怎样使用MEGA建立进化树
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
生物学利用MEGA50和Clustalx软件构建进化树
生物学利用MEGA5.0和Clustalx1.83软件构建进化树MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。
功能比以前多有改进。
现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。
供大家参考。
用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。
2、NCBI上做Blast找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA 格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如>XXXXAGGCTTAACACA TGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCG GACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGA ATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAA TAGATGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGG>gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGG ACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC CAAGGCGACGA TCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA………………………….参考序列选择注意事项：1、不选非培养(unclutured)微生物为参比；2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。
Mega的使用以及进化树的绘制
1.MEGA构建系统进化树的步骤2.CLUSTALX进行序列比对1.MEGA构建系统进化树的步骤1. 将要用于构建系统进化树的所有序列合并到同一个fasta格式文件，注意：所有序列的方向都要保持一致( 5’-3’)。
如图：2. 打开MEGA软件，选择"Alignment" - "Alignment Explorer/CLUSTAL"，在对话框中选择Retrieve sequences from a file, 然后点OK，找到准备好的序列文件并打开，如图：。
3. 在打开的窗口中选择”Alignment”-“Align by ClustalX” 进行对齐，对齐过程需要一段时间，对齐完成后，最好将序列两端切齐，选择两端不齐的部分，单击右键，选择delete即可，如图：。
4. 关闭当前窗口，关闭的时候会提示两次否保存，第一次无所谓，保存不保存都可以，第二次一定要保存，保存的文件格式是.meg。
根据提示输入Title，然后会出现一个对话框询问是否是Protein-coding nucleotide sequence data, 根据情况选择Yes或No。
最后出现一个对话框询问是否打开，选择Yes，如图：。
5. 回到MEGA主窗口，在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” -“Neighbor-joining”，打开一个窗口，里面有很多参数可以设置，如何设置这些参数请参考详细的MEGA说明书，不会设置就暂且使用默认值，不要修改，点击下面的Compute按钮，系统进化树就画出来了，如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Minimun-evolution”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“Maximun-parsimony”,如图：在菜单栏中选择”Phylogeny”-“Bootstrap Test of Phylogeny” –“UPGMA”，如图：6. 最后，使用TreeExplorer窗口中提供的一些功能可以对生成的系统进化树进行调整和美化。
用MEGA构建进化树
如何用MEGA构建进化树是一个关于序列分析以及比较统计的工具包,其中包括有距离建树法和MP建树法；可自动或手动进行序列比对,推断进化树,估算分子进化率,进行进化假设测验,还能联机的Web 数据库检索;下载后可直接使用,主要包括几个方面的功能软件：iDNA和蛋白质序列数据的分析软件;ii序列数据转变成距离数据后,对距离数据分析的软件; iii对基因频率和连续的元素分析的软件;iv把序列的每个碱基/氨基酸独立看待碱基/氨基酸只有0和1的状态时,对序列进行分析的软件;v绘制和修改进化树的软件,进行网上blast搜索;用MEGA构建进化树有以下步骤：1. 16S rDNA测序和参考序列选取从环境中分离到单克隆,去重复后扩增16S rDNA序列并测序,然后与数据库比对,找到相似度最高的几个序列,确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属,如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个,然后找一到两个同科的,再找一到两个同目的,再找一到两个同纲的细菌,把序列全部下下来,以FSATA形式整合在TXT文档中,如>TS1GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAA CACGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACCG GA TAGGACCTCGGGA TGCA TGTTCCGGGGTGGAAAGGTTTTCCGGTGCAGGATGGGCC>gi|6|gb|| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGA TCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGCGGCGTGCTTAACACATGCAA GTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGA TTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACAC GTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAA TACCGGA T>TS2TGCAAGTCGAGCGAATGGA TTAAGAGCTTGCTCTTA TGAAGTTAGCGGCGGACGGGTG AGTAACACGTGGGTAACCTGCCCA TAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAA TACCGGATAACA TTTTGAACTGCATGGTTCGAAA TTGAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT>gi||emb|| Bacillus cereus partial 16S rRNA gene, strain TMWGA TGAACGCTGGCGGCGTGCCTAA TACATGCAAGTCGAGCGAA TGGATTAAGAGCTTG CTCTTA TGAAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAGAC TGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGGTTC ………………………….………………………….参考序列选择有几个原则：a,不选非培养unclutured微生物为参比；b,所选参考序列要正确,里面无错误碱基；c,在保证同属的前提下,优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d,每个种属选择一个参考序列,如果自己的序列中同一属的较多,可适当选择两个参考序列;2. 序列比对将整理好的序列导入,如图接着程序自动运行,得出结果,自动输出.aln和.dnd 为后缀的两个文件; 序列比对也可以直接用MEGA来做;3. 打开程序MEGA,如下图所示：4. 只能打开meg格式的文件,但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来,用.aln格式Clustal的输出文件转换.meg文件;点File:Convert to MEGA Format,打开转换文件对话框,从目的文件夹中选中Clustal 对比分析后所产生的.aln文件,点击打开;5. 转换好的meg文件,会弹出一个提示信息,点击ok;查看meg序列文件最后是否正常,若存在clustal. 行,即可删除;点存盘保存meg文件,meg文件会和aln文件保存在同一个目录;6. 关闭转换窗口,回到主窗口,现在点面板上的“Click me to activate a data file”打开刚才的meg文件;如果为蛋白质序列,选择“protein sequence”,电击“OK”,得到以下图示,数据输入之后的样子,窗口下面有序列文件名和类型;而在另外一个窗口内,出现以下数据文件点击选择和编辑数据分类图标, 可对所选择的序列进行编辑,完成后点击close即可;序列编辑完成后,可进行保存,点击保存后出现以下界面,点击ok即可;7. 构建进化树的算法主要分为两类：独立元素法discrete character methods和距离依靠法distance methods;所谓独立元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决定的例如：一个序列上可能包含很多的酶切位点,而每个酶切位点的存在与否是由几个碱基的状态决定的,也就是说一个序列碱基的状态决定着它的酶切位点状态,当多个序列进行进化树分析时,进化树的拓扑形状也就由这些碱基的状态决定了;而距离依靠法是指进化树的拓扑形状由两两序列的进化距离决定的;进化树枝条的长度代表着进化距离;独立元素法包括最大简约性法Maximum Parsimony methods和最大可能性法Maximum Likelihood methods；距离依靠法包括除权配对法UPGMAM和邻位相连法Neighbor-joining;1 phylogeny→UPGMA2用Bootstrap构建进化树,MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析,Bootstrap 验证是对进化树进行统计验证的一种方法,可以作为进化树可靠性的一个度量;各种算法虽然不同,但是操作方法基本一致;进化树的构建是一个统计学问题;我们所构建出来的进化树只是对真实的进化关系的评估或者模拟;如果我们采用了一个适当的方法,那么所构建的进化树就会接近真实的“进化树”;模拟的进化树需要一种数学方法来对其进行评估;不同的算法有不同的适用目标;一般来说,最大简约性法适用于符合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基差别小,ii 对于序列上的每一个碱基有近似相等的变异率,iii 没有过多的颠换/转换的倾向,iv 所检验的序列的碱基数目较多大于几千个碱基；用最大可能性法分析序列则不需以上的诸多条件,但是此种方法计算极其耗时;如果分析的序列较多,有可能要花上几天的时间才能计算完毕;过程如下①参数的设置：phylogeny→bootstrap test of phylogeny→NJ②系统进化树的测试方法,可以选择用Bootstrap,也可以选择不进行测试;重复次数Replications通常设定至少要大于100比较好,随机数种子可以自己随意设定,不会影响计算结果;一般选择500或1000;有许多Model供选择,默认为Kimura 2-paramete r,不同的Model有不同的算法,具体请参考专业的生物信息学书籍;设定完成,点compute,开始计算;②结果输出：这个过程所耗时间和序列的数量和长短成正比,程序就会产生这么一个树,该窗口中有两个属性页,一个是原始树,一个是bootstrap验证过的一致树;树枝上的数字表示bootstrap验证中该树枝可信度的百分比; 结果如下：8. 进化树的优化：１利用该软件可得到不同树型,如下图所示：除此之外,还可以有多种树型,根据需要来选择; ２显示建树的相关信息：点击图标i;３点击优化图标,可进行各项优化：Tree栏中,可以进行树型选择：rectangular tree/circle tree/radiation tree;每种树都可以进行长度,宽度或角度等的设定Branch：可对树枝上的信息进行修改;Lable：可对树枝的名字进行修改;Scale：标尺设置Cutoff：cut off for consensus tree;一般为50%;9、进化树的分类优化Place root on branch：可以来回转换;Flip subtree：180度翻转分枝,名字翻转180度;Swab subtree：交换分枝,名字不翻转;Compress/expand subtree与Set divergent time：可以把同一分枝的基因压缩或扩展;点击Compress/expand subtree后,在要压缩的分枝处点击,出现以下界面,在name/caption 中输入文件名例如w,其他还有很多的选项,设置好了,点击OK;所得到的结果,可以在压缩和扩展之间转换;10. 调整进化树根据所的进化树的效果,要进行调整,包括多余序列删除、不足序列添加、种属名称标注等等,还要根据投稿杂志要求在PHOTOSHOP 中修改等;完成后的进化树应包含充足的信息;本人所做进化树完成图如下：。
使用mega构建进化树的流程
使用mega构建进化树的流程下载温馨提示:该文档是我店铺精心编制而成，希望大家下载以后，能够帮助大家解决实际的问题。
文档下载后可定制随意修改，请根据实际需要进行相应的调整和使用，谢谢!并且，本店铺为大家提供各种各样类型的实用资料，如教育随笔、日记赏析、句子摘抄、古诗大全、经典美文、话题作文、工作总结、词语解析、文案摘录、其他资料等等，如想了解不同资料格式和写法，敬请关注!Download tips: This document is carefully compiled by theeditor. I hope that after you download them,they can help yousolve practical problems. The document can be customized andmodified after downloading,please adjust and use it according toactual needs, thank you!In addition, our shop provides you with various types ofpractical materials,such as educational essays, diaryappreciation,sentence excerpts,ancient poems,classic articles,topic composition,work summary,word parsing,copy excerpts,other materials and so on,want to know different data formats andwriting methods,please pay attention!使用 MEGA 构建进化树的流程如下：1. 数据准备：收集需要构建进化树的序列数据，可以是 DNA 序列或蛋白质序列。
如何用MEGA5.0和Clustalx1.83构建进化树
如何用MEGA和Clustalx构建进化树MEGA是一个关于序列分析以及比较统计的工具包，从3.1版本到后来的4.0版本一直都广为大家熟悉，现在推出了Mega5.0版本。
功能比以前多有改进。
现主要介绍使用Mega 5.0构建系统进化树的方法。
供大家参考。
用MEGA构建进化树有以下步骤：1、测序：将克隆扩增测序得到的16S rDNA序列进行测序。
2、NCBI上做Blast找到相似度最高的几个序列，确定一下你分离的细菌大约属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基本可以确定你分离得到的就是Blast到的那个，然后寻找相似性最高的细菌，通常把该属的序列（Fasta格式文件）下载下来，或点击GenBank登录号，复制FSATA 格式，整合在一个*.txt文档中（单独建立一个文件夹存放，后面的很多文件会自动装入该文件夹），如>XXXXAGGCTTAACACA TGCAAGTCGAGCGGAGCGAGGGTGCTTGCACCTTAGCTTAGCGGCG GACGGGTGAGTAA TGCTTAGGAA TCTGCCTA TTAGTGGGGGACAACATTCCGAAAGGA ATGCTAATACCGCATACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGGACCTTGCGCTAA TAGATGAGCCTAAGTCGGA TTAGCTAGTTGGTGGG>gi|289469964|gb|GU388381.1| Acinetobacter tandoii strain DSM 14970 16S ribosomal RNA gene, partial sequence ACTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAATGCTTAGGAATCTGCCTATTAGTGGGGGACAACA TTCCGAAAGGGATGCTAATACCGCA TACGCCCTACGGGGGAAAGCAGGGGATCTTCGG ACCTTGCGCTAATAGATGAGCCTAAGTCGGATTAGCTAGTTGGTGGGGTAAAGGCCTAC CAAGGCGACGA TCTGTAGCGGGTCTGAGAGGATGA………………………….参考序列选择注意事项：1、不选非培养(unclutured)微生物为参比；2、不选未定分类地位的微生物，最相近的仅作参考；c，在保证同属的前提下，优先选择16S rDNA全长测序或全基因组测序的种；d，每个种属选择一个参考序列，如果自己的序列中同一属的较多，可适当选择两个参考序列。
怎样使用MEGA建立进化树
怎样使用MEGAt 立进化树如何使用MEGA4.0#立进化树 1、首先是双击软件打开如下图所示|M| ijaKMr3 valj 141 Mrhr ArgrwricQt iVvta“qplii ：护 忏冲 i 二客H - I 号筍需.廿星"LIF M ■ H 、-| II ■ DKi -Mjrsrze: H r« r-r r ^c>az^ LCS2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作M4. Aligmr>&nl Explof頁H L lQnmt*Ftji Editm e祁3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，贝U出现下面的窗口刚M4： Alfgnment Explorer匚;日屯EJrt S«ar di Aflgmnenl Wfrb $e<)□ d| D ◎日「蹇輻酋1 41象Protein S^quer匚弊1|主曲色"匕色丄4、然后右击sequenee 1,修改名字，如改成DPVFrotejn Sequence?5、然后从Word里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴G 辱CopfPTCtfiT X CU,書 f sterna6则可出现如下图的序列了□ QCW1C3 iRWfl Wq^ri[ V^i>n irequ^Ki 幷册枷・1話皿讥曲佰i"—喇・ct Mgeirc 惟■ sy7、然后点击窗口上的保存图标保存 8、重复从3开始，直到你的序列输入完9、序列输入元后进行最后的保存，方法如下垂邑trit 5|讨之斗和"1 of op«r * dow亠 P TOUMT 1 <io-jrr<n接下来打开册b M 罗哥 H*lpi t X t tt b要输入ul7两次保存名字一然后关闭这个窗口出现下面这个窗口■■■MM Jfc接下来就可以建立各种样式的进化树〜乜 MdngHie-r jein^ IMJL* &? Wrigym 佔抽杓也山-« UW3ML ■> ■小h,鼻 陆01申*貝Trfl 和 Hi^Tgrn^ ，HnNkk T ivn HnM "d i-Oi^4*cflArs R 协 FriWrt '^l^diCNHE軒I 匚 fkrti tiiitanr-ri : hy A 护产就 匸沁”-嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好〜。
利用mega构建树原理
利用mega构建树原理
Mega构建树的原理主要基于系统发育树（又称分子进化树）的概念。
这是一种描述一群有机体发生或进化顺序的拓扑结构，用于在生物信息学中描述不同生物之间的相关关系。
拓扑结构将讨论范围内的事物之间的相互关系表示出来，将这些事物之间的关系通过图表示出来。
Mega软件可用于序列比对、进化树的推断、估计分子进化速度、验证进化假说等。
在构建系统发育树时，它采用了一系列的算法和模型，如邻接法（NJ）、最大似然法（ML）、最大简约法（MP）和贝叶斯法（Bayes）等。
这些方法和模型的选择取决于具体的数据和研究目标。
构建系统发育树的一般过程包括以下几个步骤：
1. 数据准备：收集需要研究的物种的基因或蛋白序列，并进行比对，以确保它们的同源性。
比对的结果可以保存为特定的格式，如FASTA。
2. 模型选择：根据数据的特性，选择一个合适的进化模型。
例如，对于DNA序列，可以选择GTR、TN93、HKY等模型；对于蛋白序列，可以选择JTT、WAG、LG等模型。
3. 树的构建：使用选择的模型和方法，构建系统发育树。
这个过程可能包括搜索最优的树结构、计算分支长度等。
4. 树的评估和优化：通过一些统计方法，如自展值（Bootstrap）等，对构建的树进行评估和优化，以提高其可靠性。
需要注意的是，构建系统发育树是一个复杂的过程，需要一定的专业知识和经验。
同时，由于生物进化的复杂性，构建的树可能并不完全准确，需要结合其他证据进行解释和验证。
怎样使用MEGA建立进化树
怎样使用MEGA建立进化树在进行生物信息学研究中，建立进化树是一项非常重要的任务。
MEGA （分子进化遗传学分析）是一款常用的软件，专门用于进行进化树和多序列分析。
下面将详细介绍如何使用MEGA建立进化树。
安装完成后，打开MEGA软件。
在MEGA的主界面上，有几个常用的功能选项，包括「File」、「Edit」、「View」、「Tools」、「Align」、「Phylogeny」和「Help」。
我们主要关注「Phylogeny」（进化树）选项。
在新窗口中，我们需要选择构建进化树的方法。
MEGA支持多种构建进化树的方法，包括Neighbor Joining、Maximum Parsimony、Maximum Likelihood和Bayesian等。
在这里，我们以Neighbor Joining方法为例进行演示。
在Neighbor Joining方法中，我们需要先选择计算进化距离的方法。
MEGA支持许多计算进化距离的方法，如P-distance、Kimura 2-parameter、Tamura 3-parameter等。
在这里，我们选择P-distance方法。
在选择了计算进化距离的方法后，我们还需要选择树的标准。
MEGA支持Bootstrap（Bootstrap方法是统计学中一种用于评估统计性信号和树的可靠性的方法）和Nearest-Neighbor Interchange等标准。
在这里，我们选择Bootstrap标准。
在选择了进化距离的方法和树的标准后，我们需要选择输入序列数据的文件格式。
MEGA支持多种格式的序列文件，如FASTA、PHYLIP和MEGA 等。
选择相应的格式后，我们需要导入序列数据。
可以通过从文件中导入或从剪贴板中粘贴来导入序列数据。
MEGA是一款非常强大的进化树分析软件，但对于初学者来说，可能需要一些时间去了解其中的各种选项和功能。
因此，建议在使用MEGA之前，先阅读相关文档和教程，以便更好地使用MEGA进行进化树的构建和分析。
进化树分析软件MEGA的用法
1.
将clustal排好的序列转成MEGA格式
2.打开MEGA格式的文件，点PHYLOGENY，要建BOOTSTRAP检验的树，如下图。
有四种建树方法，NJ， MP， ME，and UPGMA。
后面以NJ为例。
3。
点击NJ后如下图。
点击绿色方格可以改变BOOTSTRAP中重复的次数（＞１００），GAP是pairwise 还是complete deletion（一般选ＰＡＩＲＷＩＳＥ）, 适合你数据的替换模型（有ＭＯＤＥＬＴＥＳＴ可以检验）。
（一定要根据自己的数据来设这些值）
4。
一切就绪后，点击COMPUTE。
结果如下，红圈中的数字就是bootstrap 值，一般大于７０％的枝认为比较有意义．
5。
如果有外类群，你可以直接点击你的外类群，得到有根树
6。
基本过程就是这样，MEGA还有其他一些功能，希望大家继续补充。
Mega构建进化树的方法
Open a saved alignment session：使用它可以打开一 个已经比对好的序列文件；
Retieve a sequence from a file ：这种情况同第一种情
况相似。
3
选择选项1，弹出下面对话框
4
• 根据情况选择“yes”或“no”
5
从”Data”菜单中读取序列文件,如6 选择保存的fasta格式的序列文件,如7
MEGA构建进化树的方法
MEGA简介
Molecular Evolutionary Genetics Analysis Functions
• conducting automatic and manual sequence alignment • inferring phylogenetic trees • mining web-based databases • estimating rates of molecular evolution • testing evolutionary hypotheses.
9
10
在窗口10中点击“Phylogeny”下拉菜单
11
然后选择Bootstrap Test of Phylogeny。最大简 约法 Maximum Parsimony；邻接法 Neighbor Joining；最小进化法 Minimum Evolution。
三种方法中选择Neighbor Joining，出现窗口12
12
在12窗口设置好各种参数，然后，点击“Compute”进 行运算，构建进化树
结果如窗口13所示：在实际运行得到拓扑图之后， 上面有两个选项，点击 Original tree，可以选择查 看计算所得到的所有结构树。
MEGA建树步骤
MEGA建树步骤MEGA是一种常用的离散时间建树方法，它被广泛用于数据挖掘和机器学习领域。
下面将详细介绍MEGA建树的步骤。
2. 确定属性类型：根据数据集的属性，我们需要确定每个属性的类型，分为离散型和连续型。
离散型属性可以是nominal（名义型）或者ordinal（序数型），而连续型属性是数字型。
3.计算属性重要性：接下来，我们通过计算属性的重要性来选择最有价值的属性。
属性重要性可以通过不同的方法来计算，比如信息增益，基尼指数等。
重要性值越高，说明该属性对于分类的影响越大。
4.确定树的结构：在MEGA中，我们使用树的结构来表示分类的过程。
树的每个节点代表一个属性，而每个分支代表属性值。
根据属性重要性的排序，我们可以依次选择属性来构建树的结构。
5.树的构建：通过递归的方式，我们不断地选择最有价值的属性来构建树的结构。
对于每个属性，我们需要计算其分割点（对于连续型属性）或者每个可能值（对于离散型属性）。
然后，我们将数据集分割成多个子集，每个子集都与一个属性值相关联。
在这些子集中，我们再次应用MEGA算法来构建子树。
6.树的剪枝：在建树的过程中，有可能会出现过度拟合的问题，即树的复杂度过高。
因此，我们需要对树进行剪枝，减少决策树的复杂度。
剪枝可以通过先剪枝或者后剪枝来实现。
先剪枝是在树的构建过程中，根据一些准则来决定是否停止分裂节点。
而后剪枝是在树构建完成后，通过计算剪枝后的树的错误率来决定是否剪枝。
剪枝的目的是提高树的泛化能力，避免出现过拟合的现象。
7.预测与评估：当树构建完成后，我们可以使用它来预测未知数据的类别。
对于一个给定的样本，我们从根节点开始遍历树的分支，直到到达叶子节点。
叶子节点所代表的类别即为样本的预测类别。
同时，我们还需要通过交叉验证等方法来评估MEGA建树的性能。
综上所述，MEGA建树的步骤包括数据准备、确定属性类型、计算属性重要性、确定树的结构、树的构建、树的剪枝以及预测与评估。
怎样使用MEGA建立进化树
如何使用MEGA4.0建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字，如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始，直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存，方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口。
接下来打开
出现下面这个窗口！
接下来就可以建立各种样式的进化树！
嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好！
（注：可编辑下载，若有不当之处，请指正，谢谢!）。
mega建树方法 进化树的建立过程
进化树的建立过程
1，通过测序后，在NCBI中进行BLAST比对，看和哪个属中的种最近，从而确定进化树中需比较的菌种，然后可以在权威的International Journal of Systematic and Evolutionary Microbiology杂志中看最近是否有你要建树的菌的图，从而更捷径的得到典型的建树对比菌株(一般上标为T)
2，打开MEGA 4在Alignmen t→Query Databanks→
在空格处添加建树对比菌的登入号，然后直接点击上头的Add to Alignmen t
3 添加完对比的后，将自己测序菌株序列导入
如果拿回来后的序列是文本文档，就需要将它转化成fasta格式，其实也就是在文本文档上头加个“>”号就可以，但是序列字母必须是大写的，如果是小写的，可以在DNAman 中转化成大写的(或者在EditSeq中的先全选择序列后在edit的reverse case中转变，后如下操作)，并且需每列中的数字去掉，保存为fasta格式后，
在MEGA的Edit→insert sequences to file将保存的fasta文件导入MEMA中，如果导入
的序列是互补链的话，直接在添加的里面，点击导入链，右击后点击互补就行，选中所有的序列后，在Alignmen t选项中选中Align by clustalw让其自动分析后，在Date选项中输出格式选择为MEGA格式保存
4 再一次启动软件将上一步保存的文件打开，然后在
如上图操作就可以得出进化树，然后在上面直接修改。
如何使用mega
用MEGA4做进化树的步骤1、由BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) 搜索，获得所需要的序列，并保存为txt格式。
2.对所搜到的序列名称进行修改：注意种名保留例如：H2-8。
利用CLUSTAL X 软件进行多序列比对，同时进行修饰序列，去掉突出的前段序列和后部序列，使序列变整齐。
如下图所示修饰后如下：对序列名称进行修改3、修饰好保存，会有两个格式的文件.aln、.dnd保存，打开MEGA4。
4、MEGA4只能打开meg格式的文件，但是它可以把其他格式的多序列比对文件转换过来，我们在这里用aln格式（Clustal的输出文件）转换meg文件。
点File:Convert to MEGA Format...打开转换文件对话框，如下图所示：5、选择文件和转换文件对话框，选择aln文件，点OK。
如下图所示：6、转换好的meg文件，点存盘保存meg文件，meg文件会和aln文件保存在同一个目录，如下图所示：activate a data file”打开刚才的meg文件。
如下图所示：8、程序会自动识别序列的类型，如果识别错误，请手工选择数据类型。
然后点OK就行了。
如下图所示：有错误的地方可手工删除：可删除9、数据输入之后的样子，窗口下面有序列文件名和类型10、现在可以开始做系统进化树了，MEGA的主要功能就是做Bootstrap验证的进化树分析，Bootstrap验证是对进化树进行统计验证的一种方法，可以作为进化树可靠性的一个度量。
各种算法虽然不同，但是操作方法基本一致。
如下图所示：所得系统树如下：也可以切换树的显示模式调整树显示选项，比如树枝的粗细，字体以及字体大小等最后通过得出的系统进化树进行分析，可看出物种之间的亲缘关系，每个节点代表其各分支的最近共同祖先，节点间的线段长度对应演化距离。
距离越近，同源性越高，距离越远，同源性越远。
11、保存emf文件，这种格式的图像可以直接paste到Word文档。
用MEGA构建进化树
怎么样用MEGA建坐进化树之阳早格格创做MEGA3.1是一个关于序列分解以及比较统计的工具包，其中包罗有距离建立法战MP建立法；可自动大概脚动举止序列比对付，估计进化树，估算分子进化率，举前进化假设考验，还能联机的Web数据库检索.下载后可间接使用，主要包罗几个圆里的功能硬件：i)DNA战蛋黑量序列数据的分解硬件.ii)序列数据转形成距离数据后，对付距离数据分解的硬件. iii)对付基果频次战连绝的元素分解的硬件.iv)把序列的每个碱基/氨基酸独力瞅待（碱基/氨基酸惟有0战1的状态）时，对付序列举止分解的硬件.v)画造战建矫正化树的硬件，举止网上blast搜索.用MEGA建坐进化树有以下步调：1. 16S rDNA测序战参照序列采用从环境中分散到单克隆，去沉复后扩删16S rDNA序列并测序，而后与数据库比对付，找到相似度最下的几个序列，决定一下您分散的细菌约莫属于哪个科哪个属，如果相似度达到百分之百那基础不妨决定您分散得到的便是Blast到的那个，而后找一到二个共科的，再找一到二个共脚段，再找一到二个共目的细菌，把序列齐脚下下去，以FSATA形式调整正在TXT文档中，如>TS1GCAGTCGAACGATGAAGCCCAGCTTGCTGGGTGGATTA GTGGCGAACGGGTGAGTAACACGTGGGTGATCTGCCCT GCACTTCGGGATAAGCCTGGGAAACTGGGTCTAATACC GGATAGGACCTCGGGATGCATGTTCCGGGGTGGAAAGG TTTTCCGGTGCAGGATGGGCC>gi|117572706|gb|EF028124.1| Rhodococcus sp. Atl25 16S ribosomal RNA gene, partial sequence CGATTAGAGTTTGATCCTGGCTCAGGACGAACGCTGGC GGCGTGCTTAACACATGCAAGTCGAACGATGAAGCCCA GCTTGCTGGGTGGATTAGTGGCGAACGGGTGAGTAACA CGTGGGTGATCTGCCCTGCACTTCGGGATAAGCCTGGG AAACTGGGTCTAATACCGGAT>TS2 TGCAAGTCGAGCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATG AAGTTAGCGGCGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAAC CTGCCCATAAGACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGC TAATACCGGATAACATTTTGAACTGCATGGTTCGAAATT GAAAGGCGGCTTCGGCTGTCACT GATGAACGCTGGCGGCGTGCCTAATACATGCAAGTCGA GCGAATGGATTAAGAGCTTGCTCTTATGAAGTTAGCGG CGGACGGGTGAGTAACACGTGGGTAACCTGCCCATAAG ACTGGGATAACTCCGGGAAACCGGGGCTAATACCGGATAACATTTTGAACYGCATGGTTC………………………….………………………….参照序列采用有几个准则：a，不选非培植(unclutured)微死物为参比；b，所选参照序列要精确，内里无过失碱基；c，正在包管共属的前提下，劣先采用16S rDNA齐少测序大概齐基果组测序的种；d，每个种属采用一个参照序列，如果自己的序列中共一属的较多，可适合采用二个参照序列.2. 序列比对付将整治佳的序列导进clustalx1.83，如图接着步调自动运止，得出截止，自动输出 .aln 战 .dnd 为后缀的二个文献.序列比对付也不妨间接用MEGA去搞.3.挨启步调MEGA，如下图所示：4. MEGA3.1只可挨启meg要领的文献，然而是它不妨把其余要领的多序列比对付文献变换过去，用.aln要领（Clustal 的输出文献）变换.meg文献.面File:Convert to MEGA Format，挨启变换文献对付话框，从脚段文献夹中选中Clustal 对付比分解后所爆收的.aln文献，面打挨启.5. 变换佳的meg文献，会弹出一个提示疑息，面打ok.查看meg序列文献末尾是可平常，若存留clustal. *止，即可简略.面存盘保存meg文献，meg文献会战aln文献保存正在共一个目录.6. 关关变换窗心，回到主窗心，当前面里板上的“Click me to activate a data file”挨启刚刚才的meg文献.如果为蛋黑量序列，采用“protein sequence”，电打“OK”，得到以下图示，数据输进之后的格式，窗心底下有序列文献名战典型.而正在其余一个窗心内，出现以下数据文献面打采用战编写数据分类图标，可对付所采用的序列举止编写，完成后面打close即可.序列编写完成后，可举止保存，面打保存后出现以下界里，面打ok即可.7. 建坐进化树的算法主要分为二类：独力元素法（discrete character methods）战距离依赖法（distance methods）.所谓独力元素法是指进化树的拓扑形状是由序列上的每个碱基/氨基酸的状态决断的（比圆：一个序列上大概包罗很多的酶切位面，而每个酶切位面的存留与可是由几个碱基的状态决断的，也便是道一个序列碱基的状态决断着它的酶切位面状态，当多个序列举前进化树分解时，进化树的拓扑形状也便由那些碱基的状态决断了）.而距离依赖法是指进化树的拓扑形状由二二序列的进化距离决断的.进化树枝条的少度代表着进化距离.独力元素法包罗最大简约性法（Maximum Parsimony methods）战最大大概性法（Maximum Likelihoodmethods）；距离依赖法包罗除权配对付法（UPGMAM）战邻位贯串法（Neighbor-joining）.（1）phylogeny→UPGMA（2）用Bootstrap建坐进化树，MEGA的主要功能便是搞Bootstrap考证的进化树分解，Bootstrap考证是对付进化树举止统计考证的一种要领，不妨动做进化树稳当性的一个度量.百般算法虽然分歧，然而是支配要领基础普遍.进化树的建坐是一个统计教问题.咱们所建坐出去的进化树不过对付真正在的进化关系的评估大概者模拟.如果咱们采与了一个适合的要领，那么所建坐的进化树便会靠近真正在的“进化树”.模拟的进化树需要一种数教要领去对付其举止评估.分歧的算法有分歧的适用目标.普遍去道，最大简约性法适用于切合以下条件的多序列：i 所要比较的序列的碱基不共小，ii 对付于序列上的每一个碱基有近似相等的变同率，iii 不过多的颠换/变换的倾背，iv 所考验的序列的碱基数目较多（大于几千个碱基）；用最大大概性法分解序列则不需以上的诸多条件，然而是此种要领估计极其耗时.如果分解的序列较多，有大概要花上几天的时间才搞估计完成.历程如下①参数的树坐：phylogeny→bootstrap test of phylogeny→NJ②系统进化树的尝试要领，不妨采用用Bootstrap，也不妨采用不举止尝试.沉复次数(Replications)常常设定起码要大于100比较佳，随机数种子不妨自己随意设定，不会做用估计截止.普遍采用500大概1000.有许多Model供采用，默认为Kimura 2-parameter，分歧的Model有分歧的算法，简曲请参照博业的死物疑息教书籍籍.设定完成，面compute，启初估计.②截止输出：那个历程所耗时间战序列的数量战少短成正比，步调便会爆收那样一个树，该窗心中有二个属性页，一个是本初树，一个是bootstrap考证过的普遍树.树枝上的数字表示bootstrap考证中该树枝可疑度的百分比.截止如下：8. 进化树的劣化：１）利用该硬件可得到分歧树型，如下图所示：除此除中，还不妨有多种树型，根据需要去采用.２）隐现建立的相关疑息：面打图标i.３）面打劣化图标，可举止各项劣化：Tree栏中，不妨举止树型采用：rectangular tree/circle tree/radiation tree.每种树皆不妨举止少度，宽度大概角度等的设定Branch：可对付树枝上的疑息举止建改.Lable：可对付树枝的名字举止建改.Scale：标尺树坐Cutoff：cutoff for consensus tree.普遍为50%.9、进化树的分类劣化Place root on branch：不妨去回变换.Flip subtree：180度翻转分枝，名字翻转180度.Swab subtree：接换分枝，名字不翻转.Compress/expand subtree与Set divergent time：不妨把共一分枝的基果压缩大概扩展.面打Compress/expand subtree后，正在要压缩的分枝处面打，出现以下界里，正在name/caption 中输进文献名（比圆wwww），其余另有很多的选项，树坐佳了，面打OK.所得到的截止，不妨正在压缩战扩展之间变换. 10. 安排进化树根据所的进化树的效验，要举止安排，包罗多余序列简略、缺累序列增加、种属称呼标注等等，还要根据投稿纯志央供正在PHOTOSHOP中建改等.完成后的进化树应包罗充脚的疑息.自己所搞进化树完成图如下：。
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如何使用MEGA4.0建立进化树1、首先是双击软件打开如下图所示
2、现在是处于DNA序列，而我们要做蛋白质的进化树的话，就如下操作
3、接下来我们要进行序列的输入，点击左边那个红箭头，则出现下面的窗口；
4、然后右击sequence 1,修改名字，如改成DPV
5、然后从Word 里复制蛋白质序列，然后在下面的位置粘贴
6、则可出现如下图的序列了
7、然后点击窗口上的保存图标保存
8、重复从3开始，直到你的序列输入完
9、序列输入完后进行最后的保存，方法如下：
要输入ul7两次保存名字—然后关闭这个窗口。
接下来打开
出现下面这个窗口！
接下来就可以建立各种样式的进化树！
嗯，只是把过程写出来，方便大家建立进化树，不足的地方，大家补充好！。