基于ITS序列的红山茶组植物系统发育关系的研究

合集下载

主要麻类作物的ITS序列分析与系统进化

主要麻类作物的ITS序列分析与系统进化张力岚;王俊;万雪贝;徐益;张列梅;方平平;祁建民;张立武【摘要】Sequences comparison of ribosomal internal transcribed spacer (ITS) could provide evidence for the systematic classi-fication and evolutionary relationships of main bast fiber crops and other species. In this study, the ITS sequences of 32 main bast fiber crops and 11 other species with reference genome sequences were obtained from cloning or GenBank database. The whole gene length, G+C content, and the difference of homologous percentage were analysed using MEGE software. The ITS average lengths of sequences from jute (Corchorus), kenaf (Hibiscus), ramie (Boehmeria nivea) and flax (Linum usitatissimum) were 963, 939, 658, and 686 bp, respectively. And the corresponding G+C contents were 57.87%, 58.03%, 59.05%, and 53.75%, respectively. The variation of jute (Corchorus) concentrated on a region of 220 to 386 bp, kenaf (Hibiscus) on two regions of 206 to 347 bp and 599 to 713 bp, ramie (Boehmeria nivea) on four regions of 158 to 163 bp, 193 to 199 bp, 288 to 333 bp, and 681to 688 bp, and flax (Linum usitatissimum) on five regions of 219 to 229 bp, 235 to 240 bp, 427 to 432 bp, 468 to 484 bp, and 588 to 594 bp. Phylogenetic analysis showed that jute and kenaf shared a relatively close genetic relationship while the others had a far genetic relationship, which is consistent with the relationship of traditional species classification in systematic botany. In study of com-parative genomics, the genome sequecne of cotton might be regarded as a reference for kenaf orjute, and the genome sequence of Populus trichocarpa or Ricinus communis might be regarded as a reference for ramie. We deduced that the evolutionary time of kenaf, jute, ramie and flax could be roughly estimated as 33.7, 65.3, 67.5, and 90.5 million years ago, respectively, showing the longer evolution time the more variation regions of ITS in different species of bast fiber crops in the same genus.%比较主要麻类作物和测序植物间的ITS序列,可明确它们间系统位置和进化关系.本研究采用PCR扩增和搜索GenBank数据库,获得32份麻类作物和11份测序作物的核糖体内转录间隔区(internal transcribed spacers,ITS)序列,利用MEGE软件分析ITS长度、G+C含量与同源性百分比差异.结果表明,黄麻属、红麻属、苎麻属和亚麻属的ITS 基本序列全长分别为963、939、658和686 bp;G+C含量分别为57.87%、58.03%、59.05%和53.75%.黄麻属变异区域集中在220~386 bp间,红麻属变异区域集中在2个区段(206~347 bp,599~713 bp),苎麻属ITS变异区域分布在4个区段(158~163 bp、193~199 bp、288~333 bp和681~688 bp),亚麻属ITS变异区域分布在5个区段(219~229 bp、235~240 bp、427~432 bp、468~484 bp和588~594 bp).系统位置分析表明,红麻属与棉花亲缘关系最近,黄麻与棉花亲缘关系较近;亚麻与苎麻各为一小支.系统位置分析与传统的植物分类结果较一致.研究主要麻类作物比较基因组学时,红麻、黄麻可参考棉花,苎麻可参考杨树或蓖麻.推测红麻属的进化时间约为33.7百万年前(million years ago,MYA),黄麻属约为65.3MYA,苎麻属约为67.5MYA,亚麻属约为90.5MYA.主要麻类作物进化时间越久,同属不同种之间ITS变异区段越多.【期刊名称】《作物学报》【年(卷),期】2017(043)006【总页数】13页(P862-874)【关键词】麻类作物;ITS;系统位置;进化关系【作者】张力岚;王俊;万雪贝;徐益;张列梅;方平平;祁建民;张立武【作者单位】福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室;福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心, 福建福州 350002;福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室;福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室;福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心, 福建福州 350002;福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室;福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心, 福建福州350002;福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室;福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室;福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室;福建农林大学作物科学学院/作物遗传育种与综合利用教育部重点实验室/福建省作物设计育种重点实验室;福建农林大学海峡联合研究院基因组与生物技术中心, 福建福州 350002【正文语种】中文黄麻(Corchorus spp.)、红麻(Hibiscus cannabinus)、苎麻(Boehmeria spp.)与亚麻(Linum usitatissimum)是大面积栽培的麻类作物(以下简称主要麻类作物), 与粮、棉、油、菜并列为第五大作物群, 其种植历史可追溯到远古新石器至尧舜时代[1-2]。

基于rDNA-ITS序列的天门冬拟茎点霉与相似种的系统发育关系

基于rDNA-ITS序列的天门冬拟茎点霉与相似种的系统发育关系卢松茂;陈振东;林秀香;郑少缘;余智城【摘要】芦笋茎枯病由天门冬拟茎点霉(Phomopsis asparagi)引起,为明确P.asparagi与寄生在其他蔬菜、水果和经济林木等植物上的拟茎点霉不同种之间的系统发育关系,对分离至福建漳州的P.asparagi菌株及从GenBank 下载的相关菌株的35条ITS序列进行多序列比对分析,并用Neighbor-Joining法构建系统发育树.系统发育分析结果显示:35个菌株被划分为Ⅰ、Ⅱ和Ⅲ组群;P.asparagi与葡萄拟茎点霉(P.viticola)、叶下朱生拟茎点霉(P.phyllanthicola)、杨桃拟茎点霉(P.averrhoae)、大豆茎溃疡病菌(Diaporthe phaseolorum)聚在Ⅰ组群的A亚群,它们的系统学关系最近;大豆拟茎点霉(P.longicolla)、大豆间座壳菌(Diaporthe sojae)、褐纹拟茎点霉(P.vexans)、光叶子花拟茎点霉(P.glabrae)、柑橘间座壳菌(Diaporthe citri)、黄瓜间座壳菌(Diaporthe sclerotioides)聚在Ⅱ组群,它们与P.aspargi的系统学关系较远;昏暗拟茎点霉(P.obscurans)单独聚在最远的分支上(Ⅲ组群),其与P.aspargi的系统学关系最远.【期刊名称】《江苏农业学报》【年(卷),期】2015(031)001【总页数】6页(P62-67)【关键词】天门冬拟茎点霉;拟茎点霉属;核糖体DNA内转录间隔区;分子系统学【作者】卢松茂;陈振东;林秀香;郑少缘;余智城【作者单位】福建省热带作物科学研究所,福建漳州363001;福建省热带作物科学研究所,福建漳州363001;福建省热带作物科学研究所,福建漳州363001;福建省热带作物科学研究所,福建漳州363001;福建省热带作物科学研究所,福建漳州363001【正文语种】中文【中图分类】S644.6芦笋(Asparagus officinalis L.)又名石刁柏，素有“蔬菜之王”的美称，富含多种氨基酸、蛋白质、维生素及人体所需的微量元素等［1］。

基于ITS2序列探讨兰属的DNA条形码鉴定和系统发育关系

基于ITS2序列探讨兰属的DNA条形码鉴定和系统发育关系巫伟峰;陈孝丑;陈发兴;陈春;张毅智【摘要】兰属中许多类型具有极高的观赏和经济价值,并在兰花产业中占据重要地位.由于兰属植物复杂的演化、遗传历史,f直以来分类鉴定困难,存在诸多分类学争议.近年来,快速发展的DNA条形码技术为兰属植物的分类鉴定提供了新的思路.该研究利用12个兰属本地样品和250条GenBank下载的兰科ITS2序列(其中81条属于兰属),通过BLAST1、遗传变异、建树法等分析评估了ITS2序列用于兰属植物分子鉴定的可行性,并基于建树结果探讨了兰属的系统发育关系.BLAST1结果显示,ITS2序列可以准确鉴定12个本地兰属样品的属、亚属划分,鉴定成功率达到100％;在组水平也具有较好的鉴定能力,鉴定成功率为92％,但在物种水平上的鉴别能力较差,鉴定成功率仅17％.参考库(GenBank下载的250条兰科ITS2序列)遗传变异分析结果显示,兰属ITS2序列具有很高的遗传多样性(变异率为74.9％),在属、亚属水平上能较好地区分,但在组或组下的物种水平,由于组内和组间变异、种内和种间变异存在较大重叠,鉴别能力较差.建树结果显示,ITS2序列可以将兰属中的建兰亚属、兰亚属和大花亚属明显区分开,建兰亚属与兰亚属亲缘较近,两者与大花亚属亲缘较远,同还发现莲瓣兰与春兰在系统发育树中关系紧密,结果支持DuPuy&Cribb的3亚属划分,并暗示莲瓣兰可能是春兰下的f个变种或品种(支持率为69％).综上所述,ITS2序列在兰属植物的分子鉴定上具有f定的应用价值,可作为兰属植物DNA条形码鉴定的辅助条形码.【期刊名称】《浙江农业学报》【年(卷),期】2019(031)008【总页数】10页(P1295-1304)【关键词】ITS2;兰属;DNA条形码;系统发育关系;兰科【作者】巫伟峰;陈孝丑;陈发兴;陈春;张毅智【作者单位】福建省林业科技试验中心,福建南靖 363600;贵州省植物园,贵州贵阳 550000;福建省林业科技试验中心,福建南靖 363600;福州植物园,福建福州350000;福建农林大学园艺学院,福建福州 350000;;福建省林业科技试验中心,福建南靖 363600;福建省林业科技试验中心,福建南靖 363600【正文语种】中文【中图分类】S682.31兰属(Cymbidium)是兰科(Orchidaceae)植物中最著名且分布范围最广的一类[1]，全世界约有70种，中国约有49种[2]。

基于ITS序列的植物类中药材鉴定研究及展望_许亮

[ 10] 车建, 唐琳, 刘彦君, 等. ITS 序列鉴定西红花与其易混中药材 [ J] . 中国中药杂志, 2007, 32( 8 ) : 668- 671.
[ 11] 刘春生, 白根本, 阎玉凝. 基于核 DNA ITS 序列对细辛药材的基源及分子鉴定 [ J] . 中国中药杂志, 2005, 30( 5) : 329331.
倡导将条形码编码技术应用到生物物种鉴定中, 他对动物界 11门 13320个物种的线粒体细胞色素 C 氧化酶亚基 ( Cy tocheom e c ox idase Ñ , COÑ )比较分析, 提出可以采用单一的基因片段来代表生物种, 作为物种的条形码 [ 4- 5], 因此他被称为 DNA 条形编码之父。但由于 COÑ 基因在植物中的进化速率远慢于在动物中的进化速率, 对于大多数植物不适合作为 DNA 条形码鉴定的编码基因。
从事中药生药的教学与科研研究。通讯作者: 康廷国 ( 1955 - ) , 男, 山东寿光人, 教授, 博士研究生导
群; » 应该包含足够的系统进化信息以定位物种在系统中的位子; ¼应该具有高度的保守性以便于通用引物的设计;
ቤተ መጻሕፍቲ ባይዱ
学刊
师, 研究方向: 中药品质评价与中药新药开发研究。 T e:l 0411-87586028, E-m ai:l k angtg@ lnutcm. edu. cn。
(辽宁中医药大学药学院, 辽宁大连 116600)
摘要: IT S是核糖体 DNA 上的内转录间隔区, 其序列分析已成为在分子水平上探讨科、亚科、族内关系十分
有效的手段, 在种内, IT S序列对于揭示异域分布或间断分布居群间的关系具有很大潜力, 该片段特别适合于属、

基于转录组的山茶科系统发育和全基因组复制研究

基于转录组的山茶科系统发育和全基因组复制研究Transcriptome-based phylogeny and whole-genome duplication in TheaceaeQiong Zhang中科院昆明植物研究所Xiangqin Yu and Hua Peng背景+问题：Theaceae, with three tribes and nine genera, is a family of great economic and ecological importance. Recent phylogenetic analyses based on plastid genome resolved the relationship among three tribes and the intergeneric relationships within Gordonieae and Stewartieae. However, generic level relationships within the largest tribe Theeae were not fully resolved and potential hybridization among genera within Theeae revealed previously also remains to be tested further.主要研究：Here we conducted a comprehensive phylogenomic study of Theaceae based on transcriptomes and low-depth whole-genome sequencing of 57 species as well as additional plastome sequence data from previous work.结果1：Phylogenetic analyses suggested that Stewartieae was the first-diverging clade in Theaceae, consistent withprevious study using plastomic data. Within Theeae, the highly supported Apterosperma-Laplacea clade grouped with Pyrenaria with maximum support based on the partitioned and unpartitioned concatenation analyses using the 610 low-copy nuclear genes, leaving Camellia and Polyspora as another sister genera in the tribe.结果2：PhyloNet analyses suggested one reticulation event within Camellia and Pyrenaria respectively, but no intergeneric reticulations were detected in Theeae. Another introgression was found between Gordonia lasianthus and the common ancestor of Gordonieae during the Late Oligocene. The existing land bridges (e.g. Bering land bridge) might have facilitated this ancient introgression. Further researches need to be conducted to uncover the interspecific introgression pattern within Camellia. Ks distribution analyses supported the tea family shared one whole-genome duplication (WGD) event Ad-β, which was recently mapped to the clade containing core Ericales, Primuloids, Polemonioids and Lecythidaceae.山茶科包含3个tribes和9个genera，是一个具有重要经济价值和生态价值的科。

杜鹃红山茶研究进展

杜鹃红山茶研究进展杜鹃红山茶（学名：Rhododendron simsii Planch.）是杜鹃属植物中的一种，常见于中国南部和东南亚地区。

在中国，杜鹃红山茶被广泛栽培作为观赏植物，并且其花朵具有药用价值，可以用于清热解毒、消肿止痛等功效。

近年来，随着植物研究领域的不断深入，杜鹃红山茶的相关研究也取得了一系列的进展。

本文将对杜鹃红山茶的研究进展进行一次总结和梳理，以期为相关领域的研究人员提供一定的参考和借鉴。

一、杜鹃红山茶的生物学特性研究1.1 花部特性研究杜鹃红山茶是一种常绿灌木植物，其花期一般在春季，花朵色彩丰富，花形美丽。

近年来，研究人员对杜鹃红山茶的花部特性进行了深入的研究，包括花序结构、花瓣形态、花蕊结构等方面的观察和分析。

通过对花部特性的研究，有助于更好地理解杜鹃红山茶的繁殖生物学特性，为其栽培及繁育提供科学依据。

除了花部特性，研究人员还对杜鹃红山茶的叶部特性进行了系统的研究。

叶部特性不仅包括叶片形态、叶色、叶脉特征等外部特征，还包括叶片解剖结构、叶片气孔形态、叶片化学成分等内部特征。

这些研究为进一步探讨杜鹃红山茶的生长发育机理、抗逆性机制等方面奠定了基础。

1.3 遗传多样性研究近年来，随着分子生物学和生物技术的不断发展，研究人员对杜鹃红山茶的遗传多样性进行了广泛的研究。

通过分子标记技术、DNA测序技术等手段，揭示了不同地理种质和不同类型杜鹃红山茶的遗传多样性特征，为保护和利用杜鹃红山茶的遗传资源提供了科学依据。

杜鹃红山茶的花期生理特性对其开花结果、花期延长、花朵品质等方面具有重要影响。

研究人员通过对杜鹃红山茶的花期生理特性进行研究，揭示了激素调控、光照调节、温度影响等因素对其花期生理的影响机制，为提高杜鹃红山茶的观赏价值提供了科学依据。

2.2 耐逆性研究杜鹃红山茶生长分布于高海拔山地，具有一定的耐寒性、耐旱性等逆境适应能力。

研究人员通过对杜鹃红山茶的耐逆性进行研究，发现了其抗氧化物质含量、抗氧化酶活性、膜透性等生理生化特性的变化规律，为揭示杜鹃红山茶的耐逆性机制提供了重要线索。

基于ITS序列探讨核果类果树桃_李_杏_梅_樱的系统发育关系

园　艺　学　报　2007,34(1):23-28Acta Horticulturae Sinica基于I TS序列探讨核果类果树桃、李、杏、梅、樱的系统发育关系刘艳玲,徐立铭,程中平3(中国科学院武汉植物园,武汉430074)摘　要:测定了桃属(Am ygdalus L.)8个野生种的I TS序列,并结合Gen Bank中已有的3个近缘属(李属、杏属和樱属)18个代表种的I TS数据,组成数据距阵,应用P AUP程序中的最大简约法构建了核果类果树桃李杏梅樱的系统发育关系。

结果表明:基因树上,桃李杏梅樱类植物被分成2大分支,樱属(Cerasus M ill.)各个种构成一单系分支(CladeⅠ),并与其余各属构成另一单系分支,形成姊妹群关系位于系统发育树的基部,自展支持率分别为68%;而李属(Prunus L.)、杏属(A r m eniaca M ill.)和桃属(Am ygdalus L.)聚在一起构成另一个单系分支(CladeⅡ),得到了Bootstrap值的有力支持(100%),表明它们三属之间可能存在很近的亲缘关系或具有共同的起源。

在CladeⅡ分支内又分成两支,一支为桃属,一支为李属和杏属,其自展支持率为100%和54%。

最后根据I TS基因树并结合各属的形态特征及地理分布讨论了核果类果树的进化和分类问题。

关键词:核果类;系统发育;桃;李;杏;梅;樱中图分类号:S662 文献标识码:A 文章编号:05132353X(2007)0120023206Phylogeneti c Ana lysis of Stone Fru its Such a s Peach,Plum,Apr i cot,M u m e and Cherry Ba sed on I TS SequencesL I U Yan2ling,XU L i2m ing,and CHE NG Zhong2p ing3(W uhan B otanical Garden,the Chinese A cade m y of Sciences,W uhan430074,China)Abstract:The internal transcribed s pacer(I TS)regi ons of nuclear ribos omal DNA fr om8s pecies of Am ygdalus L.were sequenced,and analyzed t ogetherwith other I TS sequences(fr om Gen Bank)of18s pecies rep resenting genera Cerasus M ill.,A r m en iaca M ill.,and P runus L.Taking Padus race m osa(La m.)Gilib. and Padus buergeriana(M iq.)Y et Ku as outgr oup s,phyl ogenetic analysis of I TS sequences was made by using P AUP410b4a s oft w are.Resusts indicated that1)The consensus tree could be divided int o t w o main clades,Cerasus M ill.and the re maining genera,supported by bootstrap values of68%and100%,res pective2 ly.2)Species of Cerasus M ill.f or med a basal gr oup(CladeⅠ).P runus L.,A r m eniaca M ill.and Am ygda2 lus L.f or med a monophyletic gr oup(CladeⅡ)with bootstrap value of100%,which i m p lied that they had cl ose relati onshi p s with each other and p r obably had a common origin.CladeⅡwas divided int o t w o subcla2 des.One was Am ygdalus L.,and the other was P runus L.and A r m eniaca M ill.Bootstrap values for these t w o subclades were100%and54%,res pectively.The evoluti onal and taxonom ic relati onshi p s of st one fruits were discussed based on the phyl ogenetic analysis of I TS sequences,mor phol ogical characters and geographical dis2 tributi on.Key words:St one fruits;Phyl ogeny;Peach;Plu m;Ap ricot;Mu me;Cherry收稿日期:2006-06-01;修回日期:2006-09-27基金项目:中国科学院知识创新工程方向性项目(KSCX22S W2320);湖北省武汉市晨光计划项目(985003074)3通讯作者Author f or corres pondence(E2mail:chenz p@r ose1whi ob1ac1cn)感谢华中农业大学作物遗传改良国家重点实验室石磊博士、张伟硕士,武汉大学生命科学学院植物系统学与进化生物学研究室陈进明博士在试验过程中给予的大力支持与帮助。

基于ITS序列的梅花草属Parnassia L.系统发育初步研究

国植物志》以及西藏、四川、内蒙古、青海、秦岭等各地方植物志的完成，使该属及属下分类单元的划分
和系统演化更为清晰。２００５年吴丁对梅花草属的
分类系统学进行了详细的研究，并提出了一个将梅
法的改进，大量分子序列数据的不断累积，越来越
基于ＩＴＳ序列的梅花草属ＰａｒｎａｓｓｉａＬ．系统发育初步研究
柏梦焱，李亚茹，朱琼洁，叶成超，刘硕然
（大理大学农学与生物科学学院，云南大理６７１００３）
［摘要］基于ＩＴＳ序列，采用３种构树方法对梅花草属ＰａｒｎａｓｓｉａＬ．植物３Ｏ个种的系统发育进行了研究，分析了梅花草属分类系
统关系与虎耳草科相距甚远，而与卫矛科构成姊妹群，同属于卫矛目阻卜。显然，分子系统学研究与以
往主要根据形态学研究的结果有很大的差异。《中
于争议状态。根据形态学的研究，梅花草属处于
一
个难以确定的系统位置，系统分类差异大，或
统的合理性；分析了３对有争议物种的亲缘关系：绿花梅花草ＪＰ－ｖｉｒｉｄｌｏｆｉｒａ与三脉梅花草Ｐｔｒｉｎｅｒｖｉｓ、类三脉梅花草Ｐｐｕｓｉｌｌａ与中国梅花草尸Ｊｃｈｉｎｅｎｓｉｓ、中国梅花草ＰＣｈｉｎｅｎｓｉｓ与高山梅花草尸．ｃａｃｕｍｉｎｕｍ。结果表明：采用贝叶斯推理构建出的系统发育树在拓扑结构上表现出最高的稳定性；佐证了当前梅花草属植物分类系统的合理性；虽然绿花梅花草和三脉梅花草的ＩＴＳ序列同源性达９９．１％，但在形态学分类尚未作出改变前，仍需要进一步确定两者的亲缘关系；分子分析手段只能推断类三脉梅花

三种药用红树植物rDNA ITS序列的初步研究的开题报告

三种药用红树植物rDNA ITS序列的初步研究的开题报告【摘要】红树植物是一种特殊的生态系统，在其泥滩林生态系统中，居住着丰富的动物和植物，同时也供人们进行药用。

在此，我们选取了三种常用的红树植物进行研究，分别是海桑、红豆杉和大青。

通过对这三种植物的rDNA ITS序列分析，探讨其分子来源的分析方法，为进一步的药用价值的开发提供理论基础和技术支持。

【关键词】红树植物；rDNA ITS序列；药用价值【研究背景】红树植物是一种生长在沿海泥滩上的植物，其所在的红树林生态系统被认为具有重要的生态功能。

红树植物的药用价值已有历史记录，同时也有一定程度的现代研究基础。

然而，红树植物的种类较多，如何从中筛选出有药用价值的种类成为了目前的研究热点。

随着分子生物学技术的发展，分析植物基因序列成为了研究的重要手段。

其中，rDNA ITS序列有较高的多样性和变异性，是区分植物亚种和种的关键序列。

对于红树植物而言，能够通过rDNA ITS序列研究来探讨其分类学和分子来源，为药用价值的开发提供更为靠谱的依据。

【研究内容】本研究选取三种具有较高药用价值的红树植物，分别是海桑、红豆杉和大青。

通过PCR方法提取其总DNA，扩增rDNA ITS序列，并进行纯化和测序，得到高品质的基因序列数据。

针对所获得的序列数据，我们将进行多样性分析、进化关系研究和系统发育重构。

比较三种植物中rDNA ITS序列的异同之处，并探讨这种差异在分类学和分子来源上的意义。

【研究意义】本研究旨在通过对红树植物的rDNA ITS序列分析，为筛选出优良药材品种提供技术支持。

同时，对红树植物种类之间的分类学和分子来源的研究，可以更好地了解红树林生态系统的形成和演化历史。

本研究结果还可为今后红树植物的保护与繁殖提供一定的理论基础。

山茶属茶组植物分子系统学初步研究的开题报告

山茶属茶组植物分子系统学初步研究的开题报告一、研究背景和意义：山茶属是茶科植物中的一个重要组成部分，也是一些重要的观赏和经济作物。

然而，至今之前，该属茶组的分类学和系统发育研究仍处于较为初级的阶段。

因此，进一步的系统学研究能够加深我们对该属物种多样性、进化历程以及生物地理学关系的认识，同时也将有助于开发新的资源和导向农艺学和经济学上的应用。

二、研究目的：1、通过基于分子标记的系统发育学分析，探究山茶属茶组不同物种之间的亲缘关系、进化中的关键事件，以及不同分类单元之间的联系；2、检测山茶属茶组不同物种之间的亲缘关系的一致性和可靠性，旨在解决现有的分类学争议和建立更为可靠和全面的分类单元；3、为山茶属茶组的保护和利用提供基础支持和科学依据。

三、研究内容：通过分析分子标记数据，建立山茶属茶组植物的系统发育关系，并进一步研究不同分类单元在进化过程中的结构和演化历史，探究其受到的环境和地理因素的影响；利用构建的系统发育关系，解决现有的分类学争议，优化该属茶组的分类单元；并对现有分类单元的生物学特性、分布范围、保护状况、经济利用价值等方面进行分析研究。

四、研究方法：1、采集山茶属茶组植物样本，提取DNA，利用PCR技术扩增核糖体DNA (ITS)和叶绿体DNA (trnL-trnF和matK)基因片段；2、通过PCR扩增出得到的PCR产物进行测序，并进行序列编辑和最终校正；然后利用最近邻连锁、最大简约法、臂长技术、贝叶斯技术等，对多个因素的分子数据集进行计算处理；3、利用分子系统发育学方法分析分子标记数据，建立山茶属茶组植物的系统发育关系，分析不同分类单元之间的关系；4、结合野外调查、生态学等现场观测和同功酶等多种方法，对现有的分类单元进行验证和优化；5、根据系统发育和分类单元的结果，在生物地理、繁殖系统和形态解剖学等层面，验证山茶属茶组植物的特性和进化历程。

五、研究预期结果：本研究将对山茶属茶组植物的多样性、进化历程和分类体系进行系统研究，得到基于分子标记数据的系统发育树，建立更为可靠和全面的分类单元，推进该属茶组的分类学和进化学研究。

利用ITS序列探讨锦鸡儿属（CaraganaFabr．）植物系统关系

利用ITS序列探讨锦鸡儿属（CaraganaFabr．）植物系统关系康红梅;白娟;陈康;王刚【期刊名称】《农业科学与技术（英文版）》【年(卷),期】2012(013)001【摘要】[目的]通过使用NRLT序列来探索Cara-gana（Fabaceae）的系统发育关系。

[方法]核核糖体DNA（NRDNA）的内部转录间隔（ITS）核核糖体DNA （NRDNA）的序列来自撒格纳物种和七个近亲（所有属于Astralinae （Astralinae（Adens）Benth）用于系统发育分析。

[结果]整个地区的长度在撒格纳物种中的611至614英镑。

拼癌的排序序列NRLT为655 bp，170个点是可变的，107个系统发育信息。

系统源性信息位点是总对齐序列的16.3％。

其序列数据可用于解决Caragana内的较低分类水平的一些关系。

Caragana Fabr。

不是一个与Calophaca Tianschanica非常密切的单巧妙的组。

其数据透露了派系的物种。

曲囊分散在MP树或我树中。

虽然C. Ordosica的形态学与C.Ibetica类似，但其结果显示出对C. Roborovskyi的意外密切相关。

其数据还表明了C.达维拉望菌，C.Korshinskii，C.介质和C. microphylla是不同的物种。

[结论]其序列在探索Cara-gana的关系方面具有重要的参考价值。

％[不合]利用它的序列序列锦鸡儿属（caraganafabr。

）植物系统关键词。

[方法]以以儿属11个系29种为代表材料，选择性扩增nrits序列序列双向，含有吻合亚麻阿尔特罗纳（adens）benth其他6属7个代表种的nrlts序列进进约性约性约性约性进进大简写（mp）和最小莴苣（me）的系统发球[结果]锦鸡儿含有物质在611-614bp之间，与外类群排序后长度为655bp，共有170次可信子位，简体信息位点在总排序序列中达16.3％，可以为属内及空间系统锦鸡提供有力的分子证据;锦鸡儿属在发表上不是一个单位，与丽豆属（c <dophacafish.exdc。

山茶属山茶组的细胞地理学研究

山茶属山茶组的细胞地理学研究近年来，细胞地理学的研究成果在植物系统分类和性状研究领域发挥着重要作用。

因此，研究山茶属的细胞地理学变异具有重要意义，可以为植物系统分类和种系演化提供科学合理的解释和证据。

山茶属是中国最重要的植物之一，它在中国古代文明中扮演着重要角色。

它是中国民族花木分类中的一个重要类群，也是中国花卉园艺文化的重要组成部分。

山茶属植物叶器官中的细胞地理学变异对生态过程、植物分类和种系演化具有重要意义。

细胞地理学定位鉴定和比较叶表皮的特征，可以揭示不同山茶属植物的进化和演化关系，从而为生态系统保护和种系维护提供重要依据。

为了深入了解山茶属细胞地理学变异的分布特征，本研究对20种山茶属植物的叶表皮特征进行了测量和比较。

叶表皮的形态和特征被视为植物系统分类和种系起源演化的重要标志。

在本次实验中，我们采用了扫描电镜（SEM）、显微镜、电子显微分析和细胞分析等技术，对山茶属植物叶表皮的细胞变异进行了全面的详细分析。

实验结果显示，山茶属植物之间的细胞变异体现在叶表皮形态和抗性特征上，主要表现为表皮细胞大小和细胞纹理差异。

此外，研究还发现，山茶属植物表皮细胞变异的分布特征与植物的种类和分布有关。

以上实验结果表明，山茶属植物之间存在着一定程度的细胞变异，这为植物系统分类和种系演化提供了科学有效的参考。

山茶属植物叶表皮细胞的变异也是未来研究的重要方向。

研究人员可以通过更深入的细胞地理学研究，更准确地建立山茶属植物的进化谱系，以期为植物分类和生态系统保护提供科学依据和指导。

总之，本研究证明，山茶属植物的叶表皮细胞变异具有重要的研究价值，可以为植物系统分类和种系演化的研究提供重要的科学依据。

有关细胞地理学的进一步研究可以帮助我们更加深入地了解山茶属植物的进化谱系，从而为植物分类和保护提供科学有效的借鉴和指导。

云南山茶（Camellia reticulata）nrDNA ITS序列多态性分析

云南山茶（Camellia reticulata）nrDNA ITS序列多态性分析周阿涛;岳亮亮;李旻;刘迪秋;丁元明【期刊名称】《植物科学学报》【年(卷),期】2013(000)001【摘要】对云南山茶（Camellia reticulata）8个品种的核核糖体DNA内转录间隔区（nrDNA ITS）进行克隆测序,将获得的ITS序列进行GC含量、5.8S区二级结构的稳定性、替代模式、核苷酸多样性及系统发育关系的相关分析。

实验结果显示,云南山茶8个品种的ITS序列存在丰富的基因组内多态性,同时包含中性进化的假基因,表明其ITS序列逃离了一致性进化。

云南山茶ITS序列多态性的原因可能来自广泛的种间杂交,以及rDNA位点在基因组中有不确定的物理位置。

ITS假基因为品种的物种形成研究提供了更全面的遗传证据,同时也提示了利用ITS假基因进行系统发育分析可能会对其真实的系统关系造成影响。

【总页数】10页(P1-10)【作者】周阿涛;岳亮亮;李旻;刘迪秋;丁元明【作者单位】【正文语种】中文【中图分类】Q941.1【相关文献】1.云南山茶(Camellia reticulata)nrDNA ITS序列多态性分析 [J], 周阿涛;岳亮亮;李旻;刘迪秋;丁元明2.Camellia nitidissima与C.petelotii之间的关系研究——来自nrDNA ITS的证据 [J], 唐绍清;钟扬;施苏华;张宏达3.Differences in leaf physiological and morphological traits between Camellia japonica and Camellia reticulata [J], Ji-Hua Wang;Yan-Fei Cai;Shi-Feng Li;Shi-Bao Zhang4.Differences in leaf physiological and morphological traits between Camellia japonica and Camellia reticulata [J], Ji-Hua Wang;Yan-Fei Cai;Shi-Feng Li;Shi-Bao Zhang5.Differences in leaf physiological and morphological traits between Camellia japonica and Camellia reticulata [J], Ji-Hua Wang;Yan-Fei Cai;Shi-Feng Li;Shi-Bao Zhang因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

关于ITS序列的一些看法

在rDNA 基因中，ITS是 rDNA 中介于 18S和 5.8S之间( ITS1)以及 5.8S和26S之间( ITS2)的非编码转录间隔区. ITS1 和 ITS2 序列比 18S和 5.8S序列进化速率快 , 一般用于研究被子植物属内及亲缘关系较近的属间关系以及种间甚至居群间的系统关系.在“基于ITS序列探讨山茶属金花茶组的系统发育关系”这篇论文中，指出ITS 区序列比 RAPD 分析更适于用于分析亲缘关系较近的种间系统关系研究,该序列分析结果更能反映植物种间系统关系。

“基于核rDNA的ITS序列在种子植物系统发育研究中的应用”与“中国苋属nrDNA 的ITS序列分析及其系统学意义”两篇文章中同样反应了这个问题。

因此ITS序列主要用于种间和近源属间等较低分类等级的系统发育研究 , 一般较少用于较高分类等级的系统发育研究.
从目前分子系统学研究的基因序列来看 , rDNA 和cpDNA 均具有高度保守区、间断的序列较短、利于进行 PCR 扩增 , 是十分有效的用于系统发育分析的DNA 片段. 同时rDNA 来源于核基因组 , 避免了cpDNA 由于单性遗传对分支分析造成的影响 , 对探讨网状进化及物种形成的进化机制是有力的证据 , 也用来探讨科内不同等级的系统发育和分类问题 , 包括科的界限和科内属间关系、属下分类系统、近缘种关系甚至种下等级划分. 虽然 rDNA 序列分析具有许多优势 , 但由于现存的被子植物及其一些近缘类群在整个植物分化历史上只占很小的一部分 , 大量的演化环节仍然缺失 , 因此分子系统学不可能从根本上解决植物的起源进化问题 , 必须结合比较形态学、化学分类学、古植物学等学科的研究成果以积累植物起源及演化方面更多的证据 , 最终建立以植物类群谱系亲缘关系为基础的自然分类系统.。

山茶属植物ITS的扩增及其序列特征分析

山茶属植物ITS的扩增及其序列特征分析尤欢;周阿涛;岳亮亮;寸东义;丁元明【期刊名称】《植物研究》【年(卷),期】2014(34)3【摘要】以山茶属(Camellia)植物为实验材料,通过在PCR反应液中加入二甲基亚砜(DMSO)来改进ITS区的扩增效果,并对获得的序列进行了相关的比较分析以及系统发育分析。

分析结果表明:(1)PCR反应液中添加4%的DMSO能明显提高ITS的扩增效率,并能有效防止ITS假基因的扩增;(2)与功能拷贝相比,ITS假基因序列的ITS1和ITS2区存在多处碱基缺失,GC含量明显偏低,5.8S区二级结构稳定性降低;(3)应用ITS假基因进行种水平的系统发育分析会对其真实的系统关系造成影响,提示进行系统进化研究时应警惕假基因的干扰。

【总页数】6页(P403-408)【关键词】DMSO;ITS;山茶属;假基因【作者】尤欢;周阿涛;岳亮亮;寸东义;丁元明【作者单位】云南农业大学植物保护学院;云南出入境检验检疫局;昆明理工大学生命科学与技术学院【正文语种】中文【中图分类】S685.14【相关文献】1.绿绒蒿属藏药植物ndhF和rbcL序列片段特征分析 [J], 屈燕;赵琬玥;区智;冷秋思;熊健2.几种因素对山茶属植物RAPD分析的DNA扩增的影响 [J], 唐绍清;施苏华;林海波3.茶树cpDNA测序及基于cpDNA序列的山茶属植物亲缘关系研究 [J], 陈春梅;马春雷;马建强;刘声传;陈亮4.山茶属植物EST-SSR序列分析 [J], 董存丽;将昌杰;罗燕英;邱璐;寇国艳;罗春梅;张燕;杨海艳;范树国;陈迁进;于建功;绍胜富5.随机扩增多态性DMA技术与简单序列重复标记法探讨部分黄精属药用植物亲缘关系的研究 [J], 周晔;唐铖;张攻;李佩孚;王润玲因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。

东北地区4种兰科植物及其菌根ITS序列分析与其培养体系的建立的开题报告

东北地区4种兰科植物及其菌根ITS序列分析与其培养体系的建立的开题报告题目：东北地区4种兰科植物及其菌根ITS序列分析与其培养体系的建立摘要：兰科植物在观赏价值和药用价值方面均具有重要意义，但其繁殖困难，生长缓慢，生态环境要求高等问题是限制其应用的瓶颈。

而菌根技术可以有效提高兰科植物的生长速度和养分吸收能力，因此开展兰科植物与其菌根关系的研究具有重要的意义。

本研究选取东北地区4种兰科植物进行菌根ITS序列分析，同时建立适合其生长的培养体系，为进一步研究兰科植物的菌根生长提供理论基础和技术支持。

关键词：兰科植物；菌根；ITS序列；培养体系一、研究背景与意义兰科植物是一类具有重要观赏和药用价值的植物，但由于其繁殖困难、生长速度缓慢、对环境要求较高等问题，限制了其应用范围。

而菌根技术可以有效提高植物的生长速度和养分吸收能力，尤其是对于兰科植物，菌根技术的应用更为重要。

因此，开展兰科植物与其菌根关系的研究，对于兰科植物的生产和应用具有重要意义。

二、研究内容与方法1. 研究对象本研究选取东北地区4种兰科植物作为研究对象，分别为：大花蕙兰（Phalaenopsis amabilis）、文心兰（Paphiopedilum armeniacum）、蝴蝶兰（Cymbidium aloifolium）、斑叶兰（Dendrobium nobile）。

2. 菌根ITS序列分析利用PCR技术对4种兰科植物的根系进行扩增，并对扩增产物进行测序，得到其ITS序列。

对ITS序列进行比对和系统发育树构建，分析不同兰科植物与其菌根的亲缘关系。

3. 培养体系建立根据不同兰科植物的特性和菌根要求，设计合适的培养基和生长条件，建立适合兰科植物菌根生长的培养体系。

三、研究预期成果1. 确定4种兰科植物与其菌根的亲缘关系，为了解兰科植物的菌根生长提供理论基础。

2. 为不同兰科植物菌根培养提供技术支持和指导，建立适合兰科植物菌根的培养体系，提高兰科植物的生长速度和养分吸收能力。

赖草属物种的its序列变异及其系统推断

赖草属物种的its序列变异及其系统推断赖草属（Poaceae）是禾本科的一个大属，包括了众多具有重要经济价值和生态意义的物种。

ITS序列（Internal Transcribed Spacer）是植物核糖体DNA（rDNA）中的一个关键区域，具有种间和种内变异。

研究赖草属物种的ITS序列变异对于了解其系统发育关系和分类具有重要意义。

目前已经有很多研究对赖草属物种的ITS序列进行了分析。

这些研究主要集中在以下几个方面：1. 序列变异分析：通过对不同物种的ITS序列进行PCR扩增和测序，发现赖草属物种间的ITS序列存在一定的变异。

这些变异可用于鉴别不同物种，并为物种的分类和系统发育提供依据。

2. 分子系统学分析：基于ITS序列的分子系统学研究揭示了赖草属物种的进化关系。

例如，研究发现赖草属可分为若干个分支，而这些分支之间的亲缘关系与形态学、生态学等特征密切相关。

3. 遗传多样性分析：通过对ITS序列变异的研究，可以了解赖草属物种的遗传多样性。

这对于种质资源保护和遗传改良具有重要意义。

4. 物种鉴定：ITS序列变异可用于物种鉴定，尤其在赖草属这类形态特征相近的物种中，ITS序列分析具有较高的准确性。

然而，ITS序列研究也存在一些局限性。

例如，由于序列长度较短，ITS序列变异有时不足以明确划分物种。

此外，不同物种间的序列变异程度也可能存在差异，导致部分物种难以区分。

因此，在研究赖草属物种的ITS序列变异时，需结合其他分子标记和形态学等证据，以更准确地揭示其系统发育关系。

总之，赖草属物种的ITS序列变异及其系统推断研究对于理解该属物种的进化关系、分类和种质资源保护具有重要意义。

然而，还需进一步探讨其他分子标记和多种数据来源的整合，以提高研究准确性。

基于叶绿体DNA的山茶属植物的分子系统学和生物地理学初探

基于叶绿体DNA的山茶属植物的分子系统学和生物地理学初探山茶属(Camellia)是山茶科(Theaceae)最大的一个属,也是较为原始的一个属。

根据经典的分类学方法,目前主要包括Sealy分类系统、张宏达分类系统和闵天禄分类系统,然而这三个分类系统在亚属(subgenus)、组(section)、种(species)的划分上一直存在较大的争议。

因此,进一步的结合分子系统学技术和形态学数据研究山茶属内的系统发育关系仍有重要的意义。

1)山茶属植物的系统发育与分类通过对山茶属植物样本采集,我们获得山茶属下4个亚属16个组,共计164个物种的实验样本。

以大头茶属的(Gordonia longicarpa H.T.Chang,G.acuminata Chang)和石笔木属的(Tutcheria hexalocularia Hu et Liang ex Chang)代表物种作为外类群。

通过分子生物学技术手段获取山茶属叶绿体(mat K,rbc L,ycf1,trn L-F)的基因片段,并采用三种系统发育数据分析方法(最大简约法、最大似然法以及贝叶斯推断)对山茶属植物的系统关系进行了研究。

分子系统发育分析构建的系统树主要分为A-M共13个分支:A和B分支主要由红山茶组物种组成,C和I分支基本由连蕊茶组成,毛蕊茶组物种也分布在这两个分支中;D和J基本由茶组构成;F基本为短柱茶组物种;G和M基本为糙果茶组物种;H分支主要为瘤果茶组物种,还包含了大部分半宿萼茶组;K和L则基本为金花茶组物种,以上结果表明张宏达依据形态学处理的分组均不为单系。

但由于多数系统发育树主要分支间互为平行,分支之间的系统发育仍未得到很好解决。

2)山茶属的祖先特征重建选取山茶属内的4个具有代表性的形态特征性状,采用无序简约法,并利用MESQUITE 3.11软件对山茶属的祖先特征进行历史重建。

研究结果揭示了山茶属的祖先特征为具长花梗,苞被分化,雄蕊基部合生,花柱不同程度合生(先端3裂或5裂)。

基于ITS技术的11个茶花品种遗传多样性分析

基于ITS技术的11个茶花品种遗传多样性分析董洋龙;於林江;周拓;郑红玉;王晓锋【期刊名称】《中国农学通报》【年(卷),期】2013(29)13【摘要】为了探索温州特色山茶花品种遗传多样性,采用核糖体转录间隔区（internal translation spacer,ITS）序列分析技术,对11个样品基因组DNA进行了ITS-PCR扩增、多重序列比对及种系发生等研究。

结果表明,11个样品所扩增的ITS序列位于640~668bp之间（含ITS1、5.8S、ITS2）,而且具有较高的序列一致性和位点多态性;基于N-J（邻接法）和ME（最小进化法）（MEGA5.0,Bootstrap,1000）所构建的种系发生树表明：11个样品中,样品＇十景牡丹＇单独成支,其余10个样品聚类一起;在10样品分支中,2个样品（＇粉丹＇和＇六角大红＇）形成1个亚分支,其余8个样品形成另1个亚分支。

本研究显示：11个样品中,＇十景牡丹＇遗传距离最远,＇粉丹＇和＇六角大红＇遗传距离次之,而其余8个样品遗传关系比较近（其中,样品＇复色倚阑娇＇与＇立春八宝＇＇、狮子笑＇＇、无暇玉＇＇、粉霞＇、＇大东方亮＇、＇玛瑙＇＇、胭脂莲＇等样品遗传距离依次降低）;两种种系发生树（N-J、ME树）树型结构高度一致,揭示了所构建的种系发生树比较接近11个样品间的真实遗传关系。

【总页数】5页(P145-149)【关键词】茶花;ITS;遗传多样性【作者】董洋龙;於林江;周拓;郑红玉;王晓锋【作者单位】温州大学生命与环境科学学院【正文语种】中文【中图分类】Q37;Q75【相关文献】1.基于RAPD技术的韭菜品种间遗传多样性分析 [J], 李万昌;乔保建;王俊伟;余娇娇2.基于SSR技术分析陕西省玉米主栽品种的遗传多样性 [J], 赵静;孙娟;张仁和;薛吉全3.基于SNPs全基因组测序技术对泰国辣椒地方品种遗传多样性分析和辣椒素含量关联分析 [J], Wassana Kethom; Pumipat Tongyoo; Orarat Mongkolporn4.基于RAPD技术的红花品种遗传多样性分析 [J], 闫诚;高武军;刘林;邓传良;孙富丛;卢龙斗5.基于DNA分子标记技术研究的10个特色茶花品种遗传差异分析 [J], 王晓锋;陈根金;郑红玉;叶海仁;郑蔚虹因版权原因，仅展示原文概要，查看原文内容请购买。