中科大 Materials Studio 培训教程16(包你学会!)请将这一系列全看完,一定有收获。

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Materials Studio 培训教程

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Materials Studio 培训教目录Materials Studio 快速入门教程⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯2 Visualizer 模块快速入门教程⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯11用第一性原理预测AlAs 的晶格参数⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯36 CO 分子在Pd(110)表面的吸附⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯43Pd(110)面上的CO 分子电荷密度变化⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯55模拟CO_Pd(110)体系的STM 图⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯61使用DMol3 中的离域内坐标对固体进行几何优化⋯⋯⋯⋯⋯⋯64 用LST/QST 搜索过渡态⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯69气体在聚合体中扩散的测量⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯76聚合物与金属氧化物表面的相互作用⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯86计算共存相之间的界面张力⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯96运行简单的MesoDyn 模拟⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯99使用粉末衍射图进行分析⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯108指标化粉末衍射图⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯117无机物的Rietveld 精修⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯125使用Reflex Plus 来解析3-氯-反-苯乙烯酸的结构⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯133 无机化合物FIN31 的结构确定⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯⋯142创腾科技有限公司Neotrident Technology Limited 2Materials Studio 快速入门教程该教程将介绍Materials Studio 软件的基本功能,在这一部分,你将学到:1.生成Projects2.打开并且观察3D 文档3.绘制苯甲酰胺分子4.观察并且处理研究表格文档5.处理分子晶体:尿素6.建造Alpha 石英晶体7.建造多甲基异丁烯酸盐8.保存Project 并结束1. 生成Projects(1).运行Material Visualizer从运行菜单中运行或者在桌面点击快捷方式。

materials studio操作手册

materials studio操作手册

materials studio操作手册(实用版)目录1.Materials Studio 简介2.操作手册的主要内容3.如何使用 Materials Studio 进行基本操作4.高级操作技巧与示例5.材料建模与模拟的实践应用6.常见问题与解决方案正文【1.Materials Studio 简介】Materials Studio 是一款专业的材料科学模拟软件,广泛应用于材料研究、教育等领域。

该软件集成了多种模拟方法,如第一性原理、分子动力学、蒙特卡洛模拟等,能够实现对材料的结构、性能、缺陷等方面的研究。

Materials Studio 具有用户友好的界面,支持可视化操作,使得用户可以轻松地搭建模型、设置参数、运行模拟和分析结果。

【2.操作手册的主要内容】Materials Studio 操作手册主要包括以下几个方面的内容:(1)软件安装与配置:介绍如何安装 Materials Studio 及其依赖库,以及配置环境变量等。

(2)界面与基本操作:介绍 Materials Studio 的操作界面,包括菜单栏、工具栏、状态栏等,以及如何进行文件的保存、导入、导出等基本操作。

(3)模型构建与参数设置:介绍如何添加原子、分子、晶体等模型,以及如何设置模拟参数,如温度、压力、晶格常数等。

(4)模拟运行与结果分析:介绍如何运行模拟,以及如何分析结果,如计算能量、力、电荷密度等。

(5)高级操作技巧与示例:介绍如何进行高级操作,如自定义模拟算法、编写脚本等,并提供典型示例。

(6)材料建模与模拟的应用:介绍如何应用 Materials Studio 进行材料研究,如晶体结构预测、材料性能优化等。

【3.如何使用 Materials Studio 进行基本操作】(1)打开软件:在 Windows 系统下,点击“开始”菜单,找到“Materials Studio”并双击;在 Mac 和 Linux 系统下,进入终端,输入命令并回车。

materials studio操作手册

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:【序】介绍众所周知,材料工程是一门非常重要的学科,它研究的对象是材料的性能、制备、加工和应用。

一直以来,科学家们致力于寻找更好的材料,并开发出各种工具来帮助他们更好地理解和研究材料。

在材料研究领域中,Materials Studio(材料工作室)无疑是一个非常重要的软件工具,它能够帮助研究人员进行材料建模、仿真和分析,以更好地理解材料的性能和行为。

【一】Materials Studio的基本概念让我们来介绍一下Materials Studio的基本概念。

Materials Studio 是由Accelrys公司开发的一款集成的材料建模软件评台,它包括多个模块,可以用于原子建模、晶体学分析、分子建模、材料性能预测和材料工程等领域。

使用Materials Studio,研究人员可以对材料的结构和性能进行全面的分析和预测,这对于新材料的设计和开发非常有帮助。

【二】Materials Studio的操作手册接下来,让我们来详细了解一下Materials Studio的操作手册。

在使用Materials Studio进行材料建模和仿真时,研究人员需要掌握一系列的操作技能,包括建立原子模型、进行能带计算、进行分子动力学模拟等。

在操作手册中,会详细介绍每个操作步骤,并提供相关的实例和案例,帮助研究人员更好地掌握这些操作技能,从而更好地应用Materials Studio进行材料研究。

【三】对Materials Studio操作手册的个人理解在我看来,Materials Studio操作手册是非常有价值的。

通过学习和掌握这些操作技能,我可以更好地进行材料建模和仿真,更好地理解材料的性能和行为,从而为新材料的设计和开发提供有力的支持。

Materials Studio操作手册还可以帮助我更好地应用软件工具进行科研工作,提高工作效率和研究质量。

【结语】总结和回顾经过对Materials Studio的基本概念和操作手册的介绍,我对这个材料研究工具有了更深入的了解。

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中科大MaerialsSudio培训教程包你学会精品PPT课件

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msi ?
2.调整显示方式 在 3D Viewer 上按右键,出右键菜单,选 Display Style ,Display Style 对话
框中的各选项的意义如下:
Atom 栏: Display Style: Line:线状模型。 Stick:棍状模型。 Ball and stick:球棍模型。 CPK:球堆砌模型。 Polyhedron:多面体堆积模型(晶体)。
3. 在此可改变模块和 图示工具的设置值。 初学者慎用。
在layer builder中试 试。
二. 打开并且观察3D 文档 目的: 介绍Materials Studio 中文档 documents 的概念 模块: Materials Visualizer 前提: 已生成一个Project
Materials Studio 使用了多种类型的文件,如3D Atomistic and Mesoscale、 text、chart、 HTML、 study table、grid、script、 和 forcefield documents。在 后面进行计算时,这些文件将逐个显示在projects中,反映了计算的过程。 现在 的教学中, 主要出现的是 3D Atomistic 类型的文件。
3D Viewer工具栏
通过选择相应的工具并在3D 结构上拖动来改变结构视图。 Rotate:旋转结构视图。使用三键鼠标,右键是旋转操作。 Zoom:向上或者右侧拖动可以增大所选结构的视图;向下或者向左侧拖动会缩小所 选结构的视图。使用三键鼠标,也可用鼠标上的滚轮进行3D结构的放大、缩小。 Translation:将结构沿着不同的方向平移。 对于三键鼠标来说,左键执行所选操作,右键则是旋转操作,同时按下左健和右键 则会完成缩放操作。此外还可以将键盘和鼠标联用来完成上述操作。

MaterialsStudio快速入门教程

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材料性质预测
分子动力学模拟:预测材料力学性 质
弹性常数计算:评估材料稳定性
添加标题
添加标题
添加标题
添加标题
密度泛函理论:计算材料电子结构
声子谱分析:研究材料热力学性质
分子结构优化
目的:通过优化 分子结构来提高 材料的性能
方法:使用 MaterialsStudi o软件中的模块 进行分子结构优 化
目的:预测材料的物理、化学和机械性能,为材料设计和优化提供 依据
方法:利用MaterialsStudio的高级功能,如X射线衍射、中子衍 射和电子显微镜等手段进行实验测量和数据处理
应用:广泛应用于材料科学、化学、物理学和工程等领域
Part Five
常见问题与解决方 案
常见问题汇总
材料计算软件 运行缓慢
量子力学计算
MaterialsStudio中的量子力 学计算模块可用于模拟分子的 电子结构和性质
支持多种量子力学方法,如密 度泛函理论、分子力学等
可用于研究分子的电子结构、 能量、振动频率等性质
用户可以通过简单的界面和操 作完成量子力学计算
晶体结构分析
定义:通过MaterialsStudio软件对晶体结构进行分析,了解材料 的性质和行为
应用场景:在 MaterialsStudi o中,蒙特卡罗 模拟可用于模拟 材料的物理性质, 如热导率、电导 率等。
优势:蒙特卡罗 模拟可以快速得 到近似解,对于 大规模复杂系统 具有很高的计算 效率。
操作步骤:在 MaterialsStudi o中,用户可以 通过选择 “Simulate”菜 单下的“Monte Carlo”选项来 进行模拟。
步骤:选择优化 算法、设置优化 参数、执行优化 计算、分析优化 结果

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中科大MaterialsStudio培训教程包你学会

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选择 File / Save 或单击工具栏上的 Save button 中建立了新的 my_benzamide.xsd 3D文件。
。这样就在my quickstart project
2. 设置球棍模型为默认显示方式 从菜单栏中选择 Modify / Default Atom Style ,打开 Default Atom Style 对话
用 None、Dashed line、Line和 Stick styles显 示zeolite Theta-1 的结构. 注意3D Viewer边框的 变化 .
将显示固定在Line.
None
Dashed line
Line
Stick
Lighting
在TON.xsd 的 3D Viewer 上单 击右键,选择 Lighting 选项,该选项 将指定加光情况.在此选项卡内可以 设定三个光源,并改变光源的照射位 置(照射位置用箭头显示).
选择 Tools \ Settings Organizer ,打开Settings Organizer 对话框.
1. 在这此处的Materials Studio icon,选 中所有的模块和图示工具.
2. 单击Reset,所有的模块和图示工具都恢复 Accelrys默认值.
若干次操作后,已有 一些参数设置.由于 错误等原因,要重复 前面的一个过程.为 保存两次操作一样, 需返回MS的默认设置.
在d盘上建文件夹class 1: d:\class 1
一. 生成一个Project 目的: 介绍Materials Studio 中 project 概念 模块: Materials Visualizer
1. 建立一个新文件夹D:\ MS teach \ class1 2. 运行 Materials Studio,生成名称为My quickstart 的Project

中科大 Materials Studio 培训教程 16(包你学会!)请将这一系列全看完,一定有收获。

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n代表当前的应变振幅。
仅取一种应 变模式
CASTEP可以使用这些结果来分析每一个运行计算出来的压力张量,产生
一个有关弹性性质的文件。
从工具栏中选择CASTEP
工具,然后选择Analysis或者从菜单栏
中选择Modules | CASTEP | Analysis。
从属性清单中选择Elastic constants,从BN 的弹性常数计算工作中得到的结果文件BN.castep应 自动显示在Results file选框中。按下Calculate按 钮。计算结束后产生一个新的文档BN Elastic Constants.txt。
使用CASTEP计算BN的弹性常数
目的: 使用 CASTEP 计算弹性常数 模块: Materials Visualizer, CASTEP 前提: 已使用first principles预测了AlAs的晶格常数
背景: 当前,可应用于大周期性体系的密度泛函理论(DFT)取得了显著的
进展,已经成为解决材料设计、加工中难题的有效方法。人们依据这个理 论可以使解释实验数据,预测新晶体的结构、结合能和表面活性等基本性 质。这些工具可以用来指导设计新材料,允许研究人员理解基本的化学和 物理过程。 绪论:
此文档中的信息包括: *输入的应变和计算出的应力的总结 *每一种应变模式线性拟合和拟合质量的计算结果 *给定对称性下计算出的应力与弹性常数之间的对应 *弹性常数Cij和弹性柔量Sij的表格 *导出量:体积模量和其倒数、压缩系数、杨氏模量、 Poisson比、 Lame 常数(用于模拟各向同性介质)
3 弹性常数文件的描述 对于这种点阵类型,需要考虑两种应变模式(本教程只计算了一种)。对
736.57379 125.20883 125.20883 125.20883 736.57379 125.20883 125.20883 125.20883 736.57379 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000

material_studio教程

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(1).建立Alpha 石英晶体 Alpha (1).
A. 在一个新的 3D 文档中 B. 从Build 菜单选择Crystal 下的Build Crystal...会打 开相关的晶体模建对话框。 C. 在Space Group 栏中,选择Enter Group,输入P3221, 并且按下Tab 键进行确认。 D. 也可以从下拉菜单中选择该空间群,如果你知道该空间 群的序号,也可以直接输入该序号。 E. 在 Lattice Paramenters 栏中,在相应的地方可以输 入Alpha 石英的a 和c 晶胞参数为a=4.910 c=5.402。
5.处理分子晶体:尿素 5.
处理分子晶体:尿素
医药、农药、色素、染料、专用化合物以及爆炸物等在工 业制造过程的某些阶段,都是晶体材料。 对这些材料进行模拟,可以扩展我们对其的认识,最终帮 助我们控制其性质,例如溶解性、模板寿命、形态、生物 药效率、颜色、振动强度、气压和密度等。 在练习中我们将使用尿素作为一个简单的例子进行分子晶 体材料的模拟。
(5).检测结构中氢键连 (5).
A. 旋转结构观测氢键网络 B. 使用键盘上的上、下、左、右键头将按照 45°为单位 进行旋转转。
6.建造Alpha 石英晶体 Alpha 6.
建造Alpha 石英晶体 Alpha
应用领域:
异相催化剂的应用
沸石催化剂 在石油、天然气探测中的矿物采样分析
建造Alpha 石英晶体 Alpha
打开并且观察3D 文档 3D
(3).选择对象的各种类型 (3). 在 3D View 工具栏上选择3D Viewer Selection Mode。 通过单击原子、键来选择相应的对象该对象变为黄色表 示已经被选中。 通过鼠标的托拽操作可以选择一定区域内的所有对象, 包括原子和键。 在结构中的某个原子或键上双击鼠标可以选择整个结构。
  1. 1、下载文档前请自行甄别文档内容的完整性,平台不提供额外的编辑、内容补充、找答案等附加服务。
  2. 2、"仅部分预览"的文档,不可在线预览部分如存在完整性等问题,可反馈申请退款(可完整预览的文档不适用该条件!)。
  3. 3、如文档侵犯您的权益,请联系客服反馈,我们会尽快为您处理(人工客服工作时间:9:00-18:30)。

======================================== Elastic Compliance Constants Sij (1/GPa) ========================================
0.0014282 -0.0002075 -0.0002075 -0.0002075 0.0014282 -0.0002075 -0.0002075 -0.0002075 0.0014282 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0023533 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0023533 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0000000 0.0023533
选择Job Control标签,设定本地机运算。 按下CASTEP Calculation对话框中的Run按钮。
优化之后,此结构的晶胞参数应为a=b=c=2.574Å。在我们可以继 续计算优化结构的弹性常数。
或按右键显示
2. 计算BN的弹性常数
BN CASTEP GeomOpt/BN.xsd处 于激活状态。选择CASTEP Calculation对话框中的Setup标签, 从Task的下拉清单中选择Elastic Constants。 按下More...按钮,CASTEP Elastic Constants对话框见右图。 将Number of steps for each strain由4增加为6,按Run运行。 CASTEP 的弹性常数计算任务的 结果以一批 .castep 输出文件的形式 给出。这些文件中的每一个文件都 代表确定的晶胞在假设的应变模式 和应变振幅下的几何优化运行结果。 这 些 文 件 的 命 名 约 定 为 : seedname_cij__m__n 。 对 于 给 定 的 模式来说, m代表当前的应变模式, n代表当前的应变振幅。
在进一步的分析中没有使用压力的切点值 , 它很简单的指示出收敛 的基态离最初的结构有多远。 所有应变模式的结果总结如下: ============================ Summary of elastic constants ============================ id i j Cij (GPa) 1 1 1 788.92024 +/- 0.946 4 4 4 447.55108 +/- 0.749 7 1 2 148.70983 +/0.754 The errors are only provided when more than two values for the strain amplitude were used, since there is no statistical uncertainty associated with fitting a straight line to only two points. 弹性常数以常规的6x6张量的形式显示出,随后弹性柔量 (compliances)以相似的6x6形式显示出:
现在设置几何优化 从工具栏中选择CASTEP工具 , 然后从下拉列中选择Calculation(或从 菜单栏中选择Modules / CASTEP / Calculation)。 CASTEP Calculation对话框见右图:
在Setup标签中,把Task设置为 Geometry Optimization,把Quality 设 置为Fine,并且把Functional设置为GGA and PW91。
预测锗的热力学属性
的对应。 和弹性系数相对应的应力 (压缩符): 1 7 7 4 0 0 as induced by the strain components: 1 1 1 4 0 0 在下面的表格中给出了每一种应力组成的应力-应变线性适配关系: Stress Cij value of value of index index stress strain 1 1 -4.990578 0.003000 1 1 -5.949042 0.001800 1 1 -6.891618 -0.000600 1 1 -7.838597 0.000600 1 1 -8.784959 0.001800 1 1 -9.726562 C (gradient) : 788.920238 0.003000 Error on C : Correlation 0.945626 coeff: Stress intercept : 0.999997 7.363559 此梯度提供了弹性常数的数值(或弹性常数的线性组合),适配的 质量,由相关系数表示,提供了另人满意的弹性常数的不确定度。
3 弹性常数文件的描述 对于这种点阵类型,需要考虑两种应变模式(本教程只计算了一种)。对 于每一种应变模式,都有一个计算出的应力的总结(由各自的.castep文件得 到) 。
=============================================== Elastic constants from Materials Studio: CASTEP =============================================== Summary of the calculated stresses ********************************** Strain pattern: 1 ====================== Current amplitude: 1 Transformed stress tensor (GPa) : -4.990578 0.000000 0.000000 0.000000 -6.907159 0.000000 0.953658 0.953658 Current amplitude: 2 6.908215 Transformed stress tensor (GPa) : -5.949042 0.000000 0.000000 -7.093625 0.000000 0.000000 0.571307 0.571307 提供了应力,应变的组成和弹性常数张量之间联系的所有信息。在 7.094263 这一阶段,每一个弹性常数均有一个简洁的指数代表而不是由一对 ij指数代表。稍后会在文件夹中给出压缩符和常规的指数标定之间
文件的最后部分包含推出的属性:
Bulk modulus = 362.11330 +/- 0.593 (GPa) Compressibility = 0.00276 (1/GPa) Axis Young Modulus Poisson Ratios (GPa) X 741.74894 Exy= 0.1586 Exz= 0.1586 Y 741.74894 Eyx= 0.1586 Eyz= 0.1586 Z 741.74894 Ezx= 0.1586 Ezy= 0.1586 Lame constants for isotropic material (GPa) Lambda = -106.1819, Mu = 447.5511 END
按下more按钮,选中Optimize cell。 关闭CASTEP Geometry Optimization对话 框。
选 择 Electronic 标 签 , 按 下 More... 按 钮 以 得 到 CASTEP Electronic Options 对 话 框 。 把 Derived grid 的 设 置 从 Standard 改 为 Fine 。 关 闭 CASTEP Electronic Options对话框。
===================================== Elastic Stiffness Constants Cij (GPa) =====================================
736.57379 125.20883 125.20883 0.00000 0.00000 0.00000 125.20883 736.57379 125.20883 0.00000 0.00000 0.00000 125.20883 0.00000 0.00000 125.20883 0.00000 0.00000 736.57379 0.00000 0.00000 0.00000 424.93974 0.00000 0.00000 0.00000 424.93974 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 424.93974
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仅取一种应 变模式
CASTEP可以使用这些结果来分析每一个运行计算出来的压力张量,产生 一个有关弹性性质的文件。 从工具栏中选择 CASTEP 工具,然后选择 Analysis 或者从菜单栏 中选择Modules | CASTEP | Analysis。 从属性清单中选择Elastic constants,从BN 的弹性常数计算工作中得到的结果文件BN.castep应 自动显示在Results file选框中。按下Calculate按 钮。计算结束后产生一个新的文档BN Elastic Constants.txt。 此文档中的信息包括: *输入的应变和计算出的应力的总结 *每一种应变模式线性拟合和拟合质量的计算结果 *给定对称性下计算出的应力与弹性常数之间的对应 *弹性常数Cij和弹性柔量Sij的表格 *导出量:体积模量和其倒数、压缩系数、杨氏模量、 Poisson比、 Lame 常数(用于模拟各向同性介质)
首先导入BN结构 在 菜 单 栏 中 选 择 File/ Import , 从 structures/semiconductors 中 选 中 BN.msi , 按 Import 按 钮 , 输入BN的晶体结构,见右图。 为了节省计算时间,由 Build / Symmetry / Primitive Cell将此 conventional representation 转化为primitive representation.
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