dna_protein

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RNA、DNA和Protein纯化操作步骤

RNA/DNA/Protein Purification Products from MACHEREY-NAGELRNA/DNA/Protein Mini spin kitMaximum output – in one procedure NucleoSpin® TriPrepSimultaneous extraction ofTotal RNAGenomic DNATotal proteinfrom one unsplit sample MNMACHEREY-NAGEL O n e P r e p–T hr e e r e s u l t s!NucleoSpin ® TriPrepParallel isolation of RNA, DNA, and protein for most significant gene expression profilingOne Prep – Three resultsTotal RNA of superior quality – for reliable RT-PCR and all common downstream applications Genomic DNA of high purity – ready-to-use for e.g. PCR, sequencing, restriction enzyme digestion T otal protein in high recovery – directly suitable for quantification, SDS-PAGE, and Western blot analysis Rely on your experiments RNA/DNA/protein extracted from one unsplit sample – direct correlation – no variations Save your timeParallel isolation of RNA, DNA, and protein within one hourSave precious sample materialMaximum output – isolate three analytes from one sample High sensitivity – ideal for small and limited samplesProcedurehomogenizationof samplecell lysisfiltration of lysate NucleoSpin bind DNA/RNAProtein in flow-throughProtein purificationprecipitate protein (Protein Precipitator)wash protein pellet redissolve pellet in Protein Solving Buffertotal ProteinRNA purification digest residual DNA (rDNase incubation at RT)wash RNA elute RNADNA purificationwash DNA elute DNAtotal DNA DNA bound to silica membrane RNA bound to silica membrane total RNASample Material Sample Amount Lane Human cells (HeLa) 106 cells 1Mouse liver 3 mg 2Fish (Zebrafish) 1 larvae 3Plant root 100 mg 4Plant leave 100 mg 5Yeast 108 cells 6Bacteria 109 cells 7Product at-a-glanceTechnologySilica-membrane technology Sample material ≤ 5 x 106 cells≤ 30 mg human/animal tissue≤ 100 mg plant tissue Typical yield DNA ≤ 6 μg RNA ≤ 70 μgProtein ≤ 1,200 μg Typical Ratio A 260/A 280 DNA 1.7 – 1.9RNA 1.9 – 2.1 Preparation time RNA/DNA/protein ~ 60 – 75 min RNA/DNA ~ 45 minProtein ~ 35 minApplication dataRNA/DNA/protein extraction from a large variety of starting materialsRNA, DNA, and pr otein were isolated in parallel from the same source. The range of starting materialscovers tissues, cells, plant materials, yeast, and bacteria.Total DNA of high molecular weight and purity DNA was eluted in 100 μl DNA Elute buffer. A 260/A 280 ratios are in the range of 1.81 – 1.94.DNA analyzed on 1% TAE agarose gel electrophoresis*III; Fermentas), Lanes 1-7: see table belowTotal RNA of high structural integrityRNA was eluted in 50 μl RNase-free H 2O.The RNA integrity number (RIN) was measured for all mammalian samples.RIN was 9.5 for HeLa cell RNA and 8.9 for mouse liver RNA.RNA analyzed on Agilent 2100 Bioanalyzer/RNA 6000 Nano Kit*Lane L: RNA Ladder (RNA 6000 Nano Marker; Agilent), Lanes 1-7: see table belowL 1 2 3 4 5 6 7Protein Solving Buffer .The proteins are ready to use in SDS-PAGE analysis, as well as for Lane L: Protein ladder (low molecular weight marker; GE), Lanes 1-7: see table below* Figures are compiled from different gels and runs, aligned to the corresponding length markersHigh quality RNA, DNA, and proteinfrom the same sourcePerfectly suitable for gene expression profilingL 1 2 3 4 5 6 7NucleoSpin ® TriPrepOrdering informationPrepsTriPrep*10/50/250 Mini spin kit for the simultaneous isolation of total RNA, genomic DNA, and total protein from a wide variety of unsplit samples.Protein Quantification Assay50/250 RNA/Protein10/50/250 Mini spin kit for the simultaneous isolation of total RNA and Protein from unsplit samples. Including rDNAse and shredders.Mini spin columns – XS designRNA XS10/50/250 Mini spin kit for the isolation of highly concentrated total RNA from extremely small amount of starting material. Elution down to 5 μl.RNA/DNA Buffer set*100 Buffer set for the simultaneous isolation of RNA and DNA from unsplit samples. To be used in combination with NucleoSpin ® RNA II, RNA Plant, NucleoSpin ® RNA/Protein kits./bioanalysis for detailed information Your local distributor:Accurate and reliableProtein concentration down to 0.001 μg/μl Correlation coefficient of 0.97 – 1.00Protein quantification made easy!。

DNA-蛋白质交联的研究进展

DNA-蛋白质交联的研究进展作者：黄康敏来源：《安徽农业科学》2019年第20期摘要;DNA-蛋白质交联（DNA;protein crosslinks，DPCs）是一种高毒性的DNA损伤，由紫外线、电离辐射以及甲醛等化合物诱导形成。

DPCs会阻碍DNA复制，造成DNA双链缺口，影响基因组的稳定性。

目前，研究发现酵母的蛋白酶Wss1和后生动物的蛋白酶SPRTN通过蛋白水解作用参与了DPCs的修复途径，为阐明DPCs的修复机制奠定了基础。

对DPCs 的影响因素及修复途径进行总结，为DPCs的深入研究提供了一些思路。

关键词;DNA-蛋白质交联;DNA修复;Wss1;SPRTN中图分类号;R114文献标识码;A文章编号;0517-6611（2019）20-0018-04doi：10.3969/j.issn.0517-6611.2019.20.005开放科学（资源服务）标识码（OSID）：Research Progress of DNA;Protein CrosslinksHUANG Kang;min;（Guizhou Center for Disease Control and Prevention，Guiyang，Guizhou 550000）Abstract;DNA;protein crosslinks（DPCs） are highly toxic DNA lesions，DPCs arise by UV;light，ionizing irradiation，are particularly caused by reactive compounds such as formaldehyde.DPCs interfere with DNA replication and transcription，which could result in double strain break （DSB），and affect the stability of genome.It was found that the metalloproteinase Wss1 of yeast and the protease SPRTN of metazoan participated in the DPCs repair through proteolysis，laying a foundation for elucidation of the mechanism of DPCs repair.This review summarized the influencing factors and pathway of DPCs repair，and provided some ideas for further research on DPCs.Key words;DNA;protein crosslinks;DNA repair;Wss1;SPRTN在細胞的生命活动中，各种外源性和内源性因子（如紫外线、活性氧等）会造成DNA损伤，从而导致突变、癌变，甚至死亡[1]。

DNA,RNA,Protein遗传物质

DNA Replication
•DNA chains separate •Each chain is used as a pattern to produce a new chain •Each new DNA helix contains one ―old‖ and one ―new‖ chain
Three Stages of Translation: Initiation- assemble components to start process Elongation- add amino acids in repeated cycles Termination- release protein product
Nucleotides are joined together by dehydration synthesis
The phosphate of one nucleotide is joined to sugar of next nucleotide, forming a ―sugar-phosphate backbone‖
AAA
Translation
Elongation (second cycle) Ribosome moves by one codon
UAC
met phe leu
GAG 5’---AUGUUUCUCUGA---3’ mRNA
for tRNA
for tRNA
small ribosomal subunit
mRNA binding site
Applying Your Knowledge
Which molecule contains the information for assembling the amino acids in the correct order in the protein? 1. rRNA 2. tRNA 3. mRNA 4. All of these 5. None of these

生物化学 5-基因表达调控

个基因或一些功能相近的基因表达（生物体内基因表达）的开启、
关闭和表达强度的直接调节。
它是生物在长期进化过程中逐渐形成的精确而灵敏的生存能力和应变能力，是生物赖以生存的根本之一。
二、基因表达的方式
（一）组成性表达(constitutive gene expression)
指不大受环境变动而变化的一类基因表达。其中某些基因表达产物是细胞或生物体整个生命过程中都持续需要而必不可少的，这类基因可称为管家基因(housekeeping gene)，这些基因中不少
性。
• 当有葡萄糖存在时， cAMP浓度较低， cAMP与CAP 结合受阻，lac操纵子表达下降。
（4）协调调节
Lac阻遏蛋白负性调节与cAMP正性调节两种机制协调合作 • 无乳糖，无诱导物时，转录作用被I表达的阻遏蛋白所阻断。 • 有诱导物时，诱导物与阻遏蛋白结合，使其变构，从操纵基
因上解离出来。
调节基因
β －半乳糖苷酶
2、阻遏蛋白的负性调节
没有乳糖存在时，lac操纵子处于阻
遏状态。I序列表达的lac阻遏蛋白与
O序列结合，阻碍RNA聚合酶与P序列结合，抑制转录启动。
有乳糖存在时，lac 操纵子可被诱导。
别乳糖作为诱导剂分子结合阻遏蛋白，使蛋白构象变化，导致阻遏蛋白与O序列解离，发生转录
基因产物特异识别、结合其它基因的调节序列，调节其它基因的开启或
关闭称为反式调节
基因产物特异识别、结合自身基因的调节序列，调节自身基因的开启或关闭称为顺式调节
DNA
a
A A
反式调节
b
mRNA
蛋白质A
C
c
DNA
mRNA
顺式调节

如何制作DNA胶和protein胶

1.How to set a DNA gel?1、按所分离的DNA分子的大小范围，称取适量的琼脂糖粉末，放到一锥形瓶中，加入适量的0.5×TBE电泳缓冲液。

然后置微波炉加热至完全溶化，溶液透明。

稍摇匀，得胶液。

冷却至60℃左右，在胶液内加入适量的溴化乙锭至浓度为0.5μg/ml。

2、取有机玻璃制胶板槽，有透明胶带沿胶槽四周封严，并滴加少量的胶液封好胶带与胶槽之间的缝隙。

3、水平放置胶槽，在一端插好梳子，在槽内缓慢倒入已冷至60℃左右的胶液，使之形成均匀水平的胶面。

4、.待胶凝固后，小心拔起梳子，撕下透明胶带，使加样孔端置阴极段放进电泳槽内。

5、在槽内加入0.5×TBE 电泳缓冲液，至液面覆盖过胶面6、把待检测的样品，按以下量在洁净载玻片上小心混匀，用移液枪加至凝胶的加样孔中。

1μl加样缓冲液（6×）+5μl待测DNA样品〔+0.5μlEB 液（10mg/ml）（注：若胶内未加EB，可选用此法）。

〕7、接通电泳仪和电泳槽，并接通电源，调节稳压输出，电压最高不超过5V/cm，开始电泳。

点样端放阴极端。

根据经验调节电压使分带清晰。

8、观察溴酚兰的带（蓝色）的移动。

当其移动至距胶板前沿约1cm处，可停止电泳。

2.How to set a protein gel?1. 按厂商的使用指南用两块干净的玻璃平板和0.75 mm 垫片组装电泳装置中的玻璃平板夹层，并固定在灌胶支架上2. 配置分离胶液体并脱气，然后加10%的过硫酸铵和TEMED，轻轻搅拌混匀。

3. 用一根巴斯德吸管立即将分离胶液体沿夹层中一条垫片的边缘加入于玻璃平板夹层中，至凝胶约11 cm 高为止。

4. 用另一根巴斯德吸干，先从一边的垫片，在从另一边垫片往夹层的页面顶部缓缓加入一层水饱和异丁醇。

让凝胶在室温聚合30~60 min。

5. 倾去顶层的异丁醇，并以1×Tris·Cl/SDS，pH8.8缓冲液冲洗凝胶的顶部表面6. 配制积层胶液体，用巴斯德吸管将液体沿一条垫片加入到玻璃平板夹层，直至离夹层的顶部约1 cm 高为止。

dna和蛋白质的关系

dna和蛋白质的关系
关系如下：
1、DNA指导蛋白质的合成：中心法则。

2、DNA的活动离不开蛋白质：DNA的复制、转录等都需要蛋白质酶的参与。

3、DNA与蛋白质共同构成染色质。

拓展资料：
蛋白质：
蛋白质是组成人体一切细胞、组织的重要成分。

机体所有重要的组成部分都需要有蛋白质的参与。

一般说，蛋白质约占人体全部质量的18%，最重要的还是其与生命现象有关。

蛋白质（protein）是生命的物质基础，是有机大分子，是构成细胞的基本有机物，是生命活动的主要承担者。

没有蛋白质就没有生命。

氨基酸是蛋白质的基本组成单位。

它是与生命及与各种形式的生命活动紧密联系在一起的物质。

机体中的每一个细胞和所有重要组成部分都有蛋白质参与。

蛋白质占人体重量的16%—20%，即一个60kg重的成年人其体内约有蛋白质9.6—12kg。

人体内蛋白质的种类很多，性质、功能各异，但都是由20多种氨基酸（Aminoacid）按不同比例组合而成的，并在体内不断进行代谢与更新。

dna（脱氧核）糖核酸：
是分子结构复杂的有机化合物。

作为染色体的一个成分而存在于细胞核内。

功能为储藏遗传信息。

DNA分子巨大，由核苷酸组成。

核苷酸的含氮碱基为腺嘌呤、鸟嘌呤、胞嘧啶及胸腺嘧啶；戊糖为脱氧核糖。

诺禾致源-ChIP-seq 流程

ChIP-seq染色体免疫共沉淀（ChIP）是一种用于研究蛋白质与DNA的体内相互作用的经典实验技术。

采用特异性抗体将目的蛋白进行免疫沉淀，由此可以把目的蛋白所结合的基因组DNA片段也富集下来。

通过与高通量测序技术的结合，对ChIP后的DNA产物进行测序分析，从全基因组范围内寻找目的蛋白的DNA结合位点，以高效率的测序手段得到高通量的数据结果。

1.1C hIP免疫沉淀实验流程目前主要有两种不同的ChIP实验方法，大致流程如下（均以细胞样品的处理过程为例）：Cross-liking Chromatin Immunoprecipitation (X-ChIP)1.甲醛处理细胞，使DNA-protein的相互结合作用被交联固定。

2.裂解细胞，得到全细胞裂解液。

3.超声处理，将基因组DNA打断至100-500 bp。

4.抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中加入一抗和beads，并进行孵育。

5.采用合适的实验条件进行洗脱，并解交联。

6.通过qPCR对ChIP结果进行验证。

7.准备好的ChIP后的DNA样品可以用于ChIP Sequencing建库。

Native Chromatin Immunoprecipitation (N-ChIP)1.通过非变性的方式得到核裂解液。

2.微球菌核酸酶（Micrococcal nuclease）消化染色质，得到单核小体或核小体寡聚体。

3.抗体免疫沉淀：在细胞裂解液中前后加入一抗和beads，并进行孵育。

4.DNA分离。

5.通过qPCR对ChIP结果进行验证。

6.准备好的ChIP后的DNA样品可以用于ChIP Sequencing建库。

下面步骤由我们公司做：1.2C hIP Sequencing文库构建流程1.DNA片段末端修复,3’端加A碱基，连接测序接头（详细步骤请参考Illumina 公司Paired-End DNA Sample Prep kit）。

2.PCR扩增及DNA产物的片段大小选择（一般为100-300 bp，包括接头序列在内）合格的文库用于上机测序。

蛋白质与DNA相互作用的分子机理

蛋白质与DNA相互作用的分子机理蛋白质和DNA是生命存在和发展的基础。

在细胞内，这两种分子不但分别扮演着构建细胞结构和存储遗传信息的重要角色，而且相互作用，以实现细胞内复杂的运作。

蛋白质和DNA如何相互作用，一直是分子生物学关注的热点。

这篇文章将探讨蛋白质和DNA相互作用的分子机理。

1. DNA与蛋白质的物理基础DNA和蛋白质是由不同的单体构成的大分子，它们的物理基础有所不同。

DNA由四种不同的核苷酸单元组成，分别是腺嘌呤（A）、鸟嘌呤（G）、胸腺嘧啶（T）和胞嘧啶（C），它们的结构类似，但在其中一个位置上的碱基不同。

DNA单元通过磷酸二酯结合在一起，形成长链。

而蛋白质由20种不同的氨基酸单元组成，它们的结构和性质各不相同。

氨基酸单元通过肽键结合在一起，形成多肽链，最终构成复杂的三维结构。

2. DNA与蛋白质相互作用的种类在细胞内，DNA与蛋白质之间的相互作用有很多种类。

我们先来看几种常见的：(1) DNA与蛋白质的非特异性结合非特异性结合也称作电荷相互作用或范德华力作用。

DNA在生理条件下呈现负电性，而蛋白质表面通常带有亲水性基团负电离子，这样一来，蛋白质可以通过靠近DNA分子来与之相互作用，形成非特异性结合。

非特异性结合通常是一种比较弱的相互作用力，但在细胞内，它对于维持蛋白质与DNA的空间位置关系具有重要的作用。

(2) DNA与蛋白质的特异性结合特异性结合是DNA和蛋白质相互作用中最常见的一种形式。

蛋白质通常通过一些特定的氨基酸残基（如赖氨酸、半胱氨酸等）与DNA上特定的碱基配对，形成特异性的相互作用。

特异性结合是由蛋白质和DNA之间的不同化学结构特征所决定的，因此具有较高的亲合力和选择性。

(3) DNA蛋白质复合物的空间结构DNA蛋白质复合物的空间结构通常是由蛋白质和DNA的特异性结合所决定的，蛋白质与DNA之间的相互作用能够使得DNA分子在空间中形成特定的曲折、扭曲或环绕状态。

复合物的空间结构对于蛋白质与DNA的相互作用强度和选择性具有至关重要的作用。

遗传育种相关名词中英文对照

中英文对照的分子育种相关名词3'untranslated region (3'UTR) 3'非翻译区5'untranslated region (5; UTR) 5'非翻译区A chromosome A 染色体AATAAA 多腺苷酸化信号aberration 崎变abiogenesis 非生源说accessory chromosome 副染色体accessory nucleus 副核accessory protein 辅助蛋白accident variance 偶然变异Ac-Ds system Ac-Ds 系统acentric chromosome 无着丝粒染色体acentric fragment 无着丝粒片段acentric ring 无着丝粒环achromatin 非染色质acquired character 获得性状acrocentric chromosome 近端着丝粒染色体acrosyndesis 端部联会activating transcription factor 转录激活因子activator 激活剂activator element 激活单元activator protein( AP)激活蛋白activator-dissociation system Ac-Ds 激活解离系统active chromatin 活性染色质active site 活性部位adaptation 适应adaptive peak 适应顶峰adaptive surface 适应面addition 附加物addition haploid 附加单倍体addition line 附加系additive effect 加性效应additive gene 加性基因additive genetic variance 加性遗传方差additive recombination 插人重组additive resistance 累加抗性adenosine 腺昔adenosine diphosphate (ADP )腺昔二鱗酸adenosine triphosphate( ATP)腺昔三憐酸adjacent segregation 相邻分离A-form DNA A 型DNAakinetic chromosome 无着丝粒染色体akinetic fragment 无着丝粒片断alien addition monosomic 外源单体生物alien chromosome substitution 外源染色体代换alien species 外源种alien-addition cell hybrid 异源附加细胞杂种alkylating agent 焼化剂allele 等位基因allele center 等位基因中心allele linkage analysis 等位基因连锁分析allele specific oligonucleotide(ASO)等位基因特异的寡核苷酸allelic complement 等位（基因）互补allelic diversity 等位（基因）多样化allelic exclusion 等位基因排斥allelic inactivation 等位（基因）失活allelic interaction 等位（基因）彼此作用allelic recombination 等位（基因）重组allelic replacement 等位（基因）置换allelic series 等位（基因）系列allelic variation 等位（基因）变异allelism 等位性allelotype 等位（基因）型allohaploid 异源单倍体allopatric speciation 异域种alloploidy 异源倍性allopolyhaploid 异源多倍单倍体allopolyploid 异源多倍体allosyndesis 异源联会allotetraploid 异源四倍体alloheteroploid 异源异倍体alternation of generation 世代交替alternative transcription 可变转录alternative transcription initiation 可变转录起始Alu repetitive sequence, Alu family Alu 重复序列，Alu 家族ambiguous codon 多义密码子ambisense genome 双义基因组ambisense RNA 双义RNAaminoacyl-tRNA binding site氨酰基tRNA接合位点aminoacyl-tRNA synthetase 氨酰基tRNA连接酶amixis 无融合amorph 无效等位基因amphipolyploid 双多倍体amplicon 扩增子amplification 扩增amplification primer 扩增引物analysis of variance 方差分析anaphase (割裂）后期anaphase bridge (割裂）后期桥anchor cell 锚状细胞androgamete 雄配子aneuhaploid 非整倍单倍体aneuploid 非整倍体animal genetics 动物遗传学annealing 复性antibody 抗体anticoding strand 反编码链anticodon 反密码子anticodon arm 反密码子臂anticodon loop 反密码子环antiparallel 反向平行antirepressor 抗阻抑物antisense RNA 反义RNAantisense strand 反义链apogamogony 无融合结实apogamy 无配子生殖apomixis 无融合生殖arm ratio (染色体)臂比artificial gene人工基因artificial selection 人工选择asexual hybridization 无性杂交asexual propagation 无性繁殖asexual reproduction 无性生殖assortative mating 选型交配asynapsis 不联会asynaptic gene 不联会基因atavism 返祖atelocentric chromosome 非端着丝粒染色体attached X chromosome 并连X 染色体attachment site 附着位点attenuation 衰减attenuator 衰减子autarchic gene 自效基因auto-alloploid 同源异源体autoallopolyploid 同源异源多倍体autobivalent 同源二阶染色体auto-diploid 同源二倍体；自体融合二倍体autodiploidization 同源二倍化autoduplication 自体复制autogenesis自然发生autogenomatic 同源染色体组autoheteroploidy 同源异倍性autonomous transposable element 自主转座单元autonomously replicating sequence(ARS)自主复制序列autoparthenogenesis 自发单性生殖autopolyhaploid 同源多倍单倍体autopolyploid 同源多倍体autoradiogram 放射自显影图autosyndetic pairing 同源配对autotetraploid 同源四倍体autozygote 同合子auxotroph 营养缺陷体B chromosome B 染色体B1，first backcross generation 回交第一代B2，second backcross generation 回交第二代back mutation 答复突变backcross 回交backcross hybrid 回交杂种backcross parent 回交亲本backcross ratio 回交比率background genotype 背景基因型bacterial artification chromosome( BAC )细菌人工染色体Bacterial genetics 细菌遗传学Bacteriophage 噬菌体balanced lethal 平衡致死balanced lethal gene 平衡致死基因balanced linkage 平衡连锁balanced load 平稳负荷balanced polymorphism 平衡多态现象balanced rearrangements 平稳重组balanced tertiary trisomic 平稳三级三体balanced translocation 平稳异位balancing selection 平稳选择band analysis 谱带分析banding pattern (染色体)带型basal transcription apparatus 基础转录装置base analog 碱基类似物base analogue 类減基base content 减基含量base exchange 碱基交换base pairing mistake 碱基配对错误base pairing rules 碱基配对法则base substitution 减基置换base transition 减基转换base transversion 减基颠换base-pair region 碱基配对区base-pair substitution 碱基配对替换basic number of chromosome 染色体基数behavioral genetics 行为遗传学behavioral isolation 行为隔离bidirectional replication 双向复制bimodal distribution 双峰散布binary fission 二割裂binding protein 结合蛋白binding site 结合部位binucleate phase 双核期biochemical genetics 生化遗传学biochemical mutant 生化突变体biochemical polymorphism 生化多态性bioethics 生物伦理学biogenesis 生源说bioinformatics 生物信息学biological diversity 生物多样性biometrical genetics 生物统计遗传学（简称生统遗传学) bisexual reproduction 两性生殖bisexuality 两性现象bivalent 二价体blending inheritance 混合遗传blot transfer apparatus 印迹转移装置blotting membrane 印迹膜bottle neck effect 瓶颈效应branch migration 分支迁移breed variety 品种breeding 育种，培育;繁衍，生育breeding by crossing 杂交育种法breeding by separation 分隔育种法breeding coefficient 繁衍率breeding habit 繁殖习性breeding migration 生殖回游，繁衍回游breeding period 生殖期breeding place 繁衍地breeding population 繁殖种群breeding potential繁衍能力，育种潜能breeding range 繁衍幅度breeding season 繁衍季节breeding size 繁衍个体数breeding system 繁衍系统breeding true 纯育breeding value 育种值broad heritability 广义遗传率bulk selection 集团选择C0，acentric 无着丝粒的Cl,monocentric 单着丝粒C2, dicentric双着丝粒的C3,tricentric 三着丝粒的candidate gene 候选基因candidate-gene approach 候选基因法Canpbenmodel坎贝尔模型carytype染色体组型，核型catabolite activator protein 分解活化蛋白catabolite repression 分解代谢产物阻遏catastrophism 灾变说cell clone 细胞克隆cell cycle 细胞周期cell determination 细胞决定cell division 细胞割裂cell division cycle gene(CDC gene) 细胞割裂周期基因ceU division lag细胞割裂延迟cell fate 细胞命运cell fusion 细胞融合cell genetics 细胞的遗传学cell hybridization 细胞杂交cell sorter细胞分类器cell strain 细胞株cell-cell communication 细胞间通信center of variation 变异中心centimorgan(cM) 厘摩central dogma 中心法则central tendency 集中趋势centromere DNA 着丝粒DNAcentromere interference 着丝粒干扰centromere 着丝粒centromeric exchange ( CME)着丝粒互换centromeric inactivation 着丝粒失活centromeric sequence( CEN sequence)中心粒序列character divergence 性状趋异chemical genetics 化学遗传学chemigenomics 化学基因组学chiasma centralization 交叉中化chiasma terminalization 交叉端化chimera异源嵌合体Chi-square (x2) test 卡方检验chondriogene 线粒体基因chorionic villus sampling 绒毛膜取样chromatid abemition染色单体畸变chromatid break染色单体断裂chromatid bridge 染色单体桥chromatid interchange 染色单体互换chromatid interference 染色单体干涉chromatid segregation 染色单体分离chromatid tetrad 四分染色单体chromatid translocation 染色单体异位chromatin agglutination 染色质凝聚chromosomal aberration 染色体崎变chromosomal assignment 染色体定位chromosomal banding 染色体显带chromosomal disorder 染色体病chromosomal elimination 染色体消减chromosomal inheritance 染色体遗传chromosomal interference 染色体干扰chromosomal location 染色体定位chromosomal locus 染色体位点chromosomal mutation 染色体突变chromosomal pattern 染色体型chromosomal polymorphism 染色体多态性chromosomal rearrangement 染色体质量排chromosomal reproduction 染色体增殖chromosomal RNA 染色体RNA chromosomal shift 染色体变迁，染色体移位chromosome aberration 染色体畸变chromosome arm 染色体臂chromosome association 染色体联合chromosome banding pattern 染色体带型chromosome behavior 染色体动态chromosome blotting 染色体印迹chromosome breakage 染色体断裂chromosome bridge 染色体桥chromosome coiling 染色体螺旋chromosome condensation 染色体浓缩chromosome constriction 染色体缢痕chromosome cycle 染色体周期chromosome damage 染色体损伤chromosome deletion 染色体缺失chromosome disjunction 染色体分离chromosome doubling 染色体加倍chromosome duplication 染色体复制chromosome elimination染色体丢失chromosome engineering 染色体工程chromosome evolution 染色体进化chromosome exchange 染色体互换chromosome fusion 染色体融合chromosome gap 染色体间隙chromosome hopping 染色体跳移chromosome interchange 染色体互换chromosome interference 染色体干与chromosome jumping 染色体跳查chromosome knob 染色体结chromosome loop 染色体环chromosome lose染色体丢失chromosome map 染色体图chromosome mapping 染色体作图chromosome matrix 染色体基质chromosome mutation染色体突变chromosome non-disjunction染色体不分离chromosome paring染色体配对chromosome polymorphism 染色体多态性chromosome puff染色体疏松chromosome rearrangement染色体质量排chromosome reduplication 染色体再加倍chromosome repeat染色体质量叠chromosome scaffold 染色体支架chromosome segregation 染色体分离chromosome set 染色体组chromosome stickiness染色体粘性chromosome theory of heredity 染色体遗传学说chromosome theory of inheritance 染色体遗传学说chromosome thread 染色体丝chromosome walking 染色体步查chromosome-mediated gene transfer 染色体中介基因转移chromosomology 染色体学CIB method CIB法;性连锁致死突变显现频率检测法circular DNA 环林DNAcis conformation 顺式构象cis dominance 顺式显性cis-heterogenote顺式杂基因子cis-regulatory element 顺式调剂兀件cis-trans test 顺反考试cladogram 进化树cloning vector 克隆载体C-meiosis C减数割裂C-metaphase C 中期C-mitosis C有丝割裂code degeneracy 密码简并coding capacity编码容量coding ratio 密码比coding recognition site 密码识别位置coding region 编码区coding sequence 编码序列coding site 编码位置coding strand 密码链coding triplet 编码三联体codominance 共显性codon bias 密码子偏倚codon type 密码子型coefficient of consanguinity 近亲系数coefficient of genetic determination 遗传决定系数coefficient of hybridity 杂种系数coefficient of inbreeding 近交系数coefficient of migration 迁移系数coefficient of relationship 亲缘系数coefficient of variability 变异系数coevolution 协同进化coinducer 协诱导物cold sensitive mutant 冷灵敏突变体colineartiy 共线性combining ability 配合力comparative genomics 比较基因组学competence 感受态competent cell感受态细胞competing groups 竞争类群competition advantage 竞争优势competitive exclusion principle 竞争排斥原理complementary DNA (cDNA)互补DNA complementary gene 互补基因complementation test 互补考试complete linkage 完全连锁complete selection 完全选择complotype 补体单元型composite transposon 复合转座子conditional gene 条件基因conditional lethal 条件致死conditional mutation 条件突变consanguinity 近亲consensus sequence 共有序列conservative transposition 保守转座constitutive heterochromatin 组成型染色质continuous variation 持续变异convergent evolution 趋同进化cooperativity 协同性coordinately controlled genes 协同操纵基因core promoter element 核心启动子core sequence 核心序列co-repressor协阻抑物correlation coefficient相关系数cosegregation 共分离cosuppression 共抑制cotranfection 共转染cotranscript共转录物cotranscriptional processing共转录进程cotransduction 共转导cotransformation 共转化cotranslational secrection 共翻译分泌counterselection 反选择coupling phase 互引相covalently closed circular DNA(cccDNA)共价闭合环状DNA covariation 相关变异criss-cross inheritance 交叉遗传cross 杂交crossability 杂交性crossbred 杂种cross-campatibility 杂交亲和性cioss-infertility 杂交不育性crossing over 互换crossing-over map 互换图crossing-over value 互换值crossover products 互换产物crossover rates 互换率crossover reducer 互换抑制因子crossover suppressor 互换抑制因子crossover unit 互换单位crossover value 值crossover-type gamete 互换型配子C-value paradox C 值悖论cybrid 胞质杂种cyclin 细胞周期蛋白cytidme 胞苷cytochimera 细胞嵌合体cytogenetics 细胞遗传学cytohet 胞质杂合子cytologic 细胞学的cytological map 细胞学图cytoplasm细胞质cytoplasmic genome 胞质基因组cytoplasmic heredity 细胞质遗传cytqplasmic incompatibility 细胞质不亲和性cytoplasmic inheritance 细胞质遗传cytoplasmic male sterility 细胞质雄性不育cytoplasmic mutation 细胞质突变cytofdasmic segregation 细胞质分离cytoskeleton 细胞骨架Darwin 达尔文Darwinian fitness 达尔文适合度Darwinism 达尔文学说daughter cell 子细胞daughter chromatid 子染色体daughter chromosome 子染色体deformylase 去甲酰酶degenerate code 简并密码degenerate primer 简并引物degenerate sequence 简并序列degenerated codon 简并密码子degeneration 退化degree of dominance 显性度delayed inheritance 延迟遗传deletant 缺失体deletion 缺失deletion loop 缺失环deletion mapping 缺失作图deletion mutation 缺失突变denatured DNA 变性DNA denatured protein 变性蛋白denaturing gel 变性胶denaturing gel electrophoresis 变性凝胶电泳denaturing gradient polyacrylamide gel 变性聚丙稀酰胺凝胶density gradient centrifugation 密度梯度离心density gradient separation 密度梯度分离deoxyribonucleic acid-dependent DNA polymerase 依托于DNA的DNA聚合酶derived line 衍生系derived type 衍生类型developmental genetics 发育遗传学developmental pathway 发育途径dicentric bridge 双粒染色体桥dicentric chromosome 双着丝粒染色体differential staining technique 显带技术differentiation center 分化中心dihaploid 双单倍体,dihybrid 双因子杂种dihybrid cross 双因子杂交dimorphism 二态性diploidization 二倍化diploidize 二倍化diploidized haploid 二倍化的单倍体direct cross 正交direct repeat 同向重复（序列）direct selection 正选择directed mutagenesis 正向突变discontinuous variation 不持续变异distant hybrid 远缘杂种distant hybridization 远缘杂交diversity center 多样性中心diversity curve 多样性曲线diversity gene ( D gene) D 基因diversity indices 多样性指数diversity of species 种的多样性diversity region ( D region) D 区；多变区DNA alkylation DNA 烧化DNA amplification DNA 扩增DNA amplification in vitro DNA 体外扩增DNA amplification polymorphism DNA 扩增多态性DNA breakage DNA 断裂DNA database DNA 数据库DNA degradation DNA 降解DNA denaturation DNA 变性DNA detection DNA 检测DNA distortion DNA 变形DNA duplex DNA 双链体DNA duplicase DNA 复合酶DNA element DNA 单元DNA evolution DNA 进化DNA fingerprint DNA 指纹DNA fingerprinting DNA 指纹分析DNA homology DNA 同源性DNA hybridization DNA 杂交DNA jumping technique DNA 跳查技术DNA melting DNA 解链DNA methylation DNA 甲基化DNA modification DNA 修饰DNA modification restriction system DNA 修饰限制系统DNA nicking DNA 切口形成DNA oxidation DNA 氧化DNA packaging DNA 包装DNA pairing DNA 配对DNA pitch DNA 螺距DNA polymorphism DNA 多态性DNA probe DNA 探针DNA puff DNA 泡DNA purification DNA 纯化DNA recombination DNA 重组DNA redundant 多余DNADNA repair DNA 修复DNA replication DNA 复制DNA replication enhancer DNA 复制增强子DNA replication origin DNA 复制起点DNA replication site DNA 复制点DNA sealase DNA 连接酶DNA sequence analysis DNA 序列分析DNA sizing gene DNA大小决定基因DNA strand exchange DNA 链互换DNA strand separation DNA 链分离DNA strand transfer protein DNA 链转移蛋白DNA template DNA 模板DNA thermal cycler DNA 热循环仪DNA topoisomerase DNA 拓扑异构酶DNA transcript DNA 转录物DNA transposon DNA 转座子DNA twist DNA 扭曲DNA typing DNA 分型DNA untwisting DNA 解旋DNA unwinding enzyme DNA 解旋酶DNA unwinding protein DNA 解旋蛋白DNA-agar technique DNA 琼脂技术DNAase I footprinting DNA 酶I 足迹法DNAase-free reagent 无DNA 酶试剂DNA-binding domain DNA 结合域DNA-binding motif DNA 结合基序DNA-binding protein DNA 结合蛋白DNA-polymerase DNA 聚合酶DNA-protein complex DNA -蛋白质复合体DNA-protein interaction DNA _ 蛋白质彼此作用DNA-restriction enzyme DNA 限制酶DNA-RNA hybrid DNA-RNA 杂交体DNase-free 不含DNA 酶的dominance 显性dominance type 优势型dominance variance 显性方差dominant allele 显性等位基因dominant effect 显性效应dominant gene 显性基因dominant gene mutation 显'性基因突变dominant lethal 显性致死dominant phenotype 显性表型donor DNA 供体DNAdonor organism 供体生物dosage compensation 剂量补偿作用dotting blotting 点溃法double crossing over 双互换double fertilization 汉受精duplicate genes 重复基因duplication 重复duplicon 重复子dyad 二分体dynamic selection 动态选择ecological genetics 生态遗传学ecological isolation 生态隔离ecological niche 生态小境ectopic expression 异位表达ectopic integration 异位整合effective population size 有效群体大小embryoid 胚状体embryonic stem cells( ES cells)胚胎干细胞endocrine signal 内分泌信号endogamy 近亲繁殖endomitosis 核内有丝割裂endonuclease 内切核酸酶endopolyploidy 核内多倍体environment 环境environmental variance 环境方差environmental variation 环境变异epigenesis 后成说epigenetic inheritance 后生遗传epigenetically silenced 后生沉默episome 附加体epistasis 上位性epistatic dominance 超显性epistatic gene 上位基因equal segregation 均等分离equational division 均等割裂equilibrium population 平衡群体Expressed Sequence T ag(EST)表达序列标签euchromatin 常染色质euchromatin常染色质eugenics 优生学euhaploid 整单倍体eukaryote 真核生物eukaryotic chromosome 真核染色体eukaryotic cell 真核细胞eukaryotic organism 真核生物eukaryotic vector 真核载体euphenics 优型学euploid 整倍体evolutional load 进化负荷evolutionary divergence 进化趋异evolutionary genetics 进化遗传学evolutionaiy rate 进化速率excision repair 切除修复exconjugant 接合后体excretion vector 分泌型载体exit site 萌生点exogenote 外基因子exogenous gene 外源基因exonuclease 外切核酸酶expression cloning 表达克隆expression library 表达文库expression mutation 表达突变expression plasmid 表达质粒expression product 表达产物expression screening 表达挑选extinguisher loci 消失基因座，灭绝基因座extirpated species 绝迹种extrachromosomal inheritance 染色体外遗传extra-chromosome 超数染色体，额外染色体extranuclear inheritance 核外遗传F1 generation F1代，子一代F2 generation F2 代，子二代facultative heterochromatin 兼性异染色质familial trait 家族性状family selection 家系选择feedback suppression 反馈抑制female gamete 雌配子fertility factor 致育因子filial generation 子代fingerprint 指纹finite population 有限群体first division segregation 第一次分裂分离first division segregation pattern 第一次割裂分离模式flanking sequence 侧翼序列flow cytometry 流式细胞仪fluorescence in situ hybridization ( FISH )荧光原位杂交fluorescent primer 荧光引物fluorescent probe 荧光探针formyl methionine (fMet)甲酰甲硫氨酸foot printing 足迹法foreign DNA 外源DNAforward genetics 正向遗传学forward mutation 正向突变forward primer 正向引物founder effect 成立者效应four strand double crossing over 四线双交换full-sib 全同胞functional genomics 功能基因组学functional RNA 功能RNAgain-of-function mutation 功能获得性突变gamete 配子gametic 配子的gametic incompatibility 配子不亲和性gametic lethal 配子致死gametic linkage 配子连锁gametic meiosis 配子减数分裂gametic ratio 配子分离比gametoclonal variation 配子无性系变异gametophyte 配子体G-band G带；中期染色体带GC box GC 框GC tailing GC 加尾gel electrophoresis 凝胶电泳gemetic sterility 配子不育gene activation 基因激活gene activity 基因活性gene amplification 基因扩增gene analysis 基因分析gene arrangement 基因排列gene balance 基因平稳gene basis 基因基础gene batteries 基因群gene block 基因区段gene carrier 基因携带者gene center theory 基因中心学说gene cluster 基因簇gene combination 基因重组gene complex 基因复合体gene content 基因含量gene conversion 基因转换gene distribution 基因散布gene diversity 基因多样性gene dosage 基因剂量gene dosage compensation 基因剂量补偿gene dosage effect 基因剂量效应gene duplication 基因重复gene element 基因元件gene exchange 基因交流gene expression 基因表达gene expression system 基因表达系统gene family 基因家族gene fixation 基因固定gene flow 基因流gene frequency 基因频率gene fusion 基因融合gene inactivation 基因失活gene inoculation 基因接种gene interaction 基因相互作用gene isolation 基因分离gene knockout 基因敲除gene knock-out 基因失效法gene linkage 基因连锁gene localization 基因定位gene location 基因位置gene locus 基因位点gene magnification 基因扩增gene manipulation 基因操作gene map 基因图谱gene mapping 基因作图gene multiplication 基因重复gene mutation 基因突变gene mutation rate 基因突变频率gene order 基因顺序gene organization 基因组构gene pool 基因库gene position effect 基因位置效应gene probe 基因探针gene product 基因产物gene rearrangement 某因重排gene reassortment 基因从头配对gene replication 基因复制gene repression 基因抑制gene resortment 基因重配gene silencing 基因沉默gene splicing 基因剪接gene string 基因线gene structure 基因结构gene substitute 基因置换gene substitution 基因置换gene suppression 基因抑制gene synthesis 基因合成gene tagged 基因标签gene tagging 基因标签gene targeting 基因导向，基因寻靶gene transfer 基因转移gene transfer agent 基因传递因子gene transfer vector 基因转移载体gene transposition 基因转座genealogical classification 系谱分类genera 属general transcription factor ( GTF )通用转录因子generalized transduction 普遍性转导generation 世代generative cell 生殖细胞generative reproduction 有性繁衍generic coefficient 种属系数generic cross 属间杂交generic name 属名genes in common 一起基因gene-specific transcription factor 基因特异性转录因子genetic ablation 基因缺损genetic advance 遗传进度genetic algebra 遗传代数genetic analysis 遗传分析genetic background 遗传背景genetic balance 遗传平稳genetic block 遗传性阻碍genetic compensation 遗传补偿genetic complementation 遗传互补genetic composition 遗传组成genetic continuity 遗传连续性genetic control 遗传控制genetic covariance 遗传协方差genetic cross 杂交genetic database 遗传数据库genetic death 遗传性死亡genetic deficiency 遗传缺损genetic deformity 基因变型genetic determinant 遗传决定因子genetic dimorphism 遗传二型现象genetic distance 遗传距离genetic divergence 遗传趋异genetic diversity 遗传多样性genetic dominance 遗传优势genetic donor 基因供体genetic drift 遗传漂变genetic element遗传因子，遗传成份genetic engineering 遗传工程genetic equilibrium 遗传平衡genetic erosion 遗传冲洗，遗传蚀变genetic expression 遗传表达genetic extinction 遗传灭绝genetic facilitation 遗传增进作用genetic factor 遗传因子genetic feedback 遗传反馈genetic fingerprint 遗传指纹genetic fingerprinting 遗传指纹分析genetic fitness 遗传适合度genetic flexibility 遗传可塑性genetic gain 遗传获得量genetic heterogeneity 遗传异质性genetic homology 遗传同源genetic immunity 遗传免疫genetic imprinting 遗传印记genetic inertia 遗传惰性genetic information 遗传信息genetic inoculation 基因接种genetic instability 遗传不稳定性genetic continuity 遗传连续性genetic control 遗传控制genetic covariance 遗传协方差genetic cross 杂交genetic database 遗传数据库genetic death 遗传性死亡genetic deficiency 遗传缺损genetic deformity 基因变型genetic determinant 遗传决定因子genetic dimorphism 遗传二型现象genetic distance 遗传距离genetic divergence 遗传趋异genetic diversity 遗传多样性genetic dominance 遗传优势genetic donor 基因供体genetic drift 遗传漂变genetic element遗传因子，遗传成份genetic engineering 遗传工程genetic equilibrium 遗传平衡genetic erosion 遗传冲洗，遗传蚀变genetic expression 遗传表达genetic extinction 遗传灭绝genetic facilitation 遗传增进作用genetic factor 遗传因子genetic feedback 遗传反馈genetic fingerprint 遗传指纹genetic fingerprinting 遗传指纹分析genetic fitness 遗传适合度genetic flexibility 遗传可塑性genetic gain 遗传获得量genetic heterogeneity 遗传异质性genetic homology 遗传同源genetic immunity 遗传免疫genetic imprinting 遗传印记genetic inertia 遗传惰性genetic information 遗传信息genetic inoculation 基因接种genetic instability 遗传不稳定性genetic interaction 遗传彼此作用genetic isolating factor 遗传隔离因子genetic isolation 遗传隔离genetic knock-out experiment 基因失效试验genetic linkage 遗传连锁genetic linkage map 遗传连锁图谱genetic load 遗传负荷genetic manipulation 遗传操作genetic map 遗传图谱genetic mapping 遗传作图genetic marker 遗传标记genetic masking 基因组掩饰genetic material 遗传物质genetic mobilization 遗传转移genetic modification 遗传修饰genetic module 遗传组件genetic nomenclature 遗传命名法genetic parameter 遗传参数genetic polarity 遗传极性genetic polymorphism 遗传多样性genetic population 遗传群体genetic potential 遗传潜力genetic process 遗传进程genetic property 遗传特'性genetic ratio 遗传比genetic reactivation 遗传复活genetic reassortment 遗传重排genetic recipient 基因受体genetic recombination 遗传重组genetic regulation 遗传调剂genetic relationship 亲缘关系genetic repair mechanism 遗传修复机制genetic replication 遗传复制genetic risk 遗传危险性genetic screening 遗传筛查genetic segregation 遗传分离genetic selection 遗传选择genetic sex 遗传性别genetic shift 遗传漂移genetic stability 遗传稳定性genetic sterility 遗传性不育genetic strain 遗传品系genetic suppression 遗传抑制genetic switch 遗传开关genetic system 遗传体系genetic transcription 遗传转录genetic transformation 遗传转换genetic translation 遗传翻译genetic transmission 遗传传递genetic typing 遗传分型genetic unit 遗传单位genetic value 遗传值genetic variability 遗传变异性genetic variance 遗传方差genetic vulnerability 遗传易损性genetic“hot spot” 遗传“热点”genetical marker 遗传标记genetical non-disjunction 遗传不分离genetical population 遗传群体genetically heterogeneous 遗传异质的genetically modified organism 基因修饰生物genetics correction 遗传修正genetics of resistance 抗性遗传genetype 基因型genic balance 基因平稳genome allopolyploid基因组异质多倍体genome amplification 基因组扩增genome evolution 基因组进化genome mapping 基因组作图genome project 基因组计划genome rearrangement 基因组重排genome sequencing 基因组测序genomic exclusion 基因组排斥genomic fingerprinting 基因组指纹分析genomic footprinting 基因组足迹分析genomic imprinting 基因组印记genomic instability 基因组不稳固性genomic library 基因组文库genomic walking 基因组步查genotypic frequency 基因型频率genotypic ratio 基因型比值genotypic value 基因型值genotypic variance 基因型方差geographic speciation 地理型新种形成geographical isolation 地理隔离geographical polymorphism 地理多态现象germ layer 胚层germ line 种系germ nucleus 生殖核germ plasm 种质germinal mutation 生殖细胞突变germ-line gene therapy 种系基因医治giant chromosome 巨型染色体global homology 整体同源性global region 全局调剂子globular protein 球蛋白group selection 集团选择growth factor 生长因子GT-AG rule mRNA剪接识别信号规那么gynandromorphy 雌雄嵌合体hairpin loop 发夹环hairpin structure 发夹结构half life 半寿期half sib mating 半同胞交配haplogenotypic 单倍基因型的haploid 单倍体haploidization 单倍体化haplotype 单元型hapostatic gene 下位基因Hardy-Weinberg equilibrium 哈迪-温伯格平稳heat shock gene 热激基因heat sock protein 热激蛋白heavy chain 重链helical structure 螺旋结构。

DNA-蛋白质互作-原理与实验方案

DNA-蛋白质互作: 原理与实验方案引言DNA-蛋白质互作是生物学研究中的重要领域之一，它研究的是DNA和蛋白质之间的相互作用关系。

理解DNA-蛋白质互作对于揭示基因调控、疾病发生机制以及新药开发等具有重要意义。

本文将介绍DNA-蛋白质互作的原理和一种常用的实验方案。

原理DNA-蛋白质互作是指DNA分子与蛋白质分子之间的相互作用。

这种相互作用可以通过多种方式发生，包括直接结合、间接调控以及增强或抑制转录等。

DNA-蛋白质互作的原理主要涉及以下几个方面：1.DNA序列特征：DNA具有一定的序列特征，不同的序列特征可以吸引特定的蛋白质结合。

例如，某些蛋白质结合特定的启动子序列，参与基因的转录调控。

2.蛋白质结构：蛋白质通过其特定的结构域与DNA相互作用。

蛋白质可以通过DNA结合结构域与DNA序列特异性地结合，进而影响DNA的功能和结构。

3.信号传导：DNA-蛋白质相互作用可以传递信号，参与细胞内的信号传导通路。

例如，一些转录因子与DNA结合后可以激活或抑制下游的基因表达。

实验方案实验材料准备•DNA样品：从细胞提取DNA，准备含有DNA的样品。

•蛋白质样品：从细胞中提取目标蛋白质，并制备蛋白质样品。

•控制样品：用于对照组的DNA和蛋白质样品。

实验步骤步骤1：制备DNA和蛋白质样品1.从细胞中提取DNA样品：使用DNA提取试剂盒，按照说明书的指引从细胞中提取DNA样品。

使用紫外可见光光度计测定DNA浓度。

2.从细胞中提取蛋白质样品：使用蛋白质提取试剂盒，按照说明书的指引从细胞中提取蛋白质样品。

使用蛋白质质量测定试剂盒测定蛋白质浓度。

步骤2：测定DNA-蛋白质相互作用1.EMSA（电泳迁移位移实验）：根据实验设计，在含有DNA和蛋白质的反应体系中进行电泳迁移位移实验。

将DNA暴露于蛋白质样品中，使其发生结合。

利用电泳迁移技术，将反应体系中的DNA与蛋白质复合物与自由DNA分离，通过凝胶电泳将其分离并观察。

[学位论文]荧光光谱法研究DNA和蛋白质的相互作用

摘要摘要蛋白质和核酸是组成生命的主要生物大分子，研究蛋白质和核酸的相互作用，发展能对重要蛋白质进行实时检测的高灵敏度的分析方法是后基因组时期重要的研究领域之一。

本论文工作围绕发展荧光光谱法研究DNA/蛋白质相互作用性质机理以及利用DNA/蛋白质特异相互作用发展蛋白质检测新方法两个方面开展工作，论文的主要内容包括：1. 利用荧光各向异性法详细研究了DNA甲基化转移酶M.Eco R I与两种不同链长DNA的相互作用，得到不同温度下的结合常数和它们结合的热力学参数。

表明M.Eco R I与短链DNA的结合强于与长链DNA的结合。

M.Eco R I与靶向DNA的结合过程是熵驱动的。

为理解DNA和M.Eco R I相互作用机理和调控DNA和M.Eco R I的结合提供了新的信息。

2. 用荧光共振能量转移的方法研究了M.Eco R I与标记荧光给体和受体的DNA结合后诱导的DNA弯曲，在溶液中直接测得DNA的弯曲角度为57.8°。

3. 进一步探讨了在单分子水平研究M.Eco R I诱导DNA弯曲的实验方法和条件。

实现了单对荧光分子标记DNA的双波长同时成像，为利用单分子荧光共振能量转移研究DNA弯曲打下了基础。

4. 利用单链DNA核酸适体既可以与靶蛋白特异结合又能与互补寡聚核苷酸形成双链的特点，以α-凝血酶为模型体系，发展了一种基于核酸适体和DNA光开关配合物[Ru(phen)2(dppz)]2+的蛋白质检测新方法，该方法具有灵敏度高、选择性高，无需对核酸适体进行荧光标记，适合于不同构象核酸适体等优点，对于促进核酸适体在生物分子的实时监测分析、生物传感器等方面的应用有重要意义。

关键词： DNA甲基化转移酶，DNA结合蛋白，DNA弯曲，核酸适体，光开关配合物，α-凝血酶I荧光光谱法研究DNA和蛋白质的相互作用AbstractBaocheng Ma( Physical Chemistry)Supervised by Prof. Xiaohong FangProtein and nucleic acid are two classes of important biomacromolecules in biological systems. The study of protein-nucleic acid interaction and the development of analytic methods with high sensitivity and specificity for real-time protein monitoring are of particularly interest in post-genomic era.In this dissertation, we have developed the fluorescence spectroscopic methods to study the DNA-protein interaction and to detect protein using novel DNA probes. The major results are shown as following:1. Fluorescence anisotropy has been applied to study the interaction between Eco RIDNA methyltransferase (M.Eco RI), and its two target DNA fragments in solution.Their binding constants at different temperatures from 20 to 40 ℃ were obtained and the thermodynamic parameters of binding were derived. The results showed M.Eco RI had higher binding affinity to the short dsDNA than that to the long one, and its binding to DNA was primarily entropy driven. This provides the new information for the understanding of the forces that drive M.Eco R I-DNA complex formation, and for research on the regulation and control of the interaction between DNA and M.Eco R I.2. The M.Eco R I binding induced distance change between the donor FAM and theacceptor TMR labeled at the tow ends of 20bp dsDNA containing GAATTC has been studied by fluorescence resonance energy transfer. The bending angle of DNA was measured directly in solution as 57.8°.3. The study of DNA bending by M.Eco R I binding at the single molecule level hasbeen further explored. Single molecule imaging of the dual labeled DNA immobilized on the coverslips has been achieved by total internal reflectionAbstractfluorescence microscopy equipped with a dual-view system. This provides the basis for the application of single-pair fluorescence resonance energy transfer to DNA bending study.4. Taking the advantage of the dual natural property of DNA aptamers that can notspecifically binds with target proteins but also form duplexes with their complementary oligonucletides, and the DNA light switching probe of [Ru(phen)2(dppz)]2+, we have developed a new label-free method for protein detection which can be used for the aptamer probes with different foldings. Using α-thrombin as a model protein, the results showed high sensitivity and specificity.The newly developed signaling strategy is expected to promote the exploitation and application of aptamers in biochemical and biomedical studies.Keywords: DNA methyltransferase, DNA binding protein, DNA bending, aptamer, light switching complex, α-thrombin.荧光光谱法研究DNA和蛋白质的相互作用目录摘要 (I)Abstract (III)第一章引言 (1)第一节 DNA和蛋白质相互作用的研究方法 (1)第二节荧光光谱法研究DNA和蛋白质的相互作用 (5)第三节新型蛋白质探针—核酸适体的研究进展 (27)第四节本论文的选题意义 (37)参考文献 (39)第二章甲基化转移酶M.Eco R I和DNA结合的热力学性质研究 (56)2.1 引言 (56)2.2 实验部分 (58)2.3 结果与讨论 (61)2.4 小结 (68)参考文献 (69)第三章荧光共振能量转移研究M.Eco R I所引起的DNA弯曲 (73)3.1. 引言 (73)3.2. 实验部分 (78)3.3. 结果与讨论 (79)3.4. 小结 (85)参考文献 (85)第四章单分子荧光共振能量转移研究M.Eco R I所引起的DNA弯曲 (91)4.1. 引言 (91)4.2. 实验方法及数据处理 (91)4.3. 结果与讨论 (95)4.4. 小结 (101)参考文献 (102)第五章基于核酸适体/互补DNA和光开关配合物检测蛋白质 (104)5.1 引言 (104)5.2 实验部分 (109)5.3 结果与讨论 (110)5.4 小结 (115)参考文献 (116)第六章结论 (120)攻读博士期间发表的论文 (122)致谢 (123)第一章引言生命科学是20世纪最重要的前沿领域之一，其重点在于了解各种生命活性物质的结构、功能及它们之间的相互关系。

6. 功能基因研究技术

免疫共沉淀技术 (CoIP)

蛋白-蛋白相互作用常验证酵母双杂交的结果
酵母双杂交法
（蛋白－蛋白相互作用）

1.筛选与已知蛋白相互作用的蛋白基因 2.真核生物的转录激活子基本结构一般有3个功能域（functional domain）

DNA结合域（DNA-binding domain）－－DB 转录激活域（transcription-activating domain）--AD 结合其它蛋白或因子的结构域
基因打靶的必备条件

胚胎干细胞(ES细胞)

能在体外培养，保留发育的全能性 Neo（新霉素）阳性筛选标志 HSV-tk阴性筛选标志：单纯疱疹病毒 (herpes simplex virus) 胸腺嘧啶激酶 (thymidine kinase)
打靶载体

基因敲除的基本程序

打靶载体的构建打靶载体导入ES细胞：重组置换基因敲除ES细胞注射入胚泡胚泡植入假孕小鼠的子宫中嵌合体的杂交育种
１．“猎物”为一个库；
２．将不同的“诱饵” 克隆后，捕获不同的“猎物”
３.5 酵母单杂交
（核酸-蛋白相互作用）

用于鉴定与特定顺式作用元件（DNA序列）作用的转录调控因子的DNA结合域．或反之．
噬菌体展示技术

蛋白-蛋白相互作用将外源多肽或蛋白与噬菌体的一种衣壳蛋白融合表达，从而使多肽能够展示在病毒颗粒的表面，展示在噬菌体表面的多肽配体与各种靶分子(抗体、酶、细胞表面受体等)通过一种被称为淘选的体外选择程序用于高通量筛选，因此可以广泛应用于பைடு நூலகம்白质相互作用分析等方面的研究，也是进行多肽药物筛选的重要手段。

一步一步教你使用 NCBI 查找DNA

一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等2013-10-23 11:50阅读(97)转载自试剂达人①∙赞(1441)∙评论(2)∙转载(1.70万)∙分享(1.03万)∙复制地址∙收藏夹按钮收藏∙更多上一篇 | 下一篇：生物分子类实验室...一步一步教你使用NCBI 查找DNA、mRNA、cDNA、Protein、promoter、引物设计、BLAST 序列比对等最近看到很多战友在论坛上询问如何查询基因序列、如何进行引物设计、如何使用BLAST 进行序列比对……，这些问题在 NCBI 上都可以方便的找到答案。

现在我就结合我自己使用 NCBI的一些经历（经验）跟大家交流一下 BCBI 的使用。

希望大家都能发表自己的使用心得，让我们共同进步！我分以下几个部分说一下 NCBI 的使用：Part one 如何查找基因序列、mRNA、PromoterPart two 如何查找连续的 mRNA、cDNA、蛋白序列Part three 运用 STS 查找已经公布的引物序列Part four 如何运用 BLAST 进行序列比对、检验引物特异性特别感谢本版版主，将这个帖子置顶！从发帖到现在，很多战友对该帖给与了积极的关注，在此向给我投票的（以及想给我投票却暂时不能投票的）各位战友表示真诚的感谢，谢谢各位战友！请大家对以下我发表的内容提出自己的意见。

关于NCBI 其他方面的使用也请水平较高的战友给予补充First of all，还是让我们从查找基因序列开始。

第一部分利用Map viewer 查找基因序列、mRNA 序列、启动子（Promoter）下面以人的 IL6（白细胞介素 6）为例讲述一下具体的操作步骤1．打开Map viewer 页面，网址为：/mapview/index.html在 search 的下拉菜单里选择物种，for 后面填写你的目的基因。

蛋白质序列分析和结构预测生物信息学

蛋白质序列分析和结构预测【实验目的】1、掌握蛋白质序列检索的操作方法；2、熟悉蛋白质基本性质分析；3、熟悉基于序列同源性分析的蛋白质功能预测，了解基于motif、结构位点、结构功能域数据库的蛋白质功能预测；4、了解蛋白质结构预测。

【实验内容】1、使用Entrez信息查询系统检索人瘦素 (leptin)蛋白质序列；2、使用EXPASY中有关工具对上述蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成等基本性质分析；3、对瘦素蛋白质序列进行基于NCBI/Blast软件的蛋白质同源性分析；4、对瘦素蛋白质序列进行motif结构分析、翻译后修饰等的预测【实验方法】1、瘦素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址/Entrez（2）选择protein；（3）在输入栏输入homo sapiens leptin；（4）点击search后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号后显示序列详细信息；（6）将序列转为FASTA格式保存；2、进入EXPASY网站使用有关软件进行蛋白质序列分析和结构预测。

（1）选择Protparam程序对蛋白质序列进行分子质量、氨基酸组成和等电点等基本性质分析；（2）蛋白质的同源性搜索分析，NCBI的BLAST；（3）在Pattern and profile searches中选择interPro Scan 进行结构域或motif搜索以及有关结构域的结构分析（4）在post-translational modification prediction 选择signalP 对蛋白质序列进行信号肽预测分析【作业】提交使用上述软件对瘦素蛋白质序列进行基本性质分析、同源性分析、motif 结构分析以及信号肽折叠位点预测的结果附：【实验方法】1、瘦素蛋白质序列的检索：（1）调用Internet浏览器并在其地址栏输入Entrez网址(/Entrez)；（2）选择protein；（3）在输入栏输入homo sapiens leptin；（4）点击go后显示序列接受号及序列名称；（5）点击序列接受号后显示序列详细信息；（6）将序列转为FASTA格式保存；2、进入EXPASY网站http://www.expasy.ch/tools/使用有关软件进行蛋白质序列分析和结构预测。

DNA和蛋白换算关系

蛋白kd和bp之间的换算关系
kd是kilodaltons的缩写，既千道尔顿。

是氨基酸的分子量单位。

kbp是千碱基对的意思，是核酸的单位名称。

1个脱氧核糖核酸碱基的平均分子量为333 Daltons（道尔顿）
1个核糖核酸碱基的平均分子量为340 Daltons（道尔顿）
DNA与表达蛋白之间分子量换算：
1 kb DNA = 333 amino acid ≈3.7 × 104 Da（道尔顿）
10,000 Da Protein ≈ 270 bp DNA
30,000 D a Protein≈ 810 bp DNA
50,000 Da Protein ≈2701 bp DNA
3个碱基编码一个氨基酸，蛋白为氨基酸组合成的肽链，肽链中每个氨基酸的分子量为110Da，因为去掉了18的水。

所以就是(碱基数量/3)X110+18就是大概蛋白的分子量Da。

27 bp DNA=1 kDa protein
寡核苷酸分子量计算。

基因名词解释

▪1The copy number[拷贝数]：在一个细菌细胞中通常能够找到的某个质粒的分子数.▪2Plasmid incompatibility {质粒的不相容性}：在没有选择压力的情况下，两种质粒不能共存于同一个宿主细胞内。

▪3Prophage [前噬菌体]：噬菌体DNA整合到染色体上的一种形式。

▪4Lysogen[溶源菌]：携带有前噬菌体的细菌。

5the cos sites [柯斯位点]: 噬菌体DNA分子两5’末端互补的由12个核苷酸组成的单链粘性末端序列。

6Klenow fragment：E.coli DNA聚合酶I经部分水解生成的，位于其C末端的，保留了DNA聚合酶I的5ˊ-3ˊ聚合酶和3ˊ-5ˊ外切酶活性，但缺少完整酶的5ˊ-3ˊ外切酶活8性的片段。

▪7Isoschizomers (同裂酶): (1)来源于不同物种，但能识别相同DNA序列的限制性内切酶，切割位点可以相同也可以不同。

▪8Neoschizomers (异功酶, 新裂酶): 来源于不同物种，能识别相同DNA序列，但切割方式不同的限制性内切酶。

▪9Star activity (星号活性)：在极端条件，如pH值升高或低离子强度，限制性内切酶能够切割那些与定义识别序列相似但不完全相同的序列的能力。

▪10Restriction map (限制性图谱): 描述染色体上各种不同限制性内切酶识别位点之间距离和顺序的图谱。

▪11Linkers (接头)：指用化学方法合成的一段平末端的双链寡核苷酸短片段，具有一个或数个限制性内切酶识别位点。

▪12Adapters (衔接体)：是一类人工合成的一头具某种限制性内切酶粘性末端，另一头为平末端的双链寡核苷酸短片段。

当它的平末端与平末端的外源DNA片段连接之后，使后者成为具粘性末端的新的DNA分子，易于重组连接。

▪13 transformation (转化)：①细菌捕获外源DNA而获得新的遗传信息的过程。

dna二级结构名词解释

dna二级结构名词解释DNA二级结构是指DNA分子在空间上的结构排列。

以下是对应的英语解释及其意思：1. Helix structure（螺旋结构）: It refers to the spiral arrangement of the two DNA strands forming a double helix, which is stabilized by hydrogen bonds between nucleotides.2. Base pair（碱基对）: It is a combination of two nucleotides, where adenine (A) always pairs with thymine (T) and cytosine (C) always pairs with guanine (G), forming the building blocks of the DNA double helix.3. Complementary strands（互补链）: It describes the two DNA strands that are held together by hydrogen bonds between complementary base pairs, with adenine pairing with thymine and cytosine pairing with guanine.4. Antiparallel strands（反平行链）: It refers to the orientation of the two DNA strands running in oppositedirections, where one strand runs in a 5' to 3' direction while the other runs in a 3' to 5' direction.5. Major groove and minor groove（主沟和次沟）: These are the spaces or grooves that run along the surface of the DNA double helix, resulting from the uneven spacing between the alternating sugar-phosphate backbones. They play important roles in DNA-protein interactions.6. B-form DNA（B型DNA）: It is the most common structure of DNA found in nature, characterized by its right-handed double helix shape with 10 base pairs per turn, and is stable under physiological conditions.双语例句：1. The double helix structure of DNA was first discovered by Watson and Crick in 1953.（1953年，沃森和克里克首次发现了DNA的双螺旋结构。

重要实验1、RNA酶保护实验RN...

重要实验1、RNA酶保护实验（RNase protection assay）：它在许多方面与S1核酸酶分析方法类似。

它是用人工合成的具35S或32P标记的反义RNA探针同目的mRNA杂交，所形成的双链体分子用只切割单链的RNaseA和RNaseT1消化，之后将仍保留着的RNA做大小分部分离，于是被保护的RNA探针便给出了在样品中存在的目的mRNA的大小数值。

此法同样可鉴定样品中mRNA的数量。

2、DNA酶足迹法（DNase footprinting）：也叫足迹实验（footprinting assay），是一种用来检测被特定蛋白特异性结合的DNA序列的位置及其核苷酸序列结构特征的实验方法。

基本原理：当DNA分子中的某一区段同特异蛋白结合之后，便会得到保护而免受DNaseⅠ的切割作用，结果不会产生出相应长度的切割分子，于是在凝胶电泳放射自显影图片上便会出现一个空白区，俗称“足迹”。

通过与没有蛋白保护的对照DNA序列比较，便可得知相应于足迹部位的核苷酸序列结构。

3、S1核酸酶定位法（nuclease S1 mapping）：用于揭示mRNA序列结构特征的一种技术。

将从一个克隆基因分离的经放射性标记的单链DNA片段同其相应的mRNA退火形成双链分子，然后用S1核酸酶消化此杂合分子上未互补配对的单链序列，再用PAGE及放射自显影方法，检测保留下来的DNA片段的分子大小。

此法可测定克隆基因中的内含子数目及大体位置，mRNA分子的5’端位置及mRNA5’端任何不均一性的程度。

4、染色体步移（chromosome walking）：借助反向PCR（inverse PCR）通过使部分序列已知的限制片段自身环化连接，然后在已知序列部位设计一对反向引物，经PCR而使未知序列得到扩增。

重复进行反向PCR，从染色体已知序列出发，逐步扩增出未知序列，称染色体步移。

5、凝胶阻滞实验（gel retardation assay）：又叫DNA迁移率变动实验（DNA mobility shift assay），或电泳迁移率实验（electrophoretic mobility shift assay，EMSA），或条带阻滞实验（band retardation assay）。