IcimappingQTL中文操作说明MAPChinese

IcimappingQTL中文操作说明MAPChinese 请注意:开始之前,请确认您的计算机已安装了QTLIciMapping集成软件!
双亲群体的QTL作图(BIP)
1.
打开软件:QTLIciMapping软件可通过两种方式打开双击QTLIciMapping
面上的快捷图标从”所有程序”菜单中选择QTL
IciMapping软件
软件浏览.单击StartPage
”
或”2.
双亲群体的QTL作图
3.
建立一个”
单击
”File”
选择
输入
”
工程名称”
(例如,图
示中的工程名称为
和选择路径
(例如
,的路径为D:\)
单击”OK”完成”新工程”建
或者
打开已存在的工程单击“File”
指向“RecentProject开的工程名称
用过的功能和已开展工作产生的结果
3.
与此工程相关的输入文件、输出文件都自动保存在工程所在的路径双亲群体的QTL作图
4.
群体
单击““OpenFile”菜单，然后选择“某.bip”文件类型
然后选择“某.bip”功能(即双亲群体QTL作图的BIP
选择待打开的群体文件(例如:C:\CAAS\QTL
IciMapping\E某ample\BIP
5.
BIP功能浏览：BIP功能包含三个窗口工程窗口:
在BIPBarleyDH.BIP作图群体和结果展示窗口:打开BarleyDH.bip的
内容
6.
利用默认方法和默认参数的QTL作图
单击“Start”快捷键，系统则对选定方法和参数进行QTL
也可通过菜单项Tak->StartQTLMapping进行QTL图
如选择“”缺失表型数据不用于QTL作图(表型缺失个体的标记型数
据仍会使用)
“逐步回归标记进入的概率(PIN)”是0.001(POUT=2某PIN=0.002)；“LOD临近值”是2.5；未使用排列检验
法被选中，即ICIM-ADD
QTL作图完成后，自动产生“Reult
节点
双击文件名称，文件内容就会出现在“结果展示窗口”
双亲群体的QTL作图
7.
查看检测到的QTL双击输出文件
检测
QTL的信息显示在“结果展示窗
口”，例如QTL所在的染色体，位置，8.
去那里看LOD曲线图
BarleyDH.bip节点，
也可通过单击结果展示窗口中的BarleyDH.bip文件名，
单击通过QTL
双亲群体的QTL作图9.QTL作图产生的图形QTL作图产生的图形将显示在一个新的窗口中
双亲群体的QTL作图9.QTL作图产生的图形单击Add按钮将遗传效应曲线和LOD曲线绘制在;Add是一个开关按钮,再次单击将关闭功能.
双亲群体的QTL作图9.QTL作图产生的图形单击C-=按钮绘制所以染色体上的LOD/ADD曲线
LOD曲线
单击按钮将在连锁图QTL
双亲群体的QTL作图
10.QTL作图图形的输出
在图形窗口的任何地
方,通过鼠标右击弹出快捷键,从而对图形进行复制,保存,
当选择SaveImage
A…时,可通过保存类型把图形存为不同的格式.某.emf的分辨率.
从方法列表中选择IM-ADD方法,
QTL作图
如需要,可修改值
单击单击Start按钮,对已选方法框中的所有选定方法(即图中的ICIM-ADD和IM-ADD)进行QTL作图
方法ICIM-ADD检测到的QTL保存在
文件BarleyDH.qic中
方法
IM-ADD
件
BarleyDH.qim
中
在工程列表中,双击这些文件,文件
BarleyDH.qim[Reult],在图示的箭头处松开鼠标
在结果展示窗口中比较ICIM和IM检测出的QTL.例如,两种方法均检测到
第5和7染色体上的QTL.ICIM比IM检测到更多的QTL,等等.
将BarleyDH.bip激活为当前作图群体.可通过两种途径实现,一是双击工程
窗口中的BarleyDH.bip节点;二是单击结果显示窗口中的BarleyDH.bip文件.
LOD
菜单选择Mapping绘制IM的LOD曲线图;单击C-=按钮绘制所有染色体的LOD曲线图
12.比较ICIM和IM的LOD曲线图
改变图形窗口的大小;变换图形窗口的位置,在一个屏幕上对比ICIM 和IM
的全基因组LOD曲线图
.
很荣幸听到您对此操作手册和QTL
IciMapping的意见和建议!。