行限制酶分析。

4.结果解读-限制酶分析结果以图形和文本形式展示。

荧光定量引物设计原则

引物的具体设计要求：1.引物应用核酸系列保守区内设计并具有特异性。

最好位于编码区5’端的300-400bp区域内，可以用DNAman,Alignment 软件看看结果。

2. 产物不能形成二级结构（自由能小于58.61KJ/mol）。

3.引物长度一般在17-25碱基之间,上下游引物不能相差太大。

4.G+C含量在40%~60%之间，45-55％最佳。

5.碱基要随机分布，尽量均匀。

6.引物自身不能有连续4个碱基的互补。

7.引物之间不能有连续4个碱基的互补。

8.引物5′端可以修饰。

9.3′端不可修饰，而且要避开A T,GC rich的区域，避开T/C,A/G连续结构（2-3个）。

10. 引物3′端要避开密码子的第3位。

11.引物整体设计自由能分布5‘端大于3’端，且3‘端自由能最好小于9KJ/mol。

可用oligo 6 软件进行比对看结果的情况。

12.做荧光定量产物长度80-150bp最好，最长是300bp.13.引物设计避免DNA污染，最好跨外显子接头区。

14.引物与非特异性扩增序列的同源性最好小于70％或者有8个互补碱基同源。

15.查看有无假基因的存在。

假基因就是无功能的DNA序列，与需要扩增的目的片段长度相似。

16.TM值在58-62度之间。

17.引物设计的软件Primer 5.0 有专门针对荧光的。

用染料做荧光定量不如探针特异性好，具体操作一下就知道了！可以多定几对引物，免得摸条件浪费时间和金钱！试剂很贵的！荧光定量PCR引物设计原则设计的目的是在两个目标间取得平衡：扩增特异性和扩增效率。

引物分析软件将试图通过使用每一引物设计变化的预定值在这两个目标间取得平衡。

设计引用有一些需要注意的基本原理：① 引物长度一般引物长度为18~30碱基。

总的说来，决定引物退火温度（Tm值）最重要的因素就是引物的长度。

有以下公式可以用于粗略计算引物的退火温度。

实验报告DNA测序技术的应用与分析

实验报告DNA测序技术的应用与分析实验报告：DNA测序技术的应用与分析摘要：DNA测序技术是一种重要的分子生物学技术，具有在基因组水平上解析DNA序列的能力。

本实验旨在探究DNA测序技术在生物学研究、疾病诊断和个体基因分析等领域的应用，并对测序结果进行分析和解读，以期为进一步深入研究和应用DNA测序技术提供参考和指导。

引言：DNA测序技术的发展与突破为生物学研究提供了强有力的工具。

通过测序，我们可以了解生物个体的遗传信息、基因组结构以及基因功能与表达等重要信息。

DNA测序技术的应用范围广泛，包括但不限于基因组学、医学诊断、系统进化学等领域。

本实验将围绕DNA测序技术的应用与分析进行详细探讨。

一、DNA测序技术的原理和方法DNA测序技术是一种通过测定DNA分子中碱基序列的方法，目前主要分为经典Sanger测序和高通量测序两类。

经典Sanger测序法通过控制碱基dNTP的稀释，使扩增反应合成DNA链的过程中发生随机断裂，并结合ddNTP的特殊标记来读取碱基顺序。

而高通量测序则利用多重并行技术，将大量DNA分子同时测序。

二、DNA测序技术的应用领域1. 生物学研究DNA测序技术在生物学研究中具有广泛应用。

通过测序可以解析不同生物种类的基因组序列，揭示基因组结构与功能的关系，探究物种进化和多样性等重要问题。

2. 医学诊断DNA测序技术在医学诊断中具有重要意义。

通过测序可以发现与疾病相关的基因突变，对遗传病和癌症等疾病进行早期诊断、风险评估和个体化治疗方案的制定。

3. 个体基因分析DNA测序技术可用于个体的基因分析，帮助人们了解自己的遗传背景，并为个体化的健康管理提供依据。

通过测序可以预防潜在的遗传病风险，指导健康生活方式与个体化治疗。

三、实验过程与结果分析我们以人类基因组的测序为例，使用高通量测序技术对DNA样本进行测序。

实验结果显示，我们成功测得了DNA样本的碱基序列，并获得了一系列的测序片段。

通过对测序结果的分析，我们得到了DNA样本的序列差异、碱基突变、基因结构等重要信息。

4实验四 DNAMAN 软件的使用,多序列比对

实验目的
1.理解什么是多序列连配以及其目的。 2.学会使用DNAMAN软件。 3.用DNAMAN软件进行多序列连配、开放阅读框寻找、氨基酸二级结构预测等。
实验材料
• 计算机，网络。 • DNAMAN。 • 基因核苷酸和氨基酸鸡、斑马鱼等物种的下列基因中任何一个基因的核苷酸和氨基酸序列：
• LPL, FAS, FABP, FTO, GDF11, ACC,
LEPTIN, MC4R, IGF1，IGF2，BMP2，HSL, PPARγ，STARS, ADD1， NHX1，SAMDC, DLX5，ENR, Lpin1
进行如下操作
• ORF寻找 • 不同物种氨基酸之间多序列比对 • 蛋白质二级结构预测 • 保存结果，并抓图
基因核苷酸和氨基酸序列基因核苷酸和氨基酸序列实验过程实验过程从从ncbincbi下载人小鼠大鼠下载人小鼠大鼠猪羊鸡斑马鱼等物种的下猪羊鸡斑马鱼等物种的下列基因中任何一个基因的核苷酸列基因中任何一个基因的核苷酸和氨基酸序列
生物信息学实验课件
邢晋祎生命科学学院 Copyright
实验四
DNAMAN软件的使用、多序列联配

如何使用DNAMAN软件制作序列比对图发表论文用

选择输入序列
选择序列文件所在位置
然后一直点击下一步
注意输入的序列是 DNA或者是蛋白质序列,打勾相应的选项
选项不需要修改,默
序列前面一般会加上CREATED..FEATURESLCATINQUALIFIERS这一段标记
注意,由于是用了免费的版本,它会在这里加上了一段标记,手工去除它.
这是去除后的序列情况
点击这个按钮, 出现下拉菜单
保持EMF格式的文件即可,然后用图片查看器打开可以放大缩小而不改变像素
前面软件演示所用的序列比对后做出来的图
注意:由于前面软件自动加了约为几十个bp 长度的标记,因此在所获得的图中,会在尾部出现N多个点,不影响图片的质量与美观!

序列分析报告软件DNAMan

序列分析软件DNAMAN 的使用方法简介DNAMAN 是一种常用的核酸序列分析软件。

由于它功能强大，使用方便，已成为一种普遍使用的DNA 序列分析工具。

本文以DNAMAN 5.2.9 Demo version 为例，简单介绍其使用方法。

打开DNAMAN，可以看到如下界面：：第一栏为主菜单栏。

除了帮助菜单外，有十个常用主菜单，如下所示第二栏为工具栏：如下所示：第三栏为浏览器栏：如下所示：在浏览器栏下方的工作区左侧，可见Channel 工具条，DNAMAN 提供20 个Channel，如左所示：点击Channel 工具条上相应的数字，即可击活相应的Channel。

每个Channel 可以装入一个序列。

将要分析的序列（DNA 序列或氨基酸序列）放入Channel 中可以节约存取序列时间，加快分析速度。

此版本DNAMAN 提供自动载入功能，用户只需激活某个Channel ，然后打开一个序列文件，则打开的序列自动载入被激活的Channel 中。

本文以具体使用DNAMAN 的过程为例来说明如何使用DNAMAN 分析序列。

1．将待分析序列装入Channel（1）通过File|Open 命令打开待分析序列文件，则打开的序列自动装入默认Channel。

（初始为channel1）可以通过激活不同的channel(例如：channel5)来改变序列装入的Channel。

（2）通过Sequence|Load Sequence 菜单的子菜单打开文件或将选定的部分序列装入Channel。

可以通过Sequence|Current Sequence|Analysis Defination 命令打开一个对话框，通过此对话框可以设定序列的性质（DNA 或蛋白质），名称，要分析的片段等参数。

2．以不同形式显示序列通过Sequence|Display Sequence 命令打开对话框，如下图所示：根据不同的需要，可以选择显示不同的序列转换形式。

实验2 引物设计与测序结果分析

学院：______ 班级:_______ 学号:_________ 姓名:__________ 成绩：______ 实验二引物设计及测序结果分析目的：1、掌握常规引物设计的原则及操作流程。

2、熟悉简并引物设计的原理及操作方法。

3、熟悉引物设计软件及在线引物设计工具的操作方法。

4、掌握使用相关软件及在线工具分析测序结果的方法。

内容：1、使用Primer Premier、Oligo、BLAST等软件及在线工具进行常规引物设计，并对引物扩增效率、特异性进行评价。

2、使用DNAMAN软件进行常规引物快速设计。

3、使用NCBI中的在线引物设计工具Primer-BLAST快速设计引物。

4、使用在线工具CODEHOP设计简并引物。

5、使用Chromas、BioEdit软件查阅测序结果峰图文件。

6、使用DNAMAN软件对测序序列进行编辑，进行序列拼接。

软硬件要求：联网计算机，预装Windows 7操作系统，预装IE或Chrome浏览器、英汉电子词典（有道词典或金山词霸），预装DNAMAN7、Primer Premier5、Oligo7、Chromas、BioEdit等生物信息学分析软件。

操作及问题：一、Primer Premier5、Oligo7、BLAST常规引物设计本部分操作将使用Primer Premier5、Oligo7、BLAST等软件及工具设计拟南芥AtBADH基因编码区全长特异引物。

（参考“第四章引物设计及测序结果分析”课件）（一）使用Primer Premier5搜索引物1、在NCBI数据中查找登录号为NM_001198470的序列记录，查阅相关信息，并下载序列将其保存为fasta格式文件。

问题1：该序列是什么类型的序列？该序列编码区在什么位置？2、打开Primer premier5软件，点击键ctrl+V将上一步中下载的序列粘贴入弹出的GeneTank窗口中（或者点击。

3、点击GeneTank窗口中左上角的Primer premier窗口中点击Search Criteria窗口中根据要求选择合适选项及参数，选定后，点击Search Progress窗口中有Search Results窗口；如没有出现数重新搜索引物。

引物设计原则

引物设计一、软件使用：l 推荐软件：Primer Premier 5.0l 优点：操作简单、显示各种参数改变和可能的二聚体、异二聚体、发夹结构等 l 缺点：没有明显缺点l 本地同类软件：DNAClub ；Oligo 6.22；Vector NTI Suit ；Dnasis ；Omiga ；Dnastar ；DNAMAN (LynnonBiosoft, Quebec, Canada).l 网上同类软件：Primer3（Whitehead Institute 开发）；JaMBW （European Molecular BiologyLaboratory of Heidelberg 开发）。

http://210.72.11.60网站已引进并调试好这两种软件。

独特之处在于：对全基因组PCR 的引物设计，可以将设计好的引物对后台核酸数据库进行比对，发现并排除引发错配的引物。

因此建议经常做全基因组PCR 的用户试用。

二、推荐操作：l 引物搜索：Primer Premier 5.0 l 引物评价：Oligo 6.22三、引物设计的原则:首先引物要跟模板紧密结合，其次引物与引物之间不能有稳定的二聚体或发夹结构存在，再次引物不能在别的非目的位点引起DNA 聚合反应（即错配）。

围绕这几条基本原则，设计引物需要考虑诸多因素，如引物长度（primer length ）、产物长度（product length ）、序列Tm 值(melting temperature)、ΔG 值(internal stability)、引物二聚体及发夹结构（duplex formation and hairpin ）、错误引发位点（false priming site ）、引物及产物GC 含量（composition ），有时还要对引物进行修饰，如增加限制酶切点，引进突变等。

以使用Oligo 软件分析设计引物为例，笔者总结出以下的要点：1.引物的长度一般为15-30bp ，常用的是18-27bp ，但不能大于38，因为过长会导致其延伸温度大于74℃，即Taq 酶的最适温度。

5'race 现在的通用方法是根据CLONTECH SMART RACE kit 改进而来的方法

5'race 现在的通用方法是根据CLONTECH SMART RACE kit 改进而来的方法那个试剂盒很坑爹的，价格高的离谱。

其实在实验过程中完全没有必要买试剂盒，下面我来告诉你怎么玩。

原理：5'race的关键目的就是要克隆出已知片段上游的未知片段。

方法就是在反转录的过程中人为的在5'端加上接头，然后利用接头上面的特异序列作为引物和你已知序列上面的一段引物扩增cDNA片段，就能得到5'未知序列片段。

方法：在反转录的过程中加入5'-AAGCAGTGGTATCAACGCAGAGTACGCGGG–3'这个接头引物。

在反转录之后这段序列就会位于整个mRNA反转录出来的cDNA的最前端。

为什么？？MMLV反转录酶有一种特性就是在反转录到序列末端的时候加上三个C来终止这个反转录过程，利用这添加上去的CCC和上面给你的那个接头引物的GGG碱基配对，MMLV 就会以上面那个引物为模版将反转录出来的第一链继续延伸出接头引物的互补链，从而形成一个带接头的cDNA 5'-末端。

这个就是RACE的核心原理。

具体不明白的看看这篇说明书就好，GOOGLE一搜，结果满天飞的，我就不给你传文件了。

SMART™ RACE cDNA Amplification Kit User Manual你肯定有一下问题1.上面给你的那个接头引物能不能换掉。

上面那个引物看起来好像很普通，其实里面大有玄机，如果你用DNAMAN软件预测一下引物的二级结构就可以发现，这个引物自身能形成一个类似老虎钳子的形状，而且仅仅只有GGG三个核苷酸暴露在外面用来和MMLV添加出来CCC配对。

所以这个引物的设计是非常巧妙的。

不建议你更换，而且你换掉以后自己要在你实验动物的基因组中验证是否存在相同或互补序列，这也是另一个问题。

2.是不是用普通的方法合成该接头引物即可。

答曰，可以。

clontech公司提供的试剂盒里面的这段引物其实并非全是单链DNA，用于配对的那关键的GGG用的是RNA单链，为什么？原因是DNA-RNA的结合能力强于DNA-DNA。

基因组数据分析软件的研发与应用

基因组数据分析软件的研发与应用近年来，基因组数据分析在生物学和医学领域中扮演了极为重要的角色。

随着高通量测序技术的不断发展和普及，研究人员可以通过大量的基因组数据挖掘更多的信息和知识，用于疾病预测、新药研发、种群遗传学等研究方向。

而实现这些目标的一个不可避免的过程就是对于基因组数据进行处理和分析。

基因组数据处理和分析的主要应用包括基因富集分析、SNP/Indel分析、RNA-Seq、蛋白质分析等。

这些数据分析需要使用专业的软件才能有效实现。

然而，基因组数据的大小和复杂性使得数据处理变得非常困难。

因此，快速和高效的基因组数据分析软件成为目前研究人员急需解决的问题。

为了解决这个问题，许多科研机构和公司都开始进行相关软件的研发和应用。

这些软件的主要任务是帮助研究人员处理和分析基因组数据。

下面将介绍一些比较常用的基因组数据分析软件。

1. GATKGATK是基因组分析工具包（Genome Analysis Toolkit）的缩写。

该工具包被广泛用于检测DNA样本中的SNP和Indel。

其优点在于它提供了一套标准流程，用于处理和分析基因组数据，这套流程是经过精细设计并被广泛测试过的。

GATK通过多个步骤处理和分析基因组数据，包括去除低质量序列、SNP检测、Indel检测、基因组注释等步骤。

每个步骤都被认为是完美无缺的。

然而，由于其中每个步骤的复杂性，GATK需要消耗大量的计算资源和时间。

2. PicardPicard是一个用于序列数据的库和命令行工具集。

Picard提供了许多工具，包括基因组数据的压缩和解压、基因组数据的格式转换以及基因组数据的质量控制。

在对大量基因组数据进行分析时，一个细微错误就可能会导致局部或整个分析结果的损失。

Picard提供了许多可靠的工具，可以在分析和处理过程中检测错误。

这些工具被经常用于为数据库和分析软件生成标准化数据。

3. SamtoolsSamtools是一个开源软件包，用于处理SAM（Sequence Alignment/Map）格式的序列文件。

黑曲霉中单宁酶基因的克隆表达及酶学特性分析

黑曲霉中单宁酶基因的克隆表达及酶学特性分析李海花;张蕾;陈龙宾;朱琪;乔家运;王文杰【摘要】本试验旨在从一株黑曲霉中克隆单宁酶基因，并研究其酶学性质。

利用前期分离的一株黑曲霉菌株SL-5，克隆出单宁酶基因，基因全长1533 bp，编码510个氨基酸；使用大肠杆菌BL21作为宿主，并使用pET32a（+）作为表达载体，实现了单宁酶基因在大肠杆菌中的表达。

纯化的单宁酶能够降解单宁，酶的最适反应温度为40℃，最适反应pH为6.0。

%This study was conducted to clone tannase gene from Aspergillus niger and investigate its tannin-degrad-ing characterization.We cloned the tannase gene from Aspergillus niger (SL-5),and the open reading frame of the gene contained 1533 bp coding for a 510 amino-acid matured protein,and expressed the tannase protein (rTannase)in Es-cherichia coli by using pET32a (+)vector.We found that the purified tannase was able to degrade hydrolysable tannin,ex-hibiting optimal enzyme activity at 40℃and pH 6.0.【期刊名称】《中国饲料》【年(卷),期】2016(000)011【总页数】4页(P25-28)【关键词】单宁;单宁酶;大肠杆菌;克隆;表达【作者】李海花;张蕾;陈龙宾;朱琪;乔家运;王文杰【作者单位】天津市畜牧兽医研究所，天津 300381; 天津市畜禽健康养殖技术工程中心，天津 300381;天津市畜牧兽医研究所，天津 300381; 天津市畜禽健康养殖技术工程中心，天津 300381;天津市畜牧兽医研究所，天津 300381; 天津市畜禽健康养殖技术工程中心，天津 300381;天津市畜牧兽医研究所，天津 300381; 天津市畜禽健康养殖技术工程中心，天津 300381;天津市畜牧兽医研究所，天津300381; 天津市畜禽健康养殖技术工程中心，天津 300381;天津市畜牧兽医研究所，天津 300381; 天津市畜禽健康养殖技术工程中心，天津 300381【正文语种】中文【中图分类】S816.3［Abstract］This study was conducted to clone tannase gene from Aspergillus niger and investigate its tannin-degrading characterization.We cloned the tannase gene from Aspergillus niger（SL-5），and the open reading frame of the gene contained 1533 bp coding for a 510 amino-acid matured protein，and expressed the tannase protein（rTannase）in Escherichia coli by using pET32a（+）vector.We found that the purified tannase was able to degrade hydrolysable tannin，exhibiting optimal enzyme activity at 40℃and pH 6.0.［Key words］tannins；tannase；Escherichia coli；cloning；expression单宁广泛分布于植物的各部位，如树叶、树皮、树干和种子。