血浆游离DNA的STR分型检测研究_陈阳

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孕妇血浆中游离胎儿DNA在产前诊断中的初步应用

孕妇血浆中游离胎儿DNA在产前诊断中的初步应用
mae ft s I 1 ma e a l s a fo l e u . n 7 tr l p a m s rm 1 p e n n n 8 r g a t wome t f mae f t , o l te AT g ne e e c s n wi h e l eus ny h L1 e s qu n e wa
a n e n l o to.Re u t T e S e e s q e c sd tce n2 tr a pa ma o 2 r g a t o n w t n i tr a n r1 c sl s h RY g n e u n ewa ee td i 6 mae l ls sf m 8 p e n n me i n r w h
例孕妇血浆 中胎儿 D A, N 用巢式聚合酶链反应 ( C 技术 扩增其胎 儿 S Y基 因, P R) R 并引入 内参照基 因 A L 特 异 T1 2 8例孕男胎的孕妇 血浆 中有 2 6例经巢式 P R扩增 出 S Y基 因,8例孕女 胎的孕妇 血浆 中有 1 C R 1 7 应用孕妇血浆中胎儿 D A作产前诊断灵敏度和特异度较 高 , N 是一种非创伤性产前 诊断 例经巢式 P R只扩增 出 A L C T 1基 因。灵 敏度 和特 异度 分别 为 9 . % ( 62 ) 9 . % (7 1 ) 总符合 率 为 2 9 2/8 和 44 1/ 8 , 9 . %( 34 ) 3 5 4 / 6 。结论 方法 , 有广 泛的临床应用前景 。 具 关键词 : 胎儿 D A; N 巢式聚合 酶链 反应 ; 产前诊断
A src: jcie T vsgttef s it of e e l N o tra pam o — vs e rnt btat Obet o net a aily fr t Af m ma n l l ai nni ai eaa v i i e h e b i e f a D r e s n n vp l

str鉴定报告

str鉴定报告

str鉴定报告STR鉴定报告概述STR(Short Tandem Repeats)是一种广泛应用于人类遗传学和法医学领域的分子生物学技术。

本报告旨在通过STR分型结果对样本进行鉴定和分析。

样本信息本次鉴定样本为一名男性,姓名为张三,身份证号码为XXX。

样本来源于公安机关委托进行亲子关系鉴定。

实验方法采用PCR扩增技术,选用ABI 3500 Genetic Analyzer进行电泳分离和检测。

选取15个STR位点进行检测,包括D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、TH01、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、vWA、TPOX、FGA、AMEL和Yfiler。

结果解读通过电泳图谱可得到如下结果:位点名称等位基因大小(bp)D8S1179 13, 14D21S11 29, 30.2D7S820 10, 11.2CSF1PO 10, 12D3S1358 15, 17TH01 6, 7.2D13S317 11, 12.1D16S539 10, 13.3D2S1338 17, 20.2D19S433 13, 14.2vWA 16, 18TPOX 8, 11FGA 22, 25.2AMEL X,YYfiler DYS391:10, DYS389I:13, DYS439:12, DYS389II:30,DYS438:12根据上述结果,可以得出以下结论:1. 样本中15个STR位点均能够得到等位基因大小,说明样本质量良好。

2. 样本与被鉴定人母亲的等位基因大小均不一致,排除了被鉴定人与母亲之间的亲子关系。

3. 样本与被鉴定人父亲的等位基因大小在所有15个STR位点均一致,说明样本与被鉴定人父亲之间存在父子关系。

结论根据以上分析结果,可以得出以下结论:1. 样本为一名男性,身份证号码为XXX。

2. 样本与被鉴定人母亲之间不存在亲子关系。

3. 样本与被鉴定人父亲之间存在父子关系。

str检测方法和原理

str检测方法和原理

str检测方法和原理DNA序列是生物体内遗传信息的载体,对DNA序列进行检测和分析对于生物学研究和医学诊断具有重要意义。

其中,str(short tandem repeat)是一种常用的DNA序列标记方法,它通过检测DNA中特定的短串重复序列来进行个体鉴定、亲子鉴定等。

本文将介绍str检测的方法和原理。

首先,我们来介绍str检测的方法。

str检测方法主要包括PCR扩增、毛细管电泳分析和数据解读三个步骤。

PCR扩增是str检测的第一步,它利用引物特异性地扩增DNA中的str区域。

在PCR反应中,引物的选择非常重要,引物需要与目标DNA序列的两侧结合,并且引物的长度和碱基序列需要设计得恰到好处,以确保扩增出特异性的str片段。

接下来是毛细管电泳分析,PCR扩增后的DNA片段需要进行毛细管电泳分析,通过电泳仪器将DNA片段按照大小进行分离和检测。

毛细管电泳是一种高效、快速、准确的分析方法,可以有效地分离不同长度的DNA片段,并且可以通过荧光标记的方法对不同的str片段进行检测。

最后是数据解读,通过毛细管电泳分析得到的数据需要进行解读和分析。

根据不同长度的str片段出现的峰值,可以对个体进行鉴定和分析。

在数据解读的过程中,需要结合数据库中的str信息进行比对和分析,以确定个体的str类型和数量。

接下来,我们来介绍str检测的原理。

str是由短串重复序列组成的DNA片段,它通常由2-6个碱基组成的重复单元构成。

在人类基因组中,不同个体的str片段长度和重复单元的数量都存在差异,这种差异性为str检测提供了基础。

通过PCR扩增和毛细管电泳分析,可以将这些差异性进行检测和分析,从而实现个体鉴定和亲子鉴定等应用。

总之,str检测是一种重要的DNA序列标记方法,它通过PCR扩增、毛细管电泳分析和数据解读来实现对DNA序列的检测和分析。

通过对str检测的方法和原理的深入了解,我们可以更好地应用这一技术,并且为生物学研究和医学诊断提供更多的可能性。

血浆游离dna定量测定方法

血浆游离dna定量测定方法

血浆游离dna定量测定方法
血浆游离DNA的定量测定方法主要包括以下步骤:
1. 样本采集:采集血液样本,离心分离出血浆,并取一定量的血浆用于后续检测。

2. DNA提取:利用特定的DNA提取试剂盒或吸附柱,从血浆中提取游离DNA。

这一步中,需要选择合适的DNA提取方法,以确保DNA的纯度和回收率。

3. 定量检测:利用荧光定量PCR(聚合酶链式反应)技术或数字PCR技术,对提取出的游离DNA进行定量检测。

这些技术可以根据DNA的浓度和扩
增情况,计算出血浆中游离DNA的含量。

4. 数据分析:对检测结果进行分析,计算出游离DNA的浓度或相对比例,并评估其与疾病或其他指标的相关性。

请注意,以上步骤仅为一般性描述,实际操作中可能因实验条件、仪器设备及试剂等不同而有所差异。

此外,为了确保检测结果的准确性和可靠性,建议在专业实验室进行血浆游离DNA定量测定,并遵循实验室的安全操作规范。

一种检测血浆游离DNA中KRAS基因突变的试剂盒及方法[发明专利]

一种检测血浆游离DNA中KRAS基因突变的试剂盒及方法[发明专利]

(19)中华人民共和国国家知识产权局(12)发明专利申请(10)申请公布号 (43)申请公布日 (21)申请号 201710498967.0(22)申请日 2017.06.27(71)申请人 郴州市第一人民医院地址 423000 湖南省郴州市罗家井102号(72)发明人 罗迪贤 罗伟濠 肖莉 蒲汪旸 胡政 贺荣章 李佳 段丽丽 刘璇 王凤娇 张佳 李凯 (74)专利代理机构 长沙正奇专利事务所有限责任公司 43113代理人 马强 周栋(51)Int.Cl.C12Q 1/68(2006.01)(54)发明名称一种检测血浆游离DNA中KRAS基因突变的试剂盒及方法(57)摘要本发明一种检测血浆游离DNA中KRAS基因突变的试剂盒及方法,所述试剂盒中含有特异性引物对和耐高温的限制性内切酶;所述特异性引物包括序列如SEQ ID NO.1所示的正义引物和序列如SEQ ID NO.2所示的反义引物;所述耐高温的限制性内切酶Bsr Ⅰ内切酶。

采用本发明所述检测KRAS基因突变的试剂盒和检测方法检测KRAS基因突变,可提高突变检测的灵敏度,减少样本使用量,有利用临床使用和推广。

权利要求书1页 说明书3页序列表1页CN 107151706 A 2017.09.12C N 107151706A1.一种检测血浆游离DNA中KRAS基因突变的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中含有特异性引物对和耐高温的限制性内切酶;所述特异性引物包括序列如SEQ ID NO.1所示的正义引物和序列如SEQ ID NO.2所示的反义引物;所述耐高温的限制性内切酶Bsr Ⅰ内切酶。

2.如权利要求1所述的试剂盒,其特征在于,所述试剂盒中还含有高保真DNA聚合酶和PCR常规组件。

3.如权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,所述高保真DNA聚合酶为HotStarTaq Plus DNA聚合酶。

4.如权利要求2所述的试剂盒,其特征在于,所述PCR常规组件包括dNTP混合液、含镁离子的PCR反应缓冲液、去离子水。

血浆游离dna参考区间-概述说明以及解释

血浆游离dna参考区间-概述说明以及解释

血浆游离dna参考区间-概述说明以及解释1.引言1.1 概述概述部分:DNA(脱氧核糖核酸)是构成生物体的基因遗传信息的重要分子之一。

然而,传统上认为DNA主要存在于细胞核中,只有通过细胞核颗粒或细胞分裂释放出才能在血浆中检测到。

然而,近年来的研究表明,血浆中也存在游离的DNA,即游离DNA(cfDNA),它可以在血液循环中存在,而不仅限于细胞内。

游离DNA在血浆中的存在为临床诊断和治疗提供了新的可能性。

它可以作为一种非侵入性的生物标志物,用于检测和监测多种疾病,如肿瘤、心血管疾病和妊娠相关疾病等。

相比传统的组织活检或血液检测方法,检测血浆中的cfDNA更加方便快捷,且不会对患者产生过多的不适。

然而,血浆中的cfDNA具有一定的异质性,存在一定的浓度差异和长度分布。

因此,研究人员需要建立一个血浆游离DNA的参考区间,以便在临床实践中正确解读和应用相关检测结果。

这个参考区间将有助于确定血浆中的cfDNA含量是否超出正常范围,从而提供更准确的诊断结果和治疗指导。

本文旨在对血浆游离DNA参考区间进行探讨和研究,以期为临床医生和研究人员提供指导和参考。

通过对不同人群或不同疾病患者的血浆样本进行采集和分析,我们将分析血浆cfDNA的浓度和长度分布,并建立一个可靠的参考区间。

同时,我们还将探讨不同因素对血浆cfDNA水平的影响,如年龄、性别、疾病状态等。

通过深入研究血浆游离DNA参考区间,我们有望进一步完善该生物标志物的应用价值,为临床诊断和治疗提供更准确、可靠的依据。

这将有助于改善疾病的早期筛查和监测,提高治疗效果,为患者的健康和生活质量带来积极的影响。

本文的正文部分将对相关研究和实验进行详细阐述,并对最新的研究进展进行分析和讨论。

1.2 文章结构文章结构部分的内容可以包括以下内容:文章结构是指文章的组成部分和组织方式。

一个清晰、有条理的文章结构可以帮助读者更好地理解文章的主题和内容,使文章更具可读性和逻辑性。

不同分型方法的STR分型差异

不同分型方法的STR分型差异

不同分型方法的STR分型差异
吕德坚;陈玉川;陆惠玲
【期刊名称】《中国法医学杂志》
【年(卷),期】2002(017)001
【摘要】目的调查不同的STR分型系统之间分型的一致性.方法100例不同个体的DNA样本分别用单位点聚丙烯酰胺凝胶银染法和Rower P1ex 16 System试剂盒对13个法医学常用STR位点进行基因分型,并比较两种不同分型系统间的分型结果.结果1例样本在D8S1179位点出现了分型不一致的结果:银染法的基因型为12/14.而用PowerPlex16 System试剂盒的分型则为12/15.结论不同的STR 分型系统可导致不同的基因分型.
【总页数】3页(P14-16)
【作者】吕德坚;陈玉川;陆惠玲
【作者单位】中山大学中山医学院法医物证教研室,广东,广州,510089;中山大学中山医学院法医物证教研室,广东,广州,510089;中山大学中山医学院法医物证教研室,广东,广州,510089
【正文语种】中文
【中图分类】D919
【相关文献】
1.两种DNA提取法对不同色泽肋软骨STR分型成功率的比较 [J], 徐庆文;吴丹;胡伟
2.利用STR分型方法进行同胞关系鉴定 [J], 江斌;吴孟津
3.8种方法显现的汗潜指印STR分型研究 [J], 赖跃;王传海;秦洁;景强;李晓斌;徐振波;李尉源;王琦
4.STR分型检测仪器性能评价方法研究 [J], 赵颖;张涛;王守山;李彬;浦国斌;荣海博;俞丽娟
5.混合STR分型分析方法研究进展 [J], 彭柱;徐珍;凃政;杨帆;李永久;严安心;聂昊;赵禾苗;赵兴春
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孕妇血浆游离核酸高通量测序检测胎儿遗传异常

孕妇血浆游离核酸高通量测序检测胎儿遗传异常

孕妇血浆游离核酸高通量测序检测胎儿遗传异常殷旭阳;陈芳;王威【摘要】孕妇血浆中胎儿源性的游离DNA的发现,为无创产前检测(noninvasive prenatal testing,NIPT)奠定了科学基础.通过对孕妇外周血中的游离DNA进行检测,能够以无创的方式分析胎儿的遗传特征,为产前筛查(prenatal screening)和产前诊断(prenatal diagnosis)提供了有效的手段.新一代高通量测序技术(nextgeneration sequencing,NGS)的发展及其在临床的广泛应用,使其在孕妇血浆胎儿游离DNA检测中的应用成为必然趋势,并推动无创产前检测技术的迅猛发展.通过孕妇血浆游离DNA的高通量测序,可实现胎儿的染色体非整倍体、单基因遗传疾病、微缺失微重复的检测,也可以对胎儿基因组、DNA甲基化组以及转录组等信息进行分析.【期刊名称】《中国产前诊断杂志(电子版)》【年(卷),期】2016(008)002【总页数】8页(P44-51)【关键词】孕妇血浆;胎儿游离DNA;无创产前检测;产前筛查;产前诊断;高通量测序【作者】殷旭阳;陈芳;王威【作者单位】深圳华大基因研究院,广东深圳518083;深圳华大基因研究院,广东深圳518083;哥本哈根大学,丹麦哥本哈根2200;深圳华大临床检验中心,广东深圳518083【正文语种】中文【中图分类】R714.53孕妇血浆中胎儿源性游离DNA的发现,为无创产前检测(noninvasive prenatal testing,NIPT)奠定了科学基础。

通过对孕妇外周血中的游离DNA进行检测,能够以无创的方式分析胎儿的遗传特征,为产前筛查(prenatal screening)和产前诊断(prenatal diagnosis)提供了有效的手段。

新一代高通量测序技术(nextgeneration sequencing,NGS)的发展及其在临床的广泛应用,使其在孕妇血浆胎儿游离DNA检测中的应用成为必然趋势,并推动无创产前检测技术的迅猛发展。

10例孕妇血浆中胎儿游离DNA-STR位点检测分析

10例孕妇血浆中胎儿游离DNA-STR位点检测分析

10例孕妇血浆中胎儿游离DNA-STR位点检测分析高慧双;苏恩本;陈子庆;居晓斌;丁小建;周惠英;陈奇;周容;夏新辉【期刊名称】《南京医科大学学报(自然科学版)》【年(卷),期】2008(028)004【摘要】目的:探索短串连重复序列(STR)多位点检测孕妇血浆中胎儿游离DNA的可行性.方法:改进QIAamp离心柱型DNA提取方法提取10例孕中期孕妇血浆中总游离DNA,进行D3S1358、D13S317、CSFlPO、D12S391、D6S477、VWA 6个STR位点扩增,并以孕妇与胎儿羊水细胞基因组DNA为对照,变性聚丙烯酰胺凝胶电泳分析胎儿游离DNA提取效果及检测效率.结果:10例孕中期孕妇血浆样本共检测位点60个,检出有结果位点44个,除去母体与胎儿DNA基因型完全一致的14个位点,剩余的30个位点中,18个位点成功检出胎儿DNA基因型,检出率30%.检出率最高的位点是D13S317和D12S391.结论:STR多位点的扩增可以检测得出胎儿特异性DNA序列,有望应用于无创伤性产前遗传性疾病的诊断和法医学亲子鉴定中.【总页数】5页(P522-526)【作者】高慧双;苏恩本;陈子庆;居晓斌;丁小建;周惠英;陈奇;周容;夏新辉【作者单位】南京医科大学第一附属医院检验中心,江苏,南京,210029;南京医科大学第一附属医院检验中心,江苏,南京,210029;南京医科大学第一附属医院司法鉴定所,江苏,南京,210029;南京医科大学第一附属医院司法鉴定所,江苏,南京,210029;南京医科大学第一附属医院司法鉴定所,江苏,南京,210029;南京医科大学第一附属医院司法鉴定所,江苏,南京,210029;南京医科大学第一附属医院司法鉴定所,江苏,南京,210029;南京医科大学第一附属医院司法鉴定所,江苏,南京,210029;南京医科大学第一附属医院司法鉴定所,江苏,南京,210029【正文语种】中文【中图分类】R446.11【相关文献】1.改良QIAamp法检测孕妇外周血中胎儿游离DNA-STR多态性 [J], 苏恩本;高慧双;陈子庆;居晓斌;丁小建;周惠英;洪美;夏新辉2.孕妇血浆中胎儿游离DNA测序在无创性产前检测中的应用 [J], 杨灿锋;吴晓3.孕妇血浆中胎儿游离 DNA 在唐氏综合征无创性产前诊断中的应用研究 [J], 冯暄;郝胜菊;郑雷;闫有圣;张庆华;梁济慈4.孕妇血浆中胎儿游离DNA检测在唐氏综合征产前诊断中的应用 [J], 赵光坚5.应用表观遗传学位点检测孕妇血浆中的胎儿DNA [J], 李勤;胡振林;惠宁因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

法医学组织病理切片STR分型影响因素的比较分析

法医学组织病理切片STR分型影响因素的比较分析

法医学组织病理切片STR分型影响因素的比较分析张越;陈阳;杨元立;李继周;李朝品【期刊名称】《济宁医学院学报》【年(卷),期】2011(34)6【摘要】目的研究法医学病理切片DNA的基因型,探讨病理切片的组织类型、保存时间与尸源年龄对STR分型的影响.方法运用16位点Loci-STRs复合荧光标记STR-PCR技术,采用7阶重复拉丁方实验设计,取14例尸检7个年龄段的新鲜组织样本,制作脑、心、肝、肾、脾、肺、肠等7类组织病理切片,将切片随机分组保存7d、14d、30d、90d、180d、360d、720d.用硅珠法提取切片DNA,采用AmpFlSTR· IdentifilerTM 16STR系统进行STR分型.以新鲜尸体DNA样本的基因型为阳性对照,比较分析组织切片DNA的STR基因座检出数.结果尸源年龄组之间STR基因座检出率的差异不显著(P=0.19).保存时问分组中,保存30d以内,STR 检出数无显著差异(P=0.73),均可准确检出12个以上基因座;保存30d以上,STR 基因座检出数与保存时间成负相关;保存360d以上,等位基因脱扣(ADO)与基因座缺失(LOH)显著增高,STR分型不准确.同一保存时间,组织类型之问STR基因座检出率存在显著差异(P<0.01),其中肺组织相对较高.结论组织切片的保存时间是影响STR分型的主要因素,随着保存时间延长,其STR分型成功率下降;肺组织切片是STR分型较为理想的样本.【总页数】5页(P385-388,422)【作者】张越;陈阳;杨元立;李继周;李朝品【作者单位】皖南医学院法医学系,安徽芜湖241002;皖南医学院法医学系,安徽芜湖241002;公安部物证鉴定中心,北京100038;公安部物证鉴定中心,北京100038;皖南医学院法医学系,安徽芜湖241002【正文语种】中文【中图分类】R89【相关文献】1.3个Y-STR分型体系的法医学应用比较 [J], 窦雪丽;陈晓晖;杨幸怡;刘宏;刘超2.法医学组织病理切片DNA的实时荧光定量分析 [J], 张越;陈阳;杨元立;李继周;李朝品3.三个STR分型体系在法医学中的应用 [J], 陈勇;王瑛;彭珊;曲冬阳;欧雪玲;童大跃;陈维红;孙宏钰4.高校基层党组织组织力提升的影响因素研究——基于20个案例的模糊集定性比较分析 [J], 刘蕾;邱鑫波;李江涛5.法医学二代测序STR分型准确度与测序深度的关联性评估 [J], 王梓齐;吴坚;武波;陈曼;冯耀森;张驰;李明广;康克莱;聂胜洁;王乐因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

血浆中游离核酸:分子诊断的新靶点

血浆中游离核酸:分子诊断的新靶点

血浆中游离核酸:分子诊断的新靶点
马晓杰;李景鹏;赵勇
【期刊名称】《生命的化学》
【年(卷),期】2006(26)2
【摘要】1948年Mandel和Metais首次报道在病人的血浆中有游离形式的核酸存在,当时并未引起人们的广泛关注,很长一段时间对于这些核酸的研究处于搁浅状态;如今,人们已经能够在血浆中检测得到肿瘤源﹑胎儿源以及移植物源的核酸,不仅可以将其应用于胎儿性别﹑RHD血型、Y染色体连锁的遗传疾病的诊断与预防,还可以应用这些游离形式的核酸检测肿瘤﹑癌症的发生以及骨髓移植后嵌合状态的研究。

【总页数】3页(P147-149)
【关键词】血浆;游离核酸;癌症;分子诊断
【作者】马晓杰;李景鹏;赵勇
【作者单位】中国科学院动物研究所生物膜与膜生物工程国家重点实验室;东北农业大学
【正文语种】中文
【中图分类】Q592
【相关文献】
1.基于母体血浆胎盘源及胚胎源核酸分子的早期妊娠诊断及早期胎儿性别鉴定技术[J], 邢光东;夏银;茆骏;郭宁;王根林
2.母血浆中胎儿游离核酸与无创性产前亲子鉴定 [J], 余谨;肖超;黄代新
3.血浆血清中游离核酸在结直肠癌基因诊断中的应用 [J], 王侦;陈嘉昌;陈华云;朱振宇
4.血浆血清中游离核酸用于分子诊断的研究进展 [J], 王侦;陈嘉昌;陈华云;朱振宇
5.血浆/血清游离核酸与无创性产前诊断 [J], 王艳;胡平;许争峰
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血浆血清中游离核酸用于分子诊断的研究进展

血浆血清中游离核酸用于分子诊断的研究进展

血浆血清中游离核酸用于分子诊断的研究进展
王侦;陈嘉昌;陈华云;朱振宇
【期刊名称】《广东医学》
【年(卷),期】2011(32)17
【摘要】@@ 传统分子诊断的靶点主要集中于检测细胞遗传物质的改变,存在着取材困难,且对患者有较大程度伤害的局限性,如羊膜腔穿刺和绒毛膜取样进行产前诊断有1%的流产率.肿瘤的影像学检查有设备以及操作人员技术依赖性,最终确诊都依靠活体组织检查,会使患者承受一定痛苦.寻求一种无创或者微创性的诊断方法一直是研究人员长期奋斗的目标.
【总页数】3页(P2354-2356)
【作者】王侦;陈嘉昌;陈华云;朱振宇
【作者单位】中山大学中山医学院,广州,510089;中山大学达安基因诊断中心,广州,510665;中山大学达安基因诊断中心,广州,510665;中山大学中山医学院,广州,510089
【正文语种】中文
【相关文献】
1.母血浆及血清中胎儿游离DNA的研究进展 [J], 杜丽;蒋玮莹
2.血浆血清中游离核酸在结直肠癌基因诊断中的应用 [J], 王侦;陈嘉昌;陈华云;朱振宇
3.血浆/血清游离MicroRNAs在肺癌检测中的研究进展 [J], 刘雪莲;王旭;李薇
4.血浆中游离核酸:分子诊断的新靶点 [J], 马晓杰;李景鹏;赵勇
5.血浆/血清游离核酸与无创性产前诊断 [J], 王艳;胡平;许争峰
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孕妇血浆中胎儿DNA的提取及STR基因的检测

孕妇血浆中胎儿DNA的提取及STR基因的检测

孕妇血浆中胎儿DNA的提取及STR基因的检测李维春;武荣;倪月;周春雷【期刊名称】《安徽医学》【年(卷),期】2010(031)005【摘要】目的探索在孕妇血浆中提取胎儿DNA及STR基因的检测方法.方法提取10名健康孕妇(12~40周)血浆标本中胎儿游离DNA,对15个短串联重复序列(short tandem repeat,STR)基因位点和1个性别Amelogenin基因进行聚合酶链反应(polymerase chain reaction,PCR)扩增.同时,检测孕妇及其丈夫的基因组DNA,进行对照研究.结果经性别Amelogenin基因的检测,与胎儿实际的性别符合率为100%.经STR-PCR检测发现,所有10例孕妇血浆中均检测出父源性胎儿DNA的存在,检测数量为2.89±1.62.结论本实验采取的方法准确性较高,可作为符合国家法律规定范围内的一种无创性的产前诊断方法.【总页数】3页(P502-504)【作者】李维春;武荣;倪月;周春雷【作者单位】239000,滁州,安徽医科大学滁州临床学院(滁州市第一人民医院);239000,滁州,安徽医科大学滁州临床学院(滁州市第一人民医院);239000,滁州,安徽医科大学滁州临床学院(滁州市第一人民医院);239000,滁州,安徽医科大学滁州临床学院(滁州市第一人民医院)【正文语种】中文【相关文献】1.孕妇血浆中胎儿DNA在产前诊断中的初步应用--胎儿SRY基因、STR基因型的鉴定 [J], 贺桂芳;陈汉平;马旭2.孕妇血浆中胎儿DNA的SRY基因检测 [J], 陈雪银;金应霞;金松;黄元华3.检测孕妇血浆游离胎儿DNA预测胎儿RhD基因型的研究 [J], 陈淑红;王宁萍;胡红梅;苏迎秋4.孕妇外周血浆胎儿DNA的STR检测 [J], 魏建波;秦斐;王伟;俞禾涛;5.STR-PCR检测孕妇外周血浆中胎儿DNA基因型的初步研究 [J], 贺桂芳;马旭;邢淑敏;陈汉平因版权原因,仅展示原文概要,查看原文内容请购买。

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Journal of Kunming Medical UniversityCN 53-1221/R昆明医科大学学报2014,35(1):140~143血浆游离DNA的STR分型检测研究陈阳1),胡利平1),马波2),马立宇1),聂胜洁1)(1)昆明医科大学,云南昆明650500;2)云南沃森生物技术股份有限公司,云南昆明650106)[摘要]目的探讨利用血浆中游离DNA进行短串联重复序列(shorttandemrepeat,STR)分型检测,解决法医学个体识别和亲权鉴定问题的可行性.方法采集36例无关健康个体EDTA-Na2抗凝血样,分离血浆,采用经典酚-氯仿法分别处理血浆和血细胞,对提取的DNA进行15个STR基因座常规PCR扩增和荧光标记复合扩增,采用聚丙烯酰胺凝胶电泳和毛细管电泳检测2种STR分型方法进行检测.结果常规PCR扩增银染检测和荧光标记复合扩增毛细管电泳检测两种STR分型方法的结果表明,同一个体的血浆游离DNA和血细胞DNASTR分型一致,且分型效果接近.结论血浆游离DNA可作为一种有效的生物学样本进行STR分型检测,应用于法医个体识别和亲权鉴定.[关键词]血浆;游离DNA;STR分型;个体识别;亲权鉴定[中图分类号]R394.3;Q341[文献标识码]A[文章编号]2095-610X(2014)01-0140-04StudyonSTRGenotypingofCellFreeDNAinPlasmaCHENYang1),HULi-ping1),MABo2),MALi-yu1),NIESheng-jie1),(1)Kunming Medical University ,Kunming Yunnan 650500;2)Walvax Biotechnology Co.,Ltd ,Kunming Yunnan 650106,China )[Abstract]ObjectiveThepurposeofthisstudywastoinvestigatethefeasibilityofshorttandemrepeat(STR)genotypingofcellfreeDNAinplasmaforindividualidentificationandpaternitytesting.MethodsEDTA-Na2DNAanti-coagulantbloodsampleswerecollectedfrom36unrelatedhealthyvolunteers,andbothDNAinleukocytesandcellfreeDNAinplasmawereextractedrespectivelyusingphenol-chloroformmethod.TargetDNAinbloodcellsandplasmawereamplifiedusingregularSTRtypingandfluorescentmultiplexSTRassayseparately,accordingly,thePCRproductswereanalyzedbypolyacrylamidegelelectrophoresisandcapillaryelectrophoresis.ResultsUsingeithernormalPCR-STRorfluorescentmultiplexSTRassay,theconsistentSTRgenotypingresultsweredetectedwithsimilarefficiencyforcellDNAandplasmaDNAsamplesfromthesameindividual.ConclusionCellfreeDNAinplasmasamplescanbeusedasusefulbiologicalsamplesforSTRgenotyping,whichcanbeappliedtoindividualidentificationandpaternitytestinginforensicpractice.[Keywords]Plasma;CellfreeDNA;STRgenotyping;Individualidentification;Paternitytesting[基金项目]国家自然科学基金资助项目(31100906,8124136);云南省科技厅应用基础研究基金资助项目(2009CD082)[作者简介]陈阳(1987~),女,湖南常德市人,在读硕士研究生,主要从事法医物证学工作.[通讯作者]聂胜洁.E-mail:nieshengjie@126.com口腔拭子、血痕、精斑和腐败组织等微量或高度降解的检材已广泛利用短串联重复序列(shorttandemrepeat,STR)分析技术实现法医物证中常见案例的个人识别和亲权鉴定.但在强奸致孕案、医疗纠纷和器官移植等特殊案例中,常规检材受到取材条件、样本保存等诸多限制,以致急需一种可以满足此类案件的特殊检材.而细胞游离DNA(cell-freeDNA,cfDNA)的发现[1,2]、来源特征分析[3-5]及血浆中肿瘤标记物和胎儿游离DNA等的临床研究[6-10],使血浆样本成为候选检材.因此,本研究主要通过血浆游离DNA的STR分型检测以探讨血浆样本进行个人识别和亲权鉴定的可行性.1材料与方法1.1材料1.1.1仪器低温高速离心机(德国Sigma公司),MasterPCR扩增仪(美国Bio-Rad公司),DYY-8B电泳仪(中国北京市六一仪器厂),ABI3130自动遗传分析仪(ABI,USA).1.1.2试剂D8S1179、D21S11、D7S820、CSF1PO、D3S1358、D5S818、D13S317、D16S539、D2S1338、D19S433、VWA、D12S391、D18S51、D6S1043、FGA(参照NCBI设计,上海申博化工合成),AmpFlSTRRSinofilerTM试剂盒(ABI,USA,包括上述15个STR基因座以及Amelogenin),10mg/mL蛋白酶K,TaqDNA聚合酶(5U/μL),GoldTaqDNA聚合酶(5U/μL),GeneScanLIZ内标,甲酰胺.1.2方法1.2.1DNA提取取2mLEDTA-Na2抗凝血样置于高速离心机中,750r/min离心1min,将上层血浆转移到另一支2mL灭菌EP管中.为了减小从血浆和血细胞中提取的DNA浓度及纯度的差异,根据其蛋白质和DNA含量,各取400μL采用经典酚-氯仿法分别提取血浆和血细胞DNA:破红细胞→消化(血浆样本中分4次加入20μL蛋白酶K,血细胞样本中加入5μL蛋白酶K)→抽提→沉淀→干燥→溶解(血浆cfDNA中加入20μLTE缓冲液,血细胞DNA中加入50μLTE缓冲液)→-20℃保存备用.1.2.2常规PCR扩增银染检测引物设计与合成:参照NCBI上查询到的15个STR基因座(D8S1179,D21S11,D7S820,CSF1PO,D3S1358,D5S818,D13S317,D16S539,D2S1338,D19S433,VWA,D12S391,D18S51,D6S1043,FGA)的引物序列,并由上海申博化工合成.PCR反应体系(20μL):10×Buffer2μL,血细胞模板DNA1.0μL或血浆模板DNA1.5μL,dNTP2μL,引物1.0μL,5U/μLTaqDNA聚合酶0.2μL,补充PH8.2灭菌DDW至20μL.PCR反应条件:95℃10min→10个PCR循环:94℃1min,60℃1min,70℃1min30s→20个PCR循环:90℃1min,60℃1min,72℃1min30s→72℃7min→4℃保存.按照以上PCR反应体系和反应条件进行常规PCR-STR扩增反应及聚丙烯酰胺凝胶电泳银染检测,最后记录结果并拍照.1.2.3荧光标记复合扩增毛细管电泳检测PCR反应体系(10μL):ReactionMix4.0μL,血细胞模板DNA1.0μL或血浆模板DNA1.5μL,引物set2.0μL,5U/μLGoldTaqDNA聚合酶0.2μL,补充PH8.2灭菌DDW至10μL.PCR反应条件:95℃10min→28个PCR循环:95℃1min,59℃1min,72℃1min→60℃60min→4℃保存.随机选取5份血浆cfDNA和血细胞DNA按照AmpFlSTRSinofilerTM试剂盒说明书进行荧光标记复合扩增反应及毛细管电泳检测,经DataCollectionV3.0和GeneMapperIDV3.2分析电泳检测结果,并保存分型图谱.2结果2.1血浆cfDNA和血细胞DNA常规PCR-STR分型结果比对血浆cfDNA(P1~P36)和血细胞DNA(C1~C36)PCR-STR扩增后的产物聚丙烯酰胺凝胶电泳比对分析以1~6号DNA经D21S11引物扩增后的结果为例,见图1.图1表明:血浆cfDNA和血细胞DNA经15个STR基因座引物扩增后均获得清晰高效高特异性的DNA谱带.且同一个体中,无论是基因分型、等位基因片段大小还是基因座信号强度均显示血浆和血细胞样本的STR分型结果基本一致,表明血浆cfDNA分型准确.2.2血浆cfDNA和血细胞DNA荧光标记复合扩增结果比对血浆cfDNA和血细胞DNA荧光标记复合扩增产物的STR分型以7号为例分析,结果比对见图2、图3.图2、图3表明:血浆cfDNA和血细胞DNA均获得较好的STR图谱,不存在差异扩增或优势扩增,具体表现为:没有出现基因座缺失或等位基因丢失的情况,杂合子等位基因峰高和面积对称,各基因座之间的峰高较均衡.与法医物证常规检材的血细胞DNA一样,血浆cfDNA也能获得稳定特异的STR图谱.说明必要情况下,血浆样本可以作为法医物证鉴定的补充检材.3讨论本研究揭示,作为法医学上以前不常见的重要生物检材之一的血浆将应用于法医学实践.血浆141第1期陈阳,等.血浆游离DNA的STR分型检测研究图1血浆cfDNA(P1-P6)和血细胞DNA(C1-C6)D21S11PCR-STR扩增产物聚丙烯酰胺凝胶电泳Fig.1PolyacrylamidegelelectrophoresisforD21S11PCR-STRproductsofcfDNAinplasma(P1-P6)andDNAinbloodcell(C1-C6)图27号血细胞DNA荧光标记复合扩增产物的STR分型图谱Fig.2STRprofilesofproductsofDNAinbloodcellswithfluorescentmultiplexSTRassay图37号血浆cfDNA荧光标记复合扩增产物的STR分型图谱Fig.3STRprofilesofproductsofcfDNAinplasmawithfluorescentmultiplexSTRassay第35卷142昆明医科大学学报C1P1C2P2C3P3C4P4C5P5cfDNA是一种无细胞状态的胞外DNA,主要是由细胞在信号诱发下程序性死亡过程中释放在细胞外凋亡小体形式的小片段DNA[11].器官移植患者、肿瘤患者和孕妇等血浆cfDNA出现的早期性及浓度高于健康个体的特性[12-15]为特殊案例的STR分型检测提供了可行性依据.而本实验通过对健康个体的血浆cfDNA进行两种STR分型研究,成功扩增出与对照样本的血细胞相同的特异性条带,且效143第1期陈阳,等.血浆游离DNA的STR分型检测研究果接近,也证明了血浆cfDNA应用于个体识别和亲权鉴定的可行性,因此血清样本也应该作为法医生物检材之一应用于法医学实践,为解决民事和刑事案件提供客观依据.在今后的研究中,基于血浆样本易采集且无创,但cfDNA含量少、片段小、极易降解及受血液凝集和白细胞裂解、DNA酶等生物特点的影响[26-18],使样本处理、DNA提取和检测方法有待进一步改善.而作为一种由单核苷酸之间的差异引起的遗传多态性DNA片段而形成的新一代遗传标记系统且逐渐被应用于法医学领域的单核苷酸多态性(singlenucleotidepolymorphism,SNP)[19]将应用于此类生物检材的研究之中,因为其PCR产物长度可小于100bp,且较STR更更适用于微量降解的血浆样本的法医DNA分析和复合扩增系统的建立.所以,为了更有效的解决法医学领域的个人识别和亲权鉴定,血浆cfDNA的SNP分型检测值得下一步的深入研究.[参考文献][1]STEINMANCR.FreeDNAinserumandplasmafromnormaladults[J].JClinInvest,1975,56(2):512-515.[2]LOYM,CORBETTAN,CHAMBERLAINPF,etal.Pres-enceoffetalDNAinmaternalplasmaandserum[J].Lancet,1997,350(9076):485-487.[3]BENIRSCHKEK,WILLESL.Deportationoftrophoblasticembolitomaternallung:Asourceofcell-freeDNAinma-ternalblood[J].Chimerism,2010,1(1):15-18.[4]KIMURAM,HARAM,ITAKURAA,etal.FragmentsizeanalysisoffreefetalDNAinmaternalplasmausingY-STRlociandSRYgeneamplification[J].NagoyaJMedSci,2011,73(3-4):129-135.[5]REPISKAG,SEDLACKOVAT,SZEMEST,etal.SelectionoftheoptimalmanualmethodofcellfreefetalDNAisola-tionfrommaternalp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