诺禾致源高分文章集锦-植物转录组
复杂基因组组装软件——NOVOheter系列(高杂合基因组、高重复基因组、超大基因组)
图1 NOVOheter1.0 组装流程图图2 NOVOheter2.0 组装流程图表1 诺禾致源部分高复杂基因组项目组装结果表4 BUSCO 评估结果统计首页 科技服务 医学检测 科学与技术 市场与支持 加入我们 关于我们提供领先的基因组学解决方案Providing Advanced Genomic Solutions随着高通量测序技术的发展，越来越多的物种被测序，组装质量也因组装技术水平的提高而不断攀升，但复杂基因组组装仍像一道高耸入云的峻岭横亘在科研工作者面前。
为了支持物种复杂基因组的组装，挑战学术研究和产业发展的最前沿，诺禾致源开发出 NOVOheter 系列软件，并基于 NOVOheter 建立起一整套针对复杂基因组组装的解决方案，解决了以往复杂基因组项目周期长、费用高的问题，组装指标及质量均获国际学术界高度认可。
Species某植物Genome size4.25 GbBUSCO notation assessment resultsC:95%[D:16%],F:1.8%,M:2.1%,n:956高杂合基因组组装——NOVOheter1.0杂合率大于0.5%的二倍体或多倍体属于复杂基因组，涵盖大部分林木类植物、水产类动物以及昆虫等，部分物种杂合率高达1%，甚至2%～3%，高杂合的基因组组装给基因组测序研究带来了较大挑战。
诺禾致源团队开发的 NOVOheter1.0 软件，专门针对高杂合基因组组装，让高杂合不再成为组装难题（具体流程如图1所示）。
表1是使用 NOVOheter1.0 软件完成的高杂合基因组组装结果。
项目经验结果 2 BUSCO 评估BUSCO（Benchmarking Universal Single-Copy Orthologs）评估，利用单拷贝直系同源基因，评估基因组完整性。
[2]由结果可知，956个直系同源单拷贝基因，组装出来了95%的完整单拷贝基因，说明组装结果完整。
转录组学在植物响应干旱胁迫中的研究进展
转录组学在植物响应干旱胁迫中的研究进展张军赖铭陈佳刘宏宇王斌宋丰萍*（西藏农牧学院，西藏林芝860000）摘要干旱胁迫是植物生长周期中极易遭受的非生物胁迫之一。
了解植物如何响应干旱逆境及其调控途径，成为一个热点问题。
随着转录组技术的广泛应用，人们可以从基因层面了解在干旱胁迫下，植物体内的信号转导及其相关的网络调控机制。
本文综述了近年来RNA-Sep技术在植物干旱胁迫方面的研究进展，包括干旱胁迫信号感受、内源激素基因表达及其信号转导、转录因子调控、功能蛋白调控，展望了未来转录组学在植物响应干旱胁迫中的发展方向。
关键词干旱胁迫；转录组；转录调控中图分类号S188文献标识码A文章编号1007-5739（2023）12-0014-09DOI：10.3969/j.issn.1007-5739.2023.12.003开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Research Progress of Transcriptomics in Plant Response to Drought Stress ZHANG Jun LAI Ming CHEN Jia LIU Hongyu WANG Bin SONG Fengping*(Tibet Agriculture and Animal Husbandry University,Nyingchi Tibet860000) Abstract Drought stress is one of the most vulnerable abiotic stresses in the growth cycle of plants. Understanding how plants respond to drought stress and its regulatory pathways has become a hot issue.With the wide application of transcriptome technology,people can understand the signal transduction and related network regulation mechanism in plants under drought stress from the gene level.In this paper,the research progress of RNA-Sep technology in plant drought stress in recent years was reviewed,including drought stress signal perception,endogenous hormone gene expression and signal transduction,transcription factor regulation,and functional protein regulation,and the future development direction of transcriptomics in plant response to drought stress were prospected.Keywords drought stress;transcriptome;transcriptional regulation近年来，随着全球气候变暖趋势的加快和部分地区降雨量逐年减少，植物受到干旱胁迫的程度逐渐加剧。
文心兰侧花瓣转录组分析与调控唇瓣化变异相关转录因子的挖掘
文心兰侧花瓣转录组分析与调控唇瓣化变异相关转录因子的挖掘作者：曾思娴余让才范燕萍来源：《热带作物学报》2024年第05期关键词：文心兰；唇瓣化；转录组测序；差异表达基因中图分类号：S432.1 文献标志码：A兰科植物因其独特的花型倍受人们喜爱，MADS-box 转录因子是花的起始和发育过程中的关键调控成分，在参与花器官的发育、开花时间的调节等过程中均起着重要作用[1]。
ABCDE 模型由MADS-box 基因家族中的五类同源基因组成，这些基因通过相互作用共同决定花器官身份[2]。
因此，大多数关于兰花花器官发育的研究都集中在这些ABCDE 基因上，而关于调控兰花唇瓣发育的其他转录因子及下游相关调控网络仍不清晰，因此，探究其他相关调控机制对兰花植物分子育种具有重要意义。
文心兰是兰科文心兰属植物，因其独特的花型和艳丽的颜色是世界上具有较高观赏价值的切花品种[3]。
在长期的文心兰生长进化过程中，极易产生花型多样性，这种花型多样性主要体现在唇瓣的变化上，使其具有更高的观赏价值和生物学价值[4]。
因此揭示文心兰唇瓣多样性形成机制显得极其重要。
“花被密码模型”是目前被广泛接受的兰花花器官发育模型，该模型中，不同MADS-box 基因分别组成唇瓣复合物和萼片/花瓣复合物，这2 种蛋白复合物相互竞争决定兰花花器官身份形成[5]，而文心兰花瓣形态结构多样化的其他调控网络研究仍鲜有报道。
本研究以柠檬绿文心兰（Oncidium. flexuosum‘Honey Angel’）和其侧花瓣唇瓣化变异种（突变体）为材料，对2 种侧花瓣进行RNA 转录组测序，通过MADS-box 及其他转录因子的差异表达挖掘调控文心兰唇瓣化变异关键转录因子，为建立文心兰唇瓣化变异调控关系网络，培育花型独特兰花新品种奠定基础。
1 材料与方法1.1 材料供試材料为种植在华南农业大学花卉研究中心种质资源圃中生长健壮的柠檬绿文心兰侧花瓣发生唇瓣化变异种（突变体），对照为柠檬绿文心兰（图1）。
诺禾致源高分文章集锦-植物基因组
陆地棉基因组测序揭示四倍体棉进化与纤维发育机制Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) provides a resource for fiber improvement研究对象：陆地棉遗传标准系TM-1期刊：Nature Biotechnology影响因子：41.514合作单位：南京农业大学发表时间：2015年4月摘 要Upland cotton is a model for polyploid crop domestication and transgenic improvement. Here we sequenced the allotetraploid Gossypium hirsutum L. acc. TM-1 genome by integrating whole-genome shotgun reads, bacterial artificial chromosome (BAC)-end sequences and genotype-by-sequencing genetic maps. We assembled and annotated 32,032 A-subgenome genes and 34,402 D-subgenome genes. Structural rearrangements, gene loss, disrupted genes and sequence divergence were more common in the A subgenome than in the D subgenome, suggesting asymmetric evolution. However, no genome-wide expression dominance was found between the subgenomes. Genomic signatures of selection and domestication are associated with positively selected genes (PSGs) for fiber improvement in the A subgenome and for stress tolerance in the D subgenome. This draft genome sequence provides a resource for engineering superior cotton lines.关键词陆地棉；de novo；四倍体研究背景陆地棉（Gossypium hirsutum L.）隶属锦葵目（Malvales），锦葵科（Malvaceae），棉属（Gossypium），因最早在美洲大陆种植而得名，是世界上最重要的棉花栽培品种，占全球棉花种植面积的90%以上。
诺禾致源资料
CONTENTS
目录
建库测序
06 建库测序服务
基因组测序
08 动植物基因组测序 10 基因组特征评估 11 基因组de novo测序 14 泛基因组测序（pan-genome） 17 动植物重测序 18 变异检测（基于全基因组重测序） 20 变异检测（基于简化基因组测序） 22 单个性状定位 25 遗传图谱（基于全基因组重测序） 27 遗传图谱（基于RAD-seq简化基因组技术） 29 遗传图谱（基于GBS简化基因组技术） 31 群体进化（基于全基因组重测序） 33 群体进化（基于简化基因组测序）
测序策略
每台仪器数据产出
最低测序量
Q30
项目周期
建
PE300
13Gb data / 1 Run 13Gb data (1 Run)
微生物
55 16S/18S/ITS等扩增子测序 58 宏基因组测序 61 细菌基因组测序 64 真菌基因组测序 67 小基因组测序
1
诺禾致源 北京诺禾致源生物信息科技有限公司于2011年3月15日在北京中关村生命科学 园注册成立，以基因组学研究与应用开发为发展方向，致力于成为全球领先的基因组学研究解决方案提供者。专 注于开拓生物学、计算机科学和信息技术在动植物研究以及人类健康领域的应用。
[4] Li M, Tian S, Jin L, et al. Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars[J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438.
诺禾致源有参转录组分析流程
Phred分值
10 20 30 40
不正确的碱基识别
1/10 1/100 1/1000 1/10000
碱基正确识别率
90% 99% 99.9% 99.99%
Q-sorce
Q10 Q20 Q30 Q40
测序错误率与碱基质量有关，受测序仪本身、测序试剂、样品等多个因素共同影响。对于RNA-seq技术，测序错误率分布具有两个特点： (1)测序错误率会随着测序序列(Sequenced Reads)长度的增加而升高，这是由于测序过程中化学试剂的消耗导致的，并且为illumina高通量测序平台都具有的特征。 (2)前6个碱基的位置也会发生较高的测序错误率，而这个长度也正好等于在RNA-seq建库过程中反转录所需要的随机引物的长度。所以前6个碱基测序错误率较高的原 因为随机引物和RNA模版的不完全结合(Jiang et al.)。
图1 测序错误率分布图 横坐标为reads的碱基位置，纵坐标为单碱基错误率
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北京诺禾致源生物信息科技有限公司 2.2 A/T/G/C 含量分布检查
GC含量分布检查用于检测有无AT、GC 分离现象，而这种现象可能是测序或者建库所带来的，并且会影响后续的定量分析。 在illumina测序平台的转录组测序中，反转录成cDNA时所用的6bp 的随机引物会引起前几个位置的核苷酸组成存在一定的偏好性。而这种偏好性与测序的物种和 实验室环境无关，但会影响转录组测序的均一性程度(Hanse上应分别相等，且整个测 序过程稳定不变，呈水平线，而对于链特异性建库会出现GC分离的现象。对于DGE测序来说，由于随机引物扩增偏差等原因，常常会导致在测序得到的每个read前67个碱基有较大的波动，这种波动属于正常情况。
诺禾致源高分文章集锦-微生物功能研究
1、研究共鉴定出已注释 ORFs 中 48.4% 的 TSS 位点。作者发现同许多原核生物不同，嗜冷甲烷叶菌有 约 51% 的 mRNA 具有较长 5' UTR（>50nt），约 24% 的 mRNA 5' UTR 大于 150nt（图 1）。
2、14% 的基因拥有多重 TSSs（图 2），此外还有 84 个基因拥有低温响应的 gTSS 和启动子，在不 同的温度下会转录形成含有不同剪切形式 5' UTR 的转录本，这种转录后水平的调控协同转录中调控来影响 mRNA 的表达水平与稳定性，从而控制古菌的低温r(VI) 降低了细菌和潜在的反硝化微生物的多样性；在含 Cr(VI) 污水处理器中，Thauera 属占主导地位。当废水中不含 Cr(VI) 时，处理器中检测不到 Thauera 的存在，当处理含 120 mg/L Cr(VI) 废 水时，Thauera 相对丰度可达 18.18%（图 1）。
研究对象：含 Cr(VI) 废水处理反应器污泥 期刊：Water Research 影响因子：5.528 合作单位：南京大学 发表时间：2015 年 3 月
摘要
In this study, a lab-scale expanded granular sludge bed reactor was continuously operated to treat high-nitrate wastewater containing different concentrations of hexavalent chromium (Cr(VI)). Nearly complete nitrate removal was achieved even at 120 mg/L influent Cr(VI). Pyrosequencing of 16S rRNA gene showed that Cr(VI) decreased the biodiversity of the bacterial community and potential denitrifiers. Proteobacteria dominated in the bioreactor, and Betaproteobacteria had increased abundance after Cr(VI) feeding. Thauera and Halomonas were the two predominant genera in the bioreactor fed with Cr(VI), demonstrating opposite responses to the Cr(VI) stress. Metagenomic analysis indicated that Cr(VI) feeding posed no obvious effect on the overall function of the bacterial community, but altered the abundance of specific denitrifying genes, which was evidenced by quantitative real time PCR. This study revealed that Halomonas mainly contributed to the denitrification under no or low Cr(VI) stress, while Thauera played a more important roleunder high Cr(VI) stress.
动植物全基因组测序
2013.072013.102014.092014.112015.04图1 异源多倍体棉花基因组共线性分析与非对称进化分析图2 MYB基因家族表达模式分析, Jiang W, et al. Sequencing of allotetraploid cotton (Gossypium hirsutum L. acc. TM-1) provides a resource for fiber improvement [J]. Nature Biotechnology, 2015, 33(5): 531-537.图3 金丝猴植食性机制的分析图4 金丝猴有效群体大小分析参考文献Zhou X, Wang B, Pan Q, Li R, Li M. Whole-genome sequencing of the nub-nosed monkey provides insights into folivory and evolutionary history [J]. Nature Genetics, 2014, 46(12):1303-1310.图5 藏猪及其它猪种的群体遗传结构分析参考文献Li M, Tian S, Jin L, et al. Genomic analyses identify distinct patterns of selection in domesticated pigs and Tibetan wild boars [J]. Nature genetics, 2013, 45(12): 1431-1438.图6 进化分析结果图7 脂肪酸能量代谢途径蓝色表示正选择基因；红色表示特异性基因参考文献Qu Y, Zhao H, Han N, et al. Ground tit genome reveals avian adaptation to living at high altitudes in the Tibetan plateau [J]. Nature communications, 2013, 4.图1 7株野生大豆共有和特有基因集图2 野生大豆开花时间调控基因SNP和InDel变异参考文献Li Y, Zhou G, Ma J, Jiang W, Li R#, et al. De novo assembly of soybean wild relatives for pan-genome analysis of diversity and agronomic traits [J]. Nature biotechnology, 2014.32(10):1045-1052.图3 部分novel sequence在世界人群中的分布参考文献Li R, Li Y, Zheng H, et al. Building the sequence map of the human pan-genome [J]. Nature biotechnology, 2010, 28(1): 57-63.。
转录组学在作物育种中的应用前景
转录组学在作物育种中的应用前景转录组学作为现代生物学的一个重要分支，其在作物育种中的应用前景非常广阔。
以下是一篇关于转录组学在作物育种中应用前景的文章，分为三个部分进行阐述。
一、转录组学概述转录组学是研究细胞中所有RNA分子的种类、数量、结构和功能等信息的科学。
它涉及到基因表达的调控，是了解生物体如何响应环境变化、发育过程以及遗传变异的关键。
转录组学的发展得益于高通量测序技术的进步，使得科学家能够对整个转录组进行深入分析。
1.1 转录组学的核心概念转录组学的核心概念包括基因表达、转录调控、非编码RNA等。
基因表达是指基因信息转化为蛋白质或RNA的过程，是生物学功能实现的基础。
转录调控则涉及到基因表达的精细调控机制，包括转录因子、启动子、增强子等元件的作用。
非编码RNA，如miRNA和lncRNA，虽然不编码蛋白质，但在调控基因表达中起着至关重要的作用。
1.2 转录组学的技术平台转录组学的技术平台主要包括高通量测序技术、微阵列技术、Northern blot等。
高通量测序技术，如RNA-Seq，能够提供全面、定量的基因表达信息。
微阵列技术则通过特定的探针检测特定基因的表达水平。
Northern blot是一种传统的技术，用于检测特定RNA分子的存在和大小。
二、转录组学在作物育种中的应用转录组学在作物育种中的应用主要集中在提高作物的产量、品质、抗性和适应性等方面。
通过分析作物在不同环境条件下的转录组变化，育种家可以识别关键基因和调控元件，进而设计育种策略。
2.1 提高作物产量作物产量的提高是育种的主要目标之一。
转录组学可以帮助科学家识别与产量相关的基因和调控网络，如光合作用、营养吸收、生长发育等过程的关键基因。
通过基因编辑或传统育种手段，可以改良这些基因，提高作物的产量。
2.2 改善作物品质作物品质包括营养价值、口感、外观等。
转录组学分析可以帮助识别影响这些品质性状的基因，如影响淀粉、蛋白质合成的基因，以及影响果实颜色、形状的基因。
【文章知识点】深度解析长末端重复反转录转座子（LTR-RTs）
【⽂章知识点】深度解析长末端重复反转录转座⼦（LTR-RTs）提起 LTR，相信很多⼈和我之前⼀样都是熟悉⼜陌⽣的感觉，听过或者接触过却未深⼊了解过。
若您对 LTR 分析有兴趣，却苦于⽆从下⼿时，愿本⽂作为⼀个叩门砖，为您敲开 LTR 分析的⼤门。
本篇从 LTR 的定义、分类、⽣物学意义、结构特征、鉴定⽅法等⽅⾯层层递进，带您⾛进神奇的 LTR 世界。
1. LTR 与重复序列、转座⼦的关系LTR-RTs 是 Long terminal repeat-retrotransposons 的缩写，中⽂名是长末端重复反转座⼦。
LTR-RTs 名字中既有重复、⼜有转座⼦，那么它和重复序列、转座⼦是什么关系呢？图1 为您解答。
图1 重复序列主要分类重复序列：根据重复区域是否连续可分为串联重复序列和散在重复序列（⼜名转座⼦、转座元件）两⼤类，前者相连，后者不相连。
转座元件(transposable elements, TEs) ⼜称转座⼦：指在基因组中能够移动或复制，并可以整合到基因组新位点的⼀段 DNA 序列。
根据转座过程是否形成 RNA 中间体，转座⼦可分为 DNA 转座⼦和反转录转座⼦。
反转录转座⼦是以 RNA 为媒介，伴有反转录过程，以复制-粘贴的⽅式在基因组的新位置产⽣⼀个新的拷贝。
DNA 转座⼦的转座机制则是剪切-粘贴的形式。
LTR-RTs :是反转座⼦中的⼀种，因其两侧存在长的末端重复⽽得名。
不含长末端重复的反转座⼦统称 non-LTR-RTs，主要包含短散在重复(SINE)和长散在重复(LINE)。
2. LTR的分类动植物基因组中存在⼤量转座⼦，尤其是植物基因组中。
LTR 因其数量多且 LTR 长度巨⼤，在植物转座⼦中具有较⾼的基因组含量。
在⽟⽶基因组中 LTR 占基因组含量⾼达 75% ，⼭苍⼦基因组中 LTR 占⽐⾼达 47%，所以基因组 LTR 的鉴定尤为重要。
反转录转座⼦根据转座元件结构的完整性和转座特点可分为⾃主元件（编码转座酶）和⾮⾃主元件（⾃⾝不编码转座酶）。
水稻叶片的转录组学研究
水稻叶片的转录组学研究水稻是世界上最重要的粮食作物之一，也是中国的传统农作物之一。
水稻的生长和发育过程中，其叶片是最重要的营养器官之一，因为叶片是光合作用的主要场所。
叶片中的基因表达调控对水稻的生长和发育有重要影响，因此研究水稻叶片中所表达的基因可以为水稻的育种和生产提供重要的参考。
在这篇文章中，我们将探讨水稻叶片的转录组学研究。
什么是转录组学？转录组学是研究某一生物个体内所有基因在特定时期和条件下的整体转录活动的学科。
研究人员可以通过测定细胞或组织中mRNA的数量和种类，来评估各种基因在特定的生理和环境条件下的表达水平。
这种技术可以显著提高我们对某种生物个体的功能和生物学机制的认识。
水稻叶片的转录组学研究在水稻研究中，转录组学已经成为常用的方法。
通过转录组学技术可以研究基因的表达和调控规律，发现新的功能基因和调控子、识别转录因子等。
在水稻叶片的转录组学研究中，研究人员首先需要从植物中提取RNA，以便测定不同的RNA转录本的表达水平。
这些数据通常通过高通量测序技术来获得。
通过转录组学技术，可以研究以下几个方面：1. 基因组的转录基因组的转录就是指从DNA到RNA的转录过程。
水稻基因组已经被完整测序，因此可以对全基因组进行转录组分析。
利用转录组技术，可以测定所有基因的转录本表达的数量和形态，有助于发现新的基因和函数等。
2. 转录本的可变性不同的RA转录本可能具有不同的起点和终止点，或者含有可变的外显子和内含子序列。
这些差异可能对基因的功能和表达产生重要影响。
因此，转录组学技术可以将RA转录本的数量和外显子达到差异进一步研究，探索不同RA转录本的功能和调控机制。
3. RNA翻译后处理转录组技术可以揭示水稻基因表达的细节，包括RNA处理和修饰。
例如，利用转录组技术可以确定基因是否经过了剪接或剪切，并探索如何选择其不同的功能转录本。
此外，还可以探索RNA修饰对RNA稳定性的影响，以及RNA的转移和转化过程等。
作物转录组+微生物组的文章
作物转录组+微生物组的文章标题：作物转录组与微生物组的研究进展摘要：随着高通量测序技术的发展，作物转录组和微生物组的研究逐渐成为植物科学领域的热点。
本文综述了作物转录组与微生物组的研究进展，探讨了它们在作物生长发育、抗逆性和环境适应等方面的重要作用，为未来作物改良和农业生产提供了理论基础。
1. 引言作物转录组和微生物组是指植物组织或器官中的所有基因表达水平及其中存在的微生物群落。
随着二代测序技术的广泛应用，作物转录组和微生物组的研究进入了高通量、大规模的时代。
2. 作物转录组研究进展作物转录组研究通过测定植物基因的表达水平，揭示了基因在不同发育阶段、组织器官和环境胁迫下的表达模式。
这些研究为了解作物的生长发育机理、农产品品质和抗逆性提供了重要的参考。
3. 作物微生物组研究进展作物微生物组是指植物体内与其共生的微生物群落。
通过研究作物微生物组成分和功能，可以揭示微生物对作物生长和健康的影响，以及作物对微生物的相应机制。
4. 作物转录组与微生物组的关系作物转录组和微生物组之间相互作用密切，互相影响。
作物转录组可以调控特定基因的表达，进而影响与微生物交互作用的过程。
同时，微生物组对作物的生长发育和抗逆性也具有重要的影响。
5. 应用前景与展望作物转录组与微生物组的研究为作物改良和农业生产提供了新思路和方法。
通过深入研究作物转录组和微生物组的相互关系，我们可以更好地理解植物与微生物的相互作用，为未来的农业可持续发展提供科学依据。
结论：作物转录组和微生物组的研究为我们揭示了作物生长发育和环境适应的分子机制，为作物改良和农业生产提供了新思路。
进一步深入研究作物转录组和微生物组的相互关系，将推动农业科学的发展，为解决粮食安全和环境问题提供重要支持。
关键词：作物转录组、微生物组、基因表达、生长发育、抗逆性、农业生产。
《向日葵响应黄萎病菌侵染的转录组分析及抗病相关基因挖掘》范文
《向日葵响应黄萎病菌侵染的转录组分析及抗病相关基因挖掘》篇一一、引言近年来，植物抗病研究一直是生物科学与农业领域研究的热点之一。
随着转录组测序技术的发展，能够通过深入挖掘植物的转录信息来理解其基因响应疾病感染的机制，对于农作物抗病性的研究尤为关键。
向日葵作为重要的油料作物之一，其抗病性研究具有重要意义。
本文以向日葵响应黄萎病菌侵染为研究对象，通过转录组分析，挖掘与抗病相关的基因，为向日葵抗病育种提供理论依据。
二、材料与方法1. 材料选取健康和黄萎病菌侵染后的向日葵叶片作为实验材料。
2. 方法（1）转录组测序：对健康和侵染后的向日葵叶片进行转录组测序，获取基因表达谱。
（2）数据分析：利用生物信息学方法对测序数据进行处理和分析，包括序列比对、基因表达量计算、差异表达基因筛选等。
（3）基因功能注释与分类：对差异表达基因进行功能注释和分类，明确其在生物学过程中的作用。
（4）抗病相关基因挖掘：通过比较分析，挖掘与抗病相关的基因。
三、结果与分析1. 转录组测序结果通过转录组测序，我们获得了大量基因的表达信息。
经过数据处理，得到了每个样本的基因表达矩阵。
2. 差异表达基因筛选比较健康与侵染后的向日葵叶片的转录组数据，筛选出差异表达基因。
其中，在黄萎病菌侵染后显著上调或下调表达的基因被认为与抗病性密切相关。
3. 基因功能注释与分类对差异表达基因进行功能注释和分类，发现这些基因主要涉及防御反应、信号传导、代谢途径等方面。
其中，与抗病性直接相关的基因主要涉及抗病蛋白编码基因、抗病信号传导相关基因等。
4. 抗病相关基因挖掘通过比较分析，我们挖掘出了一些与抗病性相关的基因。
这些基因主要涉及抗病蛋白编码、信号传导、转录因子等方面。
其中，某些基因在侵染后显著上调，可能具有抗病作用。
四、讨论通过对向日葵响应黄萎病菌侵染的转录组分析，我们发现了许多与抗病性相关的基因。
这些基因的差异表达可能与向日葵的抗病机制有关。
进一步研究这些基因的功能和作用机制，有助于我们更好地理解向日葵的抗病性，并为抗病育种提供理论依据。
二斑叶螨为害前后抗、感木薯转录组分析及水杨酸、茉莉酸途径差异表达基因验证
热带作物学报2021, 42(11): 3146 3155 Chinese Journal of Tropical Crops收稿日期 2021-03-29；修回日期 2021-04-19基金项目 国家木薯产业技术体系虫害防控岗位科学家专项（No. CARS-11-HNCQ ）；海南省重大科技计划项目（No.ZDKJ202002）；国家重点研发计划项目（No. 2020YFD1000603）；。
作者简介 窦宏双（1992—），男，硕士，研究方向：作物抗虫种质资源挖掘及创新利用。
*通信作者（Corresponding author ）：梁 晓（LIANG Xiao ），E-mail ：********************；陈 青（CHEN Qing ），E-mail ：*****************。
二斑叶螨为害前后抗、感木薯转录组分析及水杨酸、茉莉酸途径差异表达基因验证窦宏双1,2,3，梁 晓2,3*，陈 青2,3*，伍春玲2,3，刘 迎2,3，范东哲2,3，吴 岩2,31. 海南大学植物保护学院，海南海口 570228；2. 中国热带农业科学院环境与植物保护研究所/农业农村部热带作物有害生物综合治理重点实验室/海南省热带作物病虫害生物防治工程技术研究中心，海南海口 571101；3. 海南省南繁生物安全与分子育种重点实验室，海南三亚 572000摘 要：本研究通过比较二斑叶螨为害前后抗、感螨木薯品种转录组差异，筛选差异表达基因，并采用qPCR 验证水杨酸、茉莉酸信号途径基因的差异表达。
转录组分析结果表明，与螨害前相比，螨害1、8 d 后，抗螨木薯品种C1115的差异表达基因为589、587个，感螨木薯品种BRA900的差异表达基因为1271、930个，C1115相对于BRA900的差异表达基因分别为383、251个。
GO 和KEGG 富集分析发现这些差异表达基因主要显著集中在次生代谢物质合成、苯丙烷生物合成、类黄酮生物合成和氧化还原反应等过程。
《基于转录组分析锁阳花序不同发育期花青素合成途径》范文
《基于转录组分析锁阳花序不同发育期花青素合成途径》篇一一、引言锁阳（Cynomorium songaricum）是一种具有重要药用价值的植物，其花序发育过程中，花青素的合成与积累是影响其药用品质的关键因素之一。
花青素作为一种天然色素，不仅赋予了植物丰富多彩的外观，还具有抗氧化、抗炎等多种生物活性。
因此，研究锁阳花序不同发育期花青素合成途径，对于了解其药用品质形成机制、优化栽培技术以及提高药用价值具有重要意义。
本文基于转录组分析技术，对锁阳花序不同发育期花青素合成途径进行研究，以期为锁阳的品质改良和资源利用提供理论依据。
二、材料与方法1. 材料本研究以锁阳花序为研究对象，采集不同发育期的花序样品。
根据花青素合成和积累的规律，选择关键发育阶段进行取样，包括花蕾期、初花期、盛花期和凋谢期。
2. 方法（1）转录组测序：对各发育期花序样品进行转录组测序，获得不同发育期转录组数据。
（2）数据分析和注释：对转录组数据进行质量控制、序列组装、基因功能注释和表达量分析。
（3）花青素合成途径分析：结合已有数据库和文献资料，分析锁阳花序不同发育期花青素合成途径中关键酶基因的表达情况。
（4）差异表达基因分析：比较各发育期花青素合成途径中差异表达基因的表达模式，探讨花青素合成的调控机制。
三、结果与分析1. 转录组数据分析通过对锁阳花序不同发育期转录组数据的分析，共获得大量基因表达信息。
这些基因涉及锁阳生长发育、代谢途径、信号转导等多个方面。
2. 花青素合成途径分析根据已有数据库和文献资料，我们分析了锁阳花序不同发育期花青素合成途径中的关键酶基因。
结果表明，在花蕾期和初花期，与花青素合成相关的基因表达量较高，随着花序的发育，花青素合成相关基因的表达逐渐降低。
这表明在锁阳花序发育过程中，花青素的合成与积累具有明显的阶段性特征。
3. 差异表达基因分析通过对各发育期花青素合成途径中差异表达基因的分析，我们发现了一些与花青素合成密切相关的关键基因。
植物转录组国内外研究进展
植物转录组国内外研究进展摘要：植物转录组学是一门新兴学科，通过提取植物中mRNA进行逆转录，随后建立cDNA 文库并利用近几年兴起的RNA-seq 高通量测序技术进行分析，以揭示植物细胞内整体水平的基因表达状态和基因结构信息，从而深刻理解植物组织基因型和表型之间的相互关系，以及在分子水平上弄清楚基因和功能表达之间的联系，对研究生物体作用机理的分子机制具有重要意义。
本文主要介绍了植物转录组测序的技术发展历史、测序平台比较、转录组测序技术的优势以及在植物上的应用。
随着高通量测序技术和生物信息学分析工具的迅猛发展，植物转录组学将面临巨大挑战和更广阔的应用前景。
关键词：植物转录组学，RNA-seq，高通量测序技术，基因表达状态，基因结构信息The Progress on Plant Transcriptome Research in China and AbroadAbstract: As a new subject, plant transcriptome aims at the gene expression status and gene structure information within the plant cell. It needs extracting mRNA in plants for reverse transcription and establishing cDNA library to analyze High throughput sequence technology results, which rises in recent years. Thus, we could have a deep understanding of the relationship between genotype and phenotype in plant tissues, and the clear links between genes and their functional expressions at the molecular level. It is of great significance to study molecular mechanism of the actions of organisms.In this study, we illustrate the development of the technology of plant transcriptome sequencing, the comparison of the sequencing platform, the advantages of the sequencing technology and the application in plant. With the rapid development of high throughput sequencing technology and bioinformatics analyses tools, plant transcriptome researches will face great challenges and wide application prospect.Key words: plant transcription, RNA-seq, high throughput sequencing technology, gene expression status, gene structure information基因组(Genome)，作为生物遗传物质的基础，由成千上万的碱基组合而成，其含有生物的所有遗传信息,通过测序可以获得这些基因组的遗传信息。
诺禾致源LncRNA信息分析内容
诺⽲致源LncRNA信息分析内容LncRNA分析内容注：以下标红需要多样本数据⽀持⼀、标准信息分析内容：1.测序数据质量评估2.参考序列⽐对分析3.基因表达⽔平分析4.RNA--‐seq整体质量评估5.序列拼接组装(cufflinks + S cripture两种拼接⽅法 )6.LncRNA位点筛选（可选intergenic lncRNA, intronic LncRNA, antisense lncRNA分别计算费⽤）6.1长度筛选(>=200bp)6.2Exon个数筛选(>=2)6.3Reads覆盖度筛选(>=3)6.4位置筛选(对不同种类的lncRNA采⽤不同的位置筛选条件)6.5编码潜能筛选(四种⽅法取交集：pfam蛋⽩结构域筛选、CPC筛选、CNCI筛选、PhyloCSF)7. 筛选得到的LncRNA描述性统计分析7.1 L ncRNA长度分布7.2 E xon个数分布7.3 已知和新预测lncRNA分类8. LncRNA保守性分析8.1 位点保守性分析8.2 序列保守性分析9. LncRNA表达⽔平分析9.1 差异表达⽔平分析*（>=2个样本）9.2 组织或表型特异性表达分析*（>=3个组织或者表型）10．LncRNA靶基因预测10.1 C is作⽤靶基因10.2 T rans作⽤靶基因*（>=2个样本）11. L ncRNA靶基因功能注释11.1 C is作⽤功能注释11.2 T rans作⽤功能注释*（>=5个样本）12. 差异表达或特异性表达的靶基因功能分析*（>=2个样本）12.1 G O富集分析12.2 K EGG富集分析12.3差异LincRNA与靶基因调控⽹络分析⼆、个性化分析内容：1. l ncRNA g ene与转录组coding g ene⽐较分析（需要转录组数据的分析结果）1.1 长度分布⽐较1.2 表达⽔平⽐较1.3 组织或表型特异性⽐较1.4 保守性⽐较2. L ncRNA浏览器辅助建⽴。
科研国人作品：转录组揭示连作土壤中施用土壤修复剂后的草莓根部恢复策略
科研国人作品：转录组揭示连作土壤中施用土壤修复剂后的草莓根部恢复策略编译：月中霜，编辑：十九、江舜尧。
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导读背景：草莓连作障碍在种植过程中严重威胁着草莓的产量。
该实验室自主发明的一种土壤修复剂（SA）可以有效缓解草莓连作障碍，但是其作用原理目前尚不清楚。
结果：本研究主要将施用和未施用土壤修复剂的草莓根部进行转录组测序，从而揭示土壤修复剂处理后草莓根内的基因表达变化。
结果显示，总共检测到188个差异基因，其中包括144个上调基因和44个下调基因。
土壤修复剂处理后导致的基因表达变化主要集中在营养转运相关基因的上调表达和防御相关基因的下调表达。
这些表现可以总结为连作土壤中施用土壤修复剂后，草莓根部产生的自身恢复策略的一种可能机制。
同时，研究人员还发现涉及植物防御相关的9个热激蛋白均发生下调。
结论：本研究显示，当土壤修复剂缓解连作土壤所造成的胁迫后，草莓植株会重新分配自身资源，由防御转向生长。
本研究为揭示草莓自身生长-防御平衡策略的基本机制提供了一个新思路。
论文ID原名：Transcriptomic analysis reveals recovery strategies in strawberry roots afterusing a soil amendment in continuous cropping soil译名：转录组揭示连作土壤中施用土壤修复剂后的草莓根部恢复策略期刊：BMC Plant BiologyIF：3.670发表时间：2020.01通讯作者：刘奇志教授通讯作者单位：中国农业大学植物保护学院DOI号：10.1186/s12870-019-2216-x实验设计作者实验室发明一种具有自主知识产权的连作土壤修复剂，可以有效缓解草莓连作障碍，提高草莓产量。
作者利用转录组技术，主要比较施用和未施用土壤修复剂后草莓根部转录水平变化，探究施用土壤修复剂后草莓根部自身恢复策略。
花生AhPEPC1基因抑制表达的转基因后代转录组分析
作物学报ACTA AGRONOMICA SINICA 2019, 45(7): 993 1001/ ISSN 0496-3490; CN 11-1809/S; CODEN TSHPA9E-mail: zwxb301@DOI: 10.3724/SP.J.1006.2019.84122花生AhPEPC1基因抑制表达的转基因后代转录组分析潘丽娟1陈娜1陈明娜1王通1王冕1陈静1杨珍1万勇善2禹山林1迟晓元1,*刘风珍2,*1山东省花生研究所, 山东青岛 266100; 2山东农业大学农学院/作物生物学国家重点实验室, 山东泰安 271018摘要: 磷酸烯醇式丙酮酸羧化酶(phosphoenolpyruvate carboxylase, PEPC)是控制油料作物种子中蛋白质/油脂含量比率的一个关键酶。
本研究检测了花生AhPEPC1基因抑制表达的转基因株系种子含油量, 与非转基因花生相比, 转基因花生种子含油量提高了5.7%~10.3%。
利用转录组测序(RNA-Seq)技术分析花生中AhPEPC1基因的抑制表达是否影响其他基因的功能。
结果表明, 转录组分析筛选到110个基因差异表达, 其中25个基因上调表达, 85个基因表达下调。
对110个差异表达基因进行了KEGG富集分析, 其中有34个基因成功获得了KEGG注释, 发现氨基酸的生物合成途径中有2个基因(Aradu.M0JX8, Aradu.FE0Z7)下调表达。
利用荧光定量PCR分析了15个DEG (differential expressed gene)在非转基因对照和转基因花生种子中的表达情况, 发现其趋势与转录组测序结果基本一致。
研究结果可在一定程度上解析AhPEPC1基因调控花生种子含油量的分子机制。
关键词:花生; AhPEPC1基因; 转基因; 转录组分析Transcriptome analysis of the peanut transgenic offspring with depressing AhPEPC1 genePAN Li-Juan1, CHEN Na1, CHEN Ming-Na1, WANG Tong1, WANG Mian1, CHEN Jing1, YANG Zhen1, WAN Yong-Shan2, YU Shan-Lin1, CHI Xiao-Yuan1,* , and LIU Feng-Zhen2,*1 Shandong Peanut Research Institute, Qingdao 266100, Shandong, China;2 College of Agronomy, Shandong Agricultural University / National Key Laboratory of Crop Biology, Tai’an 271018, Shandong, ChinaAbstract: Phosphoenolpyruvate carboxylase is considered as a key enzyme to control the ratio of protein to lipid of oilseeds. In this study, the antisense expression of the peanut PEPC isoform 1 (AhPEPC1) gene increased the lipid content by 5.7%–10.3% compared with the non-transgenic control. The high-throughput sequencing technology — RNA-Seq was used to analyze whetherthe inhibitory expression of AhPEPC1 gene in peanut affected the function of other genes. The results showed that 110 genes were differentially expressed, of which 25 genes were up-regulated and 85 genes were down-regulated. KEGG enrichment analysis was performed on 110 differentially expressed genes, among which 34 genes were successfully obtained KEGG annotation, and two genes (Aradu.M0JX8 and Aradu.FE0Z7) were down-regulated in the biosynthesis pathway of amino acids. Fifteen DEGs between non-transgenic control and transgenic peanut seeds were selected to analyze the gene expression levels using qRT-PCR. The re-本研究由2014年国家“万人计划”青年拔尖人才(W02070268), 国家现代农业产业技术体系建设专项(CARS-13), 国家自然科学基金项目(31701464), 山东省自然科学基金项目(ZR2017YL017, ZR2016CM07), 山东省农业科学院青年科研基金项目(2016YQN14), 山东省农业科学院青年英才培养计划, 山东省农业科学院农业科技创新工程(CXGC2016B02, CXGC2018E21), 青岛市应用研究专项青年专项(17-1-1-51-jch), 山东省良种工程(2017LZGC003)和泰山学者工程专项经费资助。
《基于转录组分析锁阳花序不同发育期花青素合成途径》范文
《基于转录组分析锁阳花序不同发育期花青素合成途径》篇一一、引言花青素是植物体内的一种天然色素，具有重要的生物学意义和实际价值。
在众多植物中，锁阳花序的花青素含量丰富且变化明显，其在植物发育过程中的变化和合成机制是近年来植物生物学研究的热点之一。
本篇论文将通过对锁阳花序不同发育期花青素合成途径进行转录组分析，探究其合成途径及相关基因的表达模式。
二、材料与方法2.1 材料本研究采用锁阳花序为研究对象，选择不同发育阶段的花序进行实验。
实验所需试剂及仪器等均符合相关实验要求。
2.2 方法（1）样品采集：选择不同发育阶段的锁阳花序，确保样品具有代表性。
（2）RNA提取与转录组测序：提取各阶段样品的RNA，进行转录组测序，获取各阶段基因表达数据。
（3）数据分析：对转录组数据进行处理和分析，筛选出与花青素合成相关的基因，分析其表达模式。
（4）实时荧光定量PCR验证：采用实时荧光定量PCR技术对筛选出的基因进行验证，确保数据的可靠性。
三、结果与分析3.1 转录组数据分析结果通过对锁阳花序不同发育期转录组数据的分析，我们得到了大量与花青素合成相关的基因。
这些基因在不同发育阶段呈现出不同的表达模式，与花青素的合成密切相关。
3.2 花青素合成途径相关基因的表达模式分析通过分析筛选出的基因，我们发现花青素合成途径中的关键酶基因在不同发育阶段呈现出明显的表达差异。
这些关键酶基因包括苯丙氨酸解氨酶（PAL）、查尔酮合酶（CHS）、黄酮醇合酶（F3H）等。
在花青素合成过程中，这些酶起着关键作用。
3.3 实时荧光定量PCR验证结果为了验证转录组数据的可靠性，我们采用了实时荧光定量PCR技术对部分关键基因进行了验证。
结果显示，这些基因在不同发育阶段的表达模式与转录组数据基本一致，表明我们的数据是可靠的。
四、讨论通过对锁阳花序不同发育期花青素合成途径的转录组分析，我们发现了与花青素合成相关的关键酶基因及其在不同发育阶段的表达模式。
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温带和热带莲根状茎形成过程中的转录组分析Transcriptomic Analysis of the Regulation of Rhizome Formation in Temperate andTropical Lotus (Nelumbo nucifera )研究对象：莲根状茎期刊：Scientific Reports影响因子：5.578合作单位：中国科学院武汉植物园发表时间：2015年7月摘 要Rhizome is the storage organ of lotus derived from modified stems. The development of rhizome is a complex process and depends on the balanced expression of the genes that is controlled by environmental and endogenous factors. However, little is known about the mechanism that regulates rhizome girth enlargement. In this study, using RNA-seq, transcriptomic analyses were performed at three rhizome developmental stages—the stolon, middle swelling and later swelling stage —in the cultivars ‘ZO’ (temperate lotus with enlarged rhizome) and ‘RL’ (tropical lotus with stolon). About 348 million high-quality reads were generated, and 88.5% of the data were mapped to the reference genome. Of 26783 genes identified, 24069 genes were previously predicted in the reference, and 2714 genes were novel transcripts. Moreover, 8821 genes were differentially expressed between the cultivars at the three stages. Functional analysis identified that these genes were significantly enriched in pathways carbohydrate metabolism and plant hormone signal transduction. Twenty-two genes involved in photoperiod pathway, starch metabolism and hormone signal transduction were candidate genes inducing rhizome girth enlargement. Comparative transcriptomic analysis detected several differentially expressed genes and potential candidate genes required for rhizome girth enlargement, which lay a foundation for future studies on molecular mechanisms underlying rhizome Formation.关键词根状茎；变态发育； DGE 研究背景莲根状茎，即莲藕，作为一种变态茎，是莲的贮藏器官。
根状茎的发育是一个复杂的过程，受到与环境及内源因素调控的基因平衡表达的影响。
关于根状茎膨大的调控机制很少为人所知。
植物3、对差异基因进行GO 和KEGG 富集，大多数差异基因显著富集到4个GO term 中。
多数差异基因被富集到次级代谢，蔗糖代谢，碳代谢等代谢通路中。
4、发现已报道的根状茎生长相关的光周期基因PHYB,CO,GI,FT 的同源基因在温带及热带莲根状茎中存在不同表达模式；已报道的与淀粉合成相关酶SUS,UGPase,AGPase,GBSS,SSS 等的同源基因在温带及热带莲根状茎中存在差异表达；大量的激素信号转导、激素合成、激素响应蛋白以及激素转运蛋白如GA,ABA,CTK,JA 等被鉴定出在不同的类别中存在差异表达。
研究结果1、所有文库的reads 比对参考基因组后，发现2714个新转录本，其中1186个基因被成功注释到GO 生物学过程中的9个亚类中。
2、比较热带莲三个发育阶段的根状茎，分别发现1688，4208，4795个差异基因；比较温带莲三个发育阶段的根状茎，分别发现3206，6360，5535个差异基因。
比较三个发育阶段中温带和热带两种莲，共发现10299个差异基因。
对所有差异基因进行聚类，共聚为8类（图1）。
图1 差异表达基因维恩图及聚类图图2 与淀粉合成相关基因的表达模式热图，与激素信号转导相关基因的表达模式热图参考文献Mei Yang, Lingping Zhu, Cheng Pan, et al. Transcriptomic Analysis of the Regulation of RhizomeFormation in Temperate and Tropical Lotus (Nelumbo nucifera). Sci Rep, 2015, 513059.提升CO2的浓度可增强小球藻的碳代谢从而提高脂质堆积Elevated CO2 improves lipid accumulation by increasing carbon metabolism in Chlorella sorokiniana 研究对象：小球藻期刊：Plant Biotechnology journal影响因子：5.752合作单位：江苏省农科院发表时间：2015年5月摘 要Supplying microalgae with extra CO2 is a promising means for improving lipid production. The molecular mechanisms involved in lipid accumulation under conditions of elevated CO2, however, remain to be fully elucidated. To understand how elevated CO2 improves lipid production, we performed sequencing of Chlorella sorokiniana LS-2 cellular transcripts during growth and compared transcriptional dynamics of genes involved in carbon flow from CO2 to triacylglycerol. These analyses identified the majority genes of carbohydrate metabolism and lipid biosynthesis pathways in C. sorokiniana LS-2. Under high doses of CO2, despite down-regulation of most de novo fatty acid biosynthesis genes, genes involved in carbohydrate metabolic pathways including carbon fixation, chloroplastic glycolysis, components of the pyruvate dehydrogenase complex (PDHC) and chloroplastic membrane transporters were upexpressed at the prolonged lipid accumulation phase. The data indicate that lipid production is largely independent of de novo fatty acid synthesis. Elevated CO2 might push cells to channel photosynthetic carbon precursors into fatty acid synthesis pathways, resulting in an increase of overall triacylglycerol generation. In support of this notion, genes involved in triacylglycerol biosynthesis were substantially up-regulated. Thus, elevated CO2 may influence regulatory dynamics and result in increased carbon flow to triacylglycerol, thereby providing a feasible approach to increase lipid production in microalgae.关键词小球藻LS-2；碳水化合物代谢研究背景给微藻提供额外的CO2是一种提高脂质产量的有效途径。
但是在CO2升高时脂质堆积的分子机制并不清楚。
本文通过对小球藻LS-2进行转录组测序研究了从CO2到甘油三酯碳流过程中基因的动态变化揭示了CO2升高过程中脂质堆积的分子机制。
方法流程植物研究结果1、通过RNA-seq的手段，对高剂量CO2和正常空气下培养的小球藻进行转录组测序，通过转录本拼接共得到22,432个unigene，N50长度1,680 bp，并通过基因功能注释鉴定出了很多与糖代谢和脂质合成途径相关的基因（图1）。