3个贵州地方鸡种NKX2_5基因多态性及生物信息学分析
贵州3个世居少数民族CCR5基因 Δ32多态分布
贵州3个世居少数民族CCR5基因Δ32多态分布国学红;何燕;张秀秀;王婵娟;张婷;官志忠【期刊名称】《广东医学》【年(卷),期】2018(39)1【摘要】目的调查贵州3个世居少数民族人群(苗族、布依族、水族)中趋化因子受体5(CCR5)基因Δ32位点多态性分布情况.方法采用PCR法直接扩增120例男性样本(雷山苗族27例、荔波布依族70例、荔波水族23例)的CCR5 Δ32等位基因,分析PCR扩增产物并对产物进行测序验证.结果 3个世居少数民族人群中只发现了169 bp片段的野生型基因型,CCR5 Δ32等位基因突变频率为0.结论贵州3个世居少数民族人群CCR5 Δ32等位基因突变频率较低,可能对人类免疫缺陷性病毒(HIV-1)易感.%Objective To investigate the allelic polymorphism ofCCR5Δ32 in three ethnic groups in Guizhou. Methods The study population contained 120 samples,of which consisted of 27 Miao people,70 BuYi people and 23 Shui people.Polymerase chain reaction was applied for amplifying target gene fragment,as DNA sequencing was used to verify the accuracy of PCR products.Results The frequency of the mutant CCR5Δ32 allele was 0.Neither t he heterozy-gous CCR5-w t/Δ32 mutant nor homozygous were identified in the three ethnic groups.Conclusion The frequency of the mutant CCR5Δ32 allele is very low in the three ethnic groups in Guizhou.【总页数】4页(P88-91)【作者】国学红;何燕;张秀秀;王婵娟;张婷;官志忠【作者单位】地方病与少数民族性疾病教育部重点实验室(贵州医科大学),贵州贵阳550004;地方病与少数民族性疾病教育部重点实验室(贵州医科大学),贵州贵阳550004;贵州省医学分子生物学重点实验室,贵州贵阳550004;贵州省医学分子生物学重点实验室,贵州贵阳550004;地方病与少数民族性疾病教育部重点实验室(贵州医科大学),贵州贵阳550004;地方病与少数民族性疾病教育部重点实验室(贵州医科大学),贵州贵阳550004【正文语种】中文【相关文献】1.性病艾滋病感染者HIV-1相关基因CCR5△32、CCR2b-64I、SDF1-3'A多态性分布的研究 [J], 崔为国;王哲;王福生;洪卫国;李宏;薛晓玲;朱新朋;孙国清;李洁2.中国傣族、景颇族人群中与艾滋病相关的CCR5△32、CCR2b-64I、SDF1-3'A 等位基因多态性分布 [J], 叶峻杰;王福生;彭林;金磊;丁明;刘明旭3.新疆维吾尔族人群中CCR5Δ32、CCR2b-64I和SDF1-3′A等位基因多态性分布和意义 [J], 刘明旭;王福生;金磊;洪卫国;施红;雷周云;张战平;杜清友R5Δ32等位基因多态性与贵州特殊人群HBV感染的相关性 [J], 谭奎;单可人;何燕;张婷;李毅;王婵娟;齐晓岚;赵艳;肖雁;谢渊;吴昌学;官志忠;任锡麟R5Δ32等位基因多态性与贵州特殊人群HBV感染的相关性 [J], 谭奎;单可人;何燕;张婷;李毅;王婵娟;齐晓岚;赵艳;肖雁;谢渊;吴昌学;官志忠;任锡麟因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
应用微卫星标记分析我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性
应用微卫星标记分析我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性应用微卫星标记分析我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性概述随着农业生产的发展，地方特色鸡种群的保护与研究成为了学术界的关注点之一。
微卫星标记作为一种高变异性的分子标记，已被广泛用于评估物种和种群的遗传多样性。
本研究应用微卫星标记对我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性进行了分析，并对其结果进行了探讨。
方法本研究选择了12个地方特色鸡群体样本，采集了其血液样品。
首先，从该血液样品中提取了基因组DNA，然后根据之前已报道的微卫星标记的引物序列进行扩增。
扩增产物经琼脂糖凝胶电泳分析后，得到了该群体的微卫星型谱。
结果通过对12个地方特色鸡群体的微卫星型谱进行分析，我们获得了大量的遗传信息。
首先，我们计算了每个群体的多态信息含量（PIC），结果显示大部分群体的PIC值在0.5到0.8之间，表明这些地方特色鸡群体具有较高的遗传多样性。
同时，我们还计算了遗传相似系数，并使用聚类分析对群体进行了分类。
结果显示，这12个地方特色鸡群体可以分为3个大的类群，分别是A、B和C类群。
这些类群的构成反映了地理位置的影响，即相近地区的群体更为相似。
讨论通过对我国西南地区12个地方特色鸡群体的微卫星标记分析，我们发现这些群体大部分具有较高的遗传多样性。
这表明我国西南地区的地方特色鸡群体具有比较高的适应力和生物多样性，这对于它们的长期保护和品种改良具有重要意义。
另外，聚类分析结果也反映了地理位置对于群体遗传多样性的影响，这与地域中心性理论相吻合。
具体来说，地理上相邻的地方特色鸡群体更容易发生基因流，从而导致它们的遗传相似度更高。
结论本研究应用微卫星标记分析了我国西南地区12个地方特色鸡群体的遗传多样性，并对其遗传关系进行了研究。
结果显示，这些地方特色鸡群体具有较高的遗传多样性，并且地理位置对其遗传相似性具有影响。
这为地方特色鸡的保护和品种改良提供了基础数据和科学依据，并为进一步研究提供了新的方向。
《马属雄性动物DDX3Y基因片段克隆测序及生物信息学分析》范文
《马属雄性动物DDX3Y基因片段克隆测序及生物信息学分析》篇一一、引言随着现代生物技术的发展，基因测序和生物信息学分析成为了生命科学研究领域的重要手段。
在动物学研究中，对特定基因的克隆测序和生物信息学分析有助于我们深入了解动物的遗传特征和生理功能。
本文以马属雄性动物为研究对象，对DDX3Y基因片段进行克隆测序及生物信息学分析，以期为马属动物的遗传育种和疾病防控提供理论依据。
二、材料与方法1. 材料本实验选取了马属雄性动物作为研究对象，提取其基因组DNA作为实验材料。
2. 方法（1）基因克隆：根据DDX3Y基因的已知序列设计引物，通过PCR技术扩增目标基因片段，然后将其克隆至载体中，转化至感受态细胞中进行扩增。
（2）测序：对克隆得到的阳性菌落进行质粒提取，送至测序公司进行测序。
（3）生物信息学分析：对测序结果进行序列比对、遗传变异分析、蛋白结构预测等生物信息学分析。
三、实验结果1. 基因克隆结果通过PCR技术成功扩增出DDX3Y基因片段，并将其成功克隆至载体中。
经转化、扩增后，得到大量阳性菌落。
2. 测序结果对阳性菌落进行质粒提取并送至测序公司进行测序，得到DDX3Y基因片段的序列信息。
3. 生物信息学分析结果（1）序列比对：将测序得到的DDX3Y基因片段序列与已知序列进行比对，发现存在一定程度的序列变异。
（2）遗传变异分析：通过生物信息学软件对序列变异进行分析，发现马属雄性动物间存在多种遗传变异类型，包括单核苷酸多态性（SNP）、插入/删除突变等。
（3）蛋白结构预测：根据DDX3Y基因编码的蛋白质序列，利用生物信息学软件进行蛋白结构预测，发现该蛋白质具有特定的空间结构和功能域。
四、讨论通过对马属雄性动物DDX3Y基因片段的克隆测序及生物信息学分析，我们了解了该基因在马属动物中的遗传变异情况及其编码蛋白质的结构特征。
这些结果有助于我们更好地了解马属动物的遗传特征和生理功能，为马属动物的遗传育种和疾病防控提供理论依据。
两种贵州地方鸡线粒体DNA控制区全序列分析
两种贵州地方鸡线粒体DＮA控制区全序列分析作者：王文涛陈彬傅筑荫来源：《湖北农业科学》2011年第15期摘要：采用ＰＣＲ和直接测序的方法测定兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体ＤＮＡ控制区全序列，分析比较两者ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ序列３个区的变异。
结果表明，兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡线粒体ＤＮＡ控制区全序列长分别为１２３１和１２３０ｂｐ，其中兴义矮脚鸡ｍｔＤＮＡ控制区的碱基摩尔分数分别为Ａ２６．９２％、Ｔ３３．４１％、Ｇ１３．３９％、Ｃ２６．２９％，长顺绿壳蛋鸡的分别是Ａ２７．１３％、Ｔ３３．５８％、Ｇ１３．２０％、Ｃ２６．０９％。
ｔ检验显示两种贵州地方鸡种间线粒体ＤＮＡ控制区碱基Ａ与Ｃ的含量差异显著，说明Ａ与Ｃ之间的颠换较多。
兴义矮脚鸡和长顺绿壳蛋鸡的遗传距离是０．０３８６，根据分子钟计算，二者大约在１９３万年前分歧进化。
关键词：线粒体ＤＮＡ控制区；兴义矮脚鸡；长顺绿壳蛋鸡；遗传变异中图分类号：Ｑ３４３．３文献标识码：Ａ文章编号：0439－８114（２０11）15－3114-02ＡｎａｌｙｓｉｓｏｎｔｈｅｍｔＤＮＡＣｏｎｔｒｏｌＲｅｇｉｏｎｏｆＴｗｏ K ｉｎｄｓｏｆＧｕｉｚｈｏｕＮａｔｉｖｅＣｈｉｃｋｅｎＷＡＮＧＷｅｎ－ｔａｏa，ＣＨＥＮＢｉｎa，ＦＵＺｈｕ－ｙｉｎb（a．ＫｅｙＬａｂｏｒａｔｏｒｙｏｆＡｎｉｍａｌＧｅｎｅｔｉｃ，ＢｒｅｅｄｉｎｇａｎｄＲｅｐｒｏｄｕｃｔｉｏｎｉｎｔｈｅＰｌａｔｅａｕＭｏｕｎｔａｉｎｏｕｓＲｅｇｉｏｎ，ＭｉｎｉｓｔｒｙｏｆＥｄｕｃａｔｉｏｎ；b．ＣｏｌｌｅｇｅｏｆＡｎｉｍａｌＳｃｉｅｎｃｅｓ，ＧｕｉｚｈｏｕＵｎｉｖｅｒｓｉｔｙ，Ｇｕｉｙａｎｇ５５００２５，Ｃｈｉｎａ）Ａｂｓｔｒａｃｔ：ＰＣＲａｎｄｄｉｒｅｃｔｓｅｑｕｅｎｃｉｎｇｍｅｔｈｏｄｓｗｅｒｅｕｓｅｄｔｏａｎａｌｙｚｅｔｈｅｅｎｔｉｒｅｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐｉｎＸｉｎｇｙｉＢａｎｔａｍＣｈｉｃｋｅｎａｎｄＣｈａｎｇｓｈｕｎＢｌｕｅ－ｓｈｅｌｌｅｄＥｇｇＣｈｉｃｋｅｎ．ＴｈｅＤ－ｌｏｏｐｏｆＸｉｎｇｙｉＢａｎｔａｍａｎｄＣｈａｎｇｓｈｕｎＢｌｕｅ－ｓｈｅｌｌｅｄＥｇｇＣｈｉｃｋｅｎｗａｓ１２３１ａｎｄ１２３０ｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｓｌｏｎｇ，ｒｅｓｐｅｃｔｉｖｅｌｙ．Ｔｈｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅ molar fraction ｏｆＸｉｎｇｙｉＢａｎｔａｍｗａｓＡ２６．９２％，Ｔ３３．４１％，Ｇ１３．３９％，ａｎｄＣ２６．２９％，ｗｈｉｌｅｔｈｅｃｏｍｐｓｉｔｉｏｎｏｆＣｈａｎｇｓｈｕｎＢｌｕｅ－ｓｈｅｌｌｅｄＥｇｇＣｈｉｃｋｅｎｗａｓＡ２７．１３％，Ｔ３３．５８％，Ｇ１３．２０％ａｎｄＣ２６．０９％．Ｔｈｅ t－ｔｅｓｔｒｅｓｕｌｔｓｓｈｏｗｅｄｔｈａｔｔｈｅｄｉｆｆｅｒｅｎｃｅｏｆｔｈｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅＡａｎｄＣｃｏｎｔｅｎｔｉｎｔｈｅｍｔＤＮＡｃｏｎｔｒｏｌｒｅｇｉｏｎｏｆｔｈｅｔｗｏｃｈｉｃｋｅｎｂｒｅｅｄｓｗａｓｓｉｇｎｉｆｉｃａｎｔ．Ｔｈｅｇｅｎｅｔｉｃｄｉｓｔａｎｃｅｂｅｔｗｅｅｎｔｈｅｔｗｏｂｒｅｅｄｓｗａｓ０．０３８６．Ｃａｌｃｕｌａｔｅｄｂｙｍｏｌｅｃｕｌａｒｃｌｏｃｋ，ｔｈｅｔｗｏｂｒｅｅｄｓｄｉｖｅｒｇｅｄａｎｄｅｖolved ａｂｏｕｔ１．９３ｍｉｌｌｉｏｎｙｅａｒｓａｇｏ．Ｋｅｙｗｏｒｄｓ：ｍｔＤＮＡＤ－ｌｏｏｐ；ＸｉｎｇｙｉＢａｎｔａｍ chicken；ＣｈａｎｇｓｈｕｎＢｌｕｅ－ｓｈｅｌｌｅｄＥｇｇＣｈｉｃｋｅｎ； gｅｎｅｔｉｃ v ａｒｉａｔｉｏｎ线粒体ＤＮＡ控制区是非编码基因区，在进化过程中受环境的选择压力小，表现出进化速率快和母系遗传等特点，在鸟类的分类研究中常用作种系发生的分子标记［１］。
鸡NLRC5基因克隆及生物信息学分析
Ｅ 下沩 弼Ｉ 物各ｌ 调 高压灭菌超纯水 穿 卜 足 ２ ０ Ｌ反应身 ｝ 为
９ ４ ℃２ ｍｉ ｎ 预变性 ， ９ ８ ℃２ ０ Ｓ ， ６ ８℃６ ｍ ｉ ｎ 循 环３ ５ 次， 最后
７ ２℃延伸 １ ０ ｍ ｉ ｎ ， ４℃保存 。制作０ ． ７ ％琼脂糖 检￣ Ｊ Ｉ Ｐ Ｃ Ｒ
１ ． ２ Ｎ Ｌ Ｒ Ｃ ５ Ｃ Ｄ Ｓ 的克 隆 获得ｃ Ｄ Ｎ Ａ ， 置于＿ ２ ： 保存。
提取脾脏 ￣ ， Ｒ Ｎ Ａ 随后反转录
Ｎ Ｌ Ｒ 样 受 体 家族 是 天 然 免 疫 系统 的一 类 信 号转导型
受体。Ｎ Ｌ Ｒ Ｃ Ｓ ） ＝ ￣于Ｎ － Ｌ Ｒ 家族 Ｉ Ｉ ＿ ２ ｌ ， 是 该 家族 近几 年受 到
Ｎ端 处 包含 Ｎ Ｌ Ｓ 和Ｎ Ｅ Ｓ ， 不 包括 其 他 类 型 信 号 肽 ． 其 蛋 白可 在 胞 质 与 核 之 间 穿梭 。表 明 鸡 ⅣＬ
表 观 遗传 的调控 ． 在 天 然 免 疫 及 适 应 性 免 疫 中的 作 用 与 哺 乳 动 物 相 似 。 关 键词 ： 基 因克隆 ； Ｎ Ｌ ＲＣ ５ 基因； Ｒ Ａ Ｃ Ｅ； 生物 信 息学 ； 狼 山 鸡 中图分 类号 ： ￥ ８ ３ １ ． ２ 文献 标识 码 ： Ｂ 文章 编号 ： ０ ２ ５ ８ — ７ ０ ３ ３ （ ２ ０ １ ３ ） １ ３ — ０ ０ ２ ３ — ０ ５
产物 。对 Ｐ Ｃ Ｒ 产物 进 行切 胶 回收 （ Ｔ ａ Ｋ ａ Ｒ ａ Ｍ ｉ ｎ ｉ Ｂ Ｅ Ｓ Ｔ
增３ Ｕ Ｔ Ｒ和 ５ Ｕ Ｔ Ｒ，拼 接 成 全 长 转 录 本 ， 提 交至Ｇ ｅ ｎ Ｂ ａ ｎ ｋ， 获得 登 录 号 ： Ｊ Ｑ ０ ４ ４ ４ １ ４ 。结 果表 明 ： 鸡Ｎ Ｌ Ｒ Ｃ ５ 基 因序 列
鸡IFIT5基因单核苷酸多态性的生物信息学分析
通讯作者，女，博士，教授。主要研究方向：动物遗传育种。Ｅｍａｉｌ：ｒｏｓｅｇｅｎｇｌｙ＠１２６．ｃｏｍ。 收稿日期：２０１９０３０３；修改稿收到日期：２０１９０３２８
３４
河北科技师范学院学报 ３２卷
１．５ 对 ＵＴＲＳＮＰｓ进行评估分析 真核生物 ｍＲＮＡ的 ５′和 ３′非翻译区（ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄｒｅｇｉｏｎｓ，ＵＴＲ）在转录后期起着重要的调控作用，
ＩＦＩＴ（ＩｎｔｅｒｆｅｒｏｎＩｎｄｕｃｅｄＰｒｏｔｅｉｎＷｉｔｈＴｅｔｒａｔｒｉｃｏｐｅｐｔｉｄｅＲｅｐｅａｔＭｏｔｉｆｓ，ＩＦＩＴ）家族是一类主要受干扰 素、病毒和脂多糖诱导表达的干扰素诱导基因，其编码的蛋白可通过抑制翻译起始，识别、结合并隐退特 定类型的病毒核酸或蛋白以及参与调节细胞固有的和非固有的免疫反应等方式来抵抗病毒的入侵。 ＩＦＩＴ家族参与的免疫反应是鸡体内抵抗病毒感染的重要防线［１，２］，其中 ＩＦＩＴ５是鸡体内存在的 ＩＦＩＴ家 族的唯一成员。研究发现，ＩＦＩＴ５在鸡生物体内的先天免疫防线发挥重要作用［３］。
摘要：为了筛选鸡 ＩＦＩＴ５基因潜在的、具有生物学功能的 ｎｓＳＮＰｓ（ｎｏｎｓｅｎｓｅＳｉｎｇｌｅｎｕｃｌｅｏｔｉｄｅｐｏｌｙｍｏｒｐｈｉｓｍｓ， ＳＮＰｓ）位点和 ＵＴＲＳＮＰｓ（ｕｎｔｒａｎｓｌａｔｅｄｒｅｇｉｏｎｓＳＮＰｓ）位点。利用 ５种 ＳＮＰｓ在线工具对 ｎｓＳＮＰｓ进行分析预测有 害位点；使用 ＳＷＩＳＳＭＯＤＥＬ，Ｐｙｍｏｌ，Ｃｏｎｓｕｒｆｓｅｒｖｅｒ等软件对有害 ｎｓＳＮＰｓ位点进行蛋白质的空间结构，氨基酸 的氢键变化，及保守型等进行相关分析。此外，对 ＵＴＲＳＮＰｓ位点使用 ＵＴＲＳｃａｎ分析预测其结合模式元件是 否改变。结果表明：从 ＩＦＩＴ５基因的 ｎｓＳＮＰｓ位点筛选出来的 ６个有害 ｎｓＳＮＰｓ位点（Ｌ２２０Ｉ，Ｌ２２３Ｍ，Ｌ２２３Ｖ， Ｙ３７５Ｃ，Ｅ３９１Ｇ和 Ｙ４１４Ｄ）都为潜在性功能位点，其中 Ｅ３９１Ｇ位点最可能影响蛋白的结构和功能。从 ＵＴＲ ＳＮＰｓ筛选出 ９个位于 ｕＯＲＦ的位点可能影响 ＩＦＩＴ５基因的转录模式。 关键词：鸡；ＩＦＩＴ５基因；非同义 ＳＮＰｓ（ｎｓＳＮＰｓ）；ＵＴＲＳＮＰｓ；同源建模；保守性分析 中图分类号：Ｓ８３１．２ 文献标志码：Ａ 文章编号：１６７２７９８３（２０１９）０１００３３０６
贵州省部分地区鸡源大肠杆菌血清型鉴定及药敏试验
中图分 类号 ：￥８５８．３１
文献标识码 ：Ａ
文章 编号 ：１００６—４９０７（２０１８）０５—００２０—０３
养 殖 业 最 大 的威 胁 就 是 疾 病 ，而 现在 养 鸡 业 都 以 规模 化 、集 约 化 养 殖 为 主 ，养殖 密度 大 ，一 旦 发病 会对整个鸡场或地 区家禽养殖造成致命 的打击。鸡 大肠杆菌在养殖环境及鸡体 内时刻存在 ，如果环境 急变或鸡体免疫力下降 ，就可随时击发。所 以鸡大 肠杆菌病就成 了养鸡业中常见疾病。为了减少鸡只 大肠 杆 菌 病 的发 生 ，作 者 首先 对 贵 州 存在 的鸡 源 大 肠杆 菌 进 行 了血 清 型鉴 定 ，并 随 后做 了药敏 试 验 。 希 望能 对 试 验 区养 鸡 业 的发 展 提 供一 些 帮 助 。 １ 材 料 与方 法 １．１ 材 料 １．１．１病 料
抽 取 ０．５％石 碳 酸生 理 盐水 ２ｍＬ冲洗 纯 化培养 的菌落 ，再用生理盐水稀释至 １×１０ｍ ＣＦＵ／ｍＬ，然 后 在 １２１℃高 压 条件 下灭 菌 ２ｈｔ３￣。灭 菌后 进 行玻 片 凝 集试 验 ，测定 其 血清 型 。测 定 时先 用微 量 滴管 吸 ０抗原单 因子诊 断血清一滴 ，滴于玻片板上 ，再吸 等 量 的 待 检 细 菌 液 加 到单 因子 血 清 中 ，将 两 种 液 体 充 分 混 和 均匀 ，在 常温 下 反 应 ３—５ｒａｉｎ，出 现凝 集 时为 阳性【４＇５］。为 了排 除 细菌 的 自凝 ，用 菌液 与 生理 盐水 的 混合 物设 立 了对 照组 。 １．２．４致病性 测 定
２０
Ｈｕｎａｎ Ａｎｉｍａｌ ｓｃｉｅｎｃｅ ａｎｄ Ｖｅｔｅｒｉｎａｒｙ Ｍｅｄｉｃｉｎｅ，Ｎｏ．５，２０１８．（Ｔｏｔ７期）
FABP4基因在3个贵州地方鸡种中多态性研究
492023.11·试验研究0 引言脂肪细胞型脂肪酸结合蛋白（FABP4）属于脂肪酸结合蛋白家族（FABPs ）。
Ockner R K 等[1]于1972年在大鼠的小肠黏膜中首次发现脂肪酸结合蛋白家族。
Spiegelman B M 等[2]研究指出FABP4蛋白可积极调控动物机体内脂肪酸的合成与代谢。
目前，在脂肪酸结合蛋白家族中作为肌内脂肪（IMF ）候选基因的主要是FABP3和FABP4[3]。
王丹丹等[4]利用测序与酶切结合方法对鲁禽3号麻鸡FABP4基因SNP 位点进行检测，揭示FABP4基因与鲁禽3号麻鸡生产性状具有强关联性。
Liu收稿日期：2023-08-24作者简介：何琦（1986-），男，硕士，畜牧师，研究方向：动物遗传育种与种质资源创新。
*通信作者简介：杨红（1990-），女，硕士，研究方向：动物遗传育种与种质资源创新。
何琦，郭勇，杨红．FABP4基因在3个贵州地方鸡种中多态性研究[J]．现代畜牧科技，2023，102（11）：49-52． doi ：10.19369/ki.2095-9737.2023.11.013． HE Qi ，GUO Yong ，YANG Hong ．Polymorphism and Bioinformatics Analysis of FABP4 Gene in Local Chickens of Guizhou[J]．Modern Animal Husbandry Science & Technology ，2023，102（11）：49-52．FABP4基因在3个贵州地方鸡种中多态性研究何琦1，郭勇2，杨红3*（1. 贵州省贵阳市花溪区农业农村局，贵州 贵阳 550025；2. 贵州黄牛产业集团科技服务有限公司，贵州 贵阳 550025；3. 贵州省毕节市畜牧站，贵州 毕节 551700）摘要：为系统筛查贵州地方鸡FABP4基因多态性。
鸡Myf5_蛋白结构与功能的生物信息学分析
amino acid residues ( Asp+Glu) and 29 positively charged amino acid residues ( Arg+Lys) . The theoretical isoelectric point ( pI) was 5. 86,
指数为 97. 59( >40),表明该蛋白结构极不稳定;亲水性平均
值(GRAVY)为-0. 701,脂溶指数为 54. 92,说明鸡 Myf5 蛋白
属于亲水性蛋白。
2. 2 鸡 Myf5 蛋白二级结构及三级结构预测 利用 SOPMA
在线软件预测鸡 Myf5 蛋白二级结构。 结果显示,鸡 Myf5 蛋
Pro(P)
Ser(S)
Thr(T)
Trp(W)
Tyr(Y)
Val(V)
Pyl(O)
Sec(U)
数量
Number∥个
21
21
5
9
11
9
25
15
7
5
20
8
7
7
28
32
11
2
7
8
0
0
频率
Frequency∥%
8. 1
8. 1
1. 9
3. 5
4. 3
3. 5
9. 7
5. 8
2. 7
地方鸡品种遗传多样性的微卫星标记研究
地方鸡品种遗传多样性的微卫星标记研究崔景香;李传忠;孟祥凯;尹逊河;王慧【期刊名称】《西南农业学报》【年(卷),期】2008(021)003【摘要】采用微卫星标记技术检测了山东省3种地方鸡种:汶上芦花鸡、济宁百日鸡和日照鸡的遗传多样性,在40种徼卫星引物中筛选出多态性丰富且扩增条带清晰稳定的6个引物.统计分析了各群体的等位基因数(NA)、多态信忠含量(PIC)、平均杂合度(H)、群体间的遗传距离(DS)和相似系数(I).采用UPGMA法构建系统发生树.结果表明:3个地方鸡种在6个微卫星位点上共发现了15个等位基因,每个位点的等位基因数为2～3个;每个群体的平均等位基因数分别为2.5、2.2和2;大小在110～300bp之间,期望杂合度与观测杂合度比较接近.芦花鸡(W)多态信忠含量最大,为0.3075;日照鸡(R)中最小.为0.2915.以Nei氏遗传砸离进行UPGMA聚类分析.结果表明:百日鸡(J)与日照鸡(R)间的遗传相似系数最大,为0.9832;遗传距离最小,为0.0170.3个品种鸡可聚为2类,百日鸡(J)与日照鸡(R)聚为一类.芦花鸡(W)独立聚为一类.【总页数】4页(P813-816)【作者】崔景香;李传忠;孟祥凯;尹逊河;王慧【作者单位】山东农业大学动物科技学院,山东,泰安,271018;山东省临沂市兰山区畜牧中心,山东,临沂,276000;山东农业大学动物科技学院,山东,泰安,271018;山东农业大学动物科技学院,山东,泰安,271018;山东农业大学动物科技学院,山东,泰安,271018【正文语种】中文【中图分类】S831.2【相关文献】1.利用微卫星标记分析云南6个地方鸡品种的遗传多样性 [J], 李慧芳;陈宽维;汤青萍;沈见成;章双杰2.利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性 [J], 屠云洁;陈宽维;沈见成;汤青萍;章双杰3.微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性 [J], 关学敏;耿立英;贺英;李祥龙4.利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性 [J], 沈见成;陈宽维;王金玉5.利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性 [J], 屠云洁;陈宽维;汤青萍;沈见成;章双杰因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测
贵州地方白羽鸡种MSTN基因SNP位点快速筛查及其蛋白功能预测作者：龙广丽牟腾慧刘洋饶永超杨德凤谭光辉林家栋傅筑荫张福平来源：《南方农业学报》2020年第08期摘要：【目的】明确贵州地方白羽鸡种肌肉生长抑制素（MSTN）基因的多态性，筛选出改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记，为选择培育优良肉质鸡种提供参考依据。
【方法】以兴义矮脚鸡白羽品系、罗曼蛋鸡及兴义矮脚鸡白羽品系与罗曼蛋鸡杂交的自交后代（F2）为研究对象，提取3个鸡种的血液基因组DNA构建DNA混合池，PCR扩增MSTN基因全部外显子序列，直接测序筛选SNP位点并进行生物信息学分析，探究SNP位点突变对MSTN基因mRNA二级结构及编码蛋白结构和功能的影响。
【结果】在鸡MSTN基因第1外显子（Exon-1）筛查到6个SNPs位点，分别为G51A、A60G、G195C、A234G、C297T和C324T，且6个SNPs位点均为同义突变。
在A234G位点处检测到兴义矮脚鸡白羽系和F2代存在多态性，但罗曼蛋鸡未发生变异;在C297T位点处检测到罗曼蛋鸡存在多态性，以C为优势等位基因，而兴义矮脚鸡白羽品系和F2代均未发生变异;G51A、G60A、G159C和C324T等4个SNPs位点在3个鸡种中均存在多态性。
A234G位点突变对鸡MSTN基因mRNA二级结构稳定性无影响，G51A位点突变致使MSTN基因mRNA二级结构最小自由能降低但未改变其构象，A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变均引起MSTN基因mRNA二级结构和最小自由能的改变。
鸡MSTN基因编码蛋白为不稳定的脂溶性蛋白，存在信号肽，但不存在跨膜区域，其二级结构由无规则卷曲、β-折叠和α-螺旋组成，且以无规则卷曲占比最高。
【结论】MSTN基因在贵州地方白羽鸡种中的多态性较丰富，其中A60G、G195C、C297T和C324T等4个SNPs位点突变会导致基因mRNA二级结构的构象发生改变，可作为改良白羽鸡肉质品质的分子遗传标记进一步研究。
西南地区三个地方鸡种母系遗传多样性评估
西南地区三个地方鸡种母系遗传多样性评估解晓东;高景舜;王欢;侯英萍;虞德兵【期刊名称】《中国家禽》【年(卷),期】2015(37)11【摘要】为研究西南地区乌蒙乌骨鸡、云龙矮脚鸡、施甸鸡的遗传多样性及母系亲缘关系,通过PCR扩增、产物回收、测序的方法,获得3个地方鸡种81个个体的mt DNA D-loop区的部分序列,利用Clustal W、Dna SP5.10、MEGA4.0等生物信息学软件对测序结果进行分析。
通过对81个个体mt DNA D-loop区731~795 bp的片段数据分析,并与原鸡属的mt DNA D-loop进行聚类,构建了单倍型及品种聚类图。
结果显示,乌蒙乌骨鸡、云龙矮脚鸡、施甸鸡的单倍型多样性指数分别为0.712±0.068、0.895±0.048、0.731±0.074;乌蒙乌骨鸡、云龙矮脚鸡、施甸鸡具有较近的亲缘关系,推测3个地方鸡种起源于分布在越南北部、中国云南东南部、广西西南部、雷周半岛的徐闻、海南岛的Gallus gallus jabouillei 亚种。
【总页数】4页(P19-22)【作者】解晓东;高景舜;王欢;侯英萍;虞德兵【作者单位】南京农业大学;云南省大理州畜牧工作站【正文语种】中文【中图分类】S831.2【相关文献】1.利用微卫星DNA标记分析巴布亚新几内亚三个地方鸡群体的遗传多样性及亲缘关系2.贵州地方鸡种与隐性白洛克鸡遗传多样性对比研究3.利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性4.广东3个地方鸡种mtDNA D-loop全序列的遗传多样性分析5.基于D-loop区序列分析的四川省三个地方鸡种遗传多样性及母系亲缘关系研究因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
鸡黄胫基因BCDO2的多态性分析
鸡黄胫基因BCDO2的多态性分析
杨小林;李俊英;邓学梅
【期刊名称】《中国家禽》
【年(卷),期】2012(34)8
【摘要】本研究设计PCR-RFLP方法,检测了农大隐性白C系、白来航、北京油鸡、三黄鸡、丝羽乌骨鸡、寿光鸡、菊花鸡、茶花鸡8个品种的BCDO2基因多态性,
其中农大C系、白来航、北京油鸡均为GG纯合型,茶花鸡表现为AA纯合型;而丝羽乌骨鸡、寿光鸡和菊花鸡等品种的BCDO2基因的杂合度分别为0.5、0.4、
0.13;本试验所用的三黄鸡品系为培育品系,也存在一定的杂合度,研究结果说明黄皮肤基因在我国多个地方品种还没有进行过选择。
本研究还检测了BCDO2基因在三黄鸡和农大隐性白C系鸡种背部皮肤的表达量,结果显示,三黄鸡的BCDO2基因表达量高于农大C系,推测BCDO2基因的表达对背部皮肤的颜色仍起着重要的作用,并认为鸡躯干部皮肤与胫部皮肤色素的不对称分布主要由不同部位皮肤的组织特点和类胡萝卜素的化学性质决定。
【总页数】5页(P7-11)
【作者】杨小林;李俊英;邓学梅
【作者单位】中国农业大学动物科技学院
【正文语种】中文
【中图分类】S831
【相关文献】
1.3个鸡种NKX2-5基因多态性与胫长的关联性分析
2.黑素皮质素受体3基因(MC3R)多态性及其单倍型组合与京海黄鸡屠体性状的关联分析
3.新广黄鸡MCEE 基因多态性分析
4.皖江黄鸡和皖江麻鸡催乳素基因调控区多态性分析
5.五华三黄鸡鱼腥味敏感基因FMO3检测及多态性分析
因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性
利用微卫星标记分析贵州5个地方鸡品种遗传多样性屠云洁;陈宽维;汤青萍;沈见成;章双杰【期刊名称】《中国家禽》【年(卷),期】2004()z1【摘要】通过选用30个多态性较好的微卫星标记,检测了贵州省5个地方鸡品种:竹乡鸡、威宁鸡、黔东南小香鸡、高脚鸡、乌蒙乌骨鸡的遗传多样性。
计算了各群体的平均遗传杂合度(H)、多态信息含量(PIC)和群体间的DA遗传距离。
结果表明:在5个品种中,杂合度最低的是高脚鸡,为0.501,杂合度最高的是竹乡鸡,为0.673,因此贵州各地方鸡品种的杂合度相差较大,据分析可能是由于交通闭塞,形成了家禽品种的多种多型,而且杂合度的高低与PIC值的大小体现了较高的一致性;用UPGMA 法进行聚类分析,结果6个鸡品种被聚为3类:竹乡鸡、黔东南小香鸡和威宁鸡聚为一类,乌蒙乌骨鸡自聚为一类;高脚鸡独自聚为一类。
这与几个鸡品种的来源、分化、选育历史及地理分布是一致的。
【总页数】4页(P118-121)【关键词】微卫星;地方鸡;遗传多样性【作者】屠云洁;陈宽维;汤青萍;沈见成;章双杰【作者单位】中国农业科学院家禽研究所;扬州大学畜牧兽医学院【正文语种】中文【中图分类】S83【相关文献】1.利用微卫星标记分析云南6个地方鸡品种的遗传多样性 [J], 李慧芳;陈宽维;汤青萍;沈见成;章双杰2.利用微卫星标记分析四川8个地方鸡品种遗传多样性 [J], 屠云洁;陈宽维;沈见成;汤青萍;章双杰3.利用微卫星标记分析贵州地方鸡种的遗传多样性及亲缘关系 [J], 张勇;郭荣华;简承松;肖礼华;陈祥;孙鹃;张明忠;罗卫星;田启培;王芳芳;韦骏4.利用微卫星标记分析江苏三个地方鸡品种的遗传多样性 [J], 沈见成;陈宽维;王金玉5.利用微卫星标记分析山东地方鸡品种的遗传多样性 [J], 陈红菊;岳永生;樊新忠;张传生;杜立新因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
四个地方鸡种GH基因内含子3的多态性及其与蛋品质的关系的开题报告
四个地方鸡种GH基因内含子3的多态性及其与蛋品质的
关系的开题报告
一、研究背景
随着人们对于食品安全和健康的日益关注，鸡蛋不仅是普通百姓日常消费的主要食物之一，而且含有丰富的营养物质和生物活性物质，已被广泛应用于医药和食品工业等领域。
因此，研究影响鸡蛋品质的因素，对于进一步提高鸡蛋的营养价值和品质具有重要意义。
GH基因是影响鸡胚胎生长发育和蛋品质的关键基因，其中内含子3多态性已被证明与鸡蛋品质密切相关。
因此，对GH基因内含子3多态性的研究，对于深入了解影响鸡蛋品质的机理及其调控具有重要意义。
二、研究目的
本研究旨在探讨GH基因内含子3的多态性与鸡蛋品质的关系，为优良蛋鸡品种的选育和鸡蛋品质的提高提供理论依据。
三、研究内容和方法
1. 实验动物及样品采集
本研究选取四个地方鸡种为研究对象，分别为湖南本地鸡、江西本地鸡、广东本地鸡和江苏本地鸡。
分别于每个地方鸡种的产蛋高峰期（28-34周龄）采集80个左右的鸡蛋作为样品。
2. GH基因内含子3多态性分析
使用PCR-RFLP和DNA测序方法对四个地方鸡种GH基因内含子3的多态性进行分析。
3. 鸡蛋品质检测
使用电子万能试验机检测鸡蛋硬度，通过测量鸡蛋壳厚度、壳重、蛋重、蛋黄直径、蛋白高度等指标，评估鸡蛋品质。
4. 统计分析
使用SPSS软件进行数据统计分析，通过t检验和方差分析等方法，分析GH基因内含子3多态性与鸡蛋品质之间的关系。
四、研究意义
本研究将对于GH基因内含子3多态性与鸡蛋品质之间的关系进行探讨，为鸡蛋品质的提高和优良品种的选择提供理论依据，对于进一步推动畜牧业的可持续发展有着重要的意义。
我国地方鸡种保种群分子遗传多样性的检测
我国地方鸡种保种群分子遗传多样性的检测苏一军;李慧芳;张学余【期刊名称】《中国家禽》【年(卷),期】2005(27)18【摘要】对国家家禽品种资源基因库中保存的10个地方鸡品种保种群进行了微卫星标记遗传多样性检测,计算各群体遗传参数,并用类平均法进行聚类分析。
研究结果表明:30个微卫星标记在10个地方鸡品种保种群的平均杂合度在0.6189～0.6953之间,其中藏鸡最高,为0.6953;北京油鸡最低,为0.6189;平均多态信息含量均大于0.5,表现为高度多态性;10个鸡品种聚为4类:萧山鸡、茶花鸡、仙居鸡、白耳鸡聚为一类,丝毛乌骨鸡、北京油鸡、大骨鸡、固始鸡聚为一类,狼山鸡和藏鸡分别单独聚为一类。
通过对我国地方鸡品种保种群的分子遗传多样性的检测,可以达到监测保种效果的目的。
【总页数】4页(P16-18)【关键词】地方鸡品种;保种群;杂合度;多态信息含量;遗传多样性检测;分子遗传多样性;地方鸡种;种群;微卫星标记;北京油鸡【作者】苏一军;李慧芳;张学余【作者单位】中国农业科学院家禽研究所【正文语种】中文【中图分类】S66;S763.15【相关文献】1.我国地方鸡品种保种群微卫星多态性分析与分子标记档案的建立 [J], 高玉时;杨宁;李慧芳;王克华;童海兵2.12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析 [J], 陈国宏;季从亮;王敏强;Steffen;Weigend3.中国地方鸡种DNA分子水平遗传多样性的研究进展 [J], 黎小青;李春风;初晓辉;徐志强;陈小波;贾俊静4.坝上长尾鸡保种群遗传多样性和保种效果评价 [J], 关学敏;耿立英;贺英;李祥龙5.12个中国地方鸡种群体遗传结构及遗传多样性分析 [J], 陈国宏;季从亮;王敏强;因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
威宁鸡Myf5基因多态性与周龄体重的相关性研究
威宁鸡Myf5基因多态性与周龄体重的相关性研究王文涛;周武军;张福平【期刊名称】《贵州畜牧兽医》【年(卷),期】2024(48)1【摘要】为了研究威宁鸡的Myf5基因多态性及与周龄体重的相关性,试验采用PCR扩增并测定Myf5基因序列,使用SPSS21.0软件分析Myf5不同基因型与周龄体重的关联性。
结果:威宁鸡Myf5基因存在G.40098586 T>T、G.40098595 T>T、G.40098901 A>G 3个SNPs位点,均位于第一外显子;G.40098586 T>C位点的多态性对威宁鸡周龄体重无显著影响(P>0.05);G.40098595 T>C位点CC基因型2、8周龄体重极显著高于TT型(P<0.01),CC型6、12周龄体重显著高于TT 型(P<0.05),CT型4、10周龄体重显著高于TT型(P<0.05);G.40098901 A>G位点AG基因型4周龄体重显著高于GG型(P<0.05)。
结论:威宁鸡Myf5基因的3个突变位点均可引起氨基酸序列改变,突变位点与威宁鸡体重显著相关(P<0.05),突变位点G.40098595 T>C、G.40098901 A>G可作为威宁鸡周龄体重选育的分子标记。
【总页数】4页(P9-12)【作者】王文涛;周武军;张福平【作者单位】清镇市农业农村局;贵州大学动物科学学院【正文语种】中文【中图分类】S831.8;Q78【相关文献】1.鸡12周龄体重的主基因+多基因混合遗传分析2.MSTN基因启动子区多态性与黄杂鸡体重和体尺指标的相关性研究3.鸡18周龄体重的主基因+多基因混合遗传模型分析4.固始鸡G2系母鸡8、18周龄体重与开产体重的相关性分析5.康乐黄鸡肌肉生长抑制素基因多态性对上市日龄体重的遗传效应分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
基于全基因组SNP分析8个地方鸡品种的遗传多样性
基于全基因组SNP分析8个地方鸡品种的遗传多样性武艳平;魏岳;康昭风;谢明贵;谢金防【期刊名称】《畜牧兽医学报》【年(卷),期】2022(53)2【摘要】为揭示江西及周边地区地方鸡的遗传多样性信息,本研究采集了江西省5个地方鸡品种,广东省、浙江省以及江苏省各1个地方鸡品种共125个血样,利用全基因组SNP芯片分析地方鸡品种的群体结构、网络关系及系统进化情况。
结果表明,8个地方鸡品种45647个位点的多态信息含量大多为0.25<PIC<0.5,属于中度多态,表明这8个地方鸡品种有较丰富的遗传多样性;聚类分析表明,8个地方鸡品种有较弱的地理关系;品种间的遗传距离在0.2549~0.3609,修水黄羽乌鸡和泰和乌鸡的遗传距离为0.2549,东乡绿壳蛋鸡和崇仁麻鸡的遗传距离为0.3069。
安义瓦灰鸡与其它品种的遗传距离在0.2747和0.3408之间,其中安义瓦灰鸡和修水黄羽乌鸡遗传距离最近,和崇仁麻鸡遗传距离最远。
结果表明,8个地方鸡品种有较丰富的遗传多样性,为以后品种开发利用提供遗传素材;不同地区的地方鸡没有明显的地域差异,品种间没有显著的遗传分化,两个乌鸡品种(泰和乌鸡和修水黄羽乌鸡)和安义瓦灰鸡品种有相对较近的遗传关系。
【总页数】8页(P646-653)【作者】武艳平;魏岳;康昭风;谢明贵;谢金防【作者单位】江西省农业科学院畜牧兽医研究所【正文语种】中文【中图分类】S831.2【相关文献】1.中国大麦地方品种的遗传多样性及α-淀粉酶活性的全基因组关联分析2.基于SNPs全基因组测序技术对泰国辣椒地方品种遗传多样性分析和辣椒素含量关联分析3.基于全基因组SNP标记的抗旱冬小麦品种的遗传多样性分析4.新疆冬小麦地方品种与育成品种基于SNP芯片的遗传多样性分析5.基于全基因组重测序SNP 标记的148份马铃薯种质遗传多样性分析因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性
微卫星荧光标记分析坝上长尾鸡与3个地方品种鸡遗传多样性关学敏;耿立英;贺英;李祥龙【期刊名称】《中国畜牧杂志》【年(卷),期】2015(51)19【摘要】为评估坝上长尾鸡保种群的遗传结构和其他地方品种鸡的遗传关系,本研究利用20个微卫星DNA标记,采用微卫星荧光标记与毛细管电泳相结合的方法,检测了4个地方鸡品种共120个个体的遗传多样性.结果表明:20个微卫星位点中有19个微卫星位点均为高度多态,120个个体中共检测到253个等位基因,单个位点的等位基因数从4 (MCW0103)～27 (LEI0094)不等,平均为12.65.所有位点的平均期望杂合度和平均多态信息含量分别为0.697 5和0.673 6;所有群体均显示较高的期望杂合度,坝上长尾鸡最高,为0.747 2,太行鸡相对比较低,为0.698 0,平均遗传分化系数为0.098,群体内的近交系数为20.4％,杂合子缺失的水平不高;群体的Nei's 遗传距离从0.059 7(广西麻鸡-太行鸡)～0.689 0(北京油鸡-太行鸡)不等.UPGMA 系统发生树中,广西麻鸡和太行鸡聚为一类,然后又于坝上长尾鸡聚在一起.北京油鸡独自聚为一类.UPGMA系统发育树结果与这些鸡品种的外貌形态相吻合.【总页数】4页(P13-16)【作者】关学敏;耿立英;贺英;李祥龙【作者单位】河北科技师范学院,河北秦皇岛066004;河北科技师范学院,河北秦皇岛066004;河北科技师范学院,河北秦皇岛066004;河北科技师范学院,河北秦皇岛066004【正文语种】中文【中图分类】S831.2【相关文献】1.用微卫星标记分析四品系(群)矮脚鸡的遗传多样性 [J], 张福平;傅筑荫;陈彬;吴志国2.利用微卫星标记分析边鸡遗传多样性及保种效果 [J], 张跟喜;丁馥香;王金玉;李源;张李俊;王伟;周胜花;张丽3.坝上长尾鸡保种群遗传多样性和保种效果评价 [J], 关学敏;耿立英;贺英;李祥龙4.利用微卫星标记分析儋州鸡等5个地方种群遗传多样性 [J], 李义书;刘祎;侯冠彧;曹婷;周汉林;施力光;蔡克奇5.利用微卫星标记和线粒体mtDNA D-loop区分析龙胜凤鸡遗传多样性 [J], 黄英飞;莫国东;吴强;孙俊丽;周志扬;万火福;韦凤英;廖玉英因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。
- 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性，平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
- 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
- 3、如文档侵犯您的权益，请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间：9:00-18:30)。
３个贵州地方鸡种ＮＫＸ２－５基因多态性及生物信息学分析杨红１，孙鹃２，裘贵华２，宋汝谋３，杨开明３，朱明贵４，李俊１，张勇１（１．贵州大学动物科学学院，高原山地动物遗传育种与繁殖省部共建教育部重点实验室，贵州省动物遗传育种与繁殖重点实验室，贵州贵阳 ５５００２５；２．贵州省畜禽遗传资源管理站，贵州贵阳 ５５０００１；３．安顺市畜牧技术推广站，贵州安顺 ５６１０００；４．普定县畜禽品种改良站，贵州普定 ５６２１００）摘要：以高脚鸡、威宁鸡、乌蒙乌骨鸡（含白壳蛋鸡和绿壳蛋鸡）３个贵州地方鸡种为研究对象，构建品种ＤＮＡ池，扩增ＮＫＸ２－５基因第１外显子全部序列及第２内含子部分序列，采用直接测序法对３个品种（４个群体）的ＮＫＸ２－５基因进行单核苷酸多态性检测，利用生物信息学软件预测不同多态性位点对ＮＫＸ２－５基因ｍＲＮＡ二级结构、蛋白质二级结构的影响。
结果表明，在３个品种（４个群体）中共检测到Ｇ１０８Ａ、Ｔ２８８Ｃ、Ｃ４００Ｔ、Ｔ４２０Ｇ和Ｇ４２９Ａ５个ＳＮＰｓ位点，其中，Ｇ１０８Ａ位于非编码区；Ｔ２８８Ｃ、Ｃ４００Ｔ位于第１外显子区；Ｔ４２０Ｇ和Ｇ４２９Ａ位于内含子区。
Ｔ２８８Ｃ和Ｃ４００Ｔ均为错义突变，Ｔ２８８Ｃ突变导致丝氨酸（Ｓｅｒ）变为脯氨酸（Ｐｒｏ）、Ｃ４００Ｔ突变导致丙氨酸（Ａｌａ）变为缬氨酸（Ｖａｌ），ＳＮＰｓ位点对于ＮＫＸ２－５基因ｍＲＮＡ二级结构、蛋白质二级结构有一定影响。
关键词：贵州地方鸡种；ＮＫＸ２－５基因；ＳＮＰｓ；生物信息学中图分类号：Ｓ８１３．３ 文献标识码：Ａ 文章编号：１６７１－７２３６（２０１４）１２－０２０９－０６收稿日期：２０１４－０６－０６作者简介：杨红（１９９０－），女，贵州人，硕士生，研究方向：动物遗传育种与种质资源创新。
通信作者：张勇（１９７５－），男，博士，副教授，主要从事动物遗传育种教学与科研工作。
Ｅ－ｍａｉｌ：ａｓ．ｙｚｈａｎｇ＠ｇｚｕ．ｅｄｕ．ｃｎ基金项目：贵州省农业动植物育种专项项目《高脚鸡配套系选育及推广应用》（黔农育专字［２０１２］１０号）；浙江大学２０１２年基本科研业务费专项资金课题《贵州畜禽遗传资源库平台建设》（２０１２ＸＺＺＸ００３－１）。
孙艳发等（２０１３）在鸡胫长和胫围的全基因组关联分析中报道了１个与鸡胫长达到５％全基因组水平显著关联的基因，即位于１３号染色体上的ＮＫＸ２－５基因；另有４个潜在基因：ＦＡＭ４８Ａ、ＣＬＳＴＮ２、ＧＡＢＲＧ２、ＨＯＸＢ３。
鸡ＮＫＸ２－５基因位于１３号染色体上，全长２８７９ｂｐ，２个外显子，属于Ｈｏｍｂｏｘ基因家族。
其他一些研究报道了ＮＫＸ２－５基因与心脏发育过程相关，如胡易池（２０１２）报道了ＮＫＸ２－５与先天性心脏病有关，其中许多功能重要的启动子、增强子、自动调节因子和抑制因子存在于该基因的侧翼序列及外显子之间，这些元件在不同时间和空间上全方位调控ＮＫＸ２－５基因，使其在心脏发育过程中发挥复杂作用。
ＮＫＸ２－５基因参与了心脏发生及发育的每个过程，该基因的正常表达对心室和心房的发育、房室瓣的形成、动脉的干分隔、心脏的环化及房室传导维持均有着重要作用（Ｑｉａｎ等，２０１３；Ｃｌａｒｋ等，２０１３）。
ＮＫＸ２－５基因在不同种属之间都相当保守（Ｐａｓｈｍｆｏｒｏｕｓｈ等，２００４），人ＮＫＸ２－５基因将导致先天性心脏发育缺陷（汪剑等，２００８）；小鼠ＮＫＸ２－５基因的突变会导致心管形成后的加厚和卷曲等缺陷；在果蝇上，ＮＫＸ２－５的同源基因Ｔｉｍａｎ负责心管的限定（冉莉等，２００８）。
陈丹盈（２０１２）对ＮＫＸ２－５／ＴＢＸ５／ＧＡＴＡ４基因在鸡、鹌鹑及其属间杂交种胚胎心脏发育过程中的表达研究中报道，ＮＫＸ２－５在禽类心脏的发育及成熟中具有调控作用。
也有报道称，ＮＫＸ２－５基因在调节组织分化所需的组织特异性基因表达和决定发育的时空类型上具有重要作用（Ｓｈｉｏｊｉｍａ等，１９９５）。
目前对ＮＫＸ２－５基因的研究发现，主要是该基因与心脏发育过程相关，对于禽类胫骨发育影响的报道较为少见。
因此，该基因对鸡胫长性状是否存在显著的调控作用，有待进一步研究加以证实。
鉴于此，本试验利用不同胫长的３个贵州地方鸡种（４个群体）为试验对象，采用ＤＮＡ池结合直接测序法对鸡ＮＫＸ２－５基因第１外显子和第２内含子部分序列进行测序，并在此基础上进行生物信息学分析，以期筛选出与鸡胫长有关的ＳＮＰｓ位点，为进一步研究该基因与鸡胫长的关系及功能奠定基础。
１ 材料与方法１．１ 材料１．１．１ 试验动物 高脚鸡４３个血样采自贵州省安·９０２·中国畜牧兽医 ２０１４年第４１卷第１２期遗传繁育顺市普定县；威宁鸡３５个血样和乌蒙乌骨鸡（白壳蛋鸡、绿壳蛋鸡）各３０个血样，均采自毕节市畜牧兽医研究所保种场，每只鸡翅下静脉采血３～４ｍＬ于真空采血管中，肝素钠抗凝，于－２０℃冷冻保存。
１．１．２ 主要试剂 血液基因组ＤＮＡ提取试剂盒、核酸染料、ＤＬ２０００ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ、２×Ｔａｑ ＭａｓｔｅｒＭｉｘ均购自上海生工生物工程技术服务有限公司；双蒸水、ＴＢＥ缓冲液、无水乙醇等试剂实验室自备。
１．２ 方法１．２．１ ＤＮＡ提取、检测与ＤＮＡ池构建 利用血液基因组ＤＮＡ提取试剂盒提取ＤＮＡ，用含核酸染料的１％琼脂糖凝胶电泳检测其纯度，凝胶成像系统照相保存。
运用紫外分光光度计测量每个ＤＮＡ样品浓度，分别测３次，取平均值。
并将所有ＤＮＡ样品浓度调至１００ｎｇ／μＬ，各取１０μＬ构建品种ＤＮＡ池（李敬瑞等，２０１１）。
１．２．２ 引物设计及ＰＣＲ扩增 参照ＧｅｎＢａｎｋ提供的鸡ＮＫＸ２－５基因序列（登录号：ＮＣ＿００６１００．３），运用Ｐｒｉｍｅｒ Ｐｒｅｍｉｅｒ ６．０软件设计引物，引物序列为：上游引物：５′－ＴＣＣＴＴＣＣＣＧＴＣＣＣＴＴＡＴＧＧＴ－３′；下游引物：５′－ＧＣＴＣＧＣＴＧＴＧＣＴＣＧＴＴＡＧＴＡ－３′。
引物由上海生工生物工程技术服务有限公司合成。
ＰＣＲ反应体系１０μＬ：２×Ｔａｑ Ｍａｓｔｅｒ Ｍｉｘ５μＬ，ｄｄＨ２Ｏ ２μＬ，上、下游引物各１μＬ、ＤＮＡ模板１μＬ。
ＰＣＲ反应条件：９４℃预变性４ｍｉｎ；９４℃变性３０ｓ，５９℃退火３０ｓ，７２℃延伸３０ｓ，共３５个循环；７２℃延伸１０ｍｉｎ；４℃保存。
ＰＣＲ产物用含核酸染料的１％琼脂糖凝胶电泳检测，凝胶成像系统照相保存。
选取合格的样品，委托北京诺赛基因组研究中心有限公司进行切胶回收测序。
１．２．３ 序列的校对、序列图峰高测量及等位基因频率估算 运用ＤＮＡＳｔａｒ软件对测序所得碱基序列和峰图进行校对，分析其多态性。
利用Ｃｈｒｏｍａｓ．ｅｘｅ和ＭＷＳｎａｐ．３软件中的标尺测量各ＳＮＰｓ位点等位基因的相应峰高，根据ｆｉ＝ｈｉ／（ｈ１＋ｈ２）（ｉ＝１，２）（式中，ｆｉ表示ＳＮＰ位点某等位基因频率，ｈ１与ｈ２分别表示测序峰图上该等位基因１、２峰的高度）估算等位基因频率（崔建勋等，２００５）。
１．２．４ 序列分析 利用在线软件ＲＮＡ ＳｅｃｏｎｄａｒｙＳｔｒｕｃｔｕｒｅ Ｐｒｅｄｉｃｔｉｏｎ（ｈｔｔｐ：／／ｗｗｗ．ｇｅｎｅｂｅｅ．ｍｓｕ．ｓｕ／ｓｅｒｖｉｃｅｓ／ｒｎａ２＿ｒｅｄｕｃｅｄ．ｈｔｍｌ）对ＮＫＸ２－５第１外显子中突变前后编码区序列分别进行ｍＲＮＡ二级结构预测，并进行比对分析。
利用在线软件Ｐｒｅ－ｄｉｃｔｐｒｏｔｅｉｎ（ｈｔｔｐｓ：／／ｗｗｗ．ｐｒｅｄｉｃｔｐｒｏｔｅｉｎ．ｏｒｇ／ｈｏｍｅ）对ＮＫＸ２－５基因第１外显子突变前后编码区序列分别进行蛋白质二级结构预测，并比对分析。
２ 结果与分析２．１ ＤＮＡ提取结果 将从血液中提取的ＤＮＡ基因组用含核酸染料的１％琼脂糖凝胶电泳进行检测，结果见图１。
由图１可知，ＤＮＡ条带集中，整齐明亮无拖尾，可用于下一步试验。
图１ 基因组ＤＮＡ提取检测结果注：１～３，高脚鸡血液基因组ＤＮＡ；４～６，威宁鸡血液基因组ＤＮＡ；７、８，乌蒙乌骨鸡（绿壳蛋鸡）血液基因组ＤＮＡ；９、１０，乌蒙乌骨鸡（白壳蛋鸡）血液基因组ＤＮＡ。
２．２ ＰＣＲ产物检测结果 用含核酸染料的１％琼脂糖凝胶电泳检测ＰＣＲ产物，结果见图２。
由图２可知，所检测的目的片段为７０９ｂｐ，与预期片段大小相符，条带清晰、整齐无拖尾，表明特异性较好，可用于测序分析。
２．３ 序列分析 将ＰＣＲ产物委托北京诺赛基因组研究中心有限公司进行切胶回收测序，运用ＤＮＡＳ－ｔａｒ等软件对所得序列进行分析，在所扩增序列中，共发现５个ＳＮＰｓ位点，即非编码区Ｇ１０８Ａ，外显子Ｔ２８８Ｃ和Ｃ４００Ｔ，内含子Ｔ４２０Ｇ和Ｇ４２９Ａ（图３）。
·０１２·遗传繁育中国畜牧兽医 ２０１４年第４１卷第１２期图２ ＰＣＲ产物电泳检测结果注：Ｇ，高脚鸡；ＷＮ，威宁鸡；ＷＬ，乌蒙乌骨鸡绿壳蛋鸡；ＷＢ，乌蒙乌骨鸡白壳蛋鸡；Ｍ，ＤＬ２０００ＤＮＡ Ｍａｒｋｅｒ。
图３ 贵州地方鸡种３个品种（４个群体）５个ＳＮＰｓ位点测序峰图注：Ｇ，高脚鸡；ＷＮ，威宁鸡；ＷＬ，乌蒙乌骨鸡绿壳蛋鸡；ＷＢ，乌蒙乌骨鸡白壳蛋鸡。
·１１２·中国畜牧兽医 ２０１４年第４１卷第１２期遗传繁育２．４ 等位基因频率估算 利用ＭＷＳｎａｐ．３软件标尺测量各品种中５个ＳＮＰｓ等位基因峰值，并根据等位基因频率估算公式估算各ＳＮＰｓ位点等位基因频率，结果见表１。
由表１可知，在Ｇ１０８Ａ处检测到威宁鸡、乌蒙乌骨鸡（绿壳蛋鸡、白壳蛋鸡）存在多态性，高脚鸡未发生变异；在Ｔ４２０Ｇ处，检测到高脚鸡Ｇ基因频率为１００％，而在其他鸡种中Ｔ为优势等位基因，说明高脚鸡与其他２个鸡种（３个群体）在这些位点处存在较大差异。
在Ｃ４００Ｔ位点处，高脚鸡和乌蒙乌骨鸡（绿壳蛋鸡）均未发生突变，而威宁鸡和乌蒙乌骨鸡（白壳蛋鸡）存在突变，Ｃ为优势等位基因。
Ｔ２８８Ｃ、Ｇ４２９Ａ处试验所用鸡种均存在多态性。
表１ ３个鸡种（４个群体）ＮＫＸ２－５基因ＳＮＰｓ等位基因频率估算结果ＳＮＰｓ所处位置高脚鸡威宁鸡乌蒙乌骨鸡（绿壳）乌蒙乌骨鸡（白壳）Ｇ１０８Ａ非编码区Ｇ（１）Ｇ（０．９３）Ｇ（０．９２）Ｇ（０．９３）Ａ（０）Ａ（０．０７）Ａ（０．０８）Ａ（０．０７）Ｔ２８８Ｃ第１外显子Ｔ（０．６４）Ｔ（０．７５）Ｔ（０．６３）Ｔ（０．５０）Ｃ（０．３６）Ｃ（０．２５）Ｃ（０．３７）Ｃ（０．５０）Ｃ４００Ｔ第１外显子Ｃ（１）Ｃ（０．８６）Ｃ（１）Ｃ（０．８４）Ｔ（０）Ｔ（０．２４）Ｔ（０）Ｔ（０．２６）Ｔ４２０Ｇ第２内含子Ｔ（０）Ｔ（０．７６）Ｔ（０．８１）Ｔ（０．８５）Ｇ（１）Ｇ（０．３４）Ｇ（０．２９）Ｇ（０．２５）Ｇ４２９Ａ第２内含子Ｇ（０．６１）Ｇ（０．８３）Ｇ（０．７０）Ｇ（０．５３）Ａ（０．３９）Ａ（０．２７）Ａ（０．３０）Ａ（０．４７）２．５ ＮＫＸ２－５基因第１外显子ｍＲＮＡ二级结构预测结果 采用在线软件ＲＮＡ Ｓｅｃｏｎｄａｒｙ ＳｔｒｕｃｔｕｒｅＰｒｅｄｉｃｔｉｏｎ对鸡ＮＫＸ２－５基因第１外显子中２个ＳＮＰｓ位点的ｍＲＮＡ二级结构进行预测，结果见图４。